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J.

LANG

Jochen.lang@u-bordeaux1.fr

Le paysage énergétique est une carte des différentes situations énergétiques d’une protéine. Une
protéine repliée est à l’état le moins énergétique, c’est-à-dire le plus stable.

I. Introduction et rappel :
Le pliage de protéine est un processus biologique vital, c’est comme rajouter le muscle sur les os nus
des gènes.
La structure de la protéine lui concède sa fonction, le pliage est nécessaire pour la fonction. Le
dépliage total ou partiel ne veut pas forcément dire perte de la fonction.
Dans la cellule, la structure c’est la bonne architecture. On va voir pourquoi une protéine se replie et
dans quel environnement.

La protéostasie (homéostasie des protéines) : il faut avoir au bon moment les protéines nécessaires
dans la forme correspondante. Les processus de repliage gèrent ce phénomène de protéostasie.
C’est un mécanisme clé par lequel la cellule répond rapidement aux changements de son
environnement et maintient ces protéines dans un état qui permet l’activité optimal (à ce moment).
La protéostasie intègre quelques autres notions : mutation, vieillissement, stress etc… des conditions
qui risquent de changer la fonction. Une mutation peut amener à une perte d’activité et à une
agrégation de protéine, idem lors du vieillissement, du stress cellulaire… La cellule est exposée à ces
risques, elle a besoin de mécanismes pour contrecarrer ces risques. Ces risques agissent souvent sur
le pliage de la protéine.

Au départ de la protéine, il y a la synthèse, le premier pliage puis le transport. Souvent le transport


indique une phase de pliage et dépliage, il y a des changements conformationnels et les chaperonnes
sont souvent impliqués là dédans.

La protéostasie nécessite :
- Des chaperonnes
- Des facteurs de pliages (changements de liaison peptidique)
- Facteurs de dégradation
- Des voies de signalisations
Les erreurs et les dysfonctions dans la protéostasie entrainent :
- Des maladies neurodégénératives
- Maladies liées au vieillissement
- Maladie congénitale du pliage (mucoviscidose)
- Certains cancers
- Diabète de type 2

On peut réduire le taux d’une protéine dans une cellule. Ceci peut se faire lors des divisions, on noie
la protéine spécifique. Le protéasome est une machinerie spécifique qui détruit des protéines.

 Le fonctionnement quinaire :
La structure quinaire représente les interactions entre protéines différentes. A chaque interaction, il
y a des domaines qui interagissent. Il existe peu de domaines d’interaction, ils sont conservés. Une
mutation dans la séquence peut changer les interactions quinaires. On remarquera donc que les
mutations ont des effets plus importants in cellule qu’in vitro.
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 Rappel structure :
 les acides aminés

Un acide aminé a plusieurs qualités à la fois.


http://www.russelllab.org/aas/ site pour comprendre les acides aminés.

 Hélice alpha :

C’est une structure répétitive et


ordonnée.
Un tour = 0,54nm ; 3,6 acides aminés.
Il y a des liaisons hydrogènes qui la
stabilise. Chaque liaison est relativement
faible, ce qui permet de déformer un peu
l’hélice.

Une hélice ne supporte pas trop de Pro


ou Gly
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 Feuillet Béta :

Le feuillet béta est élastique.


Il peut s’arranger en parallèle
ou antiparallèle.
La structure antiparallèle
permet d’accommoder des
résidus plus grands. Ils ne sont
pas tout à fait alignés.
Les liaisons nitrogènes sont plus
courtes au niveau des feuillets
antiparallèles. C’est donc la structure la plus stable d’une protéine.

 Stabilité :
Exemple : le collagène

La température de fusion est juste au-dessus de celle du corps. Cela explique que ces protéines sont
peu stables, elles peuvent donc prendre différentes formes et fonctions, cela permet également leur
transport, et leur régulation par assemblage / dégradation de complexes.
Le pliage de protéine permet également une économie d’espace.
Il peut y avoir de différentes formes de présentation d’une protéine, avec une fraction d’occupation
plus ou moins importante.

Exemple des ribonucléases :


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Le pliage permet de cacher les résidus hydrophobes à l’intérieur de la protéine afin qu’elle puisse
être soluble.

Le pliage des protéines permet donc :


- Une structure 3D
- Optimisation de l’espace
- Interactions spécifiques avec d’autres protéines
Le dépliage entraine l’exposition de séquences hydrophobes et mène à l’agrégation souvent
définitive.

 Le pliage :
Arrive après la synthèse. Il y a traduction, la chaine peptidique sort du ribosome. Il peut y avoir
collapsions entre résidus hydrophobes en quelques millisecondes. Il faut des mécanismes qui
peuvent travailler contre. La forme allongée et donc le début de vie d’une protéine est un état
dangereux.
L’environnement des protéines est donc dangereux pour elles : les protéases dégradent les protéines
ayant des interactions hydrophobes. Le cytosol est extrêmement dense (34%), il y a beaucoup de
contact, il y a des mouvements Brownien ce qui augmente la probabilité de contact. De plus les
protéines sont souvent synthétisées dans des polysomes.

 Paradoxe de Levinthal :

Il y a 10 conformations possibles pour un acide aminé dans


l’espace.
Donc un peptide de 100 acides aminés peut prendre 10100
conformations dans l’espace.
Une protéine toute seule, ne peut trouver la bonne
conformation sur la durée de vie de la cellule : il y a des
mécanismes supplémentaires.
Des mécanismes doivent permettre à des protéines
partiellement pliées de trouver leur bonne conformation.

Le
risque c’est que la protéine fonde des
interactions avec les autres protéines et
former des agrégats amorphes ou des
fibrilles amyloïdes (impliqués dans la
maladie d’Alzheimer).
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II. Rôles des membranes


40% des protéines d’une cellule sont d’origine membranaire.
Une chaperonne aide une protéine de changer de forme.
Une lipochaperonne aide la protéine membranaire à s’insérer dans la bicouche lipidique.

Une bicouche lipidique est un environnement très particulier.


Seulement la moitié de la bicouche est hydrophobe.
Il existe une zone pas tout à fait hydrophobe ni hydrophile.
Il n’y a pas de gradient de pH.
Il y a moins de solvant dans la membrane, il y a plus de protéines. Il est
encore plus difficile de garder les protéines non agrégées.
Il n’y a pas de pression dans le cytosol, contrairement à la membrane
où il y a des pressions controlatérales.
Les structures une fois formées dans la membrane sont très stables car
le cout énergétique pour changer de liaisons H est très élevés. (Liaison
H + stable car moins d’eau).

La membrane est stabilisée par


les forces suivantes.

La protéine peut déformer la membrane. La


partie noir hydrophobe ne doit pas rester libre
mais être recouverte par les groupements acyls
des lipides afin de ne pas déformer la
membrane.
L’hydrophobe ne peut pas interagir avec le
polaire.
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III. Pliage et destruction de protéines :


On regarde les protéines solubles.

La protéine commence à se plier.


Une fois correctement pliées elle
peut rester seule ou former des
oligomères.
La chaine non pliée a le risque de
trouver les autres chaines non pliées
et de former des agrégats qui ont
des conséquences désastreuses pour
la cellule : pas de protéine
fonctionnelle, la synthèse de
protéine est couteuse pour la
cellule ; l’agrégat prend de l’espace
et peut gêner les autres processus.
Les chaperonnes peuvent intervenir pour donner du temps à une protéine partiellement pliée de
trouver sa forme correcte.

L’agrégation cellulaire peut prendre la forme


de corps de Russel. Le corps de Russel est un
compartiment membranaire qui sert de
déchèterie de protéines agrégées.
Des aggrésomes peuvent également se former
dans le noyau.

IV. Les concepts de chaperonnes moléculaires


Ça commence par la découverte d’une différence entre la dénaturation et l’agrégation. Agrégation =
interaction entre plages hydrophobes exposées. La dénaturation est un dépliement.
Le repliement in vitro a été montré par Dogme d’Afinsen. Cela montre que dans le meilleur des
mondes la chaine peptidique contient toutes
les informations possibles pour trouver sa
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conformation.
Ensuite des travaux ont montrés que des protéines trouvent spontanément leur forme finale,
d’autres non.
Ils ont montrés qu’il y a des protéines en plus dont la seule tâche est d’aider d’autres protéines à
changer leur forme.
Les chaperonnes augmentent l’efficacité du processus. Elles ne donnent pas la forme. Elles évitent
que la protéine dépliée ou mal pliée s’agrège avec les autres protéines ou soit coupée par des
protéases. Elle ne possède pas l’information stérique de la protéine.
 Chaperonnes – classification :
C’est une famille très large, seulement partiellement connue. La classification est approximative.
Il existe :
- les petites chaperonnes : PM<200kDa
ex : Hsp70(DNAK), Hsp40(DnaJ). Ce sont des protéines du choc thermique.
- Les grandes chaperonnes : PM > 800kDa, chaperonine. Ce sont des vraies chambres à
réaction.
Ex : GroEL / GroES (Hsp60/Hsp10)

jOhNyVjkChM : sur youtube, leçon sur les chaperonnes.

Les chaperonnes contiennent des ATPases : le pliage coûte de l’énergie, mais ce cout est moins élevé
que la néo-synthèse ; il y a un changement de conformation, un arrangement dans l’espace.
Le système chaperonine est une boîte dans lequel le peptide rentre totalement.
Dans la levure, 2% des protéines sont des chaperonnes.
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La demi-vie d’une chaperonne libre est de 15s. La plupart des peptides naissant sont liés à une
chaperonne pendant leur synthèse.
La délétion de 2 système de chaperonnes est létale, alors que la délétion d’un seul système n’est pas
létale : elles n’ont pas de clients spécifiques.

Le rôle biologique de la chaperonne est :


- L’assistance au pliage
- Le guidage à travers des membranes biologiques (cis et trans)
- Désassemblage des oligomères : des protéines sont actives seulement en oligomères
- Faciliter la dégradation
- Contrôle de l’activité de complexes protidiques
Cdk : progression vers G1
eiF2a-kinase : initiation de la traduction
Raf-1 : MAP-kinase (transduction de signaux)
NOS : production NO

Les chaperonnes sont le résultat d’une évolution.

La chaperonne reconnait une partie hydrophobe.


Holdase : site d’interaction a changé pour assurer un contact prolongé
Recoverase : acquisition d’un domaine ATPase qui lui permet de changer sa conformation pour agir
mécaniquement sur la protéine à plier.
Chaperone système : acquisition de la faculté à faire des liaisons avec d’autres chaperonnes.

V. Le système DnaJ / DnaK (« les petites »)


Il contient 3 composants :
- DnaJ : un J-domaine : necessaire à
l’interaction avec DnaK, domaine de
liaison au substrat
- DnaK : domaine ATPase peut lier et
hydrolyser l’ATP, domaine de liaison
au substrat
- GrpE : peut lier le DnaK
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Il fonctionne comme un cycle, ce qui permet de récupérer les acteurs du système.


DnaJ prend en charge le peptide à
plier, il reconnait une partie
hydrophobe. Il interagit avec DnaK et
transfert le substrat à DnaK s’il est lié
à l’ATP. Puis DnaJ se détache par
hydrolysation de l’ATP en ADP.
GrpE intervient pour dissocier l’ADP
et permettre la libération de la
protéine.
Ce cycle est régulé par l’ATP/ADP qui
induit des changements de
conformation. Il change l’affinité
entre les composants, il ne leur donne pas de force motrice.
Une protéine peut passer plusieurs fois dans le cycle DnaK/DnaJ jusqu’à trouver sa forme correcte.

DnaK est une pince qui prend la protéine et qui la stabilise dans l’espace pour qu’elle ait la possibilité
de trouver sa forme, elle protège la partie hydrophobe de l’agrégation.

Le domaine DnaJ détermine la famille Hsp40.

 Comment on peut tester l’activité chaperonne ?


- La luciférase : protéine ayant pour co-substrat l’ATP.
On prend la luciférase, on la chauffe, on refroidit le tube rapidement, on rajoute la chaperonne et on
mesure l’activité.
Le problème est que la luciférase peut se replier toute seule.
- Sensibilité protéolyse :
On rajoute une protéase. La chaperonne protège la protéine de la protéase.

VI. Le système GroEL / GroES (« les grandes ») :


L’ensemble du système est plus grand. Ils forment une boîte protidique. Il permet plusieurs passages
(comme les « petites »). Le système ne contient pas de forme, donne du temps à la protéine de se
replier.
GroEL (bactérienne) est l’équivalent de TCip (eucaryote).

Est-ce que seulement certaines protéines passent par le système chaperonne ?


Ils ont fait l’expérience suivante : ils utilisent un marquage radioactif d’un acide aminé (souvent
méthionine), cela permet de voir les peptides nouvellement synthétisé. Ils immunoprécipitent GroEL
avec des AC. Ils regardent le pourcentage de protéines totales. Une grande partie des protéines se
trouvent dans le système GroEL/GroES. Les peptides très courts (entre 6et10kDA) arrivent souvent à
se plier eux même. Dès que ça devient plus grand, on a une surreprésentation dans le système
chaperonine. Mais quand ça devient trop grand, ça devient égale voir on a moins de protéines dans
le système chaperonnine. On a une taille, un volume limité.
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Les chaperonnines prennent en charges les


protéines plus grandes 20 à 80kDa, les
chaperonnes comme DnaK prennent les
petites protéines.
Les petites protéines passent par les 2
systèmes.

Le système GroEL/GroES :
C’est une très grande boîte faite d’assemblage.
On a 2 parties. C’est une construction très
symétrique et répétitive (caractéristiques des
grandes machineries cellulaires). Un seul type de
sous-unité est utilisée à répétition. La sous-unité
hsp60 possède elle-même toute les informations
pour s’assembler en 28pièces.
La taille est importante (3à4fois l’épaisseur de la
membrane plasmique).

Lié à l’ATP, le chapeau se forme avec une taille et une conformation différente : sous-unité de GroES.
La liaison du chapeau entraine également un changement de conformation de la partie GroEL.
On a plusieurs sites de liaison à l’ATP, cette boite n’accepte qu’une seule protéine : cela consomme
beaucoup d’énergie, 14 molécules d’ATP vont être hydrolysés.

Une troisième forme doit exister : GrosEL sans


ATP ni ADP.
L’état ADP : la cave entre les 7sous-unités
contient une partie hydrophobe. Sous forme
ADP la chaperoninne expose des parties
hydrophobes à son intérieur.
A ce moment-là, le peptide mal plié peut se
coller dessus.
GroEL sous forme ATP, la chambre est plus
allongées, les résidus hydrophobes sont moins
accessibles. Ça va corriger des erreurs de
pliage.
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La partie rouge va tourner sur soi-


même. Il y a deux mouvements
relativement importants de la
chaine rouge sur laquelle se
trouvent les parties hydrophobes.
Cette chambre peut accommoder
des peptides de tailles différentes.
Si le peptide est très grand, ils vont juste arriver à se mettre dans l’espace : rôle de confinement pour
les protéines, ce qui va aider au pliage.

Un cycle est déterminé par l’électrolyse de l’ATP. Les deux chambres travaillent de manière
concertée.
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Le système sous forme d’ATP a le chapeau lié. L’électrolyse de l’ATP en ADP permet le départ du
chapeau. Puis reformation de l’ATP, fixation du chapeau dans la deuxième chambre. Et le cycle
recommence.
Le cout de l’opération est à peu près égal à 10% de la synthèse.

VII. Conclusion
Il y a différents systèmes protéines permettant aux autres protéines de se plier.
Ce ne sont pas des moules, elles ne donnent pas la forme, mais seulement du temps.

Les systèmes ne sont pas mutuellement exclusifs : une protéine peut passer par les deux systèmes.
Il y a une grande hétérogénéité de forme pour ces systèmes.

Ces systèmes existent dans les 3 règnes (archées, eucaryotes, procaryotes) avec des noms différents.
Il y a un lien entre les systèmes de pliage et de dégradation. Le pliage peut ne pas être efficace. A ce
moment-là, la protéine est transférée à un système de dégradation. Hsp40 et Hsp70 peuvent
interagir avec CHIP et BAG-1. CHIP est une protéine qui va médier l’ubiquitinylation qui donne à la
protéine l’étiquette de destruction. BAG-1 recrute le protéasome, la machinerie de destruction.
Les interactions se font dans les domaines TPR.

Il existe d’autres chaperonnes :


- Hsp90 : chapote CFTR et eIF2 alpha kinase. Elle serait un tampon de variation génétique : les
chaperonnes permettent à la cellule de mieux supporter les mutations.
- Hsp100 : rôle dans les prions
de la levure
- Calnexin, calreticulin :
protéines du RE liant le Ca2+
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- Co-chaperonne : auxilline (défait la cage de clathrine).