Kapitel 12 Enzyme - eine Einführung

Nahezu alle biochemischen Reaktionen werden von einer Klasse von Katalysatoren
vermittelt - den Enzymen. Sie unterscheiden sich in einigen Punkten von den
üblichen chemischen Katalysatoren:
1. Höhere Reaktionsgeschwindigkeit
2. Mildere Reaktionsbedingungen: Temperaturen unter 100C,
Atmosphärendruck, fast neutrale pH-Werte.
3. Grössere Reaktionsspezifität: Enzyme sind in Bezug auf die Identität ihrer
Substrate (Reaktanten) und Produkte spezifischer als chemische
Katalysatoren  weniger unerwünschte Nebenwirkungen
4. Fähigkeit zur Regulation: Die katalytischen Aktivitäten vieler Enzyme sind oft
von Substanzen, die nicht Substrate sind, abhängig. Mechanismen der
Regulationsvorgänge: Allosterische Kontrolle, kovalente Modifikation der
Enzyme, Regulation der synthetisierten Enzymmengen.

1.Historischer Überblick

Die Enzymologie war der eigentliche Einstieg in die biochemische Forschung. Sie
entwickelte sich im 19. Jahrhundert aus Untersuchungen von Verdauung und
Fermentation.
Fischer formulierte 1894 die Schloss-Schlüssel Hypothese: Die Spezifität des
Enzyms (Schloss) für sein Substrat (Schlüssel) ergibt sich aus ihrem geometrisch
komplementären Formen.
1926 wurde mit der Urase aus Schwertbohnen erstmals ein Enzym kristallisiert. Erst
als die Enzyme richtig gereinigt werden konnten, stand fest, dass sie aus Proteinen
bestehen. Inzwischen sind über 2000 Enzyme weitgehend gereinigt und
charakterisiert worden.

2. Substratspezifität

Die nichtkovalenten Kräfte, durch die Substrate und andere Moleküle an Enzyme
binden, sind in ihrer identisch mit jenen Kräften, die die Konformationen der Proteine
selbst festlegen: Van-der-Waals, elektrostatische oder hydrophobe
Wechselwirkungen sowie H-Brücken.
Eine Substratbindungsstelle besteht aus einer Einkerbung oder Spalte auf der
Oberfläche eines Enzymmoleküls, deren Form komplementär zum Substrat ist. Die
Aminosäurereste, die die Bindungsstelle bilden sind so angeordnet, dass sie
spezifisch mit dem Substrat wechselwirken können. So können Moleküle, die sich in
der Form oder Verteilung ihrer funktionellen Gruppen vom Substrat unterscheiden
nicht gut ans Enzym binden. Röntgenuntersuchungen deuten an, dass die
Substratbindungsstellen der meisten Enzyme bereits vorgeformt sind, es aber
dennoch während der Substratbindung zu Konformationsänderungen – die
Substratbindungsstelle bildet sich erst aus, wenn das Substrat ans Enzym gebunden
ist – kommen kann.

A Stereospezifität
Enzyme sind sowohl bei der Bindung chiraler Substrate als auch bei der Katalyse
ihrer Substrate hochspezifisch.
Diese Stereospezifität entsteht dadurch, dass die von Natur aus chiralen Enzyme
(Proteine bestehen nur aus L-Aminosäuren) asymmetrische aktive Zentren bilden.
Bsp
Trypsin hydrolysiert schnell aus L-Aminosäuren aufgebaute Polypeptide, nicht jedoch
aus O-Aminosäuren bestehende.

Enzyme sind auch in den von ihnen katalysierten Reaktionen stereospezifisch.

Bsp
Alkohol-Dehydrogenase (YADH) aus Hefe katalysiert die Reaktion von Ethanol zu
Acetaldehyd. Zur Erinnerung: Ethanol ist prochiral

Die 2 Methylen H-Atome im Ethanol können unterschieden werden, wenn das

Molekül irgendwie fixiert wird. Dies ist der Fall bei der Bindung an ein Enzym, das
das Substrat auf seiner Oberfläche immobilisiert. Untersuchungen haben gezeigt,
dass das Enzym sowohl zwischen den pro-S- und pro-R-Wasserstoffen am Ethanol
als auch zw. Den si- und re- Seiten des Nicotinamidrings im NAD+ unterscheiden
kann.
Die Stereospezifität von YADH ist keineswegs ungewöhnlich, beinahe alle
enzymatisch katalysierten Reaktionen verlaufen streng stereospezifisch.

B Geometrische Spezifität
Zusätzlich zu ihrer Stereospezifität sind die meisten Enzyme auch gegenüber den
Strukturen chemischer Gruppen in ihren Substraten sehr selektiv.
Enzyme unterscheiden sich beträchtlich im Grad ihrer geometrischen Spezifität.
Einige sind streng spez. Für eine einzige Bindung, die meisten Enzyme aber
katalysieren die Reaktion einer engen Gruppe verwandter Verbindungen.
Bsp
YADH katalysiert die Oxidation kleiner primärer und sekundärer Alkohole zu den
entsprechenden Aldehyden und Ketonen weniger effizient als die vorher
beschriebene Reaktion mit Ethanol.

Besonders Verdauungsenzyme sind in bezug auf ihre Substratspezifität sehr

grosszügig.
Bsp
Carboxypeptidase A katalysiert die Hydrolyse aller C-terminalen Peptidbindungen,
ausser die endständige Gruppe ist Arg, Lys oder Pro und der vorangehende Rest ist
Pro.

Manche Enzyme sind nicht einmal für den Reaktionstyp, den sie katalysieren
besonders spezifisch.
Bsp
Chymotrypsin katalysiert die Hydrolyse von Peptidbindungen, aber auch die
hydrolytische Spaltung von Esterbindungen.

3. Coenzyme
Die funktionellen Gruppen von Enzymen können Säure-Basen Reaktionen
durchführen, kovalente Bindungen öffnen und schliessen und an Coulomb
Wechselwirkungen teilnehmen. Weniger geeignet sind sie zur Katalyse von
Redoxreaktionen und vielen Arten von Gruppentransferprozessen. Dazu werden
Cofaktoren benötigt.
Bsp
Metall-Ionen wie Zn+ in der Reaktion der Carboxypeptidase A
Organische Moleküle, sogenannte Coenzyme wie NAD+ in der YADH Reaktion

Manche Cofaktoren binden nur vorübergehend an das Enzym, sie arbeiten praktisch
als Cosubstrate.
Die sogenannten prosthetischen Gruppen sind dagegen häufig über kovalente
Bindungen dauerhaft mit ihrem Protein verbunden.
Coenzyme werden durch die Enzymreaktionen, an denen sie beteiligt sind, chemisch
verändert. Damit der katalytische Cyclus beendet werden kann, muss das Coenzym
wieder in seinen Ausgangszustand gebracht werden. Bei prosthetischen Gruppen
geschieht dies nur in einer bestimmten Phase der enzymatischen Reaktionsfolge.
Die Regeneration für vorübergehend gebundene Coenzyme kann von einem
anderen Enzym katalysiert werden.

Katalytisch aktiver Enzym-Cofaktor-Komplex = Holoenzym

Enzymatisch inaktives Protein, durch entfernen des Cofaktors aus dem Holoenzym =
Apoenzym

Apoenzym (inaktiv) + Cofaktor  Holoenzym

4. Regulation der Enzymaktivität

Ein Organismus muss die katalytischen Aktivitäten seiner Enzyme so regulieren,

dass er seine Stoffwechselprozesse koordinieren, auf Veränderungen in seiner
Umgebung reagieren, wachsen und sich differenzieren kann, alles in geordneter
Weise natürlich.
Es gibt 2 grundsätzliche Wege zu Kontrolle der Enzymaktivität:
1. Kontrolle über die Verfügbarkeit von Enzymsubstraten: Die Menge eines
gegebenen Enzyms in einer Zelle ist abhängig von der Geschwindigkeit seiner
Synthese und seines Abbaus. Beide werden direkt von der Zelle kontrolliert. Die
verschiedenen Gewebe eines höheren Organismus enthalten unterschiedliche
Enzymsätze, auch wenn die meisten seiner Zellen identische Informationen
enthalten.
2. Kontrolle der Enzymaktivität: Die katalytische Aktivität eines Enzyms kann direkt
durch Änderungen der Konformation oder Struktur reguliert werden.
Die Geschwindigkeit einer enzymatisch katalysierten Reaktion ist proportional zur
Konzentration ihres Enzym-Substrat-Komplexes.
Diese wiederum variiert mit der Substratkonzentration und Substratbindungsaffinität.
Durch Änderung der Substrataffinität kann man also die katalytische Aktivität des
Enzyms kontrollieren.
Die Substratbindungsaffinität eines Enzyms kann auch mit der Bindung kleiner
Effektormoleküle variieren, wodurch die katalytische Aktivität des Enzyms verändert
wird.

Die Rückkopplungshemmung der ATCase reguliert die Pyrimidin Biosynthese

Aspartat-Transcarbomoylase (ATCase) katalysiert die Bildung von
N-Carbomoylaspartat aus Carbamoylphosphat und Aspartat. Die Reaktion ist der
erste gemeinsame Schritt in der Biosynthese von Pyrimidinen (Hauptbestandteil von
Nucleinsäuren)
Das Enzym geht mit beiden Substraten eine homotrop kooperative Wechselwirkung
ein. ATCase wird heterotrop von CTP (Pyrimidinnucleotid) gehemmt und durch ATP
(Purinnucleotid)

Massive Biosynthese der Nucleinsäure  CTP-Pool geleert  CTP löst sich von
ATCase Folge: ATCase wird enthemmt  Geschwindigkeit der CTP - Synthese
steigt.
Umgekehrt: CTP Überschuss hemmt ATCase  Geschwindigkeit der CTP –
Synthese sinkt

Dies ist ein Beispiel für die Rückkopplungshemmung, eine häufige Regulationsform,
bei der die Produktekonzentration eines Biosyntheseweges die Aktivität eines
Enzyms zu Beginn dieses Weges kontrolliert.

Weiterer Fall:
ATP – Konzentration > CTP – Konzentration  ATCase für Pyrimidinsynthese
aktiviert bis ATP – Konz.  CTP – Konz.
Umgekehrt: CTP – Konz. > ATP – Konz.  CTP Hemmung erlaubt ATCase
Purinsynthese

Allosterische Veränderungen beeinflussen die Substratbindungsstelle der ATCase

Die katalytischen Untereinheiten der ATCase enthalten Trimere und regulatorische
Dimere.
Abgelöste katalytische Trimere behalten grundsätzlich ihre Aktivität, liefern jedoch
eine nichtkooperative Substratsättigzungskurve und werden von ATP und CTP nicht
beeinflusst. Isolierte regulatorische Dimere binden die allosterischen Effektoren,
haben aber keine enzymatische Aktivität.  Wechselwirkung, eines ergänzt das
andere
Theorie der allosterischen Wechselwirkungen: ATP (Aktivator) bindet bevorzugt an
aktive (R-Zustand) ATCase. CTP (Inhibitor) bindet bevorzugt an inaktive (T-Zustand)
ATCase.

In der T-Form binden die Substrate Carbamoylaspartat und Aspartat an.

In der R-Form bindet PALA (Phosphoacetyl-L-aspartat) an die ATCase. Diese
bindung induziert die Schliessung der aktiven Zentren in einer Weise, die sie
zusammenbringen und ihre Reaktion fördern würde.
Folge: Atomare Verschiebungen lösen quartenären Wechsel von T- in R- Zustand
aus.
Die ternären (TR) und die quarternären (RT) Verschiebungen der ATCase sind
durch Wechselwirkungen zwischen den Untereinheiten so gekoppelt, dass sie nicht
unabhängig stattfinden können.
Ein niedriger PALA Spiegel aktiviert die ATCase indem er den (TR) Übergang
fördert. Die Bindung eines einzigen PALA Moleküls wandelt alle 6 katalytischen
Untereinheiten in den R-Zustand um. Die ATCase folgt in ihrem
Reaktionsmechanismus eng dem allosterischen Modell ( siehe auch Kap 9).
Allosterische Moleküle sind v.a. in Stoffwechselwegen weit verbreitet.
Ähnlich bei allen: Inhibitoren binden an T-Konformation, Aktivatoren an R-Zustand.
Quartenäre Veränderungen: Rotationen der Untereinheiten relativ zueinander.
TR Übergang: Sekundärstruktur weitgehend erhalten, veränderte Struktur der
aktiven Zentren des Enzyms, Substratbindung wird gefördert, Katalyse erleichtert.