REQUERIMIENTOS DE LA CÉLULA

LAS BIOMOLÉCULAS: PROTEÍNAS Y

ÁCIDOS NUCLEICOS

Juan Camilo Acosta Pavas

Estudiante de Maestría en Ingeniería-Ingeniería Química
Fundamentos de Biotecnología
Universidad Nacional de Colombia, Sede Medellín
2018-II

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Contenido

• Generalidades
• Definición
• Dogma central
• Bases nitrogenadas
• Nucleósidos
• Nucleótidos
• ADN y ARN
• Replicación, transcripción y traducción
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Generalidades
Biología molecular: Estudio de la estructura y función del conjunto de macromoléculas
que se encuentran en las células vivas.

Genética: Mecanismos por los cuales los caracteres se transmiten de un organismo a otro
y como se expresan.

Transmisión de la información genética es la base de la función celular.

Acopladas permiten entender mecanismos moleculares que permiten que la célula

funcione, variabilidad de los organismos, evolución de especies.

Gen: Unidad de información genética., segmento de DNA que codifica una proteína (vía
RNAm), un RNAt o un RNAr.

Son entidades de codifican la estructura de un único polipéptido.

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Generalidades

Es el elemento de información que codifica la

secuencia de aminoácidos de una proteína.

Son almacenes de información y las proteínas

entidades funcionales.

Su información esta contenida en la secuencia de

bases del DNA

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Generalidades
Las etapas de transmisión de información son: Replicación, transcripción y traducción.

El código genético se traduce a proteína por medio de una maquinaria para síntesis de
proteínas, consta de ribosomas(compuestos por ARNr), ARNt y enzimas.

El genoma procarioto esta representado por una sola molécula de DNA circular
covalentemente cerrada y se encuentra en el citoplasma.

El genoma eucarioto esta compuesto por varias piezas lineales de DNA presentes en
cromosomas individuales en el núcleo de la célula.

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Ácidos nucleicos

● Son polinucleótidos, o polímeros de nucleótidos. Nucleósidos

● Son biopolímeros de alto peso molecular.
● Presentes en todas las células vivas.
● Importantes en la transmisión de la información genética.
Nucleótidos
● Responsables de la síntesis de proteínas y actividad
metabólica.
● Los planos para la construcción de un organismo están
codificados en su ácido nucleico. Ácidos nucleicos

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Ácidos nucleicos
Químicamente, se encontró que el ácido
nucleico consta de bases orgánicas
nitrogenadas, un azúcar pentosa y fosfato.

Hay dos especies químicas de ácido

nucleico, el DNA (ácido
desoxirribonucleico), y el RNA (ácido
ribonucleico).

La unidad monomérica contiene un azúcar

de cinco carbonos: la ribosa, en el RNA y la
2-desoxirribosa, en el DNA. Los átomos de
carbono se designan con primas (1', 2',
etc.) Figura 1. Estructuras químicas del ácido ribonucleico
(RNA) y del ácido desoxirribonucleico (DNA). 7
Ácidos nucleicos
La importancia de los ácidos nucleicos en el
almacenamiento y la transmisión de la
información deriva de que son
heteropolímeros.

Características importantes de todos los

polinucleótidos:
• Una cadena polinucleotídica posee un
sentido o direccionalidad.
• Los dos extremos de una cadena
polinucleotídica lineal son
diferenciables.
• Una cadena polinucleotídica posee
individualidad, determinada por la
secuencia de sus bases, se denomina
estructura primaria de ese ácido
nucleico concreto.
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Dogma central

• Un organismo vivo contiene un conjunto de instrucciones para cada paso

necesario para formar una réplica de sí mismo.

• Esa información reside en el material genético o genoma del organismo.

• La información que especifica la estructura primaria de una proteína está

codificada en la secuencia de nucleótidos en el ADN.

• La información es transmitida del ADN al ARN y del ARN se llega a la formación

de las proteínas.

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Bases Nitrogenadas
Las bases que se encuentran en los nucleótidos son
derivados de pirimidina o de purina (compuestos
heterocíclicos).

La pirimidina tiene un solo anillo de cuatro átomos de

carbono y dos de nitrógeno.

La purina tiene un sistema de anillos fundidos de pirimidina

y de imidazol.

Los dos tipos de bases son no saturados, con dobles enlaces Figura 2. Estructuras
conjugados. químicas de la pirimidina y
la purina.

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Purinas y Pirimidinas
Las principales pirimidinas que hay en los
nucleótidos son:

• Uracilo (2,4-dioxopirimidina, U)
• Timina (2,4-dioxo-5-metilpirimidina, T)
• Citosina (2-oxo-4-aminopirimidina, C)

Las principales purinas son:

• Adenina (6-aminopurina, A)
• Guanina (2-amino-6-oxopurina, G) Figura 3. Estructuras químicas de las
principales pirimidinas y purinas.
11
Purinas y Pirimidinas

Son insolubles en agua a pH

fisiológico.

Cada base contiene átomos y

grupos funcionales que pueden
ser donadores o aceptores de
hidrogeno.

Todas las bases en los

nucleótidos comunes pueden
participar en puentes de
hidrógeno.

Figura 4. Enlaces en pirimidinas y purinas. 12

Azucares
Los nucleótidos que contienen ribosa se llaman ribonucleótidos, y los que
contienen desoxirribosa se llaman desoxirribonucleótidos.

Figura 5. Estructuras químicas de los dos azúcares contenidos en los

nucleótidos. a) Ribosa (β-D-ribofuranosa). b) Desoxirribosa (2-desoxi-
β -D-ribofuranosa).
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Nucleósidos

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Nucleósidos
Los nucleósidos son derivados N-ribosilo o N-desoxirribosilo de las pirimidinas o las purinas.

La convención de numeración para los átomos de carbono y nitrógeno de los nucleósidos refleja
que están formados por una base y un azúcar de cinco carbonos, y cada uno de ellos tiene su
propio esquema de numeración.

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Nucleósidos

9-β-D-ribofuranosiladenina

16
Nucleósidos
A veces está restringida la rotación de los enlaces glicosídicos en nucleósidos y
nucleótidos.

Figura 6. Conformaciones sin y anti de la adenosina. La forma anti suele ser más estable en los
nucleósidos de pirimidina. 17
Nucleótidos
Son derivados fosforilados de los nucleósidos.

Los ribonucleósidos contienen tres grupos hidroxilo que se pueden fosforilar (2’, 3’ y 5’), y los
desoxirribonucleósidos contienen dos de esos grupos hidroxilo (3’ y 5’).

En los nucleótidos naturales, los grupos fosforilo suelen estar unidos al átomo de oxígeno del
grupo 5-hidroxilo.

Figura 7. Estructura del nucleótido Adenosín trifosfato. 18

Nucleótidos
En las purinas, la unión se realiza con el nitrógeno 9 y en las pirimidinas, con el nitrógeno 1.
El enlace entre el carbono 1' del azúcar y el nitrógeno de la base se denomina enlace
glucosídico.

19
Nucleótidos

20
Nucleótidos

21
Nucleótidos

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El ADN tiene doble hebra
El ADN es un polímero lineal de residuos de 2- La estructura propuesta por Watson y Crick
desoxirribonucleótido unidos por 3,5- se llama hoy conformación β del ADN, o
fosfodiésteres. simplemente β -ADN.

El ADN es el almacén de la información

El ADN de determinada célula están presentes
biológica. Cada célula contiene docenas de
A y T en cantidades equimolares, así como G y
C. enzimas y proteínas que se unen al ADN y
reconocen ciertas propiedades
estructurales, como la secuencia de
El modelo de ADN propuesto por Watson y nucleótidos.
Crick en 1953 se basó en las estructuras
conocidas de los nucleósidos, sobre figuras de No se habla de peso molecular sino de pares
difracción de rayos X y en las equivalencias
de bases, si es doble hélice kilopares de
químicas.
bases.

23
Unión de nucleótidos por enlaces de 3,5 fosfodiéster

La estructura primaria de un ácido nucleico es la secuencia

de sus residuos de nucleótido unidos por enlaces 3,5-
fosfodiéster.

El esqueleto de la cadena de polinucleótidos consiste en los

grupos fosforilo y los átomos de carbono 3’, 4’ y 5’, y el
átomo de oxígeno 3’ de cada desoxirribosa.

Eso hace que el ADN de doble cadena sea una molécula

larga y delgada.

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Unión de nucleótidos por enlaces de 3,5 fosfodiéster
Formación de una doble hélice con dos hebras
antiparalelas
La mayor parte de las moléculas de ADN consisten de dos hebras, de
polinucleótidos. Cada una de las bases en una hebra forma puentes
de hidrógeno con una base de la hebra opuesta.

La guanina se aparea con citosina y la adenina con timina,

maximizando los puentes de hidrógeno entre sitios potenciales.

Los esqueletos de azúcar-fosfato en las hebras complementarias de

ADN de doble hebra tienen orientaciones opuestas.

En el ADN de doble hebra, la distancia entre dos esqueletos de

azúcar-fosfato es igual para cada par de bases.
25
Unión de nucleótidos por enlaces de 3,5 fosfodiéster
Formación de una doble hélice con dos hebras antiparalelas
Las interacciones no covalentes cooperativas entre las superficies
superior e inferior de cada par de base acercan entre sí a esos pares
y crean un interior hidrofóbico.

El ADN presenta un surco mayor y surco menor.

El β-ADN es una hélice derecha con 2.37nm de diámetro.

El ascenso de la hélice es la distancia entre un par de bases y el

siguiente, a lo largo del eje de la hélice (0.33nm).

El paso de la hélice es la distancia para completar una vuelta

(3.40nm).

Hay unos 10.4 pares de bases por vuelta de la hélice.

El ángulo de rotación entre nucleótidos adyacentes en cada hebra es

de unos 34.6° (360/10.4). 26
ADN
Podemos abreviar una molécula pequeña de DNA de la forma siguiente:

Esta notación indica:

(1) La secuencia de nucleótidos.
(2) Todos los enlaces fosfodiéster son entre hidroxilos 3’ y fosfatos 5’.
(3) Esta molécula concreta tiene un grupo fosfato en su extremo 5’ y un hidroxilo 3’.
(4) También nos dice que es una secuencia de DNA y no RNA, porque tiene T y no U.
27
ADN

Si se supone que todos los enlaces fosfodiéster unen un hidroxilo 3' a un fosfato 5’
(como suele ocurrir), puede utilizarse una notación más compacta de la misma
molécula (pApCpGpTpT).

Se sobrentiende la presencia del grupo 3'— OH sin reaccionar. Si hubiera un fosfato en

el extremo 3' y un hidroxilo sin reaccionar en el extremo 5', escribiríamos
(ApCpGpTpT).

Por último, si nos interesa solamente la secuencia de bases de la molécula, como

sucede en muchas ocasiones, podemos utilizar una notación aún más compacta
(ACGTT).

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Estabilización de la doble hélice por fuerzas débiles
Hay cuatro clases de interacciones que afectan la conformación del ADN de doble hebra.

Interacciones de apilamiento: los pares de bases apilados forman contactos de van der
Waals.

Puentes de hidrógeno: los puentes de hidrógeno entre pares de bases forman una
importante fuerza estabilizadora.

Efectos hidrofóbicos: Al sepultar los anillos hidrofóbicos de purina y pirimidina en el

interior de la doble hélice aumenta la estabilidad de la hélice.

Interacciones entre cargas: La repulsión electrostática de los grupos fosfato con carga
negativa en el esqueleto es una fuente potencial de inestabilidad de la hélice de ADN.

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Hélices B y A

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DNA circular y superenrollamiento
Esta enrollado alrededor de proteínas llamadas histonas,
formando estructuras denominadas nucleosomas.

Histonas cargadas de manera positivas para neutralizar las

cargas negativas del DNA (fosfatos).

Formación de cromatinas, pueden generar mas

plegamientos.

El superenrollamiento introduce torsión en la molécula de

DNA.

El DNA puede superenrrollarse en una dirección positiva o

negativa.

Negativa: el DNA se tuerce a lo largo de su eje en la

dirección opuesta a la de la doble hélice (forma común).

Los cromosomas procariotos se consideran desnudos no

contienen proteínas asociadas.
31
DNA circular y superenrollamiento

Figura 8. DNA vírico de una sola cadena Figura 9. DNA bacteriano de doble cadena
(circular). (circular).

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DNA circular y superenrollamiento

Figura 11. Moléculas de DNA relajadas y

Figura 10. DNA bacteriano de doble superenrolladas, 3 moléculas de DNA
cadena (lineal). mitocondrial (16500pb).
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ARN
Los ARN son moléculas de una hebra, pero con frecuencia tienen estructura
secundaria compleja.

Figura 11. Ovilo aletorio, estructura de bases apiladas (helices de una sola cadena),
Formación de la horquilla en la reglón autocomplementaria (doble hélice).

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ARN
Hay cuatro clases principales de ARN en todas las
células vivas:
ARN ribosómico (ARNr):
• Constituye el 80% aproximadamente del RNA.
• Son parecidos al RNAt pero con pesos moleculares
mayores.
• Forman el 60% de los ribosomas (sitio de síntesis
proteica).
ARN de transferencia (ARNt):
•Forman un 15% del ARN celular total.
•Son moléculas de peso molecular pequeño comparado
con los otros.
•Transportan aminoácidos utilizados en la síntesis de
proteínas.
•Estructura en forma de hoja de trébol.
ARN mensajero(ARNm):
• Forma el 3% del ARN celular total. Estas
moléculas son las menos estables de los ácidos
ribonucleicos celulares.
• Carga la información genética a los ribosomas
(sitios de síntesis de proteínas).
• Es complementario al DNA y se construye como
un molde sobre él.
ARN pequeño:
Muchas de esas moléculas de ARN se relacionan
con eventos de procesamiento que modifican al
ARN después de que se ha sintetizado.
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Replicación: DNA a DNA
Naturaleza semiconservativa de la replicación del DNA

Cada cadena sirve de molde para la síntesis de una cadena nueva.

La replicación completa de una molécula de DNA producirá dos dobles cadenas «hijas».

Cada una consistente en una mitad de DNA del progenitor (una cadena de la estructura
de doble cadena original) y otra mitad de material nuevo. Esta forma de replicación se
denomina semiconservativa, ya que se conserva la mitad del material original en cada
una de las dos copias.

La molécula de DNA, que actúa como material genético de la célula, es una doble hélice
de cadenas largas. Durante este proceso el DNA se duplica produciendo dos hélices
dobles.
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Replicación: DNA a DNA
La molécula de DNA que es copiada forma una
complementariedad y se denomina molde.

Siempre ocurre en el sentido 5´al hidroxilo del extremo 3´

Las enzimas que catalizan la adición de los nucleótidos se

denominan DNA polimerasas.

Las DNA polimerasas sintetizan el nuevo DNA en la dirección

5´-3´.

No tienen la capacidad de iniciar una nueva cadena, todas

estas enzimas únicamente pueden añadir un nucleótido a
un 3´-oH preexistente.

Debe existir un iniciador o primer, generalmente fragmento

corto de RNA.

37
Replicación: DNA a DNA
La replicación transmite la información genética de célula a célula y de generación a
generación.
Menos de 1 error por cada 108 bases

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Transcripción: del DNA al RNA
La expresión de la información genética incorpora
siempre un primer paso de transcripción de los genes en
moléculas de RNA de secuencias de nucleótidos
complementarias.

Es fácil comprender esta producción de moléculas de

RNA específicas. De la misma forma que una cadena de
DNA puede dirigir la replicación, también puede dirigir la
transcripción, que es la formación de una cadena de
RNA complementaria.

El DNA no participa directamente en la síntesis de

proteínas, lo hace a través del ARN.
Figura 12. Principio básico de transcripción.
ARNm: lleva la información que codifica la proteína.

Algunas regiones de ADN que se transcriben no

codifican proteínas, sino que contienen información
para otros tipos de ARN ARNT, ARNr.

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Transcripción: del DNA al RNA
En eucariotas los genes que codifican proteínas están frecuentemente divididos en dos o tres regiones
codificadoras separadas por regiones no codificadoras. Las regiones codificadoras se llaman exones y la regiones
separadoras intrones.

Ambas formas se transcriben para dar un transcrito primario o re-RNA, formándose luego el RNA funcional por
eliminación de los intrones.

Se lleva a acabo por la enzima RNA polimerasa, cataliza la formación de enlaces fosfodiéster entre
ribonucleótidos.

RNA actúa a dos niveles:

Genético: El RNA puede transportar la información genética presente en el DNA.

Funcional: Actúa como macromolécula por derecho propio, teniendo una función estructural y funcional en el
RNAr o en la transferencia de aminoácidos durante la síntesis de proteínas (RNAt).

40
Traducción: del RNA a la proteína
La secuencia lineal de bases que constituye la información que codifica la proteína se «lee» por la
célula en bloques de tres residuos de nucleótidos, o codones, cada uno de los cuales especifica un
aminoácido diferente. Se denomina código genético al conjunto de reglas que especifican los
codones de los ácidos nucleicos que corresponden a cada aminoácido.

En cada organismo, una fracción sustancial del DNA genómico es capaz de transcribirse o «leerse»
para permitir la expresión de su información y dirigir la síntesis de moléculas de RNA y de proteínas.
Cada segmento de DNA que codifica una proteína o una molécula de RNA es un gen.

La secuencia especifica de aminoácidos en cada proteína esta determinada por una secuencia
especifica de bases en el ARNm( que se transcribe a su vez a partir del DNA).

La secuencia de la proteína no indica la secuencia del acido nucleico.

41
Traducción: del RNA a la proteína
Se necesitan 3 bases de ARNm para
codificar un solo aminoácido y cada uno
de estor tripletes se denomina codón.

Correspondencia entre el acido nucleico

molde y su producto proteínico.

Un triplete de tres bases llamado codón

codifica un aminoácido especifico.

64 codones posibles

El codón es leído por apareamiento de

bases con una secuencia de tres bases
presentes en un ARNt denominada
anticodón.

42
Traducción: del RNA a la proteína
La estructura del RNA de trasferencia (ARNt),
una clase de RNA que interviene en la síntesis
de las proteínas.

43
Traducción: del RNA a la proteína

44
Traducción: del RNA a la proteína

Figura 13. Principio básico de la traducción.

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Referencias

H. Robert Horton., Laurence A. Moran., K. Gray Scrimgeour., Marc D. Perry.,

J. David Rawn., (2008). Principios de Bioquímica CUARTA EDICIÓN. PEARSON
EDUCACIÓN.
Capitulo 19: Ácidos nucleicos.

Christopher K. Mathews., K. E. Van Holde., Dean R. Appling., Spencer J.

Anthony-Cahill., (2013). Bioquímica, 29a edición. PEARSON EDUCACIÓN,
S.A., Madrid.
Capitulo 4: Ácidos nucleicos.

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