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Las enzimas son catalizadores capaces de llevar a cabo una reacción de catalización en condiciones fisiológicas.
Pueden acelerar espectacularmente la velocidad de reacciones químicas específicas y funcionan en
condiciones muy suaves de temperatura y pH. (El pH determina la estructura de las enzimas puesto que son
proteínas -menos las ribozimas, moléculas de ARN catalíticas- cuyos aminoácidos pueden tener distintas
cargas en función de los cambios de pH).
¿Qué se necesita?
- Capacidad de transformar un número limitado de sustratos en un alto número de productos.
- Capacidad de elaborar rápidamente productos según son necesarios y eliminar los sobrantes.
- Capacidad de percibir el medio externo y responder adecuadamente.
La solución celular:
- Englobar todos los compuestos en una membrana que controla sus interacciones.
-Colocar un elevado número de enzimas que realicen la transformación de sustratos específicos en productos
específicos de una manera muy eficaz.
- Coordinar adecuadamente todas las rutas.
Propiedades:
Clasificación:
Las enzimas tienen el nombre del sustrato terminado en -asa y el nombre sistemático es la descripción detallada
de la reacción. Podemos encontrar:
Sitio o centro activo.
El centro activo, lugar determinado en la estructura primaria de la proteína, es un sitio de unión del sustrato
(molécula fijada sobre la que actúa el enzima). La superficie del sitio activo está revestida con residuos
aminoácidos con grupos sustituyentes que se unen al sustrato y catalizan su transformación química
(contribuyen a la formación o rotura de enlaces). Es una porción pequeña de la proteína y normalmente está
formado por aminoácidos no adyacentes.
La histidina, suelta y capta protones a pH fisiológico, lo que hace que suelan encontrarse en el centro activo
de las enzimas. Es capaz de ceder o captar ese protón, siendo muy importante para localizar el sustrato y
orientarlo como para llevar a cabo la reacción. La serina es importante porque es capaz de llevar a cabo un
ataque ácido-base.
La catálisis enzimática de las reacciones es esencial para los sistemas vivos. Las reacciones necesarias para
digerir alimentos, enviar señales nerviosas o contraer el músculo no se dan a una velocidad útil sin catálisis. Un
enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente específico dentro del cual una reacción pueda
transcurrir a mucha velocidad.
Concentración de la enzima
Concentración del sustrato
Temperatura, pH, fuerza iónica: son elementos que afectan directamente a la estructura
tridimensional de las proteínas. Ej. Taq-polimerasa, que es una enzima que soporta grandes temperaturas
sin desnaturalizarse y se usa en PCRs.
Cofactores
Algunas enzimas no requieren más grupos químicos que los aminoácidos, pero otros sí: el cofactor; que pueden
ser iones inorgánicos o una molécula orgánica o metaloorgánica compleja: coenzima (actúa como transportador
transitorio de grupos funcionales específicos).
Una coenzima o ión metálico unido covalentemente a la proteína enzimática se llama grupo prostético. Un
enzima completo y catalíticamente activo junto con su coenzima y/o iones metálicos es una holoenzima. La
parte proteica del enzima es la apoenzima.
Termodinámica y cinética.
El estado de transición es un momento molecular fugaz en el que acontecimientos tales como rotura o
formación de enlaces y desarrollo de cargas han llegado al instante preciso en el que el colapso hacia sustrato o
hacia producto es igualmente probable. Aunque en una reacción favorable no se necesite aporte energético, sí
se necesita la energía de activación; que es la diferencia de energía entre el estado basal y el estado de
transición. Las enzimas ayudan a que el sustrato pueda llevar a cabo la reacción y convertirse en producto y para
ello no actúa sobre el equilibrio (espontaneidad) si no sobre esta energía de activación. No modifican la
variación de energía libre. Catalizan reacciones termodinámicamente posibles.
Cualquier reacción puede consistir en varias etapas que suponen la formación y desintegración de especies
químicas transitorias denominadas intermedios de reacción (cualquier especie producida en el transcurso de la
reacción que tenga un tiempo de vida químico finito).
El incremento de velocidad y la energía que hace bajar la energía de activación se deben a dos razones. La
primera se basa en las reordenaciones de los enlaces covalentes durante una reacción catalizada por un
enzima. Entre sustratos y grupos funcionales de los enzimas tienen lugar reacciones químicas de muchos tipos.
Los grupos funcionales catalíticos de los enzimas pueden formar enlaces covalentes transitorios con un
sustrato, activándolo para la reacción, o bien puede transferirse transitoriamente un grupo del sustrato al enzima.
En muchos casos, estas reacciones sólo tienen lugar en el sitio activo del enzima. Las interacciones covalentes
entre enzimas y sustratos hacen disminuir la Ea, proporcionando un camino de reacción alternativo y de
menor energía. Por otra parte, las enzimas disminuyen la energía de activación gracias a numerosas
interacciones NO covalentes entre enzima-sustrato. Estas interacciones débiles son puentes de hidrógeno
e interacciones iónicas e hidrofóbicas. La creación de estas uniones no covalentes en el complejo ES produce la
liberación de una pequeña cantidad de energía libre (energía de unión o fijación) que baja la Ea. Lo hacen
gracias a que se disminuye la entropía (se coloca el sustrato y se disminuye el desorden). La misma energía de
fijación que aporta energía para la catálisis también hace que el enzima sea específico. La especificidad se Commented [DC1]: Poner de forma esquemática
refiere a la capacidad de un enzima de discriminar entre un sustrato y una molécula competitiva. Si el sitio activo
de un enzima tiene grupos funcionales ordenados de manera óptima para formar una seria de interacciones
débiles con un sustrato determinado en el estado de transición, el enzima no podrá interaccionar tan bien con
ningún otro sustrato. En general, la especificidad proviene de la formación de múltiples interacciones débiles
entre el enzima y su molécula de sustrato específica.
La energía de activación proviene de las interacciones débiles eph, hidrofobias, iónicas…, al igual que la fuerza
de unión, que intervienen en la especificidad y catálisis,
siendo óptimas en el estado de transición. Commented [DC2]: Cambiar foto por la nueva
1. Aproximación del sustrato y orientación. (Además secuestro del sustrato → eliminación capa solvatación).
Reducción de la entropía y de la libertad de movimiento.
Una gran restricción en los movimientos relativos de los dos sustratos que han de reaccionar o reducción de
entropía, es uno de los beneficios obvios de su fijación al enzima. La energía de fijación mantiene los sustratos
en la orientación correcta para reaccionar, lo que es una contribución muy importante a la catálisis. Los
sustratos se pueden alinear sobre el enzima de forma precisa, generando un gran número de interacciones
débiles entre ellos y grupos localizados en el enzima, lo que mantiene las moléculas de sustrato en las
posiciones adecuadas. La restricción del movimiento de dos reactivos puede producir incrementos de
velocidad de muchos órdenes de magnitud.
Por otro lado, la formación de enlaces débiles entre enzima y sustrato también da lugar a la desolvatación
del sustrato. Reemplazan la mayoría de los enlaces de hidrógeno que puedan existir en disolución entre el
sustrato y el agua.
La energía de fijación del estado de transición ayuda a compensar termodinámicamente cualquier distorsión,
principalmente en forma de redistribución electrónica. El propio enzima puede experimentar un cambio
conformacional cuando se fija al sustrato, también inducido por múltiples interacciones débiles con el sustrato.
(Encaje inducido).
Existen formas adicionales de catálisis, no basadas en la energía de fijación. Una vez unido el sustrato al
enzima, grupos funcionales catalíticos situados adecuadamente colaboran en la rotura o formación de enlaces
mediante diversos mecanismos.
1.- Catálisis por iones metálicos. Se forman interacciones iónicas entre un metal fijado al enzima y el sustrato
que pueden ayudar a orientar un sustrato para que reaccione o estabilizar estados de transición que estén
cargados. También facilitan reacciones de oxidación-reducción mediante cambios reversibles en el estado de
oxidación del ión metálico. Casi una tercera parte de los enzimas conocidos requieren uno o más iones metálicos
para su actividad catalítica. Commented [DC3]: Poner forma esquemática
2.- Catálisis ácido-base: En muchas reacciones aparecen intermedios cargados inestables que se descomponen Commented [DC4]: Añadir aminoácidos involucrados en la
catalsisi acdio base general diapo 26
en sus especies reactivas constituyentes, impidiendo así la reacción. Los intermedios cargados se estabilizan
transfiriendo protones (el enzima transfiere protones, por ello en el sitio catalítico habrá grupo R que son
buenos dadores o aceptores de protones. Ej. histidina) formando una especie que se descompone más
fácilmente en productos. En las reacciones no enzimáticas, esta transferencia puede usar los constituyentes del
agua, dadores o aceptores débiles de 𝐻 + . La catálisis que sólo usa 𝐻 + u 𝑂𝐻 − del agua se llama ácida o básica
específica. Por su parte, la catálisis ácido-base general se refiere a transferencias de 𝐻+ facilitadas por otras
moléculas.
3.- Catálisis covalente. Algunos enzimas se unen al sustrato para
dar intermediarios covalentes inestables.
3. CINÉTICA ENZIMÁTICA.
La velocidad de una reacción catalizada depende de la concentración de sustrato [S] cuyo estudio es
complicado puesto que varía durante la reacción, la [E] y las condiciones de la reacción (pH, temperatura y
fuerza iónica, es decir, el tampón en el que nos encontremos). Una aproximación para simplificar la cinética
consiste en medir la variación de [S] sobre la 𝑉0 .
La mayoría de las enzimas describen una ecuación de velocidad de orden 1 al principio; hasta llegar a la mitad
de la velocidad máxima, pero luego pasan a una ecuación de velocidad de orden 0 en la que la velocidad es
independiente de la concentración de sustrato. La velocidad máxima solo dependerá de la [E]. Pero la afinidad
entre el sustrato y el enzima no dependerá de la [E].
2.- El segundo paso es irreversible y lento. Es la fase limitante y permite determinar la ecuación. Se consideran
velocidades iniciales porque así se considera que la concentración de producto sea muy baja pudiendo
ignorarse la constante k-2.
3.- E y ES son las únicas formas del enzima. Podría haber EP, pero como estamos a velocidades iniciales,
pues obviamos el producto (se supone que hay muy poco).
4.- Se considera que la concentración de enzima es mucho menor que la de sustrato. Si hay mucho sustrato
(condición explicada anteriormente), todo el enzima estará unido al sustrato (máxima actividad enzimática) y se
podrán alcanzar las condiciones de velocidad máxima. E<<S
Unidad de actividad enzimática:1 U = cantidad enzima que transforma un µmol de sustrato/ minuto, a 25ºC
y en condiciones óptimas de medida (pH, presencia de cofactores…)
Actividad especifica: numero de U enzima/mg de proteína Medida de la pureza del preparado enzimático.
- [E].
- [S]. Por eso a distintas concentraciones se obtienen distintas velocidades INICIALES.
- Temperatura, pH, fuerza iónica. La temperatura para proteger y mantener la estructura nativa. Se producen
chaperonas.
- Cofactores.
Las enzimas pueden tener pH óptimo muy distintos. Existen órganos o sistemas como el digestivo que necesitan
enzimas capaces de actuar a pH mucho más ácidos puesto que el medio es ácido.
4. INHIBICIÓN ENZIMÁTICA.
Los inhibidores son moléculas que interfieren en la catálisis. Disminuyen la velocidad de reacción o detienen las
reacciones enzimáticas. Podemos encontrar varios tipos de inhibición.
Inhibición irreversible. Combinaciones o destrucciones de un grupo esencial del enzima. Es una unión
covalente con el enzima haciendo que éste sea inactivo. No hay equilibrio de asociación/disociación del
complejo EI y no desaparece (la inhibición) al quitar el inhibidor (a veces se denominan "inhibidores suicidas").
Inhibición reversible. El inhibidor se une al enzima de forma no covalente y hay un equilibrio
asociación/disociación del complejo. Desaparece cuando se quita.
Inhibidores irreversibles
- El cianuro; actúa como veneno porque reacciona con los iones metálicos.
- El di-isopropilo de fluorofosfato; inhibidor de la Quimotripsina.
- Paratión, Gas mostaza, etc.; inhibidores de la acetilcolinesterasa.
- Penicilina, Amoxicilina (antibióticos beta-lactámicos); inhibidores de la Transpeptidasa. Se toma con
clavulánico para inhibir las beta-lactamasas que han desarrollado las bacterias.
- Inhibidores de Proteasa del VIH: Indinavir, Nelfinavir y Lopinavir.
¿Cómo funcionan las penicilinas? Para formarse el péptidoglicano, una transpeptidasa ayuda a que se
formen esos péptidos. Lo que ocurre es que las penicilinas tienen una estructura donde pueden engañar a la
transpeptidasa, secuestrarla y que no pueda fabricar el peptidoglucano; las bacterias no tienen pared y así pues:
no tengo bacterias.
Luego nos encontramos que las bacterias han desarrollado enzimas; las 𝜷-lactamasas. La bacteria bloquea el
anillo 𝛽 -lactamático de las penicilinas, de modo que no puedan secuestrar a la transpeptidasa. Para afrontar a las
bacterias, se ha desarrollado un modo de secuestrar a la enzima 𝛽 -lactamasa y dejar que las penicilinas sigan
secuestrando a la transpeptidasa, con el clavulánico.
¿Cómo funcionan los inhibidores de las proteasas? La proteasa rompe proteínas. La proteasa del virus no
actuará mediante la inhibición con inhibidores como indinavir, lopinavir…
Inhibición reversible
Competitiva. El inhibidor compite con el sustrato por el centro activo del enzima. Mientras el inhibidor ocupa
el sitio activo impide la fijación del sustrato al enzima. La inhibición dependerá de la concentración de sustrato e
inhibidor y también de las afinidades relativas. Tanto el sustrato como el inhibidor se unen en la misma zona del
centro activo del enzima. La Ki será la constante del complejo Enzima-Inhibidor. En presencia de un inhibidor
competitivo, la ecuación de Michaelis-Menten pasa a ser:
𝑉 [𝑆] [𝐼] [𝐸][𝐼]
𝑉0 = 𝛼𝐾𝑚á𝑥+[𝑆] , donde 𝛼 = 1 + 𝐾 y 𝐾𝐼 = [𝐸𝐼]
𝑚 𝐼
NOTA: αKm es lo mismo que decir Km aparente o Km’. α será el valor que relaciona Km y Km aparente, lo
deberemos hallar. Km(ap)=αKm.
Acompetitiva. El inhibidor se fija a un sitio distinto del que se fija el sustrato en el sitio activo. Se une al
complejo ES. Vmax variará, a diferencia de la competitiva, por lo que habrá una Vmax aparente. 𝑉𝑚á𝑥 y 𝐾𝑚
aparente disminuyen pero en la misma proporción debido a que la [𝑆] necesaria para alcanzar la mitad de la
𝑉𝑚á𝑥 disminuye en un factor 𝛼′, por ello las líneas son paralelas. La ecuación de Michaelis-Menten cambia a:
𝑉𝑚á𝑥 [𝑆]
𝑉0 =
𝐾𝑚 + 𝛼 ′ [𝑆]
Mixta. El inhibidor se puede unir tanto al enzima como al complejo ES. La 𝑉𝑚á𝑥 aumenta mientras que la 𝐾𝑚
disminuye (en la acompetitiva, la Vmax aumentaba y la Km también). Aquí también habrá Vmax y Km aparente.
La ecuación de velocidad que describe a la inhibición mixta es:
𝑉𝑚á𝑥 [𝑆]
𝑉0 =
𝛼𝐾𝑚 +𝛼′ [𝑆]
Inhibición no competitiva.
- La regulación alostérica puede permitir un control más fino de las rutas metabólicas que se requieren
de modo continuado pero a distintos niveles de actividad (según las condiciones celulares). Las enzimas
se activan o se desactivan según se necesite que se realice una ruta metabólica u otra mediante un
modulador (se ve después).
- La regulación por modificación covalente reversible (la más importante es la fosforilación que se da
en la serina, treonina y tirosina). También puede ser del tipo todo o nada regulación por
modificación covalente irreversible (roturas proteolíticas). El enzima comienza a actuar en un
momento determinado. Podemos tener el enzima inactivo y cuando corto o modifico una parte, la
enzima puede actuar.
- Algunos enzimas son estimulados o inhibidos cuando se unen a proteínas reguladoras (según el tipo
de proteína habrá un efecto positivo o negativo) separadas. Se unen a las proteínas pudiendo actuar o no.
Parecido a la regulación alostérica.
Enzimas alostéricos.
Los moduladores o efectores pueden ser activadores (efector positivo) o inhibidores (efector negativo, NO
CONFUNDIR CON LOS INHIBIDORES VISTOS ANTERIORMENTE). Lo que ocurre es que los
moduladores, cuando llegan a los centros alostéricos producen un cambio conformacional en la proteína, de tal
manera que pueda tener más accesibilidad el sustrato al centro activo (como la hemoglobina). Va a cambiar la
afinidad al sustrato en función de que vaya el activador o el inhibidor. La proteína pasa a tener una cinética
"Sigmodial". Fundamental en las rutas metabólicas.
Retroalimentación negativa: el producto de la ruta, suele ser el inhibidor de la enzima del comienzo de la ruta.
Estos inhibidores se diferencian de los otros en que es necesario que se produzca un cambio conformacional,
produciendo un cambio en la afinidad.
Ejemplo: Varias enzimas que tienen regulación alostérica. Suelen ser reguladores los primeros de la ruta, los
últimos o los que se encuentran en pasos de importancia. Por ejemplo, la piruvato kinasa, se desactiva cuando
hay mucho nivel de ATP o Acetil CoA para que no se forme más piruvato en la glicólisis.
Cuando se tiene poca cantidad de sustrato, se comporta como una cinética de baja afinidad, y al contrario con
mucha cantidad de sustrato. (Las líneas de arriba y abajo representan las cinética michaeliana de mucha y poca
afinidad).