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Proteínas y enzimas
Las proteínas son macromoléculas orgánicas compuestas básicamente por carbono, hidrógeno,
oxígeno y nitrógeno. Además, es frecuente el azufre y en menor frecuencia fósforo, hierro,
magnesio, cobre, etcétera.
• Forman más del 50% en peso de la materia viva una vez seca.
• Son fundamentales para la estructura y el funcionamiento celular. En una sola célula puede
haber miles de proteínas diferentes.
• Están formadas por la unión de aminoácidos, de los que hay 20 diferentes, unidos por
enlaces peptídicos.
Las unidades básicas que forman las proteínas son los aminoácidos, moléculas de bajo peso
molecular que al unirse entre sí mediante el enlace peptídico forman péptidos y proteínas. Los
aminoácidos son compuestos que tienen todos ellos un grupo carboxilo (-COOH) y un grupo
amino (-NH2) unidos al mismo átomo de carbono, denominado carbono α (alfa), diferenciándose en
las cadenas laterales o grupos representados por R.
Son 20 aminoácidos distintos los que forman las proteínas, y una proteína se diferencia de otra por
el número y la posición de aminoácidos en la cadena, por lo que la variedad de posibles secuencias
es prácticamente ilimitada.
La clasificación se basa en los grupos R, que en unos es polar e hidrófilo y en otros apolar e
hidrófobo.
• Neutros polares sin carga: más solubles en agua que los no polares, porque sus radicales R
pueden establecer puentes de hidrógeno.
• Ácidos: con mayor número de radicales carboxilo que amino, por lo que su carga neta es
negativa.
• Básicos: con mayor número de radicales amino que carboxilo y con carga neta positiva.
Los aminoácidos se unen entre sí para formar péptidos -constituidos por la unión de entre 2 a 100
aminoácidos- y proteínas -formadas por más de 100 aminoácidos-. En cualquier caso, los
aminoácidos se unen mediante enlace peptídico.
La actividad biológica de las proteínas depende de su configuración espacial, por ello adoptan la
conformación más idónea para desempeñar su función.
Las enzimas son proteínas que catalizan de manera específica determinadas reacciones que se
producen en los seres vivos. Para ello se unen a la molécula o catabolito que van a transformar, que
se denomina sustrato. Sin la acción catalítica de las enzimas, las reacciones químicas serían tan
lentas que el metabolismo celular no podría desarrollarse.
• Son biocatalizadores.
• Su actividad radica en el centro activo, una región de la enzima por donde se une al sustrato
de manera específica.
La biocatálisis es el proceso por el que se aumenta la velocidad de una reacción metabólica debido a
la acción enzimática.
Las enzimas no alteran el equilibrio químico de la reacción que catalizan, sino que aceleran la
reacción. Intervienen sobre la energía de activación de las reacciones químicas, disminuyéndola, de
manera que la reacción ocurre con mayor velocidad.
Los ácidos nucleicos son biomoléculas complejas con carácter ácido, que desempeñan funciones
biológicas de trascendental importancia en todos los seres vivos. Son las moléculas encargadas de
almacenar, transmitir y expresar la información genética, es decir, la información codificada que
permite a los organismos desarrollar sus ciclos biológicos, desde su nacimiento a su muerte.
Los ácidos nucleicos son macromoléculas biológicas formadas por otras subunidades más pequeñas
o monómeros, denominados nucleótidos.
Existen dos tipos de ácidos nucleicos, el ADN o ácido desoxirribonucleico y el ARN o ácido
ribonucleico.
- NUCLEÓTIDOS
Los nucleótidos son los monómeros por los que están formados los ácidos nucleicos.
Cuando no existe el grupo fosfato, sino sólo una base y una pentosa, se habla de nucleósidos.
Las bases nitrogenadas pueden ser de dos tipos: Púricas o Pirimidínicas. Las primeras derivan de la
purina y las segundas de la pirimidina. Aquí tienes dos imágenes donde se representan las bases
nitrogenadas que forman parte de los ácidos nucleicos.
3. HIDRATOS DE CARBONO
• Grupo carbonilo
• Grupos OH
• Enlaces C-H
Los lípidos son un grupo de biomoléculas constituidas por carbono, hidrógeno y oxígeno, aunque
es frecuente la presencia de fósforo, azufre o nitrógeno, que se caracterizan por:
• Son biomoléculas insolubles en agua y otros disolventes polares, pero solubles en otros
disolventes como acetona, metanol o éter.
• Desde el punto de vista de la estructura química, ser un grupo muy heterogéneo y diverso.
Entre las múltiples funciones que desempeñan los lípidos cabe destacar las siguientes:
Lípidos Saponificables
Acilglicéridos o grasas
Ceras
Son moléculas formadas por la unión de un alcohol de cadena larga con un ácido graso de cadena
muy larga que son extremadamente insolubles. Tienen función protectora, ya que impermeabilizan
la superficie corporal de muchos seres vivos evitando la pérdida de agua o el deterioro de
estructuras en contacto con los agentes meteorológicos.
Fosfolípido
Son moléculas formadas por la unión de dos ácidos grasos y un ácido fosfórico. Tienen función
estructural y forman la base de todas las membranas celulares, en las que se organizan formando
bicapas.
Así, las moléculas de fosfolípidos poseen una región polar, hidrófila (llamada cabeza) y otra
hidrófoba (llamada cola), que corresponde a los ácidos grasos. Por esta razón, decimos que los
fosfolípidos son anfipáticos.
Esta propiedad determina la función de los fosfolípidos, ya que cuando se disponen en medio
acuoso, se colocan de tal manera que las cabezas hidrófilas
están en contacto con el agua y las colas hidrófobas aisladas
de ella.
Lípidos insaponificables
Terpenos y esteroides
Son moléculas que no poseen ácidos grasos y que se originan de otros hidrocarburos. No son tan
abundantes como los que sí los contienen, pero son muy importantes para la vida por las funciones
que desempeñan.
• Ribosa
• Adenina
• Tres grupos fosfato
La alta energía potencial en los enlaces fosfato del ATP hace que se produzcan reacciones en las
células, que pueden ser de dos tipos:
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2.2. Como impulsa el ATP las reacciones endergónicas.
3. RESPIRACION CELULAR.
Es el proceso por el cual las células general ATP mediante reacciones redox
Hay varios tipos de respiración celular, entre los que podemos destacar:
4. RESPIRACION AEROBIA.
*Glucolisis
*Procesamiento del piruvato
*Ciclo de Krebs, ciclo del ácido cítrico o via de Embden-Meyerhof
*Transporte de electrones
4.1. Glucolisis.
El balance energético de la glucolisis, por cada molécula de glucosa, queda resumido en la siguiente
tabla:
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El ciclo de Krebs, como no podía ser de otra manera, también esta regulado:
Gracias a esta regulación, las células acoplan cuidadosamente la tasa de respiración celular a sus
requerimientos energéticos: el ATP se produce a demanda
• La mayor parte de la energía esta almacenada en los electrones del NADH y del FADH2
• Estos electrones de alta energía son conducidos a un nivel energético inferior a través de una
secuencia de reacciones redox
• Finalmente son aceptados por el O2, que se combina con protones para formar H2O
• Las moléculas responsables de la oxidación del NADH y el FADH2 se denominan
CADENA TRANSPORTADORA DE ELECTRONES, que no son mas que un conjunto
de proteínas transportadoras
• Mientras que los electrones pasan de una proteína a otra de la cadena, La energía liberada se
utiliza para bombear protones por la membrana mitocondrial interna
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• Una vez establecido el gradiente de protones, un flujo de protones a través de la enzima
ATP-SINTASA provoca la formación de ATP a partir de ADP + Pi
• Una vez que los electrones del final de la cadena son aceptados por el O2 para formar H2O,
la oxidación de la glucosa se completa
• La mayoría de las moléculas de la ETC son proteínas que contienen grupos químicos en los
que tienen lugar las reacciones redox. Todos esos grupos se oxidan y reducen fácilmente
• La membrana interna también contiene una molécula llamada UBIQUINONA,
COENZIMA Q, o simplemente Q, consistente en un anillo carbonado unido a una larga
cola de subunidades de isopreno
• La estructura de Q determina la función de la molécula y la Q puede moverse por toda la
membrana mitocondrial, ya que es liposoluble, mientras que el resto de las proteínas de la
ETC están incrustadas en la membrana
• Las moléculas implicadas en el procesamiento del NADH y el FADH2 se diferencian en su
electronegatividad
• La ETC se organiza en 4 complejos de proteínas y cofactores: dos de estos complejos
bombean protones
• Las proteínas CoQ y CITOCROMO C transfieren protones entre los complejos
• Cuando Q acepta H+ del complejo I o II también gana electrones (se reduce)
• Q se difunde a la cara externa de la membrana interna y sus electrones se utilizan para
reducir un componente del complejo III
• Los H+ que lleva Q se liberan al espacio intermembranoso
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4.6. Fosforilación oxidativa.
Es la síntesis de ATP a partir de la energía liberada por los electrones a lo largo de la ETC y la
acción de la ATP-SINTASA:
5. RESPIRACION ANAEROBIA.
*FERMENTACION LACTICA
*FERMENTACION ALCOHOLICA
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5.1. Fermentación.
Fermentacion Lactica
Fermentacion Alcoholica
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6. COMO INTERACCIONA LA RESPIRACION CELULAR CON OTRAS VIAS
METABOLICAS.
Para generar ATP, la célula agota primero los hidratos de carbono, después las grasas, y por ultimo
las proteínas.
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TEMA 7
CICLO CELULAR Y DIVISION CELULAR. MITOSIS Y MEIOSIS
1. CROMOSOMAS Y GENES.
• Un CROMOSOSA consiste en una única y larga doble hélice de DNA que esta envuelta
por proteínas de una manera altamente organizada. El DNA codifica la información celular
hereditaria o MATERIAL GENETICO.
• Un GEN es un segmento de ADN que codifica una proteína en particular o RNA presente
en la célula.
• El material hereditario se duplica, con una copia que va a cada célula hija durante la mitosis.
Como resultado, las dos células hijas tienen información genética idéntica a la de la célula
parental.
• Durante la mitosis, las cromátidas hermanas de cada cromosoma se separan y cada una de
ellas va al núcleo de cada célula hija
• La mitosis consta de las siguientes fases:
PROFASE
• Los cromosomas se condensan y se hacen visibles al microscopio óptico
• Se forma el HUSO MITOTICO: estructura que produce fuerzas mecánicas que empujan
al conjunto de los cromosomas hacia las células hijas (consiste en una formación de
microtúbulos en forma de pelota de rugby)
• Grupos de microtúbulos, llamados FIBRAS DEL HUSO, se unen a los cromosomas: las
fibras del huso se originan de un centro organizador de microtúbulos, llamado
CENTROSOMA, que consiste en una pareja de CENTRIOLOS.
• Durante la profase, las fibras del huso, o bien comienzan moviéndose hacia los polos
opuestos de la célula, o bien se forman en ellos.
PROMETAFASE
• El nucleolo desaparece y la membrana nuclear se fragmenta y desintegra
• Después de esta desintegración, las fibras del huso de cada huso mitótico se unen a cada
una de las cromátidas hermanas de cada cromosoma
• Esta unión tienen lugar en una estructura llamada CINETOCORO: los cinetocoros se
localizan en la región del centrómero, donde las cromátidas hermanas están unidas entre
ellas
• Cada cromosoma tiene dos cinetocoros donde se unen las fibras del huso, una a cada lado
• Los centrosomas continúan su movimiento hacia los polos opuestos de la célula y los
microtúbulos unidos a los cinetocoros empiezan a mover los cromosomas hacia el ecuador
de la célula
METAFASE
• En animales, los centrosomas completan su migración hacia los polos opuestos de la célula
• Los microtúbulos del cinetocoro acaban moviendo los cromosomas a la mitad de la célula:
cuando la metafase acaba, los cromosomas están alineados a los largo de un plano
imaginario llamado PLACA METAFASICA
• Se completa la formación del huso mitótico, y cada cromátida se une a las fibras del huso
que discurren desde su cinetocoro hasta uno de los polos de la célula
• Cada cromosoma es sostenido por las fibras del cinetocoro alcanzando los polos opuestos y
ejerciendo la misma cantidad de tensión o fuerza de arrastre: esta ocurriendo un juego de
tira y afloja, con las fibras del huso tirando de cada cromosoma en direcciones opuestas
ANAFASE
• Al comienzo, se separan las cromátidas hermanas unidas por el centrómero: son separadas
por igual, para crear cromosomas independientes
• Las fibras del huso comienzan a acortarse, al tiempo que las proteínas motoras arrastran a
los cromosomas hacia los polos opuestos de la célula
• Los polos de la célula también son alejados uno del otro por proteínas motoras asociadas a
los microtúbulos, que no se encuentran unidos a los cromosomas
• Los cromosomas replicados se separan en dos juegos idénticos de cromosomas no
replicados
• Cada polo de la célula tiene una colección equivalente y completa de cromosomas
idénticos a los de la célula parental
TELOFASE
• Se forma una membrana nuclear alrededor de cada juego de cromosomas
• El huso mitótico se desintegra y los cromosomas comienzan a descondensarse
La mitosis finaliza una vez que los dos núcleos independientes se han formado
2.4. Citocinesis: division del citoplasma.
Citocinesis en animales
• Un anillo de filamentos de actina se forma en el interior de la membrana plasmática en un
plano que divide a la célula en dos, formándose el SURCO DE DIVISION
• La proteína motora MIOSINA se une a los filamentos de actina
• Cuando la miosina se une al ATP o ADP parte de la proteína se mueve, permitiendo el
deslizamiento de los filamentos de actina
• Conforme la miosina se desplaza, el anillo de filamentos de actina se contrae y estrecha,
empujando a la membrana con el
• La membrana se introduce hacia dentro hasta que se divide en dos y la división celular se
ha completado
Citocinesis en plantas
• Es un mecanismo distinto
• Una serie de microtúbulos y otras proteínas definen y organizan la región donde se
formaran la nueva membrana plasmática y la pared celular
• Las vesículas del aparato de Golgi son transportadas hacia la mitad de la célula en división,
donde formaran una estructura llamada PLACA CELULAR
• Las vesículas llevan componentes de la pared celular y la membrana plasmática que se
constituirá gradualmente, completando la placa celular y dividiendo a las dos células hijas
3. REGULACION DEL CICLO CELULAR.
*Una de ellas es una proteína QUINASA, que cataliza la fosforilación de una proteína
objetivo a través de un fosfato del ATP. Debido a la fosforilación de la proteína diana, esta
cambia de forma
*La segunda subunidad pertenece al familia de las CICLINAS
• La subunidad quinasa del MPF solo se activa cuando esta unida a la ciclina, por lo que es
llamada QUINASA-CICLINA-DEPENDIENTE (CDK)
De todo esto podemos deducir que el MPF activa la aparición de la fase M. Sin embargo, también
activa un complejo enzimático que promueve la degradación de la subunidad ciclina del MPF:
Dicho esto, pasaremos a analizar cada uno de los tres puntos de control existentes a lo largo del
ciclo celular:
Punto de control en • Es el mas importante para establecer si la célula continuara a través
G1 del ciclo celular y se dividirá o entrara en fase G0
• Existen mecanismos para detener el ciclo si la célula que se va a
dividir es muy pequeña
• Los unicelulares se detienen en G1 si las condiciones nutricionales
son muy pobres
• En pluricelulares, las células pasan el control o no en respuesta a la
señalización molecular de otras células (SEÑALES SOCIALES)
• Si el DNA es físicamente dañado, la proteína P53 activa genes
que detienen el ciclo celular hasta que el daño pueda ser reparado,
o conduce a la destrucción programada y controlada de la célula
(este fenómeno se denomina APOPTOSIS)
• Debido a esto ultimo, las P53 son proteínas supresoras de tumores
• Los componentes del punto de control de G1 tienen, por tanto, la
función de asegurar que la célula este sana y pueda replicar su
DNA y dividirse
Punto de control • Las células se detienen en este punto si la replicación cromosómica
entre G2 y la fase M no se ha completado correctamente o si el DNA esta dañado
• El MPF es la señal activadora de la fase M. Por tanto, el MPF esta
implicado en este punto de control
• Si el DNA es dañado o los cromosomas no se replican
correctamente, queda bloqueada la desfosforilación y activación
del MPF, por lo que las células continúan en fase G2
Punto de control de • Si todos los cromosomas no están unidos correctamente al huso
la fase M mitótico, la fase M se detiene en metafase, y la anafase es retrasada
hasta que todos los cinetocoros estén bien unidos a las fibras del
huso
• Si este punto de control no existiera, algunos cromosomas podrian
no separarse correctamente, y las células hijas recibirían un
numero incorrecto de cromosomas durante la anafase. Los efectos
de esto podrían ser desastrosos
Si uno de los puntos de control falla, las células afectadas pueden comenzar un crecimiento
descontrolado, cuyas consecuencias son nefastas: CANCER
• Cuando maduran muchas células, entran en fase G0 y su ciclo celular se detiene en el punto
de control G1
• Las células que pasan este punto de control replican su DNA y entran en fase G2, por lo que
la mayoría de tipos de cáncer implican defectos en el punto de control de G1
ORGANISMOS UNICELULARES
• El paso del punto de control G1 esta pensado para depender del tamaño celular y de la
disponibilidad de nutrientes
• Si los nutrientes son abundantes las células pasan por el punto de control y crecen
rápidamente
ORGANISMOS PLURICELULARES
• Las células reciben un aporte constante de nutrientes. Por tanto, la mayoría de células en
pluricelulares de dividen en respuesta a otro tipo de señales, llamadas CONTROLES
SOCIALES
• Las células individuales deberían ser autorizadas a dividirse solo si el crecimiento es
adecuado para el interés del organismo como un todo
• El control social se basa en los tipos de señales intercelulares introducidos en el tema 4.
Estas señales se denominas FACTORES DE CRECIEMIENTO (son polipéptidos o
proteínas pequeñas, responsables de estimular la división celular)
• Tipos celulares diferentes en un organismo pluricelular son controlados por distintas
combinaciones de factores de crecimiento
• En células cancerígenas se rompe el control social normal en el punto de control G1
Las células pueden volverse cancerígenas si fallan los controles sociales, es decir, si se dividen en
ausencia de una señal de ''adelante'' por parte de los factores de crecimiento. En este caso pueden
ocurrir dos cosas:
• En algunos canceres, la ciclina de G1 es sobreproducida, entonces la cdk que se une a la
ciclina fosforila a Rb continuamente, activando E2F y enviando a la célula a la fase S. Esto
hace que la presencia de factores de crecimiento sea excesiva, debido a un defecto en la
cascada de señalización: la vía implicada comienza con un RTK que responde a los factores
de crecimiento e incluye a la proteína Ras que ya vimos en el tema 4. Por eso es habitual
encontrar proteínas Ras defectuosas en células cancerígenas
• Si Rb es defectuosa, es decir, si Rb se pierde o no se une a E2F de forma normal, cualquier
E2F presente empuja a la célula hacia el punto de control G1 y la fase S. De esta forma,
defectos en Rb llevan a una división celular descontrolada
4. MEIOSIS
• Cuando se completa la meiosis II cada célula se divide para formar dos células hijas.
• La meiosis II es virtualmente idéntica a la mitosis.
5. DIFERENCIAS ENTRE MITOSIS Y MEIOSIS.
MITOSIS MEIOSIS
Nº de divisiones celulares 1 2
Nº de cromosomas en las Igual La mitad
células hijas en relación con la
célula parental.
Sinapsis de cromosomas No Si
homólogos.
Similitud de los cromosomas Idéntica Segmentos maternos y paternos
en las células hijas mezclados en los cromosomas.
Sólo un cromosoma de cada
tipo.
Función en el ciclo de la vida Reproducción asexual en Precede a la producción de
eucariotas:división celular para gametos en animales que se
el crecimiento de organismos reproducen sexualmente.
multicelulares.
6. CONSECUENCIAS DE LA MEIOSIS.
6.2. Sobrecruzamiento.
7. ERRORES EN LA MEIOSIS.
Para que un gameto consiga un juego completo de cromosomas deben ser ejecutados perfectamente
dos pasos en la meiosis:
• Cada pareja de cromosomas homólogos de debe separar durante la meiosis I para que cada
homólogo termine cada uno en una célula hija. Si ambos homólogos migran hacia el mismo
polo de la célula se produce un error de NO DISYUNCIÓN: habrá gametos con un
cromosoma de más (n+1) y otros con uno de menos (n-1).
Si un gameto n+1 es fecundado por un gameto n normal, el cigoto resultante será 2n+1. Ésta
situación es una TRISOMÍA. Un ejemplo de trisomia es el SÍNDROME DE DOWN.
Si el gameto n-1 es fecundado por un gameto n normal el cigoto resultante será 2n-1. Éta
situación se llama MONOSOMÍA.
Las células que tienen demasiados o insuficientes cromosomas se conocen como células
ANEUPLOIDES.
• Las cromátidas hermanas deben separarse unas de otras y migrar hacia polos opuestos de la
célula en la meiosis II. Si éste paso falla las células hijas resultantes serán n+1 y n-1. Sin
embargo, es relativamente raro que gametos anormales n+1 y n-1 se produzcan por no
disyunción en la meiosis II.
Los errores en la meiosis son una causa mayoritaria de abortos en seres humanos. La hipótesis
principal es que ocurren accidentalmente al azar, y no parece haber ninguna predisposición genética
o heredada a la trisomía o otros tipos de disfunción: la mayoría de casos de síndrome de down tiene
lugar en famílias sin antecedentes de ésta condición:
• El SÍNDROME DE KLINEFFERTER, que se desarrolla en individuos XXY ocurre en
alrededor 1 de cada 1000 barones nacidos vivos, y dan lugar a mujeres que pueden tener o
no síntomas como daño en la función mental o esterilidad.
• El SÍNDROME DE TURNER se desarrolla en individuos XO, donde O indica la falta del
segundo cromosoma X, y ocurre en 1 de cada 5000 nacidos vivos. Los individuos con éste
síndrome son mujeres esteriles.
TEMA 8
DNA Y GENES. SINTESIS Y REPARACION
1
1.2. Apertura y estabilización de la helice.
• Una vez desenrollada y estabilizada la hélice, una enzima llamada PRIMASA sintetiza un
fragmento corto de RNA que actuá como cebador o iniciador para la DNA polimerasa (la
primasa es un tipo de RNA polimerasa)
• Una vez en cebador esta en su lugar, la DNA POLIMERASA III empieza a añadir
desoxirribonucleótidos al extremo 3' de la nueva hebra
• A medida que la DNA polimerasa III se mueve a lo largo de la hebra de DNA, una
estructura en forma de rosquilla por detrás de ella, llamada PINZA DE
DESLIZAMIENTO, sujeta a la enzima en su sitio
• El producto de la enzima se llama HEBRA CONDUCTORA o CONTINUA, porque
conduce hacia la horquilla de replicación y porque se sintetiza de forma continua, sin parar
2
2. REPLICACION DE LOS EXTREMOS DE LOS CROMOSOMAS LINEALES.
• Los telómeros consisten en fragmentos de nucleótidos que se repiten una y otra vez. En
humanos, por ejemplo, la secuencia de bases TTAGGG se repite miles de veces. Por tanto,
la secuencia de bases en la hebra complementaria seria CCCTAA
• Una enzima llamada TELOMERASA participa en la replicación de los telómeros: cataliza
la síntesis de DNA a partir de una plantilla de RNA. La enzima lleva consigo una molécula
de RNA que funciona como molde interno y cataliza la adición de desoxirribonucleótidos a
los extremos de los cromosomas, que son complementarios a los ribonucleótidos del molde
interno de RNA
• Como resultado de lo anterior, como la telomerasa puede añadir DNA al entremos de un
cromosoma, impide que se acorte
• Las células somáticas carecen de telomerasa, ya que los cromosomas de las células
somáticas se acortan gradualmente con cada división mitótica, empequeñeciéndose a medida
que el individuo crece y envejece
3
3. REPARACION DE ERRORES DURANTE LA REPLICACION.
• Las DNA polimerasas son selectivas porque los emparejamientos correctos de bases
nitrogenadas, A-T y C-G, son los mas favorables desde el punto de vista energético
• La DNA polimerasa solo inserta un nucleótido incorrecto de cada 10.000
• La DNA polimerasa III tiene actividad EXONUCLEASA: elimina desoxirribonucleótidos
en dirección 3' → 5', pero solamente si estos no están unidos por puentes de hidrógeno a una
base de la hebra complementaria
• Si se añade una base incorrecta durante la síntesis de DNA, la enzima se para, elimina la
base mal emparejada recién añadida, y después continua con la síntesis
• Si la DNA polimerasa deja un par mal emparejado en la secuencia de DNA por error, una
batería de enzimas pasa a corregir el problema una vez completada la síntesis
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TEMA 9
FLUJO DE INFORMACION GENETICA: DEL DNA A LAS PROTEINAS
1. INTRODUCCION.
• Crick propuso que la secuencia de bases nitrogenadas del DNA podría funcionar como un
código: el DNA era solo una molécula de almacenaje de información. Las instrucciones que
contiene tendrían que ser leídas y después traducidas a proteínas
• La idea de Crick era que distintas combinaciones de bases podrían especificar los 20
aminoácidos: un fragmento concreto de DNA podría contener la información necesaria para
especificar la secuencia de aminoácidos de una enzima especifica
• Esta información también podría copiarse mediante el apareamiento de bases
complementarias transmitidas de una generación a otra
• Sin embargo, la conexión entre el DNA como deposito de información y la proteínas como
maquinaria celular es indirecta
• En eucariotas, el DNA esta en el interior del núcleo celular, pero los ribosomas, centros
fabricadores de proteínas, se encuentran fuera del mismo, en el citoplasma
• Jacob y Monod señalaron que las moléculas de RNA conectan los genes y los centros
productores de proteínas (ribosomas). Predijeron que unas moléculas de RNA de escasa
duración, llamadas RNA MENSAJERO o mRNA, llevaban información del DNA al lugar
de la síntesis proteica (el mRNA es solo uno de los tipos de RNA)
• La enzima RNA POLIMERASA sintetiza moléculas de RNA en relación con la
información facilitada por la secuencia de bases de un fragmento concreto de DNA (al
contrario que la DNA polimerasa, la RNA polimerasa no necesita un cebador para empezar a
agregar nucleótidos)
• Una vez aceptada la hipótesis del mRNA, Crick elaboro lo que llego a ser conocido como el
DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGIA MOLECULAR. Este declara que el DNA
codifica RNA, que a su vez codifica proteínas.
• El DNA actuá como un archivo que contiene la información necesaria para construir y hacer
funcionar células. Esta información se copia, mediante la TRANSCRIPCIÓN, en una
molécula de mRNA
• A continuación la información se transfiere a una nueva forma molecular: una secuencia de
aminoácidos, mediante un proceso llamado TRADUCCIÓN
1
• Los alelos del mismo gen se diferencian en su secuencia de DNA. Como resultado, las
proteínas producidas por distintos alelos del mismo gen, a menudo tienen distintas
secuencias de aminoácidos, por lo que también esas proteínas tendrán funciones distintas
• El flujo de información solo ocurre en una dirección: del DNA al RNA, y de ahí a proteínas.
El RNA no codifica la producción de otro RNA ni de DNA, y las proteínas no codifican la
producción de RNA o DNA, ni de otras proteínas, aunque en algunos casos la información
fluye de vuelta del RNA al DNA
3. EL CODIGO GENETICO.
• Las reglas que especifican la relación entre una secuencia de nucleótidos de un DNA o RNA
y los aminoácidos de una proteína se denomina CODIGO GENETICO
• Cada palabra del código genético, es decir, cada aminoácido, se forma a partir de una
combinación de tres bases
• Un código de tres bases podría especificar 4x4x4 = 64 aminoácidos distintos. Como
resultado, un código de tres bases proporciona mensajes mas que suficientes para codificar
los 20 aminoácidos. Este código de tres bases se denomina CODIGO DEL TRIPLETE
• El código del triplete es redundante, es decir, mas de un triplete de bases puede dar lugar a
un mismo aminoácido: distintas secuencias de mRNA podrían codificar el mismo
aminoácido (por ejemplo: AAA y AAG). El grupo de tres bases que codifica un aminoácido
se llama CODÓN
• La adición o eliminación de una base en la secuencia provoca una perdida de función del
gen, debido a una MUTACION, que consiste en una única adición o eliminación,
desequilibrando la secuencia de codones o MARCO DE LECTURA
• Cuando el marco de lectura de una secuencia de DNA se desestabiliza por adición o
eliminación de una base, la composición de cada codón cambia, y la proteína producida a
partir de esa secuencia de codones alterada tiene una secuencia de aminoácidos totalmente
distinta
4. TRANSCRIPCION EN BACTERIAS.
• Las enzimas RNA POLIMERASAS son las responsables de la síntesis de mRNA, dirigida
por plantilla en dirección 5' → 3', sin requerimiento de cebador
• La enzima se une a un ribonucleótido fosfato con base complementaria en un gen
• Una vez el ribonucleótido esta acoplado en su lugar, la RNA polimerasa cataliza la
formación de un enlace fosfodiester entre el extremo 3' de la cadena de mRNA en
crecimiento y el nuevo ribonucleótido
• El mRNA sintetizado es complementario al gen, pero solo una de las dos hebras de DNA se
usa como plantilla para ser transcrita por la RNA polimerasa
• La cadena de DNA que se transcribe es la HEBRA NO CODIFICANTE o HEBRA
MOLDE, que es la complementaria de la HEBRA CODIFICANTE, que es la que no se
transcribe
2
• El RNA posee uracilo en lugar de timina (la timina se encuentra en la hebra codificante, que
no se transcribe, ya que el RNA no contiene timina). Por ello, una adenina en la hebra no
codificante de DNA especifica un uracilo en la hebra complementaria de RNA
• La RNA polimerasa no puede iniciar la transcripción por si misma, sino que debe unírsele
una subunidad proteica llamada SIGMA, para formar un COMPLEJO
HOLOENZIMATICO: un núcleo que contiene el centro activo para la catálisis, y otras
proteínas necesarias
• La holoenzima se une estrechamente a segmentos específicos de DNA llamados
PROMOTORES, lugares donde empieza la transcripción
• Los promotores están localizados en la hebra codificante (la que no se transcribe), y tienen
una longitud de 40-50 pares de bases. Poseen un segmento con bases idénticas o similares a
TATAAT, conocido como CAJA-10 o CAJA PRINBOW, que esta situado a 10 bases del
punto donde la RNA polimerasa comienza la transcripción (el lugar donde comienza la
transcripción es llamado SITIO+1)
• El DNA localizado en la dirección en la que se mueve la RNA polimerasa durante la
transcripción se dice que esta RIO ABAJO. En dirección opuesta se dice que esta RIO
ARRIBA (la caja-10 esta 10 bases rió arriba del sitio+1)
• Alrededor de 35 bases rió arriba del sitio+1 encontramos la secuencia TTGACA,
denominada CAJA-35
• Las secuencias dentro del promotor, pero fuera de las cajas-10 y -35 varían ampliamente
entre genes
3
4.1. Fase de iniciación.
• La transcripción comienza cuando sigma, como parte del complejo holoenzimático, se une a
las cajas -10 y -35 (sigma realiza el primer contacto con el DNA que empieza a transcribirse
en bacterias)
• Sigma es una proteína reguladora: le dice a la RNA polimerasa donde y cuando tiene que
comenzar la síntesis de RNA
• Una vez que sigma se une al promotor, la hélice de DNA se abre creando dos cadenas de
hebra simple
• Los monómeros de ribonucleótidos trifosfato (NTP) entran en un canal al fondo de la
enzima y se difunden hacia el centro activo, emparejándose con su base complementaria en
la hebra no codificante de DNA. Este es el punto donde comienza la polimerización de RNA
• La reacción catalizada por la RNA polimerasa es exergónica y espontanea (no requiere
aporte energético), porque los NTP tienen mucha energía potencial gracias a sus tres grupos
fosfato
• Sigma es liberada una vez que la síntesis de RNA esta en movimiento
4
4.3. Fase de terminación.
5. TRANSCRIPCION EN EUCARIOTAS.
• Los promotores en el DNA eucariota son mucho mas complejos que en bacterias: muchos de
los promotores eucariotas reconocidos por la RNA pol II incluyen una única secuencia
llamada CAJA TATA, localizada 30 pares de bases río arriba del sitio +1, aunque algunos
de los promotores reconocidos por la RNA pol II no contienen la caja TATA. Ademas, las
RNA pol I y III interaccionan con promotores completamente diferentes
• En eucariotas, a la transcripción siguen importantes etapas de PROCESAMIENTO DEL
RNA, que dan lugar a un mRNA que abandona el núcleo, por tanto, el mecanismo aquí es
mucho mas complejo que en bacterias
• No existe una correspondencia uno a uno, entre la secuencia de nucleótidos de un gen
eucariota y su mRNA
• Las regiones de los genes que forman parte del mRNA se denominan EXONES, y las que
no forman parte se denominan INTRONES: los exones codifican para segmentos de
proteínas funcionales o RNA, y los intrones son secciones de genes que no están
representadas en el mRNA final, por eso los genes eucariotas son mucho mas largos que los
transcritos de RNA correspondientes
• La transcripción de genes eucariotas por la RNA polimerasa genera un TRANSCRITO
PRIMARIO DE RNA que contiene ambas regiones, exones e intrones
• Luego los intrones son eliminados de la cadena creciente de RNA por un proceso conocido
como CORTE Y EMPALME: se eliminan los intrones y se unen los exones restantes (el
empalme ocurre mientras aun se esta desarrollando la transcripción), dando lugar a un RNA
que contiene un mensaje genético sin interrupciones
6. INTRODUCCION A LA TRADUCCION.
• Para sintetizar una proteína, la secuencia de bases de un mRNA es traducida a una secuencia
de aminoácidos de un polipéptido
• Los códigos genéticos especifican la relación entre las bases de un codón triplete en el
mRNA y los aminoácidos que codifican
• Existe una correlación fuerte y positiva entre el numero de ribosomas en un tipo celular y su
tasa de síntesis de proteínas:
*En bacterias, los ribosomas se unen al mRNA y comienzan a sintetizar proteínas incluso
antes de que la transcripción haya finalizado. Por tanto, en bacterias, transcripción y
traducción pueden ocurrir al mismo tiempo, ya que no hay envuelta nuclear para separar
ambos procesos
*En eucariotas, los RNA se procesan en el núcleo y a continuación los mRNA se exportan
al citoplasma. Una vez allí, los ribosomas se unen a los mRNA y comienza la traducción.
Por tanto, en eucariotas, transcripción y traducción son dos procesos separados en el tiempo
y en el espacio
7
6.1. El RNA transferente o tRNA.
• Los brazos de los tréboles se forman por apareamientos de bases complementarias entre
regiones de la molécula que discurren en direcciones antiparalelas, mientras que los bucles
están formados por RNA de cadena simple
• Una secuencia CCA en el extremo 3' de cada molécula de tRNA ofrece un sitio de union
para aminoácidos, mientras que un triplete en el bucle del extremo opuesto del trebol podia
servir como ANTICODON (un anticodón es un juego de tres ribonucleótidos que forma
parejas de bases con el codón de mRNA
• La estructura terciaria se define por la disposición tridimensional de los átomos de la
molécula, y normalmente es resultado de plegamientos
• La estructura de trébol se pliega para producir una molécula en forma de L (todos los tRNA
de una célula tienen la misma estructura en forma de L, pero cada uno tiene un anticodón y
un aminoácido unido distinto
8
• De acuerdo con el código genético, los 20 aminoácidos mas comunes están determinados
por 61 codones diferentes de mRNA. Sin embargo, en lugar de contener 61 tRNA diferentes
con 61 anticodones distintos, la mayoría de células contiene solo unos 40
• Para resolver esta paradoja, Crick propuso la HIPOTESIS DEL TAMBALEO: muchos
aminoácidos están determinados por mas de un codón (los codones para un mismo
aminoácido tienen a tener los mismo nucleótidos en la primera y segunda posición, pero
uno distinto en la tercera)
• Un tRNA con un anticodón GUU puede aparear sus bases en el mRNA con CAA y CAG (en
las dos primeras posiciones tiene la misma base, pero difieren en la tercera). Pero el
anticodón GUU forma un par de bases no estándar con CAG.
• Crick propuso que en el interior del ribosoma, los tRNA con apareamiento de bases no
estándar en la tercera posición del codón podían incluso unirse con éxito a un anticodón. De
acuerdo con la hipótesis del tambaleo, un emparejamiento de bases no estándar en la tercera
posición de un codón es aceptable siempre que no cambie el aminoácido para el que codifica
el codón (de esta forma, el tambaleo en la tercera posición permite que solo unos 40 tRNA
se unan a los 61 codones totales del mRNA
9
• Durante la síntesis proteica, tres tRNA diferentes se alinean dentro del ribosoma. Los tres se
encuentran unidos a su codón correspondiente del mRNA en la base de la estructura:
*El tRNA de la derecha lleva un aminoácido, y esta posición es llamada SITIO A (por
aceptor de aminoacil)
*El tRNA central sujeta la cadena polipeptídica creciente y ocupa el lugar llamado SITIO P
(por peptidil o formación de enlace peptídico)
*El tRNA de la izquierda no tiene ningún aminoácido mas unido y esta próximo a dejar el
ribosoma. Ocupa un lugar llamado SITIO E (de exit = salida)
• El ribosoma es una maquina molecular que sintetiza proteínas mediante una secuencia de
tres pasos:
• La proteína que se esta sintetizando crece en un aminoácido cada vez que se repite esta
secuencia de tres pasos
• Una región del rRNA en la subunidad pequeña del ribosoma se une a su secuencia
complementaria en el mRNA. Este segmento de rRNA recibe el nombre de LUGAR DE
UNION AL RIBOSOMA o SECUENCIA SHINE-DALGARNO
• El sitio esta aproximadamente 6 nucleótidos río arriba del codón de iniciación AUG y
consiste en todas o parte de las bases 5'-AGGAGGU-3'
• La secuencia complementaria en el rRNA de la subunidad pequeña se lee 3'-UCCUCCA-5'
• La interacción entre la subunidad pequeña y el mensaje es mediada por proteínas llamadas
FACTORES DE INICIACION
• En eucariotas, los factores de iniciación se unen a la caperuza 5' en los mRNA y la guían al
ribosoma
• Una vez que la secuencia Shine-Dalgarno se ha unido a la subunidad ribosómica pequeña,
un aminoacil-tRNA cargando con una forma modificada de la metionina llamada N-
formilmetionina (f-met) se une al codón de iniciación AUG (en eucariotas, el aminoácido
inicial es la metionina normal)
• La iniciación se completa cuando la subunidad grande se une al complejo
10
• Cuando el ribosoma se encuentra completamente unido, el tRNA que carga f-met ocupa el
sitio P (el central)
• Al comienzo de la elongación, los sitios E y A del ribosoma están vacíos de RNA. Como
resultado, un codón del mRNA se encuentra expuesto en la base del sitio A
• Un aminoacil-tRNA se une al codón en el sitio A mediante apareamiento de bases
complementarias entre codón y anticodón: cuando dos tRNA ocupan los sitios P y A, los
aminoácidos se colocan en el centro activo del ribosoma, lugar donde tiene lugar la
formación del enlace peptídico
• El centro activo consiste en su totalidad en rRNA, por lo que la síntesis proteica esta
catalizada por RNA. Por tanto, el ribosoma es una RIBOZIMA, no una enzima
• Cuando la formación del enlace peptídico se completa, la cadena polipeptídica se transfiere
del tRNA del sitio P al aminoácido sujeto por el tRNA del sitio A, mediante un proceso
llamado TRANSLOCACION, que ocurre cuando el ribosoma se mueve a través de mRNA
en dirección 5' → 3'
• La translocación hace distintas cosas:
• Si el sitio E esta ocupado cuando ocurre la translocación, el tRNA que lo ocupa es expulsado
al citosol, para que el que esta en el sitio P pueda ocupar el sitio E
Cada ciclo de elongación depende del aporte de energía de varias moleculas de GTP, asi como de la
ayuda de otras proteínas llamadas FACTORES DE ELONGACION
11
7.3. Fase de terminación.
• Las proteínas no se han formado ni funcionan totalmente cuando tiene lugar la traducción
• La función de una proteína depende de su forma, y su forma a su vez depende de como se
pliega
• El plegamiento comienza realmente durante la elongación, mucho antes de que tenga lugar
la terminación y de que las subunidades ribosómicas se separen (el plegamiento ocurre
conforme el polipéptido esta saliendo del ribosoma)
• El plegamiento ocurre espontáneamente, pero es frecuentemente acelerado por proteínas
llamadas CHAPERONAS MOLECULARES
• Muchas proteínas eucariotas son ampliamente modificadas después de ser sintetizadas. Por
ejemplo, pequeños grupos químicos pueden añadirse a las proteínas en el retículo
endoplasmático y aparato de Golgi 12
• Algunas proteínas reciben una señal de acortamiento que sirve de dirección y asegura que la
molécula sera llevada a la localización correcta en la célula
• Otras son aumentadas con grupos de azucares o lípidos que son críticos para su normal
funcionamiento
• Muchas proteínas son modificadas por enzimas que las fosforilan o desfosforilan,
cambiando la actividad de éstas, llevándolas de un estado activo a inactivo o viceversa
8. MUTACIONES.
• Si la DNA polimerasa inserta por error la base equivocada al sintetizar una nueva cadena de
DNA, y si la actividad de corrección de errores de la DNA polimerasa y el sistema de
reparación de apareamientos falla en la corrección de la base mal apareada, antes de que
tenga lugar otra ronda de replicación del DNA, ocurrirá un cambio en la secuencia de bases
del DNA
• Un solo cambio como este en una base es llamado MUTACION PUNTUAL
• Existen varios tipos de mutaciones puntuales, que resumimos en la siguiente tabla:
13
8.2. Mutaciones a nivel cromosómico.
• Son mutaciones que involucran cambios a mas grandes escalas en la composición de los
cromosomas
• La POLIPLOIDIA, que es un cambio en el numero de cada tipo de cromosoma presente, y
la ANEUPLOIDIA, que implica la adición o eliminación de un cromosoma, entre otros,
resultan de errores al azar en la separación de los cromosomas durante mitosis o meiosis
• En este sentido, estos errores son similares a los que se producen, también al azar, por la
DNA polimerasa, dando lugar a mutaciones puntuales
• Sin embargo, ademas de los cambios en el numero de cromosomas global, la composición
de los cromosomas individuales puede cambiar de forma importante. En la siguiente figura
introducimos los cambios mas significativos:
14
En resumen, mutaciones puntuales o mutaciones a nivel cromosómico son cambios al azar en el
DNA que producen nuevos genes, nuevos alelos y nuevos rasgos.
En los individuos, las mutaciones pueden causar enfermedad o muerte, o por el contrario, pueden
aumentar la eficacia biológica.
A nivel poblacional, las mutaciones aportan la variación hereditaria que hace posible la evolución
15
TEMA 10 A
REGULACION DE LA EXPRESION GENICA EN BACTERIAS
Hablamos de EXPRESION GENICA cuando una proteína u otro producto génico se sintetiza y
activa en la célula.
La expresión génica puede ser controlada en cualquier paso entre la sintesis de RNA y la activacion
de producto génico final. Por tanto, el control puede suceder:
Estas tres formas de control de la expresión génica son posibles en bacterias. Entre los tres
mecanismos vistos hay una lucha entre la VELOCIDAD DE RESPUESTA y la
CONSERVACION DE ATP, aminoácidos y otros recursos:
Algunos genes son transcritos siempre, o CONSTITUTIVAMENTE, como por ejemplo los que
codifican las enzimas necesarias para la glucolisis. Sin embargo, la expresión de otros genes se
regula, esto es, que son INDUCIDOS o REPRIMIDOS.
El nivel de expresión génica es altamente variable y permite a las células responder a cambios en su
entorno.
A continuación veremos dos tipos de operones: el OPERON LAC, que consiste en un grupo de
genes implicados en el metabolismo de la lactosa; y el OPERON TRP, que consiste en un grupo de
genes implicados en la síntesis del aminoácido triptófano.
1
2.1. Operón lac.
Jacob y Monod propusieron tres hipótesis para explicar este modelo de regulación:
• Los genes lacZ, lacY y lacA son adyacentes y se transcriben en un mRNA iniciado desde un
promotor individual del operón lac. Como resultado, la expresión de estos tres genes esta
coordinada.
• El REPRESOR es una proteína codificada por el lacI que se une al DNA y evita la
transcripción de lacZ, lacY y lacA. LacI se expresa constitutivamente, es decir, siempre se
transcribe.
El represor se une a una sección de DNA en el operón lac, llamada OPERADOR.
• El INDUCTOR es una molécula que estimula la expresión de un determinado gen o genes.
En este caso, el inductor es la lactosa, que interacciona directamente con el represor
uniéndose a el. Como resultado, el represor cambia de forma de manera que provoca su
separación de la hebra de DNA
El modelo operón lac introdujo la idea de que la expresión génica esta regulada por contacto físico
entre regiones especificas de las proteínas reguladoras y sitios reguladores específicos localizados
en el DNA.
La información acumulada sobre el sistema operón lac en E. Coli ha sido importante en la
comprensión de la regulación de la expresión génica en otras especies
El operón lac ofrece un ejemplo de control post-traduccional:
2
2.2. Operón trp.
Tanto el operón lac como el operón trp producen un mRNA POLICISTRONICO, es decir, un
mensaje que contiene mas información que una proteína codificada de un segmento:
Los mRNA policistrónicos son comunes en bacterias, pero son raros o inexistentes en eucariotas.
El operón trp tiene una secuencia operadora que superpone al promotor y a una enzima represora
que se une al operador para impedir la transcripción, como ocurre en el operón lac. Por este motivo,
ambos operones, lac y trp, son mecanismos de control negativo, es decir, inhiben la transcripción.
3
A diferencia de lo que ocurre en el operón lac, el control negativo del operón trp se da cuando el
triptófano esta ausente.
La transcripción del operón lac se reduce drásticamente cuando la glucosa esta presente en el
medio, incluso en presencia de lactosa: la glucosa se produce cuando la enzima
β-GALACTOSIDASA descompone la lactosa en subunidades de glucosa y galactosa.
Cuando la glucosa es abundante en la célula disminuye la transcripción del operón lac por medio de
represión catabólica, que es una forma de inhibición del producto final: cuando la glucosa esta
presente en el medio ya no es necesario descomponer la lactosa para producir todavía mas glucosa.
La glucosa evita la expresión del operón lac mediante CONTROL POSITIVO. Esta regulación
consiste en una secuencia de DNA conocida como SITIO DE UNION CAP, localizado justo por
encima del promotor lac y de una proteína reguladora llamada PROTEINA ACTIVADORA DE
CATABOLITOS, la cual se une al sitio de unión CAP, desencadenando la transcripción del operón
lac.
El CAP se une muy resistentemente al promotor lac, ejerciendo un control positivo sobre este. Si el
CAP esta activo, la transcripción aumenta. El CAP cambia de forma cuando la molécula reguladora
AMP-CICLICA o cAMP se une al CAP. Solo entonces el CAP puede unirse al DNA.
4
Durante el control positivo, el complejo CAP-cAMP se une al sitio de unión CAP. Entonces, la
RNA polimerasa se une al promotor eficientemente y tiene lugar la transcripción. Si el cAMP esta
ausente, el CAP no se une al DNA y la RNA polimerasa se une ineficazmente al promotor.
Entonces, rara vez se dará la transcripción.
Cuando los niveles de glucosa en células de E. Coli son bajos, se produce cAMP. Este interacciona
con el CAP, y se incrementa la transcripción del operón lac.
Cuando la glucosa es abundante, es raro encontrar cAMP en la célula, y por tanto, no se produce la
transcripción.
Esta relacion es guiada por la enzima ADENILIL-CICLASA, que produce cAMP a partir de ATP
cuando las concentraciones de glucosa son bajas, es decir, la enzima es inhibida por la glucosa.
5
6
TEMA 10 B
REGULACION DE LA EXPRESION GENICA EN EUCARIOTAS
Al igual que en bacterias, los eucariotas pueden controlar la expresión génica a nivel de
transcripción, de traducción, y de post-traducción. Sin embargo, en eucariotas existen dos niveles
adicionales de regulación a medida que la información fluye del DNA a las proteínas:
En resumen, existen seis niveles de control de la expresión génica en las células eucariotas:
• Remodelado de la cromatina.
• Iniciación a la transcripción.
• Procesamiento del RNA.
• Estabilidad del mRNA.
• Traducción.
• Modificación post-traduccional.
Las proteínas mas abundantes asociadas al DNA pertenecen al grupo de las HISTONAS, y el DNA
esta envuelto en NUCLEOSOMAS, es decir, esta envuelto casi dos veces alrededor de un núcleo
de 8 histonas. Por tanto, un cromosoma esta compuesto por cromatina (DNA y proteínas), que tiene
distintas capas de organización.
La estrecha interacción física entre el DNA y las histonas debe alterarse para que la RNA
polimerasa establezca contacto con el DNA: un gen no puede transcribirse hasta que la cromatina
cercana al promotor sea remodelada (la cromatina debe desempaquetarse para que la RNA
polimerasa se una al promotor).
7
• El primer tipo crea estructuras llamadas COMPLEJOS DE REMODELADO DE LA
CROMATINA, que cambian la forma de la cromatina a través de una serie de reacciones
dependientes del ATP.
• El segundo tipo funciona añadiendo grupos acetilo o metilo (-CH3COOH o -CH3,
respectivamente) a las histonas:
Los grupos acetilo reducen la atracción electrostática entre el DNA y las histonas. Por tanto,
debilitan la adhesión entre los elementos que forman los nucleosomas, de modo que la RNA
polimerasa puede acceder al gen.
Algunas o la mayoría de estas modificaciones químicas se transmiten a las células hijas: éstas
heredan los patrones de expresión génica de las células parentales. Imagina que analizamos el
mismo gen en una célula destinada a convertirse en un musculo y en una célula que es precursor de
una parte del cerebro. Probablemente, el gen tendría un patrón de metilación y acetilación
completamente distinto en los dos tipos celulares. Como las células hijas heredan estos patrones,
estamos ante un claro ejemplo de HERENCIA EPIGENETICA, es decir, patrones de herencia que
no se deben a diferencias en las secuencias génicas: las células musculares son distintas de las
celulas nerviosas porque heredaros distintos tipos de histonas modificadas, no distintos tipos de gen.
El PROMOTOR es el lugar del DNA donde la RNA polimerasa se une para iniciar la
transcripción. Los promotores eucarióticos son similares a los bacterianos. La mayoría están
situados justo por encima del punto donde la RNA polimerasa comienza la transcripción, y todos
tienen un elemento muy conservado análogo a la caja -10 o a la caja -35 de los promotores
bacterianos. Por ejemplo, muchos genes transcritos por la RNA polimerasa II contienen una
secuencia de bases especifica, llamada CAJA TATA, donde se une una proteína similar a la sigma
de las bacterias, permitiendo que la enzima contacte con el DNA.
Los genes eucarióticos tienen promotores de secuencias variables, pero a todos se les une una
misma PROTEINA REGULADORA, llamada PROTEINA DE UNION A TATA (TBP). Las
interacciones entre las distintas secuencias reguladoras del promotor y otras proteínas reguladoras
(ademas de la TBP) explican como se puede controlar la transcripción, ya que los promotores
interaccionan siempre con la misma proteína.
Las SECUENCIAS REGULADORAS son secciones del DNA que participan en el control de la
actividad génica, análogos a la CAP de la E. Coli. Algunas secuencias reguladoras de los eucariotas
son similares a las bacterianas, aunque otras son completamente distintas:
• Algunas secuencias reguladoras están cerca del promotor, y son llamadas ELEMENTOS
PROXIMOS AL PROMOTOR. A ellas se le unen proteínas reguladoras, ejerciendo un
control positivo sobre la transcripción, es decir, las proteínas reguladoras que se unen a los
elementos próximos al promotor inducen la transcripción.
• Otras secuencias reguladoras están lejos del promotor, y son llamadas
INTENSIFICADORES. Están presentes en todos los eucariotas y tienen varias
características:
8
*Pueden estar a unas diez mil bases del promotor.
*Pueden estar en intrones o en secuencias 5' o 3' no transcritas, flanqueando el gen.
*Los intensificadores funcionan incluso si su orientación normal 5' → 3' se da la vuelta,
e incluso si se mueven a otro sitio en la vecindad del gen.
Dos amplias clases de proteínas interaccionan con las secuencias reguladoras al principio de la
transcripción:
9
5. CONTROL POST-TRANSCRIPCIONAL.
Una vez producido un mRNA tiene que suceder una serie de acontecimientos para que el producto
final afecte a la célula. Cada uno de esos acontecimientos ofrece una oportunidad para regular la
expresión génica, y todos se usan en algunas células al menos una vez. Estos puntos de regulación
son los siguientes:
Los intrones se eliminan de los transcritos primarios de RNA mientras el mensaje esta todavía en el
nucleo. El mRNA resultante del ayuste consiste en secuencias codificadas por exones, que están
protegidos por un casquete en el extremo 5' y una cola de poli A en el extremos 3'.
El ayuste significa una oportunidad mas para regular la expresión génica, y se realiza mediante
maquinarias moleculares llamadas AYUSTOSOMAS.
En el ayuste, los cambios de expresión génica son posibles porque se pueden eliminar exones
seleccionados, ademas de los intrones. Como resultado, del mismo transcrito primario de RNA
pueden obtenerse mRNA maduros y procesados con varias combinaciones distintas de exones
transcritos. Si la secuencia de ribonucleótidos en el mRNA maduro varia, los polipéptidos
traducidos de los mRNA maduros también variaran.
Cuando el mismo transcrito primario de mRNA se corta y empalma de diferentes formas para
producir distintos mRNA maduros, se dice que se produce el AYUSTE ALTERNATIVO. Éste esta
controlado por proteínas que se unen a los mRNA en el núcleo e interaccionan con los ayustosomas.
Por ejemplo, cuando las células que están destinadas a convertirse en musculo esquelético o en
musculo liso se están desarrollando, reciben señales que provocan la producción de proteínas
especificas que son activas en la regulación del ayuste. En ves de transcribir distintas versiones de
un gen, las células ayustan el mismo transcrito primario de RNA de distintos modos.
10
5.2. Estabilidad del mRNA.
Una vez completado el ayuste y que los mRNA procesados se exporten al citoplasma, entran en
juego nuevos mecanismos reguladores.
La vida útil de un mRNA puede variar, y ésta está controlada por minúsculas moleculas de RNA de
hebra simple que se unen a secuencias complementarias de mRNA. Una vez que parte de un mRNA
se convierte en bicatenario por este proceso, proteínas especificas degradan el mRNA o impiden
que se traduzca a polipéptido. Este fenómeno se conoce como INTERFERENCIA DE RNA, y
sucede de la siguiente forma:
En ambos casos los miRNA son los responsables de interferir con el RNA, de ahí que el fenómeno
se conozca como interferencia del RNA.
11
6. CONTROL POST-TRADUCCION.
Los mecanismos reguladores que tienen lugar al final del flujo de información desde el DNA al
RNA y de ahí a las proteínas implican un intercambio entre rapidez y uso de recursos, porque la
transcripción y la traducción requieren energía y materiales.
Los STAT son abundantes en el citoplasma de los leucocitos de mamíferos, donde normalmente
residen como una cadena simple de polipéptido. En esta forma los STAT son inactivos.
Cuando una molécula de señal se une a un receptor en la superficie celular se desencadena una serie
de acontecimientos:
• Cuando el receptor se activa con la señal añade un fosfato a un polipéptido STAT, activando
la formación de un dímero.
• El dímero activado va al núcleo, se une a un intensificador y activa la transcripción de genes
que desencadenan el crecimiento y la división celular.
De este modo, los STAT son elementos cruciales en la vía de la transducción de la señal necesaria
para que los leucocitos respondan a las bacterias y virus invasores, entre otras amenazas.
12
TEMA 11
INGENIERIA GENETICA
1. INTRODUCCION.
Se llama INGENIERIA GENETICA a los intentos de manipular las secuencias de DNA en los
organismos. La ingeniería genética fue posible al descubrirse enzimas bacterianas que cortan el
DNA en lugares específicos y que vuelven a unir secuencias de DNA.
Las manipulaciones génicas suelen producir combinaciones nuevas de genes en los cromosomas
(recombinación génica). Por este motivo, a las técnicas utilizadas en ingeniería genética se las
denomina TECNOLOGIA DEL DNA RECOMBINANTE.
Para entender las técnicas y herramientas utilizadas en ingeniería genética, consideramos el intento
de tratar el enanismo hipofisario en humanos. La hipófisis o glándula pituitaria es una estructura
situada en la base del cerebro en los mamíferos, y produce varias moleculas importantes, entre ellas
una proteína que estimula el crecimiento, llamada mas comúnmente HORMONA DEL
CRECIMIENTO (la molécula solo tiene 191 aminoácidos). El gen que codifica esta proteína se
llama GH1.
Las personas con ciertos tipos de enanismo producen poca hormona del crecimiento, o no la
producen en absoluto. Estas personas tienen copias defectuosas del GH1, y presentan enanismo
hipofisario tipo I.
Para reemplazar las fuentes naturales de la hormona del crecimiento los investigadores recurrieron a
la ingeniería genética. La idea era insertar copias funcionales del GH1 humano en la bacteria E.
Coli, con la esperanza de que pudieran cultivarse grandes cantidades de bacterias recombinantes. Si
asi fuera, entonces las células recombinantes producirían hormona del crecimiento en cantidades
suficientes como para satisfacer la demanda a un precio razonable.
Para lograr este objetivo, los investigadores tenían que encontrar el GH1, obtener muchas copias del
gen, e insertarlas en E. Coli. Veamos ahora los procesos que es necesario llevar a cabo para clonar el
gen GH1
1
2.1. Producción de cDNA. Clonación.
Para empezar la caza del gen GH1, los investigadores aislaron mRNA de hipófisis y usaron la
transcriptasa inversa para producir cDNA a partir de ese mRNA. Una vez completado este paso, los
investigadores tenían una solución de cDNA de doble hebra que se correspondía con los genes
expresados activamente en la células hipofisarias.
El siguiente paso era aislar cada uno de los cDNA y obtener muchas copias idénticas de ellos. Los
intentos de producir muchas copias idénticas de un gen se llaman CLONACION DEL DNA.
En muchos casos, los investigadores pueden clonar un gen insertándolo en una pequeña molécula
de DNA circular llamada PLASMIDO. Los plásmidos son frecuentes en bacterias, pero estan
separados físicamente del cromosoma principal bacteriano.
Los investigadores se dieron cuenta de que si podían cortar y empalmar un segmento suelto de DNA
en un plásmido y después insertar el plásmido modificado en una célula bacteriana, el plásmido
modificado se replicaría y transmitiría a las células hijas al crecer y dividirse la bacteria.
Cuando los plásmidos se usan como portadores de DNA de otra fuente, al plásmido se le llama
VECTOR DE CLONACION, o simplemente VECTOR. El vector puede llevar DNA ajeno y
hacer varias copias del mismo.
Los biólogos podían recoger los genes recombinantes rompiendo las bacterias, aislando todo el
DNA, y separando después los plásmidos del cromosoma principal.
Las ENDONUCLEASAS DE RESTRICCION son enzimas bacterianas que cortan las moleculas
de DNA por unas secuencias de bases especificas, en lugares que forman PALINDROMOS, es
decir, la secuencia que cortan se lee igual de derecha a izquierda y viceversa.
Para insertar los cDNA hipofisarios en plásmidos, empezaron con un plásmido que contenía una
secuencia palindrómica cortada por una endonucleasa de restricción concreta (existen unas 400
endonucleasas de restricción): el DNA del plásmido tiene un lugar de reconocimiento para esa
endonucleasa de restricción.
La secuencia 5' → 3' de una hebra en el lugar de reconocimiento se lee igual que la secuencia
5' → 3' antiparalela de la hebra complementaria.
2
El siguiente paso era cortar los lugares de reconocimiento en los extremos de cada cDNA con una
endonucleasa de restricción llamada EcoRI. Sin embargo, esta enzima no rompe la secuencia de
reconocimiento limpiamente en dos partes, sino que hace un corte escalonado en el palíndromo. El
resultado eran fragmentos de DNA que tenían EXTREMOS COHESIVOS, en los que las bases de
la hebra simple de un fragmento son complementarias a las bases de la hebra simple del otro
fragmento. Como resultado, los dos extremos tienden a emparejarse y unirse entre si mediante
enlaces de hidrógeno.
Los pares de bases complementarias en los pares de los extremos cohesivos se unen entre si
mediante emparejamiento de bases complementarias. Ademas, los investigadores usaron la DNA
LIGASA (que une los fragmentos de Okazaki en la replicación del DNA) para juntar las piezas de
DNA recombinante. La enzima cataliza la formación de enlaces fosfodiester, sellando el gen
insertado.
Al final de este proceso, los investigadores tenían un conjunto de plásmidos recombinantes, y cada
uno de ellos contenía un cDNA diferente obtenido del mRNA de hipófisis humana.
3
2.4. Introducción de plásmidos recombinantes en células bacterianas.
Si se puede introducir un plásmido recombinante en una bacteria o levadura, el DNA ajeno sera
copiado y transmitido a las nuevas células cuando la célula huésped crezca y se divida. De este
modo, se pueden obtener millones o billones de copias de genes concretos.
Aunque los virus también se usan a veces como vectores, lo mas común es utilizar plásmidos en
ingeniería genética.
Las células que captan DNA del ambiente y lo incorporan a sus genomas sufren una
TRANSFORMACION. Para transformar células bacterianas con un plásmido, los investigadores
aumentan la permeabilidad de las membranas plasmáticas mediante una descarga eléctrica.
Habitualmente solo un plásmido entra en la célula con este tratamiento. Las células resultantes se
disponen en placas en una capa lo suficientemente fina como para asegurar que cada célula esta
aislada físicamente. A continuación, se cultivan las células hasta obtener colonias con millones de
células idénticas.
4
2.5. Obtención de bibliotecas de cDNA.
A continuación resumimos los pasos realizados hasta el momento en la busqueda del gen que
codifica la hormona del crecimiento en humanos:
Al conjunto de todas las células en las que se ha insertado un plásmido recombinante, y por tanto,
un cDNA, es lo que se denomina BIBLIOTECA DE cDNA. Si los genes son fragmentos de DNA
que conjuntamente representan todo el genoma de un individuo, la biblioteca es una BIBLIOTECA
GENOMICA.
En todos los casos, la biblioteca esta compuesta por genes clonados, y cada gen presente puede
producirse en grandes cantidades y aislarse en su forma purificada.
Las bibliotecas de DNA son importantes porque suponen un modo de almacenar información de un
tipo celular o de un genoma concreto, de forma que sea accesible.
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2.6. Búsqueda de genes en una biblioteca.
Para encontrar un determinado gen en una gran colección de fragmentos de DNA es necesaria una
SONDA, es decir, una copia marcada de la molécula que se esta buscando.
Una SONDA DE DNA es un fragmento de hebra simple de un gen conocido y marcado con
radiactividad o con fluorescencia, que se une a una secuencia complementaria de hebra simple en la
muestra de DNA que se esta analizando. Al unirse a la secuencia diana la señala, diferenciándola de
todos los demás fragmentos de DNA de la muestra.
Una sonda de DNA debe estar marcada de forma que nos permita encontrarla una vez se haya unido
a la secuencia complementaria en la gran muestra de fragmentos:
• Para encontrar una sonda adecuada para la hormona del crecimiento humana, los
investigadores empezaron usando el código genético para deducir la secuencia aproximada
de DNA del GH1.
• Los investigadores podían deducir qué codón de mRNA y qué secuencias de DNA
codificaban cada aminoácido. Pero el código genético es redundante, así que un aminoácido
puede estar codificado por mas de un codón. Como resultado, la secuencia de la hormona
del crecimiento era realmente un conjunto de secuencias relacionadas.
• El siguiente paso era sintetizar muchas copias de un fragmento corto de DNA de hebra
simple que fuera complementario a la secuencia deducida. Como estas moleculas se unirían
a fragmentos de hebra simple del gen real mediante emparejamiento de bases
complementarias, podían funcionar como sondas. En este caso, los investigadores insertaron
un átomo radiactivo a la sonda.
Para producir grandes cantidades de la hormona del crecimiento humana, los investigadores
utilizaron la técnica del DNA recombinante para transferir el cDNA de la hormona del crecimiento
a un nuevo plásmido. El plásmido en cuestión contenía una secuencia promotora que es reconocida
por la holoenzima RNA polimerasa. A continuación se introdujeron los plásmidos recombinantes en
células de E. Coli. Las células de E. Coli resultantes de la transformación contenían un gen de la
hormona del crecimiento humana unido a un promotor de E. Coli. Como resultado, las E. Coli
transformadas empezaron a transcribir y traducir el gen de la hormona del crecimiento humana.
Como los cDNA son sintetizados a partir de mRNA maduros, no contienen intrones. Por tanto, las
células bacterianas pueden traducir directamente un mRNA transcrito a partir de un cDNA, sin que
sea preciso el ayuste. La hormona del crecimiento humana se acumulaba en las células, y podía
aislarse y purificarse. Las células bacterianas que contienen hormona del crecimiento se cultivan
ahora en grandes cantidades.
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3. REACCION EN CADENA DE LA PLIMERASA. OTRA ESTRATEGIA PARA LA
CLONACION.
Insertar un gen en un plásmido bacteriano es un método para clonar DNA. La reacción en cadena de
la polimerasa es otro.
La PCR solo es posible cuando un investigador ya tiene cierta información sobre las secuencias de
DNA cercanas al gen de interés. La información es necesaria porque para hacer una reacción en
cadena de la polimerasa, hay que empezar con fragmentos cortos de DNA de hebra simple que se
emparejen con secuencias en uno de los extremos del gen en cuestión. Estos fragmentos cortos
funcionan como cebadores para la reacción de síntesis.
Las secuencias del cebador deben ser complementarias a las bases en uno de los extremos del gen:
un cebador es complementario en una hebra hacia arriba del DNA diana, y otro cebador lo es hacia
abajo en la otra hebra. Cuando el DNA es de hebra simple los cebadores se unen al DNA diana de
hebra simple mediante emparejamiento de bases, y la DNA polimerasa empieza a ejercer su función
en dirección 5' → 3'.
Un procedimiento PCR empieza con una mezcla de reacción que contenga un aporte abundante de
los cuatro desoxinucleósidos trifosfato (dNTP), copias del DNA plantilla (es decir, una muestra del
DNA que incluya el gen de interés), y una enzima llamada POLIMERASA Taq (que se encuentra
en la bacteria Thermus Aquaticus).
La polimerasa Taq es la enzima elegida en el método PCR porque para llevar a cabo esta técnica es
necesario calentar la mezcla de reacción, y la polimerasa Taq es estable con el calor: la mayoría de
polimerasas se destruyen a altas temperaturas, pero la polimerasa Taq sigue funcionando incluso a
95ºC.
La PCR empieza cuando la mezcla de reacción se calienta a 94ºC, temperatura que provoca la
DESNATURALIZACION de la doble hélice del ADN, formando dos hebras plantilla simples. A
continuación se deja enfriar la mezcla hasta 50-60ºC, temperatura en la que parte de las hebras
desnaturalizadas vuelven a formar dobles hélices. Pero algunos de los cebadores se unen o
emparejan con fragmentos del DNA plantilla de hebra simple (este paso se denomina
EMPAREJAMIENTO DEL CEBADOR). A continuación se vuelve a calentar la mezcla a 72ºC,
temperatura a la que la polimerasa Taq sintetiza la hebra complementaria de DNA a partir de los
dNTP, empezando en el cebador. Este paso se llama EXTENSION. Los cambios de temperatura
están ahora automatizados en las maquinas de PCR.
A medida que el ciclo se repite, la cantidad de secuencias plantilla se dobla cada vez: cada segmento
de DNA sintetizado sirve de plantilla para el siguiente ciclo.
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Empezando con una sola copia, los ciclos sucesivos resultan en la producción de 2, 4, 8, 16, 32, 64,
128, 256,... copias: n ciclos generan 2n copias; así que en solo 20 ciclos, una secuencia se puede
amplificar a mas de un millón de copias.
Una vez que los investigadores han clonado un gen de una biblioteca de DNA o mediante PCR, es
útil conocer la secuencia de bases del gen en cuestión, por varias razones:
• Se pueden analizar las diferencias de secuencias entre alelos para entender por qué algunas
versiones del gen funcionan mejor o de forma distinta a otras.
• Una vez que se deduce la secuencia de bases de un gen, se deduce directamente la secuencia
de aminoácidos de su producto con el código genético. El conocer la estructura primaria de
una proteína suele ser útil para deducir su función.
• Se puede comparar la secuencia de un gen con secuencias de genes que tengan la misma
función en otras especies. Por ejemplo, bacterias, levaduras y humanos son muy diferentes;
sin embargo, los tres contienen genes de la DNA polimerasa con secciones que son casi
idénticas en su secuencia de bases.
• Se pueden comparar secuencias génicas para averiguar lo estrechamente relacionadas que
están distintas especies. Por ejemplo, el análisis de secuencias de DNA aisladas de huesos
fósiles permitió a los investigadores determinar si nuestra especie, Homo Sapiens, se mezclo
alguna vez con la especie de humanos llamada Homo Neanderthalensis.
Puesto que las secuencias son importantes, en 1975, Frederick Sanger desarrollo el METODO
DIDESOXI como una ingeniosa variante de la reacción básica de síntesis de DNA in vitro para
determinar las secuencias exactas de bases de genes concretos. Sanger tuvo que ligar tres conceptos
para hacer que su estrategia pudiera funcionar:
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• Eligió el nombre didesoxi porque el método usa monómeros llamados
didesoxirrbonucleósidos trifosfato, o ddNTP, junto con desoxirribonucleótidos trifosfato, o
dNTP. Estos ddNTP son idénticos a los dNTP del DNA, pero carecen también del grupo
hidroxilo del carbono 3'. Sanger se dio cuenta de que si se añadía un ddNTP a una hebra
creciente de DNA terminaría la síntesis, porque un ddNTP no contiene un grupo hidroxilo en
el carbono 3' para unirse al carbono 5' del siguiente monómero dNTP. Por tanto, no se podría
formar el enlace fosfodiester y se terminaría la polimerización del DNA añadiendo un
ddNTP.
Se usan cuatro tipos de ddNTP en el método didesoxi, nombrados según la base que
contiene:
*Adenina: ddATP
*Timina: ddTTP
*Citosina: ddCTP
*Guanina: ddGTP
• Sanger ligo esta propiedad de los ddNTP con el segundo concepto fundamental. Imagina
que se pudiera añadir un cebador marcado a un DNA plantilla, y que se pudiera añadir un
gran numero de copias de este DNA plantilla con un cebador marcado a una mezcla de
reacción. Sigamos imaginando que esta colección de plantillas marcadas se incubara con
una DNA polimerasa, los cuatro dNTP y una pequeña cantidad de ddGTP. En estas
condiciones se sintetizaría un conjunto de distintas hebras hijas, cada una de las cuales
tendría una longitud diferente, con cada fragmento de DNA distinto terminando con un
ddGTP.
Para entender porque sucede lo anterior, considera que la DNA polimerasa sintetizaría una
hebra complementaria de cada plantilla marcada de la mezcla de reacción. La síntesis de
cada una de estas hebras complementarias empezaría en el mismo punto (en el cebador).
Como hay muchas dGTP y muy pocos ddGTP en la mezcla de reacción, los dGTP suelen
incorporarse enfrente de las C de la hebra plantilla. Pero ocasionalmente, unos de los pocos
ddGTP presentes seria incorporado a la hebra creciente, enfrente de una C de la plantilla. La
adición del ddGTP en este lugar impediría la elongación de la hebra. Como esto sucedería
en cada hebra plantilla presente, la reacción total produciría una colección de hebras recién
sintetizadas de longitud variable, correspondiente a la localización de cada C de la plantilla.
Reacciones análogas utilizando ddATP, ddCTP y ddTTP darían las distancias entre las T, G y
A sucesivas, respectivamente.
• Por ultimo, Sanger se dio cuenta de que cuando los fragmentos producidos por las cuatro
reacciones se alinean por tamaño, revelan la secuencia de bases del DNA plantilla. Para
ordenar los fragmentos por tamaño, los separo mediante electroforesis en gel, y entonces se
podia leer la secuencia de bases de la plantilla.
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5. BIOTECNOLOGIA EN ANIMALES.
• Hay que secuenciar y conocer el alelo silvestre del gen en cuestión y sus secuencias
reguladoras. Este alelo codifica un producto asociado a un fenotipo sano.
• Debe existir un método para introducir una copia del alelo silvestre en los individuos
afectados: el DNA ha de introducirse de tal modo que asegure la expresión del gen en los
tejidos apropiados, en la cantidad apropiada, y en el momento apropiado. Los organismo en
los que se inserta uno o varios genes extraños se denominan TRANSGENICOS.
Hasta ahora los investigadores se han dedicado a empaquetar DNA extraño en virus para
transportarlo a células humanas.
Una infección vírica empieza cuando un virus entra o se une a una célula huésped e inserta su
genoma en ella. En algunos casos, el DNA vírico se integra en un cromosoma de la célula huésped.
Como resultado, los virus que infectan humanos se pueden usar como vectores para transportar
alelos diseñados a los cromosomas de las células diana. Potencialmente, los alelos transportados por
el virus se pueden expresar y producir un producto capaz de curar una enfermedad genética.
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Actualmente, el vector de elección en terapia génica son los RETROVIRUS, que son un tipo de
virus cuyo genoma esta compuesto por RNA. Los genomas incluyen la enzima transcriptasa
inversa, que cataliza la producción de una molécula de DNA de doble hebra a partir de una plantilla
de RNA de hebra simple.
Cuando un retrovirus infecta una célula humana, la transcriptasa inversa cataliza la producción de
una copia de DNA del genoma vírico . Ademas, otras enzimas del virus catalizan la inserción del
DNA vírico en un cromosoma de la célula huésped. Si se pueden introducir genes humanos en un
retrovirus, entonces este es capaz de insertar los alelos humanos en un cromosoma de una célula
diana.
Aunque los virus parecían los vectores ideales para el transporte de alelos humanos normales, su
uso conlleva importantes problemas, ya que los virus causan habitualmente enfermedades. Entre los
retrovirus tenemos el VIH, que causa la enfermedad del SIDA o síndrome de inmunodeficiencia
adquirida, así como otros muchos virus que provocan cáncer en humanos y otros animales. Usar
estos agentes en la terapia génica requiere que las secuencias responsables de causar enfermedades
sean inactivadas o eliminadas de sus genomas. Incluso si se han inactivado, las partículas alteradas
podrían recombinarse con DNA vírico presente en el individuo tratado y conducir a la formación de
una nueva cepa infecciosa. Ademas, la presencia de proteínas víricas activa una respuesta del
sistema inmunitario que puede provocar peligrosos efectos secundarios durante el tratamiento. Por
ultimo, si los genes víricos se insertaran en una posición tal que altere la función de un gen
importante en las células diana, las consecuencias podrían ser graves.
A pesar de estos riesgos, los retrovirus siguen siendo los mejores vectores disponibles para la
terapia génica en humanos.
6. BIOTECNOLOGIA EN LA AGRICULTURA.
El proceso en la terapia génica en humanos ha sido lento, pero el progreso de transformar plantas de
cultivo con genes recombinantes ha sido increíblemente rápido. El uso de plantas geneticamente
modificadas se ha convertido en un elemento principal de la agricultura moderna.
Los recientes intentos de desarrollar plantas transgénicas se han centrado en tres objetivos
generales:
• Reducir las perdidas secundarias a los herbívoros: la estrategia mas popular para reducir
las perdidas causadas por organismos que se alimentan de plantas se basa en introducir el
gen de un insecticida natural, que protege a las plantas, por ejemplo, de algunas pestes de
orugas entre otras.
• Reducir la competición con las malas hierbas: la competición con las malas hierbas suele
reducirse introduciendo un gen cuyo producto hace que la planta de cultivo sea resistente a
un herbicida (sustancia química que destruye plantas).
• Mejorar la calidad del producto consumido por el publico: algunas plantas de cultivo,
como la soja, se han modificado geneticamente para producir un mayor porcentaje de ácidos
grasos insaturados respecto a los saturados, ya que estos últimos pueden contribuir a la
inducción de cardiopatías, por lo que los vegetales que contienen menos, son mas sanos.
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Agrobacterium Tumefaciens es una bacteria que infecta a las plantas. Los tejidos vegetales
infectados con éste parásito forman una excrecencia tumoral llamada AGALLA. De éstas plantas se
dice que tienen la enfermedad de las agallas de corona. Cuando los investigadores estudiaron como
se producen éstas infecciones, descubrieron que un plásmido de las agrobacterium, llamado
PLÁSMIDO TI, inducia tumores.
• Un grupo codifica productos que permiten a la bacteria unirse a las paredes celulares de un
huésped.
• Otro grupo, llamado genes de virulencia, codifica las proteínas necesarias para transferir
parte del DNA del Ti, llamado T-DNA (DNA transferido) al interior de la célula vegetal.
Después, el T-DNA entra en el núcleo de la célula vegetal y se integra en su DNA
cromosómico. Cuando se transcribe, el T-DNA hace que la célula infectada crezca y se
divida. El resultado es la formación de una agalla que contiene una floreciente población de
agrobacterium.
Los investigadores rápidamente se dieron cuenta de que el plásmido Ti es un método eficaz para
introducir genes recombinantes en células vegetales. Experimentos de seguimiento confirmaron que
se podían añadir genes recombinantes al T-DNA que se integra en el cromosoma del huésped, que
se podían eliminar los genes inductores de tumores y que la secuencia resultante se transfiere y
expresa eficazmente en su nueva planta huésped.
Aunque casi la mitad de la población mundial depende del arroz como alimento básico, éste grano
es una fuente extremadamente escasa de ciertas vitaminas y nutrientes esenciales (por ejemplo no
contiene vitamina A).
Los humanos y otros mamíferos sintetizan la vitamina A a partir de una molécula precursora
llamada β-caroteno, perteneciente a la familia de pigmentos vegetales llamada carotenoides. Las
plantas del arroz sintetizan β-caroteno en sus cloroplastos, pero no en la parte de la semilla que
comemos las personas.
Para generar una variedad de arroz que produzca las tres encimas necesarias para sintetizar
β-caroteno los investigadores expusieron embriones a células de agrobacterium que contenían
plásmidos Ti modificados geneticamente. A continuación se cultivaron las plantas transformadas en
un invernadero. Cuando los transgénicos hubieron madurado y producido semillas, los
investigadores descubrieron que algunos granos de arroz contenían tanto β-caroteno que eran
amarillos. Es el llamado arroz dorado.
Se están haciendo pruebas para determinar si el arroz transgénico contiene el suficiente β-caroteno
como para aliviar el déficit de vitamina A en los niños. Aunque la producción de arroz dorado en le
laboratorio es prometedora, todavía queda mucho por hacer antes de que éste avance afecte a la
salud pública. El arroz transgénico debe cultivarse en condiciones normales de campo. Además, la
mayoría o todas las variedades de arroz cultivadas en distintas partes del mundo tendrían que ser
cruzadas con suministros transgénicos para que adquieran los genes adecuados. Por último, las
variedades transgénicas deben de estar disponibles para los cultivadores pobres a un precio
razonable.
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TEMA 12
GENOMICA
1. SECUENCIACION DE GENOMAS.
Los genomas varían en tamaño desde unos pocos millones de pares de bases hasta varios miles de
millones. Pero una sola reacción de secuenciación puede analizar únicamente unos mil pares de
bases.
Existe una estrategia para romper los genomas en fragmentos del tamaño apropiado para su
secuenciación. Esta estrategia se denomina SECUENCIACION EN PERDIGONADA o
SHOTGUN. En ella, un genoma se divide en un conjunto de fragmentos superpuestos que son lo
suficientemente pequeños como para poder secuenciarse. Usando las regiones de superposición, los
fragmentos secuenciados vuelven a ponerse en el orden correcto.
Cada BAC se inserta después en una célula de E. Coli distinta, y se crea lo que los investigadores
llaman una biblioteca de BAC, que no es otra cosa que una biblioteca genómica (un conjunto de
todas las secuencias de DNA de un genoma concreto, dividido en pequeños fragmentos e insertado
en un vector de clonación). Separando las células en una biblioteca de BAC y después haciendo que
cada célula de lugar a una gran colonia, los investigadores pueden aislar grandes números de cada
fragmento de 160 kb.
Una vez que un equipo de investigación dispone de muchas copias de cada fragmento de 160 kb, el
DNA se rompe de nuevo en fragmentos de unos mil pares de bases. A continuación se insertan esos
pequeños fragmentos en plásmidos y se ponen dentro de células bacterianas. De este modo, el
genoma se descompone en dos niveles manejables:
Los plásmidos se copian muchas veces a medida que las bacterias se transforman en grandes
poblaciones. Entonces, se podrá disponer de grandes números de cada fragmento de mil pares de
bases para las reacciones de secuenciación.
Una vez que los fragmentos de mil pares de bases de cada clon BAC de 160 kb son secuenciados,
determinados programas de ordenador analizan las regiones donde se superponen los extremos de
cada segmento de mil pares de bases. Los solapamientos existe porque había muchas copias de cada
segmento de 160 kb, y cada uno se fragmento al azar mediante sonicación. El ordenador mezcla y
empareja segmentos de un único clon BAC hasta que se obtiene una alineación consistente con
todos los datos disponibles. Entonces se analizan los extremos de cada BAC de un modo similar. El
objetivo es disponer cada segmento de 160 kb en su posición correcta en el cromosoma, basándose
en las regiones de solapamiento.
Como la cantidad de datos implicados es tan enorme, los retos informáticos de la genómica son
formidables. La inmensa cantidad de datos generados por los centros de secuenciación del genoma
ha hecho que la BIOINFORMATICA sea crucial para el continuo progreso en este campo.
La mayoría de los organismos seleccionados para secuenciar todo su genoma causan enfermedades
o tienen otras propiedades biológicas interesantes. Por ejemplo, se han secuenciado genomas de
bacterias y arqueas que habitan en entornos extremadamente cálidos con la esperanza de descubrir
enzimas útiles para aplicaciones industriales a altas temperaturas y para comprender como pueden
funcionar las proteínas en esas condiciones. Otras bacterias y arqueas se eligieron porque son
capaces de realizar reacciones químicas muy interesantes, como producir metano y otros
compuestos. En algunos casos, los investigadores esperan que estos organismos puedan servir como
fuente de productos comerciales. El genoma del arroz se secuencio porque el arroz es la principal
fuente de alimento para la mayoría de las personas. Por ultimo, especies como la mosca del vinagre
Drosophila Melanogaster, el nematodo Caenorhabditis Elegans, el ratón domestico Mus Musculus
y la planta de la mostaza Arabidopsis Thaliana se analizaron como organismos modelo en biología
y porque los datos de organismos bien estudiados prometían ayudar a los investigadores a
interpretar el genoma humano.
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1.2. Qué secuencias son genes.
El objetivo mas básico al anotar o interpretar un genoma es identificar que bases constituyen genes,
los segmentos de DNA que codifican RNA o una proteínas producto y que regulan su produccion.
En bacterias y arqueas, identificar genes es relativamente directo. Sin embargo, en eucariotas es
mucho mas difícil.
Los biólogos empiezan con programas informáticos que escanean la secuencia de un genoma en las
dos direcciones. Estos programas identifican cada marco de lectura posible en las dos hebras del
DNA. Como cada codón esta compuesto por tres bases, en cada hebra son posibles tres marcos de
lectura, con un total de seis marcos de lectura posibles. Como las secuencias generadas al azar
contienen un codón de fin en uno de cada 20 codones, un largo fragmento de codones que carezca
de codón de fin es un buen indicador de secuencia codificadora.
El programa informático destaca todos los fragmentos de secuencias del tamaño de un gen que
carezcan de un codón de fin pero que estén flanqueados por un codón de inicio y un codón de fin.
Como los polipéptidos varían en tamaño desde una pocas docenas de aminoácidos a muchos cientos
de ellos, los fragmentos de secuencia del tamaño de un gen varían desde varios cientos hasta miles
de bases. Ademas, los programas informáticos buscan secuencias características de promotores,
operadores y otros lugares reguladores. Los fragmentos de DNA identificados de este modo se
llaman MARCOS DE LECTURA ABIERTOS u ORF.
Una vez encontrado un ORF, un programa informático compara su secuencia con las secuencias de
genes conocidos de especies bien estudiadas. Si el ORF parece ser un gen que todavía no se ha
descrito en ninguna otra especie, se necesitan mas investigaciones antes de que se pueda considerar
realmente un gen. Un éxito, en cambio, significa que un ORF comparte una cantidad importante de
secuencia con un gen conocido de otra especie. Las similitudes entre genes de distintas especies
suele deberse a la HOMOLOGIA. Si los genes son homólogos, significa que son similares porque
están relacionados por descendencia de un ancestro común. Los genes homólogos tienen secuencias
de bases similares y una función parecida o igual.
Basándose en este razonamiento, los investigadores pueden confirmar que un ORF es realmente un
gen al descubrir que es homologo a un gen conocido.
Ahondar en los datos de secuencias eucariotas buscando genes es complicado por dos motivos: las
regiones codificadoras esta interrumpidas por intrones, y la gran mayoría de DNA eucariótico no
codifica realmente un producto. En el genoma humano, por ejemplo, se calcula que menos del 2%
del DNA presente codifica en realidad proteínas, tRNA, rRNA y otros tipos de productos. Encontrar
una región codificadora en el DNA de eucariotas es como encontrar un diamante en un montón de
roca. Para conseguirlo, los investigadores han de seguir varias estrategias:
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• Los investigadores pueden aislar mRNA del organismo en estudio y después usar enzimas
para fabricar los DNA complementarios (cDNA). Si se determina la secuencia de estos
cDNA, entonces un programa informático puede escanear la secuencia genómica y señalar
donde se localiza cada uno de los cDNA. Esta estrategia permite a los investigadores
identificar genes expresados en ciertos tipos celulares.
• Para identificar genes que no tienen una función conocida, los ordenadores comparan
genomas de especies estrechamente relacionadas y señalan las secuencias que son parecidas.
Las secuencias compartidas por especies estrechamente relacionadas se supone que cambian
mucho mas despacio en el tiempo que las secuencias que no pertenecen realmente al gen.
Las secuencias génicas cambian lentamente en el tiempo porque la mayoría de los productos
de un gen funcionan menos eficazmente cuando cambian aleatóriamente por mutaciones.
Así pues, es lógico esperar que la selección natural elimine la mayoría de las mutaciones en
genes y que los genes deberían cambiar lentamente a lo largo del tiempo. Pero los cambios
en las secuencias que no codifican productos ni regulan la expresión génica no afectan al
fenotipo del organismo. Es mucho menos probable que las mutaciones en estas regiones se
eliminen por la selección natural, de modo que cambian relativamente rápido a lo largo del
tiempo.
Aunque todas estas estrategias para encontrar genes han sido productivas, probablemente pasaran
muchos años antes de que los biólogos estén convencidos de que han identificado todas las regiones
codificadoras de un solo genoma eucariótico.
En bacterias, hay una correlación global entre el tamaño de un genoma y la capacidad metabólica
del organismo. Por ejemplo, la mayoría de los parásitos tienen genomas mucho menores que los
organismos no parásitos. Los parásitos viven de un huésped y por tanto reducen la eficacia biología
de este.
La redundancia es otro aspecto a destacar en los genomas bacterianos. Por ejemplo, el genoma de E.
Coli tiene 86 pares de genes cuyas secuencias de DNA son casi idénticas, lo que significa que las
proteínas que producen son casi iguales en su estructura y presumiblemente también en su función.
Aunque no se conoce la importancia de esta redundancia, los biólogos proponen que se producen
formas ligeramente diferentes de la misma proteína en respuesta a discretos cambios en las
condiciones ambientales.
La observación mas sorprendente de todas es, quiza, que en muchas especies de bacterias y arqueas,
el 15-25% material hereditario parece ser ajeno, esto es, adquirido de otras especies poco
relacionadas.
Los biólogos usan dos criterios generales para apoyar la hipótesis de que las secuencias de genomas
de bacterias y arqueas se originaron en otras especies:
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• Cuando los fragmentos de DNA son mucho más parecidos a genes de especies con una
relación distante que a los de especies estrechamente relacionadas.
• Cuando la proporción de los pares G-C respecto a A-T en un gen o grupo de genes concretos
es muy diferente de la composición de bases del resto del genoma.
¿Cómo pueden pasar los genes de una especie a otra? Al menos en algunos casos, los plásmidos
parecen ser los responsables. Por ejemplo, la mayoría de los genes responsables de conferir
resistencia a los antibióticos se encuentra en plásmidos. Los investigadores han documentado la
trasferencia de genes resistencia a los antibióticos transportados por plásmidos entre especies de
bacterias patógenas con una relación muy distante. En algunos casos, los genes de plásmidos se
integran en el cromosoma principal de una bacteria, lo que resulta en recombinación genética. El
movimiento de DNA de una especie a otra se llama TRANSFERENCIA LATERAL DE GENES.
Algunos biólogos proponen que la transferencia lateral de genes también ocurre por transformación:
cuando bacterias y arqueas captan segmentos en bruto de DNA del ambiente, quizá en el curso de la
adquisición de otras moléculas.
Además de transferirse entre especies mediante plásmidos o fragmentos de DNA, los genes pueden
ser transportados por virus.
3. GENOMAS EUCARIOTAS.
Muchos genomas eucariotas están dominados por secuencias de DNA repetidas que aparecen entre
los genes y no codifican productos usados por el organismo. Éstas secuencias repetidas causan
problemas importantes a la hora de alinear e interpretar los datos de secuencias. Si esas secuencias
no codifican productos, ¿por que existen?.
Los elementos de transposición y los virus se clasifican como parásitos porque se consume tiempo y
recursos en copiarlos junto con el resto del genoma, y porque pueden alterar la función génica
cuando se mueven y se insertan en otro lugar. Como resultado, disminuyen la eficacia biológica del
huésped. Los elementos de transposición son parásitos del genoma.
Los elementos de transposición pueden ser de muchos tipos y se extienden por el genoma de
distintas formas. Especies diferentes contienen distintos tipos de elementos de transposición.
Como ejemplo del funcionamiento de éstos genes egoístas, consideremos un tipo bien estudiado,
llamado ELEMENTO NUCLEAR INTERCALADO LARGO (LINE), presente en el ser
humano y en otros eucariotas. Como los LINE son tan parecidos a los retrovirus, los biólogos
proponen la hipótesis de que derivan evolutivamente de ellos. Tu genoma contiene decenas de miles
de LINE, cada uno de entre mil y cinco mil bases.
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Un LINE activo contiene todas las secuencias necesarias para producir copias de sí mismo e
insertarlas en un lugar distinto del genoma:
Una vez que un LINE se transcribe a un mRNA, los ribosomas del citoplasma sintetizan la
transcriptasa inversa y la integrasa. La transcriptasa inversa hace una versión en cDNA del mRNA
del LINE, y la integrasa inserta el DNA del LINE recién sintetizado en un lugar distinto del
genoma. De ésta forma, la secuencia parásita se reproduce. Si éste tipo de transposición tiene lugar
en células reproductoras que van a convertirse en óvulos o espermatozoides, el LINE copiado se
transmitirá a la descendencia. Si el LINE se inserta dentro de un gen o una secuencia reguladora,
causa una mutación que, casi con total certeza, disminuirá la eficacia biológica del huésped.
La mayoría de los LINE observados en el genoma humano no funcionan, sin embargo, porque
carecen de promotor o de los genes de la transcriptasa inversa o la integrasa. Los análisis del
genoma humano han rebelado que sólo unos pocos de nuestros LINE parecen estar completos y ser
potencialmente activos.
Prácticamente todos los genomas eucariotas y procariotas estudiados hasta ahora contienen al
menos algunos elementos de transposición.
Varían enormemente en tipo y número, no obstante, y los genomas de bacterias y arqueas tienen
relativamente pocos elementos de transposición en comparación con la mayoría de los eucariotas
estudiados hasta ahora. Ésta observación ha suscitado la hipótesis de que bacterias y arqueas tienen
medios eficaces de eliminar secuencias parásitas o bien pueden impedir de algún modo las
inserciones. Hasta la fecha, sin embargo, ésta hipótesis no ha sido verificada con rigor.
Además de contener secuencias repetidas de los elementos de transposición, los genomas eucariotas
tienen varios miles de loci llamados REPETICIONES EN TÁNDEM SIMPLES (STR). Éstas
son pequeñas secuencias repetidas una y otra vez a lo largo de un cromosoma. Hay dos tipos
principales de STR:
Los loci de microsatélites y minisatélites son hipervariables, lo que significa que varian entre los
individuos mucho más que cualquier otro tipo de secuencia.
En la profase de la meiosis I, en vez de alinearse exactamente por el mismo lugar, los dos
cromosomas se juntan de tal forma que se emparejan bases de distintos segmentos repetidos. Por
ésta alineación incorrecta se produce un SOBRECRUZAMIENTO DESIGUAL. Los cromosomas
producidos por sobrecruzamiento desigual contienen distintos números de repeticiones.
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Los errores de alineación o los cometidos por la DNA polimerasa son tan frecuentes en éstos loci
que, en la mayoría de los eucariotas, el genoma de prácticamente todos los individuos tiene al
menos un alelo nuevo. Ésta variación en el número de repeticiones en el individuo es la base del
PERFIL DE HUELLAS DEL DNA. El perfil de huellas del DNA se refiere a cualquier técnica
para identificar individuos basándose en las características exclusivas de sus genomas. Como los
loci de microsatélites y minisatélites varían tanto en los individuos, son ahora los loci de elección
para realizar el perfil de huellas del DNA.
En eucariotas la fuente principal de nuevos genes es la duplicación de genes previos. Los biólogos
deducen que los genes se han duplicado recientemente cuando encuentran conjuntos de genes
similares agrupados en el mismo cromosoma. Los genes suelen ser parecidos en aspectos
estructurales, como la disposición de exones e intrones, y en su secuencia de bases.
Dentro de una especie, se considera que los genes que son extremadamente parecidos entre sí en
estructura y función pertenecen a la misma FAMÍLIA GÉNICA. La hipótesis es que los genes que
componen familias génicas derivan de una secuencia ancestral común a través de la duplicación e
genes. Cuando se produce la DUPLICACIÓN DE GENES, se añade una copia extra del gen al
genoma.
En la mayoría de los casos, los investigadores están conociendo como funciona el genoma humano
comparándolo con genomas de otras especies. Una proporción especialmente grande de nuestros
genomas está dedicada a la inmunidad (defensa frente a bacterias, virus y otros parásitos).
De todas las observaciones acerca de la naturaleza de los genomas eucariotas, quizá la más
sorprendente sea, que los organismos con morfología y conducta complejas no parecen tener un
número de genes especialmente grande.
La hipótesis del ayuste alternativo propone que al menos ciertos eucariotas pluricelulares no
necesitan un número enorme de genes distintos. En cambio, el ayuste alternativo crea distintas
proteinas a partir de un mismo gen.
A nivel de secuencias de bases, los seres humanos y los chimpancés son idénticos en un 98'8% en
promedio. De los genes homólogos analizados en seres humanos y chimpancés, el 29% son
idénticos en la secuencia de aminoácidos; la diferencia promedio entre proteinas homólogas es tan
sólo de dos aminoácidos. Si los seres humanos y los chimpancés son tan parecidos genéticamente,
¿por que su morfología y su conducta son tan distintas?.
La hipótesis prevalente para resolver ésta paradoja acude a la importancia de los genes reguladores
y las secuencias reguladoras. Una secuencia reguladora es un fragmento de DNA implicado en el
control de la actividad de otros genes; puede ser un promotor, un elemento próximo al promotor, un
intensificador o un silenciador. El término gen estructural, en cambio, hace referencia a una
secuencia que codifica un tRNA, rRNA, una proteína o bien otro tipo de producto. Los genes
reguladores codifican factores reguladores de la transcripción que alteran la expresión de genes
concretos.
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Para resolver la paradoja de similitud de secuencias, los biólogos proponen que, aunque muchos
genes estructurales de especies estrechamente relacionadas, como seres humanos y chimpancés, son
idénticos o casi idénticos, las secuencias reguladoras y los genes reguladores podrían tener
importantes diferencias entre las dos especies.
5. GENÓMICA FUNCIONAL.
Los biólogos han intentado conocer como y cuando se expresan genes concretos durante décadas.
La investigación sobre el operón lac y el operón trp son un ejemplo de éste intento. Pero ahora, con
catálogos completos de los genes presentes en una variedad de organismos, cuyos genomas se han
secuenciado, los investigadores pueden preguntarse como y cuando se expresan todos los genes de
un organismo. Éstos tipos de análisis a gran escala de la expresión génica se llaman a veces
GENÓMICA FUNCIONAL. La investigación está motivada por la intuición de que los productos
de los genes no existen en un vacío. En cambio, grupos de RNA y proteínas actúan untos para
responder a amenazas ambientales como calor o sequía extremos. De un modo parecido, grupos
concretos de genes se transcriben en distintas fases a medida que un eucariota pluricelular crece y se
desarrolla. Una de las herramientas más básicas usadas en la genómica funcional se llama
micromatiz. Una MICROMATRIZ de DNA consiste en un gran número de DNA de hebra simple
fijado permanentemente a un portaobjetos de cristal, que tiene miles de puntos, cada uno de los
cuales contiene el DNA de hebra presente en el genoma humano.
Los micromatrices de DNA representan todos los genes de un genoma. Para crear una micromatriz
de DNA, los investigadores colocan miles de secuencias de DNA, cortas de hebra simple, de
secuencias codificadoras, en una placa de cristal. Los DNA representan característicamente todos
los exones del genoma de una especia determinada.
Los micromatrices de DNA se usan para estudiar cambios en la expresión génica. Sondeando una
micromatriz con cDNA marcados sintetizados a partir de mRNA, los investigadores pueden
identificar qué secuencias codificadoras se están transcribiendo. Aquí, los mRNA de células que
crecen a temperatura normal son verdes, mientras que los mRNA de células que crecen a altas
temperaturas son rojos.
De éste modo, una micromatriz permite a los investigadores estudiar la expresión de miles de genes
a la vez. Como resultado, pueden identificar qué grupos de genes se expresan en unas condiciones
determinadas.
6. PROTEÓMICA.
Los biólogos usan el término TRANSCRIPTOMA para referirse al grupo completo de genes
transcritos en una célula determinada, y PROTEOMA para denotar todo el conjunto de proteinas
producidas. Por tanto, la PROTEÓMICA es el estudio a gran escala de la función proteica. Los
estudios proteómicos empiezan identificando las proteinas presentes en una célula o orgánulo,
después los investigadores intentan determinar las localizaciones e interacciones de las proteinas y
documentar como cambian en el tiempo o compararlas con otras células.
La proteómica se puede considerar como una rama de la genómica funcional. En vez de estudiar
proteínas individuales o como dos proteinas interaccionan los biólogos pueden estudiar todas las
proteinas presentes a la vez.
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TEMA 3
LA CELULA. ORGANIZACION CELULAR
1. CELULAS PROCARIOTICAS.
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2.1. Orgánulos procesadores de información
*ENDOCITOSIS: 3 tipos
-Fagocitosis: la membrana
plasmática rodea a una célula mas
pequeña o partícula de alimento
(fagosoma) que se transporta a un
lisosoma que lo digiere. Las pequeñas
moléculas resultantes se liberan al
citosol
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2.3. Producción y transporte de proteínas en el sistema de endomembranas.
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3. CITOESQUELETO.
• Estructura dinámica compuesta por proteínas que se mueven y cambian para alterar la forma
celular, trasladar materiales de un sitio a otro y mover toda la célula.
• Contiene tres tipos de elementos constituyentes:
• Se definen por su tamaño, y cada uno esta compuesto por una proteína distinta
• Pertenecen a la familia de las QUERATINAS
• Proporcionan la fuerza mecánica necesaria para resistir la presión y la abrasión
• Proporcionan al núcleo su forma y anclan a los cromosomas
• Mantienen el núcleo en su sitio
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3.3. Microtúbulos.
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5. MEMBRANAS CELULARES.
Su componente principal son los fosfolípidos, que se pueden disponer en dos formas:
Los fosfolípidos tienen carácter ANFIPATICO, esto es, tienen una región hidrófila y otra región
hidrófoba:
• Permeabilidad selectiva: no todos los solutos atraviesan la bicapa con la misma facilidad:
• Permeabilidad según el tipo de lípidos: viene dada por las cadenas de hidrocarburo de los 2
ácidos grasos que componen el fosfolípido:
*A temperatura ambiente (25ºC) los fosfolípidos son líquidos, y las bicapas tienen la
consistencia del aceite de oliva
Difusión: movimiento de moléculas e iones Los solutos tienden a pasar de una zona de alta
resultante de su energía cinética concentración a otra de baja concentración. La
diferencia de concentraciones crea un GRADIENTE
DE CONCENTRACION
Ósmosis: difusión del agua. Solo ocurre si • Si la solución de exterior de la membrana
la membrana es semipermeable tiene una mayor concentración de solutos que
la del interior y los solutos no pueden
atravesar la bicapa, entonces el agua saldrá al
exterior para igualar la concentración de
solutos a ambos lados de la bicapa. A la
solución exterior se le llama
HIPERTÓNICA respecto a la del interior
• En el caso opuesto. El agua entrara por
ósmosis. La solución exterior en este caso
recibe el nombre de HIPOTÓNICA respecto
a la del interior, ya que tiene menor
concentración de solutos
• Cuando ambas soluciones, exterior e interior,
tienen igual concentración de solutos, se
dicen ISOTÓNICAS
6. PROTEINAS DE MEMBRANA.
Las membranas son un mosaico de fosfolípidos y distintos tipos de proteínas. La estructura global
es dinámica y fluida, y recibe el nombre de MODELO DE MOSAICO FLUIDO.
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6.1. Difusión facilitada por proteínas de canal.
Los iones se mueves de zonas de mayor concentración a zonas de menor concentración por difusión
(GRADIENTE DE CONCENTRACION).
También fluyen desde áreas con cargas iguales hacia áreas con carga opuesta (GRADIENTE
ELECTRICO)
Por tanto, los iones se mueven en respuesta a un GRADIENTE ELECTROQUIMICO
Un CANAL IONICO es una proteína que hace a las bicapas permeables a los iones:
• Las células tienen diferentes tipos de PROTEINAS DE CANAL en sus membranas, cada
una de ellas especializada en un tipo de ion o molécula (son selectivas)
*ACUOPORINAS: permiten que el agua pase a través de la membrana 10 veces mas
rápido que en su ausencia
• Son canales regulados que se abren o cierran cuando se une una molécula determinada o
cambia la carga eléctrica en el exterior de la membrana (si el exterior se hace positivo la
proteína abre el canal y permite el paso de iones)
• El movimiento de sustancias a través de los canales es pasivo, no requiere energía para
producirse (el TRANSPORTE PASIVO se realiza por difusión según un gradiente
electroquímico
No requiere consumo energético, puesto que esta inducido por proteínas de membrana
especializadas.
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6.3. Transporte activo por bombas.
Esta facilitado por proteínas transportadoras o por proteínas de canal, y se realiza en contra del
gradiente electroquímico, o TRANSPORTE ACTIVO, que requiere energía, la cual es aportada
por un grupo fosfato del ATP
La mas importante es la BOMBA DE Na-K: utiliza ATP y la proteína funciona como una enzima
(Na+-K+-ATP-asa):
• Tres lugares activos de la proteína tienen mucha afinidad por los iones Na+, por lo que tres
de estos iones se unen a estos tres lugares activos
• Un fosfato del ATP se une a la proteína, que cambia su conformación tras la unión
• Los iones Na+ salen de la proteína y se difunden al medio extracelular
• En esta ultima conformación, la proteína tiene dos lugares activos con afinidad por los iones
K+, por lo que dos de estos iones se unen a ella
• El grupo fosfato abandona la proteína y esta vuelve a su conformación original, y los iones
K+salen de la proteína al medio intracelular
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