Introducción a las proteínas

Aminoácidos

Moléculas anfipróticas
Estructura de los a-aminoácidos
Estereoisomería de los aminoácidos
• Algunos microorganismo evolucionaron para usar 22
aminoácidos (selenocisteína y la pirrolisina).

• La selenocisteína puede considerarse el aminoácido 21,

aunque solo se ha encontradoen algunas enzimas
codificadas por Escherichia coli (formato
deshidrogenasa).
• Existen aminoácidos no estándar (200) y algunos
presentan actividad biológica importante pero que no
forman parte de las proteínas, ejemplo:

• D-Acido Glutamico (en polipéptidos presentes en pared

celular de microorganismos).
• L-homoserina (Presente en muchos tejidos,
intermediarios metabólicos), etc.
• Histidina: histamina, controla la constricción de vasos
sanguineos, secreción de HCl por el estomago.
• Tirosina; precursor de epinefrina, hormona tiroidea,
tiroxina y triyodotropina.
• Neurotransmisores
γ -aminobutírico (GABA), derivado del Glu
serotonina, derivado del Trp
 Ionización
A pH ácido, el grupo
carboxilo esta protonado
y el aminoácido esta en la
forma catíonica
A pH neutro, el grupo
carboxilo esta
desprotonado pero el
grupo amino esta
protonado. La carga neta
es cero, tales iones son
llamados Zwitterions
A pH alcalino, el grupo
amino es neutral –NH2 y
el aminoácido esta en la
forma aníonica.
Efecto de los sustituyentes sobre el valor de pKa
-carboxilo es mas ácido que los ácidos carbixílicos.
-amino es levemente menos básico que en aminas
 Aminoácidos
sirven como
buffers
Aminoácidos con cadena
lateral no cargada como
la glicina, tienen dos
valores de pKa.:
El pKa del grupo -
carboxilo es 2.34
El pKa del grupo -amino
es 9.6

Puede actuar como buffer

en dos intervalos de pH.
Enlace Peptídico
 La nomenclatura de tres letras
• Se empueza a
nombrar a partir del
N- terminal
• La secuencia se
escribe como
Ala-Glu-Gly-Lys

• Muchas veces se
emplea la
nomenclatura de una
sola letra: AEGK
 Peptidos: Una Variedad de funciones
• Hormones and feromonas:
– insulina (relación con azúcar)
– oxitocina (relación con nacimiento)
– sex-peptido (ralción con apareamiento de la mosca de la fruta)

• Neuropeptidos
– sustancia P (mediador de dolor)

• Antibioticos:
– polimixina B (para bacterias Gram - )
– bacitracina (para bacterias Gram +)

• Protección, i.e. toxins

– amanitina (hongos)
– conotoxina (caracol cono)
– chlorotoxina (escorpiones)
 Proteinas son:
• Polipeptidos (α-aminoácidos unidos covalentemente) + posiblemente
• cofactores,
• coenzimas,
• Grupos prostéticos,
• Otras modificaciones

• Cofactor es un término general para camponentes funcionales no

aminoácidos
– Iones metálicos o moleculas orgánicas
• Coenzima es usado para designar cofactores orgánicos
– NAD+ in lactate dehydrogenase
• Grupos Prosteticos son cofactores covalentemente unidos
– Grupo Heme en mioglobina
Comportamiento polianfolítico de
un tetrapéptido
Classes of Conjugated Proteins
Dogma Central de la Biología
Molecular
Código Genético
 Aminoácidos Proteicos
Modificados
•No incorporados por los ribosomas
Se forman después de la síntesis proteica (modificaciones
post transduccionales)
• Proporcionan propiedades funcionales específicas
Otros aminoácidos
modificados

Son modificaciones reversibles,

por ejemplo la fosforilación es
importante en regulación y
señalización.
Secuencias de aminoácidos de la
mioglobina de cachalote y humano
 Clasificación de las proteínas
• Con base en la función:
– Catalíticas: enzimas.
– Estructurales: colágeno.
– Contráctiles: actina y miosina.
– Defensa natural: anticuerpos.
– Digestivas: tripsina.
– Transporte: hemoglobina.
– Sanguíneas: fibrinógeno.
– Respiratorias: citocromos.
– Represoras:…..
• Con base en la composición:
– Proteínas conjugadas: grupo prostético (grupo no
peptídico orgánico o inorgánico); glicoproteínas,
metaloproteínas, hemoproteínas, flavoproteínas,
fosfoproteínas, lipoproteínas.
– Proteínas no conjugadas: sin grupo prostético.
• Con base en la estructura tridimensional:
– Fibrosas.
– Globulares.
Estructuras de las proteínas
Estructura secundaria
Estructura de la queratina
Estructura del colágeno
Estructura secundaria y terciaria de
la mioglobina
Tipos de estructuras de proteínas
globulares
 Estabilización de la estructura
terciaria
• Fuerzas de atracción ión-ión: residuos con
grupos iónicos de carga opuesta, lisina,
arginina, ácido glutámico y ácido
aspártico.
• Puentes de hidrógeno entre enlaces no
peptídicos: tirosina y ácido glutámico.
• Puentes de hidrógeno entre enlaces
peptídicos.
• Interacciones hidrofóbicas: entre cadenas
laterales no polares de Leu, Val, Ile, Ala,
Phe y otros aminoácidos no polares.
• Interacción con el grupo prostético: por
ejemplo entre un ión metálico y diversos
grupos R.
• Puentes disulfuro: Presentes entre
cisteínas; ambientes oxidantes presentes
fuera de la célula favorecen su formación.
Estructura terciaria y cuaternaria
 Estructura cuaternaria
• Agregados de dos o más cadenas
polipeptídicas unidas entre sí sólo por
fuerzas de atracción no covalentes.
• Las proteínas de este tipo se conocen
como oligómeros.
• Isoenzimas: formas híbridas de proteínas.
Por ejemplo la enzima láctico
deshidrogenasa existe por lo menos en 5
formas híbridas.
Desnaturalización de proteínas
 Factores que evitan la
desnaturalización
• Baja temperatura
• En la separación y purificación se deben
emplear amortiguadores
• La agitación puede cambiar la
conformación.
 Agentes desnaturalizantes
• Temperaturas altas.
• pH´s extremos.
• Mercaptoetanol (reducción de puentes
disulfuro).
• Hidrocloruro de guanidina(6 M).
• Urea (6-8 M).
• Agitación vigorosa.
• Detergentes (SDS).
 Algo de Bioinformática
Estructuras tridimensionales.
• http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Propiedades de las proteínas.

http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/
Hidrólisis de proteínas
Algunas proteasas
Bromuro de cianógeno
 Identificación de proteínas

1000
m/z
1500 2000
Mass (m/z)

Extracción de péptidos
y análisis de masas
Separación en gel 2D

Selección de la muestra
Tratamiento con una enzima proteolítica
Búsqueda en banco de
datos
 Estructura de una proteína

Los aminoácidos están unidos mediante "enlaces amida" denominados enlaces

peptídicos.

Las propiedades físicas y químicas de las proteínas se determinan a partir de los

aminoácidos que las forman.
 Aminoácidos estándar.

Hay veinte α-aminoácidos,

denominados aminoácidos
estándar, que prácticamente
se encuentran en todas las
proteínas.
 Aminoácidos estándar.

Los aminoácidos estándar

difieren unos de o tros en la
estructura de las cadenas laterales
enlazadas a los átomos de
carbono α.
 Reacción de un aminoácido con ninhidrina.

La ninhidrina es un reactivo común para visualizar las manchas o bandas

de los aminoácidos que se han separado por cromatografía o
electroforesis.

La ninhidrina produce el mismo colorante púrpura, independientemente

de la estructura del aminoácido original. La cadena lateral del aminoácido
se pierde en forma de aldehído. La ninhidrina se puede utilizar en la
detección de huellas dactilares dado que existen trazas de aminoácidos en
las secreciones de la piel
 Determinación de la composición de los
aminoácidos.

En el analizador de
aminoácidos, el
hidrolizado pasa a través
de una columna de
intercambio iónico. La
solución que emerge de la
columna se trata con
ninhidrina y su
absorbancia se registra en
función del tiempo. Cada
aminoácido se identifica
por el tiempo de retención
necesario para pasar a
través de la columna.
 Secuenciación de Edman

Los dos primeros pasos de la secuenciación se ilustran en esta figura. En cada

degradación de Edman se rompe el aminoácido del N-terminal y se forma su
derivado de feniltiohidantoína. El péptido acortado está disponible para el paso
siguiente.
 El método de Sanger

El método de Sanger para la determinación N-terminal es una alternativa menos

frecuente a la degradación de Edman.

La degradación de Edman se suele preferir al método de Sanger