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D’ANTANANARIVO
DOMAINE SCIENCES ET TECHNOLOGIES
Présenté par
Le 30 Août 2016
SAÏNA
scientifics & biomedicals
UNIVERSITÉ
D’ANTANANARIVO
DOMAINE SCIENCES ET TECHNOLOGIES
Le 30 Août 2016
SAÏNA
REMERCIEMENTS
LISTE DES
FIGURES……………………………………………………………...vi
LISTE DES
TABLEAUX…………………………………………………………..vii
INTRODUCTION ...................................................................................................... 1
CONCLUSION ......................................................................................................... 36
REFERENCES
ANNEXES
III
PC : Personal Computer
C : Concentration...................................................................................................mol/l
DO : Densité Optique..................................................................................................lx
I : Intensité lumineuse.................................................................................................cd
Liss: lissage
Min-Max: Minima-Maxima
SL : Source Lumineuse................................................................................................lm
α1 : alpha1-globuline.................................................................................................g/l
α2 : alpha2-globuline.................................................................................................g/l
β : beta-globuline........................................................................................................g/l
γ : gamma-globuline...................................................................................................g/l
λ: Longueur d’onde......................................................................................................m
μc: Microcontrôleur
V
VI
INTRODUCTION
La société SAÏNA est une société dont la principale activité est la maintenance
biomédicale.
L’électronique est l’une des branches de la physique qui est la plus touchée par
de fulgurants progrès. Ainsi, certains composants sont vraiment devenus périmés ou
obsolètes, car soient ils sont concentrés en une seule carte très dense et à double face ou
soient ils sont répartis sur plusieurs couches. L’ensemble des opérations destinées à
assurer le bon fonctionnement d’un tel appareil, à empêcher sa dégradation s’avère
impossible. L’impossibilité d’intervention ou le prix de la carte devenu trop cher font
que l’appareil doive être décrété irréparable.
Le signal obtenu est une courbe qui par hypothèse est une somme de plusieurs
gaussiennes.
(b) l’écart,
CHPITRE 1 : GENERALITES
Cette partie consiste en un survol historique sur les recherches antérieures qui se
sont penchées sur la décomposition gaussienne et de même sur le projet de rénovation.
De plus, elle offre une brève introduction concernant le génie biomédical, en passant
sur l’électrophorèse et finalement la loi de Beer Lambert.
Le génie biomédical est une nouvelle discipline, qui vient de la coopération entre
ingénierie et sciences médicales-biologiques. Elle utilise les méthodologies et les
technologies qui sont typiques de l’ingénierie pour comprendre, déterminer et chercher
à résoudre des problèmes biomédicaux. Le principal objectif de l’ingénierie biomédicale
est le développement de l’instrumentation électronique en général nécessaire dans les
différents champs d’applications médicales [3].
1.3 Electrophorèse
1.3.1 Généralités
Les principales applications utilisent un support poreux qui est dénommé alors
électrophorèse sur support ou électrophorèse de zones. Le mélange complexe à séparer
est déposé sur un support convenable, poreux et imprégné de tampon conducteur.
Quand une tension continue qui est fournie par un appareil appelé générateur
d'électrophorèse est appliquée entre les extrémités du support tamponné, les molécules
migrent au travers des mailles constituant le support. Les mailles retiendront moins les
petites molécules qui auront alors la migration la plus grande. Les molécules les plus
grandes seront d'autant plus retenues entre les mailles du support et auront une
migration relative plus faible.
Une fois la migration arrêtée, le support est enlevé et imprégné dans un colorant
spécifique aux molécules étudiées puis dans un réactif transparisant qui rend et
transforme le gel en un film transparent mais mettant en évidence la migration comme
des bandes colorées correspondant aux proportions des différents composants
moléculaires.
5
Tableau 1: Pourcentage relatifs et concentration des protéines normal dans le sang humain
Parler d'une densité optique n'a de sens que si une longueur d'onde lui est associée.
La densité optique est proportionnelle au trajet optique l suivi par le rayon dans la
matière:
(3)
Si la matière en question est un liquide contenant une substance donnée, il a été
démontré que la densité optique est proportionnelle à la concentration C de la substance
dans la solution et donne à celle-ci une certaine couleur:
(4)
ε est un coefficient spécifique à la substance pour la longueur d'onde o choisie : il
porte le nom de coefficient d'absorption moléculaire.
• Un capot qui, levé, laisse paraître un plateau peint en noir à plusieurs fentes
rectangulaires en parallèle. Ces dernières servent à accueillir les films à profils
d’électrophorèse. Le plateau bénéficie d’une première mobilité, avant/arrière par
des glissières latérales et d’une seconde mobilité gauche/droite en étant sur un
chariot, entre un faisceau lumineux vert et un réceptacle du capteur
photoélectrique.
• Une face avant présente les différentes commandes permettant d’activer les
réglages et de vérifier les témoins de l’appareil.
• Un traceur de courbes sur papier thermique spécialement gradué. Le papier
comporte deux zones séparées et superposées sur lesquelles deux stylets tracent
respectivement sur la première zone supérieure le profil électrophorétique et sur
la seconde la courbe représentant l’intégrale de ce profil.
2.1.2 Structure
Au vu de la description ci-dessus, il apparaît que le Flur-Vis Auto Scanner de
Helena ne rend pas directement des résultats numériques mais trace deux courbes sur
lesquelles le technicien de laboratoire déduit lesdits résultats.
L’appareil n’a pas encore été équipé de composants électroniques
programmables, il est composé d’une partie importante d’électronique analogique et
d’une partie digitale en logique câblée.
Tout en étudiant et en décrivant les constituants internes de l’appareil, nous
allons mettre en exergue les parties encore susceptibles de nous intéresser concernant la
rénovation et nous allons noter les points éventuellement à utiliser et brancher à notre
nouveau système électronique numérique.
Les méthodes mises en œuvre sont des objets mathématiques élémentaires pris
comme des modules unitaires à intégrer dans la résolution du problème.
(5)
(6)
a: amplitude du gaussien
(8)
(9)
(10)
Soit le gradient de G’
(11)
(12)
(13)
(14)
démontrons que
Posons, et d’où
(15)
Début
ε, a, b, c
A
c = c+dc
B
b = b+db
a = a+da dx = A\B
|B|
|B| ≤ E a, b, c
Fin
3.1 Le processus
Le processus consiste en l’estimation de chaque sous cloche participative des
cinq fractions de protéine sanguine qui intéresse les biologistes.
3.1.1 La décomposition
Pour l’algorithme itératif, les valeurs initiales de départ des paramètres à estimer
sont :
Pour estimer les cinq fractions, il est judicieux d’appliquer l’estimation à 30% de σ
car le nombre de pic initial est conservé et que les pics estimés sont centrés avec les pics
originaux.
24
3.1.4 La recomposition
La courbe en vert est le Profil Densitométrique de la Densité optique (PDDo)
d’un échantillon, un diagnostic qualitatif peut-être conclu par le spécialiste. Une
référence pour donner une interprétation se trouve sur la figure 1. La courbe rouge est
le Profil Recomposé G’. La somme des cinq fractions de chaque bande en pourcentage
d’Albumine, d’α1, d’α2, de β et de γ donne l‘interprétation quantitative du PDDo. La
courbe en bleu trace le profil normal pour permettre de faire la référence de quantité
d’un profil quelconque. Des figures montrent quelques résultats. La figure 13 trace un
profil électrophorétique normal.
• Carte J1 : Nous gardons la carte J1 (ANALOG) qui, à partir du signal délivré par
la cellule photoélectrique frappée par le faisceau lumineux, fournit la densité
optique DO à tout moment du scan.
• Partie mécanique : Toute la partie mécanique est conservée. L’état de marche de
tous ces éléments est requis dont le moteur de scan et la partie optique dont la
lampe. Tous ces éléments devraient être en état de marche ; si ce n’est pas le cas,
l’utilisation des équivalents est incontournable.
• Arduino : la place de la carte J5 (SCAN LOGIC) va être occupée par la carte
Arduino qui servira à contrôler les différents états de l’appareil et commander
son fonctionnement. En plus, elle va s’occuper de la conversion analogique-
numérique de la DO instantanée et de transmission des échantillons de valeur à
l’ordinateur via la liaison USB. Mais avant de pouvoir dresser le schéma de
montage adéquat, la connaissance des moidres détails concernant les moyens de
procéder de l’appareil et les points cruciaux où brancher les entrées/sorties de la
carte Arduino constitue une phase primordiale.
3.2.2 La mécanique
Premier fait, il nous faut d’abord mentionner qu’aucun document écrit n’était
disponible et cet état de fait nous a pris beaucoup de notre temps. Nous avons
longuement cherché sur Internet le manuel technique de cet intégrateur Flur-Vis Auto
Scanner mais sans succès. Il en était de même, pour le manuel d’utilisation. Il est vrai
que l’appareil date de 1985 à peu près et en ce temps-là, les versions électroniques des
documents n’existaient pas ; par ailleurs, cet appareil étant un don fait à la société
SAÏNA, les documents ne l’ont pas accompagné.
Nous n’avons pu trouver sur le Net que des travaux de recherches dans le
domaine de l’électrophorèse dans lesquels les auteurs utilisaient ce modèle
d’intégrateur. Aussi, nous avons extrait entre les lignes le mode d’emploi de l’appareil.
• Dépose du moteur
• Relevé de la tension nominale : 117V alternatif
• Etude du schéma électrique du moteur apposé sur celui-ci.
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Les 117V~ nécessaires aux 02 enroulements sont appliqués via 02 contacts de 02 relais
de 24V continu et que les bobines de ces 02 relais arrivent de la carte J5 (SCAN
LOGIC). En relevant le schéma électronique de cette carte juste aux broches concernant
les bobines des relais, nous avons vu des transistors UZT 30 jouant le rôle de drivers.
Notons que le relevé de schéma de la carte entière n’était pas possible vu le nombre de
circuits intégrés dessus et la complexité des dessins de pistes ; par ailleurs, ceci était
parfaitement inutile.
En conclusion, concernant le moteur de scan, il nous faut donc insérer des transistors en
tant que driver des bobines de relais entre la carte Arduino et les 02 relais.
• Concernant l’option « slit » qui met en place sur le chemin optique une
fente fine, les fils du commutateur « slit » vont aussi vers la carte J5
(SCAN LOGIC) et celle-ci via un autre driver UZT30 alimente
l’électroaimant (de 24V) de mise en place de la fente fine.
• Enfin, notons que les fils interrupteurs de fin de course, délimitant la
zone à scanner vont aussi vers la carte J5 (SCAN LOGIC).
3.2.3 L’optique
La pièce maîtresse de l’optique est une lampe à bulbe cylindrique et à filament
tungstène vertical. Malheureusement, concernant les caractéristiques, les inscriptions
dessus se sont effacées. Au moins pour cette raison majeure, et pour d’autres telles que
repérage des connexions, il nous fallait relever le schéma de la carte J4 (LAMP
POWER SUPPLY). Notre tâche a été simplifiée après que nous avions remarqué que
l’alimentation est basée sur le circuit intégré MC 1469G qui est un circuit intégré
29
Pour une valeur souhaitée Vo ≥ 3,5V, il faut prendre (le constructeur) R2 = 6,8 kῼ et
calculer R1 = (2Vo – 7) kῼ
La vérification donne bien R2 = 6,8 kῼ et R1 est une résistance ajustable 10 tours d’une
valeur de R1 = 10 kῼ
R1 = 6,22 kῼ
3.2.4 Le photomètre
Pour détecter la sortie du photomètre véhiculant le signal DO, il a fallu relever le
schéma de la carte J1 (ANALOG) ; tout renseignement issu de cette carte est aussi
important pour le branchement à la carte Arduino.
Elle est basée sur un amplificateur opérationnel hautes performances tant du point de
vue faiblesse de bruit que de stabilité en température, le 235J de Analog Devices. Cet
amplificateur opérationnel est monté en amplificateur logarithmique, remarquable avec
l’espace collecteur-émetteur d’un transistor sur la boucle de contre-réaction.
- La sortie véhiculant la tension image du profil est connectée sur l’entrée analogique
PA0 pour être convertie numériquement. Une diode zener est mise en parallèle sur cette
entrée pour protéger l’entrée de l’Arduino contre une surtension éventuelle de cette
tension.
Début
Port_serie_entrée
D0 = 0 C_lamp
C_slit D1=1|0
D0 = 0&C_scn Port_serie_sortie
D4 = 0
Pause M_gauche_D3=0
Lecture A0 D5 = 0 D0 = 1
Transmission
Fin
M_droite_D2=0
CHAPITRE 4 : DISCUSSION
Il nous faut encore développer notre recherche sur l’utilisation ou la création de logiciel
sur d’autres plateformes de développement en tant que promoteur dans le domaine du
biomédical suivant de technologies existantes comme la création de l’application sur les
smart phones.
La similarité des deux profils nous permet d’estimer la validité de notre travail et la
possibilité de mise en concurrence sur le marché.
36
CONCLUSION
L'électrophorèse est une technique utilisée en biologie pour séparer, caractériser
et déterminer les concentrations des cinq principaux composants des protéines du sérum
sanguin. Les spectres obtenus à partir des intensités lumineuses transmises ou
émergentes des solutions sanguines analysées constituent les profils électrophorétiques.
Ces profils ont servi d'éléments de base pour élaborer un modèle de spectre à l'aide
d'une série de courbe de GAUSS.
Les données des profils sont acquises à travers un intégrateur Flur-Vis Auto
Scanner de Helena et acheminées vers un ordinateur pour produire les tracés
graphiques. Un système à base d'Arduino a été conçu pour servir d'interface entre
l'intégrateur et le PC. Ce système joue également le rôle de commandes mécaniques de
l'Intégrateur et facilite le transfert des informations au PC. Les profils observés
permettent de déterminer les paramètres fondamentaux des fonctions élémentaires de
GAUSS: moyennes, variances. Nous avons mis à profit la méthode des moindres carrés
pour linéariser la fonction de GAUSS et la descente du gradient pour l'optimisation des
paramètres du modèle. Pour résoudre les difficultés de la traduction des méthodes
analytiques en outils numériques, les méthodes algorithmiques itératives sont utilisées.
Ensuite, l’offre ici produite pour SAÏNA SARL est la mise à disposition des
théories applicables dans la résolution d’une panne d’intégrateur d’électrophorèse. Les
résultats de l’expérimentation expliquent la performance. Ici, la décomposition en
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plusieurs gaussiennes d’un profil électrophorétique par la méthode itérative fait partie
de l’objet du génie biomédical.
Enfin, dans une perspective d’avenir, des recherches sur des résultats
d’électrophorèse d’ADN, pour caractériser un individu ou un groupe d’individus. Et, la
numérisation serra un codage spécifique pour alimenter une base de données
biométriques. Un sujet concernant la « Bioinformatique » est donc envisagées.
REFERENCES
[1] AFDEL K, BANOUNI M, JOVER E et PALMARI J. (1998). Publication parue
dans Traitement du Signal 1999 - Volume 16 - n°2 intitulé VALIDATION DE LA
METHODE D'APROCHE D'ELECTROPHOREGRAMME PAR UNE SOMME
DE GAUSSIENNE. Consulté le 05 04, 16:27, 2016, sur irevues:
http://documents.irevues.inist.fr/
[2] CI, LABOUCHE. (1962). Publication parue dans Annales de biologie animale,
biochimie, biophysique - hal 0089618 intitulé ESSAI D'UTILISATION D'UNE
METHODE MATHEMATIQUE D'INTERPRETATION QUANTITATIVE DES
SEPARATIONS ELECTROPHORETIQUES INCOMPLETES. Consulté le 05 04
- 16:15, 2016, sur Hal: https://hal.archives-ouvertes.fr/
[5] F, DIDIER. (15 au 19 mars 2010). Article du Séminaire des IREM et de la revue
"Repère IREM" intitulé UNE METHODE POUR ELABORER DES
ALGORITHMES ITERATIFS. Consulté le 06 24 - 16:08, 2016, sur irem:
www.irem.univ-mrs.fr/
Cahier de charge :
RESUME :
ABSTRACT: