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substitution
mercredi 21 décembre 2011, par Bruno Boucher
Niveau
1ère S
concerné :
Pratiquer une démarche
scientifique.
Manipuler et expérimenter.
Thème 3 : corps humain et santé - 3B –
Variation génétique et santé Sous-partie
Concevoir et mettre en place un
3-B-c : Variation génétique bactérienne
protocole permettant de montrer la
et résistance aux antibiotiques
sensibilité de microorganismes à
Partie du
différents antibiotiques.
programme : Des mutations spontanées provoquent
une variation génétique dans les
Recenser, extraire et organiser des
populations de bactéries. Parmi ces
informations pour :
variations, certaines font apparaître des
identifier la sensibilité ou la
résistances aux antibiotiques
résistance de microorganismes à
différents antibiotiques,
calculer le taux d’apparition de
résistances dans une population.
Problème à résoudre
Protocole de substitution
Ce protocole est adapté à partir de celui proposé sur le site e-Bug dans la partie collège (sur
lequel se trouve aussi une activité ludique sur la transmission des IST)
Principe
Matériel :
Manipulation élèves : Les élèves disposent de tubes à essais portant le nom de différents
antibiotiques et contenant en réalité de l’acide chlorhydrique (5%) ou de l’eau. Avec la pince
fine, une pastille de papier filtre est trempée dans un des tubes à essai puis déposé sur la
gélose en suivant le schéma ci-dessous :
Le protocole initial du site e-bug propose de trouer la gélose à l’emporte pièce et de déposer
l’antibiotique/HCl avec une pipette compte-gouttes (un peu comme dans le protocole
d’Ouchterlony). Nous proposons de déposer une pastille de papier filtre imbibée d’HCl pour
que le geste se rapproche davantage de la réalisation d’un véritable antibiogramme.
Chaque binôme pourra avoir un patient différent. Il suffit de changer ce qui est noté sur les
tubes avec HCl ou avec l’eau selon le cas.
2ème proposition (adaptée à partir du livre de 1ère S Belin) : mettre l’élève en situation de
vérification de l’hypothèse qu’il s’est produit une ou des mutations qui sont à l’origine des
résistances aux antibiotiques. Les résistances doivent donc apparaître aléatoirement au fil des
générations successives.
L’expérience est la suivante : on prend une souche de bactérie non résistante. Une partie est
congelée pour conservation. Le reste est divisé en plusieurs lots (un par binôme) qu’on laisse
se multiplier. Le jour du TP on teste la résistance aux antibiotiques des différents lots pour
voir si des résistances sont apparues. On fait aussi le test sur la souche initiale, décongelée.
Le binôme chargé de la souche initiale aura de l’HCl dans tous ses tubes : la souche est
sensible à tous les antibiotiques. Pour les autres binômes, un ou plusieurs tubes contiendront
de l’eau pour montrer l’apparition d’une résistance. La concentration en HCl pourra être
différente (par exemple un tube à 5% et un autre à 0,5%), ce qui laissera une tache plus ou
moins large, montrant une sensibilité plus ou moins grande.
On est ici dans le test d’une hypothèse. La résistance aux antibiotiques a déjà été défini et on
cherche à valider l’explication donnée (apparition par mutation).
Prolongements
on peut utiliser différentes concentrations en HCl qui laisseront une décoloration plus ou
moins étendue sur la gélose, témoignant d’une sensibilité plus ou moins grande des bactéries à
l’antibiotique. Une capture d’image permettra la mesure du diamètre de chaque zone dans le
logiciel Mesurim, par une mesure de surface.
Voir aussi : Mettre en œuvre un protocole pour déterminer le taux de mutation chez E. Coli
F. Redon, B. Boucher
L'antibiotique est présent en quantité connue dans un disque de papier filtre. Lorsque le
disque est déposé à la surface du milieu de culture, l'antibiotique diffuse en créant un gradient
de concentration.
Diffusion de l'antibiotique dans le milieu de culture. La création du gradiant de concentration est visualisé par le dégradé d
couleur.
Diffusion en milieu gélosé (vue de côté) Diffusion en milieu gélosé (vue de dessus)
Voir cette animation en plein écran ou la télécharger : vue Voir cette animation en plein écran ou la télécharger : vue de
de côté.swf dessu.swf
La bactérie ensemencée sur ce milieu va entrer en contact avec des concentrations variables
d'antibiotique. Pour une concentration en antibiotique supérieure à la CMI sa croissance sera
donc arrêtée. L'inhibition se traduira donc par une zone circulaire où il n'y a pas de croissance
visible (absence de colonies). Le diamètre de cette zone est proportionnel à la sensibilité de la
souche vis à vis de cet antibiotique.
Réalisation
Lecture et interprétation
La lecture est effectué à l'aide d'abaques. Chaque antibiotique dispose d'un abaque qui
présente le rapport entre le diamètre de la zone d'inhibition de culture autour du disque et la
concentration de l'antibiotique.
L'abaque permet :
- d'évaluer la CMI ;
- de conclure sur l'efficacité potentielle de l'antibiotique lors d'un traitement. Pour cela il faut
comparer la CMI aux concentrations critiques fournies par l'abaque.
Concentration critique :
sensible: la CMI de l’antibiotique pour le germe étudié est plus faible que la
concentration critique inférieure (CMI<CCI). Cet antibiotique peut être utilisé pour
éliminer in vivo ce germe.
germe de sensibilité intermédiaire : la CMI est comprise entre les deux concentrations
critiques (CCI<CMI<CCS)
germe résistant : la CMI est supérieure à la concentration critique supérieure
(CMI>CCS). Il n’est pas possible d’éliminer, in vivo, ce germe avec cet antibiotique.
INTRODUCTION
Il permet de mesurer la capacité d'un ATB à inhiber la croissance bactérienne in vivo.
REALISATION
Matériel et réactifs :
Préparation de l'inoculum :
Ajuster la densité de l'inoculum celle de l'étalon 0,5 Mac Farland en y ajoutant soit un
fragment de colonie soit de l'eau physio. Les 2 tubes doivent être de même type et
place côte à côte et éclairés de la même façon.
Écouvillonnage
Incuber à 35-37°C
La disposition des ATB est faite selon leur classification : B-lactamines, aminosides,
quinolones et FQ, macrolides, lincosamides, streptogramines...permettant ainsi
l'interprétation de l'antibiogramme
Déposer les disques d'ATB a l'aide d'une paire de pinces steriles ou d'un distributeur
de disques
Respecter 25 à 30mm entre les disques (sur une boîte de 90mm, max 7 disques)
Appuyer doucement sur chaque disque pour assurer un contact uniforme avec le
milieu
Mettre les boîtes à incuber à 37°C dans les 30mn qui suivent la préparation pendant
16 à 18h
Lecture :
Les résultats seront interprètes en fct des diamètres critiques figurant dans des
tableaux d'interprétation fournis par les fabricants des disques
INTERPRETATION ANTIBIOGRAMME
Mécanismes de résistance :
Modification de la cible
Méat moyen
Paroi latérale du cavum
Maquette d'ORL
Schéma de la vascularisation des amygdales palatines
Coupe axiale du conduit auditif interne avec le contenu
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