La Microbiologie à l’IBFA

• 1) La recherche : 2 laboratoires

Le LME (EA956 / USC2017 INRA) : Microbiologie de

l’Environnement (~25 personnes dont 10 EC); direction Y.
Auffray.

Le MILA ( EA 3213) : Micro-organismes d’Intérêt Laitier et

Alimentaire ( ~15 personnes dont 5 EC); direction J.P. Vernoux.
 La Microbiologie à l’IBFA

2) L’enseignement
-1 module en L2 (UE 310)
-1 parcours dès le L3 (UE 507 et 610)
-Poursuite du parcours en M1 (UE 714,721, 785, 825,
830, 831, 832)
-1 parcours en M2R Biologie Cellulaire (ancien parcours
DEA)
-1 parcours en M2 Pro « Alibiocaen » (ancien parcours
DESS)
 Organisation et contenu de l’UE 310
Jeudi 02/10/08 : Y. Auffray (intro.,
domaines de la microbiologie, un
peu d’historique)
Jeudi 09/10/08 : A. Benachour
(biodiversité du monde microbien)
Jeudi 16/10/08 : A. Rincé (les bacté-
riophages (intérêt et applications)
Jeudi 23/10/08 : A. Hartke micro-
organismes et production
d’énergie)
Jeudi 30/10/08 : J.C. Giard (vaccins
et vaccinations)
Vendredi 31/10/08 : Y. Auffray (la
microflore du corps humain)
Jeudi 06/11/08 : V. Pichereau
(micro-organismes et agronomie)
Jeudi 13/11/08 : A. Hartke (OGM)
Vendredi 14/11/08 : Y. Auffray
( les infections nosocomiales)
Jeudi 20/11/08 : Y. Auffray (la
résistance aux antibiotiques)
Vendredi 21 et jeudi 27/11/08 : M.
Guegen (le fromage : du lait au
consommateur)
Vendredi 28/11/08 : Y. Auffray ( le
microbiote intestinal, prébiotiques
et probiotiques)
Les micro-organismes constituent un
ensemble important et diversifié
d’organismes microscopiques existant
en tant que cellule seule ou en groupe.
a) Bactéries pourpres (pigment de la famille des
caroténoîdes)
ex: Rhodospirillum rubrum
b) Cyanobactéries (premières formes à produire de
l’oxygène)
c) Efflorescence de bactéries pourpres dans un lac
d) Photobacterium leignathi (cellules
bioluminescentes en boîte de Pétri)
Les micro-organismes existent sur la
terre depuis des milliards d’années
Microfossiles procaryotes dans des roches âgées de 3,45 milliards
d’années.
La flèche indique des bactéries en bâtonnet attachés à des
particules minérales
Stromatolites anciens et
actuels
(tapis microbiens aux formes
diverses)
a) 3,5 milliards d’années
b) 1,6 milliards d’années
c) actuels, en région tropicale
d) actuels, dans une source
chaude du P.N. Yellowstone
(structures de 2 cm de haut)
e) actuels, en Australie
(structures de 0,5 à 1 m de
diamètre)
Les micro-organismes et leur
environnement naturel
Habitats microbiens en Antarctique
a) Carotte d’eau congelée de 8 cm de
diamètre
b) Micro-organismes photosynthétiques
observés au microscope à contraste de
phase
c) Micro-organismes aérobies et
anaérobies colonisant la surface d’un
lac gelé toute l’année sur une
épaisseur de 5 m environ
Cyanobactéries thermophiles
d’une source chaude du parc
national de Yellowstone
(70/74°C)
a) Communauté microbienne dans les profondeurs d’un lac
b) Communauté microbienne dans des eaux d’assainissement
après colorations spécifiques
Biofilms bactériens
a) coupe transversale d’un
biofilm expérimental de
Pseudomonas aeruginosa
b) biofilm naturel à la surface
d’une feuille
c) biofim de bactéries ferro-
oxydantes sur la surface de
roches riches en fer (les
bactéries utilisent le Fe2+
abondant dans l’eau
comme source d’énergie et
l’oxydent en Fe3+
Biofims.
a) formation d’un biofilm
bactérien
b) image en microscopie en
fluorescence d’un biofilm
formé sur un tube d’acier
Impact des micro-
organismes sur les
activités humaines
Taux de mortalité des 10 principales causes de décès au USA de 1900 à 2000
(maladies microbiennes en rouge et non microbiennes en vert)
Les micro-organismes et l’agriculture
Fixation de l’azote
atmosphérique
Nodules racinaires du Soja
se développant suite à
l’infection par
Bradyrhizobium japonicum
Effets de la nodulation sur la croissance des plantes.
Plants de soja inoculés par B. japonicum (à droite) et non inoculés
(à gauche) dans un sol pauvre en azote.
Tumeur végétale sur une
plante de tabac, provoquée par
Agrobacterium tumefaciens
(maladie du crown gall ou galle
du collet).
Les micro-organismes et les
aliments
Exemples d’aliments produits ou améliorés par
des fermentations microbiennes
Les micro-organismes, l’énergie et
l’environnement
Biodégradation du pétrole.
Dans ces réservoirs remplis d’hydrocarbures, se
développent, à l’interface eau/hydrocarbure d’importantes
quantités de micro-organismes qui vont oxyder celui-ci
Lixiviation de minerais à faible
teneur en cuivre à l’aide de
bactéries (Acidithiobacillus
ferrooxydans)
a) terril arrosé par une solution acide
b) récupération de l’eau acide très
riche en cuivre dissous
c) procédé de précipitation du cuivre à
l’aide de copeaux de fer
d) petits tas de cuivre métal récupérés
Biolixiviation de l’or.
Réservoirs contenant un mélange d’Acidithiobacillus
ferrooydans, Acidithiobacillus thiooxydans et Leptospirillum
ferrooxydans et de minérai formé de pyrite, d’arsenic et d’or.
Quel est l’avenir de la microbiologie!!?
• Recherches sur les nouvelles maladies infectieuses
• Mise au point de nouveaux médicaments, de nouveaux vaccins
• Recherche des liens pouvant exister entre maladies infectieuses et maladies
chroniques
• Etudier les relations entre la résistance de l’hôte vis-à-vis de l’agent pathogène
• Renforcer les connaissances sur l’utilisation industrielle des micro-organismes
dans les secteurs de l’alimentation, de l’environnement et de la santé
• Poursuivre les recherches dans le domaine de la biodiversité microbienne
• Mieux connaître les biofilms
• Accroître le nombre de génomes bactériens séquencés et développer leur analyse
• Mieux connaître les relations symbiotiques existant avec les organismes
« supérieurs »
• Poursuivre les recherches fondamentales chez les micro-organismes
• Evaluer au mieux les impacts >o et <o de ces recherches sur la société
a) Dessin du premier microscope utilisé par
R. Hooke en 1664.
b) Dessin du premier micro-organisme
observé par R. Hooke (moisissure colorée
en bleu se développant à la surface du
cuir. Les structures rondes (sporanges),
contiennent les spores de la moisissure.
Le microscope de van Leeuwenhoek.
a) Photo d’une réplique
b) Dessins des premières bactéries publiés
en 1684
c) Observation d’une goutte de sang
humain (hématies clairement visibles).
Expériences de Pasteur (1864)
utilisant les flacons à col de
cygne.
a) stérilisation du contenu du
flacon,
b) pas de croissance de
« microbes » si le flacon est
maintenu droit,
c) croissance de « microbes »
contenus dans le col du flacon et
contaminant le liquide stérile
Etablissement du lien entre agent pathogène et maladie (théorie des
germes de R. Koch).
Quelques dates repères concernant la microbiologie.