Sunteți pe pagina 1din 16

GRAFICA COMPUTERIZATĂ FOLOSITĂ LA OBŢINEREA

MODELULUI 3D AL ARTICULAŢIEI GLEZNEI

STUDENTI : BUCUR CRISTIAN, BUICA RAZVAN

AN 3, INFORMATICA, UTM
1. INTRODUCERE

Reprezentarea tridimensională a suprafeţelor anatomice oferă o


metodă de investigare medicală valoroasă. Imagini ale acestor
suprafeţe, constituie pe baza planelor multiple bidimensionale rezultate
prin tomografie computerizată, rezonanţă magnetică, respectiv
tomografie computerizată cu emisie de fotoni, ajută medicii să
stabilească un diagnostic corect pe baza imaginilor redate de
echipamente sub formă 2D. Interpretarea imaginilor medicale
bidimensionale necesită cunoştinţe speciale şi experienţa specialiştilor
care trebuie să colaboreze şi să comunice interpretările lor medicilor
care vor aplica tratamentul. În multe cazuri, există dificultăţi în
interpretarea şi imaginarea structurilor tridimensionale reale pe baza
imaginilor 2D furnizate de echipamentele de investigaţie medicală.
Tomografia computerizată furnizează imagini ce reprezintă
atenuarea radiaţiilor X în ţesuturile vii. Imaginile sunt achiziţionate ca
o succesiune de plane paralele care, interpretate împreună, reprezintă o
distribuţie tridimensională bazată pe aprecierea densităţii relative a
ţesuturilor. Astfel, poate fi investigată structura internă a corpului,
indiferent că este urmărit aparatul osos sau ţesuturile moi.
Rezonanţa magnetică furnizează un contrast foarte bun între
varietăţile de ţesuturi moi investigate. Rezonanţa magnetică măsoară
trei proprietăţi fizice. O proprietate este distribuţia nucleilor de
hidrogen mobili care furnizează structura de ansamblu a planului de
informaţie. Cele două proprietăţi măsoară timpul de relaxare al
nucleilor, obţinându-se astfel diferenţa între diferitele tipuri de ţesuturi.
Tomografia computerizată cu emisie de fotoni măsoară emisia de
radiaţii gamma. Sursa acestor raze este un radioizotop introdus în corp.
Pe lângă structură, acest tip de investigaţie imagistică poate semnala
prezenţa sângelui în structura organului, cu o acurateţe mai mare decât
tomografia computerizată.

2. PRINCIPIUL SI ETAPELE SOLUŢIEI PROPUSE

Soluţia propusă se bazează pe un ansamblu de metode ce includ


tehnici specifice analizei şi prelucrării de imagini, extragerii de
informaţie utilă din acesta, reprezentării cu ajutorul graficii 3D a
modelului construit pe baza informaţiilor utile extrase şi manipularea
modelului obţinut în scopuri asociate studiului sau prelucrării
ulterioare. Tehnicile de obţinere şi prelucrare a modelului 3D se
bazează pe tomograme (felii 2D) obţinute de la un tomograf
computerizat şi pe un program de imagistică medicală (Mimics 8.1).
Figura 1 Metodologia de modelare 3D a sistemului
anatomic gleznă – picior.
Metodologia de modelare tridimensională a sistemului anatomic
gleznă-picior (figura 1) cuprinde trei etape majore, şi anume:
1. citirea şi procesarea datelor de intrare;
2. segmentarea datelor de intrare, identificarea automată a obiectelor
din imagini (utile atunci când se doreşte detectarea şi punerea în
evidenţă a unor zone de interes);
3. reconstrucţia tridimensională a modelelor anatomice;

3. MODUL DE DESFĂŞURARE AL LUCRĂRII

3.1 Citirea şi procesarea datelor de intrare

Prima etapă a acestei lucrări este aceea de citire şi procesare a datelor


de intrare ale procesorului, reprezentate de fişierele conţinând
tomogramele rezultate în urma analizelor specifice, cu ajutorul unui
program de imagistică medicală. Tomogramele, în număr de 73, aparţin
unui subiect uman de sex masculin cu vârsta de 27 ani şi masa de 84
kg, fiind furnizate de la un Computer Tomograf Somatom Emotion 6,
de producţie Siemens, din cadrul Policlinicii de Diagnostic Rapid
Braşov. Ca variabile de intrare se furnizează numărul de fişiere de citit
(73), dimensiunea lor în pixeli (512  512 pixeli), distanţa dintre ele
(1mm) şi tipul lor ( JPEG) (figura 2).

Figura 2 Succesiunea celor 73 de imagini 2D (tomograme)


ale sistemului gleznă-picior achiziţionate de Computer-ul
Tomograf Somatom Emotion 6.
Figura 3 Planele de lucru în programul de imagistică
medicală MIMICS: a) planul frontal; b) planul sagital; c)
planul transversal.

După citire, toate imaginile în format JPEG sunt afişate în trei vederi.
Prima vedere afişează secţiunile imaginilor importate în planul xoz
(planul frontal) (figura 3, a), a doua vedere afişează secţiunile
imaginilor importate în planul yoz (planul sagital) (figura 3, b) iar cea
dea treia vedere afişează imaginile aşa cum ele au fost importate în
planul xoy (planul transversal) (figura 3, c).

3.2 Segmentare datelor de intrare

Segmentarea reprezintă o categorie de tehnici de prelucrare a


imaginilor ce permit extragerea din contextul imaginii a unor elemente
de interes în scopul analizei ulterioare şi, eventual, al clasificării lor.
Extragerea contururilor este o etapă necesară pentru a realiza
caracterizarea regiunilor din imagine în vederea identificării obiectelor
de interes. În plus această operaţie asigură o reducere importantă a
volumului de informaţie de la sute de mii sau milioane de pixeli, la mii
de puncte de contur. În cadrul procesului de segmentare se pot aplica
două strategii majore:
1. Detecţia conturului – sunt depistate zonele cu variaţii bruşte ale
muchiilor, prin a căror unire se construieşte conturul obiectului ce
trebuie delimitat (de exemplu, ţesutul osos);
2. Detecţia regiunilor omogene (valoarea de prag)– sunt depistate
zonele cu proprietăţi uniforme, prin a căror analiză, se obţine
porţiunea corespunzătoare de imagine ocupată de obiectul
cercetat (zona cu valori apropiate ale densităţii, ceea ce
corespunde unui anumit ţesut).

Figura 4 Diagrama procedeului de detecţie a regiunilor


omogene, prin care se setează o valoare minimă de 1628 şi
una maximă de 3056 UH.

Tehnica folosită pentru realizarea segmentării în cazul de faţă este


cea a „valorii de prag”. Toate elementele prezentate într-o secţiune sunt
reprezentate prin pixeli care, fiecare, au o anumită valoare pe o „scară
de niveluri de gri”. Această tehnică se foloseşte la determinarea zonei
de interes (fie ţesutul moale fie ţesutul osos.)
Pentru determinarea ţesutului osos s-a ales, pe „scara de niveluri de
gri”, un interval cuprins între valoarea minimă de 1628 unităţi
Hounsfield şi valoarea maximă de 3056 unităţi Hounsfield1 (UH).
Valoarea de 1576 UH reprezintă valoarea sub care începe ţesutul moale
al sistemului anatomic interesat. (figura 4). Selectarea corectă a
valorilor de prag joacă un rol important în acurateţea modelului ce
urmează a fi generat. Dacă valoarea de prag este prea mare, atunci
ţesutul osos va fi neglijat, iar dacă valoare de prag este prea mică, atunci
la generarea modelului anatomic 3D vor apărea zone nedorite ale
ţesutului moale.
Pentru obţinerea individuală a modelelor 3D ale principalelor oase,
ce intră în componenţa sistemului gleznă – picior, a fost nevoie de
aplicarea procedeului de segmentare pentru fiecare componentă în
parte, şi obţinere implicită a trei măşti de culori diferite, atribuite
fiecărui element în parte, respectiv: culoarea roşie este atribuită
peroneului, albastru pentru tibie şi galben pentru talus, calcaneu, oasele
tarsiene şi metatarsiene (figura 5).

1
Scala Hounsfield a fost inventată în anul 1972 de către Godfrey Newbold Hounsfield. Unitatea Hounsfield
(UH) se defineşte ca fiind 1/1000 din diferenţa de densitate dintre apă şi aer sau 1/1000 din diferenţa de densitate
dintre aer şi compacta osoasă. Se foloseşte pentru evaluarea cantitativă a pixelilor din imaginile generate de un
computer tomograf. Dicţionarul explicit al limbii engleze „The Cassell Concise Dictionary”, Editura Cassell,
Londra, Anglia, 1997.
a) b)
Figura 5 Atribuirea măştilor pentru oasele principale ale
sistemului gleznă – picior în urma procesului de segmentare:
a) vedere în plan sagital; b) vedere în plan frontal.

O problemă majoră întâlnită în acest caz a fost delimitarea corectă şi


completă a volumelor interesate. Analiza a fost influenţată de prezenţa
artefactelor (semnale eronate), recepţionare de tomograf în timpul
scanării. Aceste artefacte s-au datorat deplasării subiectului uman în
timpul scanării. Pentru înlăturarea acestor erori s-a apelat la o serie de
instrumente de editare a imaginilor, puse la dispoziţie de modulul
MIMICS.

3.3 Reprezentarea 3D a articulaţiei gleznei


După ce s-a realizat segmentarea completă şi corectă la nivelul
fiecărei secţiuni, se trece la reconstrucţia tridimensională a modelelor
anatomice interesate. Prin setarea corectă a valorilor de prag, toţi pixelii
aflaţi în acest interval vor fi asimilaţi unei măşti de o anumită culoare.
Masca are rolul de a crea modele 3D separate ale aceleaşi zone de
interes.
În timpul procesului de reconstrucţie 3D, fiecare pixel al măştilor
formate este convertit într-un voxel2. Mărimea fiecărui voxel depinde
de distanţa de scanare dintre imagini.
Principala problemă întâmpinată a fost realizarea unei interpolări
între secţiunile realizate de tomograf. Modelul anatomic realizat,
plecând de la aceste tomograme 2D, fără a fi interpolate între ele,
prezintă o suprafaţă rugoasă, cu salturi abrupte pe toate cele trei direcţii
X, Y şi Z (este prezent aşa zisul „efect de scară”, mărimea saltului sau
„treapta” fiind egală cu distanţa dintre două secţiuni consecutive pe
direcţia Z şi cu mărimea pixelului pe direcţiile X şi Y ). După cum se
observă, modelul este sărac în detalii şi există posibilitatea ca el să
furnizeze informaţii virtuale şi tactile greşite. Figura 6 prezintă un
asemenea model pe suprafaţa căruia efectul de scară este foarte vizibil.

Figura 6 Modelul 3D al sistemului gleznă – picior cu efect


de scară.
Marele avantaj al utilizării al modulului CT-Modeler este faptul că,
poate să realizeze interpolarea secţiunilor folosind un algoritm de
2
Voxel-ul reprezintă unitatea grafică de volum constituentă a unei imagini care defineşte un punct într-un spaţiu tridimensional. Fiecare axă
a spaţiului 3D corespunde poziţiei, culorii şi densităţii punctului definit. Dicţionarul explicit al limbii engleze „The Cassell Concise Dictionary”,
Editura Cassell, Londra, Anglia, 1997.
prelucrare tip „cub” (figura 7). Practic acest program de imagistică
medicală ascunde un aparat matematic foarte complex, iar efectul
procesării imaginilor furnizate de tomograf poate fi vizualizat prin
afişarea modelului tridimensional pe monitorul calculatorului.
Pornind de la setul de tomograme obţinute cu tomograful Somatom
Emotion 6 şi folosind valorile parametrilor de rezoluţie şi netezire
(figura 8), se vor prezenta modelele 3D ale sistemului anatomic gleznă
– picior (figura 9) cât şi modelele 3D ale oaselor principale ce alcătuiesc
acest sistem anatomic interesat (figura 10).

Figura 7 Algoritmul de prelucrare tip „cub” folosit de


modulul CT – Modeler.

Figura 8 Valorile parametrilor folosiţi la obţinerea


modelului anatomic 3D.
În figura 9 sunt prezentate modelele 3D ale sistemului anatomic
gleznă – picior înainte şi după editare. În primă fază, s-a reconstruit
modelul 3D brut al sistemului anatomic folosind valorile parametrilor
reprezentaţi în figura 8. În acest caz, procesul de segmentare a fost
aplicat la nivelul fiecărei secţiuni, în întreaga stivă de imagini
tomografice. Astfel s-a obţinut modelul 3D din figura 9, a. În cel de-al
doilea caz, procesul de segmentare a fost aplicat la nivelul fiecărei
secţiuni, pentru fiecare element component în parte, obţinându-se în
fine câte un model 3D pentru fiecare componentă în parte a sistemului
anatomic gleznă – picior (figura 9, b).
De asemenea, din modelul 3D al sistemului anatomic gleznă –
picior, se pot extrage diferite modelele 3D ale elementelor componente,
care pot fi folosite ulterior pentru diferite operaţii de editare (figura 10).
Modelul 3D al peroneului va fi folosit ulterior pentru obţinerea
modelului virtual al implantului de osteosinteză.
În figura 11 sunt reprezentate modelele 3D ale sistemului anatomic
gleznă – picior în varianta ţesutului moale, respectiv varianta ţesutului
moale şi ţesutul osos. În prima etapă, prin aplicarea procesului de
segmentare pentru toate imaginile tomografice din stivă, având valorile
de prag de minim – 971 şi maxim + 3056 HU, s-a obţinut ţesutul moale
ale sistemului anatomic gleznă – picior. S-a obţinut astfel un al doilea
model (figura 11,a), pe lângă cel al structurii osoase, pentru sistemul
anatomic interesat. Fiecare model 3D este reprezentat în layer-e diferite.
Modulul CT-Modeler dispune de funcţia de transparenţă, care se
poate aplica oricărui model 3D. Prin aplicarea funcţie de transparenţă
şi suprapunerea celor două layer-e, unde sunt localizate cele două
modele principale, s-a obţinut un al treilea model 3D, în care se poate
vizualiza atât ţesutul osos cât şi ţesutul moale al sistemului anatomic
gleznă – picior (figura 11,b). Pentru o mai bună vizualizare, fiecărui
model i s-a asociat o culoare diferită.

a) b)
Figura 9 Reprezentarea 3D a ţesutului osos al sistemului
anatomic gleznă picior: a) înainte de editare; b) după
editare.

a) b)
Figura 10 Reprezentarea 3D: a) a peroneului; b) a tibiei.
a) b)
Figura 11 Sistemul anatomic gleznă – picior în varianta
reprezentării 3D: a) a ţesutului moale; b) a ţesutului osos
împreună cu ţesutul moale;
Bibliografie
1. Naàji A., „Application of Computer Graphics in Biomechanics”,
Vasile Goldis Universitatea de Vest, Arad.
2. Radu C., “Contribuţii la structurarea optimă a tehnologiilor de
Prototipare Rapidă în vederea realizării elementelor specifice de
protezare”, Universitatea Transilvania din Brasov, Romania
2005.
3. Watt A., „3D Computer Graphics”, Addison Wesley, Anglia,
1995.
4. http://www.materialise.com.