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La Genética es el estudio de los genes a todos los niveles, desde las moléculas a las
poblaciones. Como disciplina moderna, comenzó en la década de 1860 con el trabajo de
Gregor Mendel, primero en proponer la idea de que existen los genes. Hoy sabemos que un
gen es una región funcional de la larga molécula de DNA que constituye la estructura
fundamental de un cromosoma. El DNA está compuesto de cuatro nucleótidos, cada uno de los
cuales contiene el azúcar desoxirribosa, fosfato y una de cuatro bases: Adenina (A), timina (T),
guanina (G) y citosina (C). El DNA está formado por dos cadenas de nucleótidos que se
mantienen unidas mediante enlaces de A con T y de G con C. Las dos cadenas se separan
durante la replicación y sus bases expuestas sirven de molde para la síntesis de dos moléculas
hijas de DNA idénticas.
La mayoría de los genes determinan la estructura de una proteína (las proteínas son las
principales responsables de las propiedades de un organismo). Para generar la proteína, el DNA
es primero transcrito por la enzima RNA polimerasa en una copia de trabajo de una sola
cadena llamada RNA mensajero. La secuencia de nucleótidos del mRNA se traduce a secuencia
de aminoácidos, que constituye la estructura primaria de una proteína. Las cadenas de
aminoácidos se fabrican en los ribosomas.
Cada aminoácido es acarreado al ribosoma por una molécula de RNA de transferencia que se
acopla uniendo su triplete (el anticodón) a un codón triplete en el mRNA.
El mismo gen puede tener formas alternativas o variantes. Los individuos se pueden clasificar
por genotipo (las variantes génicas presentes) o por fenotipo (las características observables de
la apariencia o fisiología). Tanto los genotipos como los fenotipos muestran variación dentro de
la población.
El análisis de estas variantes proporciona un método potente a la hora de investigar las
propiedades biológicas en general. Cuando las variantes para una propiedad de interés no
existen naturalmente, estas pueden ser generadas introduciendo cambios en la información
genética, llamados mutaciones. Hay dos aproximaciones al análisis genético: directa e inversa.
Un análisis genético directo empieza con una variación observada en una propiedad
morfológica o fisiológica. Mediante la realización de cruces y el estudio de los patrones de
herencia en la progenie, el investigador puede identificar los genes que contribuyen a la
propiedad. La investigación continua con la determinación de cómo la información contenida
en el gen se convierte en acontecimientos celulares y fisiológicos. El análisis genético inverso
depende de la reciente capacidad para determinar la secuencia del DNA de un genoma
completo. El investigador empieza alterando las secuencias de DNA de un modo específico y
luego mira los resultados.
Los genetistas estudian en el laboratorio la variación fenotípica bajo condiciones ambientales
controladas en las que hay una correspondencia univoca entre las diferencias fenotípicas y las
diferencias genéticas. Sin embargo, cuando hay una variación en el ambiente en el que se
desarrollan y actúan los organismos, como por ejemplo en la naturaleza, la relación entre el
genotipo y el fenotipo es más compleja. Para cada genotipo hay diversidad de fenotipos que
pueden aparecer, debido a la variación ambiental y a que el desarrollo está sujeto a variación
molecular aleatoria.
El análisis y el estudio del genoma de un organismo constituyen hoy en día uno de los procesos
principales de la genética. El genoma de un organismo eucariota se compone de un conjunto
de cromosomas con un número y un tamaño característicos para ese organismo. Cada
cromosoma contiene una molécula de DNA eficazmente enrollada en un carrete compuesto de
proteínas denominadas histonas. Los genes son unidades que se transcriben a lo largo del
cromosoma. El DNA que se localiza entre los genes puede tener una función reguladora o
desconocida; una gran parte de este DNA son elementos transponibles. Las células diploides
contienen dos juegos de cromosomas virtualmente idénticos; las células haploides contienen
un juego.
En la división celular somática, el genoma se transmite mediante la mitosis, una división
nuclear. En este proceso, cada cromosoma se duplica en un par de cromátidas hermanas que
son separadas para producir dos células hijas idénticas (la mitosis puede tener lugar en células
haploides y diploides). Durante la meiosis, que tiene lugar en el ciclo sexual de los meiocitos,
cada homologo se duplica para formar una diada de cromátidas; las dos diadas se aparean para
formar una tétrada que segrega a cada una de las dos células en división. El resultado son
cuatro células haploides o gametos. La meiosis solo tiene lugar en células diploides; así pues,
los organismos haploides han de unirse para formar un meiocito diploide.
Un modo muy sencillo de recordar los sucesos principales durante la meiosis es usando los
dedos de la mano para representar los cromosomas.
La disección genética de una propiedad biológica comienza con una recopilación de mutantes.
Se ha de probar cada uno de los mutantes para examinar si se hereda como un cambio en un
único gen. El procedimiento seguido es esencialmente el mismo desde los tiempos de Mendel,
que llevo a cabo el prototipo de este tipo de análisis. El análisis se basa en la observacion de
las proporciones fenotipcas en la descendencia de cruces controlados. En un caso típico, un
cruce del tipo A/A x a/a produce una F1 en la que todos los individuos son A/a. Cuando la F1 se
cruza o se autofecunda, se produce una F2 con unas proporciones genotípicas de ¼ A/A : ½
A/a : ¼ a/a (en el nivel fenotípico esta proporción es ¾ A/- : ¼ a/a).
Los tres genotipos de un solo gen son homocigotos dominantes, heterocigotos (monohibridos)
y homocigotos recesivos. Si un individuo A/a se cruza con un individuo a/a (un cruzamiento
prueba), en la F1 se produce una proporción 1:1 en la descendencia. Las proporciones 1:1, 3:1
y 1:2:1 surgen del principio de la segregación equitativa, según el cual los productos haploides
de la meiosis de un individuo A/a serán ½ A y ½ a. La base celular de la segregación equitativa
de los alelos es la segregación de cromosomas homólogos durante la meiosis. Los hongos
haploides pueden usarse para demostrar la segregación en una única meiosis (una proporción
1:1 en el asca).
La base molecular para la producción de cromátidas durante la meiosis es la replicación del
DNA. La segregación en meiosis puede observarse directamente desde el punto de vista
molecular (DNA) si se utilizan sondas adecuadas para detectar los morfos de un dimorfismo
molecular. La fuerza molecular de la segregación es la despolimerización y el subsiguiente
acortamiento de los microtúbulos que se unen a los centrómeros. Las mutaciones recesivas se
localizan normalmente en genes haplosuficientes, mientras que las mutaciones dominantes a
menudo son debidas a genes haploinsuficientes.
En muchos organismos el sexo esta determinado cromosómicamente y generalmente la
hembra es XX mientras que el macho es XY. Los genes localizados en el cromosoma X (genes
ligados al cromosoma X) no tienen contrapartida en el cromosoma Y. Estos genes muestran n
patrón de herencia de gen único diferente para cada sexo y dan como resultado diferentes
proporciones entre los descendientes machos y hembras.
La segregación mendeliana de un único gen resulta muy útil para la identificación de los alelos
mutantes que subyacen a muchas enfermedades humanas. Los análisis de genealogías pueden
revelar enfermedades autosómicas o ligadas al cromosoma X tanto de tipo dominante como
recesivo. La lógica de la genética mendeliana debe ser usada con precaución, teniendo en
cuenta el pequeño número de descendientes de la especie humana y que las proporciones
fenotípicas no son necesariamente las esperadas para tamaños mayores de muestra. Si una
enfermedad causada por un único gen aparece en una genealogía, la lógica mendeliana puede
ser usada para predecir la probabilidad de que los hijos hereden la enfermedad.
Los avances en la genética bacteriana y de fagos de los últimos 50 años han proporcionado los
fundamentos de la biología molecular y la clonación (discutidos en capítulos posteriores). A
principios de este periodo se descubrió que la transferencia génica y la recombinación se
producían entre diferentes cepas de bacterias. En las bacterias sin embargo, el material
genético solo se pasa en una dirección, por ejemplo, en E.coli, de una célula donante (F+ o Hfr)
a una célula receptora (F-). La capacidad donante viene determinada por la presencia en la
célula de un factor de fertilidad (F), un tipo de plásmido. En ocasiones, el factor F presente en
estado libre en las células F+ se puede integrar en el cromosoma de E.coli y formar una célula
de Hfr. Cuando esto ocurre, un fragmento del cromosoma donante se puede transferir a una
célula receptora y posteriormente recombinar con el cromosoma receptor. Como el factor F se
puede insertar en diferentes lugares del cromosoma hospedador, los primeros investigadores
fueron capaces de reunir los fragmentos transferidos para mostrar que el cromosoma de E.coli
es un simple círculo, o anillo. La interrupción de la transferencia en diferentes tiempos ha
proporcionado a los genetistas un método no convencional (apareamiento interrumpido) para
construir mapas de ligamiento del único cromosoma de E.coli y de otras bacterias similares, en
los que la unidad de mapa es una unidad de tiempo (minutos). En una extensión de esta
técnica, la frecuencia de recombinación entre los marcadores que se sabe que han entrado en
la célula receptora puede proporcionar una distancia de mapa a escala más fina.
Se puede encontrar otros tipos de plásmidos, además del F. Los plásmidos R llevan alelos de
resistencia a antibióticos, a menudo dentro de un elemento móvil llamado transposón. La
extensión rápida del plásmido causa una resistencia amplia en la población a fármacos
medicamente importantes. Derivados de estos plásmidos naturales han llegado a ser
importantes vectores de clonación, útiles para el aislamiento de genes y el estudio de todo tipo
de organismos.
Los rasgos genéticos también se pueden transferir de una célula bacteriana a otra en forma de
fragmentos de DNA tomados por la célula del ambiente extracelular. Este proceso de
transformación en las células bacterianas fue la primera demostración de que el DNA es el
material genético. Para que se produzca la transformación, el DNA debe ser incorporado por
una célula receptora y entonces debe producirse la recombinación entre sus cromosomas.
En otro modo de infección, la lisogenia, el fago inyectado permanece latente en la célula
bacteriana. En muchos casos este fago latente (el profago) se incorpora en el cromosoma
hospedador y se replica con él. Ya sea espontáneamente o con la estimulación apropiada, el
profago puede dejar su estado latente y lisar la célula hospedadora bacteriana.
Un fago puede llevar genes bacterianos de una célula donante a una receptora. En la
transducción generalizada, un fragmento aleatorio del DNA hospedador se incorpora en
solitario a la cabeza del fago durante la lisis. En la transducción especializada, la escisión
defectuosa del profago de un único locus cromosómico da lugar a la inclusión de genes
hospedadores específicos así como DNA del fago en la cabeza de este.
Hoy en día se dispone, en muchas especies bacterianas, de un mapa físico en forma de
secuencia genómica completa. Con el uso de este mapa genómico físico se puede localizar de
manera precisa la posición en el mapa de una mutación de interés. Primero se producen
mutaciones adecuadas por la inserción de los transposones (mutagénesis insercional).
Entonces, se obtiene la secuencia de DNA que rodea el transposón insertado, y se busca su
correspondencia con una secuencia en el mapa físico. Esta técnica proporciona el locus, la
secuencia y, posiblemente, la función del gen de interés.
Un gen no actúa solo; más bien actúa conjuntamente con muchos otros genes del genoma. La
deducción de las complejas interacciones génicas constituye una fase importante de la
investigación en los estudios de genética directa. En primer lugar se comprueban las relaciones
de dominancia de las mutaciones individuales, un tipo de interacción génica. Las mutaciones
recesivas son con frecuencia el resultado de la haplosuficiencia del alelo salvaje, mientras que
las mutaciones dominantes son a menudo el resultado, bien de la haploinsuficiencia del alelo
salvaje, o bien de que la mutación actué como un dominante negativo (un polipéptido
saboteador). Algunas mutaciones provocan efectos graves o incluso la muerte (mutaciones
letales). La letalidad de una mutación recesiva en homocigosis supone una manera de
comprobar si el gen es esencial en el genoma.
La interacción de diferentes genes es el resultado de su participación en la misma ruta o en
rutas interconectadas de varios tipos: sintéticas, de transducción de señales o del desarrollo. La
disección genética de las interacciones génicas comienza cuando el investigador reúne una
serie de mutantes que afectan al carácter de interés. La prueba de complementación
determina si dos mutaciones recesivas diferentes están o no en el mismo gen. Los genotipos
mutantes se reúnen en un individuo de la F1, y si presenta un fenotipo mutante, significa que
no se ha producido la complementación y los dos alelos deben pertenecer al mismo gen. Si el
fenotipo es de tipo salvaje, significa que se ha producido la complementación, y los alelos
deberían estar en genes diferentes.
La interacción de diferentes genes puede detectarse mediante los dobles mutantes, ya que la
interacción génica implica la interacción de los productos génicos desde un punto de vista
funcional. Algunos de los tipos de interacción génica implica la interacción de los productos
génicos desde un punto de vista funcional. Algunos de los tipos claves de interacción génica
son: epistasia, supresión y letalidad sintética. La epistasia es la sustitución de un fenotipo
mutante producido por una mutación por un fenotipo mutante causado por otra mutación en
otro gen. La existencia de la epistasia sugiere una ruta del desarrollo o química común. Un
supresor es una mutación en un gen que restaura el fenotipo salvaje de una mutación en otro
gen. Los supresores revelan con frecuencia interacciones físicas de proteínas o ácidos
nucléicos. Algunas combinaciones de mutantes viables resultan letales, fenómeno conocido
como letalidad sintética. Los alelos sintéticos pueden revelar la existencia de una gran variedad
de interacciones en función de la naturaleza de las mutaciones.
Los diferentes tipos de interacciones génicas generan proporciones dihibridas en la F2 que son
modificaciones de la proporción estándar 9:3:3:1. La epistasia recesiva, por ejemplo, genera
una proporción 9:3:4.
Desde un punto de vista más general, la interacción génica y la interacción entre el gen y el
ambiente se ponen de manifiesto con la existencia de la penetrancia variable (la capacidad de
un genotipo para expresarse a sí mismo) y la expresividad (el grado cuantitativo de la expresión
de un gen).
El trabajo experimental sobre la naturaleza molecular del material hereditario demostró sin
lugar a dudas que el DNA es el material genético (y no las proteínas, los lípidos o los
carbohidratos). Utilizando los datos obtenidos por otros, Watson y Crick dedujeron el modelo
de la doble hélice con dos cadenas de DNA enrolladas una alrededor de la otra, en sentido
antiparalelo. La unión de las dos cadenas se mantiene mediante el encaje entre adenina (A) y
timina (T) y entre guanina (G) y citosina (C). El primer par se mantiene por dos puentes de
hidrogeno y el último par se mantiene por tres puentes de hidrogeno.
El modelo de Watson y Crick muestra como el material genético puede replicarse de una forma
ordenada, una condición primordial del material genético. La replicación se realiza de forma
semiconservativa tanto en procariotas como en eucariotas. Una doble hélice se replica para
formar dos hélices hijas idénticas, cada una de las cuales contiene una cadena vieja y una
cadena recién polimerizada de DNA.
La doble hélice se desenrolla en la horquilla de replicación, y las dos cadenas simples hacen de
molde para la plimerización de nucleótidos libres. La enzima encargada de este proceso es la
DNA polimerasa que añade nuevos nucleótidos solo en el extremo 3’ libre de la cadena
creciente. Debido a que la adición solo se produce en el extremo 3’, la polimerización en un
molde es continua, constituyendo la cadena adelantada; mientras que en el otro molde se
debe realizar en fragmentos cortos y discontinuos (los fragmentos de Okazaki), produciendo la
cadena retrasada. La síntesis de la cadena adelantada y de los fragmentos de Okazaki se inicia
mediante un cebador corto de RNA (sintetizado por la primasa) que suministra el extremo 3’
libre necesario para la adicción de los desoxirribonucleotidos.
Los múltiples sucesos que tienen lugar en una forma rápida y exacta en la horquilla de
replicación los realiza el replisoma, una maquina biológica. Este complejo de proteínas incluye
dos unidades de DNA polimerasa, una que actúa en la cadena adelantada y la otra que actúa
en la cadena retrasada. De esta forma el proceso que más tiempo consume, que es la síntesis y
la reunión de los fragmentos de Okazaki en una cadena continua, se coordina en el tiempo con
la síntesis menos complicada de la cadena adelantada. El momento y el lugar en el que se
produce la replicación están controlados cuidadosamente por el ensamblaje ordenado del
replisoma en ciertos lugares del cromosoma llamados orígenes. En los genomas eucarióticos
puede haber decenas de miles de orígenes. El montaje del replisoma en los orígenes solo tiene
lugar en un momento específico del ciclo celular.
Los extremos de los cromosomas lineales, los telomeros, presentan un problema para el
sistema de replicación porque siempre queda un trecho corto en una cadena en el que no
puede colocarse un cebador. La enzima telomerasa añade un cierto número de secuencias
repetitivas cortas para mantener la longitud. La telomerasa lleva un RNA corto que actúa como
molde para la síntesis de las repeticiones telomericas. Estas repeticiones no codificadoras se
asocian a proteínas para formar un tampón telomerico. En las células somaticas los telomeros
se van acortando progresivamente con la edad debido a que la telomerasa no se produce en
estas células. Los individuos que tienen telomeros defectuosos experimentan un
envejecimiento prematuro.
Se sabe que la información no se transfiere directamente del DNA a las proteínas, porque en
las células eucarióticas el DNA esta en el núcleo, mientras que las proteínas se sintetizan en el
citoplasma. La transferencia de la información requiere un intermediario que es el RNA.
Aunque el DNA y el RNA son ácidos nucléicos, el RNA difiere del DNA en que es de cadena
simple y no una doble hélice; que sus nucleótidos contienen el azúcar ribosa en vez de
desoxirribosa; que tiene la base pirimidinica uracilo en vez de la timina y que puede servir
como catalizador biológico.
La similitud del DNA y el RNA sugiere que el flujo de la información del DNA al RNA se apoya en
la complementariedad de bases, lo cual es clave para la replicación del DNA. Una cadena molde
de DNA se copia, o se transcribe, en un RNA funcional, como el RNA de transferencia y el RNA
ribosómico) que nunca se traduce a polipeptidos, o en un RNA mensajero a partir del cual se
sintetizan las proteínas.
En los procariotas, todas las clases de RNA se transcriben por una única RNA polimerasa. Esta
enzima compuesta por múltiples subunidades inicia la transcripción uniéndose al DNA en los
promotores que contienen secuencias específicas localizadas a -35 y -10 bases antes del sitio
de iniciación de la transcripción en la base +1. Después de unirse, la RNA polimerasa desenrolla
al DNA localmente y comienza a incorporar ribonucleótidos complementarios al molde de
DNA. La cadena crece en la dirección 5’ a 3’ hasta que uno de los dos mecanismos, intrínseco o
dependiente de rho, lleva a la disociación de la polimerasa y del RNA del molde de DNA. Como
se verá en el capítulo 9, en ausencia del núcleo, el RNA procariótico que codifica proteínas se
traduce mientras se está transcribiendo.
En los eucariotas hay tres tipos diferentes de RNA polimerasas; sin embargo solo la RNA
polimerasa II transcribe los mRNA. EN general, las fases de iniciación, elongación y terminación
de la síntesis de RNA en los eucariotas se parecen a las de los procariotas. Sin embargo, hay
diferencias importantes. La RNA polimerasa I no se une directamente al promotor en el DNA,
pero si se unen los factores generales de la transcripción, que reconocen la secuencia TaTa
presente en la mayoría de los promotores eucarióticos. La RNA polimerasa II es una molécula
mucho mayor que su homóloga procariótica. Contiene numerosas subunidades que funcionan
en la elongación del transcrito primario, y también coordina los sucesos de procesamiento que
son necesarios para producir el mRNA maduro. Los sucesos de procesamiento incluyen la
adición de la caperuza 5’, la eliminación de los intrones y el empalme de los exones por el
empalmosoma, y la rotura del extremo 3’ seguida de la poliadenilación. Una parte del núcleo
de la RNA polimerasa II, el dominio de la cola carboxilo, se posiciona idóneamente para
interactuar con el RNA a medida que emerge de la polimerasa. A través del CTD, la RNA
polimerasa II coordina los numerosos sucesos de la síntesis y el procesamiento del RNA.
Los descubrimientos de los últimos veinte años han revelado la importancia de las nuevas
clases funcionales del RNA. Anteriormente se pensaba que solo se trataba de un “humilde”
mensajero y ahora se reconoce al RNA como una molécula versátil y dinámica que participa en
muchos procesos celulares. El descubrimiento del autoempalme de los intrones y los exones
demostró que el RNA puede funcionar como una molécula catalítica, y como una proteína.
Desde el hallazgo de las ribozimas, la comunidad científica comenzó a prestar mayor atención
al RNA. Ahora se reconoce que los RNA nucleares pequeños y los RNA no codificadores en el
empalmosoma, poseen actividad catalítica para eliminar los intrones y unir los exones. El siglo
XX termino con el descubrimiento de otra clase de RNA funcional, el RNA de interferencia
pequeño, que protege la integridad de los genomas de las plantas y los animales activando la
ruta del RNA de interferencia.
Capitulo 10: Regulación de la expresión génica en bacterias y virus bacterianos (pg. 379)
La regulación génica es con frecuencia mediada por proteínas que reaccionan a señales
ambientales aumentando o reduciendo las tasas de transcripción de genes específicos. La
lógica de esta regulación es sencilla. Para que la regulación funcione de forma correcta, las
proteínas reguladoras tienen sensores incorporados que continuamente monitorizan las
condiciones celulares. La actividad de estas proteínas dependerá de la presencia de
condiciones ambientales adecuadas.
En las bacterias y virus bacterianos, el control de varios genes estructurales puede coordinarse
mediante la agrupación de genes en operones que se transcriben en mRNA multigénicos. El
control coordinado simplifica la tarea para las bacterias, ya que un pequeño grupo de regiones
reguladoras por operón es suficiente para regular la expresión de todos los genes del operón.
Alternativamente, el control coordinado se puede conseguir mediante diferentes factores RHO
que regulan docenas de promotores independientes de forma simultánea.
En el control regulador negativo, una proteína represora bloquea la transcripción uniéndose al
DNA del operador. Un ejemplo de control negativo es el sistema lac. La regulación negativa es
una manera muy sencilla de evitar en el operón lac la transcripción de genes en ausencia de los
azucares apropiados en el ambiente. En el control regulador positivo son necesarios ciertos
factores proteicos para activar la transcripción. Algunos sistemas de control en los procariotas,
como la represión catabólica, funcionan a través del control positivo.
Muchas proteínas reguladoras son miembros de familias de proteínas que tienen motivos de
unión al DNA muy similares, como el dominio hélice-giro-hélice. Otras partes de las proteínas,
como sus dominios de interacción con otras proteínas, tienden a ser menos similares. La
especificidad de la regulación génica depende de interacciones químicas entre las cadenas
laterales de aminoácidos y los grupos químicos de las bases del DNA.
En el capítulo 10 se menciono la ocurrencia de Jacques Monod cuando afirmo que “lo que es
cierto para E.coli es también cierto para el elefante”. Ahora que se ha visto los procesos
reguladores que permiten construir gusanos, moscas, ratones y elefantes, ¿diríamos que
Monod tenía razón? Si Monod se refería al principio de que la transcripción génica está
controlada por proteínas reguladoras especificas de secuencia, hemos visto que el represor Lac
bacteriano y las proteínas Hox de la mosca actúan efectivamente de un modo similar. Además,
sus dominios de unión al DNA tienen el mismo tipo de motivo. Las ideas fundamentales de F.
Jacob y Jacques Monod respecto al papel central del control de la transcripción génica en la
fisiología bacteriana y que ellos esperaban que se aplicarían a la diferenciación celular y el
desarrollo de organismos pluricelulares complejos han sido confirmados en muchos aspectos
en lo que se refiere al control genético del desarrollo animal.
Sin embargo, muchas características de los eucariotas unicelulares y pluricelulares no se
encuentran en las bacterias y los virus bacterianos. Los genetistas y los biólogos moleculares
han descubierto las funciones de los intrones, el corte y empalme de RNA, los múltiples y
distantes elementos reguladores que actúan en cis, la cromatina, el corte y empalme
alternativo, y más recientemente, los miRNA. Pero es cierto que el control de la expresión
génica diferencial es fundamental en el control genético del desarrollo.
Este capítulo ha presentado una visión general de la lógica y los mecanismos de control de la
expresión génica en el desarrollo en unas cuantas especies modelo. Nos hemos concentrado en
el juego de herramientas genéticas utilizadas por los animales en los procesos de desarrollo y
en los mecanismos que controlan la organización de las principales características del plan
corporal: el establecimiento de los ejes corporales, la segmentación y la identidad de los
segmentos. Aunque solamente se han explorado un número modesto de mecanismos
reguladores en profundidad, y solo en unas pocas especies, las similitudes en la lógica y los
mecanismos reguladores nos permiten identificar algunas ideas generales respecto al control
genético del desarrollo.
1. A pesar de las enormes diferencias en apariencia y anatomía, los animales disponen de un
juego común de herramientas genéticas que dirigen el desarrollo. Estas herramientas genéticas
constituyen una pequeña proporción de todos los genes del genoma, y muchos de estos genes
herramienta son factores de transcripción o componentes de rutas de transducción de señales.
Cada uno de los genes herramienta suele tener múltiples funciones y afectar al desarrollo de
diferentes estructuras en diversas fases.
2. El desarrollo del embrión en crecimiento y de sus partes del cuerpo tiene lugar en una
progresión ordenada espacial y temporalmente. Dentro del embrión se establecen dominios
mediante la expresión de genes herramienta que marcan subdivisiones progresivamente más
finas a lo largo de ambos ejes del embrión.
3. Los patrones de expresión restringidos espacialmente son el resultado de una regulación
combinatoria. Cada patrón de expresión génica tiene una base causal previa. Los nuevos
patrones se generan mediante los aportes combinatorios de los patrones precedentes. En los
ejemplos presentados en este capítulo, la posición de las bandas de regla par y la restricción de
la expresión génica reguladora de los apéndices a segmentos individuales requieren la
integración de numerosos aportes de información reguladora positiva y negativa mediante
elementos reguladores que actúan en cis.
La regulación postranscripcional a nivel del RNA añade otra capa de especificidad al control de
la expresión génica. El corte y empalme alternativo del RNA y el control de la traducción
mediante proteínas y miRNA también contribuyen al control espacial y temporal de los genes
herramienta.
El control combinatorio es esencial tanto para la especificidad como para la diversidad de la
expresión génica y de las funciones de los genes herramienta. Respecto a la especificidad, los
mecanismos combinatorios proporcionan los medios para restringir la expresión génica a
poblaciones discretas de células mediante el uso de aportaciones reguladoras que no son
específicas de un tipo celular o tejido.
De este modo, la acción de las proteínas herramienta puede ser bastante específica en
diferentes contextos. Respecto a la diversidad, los mecanismos combinatorios proporcionan
una forma de generar una variedad virtualmente ilimitada de patrones de expresión génica.
4. La modularidad de los elementos reguladores que actúan en cis permite que la expresión y
la función de los genes herramienta posea un control espacial y temporal independiente. Al
igual que los operadores y los elementos UAS de los procariotas actúan como interruptores en
el control fisiológico de la expresión génica, los elementos reguladores en cis de los genes
herramienta actúan como interruptores en el control de la expresión génica en el desarrollo. La
característica que distingue a los genes herramienta es la presencia h habitual de numerosos
elementos reguladores en cis independientes que dirigen la expresión génica en diferentes
dominios espaciales y en diversas fases del desarrollo. La regulación espacial y temporal
independiente de la expresión génica permite que genes herramienta individuales tengan
funciones distintas pero especificas en diferentes contextos. Siguiendo esta idea, no es
adecuado ni exacto describir la función de un gen herramienta determinado únicamente en
relación a la proteína (o miRNA) que codifica, porque la función del producto génico casi
siempre depende del contexto en el que se expresa.
El análisis genómico usa las aproximaciones del análisis genético y las aplica a la obtención de
conjuntos de datos globales para cumplir con objetivos tales como la cartografía y la
secuenciación de genomas enteros, así como para la caracterización de todos los transcritos y
proteínas. Las técnicas genómicas requieren el procesado rápido de grandes conjuntos de
material experimental, y por lo tanto son completamente dependientes de la automatización
extensiva.
El principal problema en la compilación de la secuencia precisa de un genoma es relacionar
lecturas cortas de secuencia entre ellas según la identidad de secuencia para elaborar una
secuencia consenso de un genoma completo. Esto se puede llevar a cabo muy fácilmente en
los genomas bacterianos o de las arqueobacterias, mediante el alineamiento de secuencias de
diferentes lecturas de secuencia que se solapan para, finalmente, compilar el genoma entero,
porque en estos organismos hay muy pocos o ningún segmento de DNA que esté presente en
más de una copia. Sin embargo, los genomas complejos están repletos de secuencias
repetitivas que interfieren con la producción de contigs de secuencia exacta. El problema se
resuelve ya sea mediante la secuenciación aleatoria de genomas completos con el uso de
lecturas de extremos apareados, o por secuenciación de clones ordenados, que trata a los
elementos repetitivos dispersos como únicos en el contexto de un clon. A diferencia de la
secuenciación WGS, la secuenciación clon a clon requiere la elaboración de un mapa físico de
la distribución de los clones ordenados y orientados.
La elaboración del mapa de la secuencia genómica proporciona el texto bruto y encriptado del
genoma. El objetivo de la bioinformática es la interpretación de esta información encriptada.
Para el análisis de los productos génicos se usan técnicas computacionales para la
identificación de marcos abiertos de lectura y de RNA no codificadores, y luego para la
integración de estos resultados con evidencias experimentales disponibles de estructuras de
transcritos (secuencias de cDNA), similitudes de proteínas y el conocimiento de motivos de
secuencia característicos.
Uno de los métodos más importantes para avanzar en el análisis y la anotación de los genomas
es la comparación de los genomas de especies relacionadas. La conservación de secuencias
entre especies es una guía fiable para identificar secuencias funcionales en los organismos
complejos de muchos animales y plantas. La genómica comparativa puede también desvelar
como han cambiado los genomas durante el curso de la evolución y como estos cambios
podrían relacionarse con diferencias en la fisiología, la anatomía o el comportamiento entre las
especies. En la genómica bacteriana, comparaciones entre cepas patogénicas y no patogénicas
han desvelado muchas diferencias en el contenido génico que podrían contribuir a la
patogenicidad.
La genómica funcional trata de entender el funcionamiento del genoma como un sistema en su
totalidad. Dos elementos clave son el transcriptoma, el conjunto de todos los transcritos
producidos; y el interactoma, el conjunto de productos génicos y otras moléculas en
interacción que conjuntamente permiten la producción y el funcionamiento de la célula. La
función de genes individuales y productos génicos para los que no hay disponibles mutaciones
clásicas pueden ser estudiados mediante la genética inversa, por mutación dirigida o
fenocopiado.
Los elementos transponibles fueron descubiertos en el maíz por barbara McClintock como la
causa de diversas mutaciones inestables.
Las secuencias de inserción bacterianas fueron los primeros elementos transponibles aislados a
nivel molecular. Hay muchos tipos diferentes de elementos IS en las cepas de E.coli, y
normalmente están presentes en un cierto número de copias. Los transposones compuestos
contienen elementos IS flanqueando uno o más genes, como los genes que confieren
resistencia a los antibióticos. Los transposones con genes de resistencia se pueden insertar
dentro de plásmidos y entonces pueden ser transferidos por conjugación a bacterias no
resistentes.
Existen dos grupos principales de elementos transponibles en los eucariotas: los elementos de
clase I (retrotransposones) y los elementos de clase II (transposones de DNA). El elemento P
fue el primer transposon de DNA de la clase II aislado molecularmente. Fue aislado a partir de
mutaciones inestables en Drosophila inducidas por disgénesis hibrida. Los elementos P se han
utilizado para desarrollar vectores para la introducción de DNA foráneo en las células
germinales de Drosophila.
Ac, Ds y P son ejemplos de transposones de DNA, nombrados de este modo porque el
intermediario en la transposición es el propio elemento de DNA. Los elementos autónomos
como Ac codifican una transposasa que se une a los extremos de los elementos autónomos y
no autónomos y cataliza la escisión del elemento del sitio donante, así como su reinserción en
n nuevo sitio diana en alguna otra parte del genoma. Un ejemplo de elemento no autónomo es
Ds, cuya transposición requiere la presencia en el genoma del elemento autónomo Ac.
Los retrotransposones fueron aislados a nivel molecular por primera vez en mutantes de
levaduras, y su parecido con los retrovirus fue advertido inmediatamente, Los
retrotransposones son elementos de clase I, como lo son todos los elementos transponibles
que utilizan RNA como intermediario en la transposición.
Los elementos transponibles activos aislados en los organismos modelo como las levaduras,
Drosophila, E.coli y el maíz constituyen una fracción muy pequeña de todos los elementos
transponibles del genoma. La secuenciación de genomas completos, incluyendo el genoma
humano, ha llevado al extraordinario hallazgo de que casi la mitad del genoma humano deriva
de elementos transponibles.
Los cambios en el DNA de un gen (mutaciones puntuales) generalmente suponen uno o unos
pocos pares de bases. Las sustituciones de un único par de bases pueden crear codones sin
sentido o de cambio de sentido (de terminación de la transcripción). Una purina reemplazada
por otra purina (o pirimidina por pirimidina) es una transición. Una purina reemplazada por
una pirimidina (o viceversa) es una transversión. Las adiciones o deleciones de un único par de
bases producen mutaciones de cambio de fase. Algunos genes humanos que contienen
repeticiones, de trinuleótidos (sobre todo los que se expresan en el tejido neural) mutan
debido a la expansión de estas repeticiones, y de esta manera pueden causar enfermedades. La
formación de monoaminoácidos repetidos en el polipéptido cifrado por estos genes es la
responsable de los fenotipos mutantes.
Las mutaciones pueden producirse espontáneamente como subproductos de procesos
celulares normales, como la replicación del DNA o el metabolismo, o pueden ser inducidas por
radiaciones mutagénicas o sustancias químicas. Debido a su especificidad química, los
mutágenos a menudo causan un tipo de cambio específico. Por ejemplo, algunos producen
exclusivamente transiciones C·G A·T, otros exclusivamente desplazamientos del marco.
Aunque las mutaciones sean necesarias para generar diversidad, muchas están asociadas a
enfermedades geneticas hereditarias, como el xeroderma pigmentosum. Además, las
mutaciones que se producen en células somáticas son el origen de muchos canceres humanos.
Se han desarrollado muchas rutas biológicas para corregir el amplio espectro de mutaciones
espontaneas e inducidas. Algunas rutas como la reparación por escisión de base o nucleótido,
o la reparación de emparejamientos erroneos, utilizan la información inherente a la
complementariedad de bases para realizar una reparación libre de error. Otras rutas que usan
la polimerasa de bypass para corregir las bases dañadas introducen errores en la secuencia de
DNA.
La corrección de las roturas de doble cadena es particularmente importante porque estas
lesiones pueden llevar a la desestabilización de las reordenaciones cromosómicas. La ruta de
unión de extremos no-homólogos vuelve a ligar los extremos rotos de manera que la detención
de la horquilla de replicación no provoque la muerte celular. En las células que se están
replicando, la reparación libre de error de las roturas de doble cadena puede hacerse mediante
la ruta del templado de cadena dependiente de la síntesis, que utiliza la cromátida hermana
para reparar la rotura.
Cientos de roturas de doble cadena programadas inician el entrecruzamiento meiótico entre
cromátidas no hermanas. Como las otras roturas de doble cadena, las roturas meióticas deben
ser procesadas rápida y eficazmente para evitar graves consecuencias como la muerte celular y
el cáncer. La forma en la que esta reparación se lleva a cabo es aun objeto de investigación. Un
modelo actual, estudiado a partir de la segregación en la formación de esporas fúngicas,
propone el uso de las cromátidas no hermanas del cromosoma homologo como molde para
reparar las roturas. Según este modelo, muchas de las roturas dan lugar a productos sin
entrecruzamiento y son probablemente resueltos mediante un mecanismo parecido al SDSA.
Sin embargo, las roturas críticas en la formación de quiasmas dan lugar a entrecruzamientos
tras la formación y consiguiente resolución de la doble unión o estructura de Holliday.
El estudio de los cambios dentro de una población, o genética de poblaciones, relaciona los
cambios heredables en las poblaciones u organismos al proceso individual subyacente de la
herencia y el desarrollo. La genética de poblaciones consiste en el estudio de la variación
heredada y su modificación en el tiempo y en el espacio.
La variación genética identificable dentro de una población puede ser estudiada examinando
las diferencias en aminoácidos específicos de las secuencias de proteínas o también, mas
recientemente, mediante el análisis de las diferencias en las secuencias de nucleótidos en el
DNA. Este tipo de observaciones nos ha mostrado que dentro de una población hay un
polimorfismo considerable en muchos loci. Una medida de esta variación es la cantidad de
heterocigosidad en una población. Típicamente, una población es polimórfica en el 25-33% de
sus genes que codifican el 10% de esos loci. Dos seres humanos cualesquiera difieren
aproximadamente en 3 millones de nucleótidos. En general, los estudios de poblaciones han
demostrado que las diferencias genéticas entre individuos humanos dentro de las razas son
mayores que las diferencias entre razas.
La fuente última de toda variación es la mutación. Sin embargo, dentro de una población, la
frecuencia cuantitativa de genotipos específicos puede ser cambiada por la recombinación, la
inmigración de genes, los sucesos mutacionales repetidos, y el azar.
Una propiedad de la segregación mendeliana es que el apareamiento aleatorio da lugar a una
distribución de equilibrio de los genotipos después de una generación. Sin embargo, si hay
consanguinidad, la variación genética dentro de una población se convierte en diferencias
entre poblaciones al hacer homocigóticas a cada una de las poblaciones por separado para un
alelo aleatoriamente seleccionado. Por otro lado, para la mayoría de las poblaciones se alcanza
un equilibrio entre la consanguinidad, la mutación de un alelo a otro, y la inmigración.
Un alelo puede incrementar o disminuir su frecuencia en una población debido a la selección
natural de genotipos con mayores probabilidades de supervivencia y reproducción. En muchos
casos, tales cambios llevan a la homocigosidad en un locus particular. Por otro lado, el
heterocigoto puede ser más eficaz que ambos homocigotos, obteniéndose un polimorfismo
equilibrado.
En general, la variación genética es el resultado de la interacción de fuerzas. Por ejemplo, un
mutante deletéreo puede que nunca sea eliminado totalmente, debido a que la mutación
continuara reintroduciéndolo en la población. La migración puede también reintroducir alelos
que ya habían sido eliminados por la selección natural.
A menos que los alelos alternativos se encuentren en frecuencias intermedias, la selección
(especialmente contra los recesivos) es muy lenta, requiriendo muchas generaciones. En
numerosas poblaciones, especialmente en las de tamaño pequeño, mutaciones nuevas pueden
establecerse aunque no sean favorecidas por la selección natural o pueden ser eliminadas
aunque sean favorables, simplemente debido a un proceso de deriva genética aleatoria.
La teoría darwiniana de la evolución explica los cambios que se dan en las poblaciones de
organismos como resultado de los cambios que se producen en las frecuencias relativas de las
diferentes variantes de la población. Si en alguna característica no hay variación dentro de las
especies, no puede haber evolución. Además, la variación debe estar influida por las
diferencias genéticas. Si las diferencias no son heredables, no pueden evolucionar, porque la
reproducción diferencial de las distintas variantes no se transmitirá entre las líneas
generacionales. Por tanto, todas las reconstrucciones evolutivas hipotéticas dependerán
necesariamente de si el carácter en cuestión es heredable. Los procesos que generan la
variación en la población son independientes de los procesos responsables de la reproducción
diferencial de los distintos tipos. Se hace referencia a esta independencia cuando se dice que
las mutaciones ocurren al “azar”. El proceso de mutación suministra variación sin ninguna
finalidad concreta, mientras que el proceso de la selección filtra esta variación, aumentando la
frecuencia de aquellas variantes que por casualidad están más favorecidas para sobrevivir y
reproducirse. Muchos son los llamados, pero pocos los elegidos.
La divergencia evolutiva de las poblaciones en el espacio y en el tiempo no es solo una
consecuencia de la selección natural. La selección natural no es un proceso optimizador de
carácter general que logra el “mejor” organismo para un medio ambiente concreto. Por el
contrario, obtiene una solución de entre una serie de “buenas” soluciones alternativas frente a
los problemas adaptativos- El resultado concreto de la evolución por selección en un caso
particular es fruto de acontecimientos históricos casuales. Los factores aleatorios, como la
deriva genética o la aparición o perdida de nuevas mutaciones al azar, pueden producir
resultados completamente distintos en un mismo proceso evolutivo, incluso aunque la
intensidad de la selección natural sea la misma. La metáfora que se emplea habitualmente es la
de un “paisaje adaptativo” de combinaciones genéticas en el que la selección natural dirige a la
población hacia un “pico” adaptativo en tal paisaje, pero solo a uno de los diversos picos
alternativos que hay en el paisaje.
No toda la evolución está impulsada por las fuerzas selectivas de la naturaleza. SI la diferencia
selectiva entre dos variantes genéticas es lo suficientemente pequeña, menor de la inversa del
tamaño de la población, se puede producir la sustitución de un alelo por otro nuevo
exclusivamente por acción de la deriva genética aleatoria. La sustitución de una secuencia
proteica por otra diferente pero de función equivalente parece dar cuenta de una gran parte de
la evolución molecular. La prueba de esta evolución neutra es que el numero de aminoácidos
diferentes en la misma molécula –por ejemplo. La hemoglobina- en dos especies diferentes es
directamente proporcional al número de generaciones que han transcurrido desde que ambas
especies se separaron a partir de un antepasado común. UN “reloj molecular” así, con una tasa
de cambio constante, no sería posible si la selección de las diferencias dependiera de cambios
concretos en el medio ambiente. Además, es de esperar que dicho reloj corra más deprisa para
proteínas como los fibrinopéptidos, en las que la composición aminoacídica no es esencial para
su función, y de hecho se observan este tipo de diferencias en el ritmo de avance del reloj
molecular. Por tanto, no podemos asegurar, si carecemos de pruebas, que los cambios
evolutivos sean resultado de una selección natural adaptativa.
Puesto que gran parte de la evolución de secuencias es efectivamente neutra, no existe una
relación simple entre la cantidad de cambio en la secuencia de DNA de los genes y la cantidad
de cambio, si lo hay, en la función de las proteínas codificadas. Algunas funciones proteicas
pueden cambiar a consecuencia de una sustitución en un único aminoácido, mientras que
otras requieren una serie de sustituciones. El efecto pleiotrópico de las mutaciones constituye
una importante restricción sobre la eolucion de la secuencia codificadora. Si una proteína sirve
para funciones múltiples en diferentes tejidos, las mutaciones en la secuencia codificadora
pueden afectar a todas las funciones, y por lo tanto tienen consecuencias negativas para la
eficacia biológica. El potencial efecto pleiotrópico de las mutaciones en las regiones
codificadoras puede ser evitado mediante mutaciones en elementos reguladores no
codificadores que pueden cambiar selectivamente la expresión del gen solo en un tejido o una
parte del cuerpo y no en otras. La evolución de la secuencia reguladora que actúa en cis es
crucial en la evolución de los caracteres morfológicos y la expresión de los genes herramienta
que controlan el desarrollo.
A menudo surgen nuevas funciones gracias a la evolución de genes duplicados. Este DNA nuevo
puede surgir por duplicación del genoma completo (poliploidía) seguido de una lenta
divergencia evolutiva del complemento cromosómico extra. Esto ha ocurrido frecuentemente
en el mundo vegetal. Una alternativa es la duplicación de genes individuales seguida de
selección y diferenciación. Otra fuente adicional de DNA, descubierta recientemente, es la
entrada en el genoma de DNA procedente de organismos filogenéticamente alejados mediante
una infección y posterior integración del DNA foráneo en el genoma nuclear, o por la formación
de orgánulos extranucleares con sus propios genomas. Los cloroplastos y las mitocondrias de
los organismos superiores han surgido de esta forma.
La gran diversidad de formas de vida distintas que han existido es consecuencia de historias
evolutivas independientes que han tenido lugar en poblaciones separadas. Para que distintas
poblaciones diverjan unas de otras no deben intercambiar genes; por tanto la evolución
independiente de un gran número de especies requiere que esas especies estén
reproductoramente aisladas. De hecho, definimos una especie como una población de
organismos que intercambian genes en su seno, pero que se encuentra reproductoramente
aislada con respecto a otras poblaciones. Los mecanismos de aislamiento reproductivo pueden
ser precgóticos o postcigóticos. Los mecanismos de aislamiento precigóticos son los que
impiden la unión de los gametos de dos especies. Estos mecanismos se pueden basar en
incompatibilidades de conducta entre los machos y las hembras de las distintas especies,
diferencias en el periodo o el lugar de la actividad sexual, diferencias mecánicas que impiden el
apareamiento, o incompatibilidades fisiológicas de los propios gametos. Entre los mecanismos
de aislamiento postcigótico se incluyen la incapacidad del hibrido para desarrollarse hasta la
etapa adulta, y la depresión de las generaciones posteriores de genotipos recombinantes. Las
diferencias genéticas responsables del aislamiento reproductivo entre especies estrechamente
relacionadas se encuentran, en su mayoría, distribuidas uniformemente por todo el genoma,
aunque en especies con determinación cromosómica del sexo puede haber una mayor
concentración de genes de incompatibilidad en el cromosoma sexual.
En resumen, la evolución genética es un proceso histórico sujeto a circunstancias históricas y al
azar, pero restringido por la necesidad de los organismos de sobrevivir y reproducirse en un
mundo en constante cambio.