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Tras culminar su carrera como futbolista, Lolo pasó a recibir una pensión mensual de parte del
club al cual defendió durante 23 años, Universicabro de Deportes. El equipo también realizó una
colecta para que pudiera tener su casa propia.25 A pesar de eso, trabajó en el Archivo de la
Aduana del Callao, en tiendas de accesorios deportivos y escribiendo artículos en semanarios
deportivos. Sus compañeros de trabajo lo recuerdan como «una persona amable y muy
puntual».25 Durante los años 1970, dirigió algunas prácticas de las divisiones inferiores de
Universitario, además instruyó a los jóvenes de la época.25 El reconocimiento logrado en años
anteriores hizo que sea invitado a algunos programas de televisión en donde se le realizó diversos
homenajes.26 El 30 de agosto de 1983, se realizó un partido amistoso en el Estadio Lolo Fernández
conmemorando los 30 años de su retiro.27
En ese mismo año, viajó a Estados Unidos para someterse a una operación. Unos años después
(1989), fue internado en la Clínica Maison de Santé debido a su avanzada edad, en dicho lugar
recibió la visita de familiares, amigos e hinchas de Universitario de Deportes.25 El martes 17 de
septiembre de 1996, Fernández falleció a la edad de 83 años. A su sepelio asistieron
personalidades de todas las edades, entre hinchas y aficionados del fútbol.28 Su ataúd fue
cubierto con una bandera de Universitario, además el féretro se paseó por la cancha del Estadio
Lolo Fernández, simulando una última vuelta olímpica.28 Al salir del estadio y yendo rumbo al
cementerio, se intentó poner el féretro en la carroza pero la cantidad de personas obligó que sus
restos fueran llevados a pie hasta la avenida Alfonso Ugarte.28 Sus restos fueron sepultados en el
Cementerio Parque del Recuerdo del distrito de Lurín.29