22/10/13

Bonus – Les polymères dans le noyau Dans le noyau cellulaire

CHROMATINE eucaryote

DNA   fibre  de  chroma>ne  

noyau  cellulaire  

nucléosomes  

nucléosomes    

fibre  de  chroma>ne  

DNA  
chroma>ne  

boucles  
histones  

Goodsell  

58   59  

la structure de base : le nucléosome la chromatine dynamique

DNA  
nucléosome : 1.65 tours d’ADN (∼147 bps) enroulés en superhélice
Cryo-­‐microscopie  
droite autour d’une bobine de 8 protéines histones nucléosomes  

2R∼10 nm

fibre  de  chroma>ne  

acétyla>on  
des  hystones  
gène  
boucles  
P∼2.4 nm
particule de cœur (NCP) "
∼150 bp
Luger et al., 1997

ADN de liaison (linker DNA) "

∼50 bp
structure cristallographique
décondensa>on    
par diffraction de rayons X noyau   division  cellulaire   d’une  boucle  

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La fibre de chromatine comme un polymère Peut-on comprendre l’organisation du noyau ?

Approches expérimentales :

1.  Microscopie électronique

Les propriétés mécaniques de la fibre peuvent être 2.  Marquage fluorescent

déduite de sa géométrie : comme pour un ressort

Peut-on comprendre l’organisation du noyau ? des modèles pour comprendre ces données
Approches expérimentales :
données compatibles"
3. Cartes de contacts (chromosome conformation capture 3C, Hi-C) avec un repliement "
hiérarchique

(« fractal globule » ou "

« crumpled globule »)

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des modèles pour comprendre ces données des modèles pour comprendre ces données
cas du noyau de levure : structure interne : cas du noyau de levure : "
des polymères accrochés à une extrémité

chromosome
nucléole
centromère (synthèse t-ARN)

SPB

microtubule

(x 16 chromosomes)

des modèles pour comprendre ces données encore : des simulations

cas du noyau de levure : modèle : brosse de polymères chromosome ="
polymère auto-évitant"
LP donnée

brosse

accroche par "

courte distance : marche aléatoire" microtubules
« auto-évitante » dans un « blob »
longue distance : marche aléatoire
nucléole = assemblage dense"
« dirigée » de blobs d’ADN, protéines et t-ARN
encore à tester !!

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encore : des simulations plus loin encore : dynamique

traçage des trajectoires variance <r2> des trajectoires
prédiction des cartes de contact et comparaison de loci marqués

résultat encore "

compatible avec la "
dynamique d’une
brosse de polymères

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