Versión: 1

GUÍAS DE TRABAJO ACADÉMICO

Fecha: 29/01/2014

COLEGIO EL MINUTO DE DIOS

Código: PCGA-02-R-04
CIUDAD VERDE

ÁREA DE CIENCIAS NATURALES

“TEMAS: Construcción de un árbol filogenético de primates ”

1. ACTIVIDADES DE AFIANZAMIENTO

En esta actividad, construiremos un árbol filogenético utilizando cinco secuencias

homólogas de ADN de primates. Debido a que las secuencias han sido inventadas,
no podemos deducir ninguna real estimación de la distancia genética; para crear un
significativo árbol filogenético a partir de datos reales se requeriría secuencias
mucho más largas. No obstante, las secuencias ficticias (en Tabla 2) han sido
elegidas para dar una imagen bastante aproximada de las relaciones en los
primates.

Imagen cortesía de Stephan Franz Xaver

Dietl / pixelio.de

Primate Secuencia

Neandertal (n) TGGTCCTGCAGTCCTCTCCTGGCGCCCCGGGCGCGAGCGGTTGTCC

Humano (h) TGGTCCTGCTGTCCTCTCCTGGCGCCCTGGGCGCGAGCGGATGTCC

Chimpancé (c) TGATCCTGCAGTCCTCTTCTGGCGCCCTGGGCGCGTGCGGTTGTCC

Gorila (g) TGGACCTGCAGTCATCTTCTGCCCGCCCGAGCGCTTGCCGATGTCC

Orangután (o) ACAACCTGCACTCCTATTCTGCCGAGCCGGGCGCGTGGCAAAGTCC

Table 2: cinco secuencias de ADN de primates

1. Cuenta el número de diferencias entre cada par de secuencias y anótalo en la Tabla 4.

Esto es fácil de hacer si
comparas cada secuencia una al lado de la otra. Por ejemplo, neandertales y humanos se
diferencian en tres nucleótidos en la secuencia (Tabla 3a), mientras que chimpancés y
gorilas se diferencian en 11 puntos (Tabla 3b).

Neandertal TGGTCCTGCAGTCCTCTCCTGGCGCCCCGGGCGCGAGCGGTTGTCC

Humano TGGTCCTGCTGTCCTCTCCTGGCGCCCTGGGCGCGAGCGGATGTCC

Table 3a: una comparación de las secuencias de neandertal y humano

Chimpancé TGATCCTGCAGTCCTCTTCTGGCGCCCTGGGCGCGTGCGGTTGTCC

Gorila TGGACCTGCAGTCATCTTCTGCCCGCCCGAGCGCTTGCCGATGTCC

Tabla 3b: una comparación de las secuencias de chimpancé y gorila

procedimiento:

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humano TGGTCCTGCTGTCCTCTCCTGGCGCCCTGGGCGCGAGCGGATGTCC
chimpanse TGATCCTGCAGTCCTCTTCTGGCGCCCTGGGCGCGTGCGGTTGTCC

Chimpance TGATCCTGCAGTCCTCTTCTGGCGCCCTGGGCGCGTGCGGTTGTCC
neandertal TGGTCCTGCAGTCCTCTCCTGGCGCCCCGGGCGCGAGCGGTTGTCC

Neandertal TGGTCCTGCAGTCCTCTCCTGGCGCCCCGGGCGCGAGCGGTTGTCC
gorila TGGACCTGCAGTCATCTTCTGCCCGCCCGAGCGCTTGCCGATGTCC

Orangutan ACAACCTGCACTCCTATTCTGCCGAGCCGGGCGCGTGGCAAAGTCC
neandertal TGGTCCTGCAGTCCTCTCCTGGCGCCCCGGGCGCGAGCGGTTGTCC

gorila TGGACCTGCAGTCATCTTCTGCCCGCCCGAGCGCTTGCCGATGTCC
humano TGGTCCTGCTGTCCTCTCCTGGCGCCCTGGGCGCGAGCGGATGTCC

humano TGGTCCTGCTGTCCTCTCCTGGCGCCCTGGGCGCGAGCGGATGTCC
orangutan ACAACCTGCACTCCTATTCTGCCGAGCCGGGCGCGTGGCAAAGTCC

chimpance TGATCCTGCAGTCCTCTTCTGGCGCCCTGGGCGCGTGCGGTTGTCC
orangutan ACAACCTGCACTCCTATTCTGCCGAGCCGGGCGCGTGGCAAAGTCC

gorila TGGACCTGCAGTCATCTTCTGCCCGCCCGAGCGCTTGCCGATGTCC
orangutan ACAACCTGCACTCCTATTCTGCCGAGCCGGGCGCGTGGCAAAGTCC

Neandertal Humano Chimpancé Gorila Orangután

Neandertal 0 3 4 11 16

Humano 3 0 5 12 20

Chimpancé 4 5 0 11 14

Gorila 11 12 11 0 13

Orangután 16 20 14 13 0

Tabla 4: diferencias entre las secuencias de primates

El número de nucleótidos diferentes entre dos secuencias dividido por el número total de nucleótidos en cada secuencia (en
este caso, 46) da la distancia proporcional entre dos secuencias.

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2. Considera las dos especies que son más similiares en secuencias: neandertal y humano. En la Tabla 5, anota el número
de nucleótidos diferentes (3) y la diferencia proporcional (3/46 = 0.065).

Diferencias Diferencia proporcional

Neandertal y humano 3 3/46 = 0.065

Neandertal / humano y chimpancé 5 5/46=0,108

Neandertal / humano / chimpancé y gorila 12 12/46=0,260

Neandertal / humano / chimpancé / gorila y orangután 24 24/46=0,521

Tabla 5: distancias evolutivas entre los ancestros de primates y primates

La “secuencia promedio” de dos especies se asume que es el ancestro de ambos. En este ejercicio, no calculamos directamente
la secuencia promedio, por ejemplo de neandertales y humanos, pero sí la distancia evoulitva entre el ancestro de
neandertal / humano y todos los otros primates en el grupo.

3. Calcula la distancia entre la secuencia promedio de los neandertales y humanos, y de las otras especies de primates y
registra los datos en la Tabla 6a.

Hay cuatro diferencias entre neandertal y chimpancé, y cinco diferencias entre humano y chimpancé. Por
consiguiente, la distancia promedio entre neandertal / humano y chimpancé es de 4.5.

Hay 11 diferencias entre neandertal y gorila, y 12 diferencias entre humano y gorila. De este modo, la distancia
promedio entre neandertal / humano y gorila es de 11.5.

Neandertal /
Chimmpancé Gorila Orangután
humano
Neandertal/ humano 0 (4+5)/2 = 4.5 (11+12)/2=11.5 (16+20)/2=18
Chimmpancé (4+5)/2 = 4.5 0 (11+12)/3=5 (16+23)/3=23,6
Gorila (11+12)/2=11.5 (11+12)/3=5 0 (13+19)/3=9,3
Orangután (16+20)/2=18 (16+23)/3=23,6 (13+19)/3=9,3 0

Tabla 6a: diferencias entre las secuencias del ancestro de neandertal / humano y los otros primates

4. Como antes, estas distancias pueden ser transformadas en diferencias proporcionales dividiéndolas por el número de
nucleótidos en cada secuencia (46). Calcula las distancias proporcionales entre la secuencia media de neandertales /
humanos, y las otras especies de primates. Introduce las cifras en la Tabla 5.

Para chimpancés, la distancia proporcional con el ancestro neandertal / humano es 4.5/46 = 0.98.

Usando la Tabla 5, puedes empezar a construir el árbol evolutivo.

5. Conecta neandertales y humanos con una línea. La longitud de las ramas debe corresponder con el tiempo que pasó
desde que los humanos y neandertales divergieron de su ancestro común.

Vamos a suponer que se necesitarían 20 millones de años para que cada uno de los nucleótidos de esta particular
secuencia de ADN cambien. De este modo, para que la secuencia de ADN cambie un 0.065, se necesitarían 0.065*20
millones = 1.3 millones de años. La rama debe medir por lo tanto, 1.3 millones de años en la escala de tiempo
(ver Figura 2).

6. Para calcular cuánto tiempo hace que el ancestro de los chimpancés divergió del ancestro de los humanos (longitud de
la rama), sumar las diferencias proporcionales en la Tabla 5.

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Recuerda que la distancia proporcional entre el ancestro del neandertal/humano y el chimpancé era de 0.98. Por
consiguiente, el tiempo desde que chimpancés, humanos y neandertales divergieron de un ancestro común es:

(0.065 + 0.098) * 20 milliones

= 0.163 * 20 milliones

= 3.3 millones de años.

Figura 2: árbol filogenético incompleto

Imagen cortesía de Nicola Graf

7. Continúa los cálculos. Repite los pasos de 3 a 6 para calcular cuánto tiempo hace que el ancestro
neandertal/humano/chimpancé divergió del gorila y del orangután. A continuación, calcula cuánto tiempo hace que el
ancestro neandertal/humano/chimpancé/gorila divergió del orangután. Introduce los resultados en la Tabla 5.

Si necesitas ayuda, puedes descargarte el procedimiento paso a paso desde la página web de Science in School.

8. Utiliza la Tabla 5 completada para terminar el árbol filogenético, como se muestra abajo.

Figura 3: completar el árbol filognético

Imagen cortesía de Nicola Graf

Preguntas

A continuación hay algunas preguntas que podrías utilizar para comprobar si tus alumnos comprendieron la actividad. Las
respuestas pueden ser descargadas desde la página weg de Science in Schoolw2.

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1. En tu árbol filogenético, ¿cuántos años hace que los gorilas y humanos divergieron de un ancestro común? ¿Y con los
orangutanes y humanos?

R//no hice el árbol :( no entendí esta parte.

2. ¿Puedes averiguar si éstas y las otras estimaciones en tu árbol son correctas?

R// no, pues desde el inicio dejamos claro que todo es una hipótesis y a ciencia cierta el proceso sería más largo y
complicado.

3. ¿Por qué pueden parecer diferentes los árboles filogenéticos que han sido construidos usando diferentes regiones
del ADN?

R// con diferentes regiones de adn se verían distintos nucleótidos, es decir, nuevas y distintas "diferencias" , también
influye la cantidad de estas, etc.

4. ¿Qué regiones del ADN deberías utilizar para comparar los organismos que están estrechamente relacionados?

R//

5. ¿Qué tipo de genes deberías utilizar para comparar organismos que están evolutivamente distantes unos de otros?

6. ¿Qué deberías hacer si estás comparando dos secuencias, pero una de ellas presenta huecos debido a deleciones (o
inserciones en la otra secuencia)?
7. ¿Puedes pensar en las razones por las que este método de simple comparación del número de diferencias entre
nucleótidos podría no funcionar si estás comparando organismos que son muy diferentes? Recuerda que estamos
asumiendo que se tarda 20 millones de años para que cada nucleótido mute en una secuencia.
8. ¿Puedes pensar otras razones por las que podría no ser tan bueno usar este método para calcular las distancias
evolutivas? ¿Qué simplificaciones hemos hecho?
9. ¿Puedes pensar las razones por las que si estás estudiando organismos más distantes, es mejor comparar las
secuencias de aminoácidos que las secuencias de ADN?
10. En este ejercicio, nos hemos concentrado en entender cuándo las cinco especies de primates divergieron unas de las
otras (la escala del árbol). A menudo, sin embargo, ni siquiera conocemos el orden en el cual las especies divergieron
unas de las otras (la forma del árbol). ¿Cómo sabemos, por ejemplo, que humanos y chimpancés están más
estrechamente relacionados que los gorilas y chimpancés? Si esto último fuera cierto, ¿cómo se distinguirían las
diferencias de secuencia (Tabla 4)?

2. BIBLIOGRAFIA

INFOGRAFÍA:
Actividad recuperada el día 20 de octubre de 2014 de
http://www.scienceinschool.org/2010/issue17/bioinformatics/spanish#w2

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