VISUALIZACIÓN DE ESTRUCTURAS PROTEICAS EMPLEANDO

EL SWISS PDB VIEWER 2019-1

1. DESCARGANDO UN ARCHIVO DE COORDENADAS PDB

Se empleará la enzima Alcohol Deshidrogenasa. Para descargar las coordenadas de la enzima,

diríjase a la página del Protein Data Bank (www.rcsb.org) que se ilustra en la FIGURA 1. En
buscar (SEARCH) digite (donde indica la flecha roja) el código 1A71. Ya en la nueva ventana
(FIGURA 2), ubique a mano derecha DOWNLOAD FILES, despliegue la ventana y descargue el
archivo PDB File (gz).

FIGURA 1

FIGURA 2

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EL SWISS PDB VIEWER 2019-1

2. DESCARGANDO EL PROGRAMA SWISS PDB VIEWER

Para descargar el Swiss PDB viewer (programa que le permitirá visualizar el archivo) diríjase a
la siguiente dirección: http://spdbv.vital-it.ch/. (FIGURA 3) y de clic en la pestaña de Download
ubicada a mano izquierda. En la página siguiente de clic en I agree and want to download Swiss-
PdbViewer now ...Y luego descárguelo en la versión que desee (Windows, Mac o Linux). Un
archivo denominado SPDBV_4.10_PC.zip o una versión más reciente debe aparecer en su
escritorio, descomprímalo y debe aparecer una carpeta con nombre SPDBV_4.10_PC, de doble
clic sobre el archivo spdbv.exe (Aplicación) y así abrirá el programa.

FIGURA 3

3. ABRIENDO EL ARCHIVO.

Una vez haya instalado el programa y lo haya abierto le debe aparecer una ventana de
herramientas o Menú (FIGURA 4) que permite manipular la estructura. De clic sobre File y luego
Open PDB File… y busque el archivo 1A71.pdb y ábralo, ahora debe visualizar la proteína.
Adicional a la ventana de la FIGURA 4 y la ventana donde se visualiza la estructura (proteica en
este caso) debe aparecer la ventana CONTROL PANEL que da una lista de los aminoácidos y de
las pequeñas moléculas unidas a ella (puede ser el caso del sustrato, producto, cofactor, iones
metálicos, agua o un inhibidor). Si estas ventanas no se abren de clic en el Menú en “WIND” y
habilite la ventana que necesita abrir.

FIGURA 4

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En el panel de control (FIGURA 5) se tiene la posibilidad de esconder residuos en la proteína

(SHOW), cambiar el color del residuo (COL), mostrar la cadena lateral (SIDE), etiquetar el
residuo (LABL), etc.

FIGURA 5.

4. AISLAMIENTO DEL SITIO ACTIVO DE LA ALCOHOL DESHIDROGENASA

La forma más sencilla de aislar el sitio activo de una enzima es localizar una pequeña molécula
unida al sitio activo o encontrar un residuo del sitio activo previamente identificado. Para la
Alcohol Deshidrogenasa localice el cofactor NAD en el “CONTROL PANEL” (Tenga en cuenta que
las moléculas pequeñas unidas a la proteína, se encuentran generalmente entre los aminoácidos
y las moléculas de agua o al final de la lista aminoacídica). De un clic en NAD y cambie el color
a rojo. Centre el NAD en la pantalla con la herramienta “MEDIO” y luego le puede dar “ZOOM”
para ver el sitio activo. Aun así la estructura sigue siendo compleja, por lo tanto ahora se debe
usar la herramienta “CELDA” para simplificar lo que se visualiza dejando solo los residuos
alrededor de un átomo.

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Primero de clic en “CELDA” y de un clic en el C4N del NAD. Luego seleccione “DISPLAY
ONLY GROUPS THAT ARE WITHIN”, digite “6” en la ventana que se abre y de clic en OK.
La estructura ahora muestra únicamente los residuos que están dentro de una celda de 6
Amstrongs del C4N del NAD haciendo la estructura más simple y fácil de trabajar. Algunas
veces se puede visualizar mejor al seleccionar “DISPLAY” y luego “RENDER IN SOLID 3D”.

Se puede restaurar la estructura escogiendo un radio más grande (digitar un valor mayor),
siguiendo el mismo procedimiento con el comando “CELDA”. Para cambiar el color puede darle
en el menú color y luego CPK o en el panel de control “COL” y luego “CANCEL”.

5. EXPLORANDO EL SITIO ACTIVO

5.1 Marcando átomos

Usted puede identificar cualquier átomo en la estructura con solo pasar el Mouse por el átomo
en la pantalla y observando la información tal y como se muestra en la FIGURA 6. Para
identificar y etiquetarlo, emplee la herramienta “MARCAR”. Primero de clic en el icono

“MARCAR” , luego de clic sobre el átomo de interés y aparecerá el nombre que identifica
el átomo.

FIGURA 6

Algunas veces es más fácil identificar el residuo dando clic en la columna “SHOW” en el
“CONTROL PANEL”. En ocasiones la estructura se puede llenar de etiquetas y distancias, para
removerlas vaya al menú “DISPLAY” y selecciones “LABELS” y luego “CLEAR USER
LABELS”.

5.2 Midiendo la distancia entre átomos

Para determinar la distancia entre átomos emplee la herramienta “DISTANCE”. De clic en la
herramienta, luego en el átomo uno y posteriormente en el átomo dos, así la distancia entre los
dos átomos aparece en la estructura.

5.3 Identificación de los puentes de hidrógeno

Para visualizarlos seleccione “COMPUTE H-BONDS” en el menú de herramientas (Tools) y
todos los puentes de hidrogeno aparecerán como líneas verdes punteadas. Los puentes de
hidrogeno se pueden ver o dejar de ver al seleccionar o deseleccionar la opción “SHOW H-
BONDS” en el menú “DISPLAY”.

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EJERCICIO 1.

Descargue el archivo PDB 5l7i.

1. En el panel de control, ¿Que significan las letras A y B antes de cada aminoácido?

2. Muestre una imagen donde solo estén presentes los siguientes aminoácidos de A
ETIQUETADOS: Q477, D473, R400, E518, L522, W281, D384, Y394, F484. Visualícelos
mejor en “RENDER IN SOLID 3D”. Además, que aparezca también el ligando con
un color diferente y etiquetado, ¿cuál es?
3. Para el ligando indique en una tabla: ¿Cuál es su nombre comercial? ¿Su estructura?
¿A qué grupo químico pertenece? ¿Qué otros medicamentos se encuentran disponibles
comercialmente? ¿Para qué está indicado el ligando? ¿Cuál es su blanco molecular?
Explique, el mecanismo de acción a través del cual el ligando ejerce su efecto.
4. Ilustre solo los residuos de A comprendidos entre: GLU 224-VAL253; ALA264-
GLN284; SER313-THR341; SER358-VAL378; LEU405-SER428; ASN446-PHE474;
LEU516-MET532. ¿Cuál es la estructura secundaria estos? Para visualizarlos, en el
panel de control seleccione los grupos de aminoácidos ya indicados en la quinta
columna (ribn). Indique brevemente, basándose en el tipo de blanco molecular, ¿qué
características tienen este tipo de blancos?
5. Muestre una imagen de los residuos de A comprendidos entre PRO57-THR223 y
TRP281-CYS314. REPRESÉNTELA EN FORMA DE RIBBONS. Que representan las
estructuras que forman los aminoácidos comprendidos entre GLU71-LEU73, GLY86-
THR88, LYS133-GLU135, ASP137-LEU141, PRO196-THR200? De igual manera
indique que representan las estructuras que forman los aminoácidos comprendidos
entre ASN184-VAL195 y ASP201-GLU211?.
6. Para la primera sección ilustrada en la pregunta 7 en forma de ribbons, muestre
cuantos puentes disulfuro hay e indique entre que aminoácidos.
7. Muestre una imagen de toda la proteína en forma de cintas “RIBBON” (sin la
presencia de aminoácidos ni cadenas laterales (show, side en el panel de control).
8. Indique en una TABLA, las interacciones (para cada uno de los residuos de la pregunta
1 con los átomos del ligando y entre ellos) y el tipo de interacción que se da. Muestre
la imagen del ligando y sus interacciones. Para las interacciones de tipo puente de
hidrógeno, con el ligando y entre ellos, ilustre la distancia de cada interacción e
indique si el grupo de unión actúa como HBA o HBD.
9. En el estudio los autores reportan que la estructura cristalina de la proteína fue
obtenida a una resolución de 3.3 angstroms. ¿Qué significa esto? ¿Que será mejor un
valor grande o pequeño de resolución? clave: siga este enlace:
http://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/resolution)

EJERCICIO 2.

Descargue los archivos PDB 5l7i, PDB 5KZV y PDB 4O9R.

10. Identifique para cada archivo el ligando.

A continuación, cargue la proteína 5l7i. Luego, y sin cerrar la proteína 5l7i, abra el archivo 5KZV
y luego 4O9R en el visualizador. En la parte superior del panel de control se muestra el código
de la proteína, si se hace clic en esa región se puede cambiar de una proteína a otra.

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Ahora, para cada una de las proteínas 5l7i, 5KZV y 4O9R, muéstrelas en su forma de cintas
(RIBBON), y deje únicamente el ligando en color magenta, el otro en verde y el otro en azul. El
color del ligando lo puede realizar en la sexta columna (colBS) del Panel de control. Elimine
el esqueleto y los residuos, lo puede realizar en la primera y segunda columna -+ show y -+
side del panel de control.

Por último, en el menú de herramientas, siga la siguiente ruta:

Fit → Magic Fit→All atoms

11. Visualíce en “RENDER IN SOLID 3D”. Muestre la imagen que obtuvo y

CONCLUYA en máximo 5 renglones con base en lo observado.

12. Para cada uno de los ligandos de las estructuras proteicas, complete las siguientes
tablas empleando la base de datos indicada y los siguientes softwares online:

a) Empleando la base de datos drugbank (http://www.drugbank.ca/). Complete la tabla 1,

con la información que esté disponible en esta base de datos, para el ligando de 5l7i,
5KZVy 4O9R.

Tabla 1.
Nombre Estructura Peso Formula logP Blanco
ligando molecular molecular (experimental) molecular
(MW)
5l7i
5KZV
4O9R

b) Después de completar la tabla 1 del punto a); en el siguiente software de acceso libre
(Molsoft. (http://molsoft.com/mprop/); dibuje cada estructura y complete la Tabla 2.

Tabla 2.

Nombre #HBA #HBD CLogP PSA Vol No. DLMS1

ligando estereocentros
5l7i
5KZV
4O9R

1 drug-likeness model score

c) Después de completar la tabla 2 del punto b), busque o genere los códigos InchI, InchI
Key y SMILES (puede ser a través de la página de Pubchem: (pubchem.ncbi.nlm.gov)
para cada molécula. Luego, inserte en la ventana del software de acceso libre

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SwissADME (http://www.swissadme.ch); todos los códigos SMILES al mismo tiempo.

Con la información obtenida complete la Tabla 3.

Tabla 3. Información obtenida con el software SwissADME.

Ligando Código InChI InChI Consensus TPSA2 HBD3 HBA4 nRotb5 ALERTA Fraction
SMILES Key LogP1 PAINS Csp3

1 lipofilicidad, 2 superficie de área polar, 3 número de enlaces donadores de hidrógeno, 4

número de enlaces aceptores de hidrógeno, 5 número de enlaces rotables.

d) Por último, con base en la información obtenida y teniendo en cuenta los postulados
de Lipinsky y Veber, y en términos generales Drug-likeness saque una conclusión
comparando la información obtenida para las moléculas. MÁXIMO MEDIA PÁGINA.