Marea Neagra este afectata de poluarea atmosferica, agricultura intensiva,
urbanizare, industrie, dezvoltarea portuara si a zonelor costiere si poluarea marina. Cei mai multi poluanti atmosferici provin din industrie, termocentatralele pe carbune sau combustibil lichid, sau din transport. Acestia afecteaza negativ sanatatea populatiei, cat si mediul inconjurator. Practicarea agriculturii intensive duce la infiltrarea in apa a ingrasamintelor si pesticidelor folosite. Principala sursa de poluare a zonelor din din apropierea oraselor de pe tarm o constituie netratarea sau tratarea insuficienta a apelor uzate. Apele uzate menajere contribuie semnificativ la poluarea cu substante orgaince si nutrienti si pot fi responsabile de aparitia su proliferarea unor boli. Scaderea cantitatii de oxigen si a cantitatii de lumina in zonele cu adancime mai mica au efecte devastatoare asupra populatiilor animale. In unele cazuri grave de anoxie, se formeaza oxigen sulfurat , substanta foarte toxica, ce determina distrugerea totala a populatiilor animale si pierderea unor importanta resurse marine vii. Este greu de estimat poluarea chimica a Marii Negre datorita rapoartelor contradictorii si a lipsei unei surse de informare transparente. Oricum, in imediata apropiere a Marii Negre, dar mai ales in bazinele raurilor tributare Marii Negre se intalnesc toate ramurile industriale, ce contribuie la poluarea acesteia si a apelor inconjuratoare prin deversarea apelor uzate, infiltratii de la depozitele de deseuri sau prin poluare atmosferica depusa pe so sau in apa prin intermediul precipitatiilor.