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Las primeras bibliotecas creadas fueron las naive, que a pesar de su éxito, tuvieron algunos
inconvenientes, como la introducción de genes de anticuerpos que resultaban ser tóxicos para la
Escherichia coli, teniendo bajos rendimientos como consecuencia . Otros inconvenientes han tenido
lugar, como la incapacidad de predecir la estructura de CDR-H3, a diferencia de lo que sucede con
otros CDR’s. Además de ello, se deben tener en cuenta otros factores que alteran la calidad de los
fragmentos sintetizados, como pueden ser la presencia de codones de paro, inserciones o
deleciones, así como modificaciones postraduccionales.
Con las bibliotecas ALTHEA se combinan variantes de anticuerpos altamente estables con diversidad
natural en la región. Se desarrollaron tres pasos para la creación de la biblioteca: El primero se basó
en el manejo de bibliotecas de anticuerpos primarios completamente sintéticos (PL), que fueron
diseñados, clonados y dispuestos en la superficie del fago. En segundo lugar, los PL’s fueron tratados
con calor y seleccionados por la proteína A para tener las variantes estables. A estos productos se
les llaman bibliotecas filtradas (FL). Finalmente, se generaron bibliotecas de anticuerpos
secundarios altamente funcionales y diversos. Esto se realizó combinado FLs con fragmentos
naturales de H3J de 200 donadores.