Universidad Abierta y a Distancia de México

Materia: Biología Molecular I

Unidad 2: Síntesis de proteínas

Actividad 2

Alumno: Jesús Antonio Bueno Rojas

Matrícula: ES1521204483

Docente: JUAN ROBERTO ISRAEL BUSTOS GARCIA

Carrera: Ing. Biotecnología

Grupo: BI-BBM1-1902-B1-001

Fecha de entrega: 10/Agosto/2019

1. El primer punto de esta actividad es navegar y conocer la página de NCBI (The
National Center for Biotechnology Information): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI) es parte de la Biblioteca

Nacional de Medicina de Estados Unidos. Está localizado en Bethesda, Maryland y fue
fundado el 4 de noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información
de biología molecular para "descubrir nuevos conocimientos". Almacena y constantemente
actualiza la información referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice de
artículos científicos referentes a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica
en PubMed, una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de
otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos (Pinzón, 2006).

El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias

de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más usadas.

2. A continuación, investiga que es un BLAST en términos de bioinformática y observa

el siguiente video: https://www.youtube.com/watch?v=axcAutNQ4CY

BLAST una herramienta bioinformática. Compara una secuencia problema (query

sequence) de nucleótidos o de proteínas con todas las secuencias de una base de datos.
Como resultado de esta comparación, puede ocurrir que:

- La secuencia problema coincida al 100% con una secuencia de la base de datos: la

secuencia problema ya se conocía con anterioridad.
- La secuencia problema coincida al 100% con parte de una secuencia de la base de datos:
la secuencia problema es una subsecuencia de otra secuencia.
- La secuencia problema sea similar a otra(s) secuencia(s) de la base de datos: las regiones
de similitud pueden corresponder a dominios locales conservados con una función conocida.
- No se encuentren parecidos: la secuencia problema puede corresponder a un nuevo gen.

Además, BLAST hace un alineamiento con la secuencia problema y calcula la significancia

estadística de los resultados. Por regla general, las búsquedas con BLAST obedecen a uno
de estos objetivos:

- Identificar a qué organismo pertenece una secuencia concreta.

- Localizar la ubicación de una secuencia en el ADN genómico.
- Explorar las bases de datos en busca de secuencias relacionadas funcional o
evolutivamente para buscar nuevos miembros de una familia de genes o de proteínas
o para elaborar un árbol filogenético.
- Identificar dominios locales conservados.
- Hacer anotaciones en una secuencia en base a su similitud con otras secuencias ya
caracterizadas.

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3. Realiza el BLAST del siguiente gen para investigar a que proteína corresponde:

fasta.txt:

ATGGCCCTGTGGATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCT
GACCCAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAAGCT
CTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGACCCGCCGGGAG
GCAGAGGACCTGCAGGTGGGGCAGGTGGAGCTGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCA
GCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGGTCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAAT
GCTGTACCAGCATCTGCTCCCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAG

Resultados:

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Graphic summary

Alignments

4
La secuencia del gen corresponde a Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 4, mRNA.
Pertenece a la insulina del ser humano.

Este gen codifica la insulina, una hormona peptídica que juega un papel vital en la regulación
del metabolismo de carbohidratos y lípidos. Después de la eliminación del péptido señal
precursor, la preproinsulina es creada por un ribosoma en el retículo endoplasmático rugoso,
que pasa a ser proinsulina. La proinsulina se escinde post-traduccionalmente en tres
péptidos: los péptidos de la cadena B y de la cadena A, que están unidos covalentemente a
través de dos enlaces disulfuro para formar insulina, y el péptido-C. La unión de la insulina
al receptor de insulina (INSR) estimula la absorción de glucosa. Se han identificado una
multitud de alelos mutantes con efectos fenotípicos. Existe un gen de lectura directa, INS-
IGF2, que se superpone con este gen en la región 5 'y con el gen IGF2 en la región 3'. El
empalme alternativo da como resultado múltiples variantes de transcripción. Expresión
restringida hacia el páncreas (NCBI, 2019).

La insulina formada por 51 aminoácidos, producida y secretada por las células beta de los
islotes de Langerhans del páncreas. La síntesis de la insulina pasa por una serie de etapas.
Es una hormona anabólica por excelencia: permite disponer a las células del aporte
necesario de glucosa para los procesos de síntesis con gasto de energía.
La insulina tiene una importante función reguladora sobre el metabolismo, sobre el que tiene
los siguientes efectos: Estimula la glucogenogénesis, inhibe la glucogenolisis, aumenta el
transporte de glucosa en el músculo esquelético y en el tejido adiposo, aumenta la retención
de sodio en los riñones, aumenta la re-captación celular de potasio y aminoácidos, disminuye
la gluco-secreción hepática, promueve la glucólisis y favorece la síntesis de triacilglicéridos.
Las células beta de los islotes de Langerhans liberan la insulina en dos fases. La primera
fase de la liberación de insulina se desencadena rápidamente en respuesta al aumento de
los niveles de glucosa en la sangre. La segunda fase produce una liberación sostenida y
lenta de las recién formadas vesículas que se activan independientemente de la cantidad de
azúcar en la sangre.
La insulina es sintetizada y almacenada en el cuerpo en forma de un hexámero, es decir,
una unidad compuesta por seis insulinas, mientras que su forma activa es la de una hormona
monomérica. Se receta insulina a muchas personas con diabetes, ya sea porque su cuerpo
no produce insulina (diabetes tipo 1) o no usa la insulina debidamente (diabetes tipo 2).

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ARCHIVO FASTA

GGCATGAAAGTCAGGGCAGAGCCATCTATTGCTTACATTTGCTTCTGACACAACTGTGT
TCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCC
GTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGC
AGGTTGGTATCAAGGTTACAAGACAGGTTTAAGGAGACCAATAGAAACTGGGCATGTG
GAGACAGAGAAGACTCTTGGGTTTCTGATAGGCACTGACTCTCTCTGCCTATTGGTCTA
TTTTCCCACCCTTAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCC
TTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATG
GCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGG
GCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAA
CTTCAGGGTGAGTCTATGGGACCCTTGATGTTTTCTTTCCCCTTCTTTTCTATGGTTAAG
TTCATGTCATAGGAAGGGGAGAAGTAACAGGGTACAGTTTAGAATGGGAAACAGACGA
ATGATT

Resultados:

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Graphic summary

Alignments

7
La secuencia del gen corresponde a Homo sapiens hemoglobin (HBB) gene, promoter
region, exons 1, 2 and partial cds. Pertenece a la hemoglobina del ser humano.

El alfa (HBA) y beta (HBB) determinan la estructura de los 2 tipos de cadenas de polipéptidos
en la hemoglobina adulta. El tetrámero de hemoglobina adulta normal consta de dos cadenas
alfa y dos cadenas beta. La beta globina mutante causa anemia falciforme. La ausencia de
cadena beta causa beta-talasemia cero. Las cantidades reducidas de beta globina detectable
causan beta-más-talasemia. El orden de los genes en el grupo de beta-globina es 5'-épsilon
- gamma-G - gamma-A - delta - beta - 3 ' (NCBI, 2019).

El gen HBB Hemoglobina Subunidad Beta encontrado en el cromosoma 11 del genoma

humano, contiene una secuencia que codifica para la cadena polipeptídica de la beta globina,
que es una subunidad de la hemoglobina. Los aminoácidos para cada cadena polipeptídica
son 147 aa para la (HBB), y forma ocho hélices alfa; además tiene un grupo hemo, que es el
que permite que se una el oxígeno. Codifica para la proteína globina β, que forma parte de
la función de la hemoglobina, encargada de transportar oxígeno, dióxido de carbono e
hidrógeno. En caso de que hubiera un cambio en la secuencia o una malformación, se darían
ciertos efectos en nuestro organismo, al no llegar las moléculas indispensables a nuestras
células. Ejemplos de enfermedades son: anemia falciforme y beta talasemia.

Conclusión

El NCBI es una importante fuente de información de biología molecular, ya que ahí se

encuentra una gran base de datos referente a secuencias genómicas. Una herramienta del
NCBI es el BLAST, un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya
sea de ADN, ARN o de proteínas. A partir de los resultados se pueden inferir relaciones
funcionales, estructurales o evolutivas entre dos secuencias y, de este modo, identificar
nuevos miembros de una familia de genes o de proteínas.

FUENTES DE INFORMACIÓN
UnADM (2019). Biología Molecular I. Unidad 2. Síntesis de proteínas. Recuperado de:
https://unadmexico.blackboard.com/bbcswebdav/institution/DCSBA/Bloque%201/BT/05/BB
M1_151118/U2/Unidad2.Sintesisdeproteinas.pdf

Pinzón, A. (2006). Introducción a la Bioinformática. 2019, de Centro de Bioinformática del

Instituto de Biotecnología en la Universidad Nacional de Colombia. Sitio web:
http://bioinf.ibun.unal.edu.co/documentos/seqretrieveCBIB.pdf

NCBI (2019). INS insulin [Homo sapiens (human)]. Sitio web:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Db=gene&Cmd=DetailsSearch&Term=3630

NCBI (2019). HBB hemoglobin subunit beta [Homo sapiens (human)]. Sitio web:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3043