Bactériologie

sommaire
Hémoculture
Pathogénicité bactérienne
Différentes techniques pour la recherche de mycobactéries
Grandes étapes de l'antibiothérapie.
Diagnostic bactériologique
Infection des méninges – analyse du liquide céphalorachidien (LCR)
Les infections respiratoires atypiques
Les infections respiratoires d'origines bactériennes
Génétique bactérienne
Bactéries et maladies sexuellement transmissibles (MST)
Bactériologie - Structure des bactéries
Bactériologie -Physiologie bactérienne
La coproculture en bactériologie

Hémoculture
DEFINITION.
Recherche de bactéries dans le sang par une mise en culture dans un milieu
approprié

Cet examen bactériologique est réalisé dans des états pathologiques

particuliers: les états bactériérmiques ou septicémiques.

Cette recherche est consacrée aux bactéries habituellement aéro-anaérobies

dans des milieux standards.

Il existe cependant une restriction: l’examen microscopique du sang

n’est pas pratiqué car habituellement, les bactéries ne sont pas en
nombre suffisant pour être décelées.

On peut citer toutefois deux exemples où cet examen aurait pu être positif:
une femme présentant un état fébrile lors de son accouchement, peut être
rattaché au paludisme. En fait, on observe sur la lame de sang, de nombreuses
bactéries: il s’agit d’une septicémie de fièvre typhoïde.
un patient présentant un choc avec un purpura: la réalisation de la formule
sanguine permet de détecter la présence de bactéries correspondant au
méningocoque (et donc responsable d’une septicémie).
PHYSIOPATHOLOGIE.
Le sang est un liquide de l’organisme normalement stérile. Ceci
s’explique par la présence de nombreux moyens de défense éliminant
toute bactérie.

Bactériémie physiologique.
Elle est postprandiale et n’entraîne aucune conséquence.

Vraie bactériémie.
Correspond au passage dans le sang de
bactéries, de façon momentanée, transitoire, avec comme point de départ
un foyer infectieux: par exemple, infection urinaire, biliaire.

Plus grave, elle s’observe dans le cadre d’infection générale: état

septicémique, au-cours duquel, à partir d’un foyer septique, il y aura
des décharges bactériennes massives et répétées.

Cet état s’accompagne de signes généraux graves dû:

Aux embolies microbiennes.
Aux toxines bactériennes, endotoxines et exotoxines éventuellement.
À l'impact produit libérés par la destruction cellulaire, des cytokines

INDICATIONS.
Maladie infectieuse septicémique.
Elle peut être de point de départ lymphatique dans certaines maladies comme:
La brucellose
La fièvre typhoïde
Puis dissémination sanguine.

Septicémie par thrombophlébite.

C’est la situation la plus fréquente.

Locale: réaction inflammatoire avec formation d’un thrombus au niveau

duquel il y a multiplication bactérienne puis destruction du thrombus
et dissémination bactérienne dans le sang.
On retrouve les bactéries pyogènes.

Bactériémie lors d'infections localisées.

Lors d’infection urinaire ou biliaire, possibilité de décharge bactériémique.
Egalement, possibilité de décharge bactériémique lors manœuvres de
traitement ou d’exploration: lors d’un sondage urinaire, endoscopie, sonde à
demeure
Bactériémie à point de départ corps étranger infecté.
Elle peut avoir comme point de départ un corps étranger infecté:
Cathéter trop longtemps resté en place

Bactériémie à point de départ circulatoire.

Bactéries déjà dans le sang: lors de l’endocardite lente d’Osier: Bactéries dans
des végétations (développées à partir des valves) à partir desquelles: emb 1.,
décharge bact.

PRELEVEMENT.
A réaliser au plus tôt: dès le début maladie, d’autant plus que parfois
l’hémoculture n’est réalisée qu’en début d’évolution.
En dehors de toute antibiothérapie. Possibilité de réaliser une fenêtre
d’antibiothérapie : arrêter les antibiotiques pendant 24h pour faire
l’hémoculture. Il existe des

Septicémie.
ATB.
A réaliser au pic fébrile (prise température toutes les 2-3h).
Faire plusieurs prélèvements: au moins 2 ou 3 / 24h
Prélever une quantité de sang suffisante: l0 à 20ml/adulte, 1 à 2 ml/jeune enfant
Mise en place d’une technique de prélèvement correcte:
Habituellement par ponction veineuse au pli coude (exceptionnellement au
(jugulaire ou en épicrânien / jeunes enfants)
Réaliser l’antisepsie de la peau avec l’alcool ou alcool iodé. Ne pas oublier
celle des mains de l’opérateur
Matériel adéquat: flacons qui vont être ensemencés au lit du malade.
Au labo, est réalisé la mise en incubation à 37°c.

Des automates vont suivre l’évolution de chaque flacon de l’hémoculture.

Si un changement est observé, une culture en gélose est réalisée.

Le diagnostic bactériologique est établi en 48 à 72h.

Les flacons sont incubés pendant 7 jours au bout desquels,

l’hémoculture est négative, sauf s’il s’agit d’une bactérie
particulière dont on aura demandé la recherche.

CAS PARTICULIERS.
Recherche de mycobactéries.
C’était le cas, il y a encore 5 à 10 ans,
dans les cas de SIDA. Elle consiste en la recherche de bactéries dans
le sang avec utilisation de conditions spéciales. La trithérapie ayant
modifié cette demande, (la mycobactériose est plus rare maintenant)
cette recherche est rarement demandée.

Leptospirose
Le leptospire dans le sang au début de la maladie, est recherché par
hémoculture avec milieu spécial.

Bactéries à croissance difficile.

Elles nécessitent des milieux particuliers.

Endocardite lente d’Osier.

C’est une greffe bact. sur un endocarde déjà lésé: la lésion de l’endocarde est
une complication post-streptococcique.

Milieux spéciaux pour inhiber l'antibiotique dans le srum du patient: vont

absorber ces
- streptocoque
- entérocoque.

Dans certains cas, on a une véritable endocardite mais l’hémoculture est

négative.

On va donc élargir les investigations: on isole les bactéries en mettant en

jeu d’autres milieux

de culture. Lors d’endocardite par streptocoque déficient, on va apporter

des produits

supplémentaires dans le milieu. Il peut s’agir d’espèces rares ou exigentes :

on va allonger la

durée d’incubation de ces hémocultures.

INTERPRETATION RESULTATS.
On isole une bactérie pathogène spécifique
Salmonella Typhi
Leptospire
 Brucella
Méningocoque

Isolement bactéries PATHOGENES ayant MANIFESTATIONS VARIEES.

Ex.:
Pneumocoque
Colibacille
Streptocoque hémolytique
Haemophilus Influenzae capsulé
Staphylocoque doré
Listéria monocytogènes
Streptocoque B
Certaines bactéries anaérobies
Isolement bactéries OPPORTUNISTES.

Le plus souvent, dans le contexte hospitalier qui peuvent entrainer des

infections nosocomiales
Ex.:
Bacille Pyocyanique
Certaines enterobactéries: Kiebsiella, Enterobacter
Staphylocoque doré résistant à la méticilline

Habituellement ces bactéries n'ont pas de rôlepathognènes mais selon les

circonstances, peuvent devenir pathologiques.
Staphylocoque épiderrnidis (à cause d’un cathéter)
Corynebactéries : peau nécessité dans ces deux cas d’une
confrontation bactério-clinique pour interpréter les résultats. (on
réalisera une succession d’hémocultures qui seront positives)

Les bactéries les plus fréquentes

SALMONELLA TYPHI
II existe environ 2400 salmonella, responsables de salmonellose: elles existent
au niveau de tout règne animal.

Cependant trois espèces n’engendrent pas la salmonellose:

- S.Typhi
- S. Paratyphi A, B
Elles sont responsables de la fièvre typhoïde.

De plus, elles sont spécifiques de l’homme, en particulier S. Typhi.

La structure antigénique va permettre d’identifier une salmonella:

 AgO: de la paroi ( = polysaccharide) -> établir la carte didentité de la
bactérie.
AgH: flagellaires
Ago et H -> identification avec beaucoup de précisions. Ils suscitent
la production
d’Ac (qui pourront être recherch~lors d’un diagnostic indirect).
AgK: d’enveloppe porté par très peu de sérovars, en particulier porté
par Typhi

Vi (pour virulence).
NB : le vaccin actuel est constitué de polysaccharides d’enveloppe purifiés =
Vi.

Lvsotypie:

Elle permet l’étude de l’activité de bactériophage sur une 5ouche.

Détermine l’origine des souches de salmonella lors de cas de fièvre
typhoïde (un certain nombre de pays

S. Typhi sécrète une endotoxine responsable du Tuphos : état stupeur,

sidération. => La transmission se fait à partir: - des mains sales -
eaux et aliments contaminés.

La résistance aux ATB est peu fréquente.

La CEFTRIAXONE a remplacé le chloramphénicol qui avant représentait le

traitement de choix (les résistances apparues à celui-ci en Arnérique
centrale et du sud eurent de lourdes conséquences).

BRUCELLA
Brucellose : maladie de l homme lie celle de l animal : pas transmission
interhumaine.

Pathogénicité bactérienne
La pathogénicité d’une bactérie est sa capacité à provoquer une infection, c’est
sa virulence.
Elle repose sur plusieurs facteurs, à deux niveaux:
Ceux favorisant la colonisation et l’invasion
Ceux entraînant directement des dommages : les toxines bactériennes
1. Colonisation et invasion de l’hôte
1.1. Adhérence:
C’est à dire le maintien du contact entre la bactérie et la cellule muqueuse (de
la bouche, du rhinopharynx, de l’intestin grêle, de l’appareil uro-génital,. . .).
Pour cela interviennent des facteurs d’adhésion:
1.1.1. Pili fimbriae:
A la surface des bactéries existent des récepteurs cellulaires (glycoprotéines ou
glycolipides). souvent spécifiques qui conditionnent la localisation de
l’infection.
Exemple : récepteur à entérocyte sur les bactéries intestinales pouvant entraîner
des diarrhées.
Ces pili existent chez:
les bactéries Gram-.
certains colibacilles responsables d’infections urinaires.
le gonocoque (cible la muqueuse génitale).
1.1.2. Les adhésines
Ce sont des intégrines (comportant une chaîne béta3).
Exemple : : Streptococcus pyogènes (groupe A de Lancefield), bactérie Gram +
responsable entre autres de l’angine bactérienne, exprime à sa surface des
adhésines complémentaires de la fibronectine qui est abondante à la surface des
cellules pharyngées.
1.2. Invasion
1.2.1. Passage intracellulaire (non obligatoire)
Phénomène différent de la phagocytose. L’attachement à la cellule hôte
entraîne des modifications du cytosquelette de cette même cellule qui émet des
pseudopodes et englobe les bactéries présentes à sa surface.
Tout ceci résulte de l’action de protéines bactériennes INVASINES (ou
facteurs d’invasion).
Exemple :
Listeria (Gram +)
Shigella (Gram -), entérobactérie responsable de diarrhées
Certaines bactéries mobiles peuvent évoluer au sein du mucus (qui est la
première ligne de défense) et le traverser. Les « bactéries du mucus »
entraînent des désordres, c’est le cas d’Helicobacter au niveau gastrique qui est
responsable à long terme (plus de 10 ans) d’ulcères.
1.2.2. IgA protéases:
Sont sécrétées par certaines bactéries afin de cliver les IgA sécrétoires.
Fréquemment retrouvées chez les bactéries provoquant des méningites
primitives comme le méningocoque, le pneumocoque ou encore Haemophilus
influenzae.
1.2.3. Fe libre:
Est capté par certaines espèces bactériennes pour leurs besoins et pour exercer
leur virulence.
1.2.4. La capsule:
C’est un facteur de virulence inconstant, mais fondamental chez certaines
espèces bactériennes. Constituée de polysaccharides, de protéines, ou d’un
mélange des deux. S’oppose aux défenses non spécifiques comme la
phagocytose des polynucléaires neutrophiles ou l’activation du complément.
Mais elle est aussi antigénique et induit la production d’anticorps spécifiques.
Ainsi, on peut utiliser des polysaccharides de la capsule en temps que vaccin :
Pneumocoque
certains Haemophilus. influenzae B
méningocoques A&C (il n’en existe pas contre le sérogroupe B qui est le plus
fréquent).
Après phagocytose par le poly nucléaire, la bactérie reste vivante, donc il y a
dissémination vers d’autres foyers infectieux, on obtient des embols septiques.
Exemple : Staphylocoque doré et Mycobacterium tuberculosis.
2. Toxines bactériennes
2.1. Exotoxines:
2.1.1. Description:
Toxines protéiques, habituellement de haut poids moléculaire et antigéniques.
Elles ne sont pas très stables chimiquement et peuvent être transformées en
anatoxines utilisées comme vaccins. Produites par des bactéries (Gram + ou -
bactéries anaérobies) et libérées spontanément par exocytose ou après
destruction de la bactérie (selon les espèces). Le gène codant pour la toxine
peut provenir d’un plasmide ou d’un prophage (lysogénie). Il en existe
beaucoup. On peut les classer en fonction de leur cible.
2.1.1.1. Toxines neurotropes:
Toxine tétanique (paralysies spastiques) ou toxine botulinique ou botulique
(paralysies flasques).
2.1.1.2. Toxines dermotropes
Toxine érythrogène, produite par le Streptococcus pyogènes et responsable de
la scarlatine.
Exfoliatines ou toxines épidermolytiques donnant le syndrome de la peau
ébouillantée (exemple : Staphylocoque doré).
2.1.1.3. Entérotoxines:
Bacille du choléra, colibacille (E.coli), Staphylocoque doré, certaines souches
de bacille pyocyanique,...
2.1.1.4. Toxines pantropes:
Donnent des atteintes variées et multiples.
Exemple :
Bacille diphtérique.
Toxine diphtérique.
Diphtérie.
2.1.2. Modes d’action:
Certaines ont une activité enzymatique responsable de la pathogénie. Elles
peuvent avoir une action à tous les niveaux (cellule, tissu, organe).
2.1.2.1. Invasion favorisée:
Toxines agissant sur les éléments intercellulaires comme des protéases ou la
hyaluronidase.
Elles favorisent la diffusion et permettent la dissémination.
Les exfoliatines détruisent les desmosomes et les jonctions derme/épiderme ou
encore l’élastase qui provoque des dégâts pulmonaires.
Exemple : Legionella, bacille pyocyanique.
2.1.2.2. Destruction cellulaire:
C’est le mode d’action par exemple de la toxine diphtérique qui est une toxine
de type AB:
B pour binding: site de liaison toxine/cellule par l’intermédiaire d’une
glycoprotéine récepteur, facilite la pénétration de A.
A pour actif: activité enzymatique une fois dans la cellule sur
un facteur d’élongation EF2 de la traduction qui est inactivé par une ADP
ribosylation. Toute synthèse protéique cesse et la cellule meurt.
2.1.2.3. Modification de la fonction cellulaire:
toxine cholérique qui est aussi une toxine de type AB.
A entraîne une activation des protéines Gs qui activent l’adénylcyclase, donc
/,~ AMP c et inversion de l’activité de l’entérocyte. On a alors une sortie hydro
électrolytique vers la lumière intestinale responsable de diarrhées pouvant
atteindre 1 OL dans le nycthémère.
toxine tétanique produite par Clostridium tetani dans le
tétanos. Cette production est localisée au niveau de la plaie mais la toxine
diffuse par les voies nerveuses pour atteindre des inter neurones inhibiteurs de
motoneurones. L’inhibition levée entraîne une absence de relâchement
musculaire et une paralysie spastique. A la phase d’état de la maladie, on peut
observer un opisthotonos qui est une contracture paroxystique des muscles
postérieurs du cou et du rachis entraînant une attitude caractéristique du malade
qui ne repose plus que sur la tête et les talons.
toxine botulique bloque la libération d’acétylcholine au niveau de la synapse
neuromusculaire, ce qui entraîne une paralysie flasque.
2.2. Endotoxines:
Ce sont des toxines liées à la paroi de certaines bactéries Gram - et libérées
uniquement lors de la lyse bactérienne. Ce sont des structures glucido-
lipoprotéiques complexes, chimiquement plus stable que les exotoxines et qui
ne pourront pas donner d’anatoxines. Ces endotoxines peuvent provenir de
bactéries pathogènes spécifiques comme dans le cas de la fièvre typhoïde, de la
tularémie ou encore de la brucellose.
Bactéries opportunistes comme les entérobactéries ou le bacille pyocyanique.
Ces bactéries interviennent dans les infections communautaires ou acquises à
l’hôpital.
Les endotoxines sont constituées du lipide A et de polysaccharides (c’est
pourquoi on les appelle aussi LPS). L’action toxique est due au lipide A même
si les sucres potentialisent cette action :
pyrogène : stimule des interleukines comme TNF.
avortement chez les animaux expérimentaux.
hypotension pouvant entraîner un choc par l’intermédiaire de substances vaso-
actives.
Peut activer la voie alterne du complément.
Peut activer le facteur XII (Hageman) et entraîner une coagulation
intravasculaire (cf CIVD = coagulations intravasculaires disséminées).
pourrait agir sur les cytokines, ce serait son action la plus importante.(collapsus
cardiovasculaire).
En fait, il y a une cascade d’événements qui, s’ils sont initiés, ne peuvent plus
être jugulés par les antibiotiques.
On peut fabriquer depuis la fin des années 80 des anticorps monoclonaux anti-
endotoxines, mais le paradoxe est qu’il faudrait, pour qu’ils soient efficaces, les
administrer avant. De plus les ampoules sont chères.
Exemple de pathogénicité: le bacille du charbon:
Pénètre dans l’organisme par une plaie de la peau (donne une pustule
charbonneuse), par inhalation (donne une pneumonie) ou par ingestion.
Ces facteurs de virulence sont:
La capsule
Des exotoxines : facteurs œdémateux, létal, toxique,...
Se dissémine par la circulation lymphatique et donne méningites, septicémies,
œdème pulmonaire,...
Différentes techniques pour la recherche de mycobactéries
Culture
Méthode radiométrique : on peut actuellement réaliser la culture des
Mycobactéries en milieu liquide et détecter cette pousse par l’intermédiaire
d’un automate BACTEC 460 TB. Le milieu utilisé est un milieu de base
MIDDLEBROOK 7HB enrichi contenant un substrat marqué au 14C. Les
mycobactéries utilisant ce substrat libèrent du 14C02 marqué.
Les phases préalables à l’ensemencement sont les mêmes que celles utilisées
pour les techniques classiques d’ensemencement en milieu solide.
Cette technique permet de mettre en évidence la présence de mycobactéries
dans un prélèvement dans un délai moyen de 7 à 12 jours pour M. tuberculosis
et de 3 à 9 jours pour les mycobactéries atypiques.
On peut réaliser les tests de sensibilité aux antituberculeux par cette même
technique.
Identification
L’identification à partir d’une culture en milieu solide (Lowenstein) ou en
milieu liquide (Bactec 460 TB) de certaines mycobactéries (tuberculosis,
avium-in-tracellulare, gordonae et kansasii) peut se faire à l’aide de sonde à
ADN.
Les tests d’hybridation d’acides nucléiques sont basés sur la capacité pour les
acides nucléiques complémentaires de former spécifiquement un complexe
stable double brin.
Le système ACCUPROBE (Gen-Probe) utilise une sonde à ADN simple brin
marquée par une molécule chémoluminescente et complémentaire à l’ARN
ribosomal par l’organisme cible. Après le relargage de l’ARN ribosomal par la
bactérie cible la sonde à ADN s’y associe pour former un hybride stable. Un
réactif de sélection permet de séparer les sondes hybridées et non hybridées.
Les hybrides ADN/ARN sont ensuite lus par un luminomètre.
La réaction peut se réaliser en 1/2 heure à partir de la colonie sur milieu solide
et en 4 heures si on travaille à partir du milieu liquide.
Comprenant de nombreuses espèces’
deux espèces strictement parasites de 1’home et hautement pathogènes
mycobacterium tberculosis (agent de la tuberculose)
cobacterium leprae ( agent de la lèpre)
deux espèces parasites des animaux et hautement pathogènes pour eux,
mycobacterium bovis et mycobacterium avium, mais pouvant être pathogènes
pour l’homme.
de nombreuses espèces saprophytes ou commensales de l’homme et des
animaux dites Mycobactéries atypiques. Les affections humaines dues à ces
bactéries sont très rares et appelées mycobactérioses.
Grandes étapes de l'antibiothérapie.
Les antibiotiques sont des composés chimiques naturels ou de synthèse ayant la
propriétés, à faible concentration, d’inhiber la croissance bactérienne ou de
détruire les bactéries.
Ce sont soit des substances produites par des micro-organismes (comme des
champignons : Penicillium), soit des composés de synthèse utilisant un noyau
d’origine naturelle, ou de synthèse pure.
Dès le début de la bactériologie (fin XIXème) on observait des interactions entre
populations bactériennes ou bien entre champignons et bactéries.
On parle alors de concurrence vitale : compétition et inhibition d'une bactérie
sur l'autre.
On parle également d'antibiose, c'est à dire que le contact bactérie à bactérie ou
bactérie à champignon représente une forme d'antagonisme dans la croissance.
Ehrlich, chimiste allemand (XIX-XXème) est considéré comme le père de la
chimiothérapie. Il était à la recherche « d'une balle magique » qui serait capable
d'agir sur les bactéries et les parasites.
En tant que chimiste, histologiste et immunologiste (Prix Nobel pour des
travaux d'immunologie), il observe que certains colorants se fixent plus
spécifiquement sur certaines cellules, bactéries ou parasites. Il en résulte une
action inhibitrice.
Dans le domaine de la bactériologie, il a trouvé un médicament
antisyphilitique: le 606 E (pour le 606ème composé étudié par Ehrlich) ou
SALVARSAN.
Ensuite, il y eut la découverte fortuite de Fleming (1928): une colonie de
champignons(Penicillium) va inhiber les colonies de Staphylocoques. C'est la
découverte de la Pénicilline qui est une substance peu stable et en très faible
concentration dans le Penicillium. C'est seulement en 1941 que la Pénicilline
est proposée dans le traitement des infections bactériennes : Florey et Chain.
(les trois ont eu le Prix Nobel).
Entre les deux (1935), les sulfamides, substances chimiques antibactériennes
ont été découvert par Domagk qui eut le Prix Nobel.
Ces sulfamides ont une action sur les streptocoques responsables d'angine et de
fièvre puerpérale. C'est donc une chimiothérapie antibactérienne et ils
correspondaient aussi à des anti-métaboliques : ce sont des analogues de l'acide
para-amino-benzoïque.
En 1944, Waksman a découvert la streptomycine.

On était en plein dans la recherche industrielle d'antibiotiques. Dans les sols,

sont présents des champignons producteurs de substances qui épurent ces sols
en détruisant les bactéries. Affluent alors dans les laboratoires américains des
échantillons de sols venant de partout: ils étudient l'activité du jus de culture
sur les bactéries.

Parmi les substances antibiotiques, on a découvert la streptomycine qui est le

1er antituberculeux. Mais, il y eut des cas de fausse guérison car il y a eu une
sélection des mutants résistants et de plus, la streptomycine est toxique
entraînant une surdité.
Fin des années 40-début des années 50 : on a découvert:
- chloramphénicol : composé naturel et également facile à synthétiser
- tétracyclines
- macrolides
- évolution de la famille à laquelle appartient la Pénicilline (β-lactamines)
Pénicillines différentes et céphalosporines

On a donc la connaissance de milliers de substances actives dont très peu sont

sur le marché (60 à 80) du fait de la toxicité.
Actuellement, un nouvel antibiotique demande 8 à 10 ans d'étude avant de
pouvoir être commercialisé.
Diagnostic bactériologique
Sur le plan pratique différentes étapes précèdent le diagnostic bactériologique.
La qualité du diagnostic est étroitement liée à ces étapes.
Etapes préliminaires au diagnostic bactériologique
La prescription.
Les 3 protagonistes le patient, le prescripteur, la maladie.
Les motifs de prescription
Aide pour établir un diagnostic : positif/ différentiel.
Aide au choix des antibiotiques. : probabilité, orienté ou modifié.
Recherche du portage, de la persistance de la bactérie.
L'ordonnance.
Identification du prescripteur.
Identité du patient
Le nom, la profession, l’âge et l’origine sont importants.
Ces trois derniers renseignements sont utiles à la qualité de l'analyse et à la
validation des résultats.
Le but de l'analyse
Demande d'un examen bactériologique de...
Diagnostic d'une infection x
Suivi de traitement, contrôle après traitement.
Recherche de la bactérie : elle est nommément désignée.
Précision de la nature des symptômes pathologiques
Localisation des lésions infectieuses
Date d'apparition
Etat physiologique du patient
Existence d'affections associées
Séjour en pays d'endémie
Evoquer le risque d'infection ou de colonisation (ex : brucellose, tuberculose,
shigella).
Traitement éventuel pouvant interférer avec l'examen prescrit (ex : ab,
anticoagulants...)
Le degré d'urgence.
Le prélèvement
Il s'agit d'un acte clé puisque de sa qualité va dépendre celle du diagnostic.
Le prélèvement est un acte médical : les personnes qui prélèvent mais qui ne
seraient pas du corps médical doivent se munir d'une habilitation.
Conditions
Le prélèvement doit être précoce, et réalisé avant l'administration
d'antibiotique. Le volume de prélèvement doit être suffisant.
Exception : les méningites à méningocoques accompagnée ±de purpura
fulminants doivent faire l'objet d'une administration d'antibiotique à domicile.
Nature du prélèvement.
1) Avec un écouvillon stérile pour : les téguments, les muqueuses.
2) Ponction :
D'un liquide au niveau d'une séreuse. D'un hématome De la suppuration d'un
organe D'un abcès non fîstulisé
Ex : lombaire, pleural, articulaire, abdominal (ascite).
3) Sang pour hémoculture
4) Biopsie : superficielle (pratiquée par tout médecin) ou profonde
(chirurgicale).
5) Grattage.
6) Prélèvement des interventions chirurgicales.
7) Cathétérisme.
8) Utilisation d'une sonde (ex : urinaire).
9) Sécrétions naturelle : urines, sécrétions bronchiques
Précautions.
Ne pas infecter le patient.
Ne pas contaminer le prélèvement : pour cela, on peut utiliser un cathéter et
une brosse qui récolte les sécrétions bronchiques, et que l'on garde à l'abri de la
flore buccale et pharyngée.
Recueil.
Il se fait dans un récipient approprié : flacon ou tube stérile + lame destinée à
une coloration.
Il faut un milieu de transport approprié.
Il faut identifier : le nom, la date, l'heure (ces trois premiers éléments sont liés à
la traçabilité), la nature du prélèvement, le site du prélèvement, et l'identité du
préleveur.
Conditions de conservation et de transport.
On doit redouter la dessiccation et le froid.
L'acheminement doit être fait en moins de 30 min, ou mieux directement au
laboratoire (dans tous les cas, moins de 2 heures).
Les milieux de transport permettent une meilleure conservation, et d'allonger
ce délai, (il peut en exister des spécifiques à la recherche effectuée).
Le diagnostic direct au labo
Macroscopique.
On examine à l'œil nu des crachats purulents, diarrhées, LCR troubles, urines
troubles...
Ce type de diagnostic est assez limité, puisqu'il ne permet souvent que de
suspecter une infection bactérienne.
Microscopique.
A l'état frais.
Il donne des renseignements sur la forme, la mobilité.
Après coloration (simple, Gram, Ziehl...)
Réalisable sur de nombreux prélèvements, elle permet la mise en évidence des
cellules, mais ne permet pas d'examen cytologique fin (il faut des colorations
spéciales).
Dans certaines situations, seul cet examen est réalisable, car la bactérie ne peut
être mise en culture.
Ex : le Tréponème pâle (Microscope à fond noir, à l’état frais).
Le bacille de la Lèpre : mycobactérie plus ou moins reconnue après coloration
de Ziehl (AAR) Angine de vincent : association de bactéries dites fuso-
spirillaires (bactéries fusiformes + spirales).
Recherche d'antigènes solubles.
Les bactéries avec capsule polysaccharidique relarguent des antigènes. On peut
retrouver ces Antigènes :
Dans le LCR : méningocoques, pneumocoques, Haemophilus Influenzae.
Dans le sang : idem.
Les urines : legionella +++
Mise en culture.
Choix des milieux de culture.
D'où l'intérêt de préciser la bactérie à rechercher, puisqu'il existe des milieux
adaptés à chaque type de bactérie.
Ces milieux peuvent être : solide, liquide, sélectifs, d'enrichissement, spéciaux.
Recherches obligatoires.
Certaines bactéries sont systématiquement recherchées sur tous les
prélèvements.
Résultats.
On obtient des colonies.
L'identification se fait par mise en évidence de : Propriétés biochimiques.
Antigènes.
Produits sécrétés (toxines...) Sensibilité aux bactériophages ( = lysotypie).
Marqueurs moléculaires.
On aboutit ainsi à l'identification de la bactérie, ce qui conduit parfois au
diagnostic (ex : brucella et brucellose ; ceci est moins évident dans le cas
d'autres bactéries).
Délai.
Délai habituel : 48 h.
On peut donner une suspicion en 24 heures (en fait, à valeur de résultat) ;
parfois même dès l'examen microscopique.
Si la culture est lente et qu'il faut un enrichissement des milieux de culture, le
délai peut être de 3 à 4 jours
Ex : bacille tuberculeux (10 j), Colibacille d'une infection urinaire (24h).
L'antibiogramme.
1) Selon la souche.
2) Selon la localisation de l'infection.
En effet, selon les contextes cliniques, on aura un choix d'antibiotiques à tester.
3) But : on recherche une sensibilité, des résistances éventuelles.
M /S"
Autres études.
Détermination de la CMI d'un AB sur la souche bactérienne.
Ex : pneumocoque qui provoque une méningite ; on recommande de
déterminer la CMI des AB utilisés dans le traitement pour s'assurer de la réelle
sensibilité de la souche.
Le diagnostic indirect
Principe
Recherche de la réponse de l'organisme à l'infection.
Technique.
Mise en évidence de la réponse humorale
Recherche d'anticorps par test sérologique.
Conditions.
Tenir compte du délai d'apparition des anticorps. Tenir compte de la cinétique
d'évolution des anticorps.
Il faut le sérum le plus précoce possible ; les anticorps peuvent ne pas être
présents. D'où la nécessité d'un deuxième sérum plus tardif : on cherche
l'apparition de nouveaux anticorps, l'augmentation des Anticorps dans le
sérum, si cette augmentation est significative...
Autres méthodes
Le diagnostic In Situ.
1) Anticorps fluorescents.
2) HIS avec sondes marquées : + amplification.
Ex : bacille tuberculeux (méthode plus rapide que les 10 j en milieu liquide).
3) Amplification génique.
Ex : recherche de Chlamydia au niveau d'un prélèvement urétral.
Surveillance du traitement antibiotique.
Test spécifique
avec antibiotique et sérum du patient.
Dosage d’antibiotique
Au niveau du pic de la première prise : on test l'activité de l'AB.
Au niveau de la vallée (avant le pic de la prise suivante) : on apprécie la
Concentration Résiduelle, et la Toxicité de l’antibiotique si cette concentration
est élevée.
Infection des méninges – analyse du liquide
céphalorachidien (LCR)
La méningite
La méningite est une inflammation des méninges. Elle peut être due à la
présence de bactéries mais elle peut également être d’origine carcinomateuse,
virale, ou encore provoquée par des maladies systémique.
Chez l’adulte, le volume du liquide céphalorachidien est de 140 ml. C’est un
liquide normalement stérile.
Sa composition chimique est particulière : en effet, il n’y a pas de passage entre
le liquide céphalorachidien (LCR) et le plasma, grâce à la barrière hémato
méningée. Cependant. celle-ci peut devenir perméable aux bactéries.
Les bactéries se trouvent dans les neuro-capillaires.

Mécanisme
Bactériémie puis septicémie (sang) puis effraction dans le LCR (liquide
céphalorachidien)
Les cellules endothéliales des capillaires neuro-méningés présentent des
jonctions entre elles. Les plexus choroïdes ont des jonctions plus lâches d’où
une grande facilité pour pénétrer.

Bactéries responsables des méningites communautaires

ou primitives
Une notion très importante à retenir est l’âge du patient ; en effet en fonction
de l’âge les bactéries responsables varient.
Chez l'adulte et les enfants de plus de 5 ans :
§ S pneumoniae
§ N meningitidis
§ listeria monocytogènes

Chez le nourrissons et l’enfants de moins de 5 ans:

§ S pneumoniae
§ N meningitidis
§ H influenza

Chez le nouveau-né
§ Streptococcus agalactiae
§ Esc coli (possède une capsule qui a la même composition que les Neisseria
du groupe B)
§ Listéria monocytogenes

Les méningites neuro-chirurgicales

Lors d’un traumatisme (lésions sous maxillo-faciale par exemple)
staphylocoque doré ou épidermis (bactérie de la peau) strepto pneumoniae
entérobactérie Pseudomonas et apparentés.

Principales bactéries rencontrées dans les méningites

purulentes
Haemophilus influenzae
Remarque : appelé influenza car entraîne une symptomatologie similaire à la
grippe.
- Le génome d’une souche a été complètement séquencé.
- Infections provoquées par H. influenzae.
Les bactéries capsulées échappent aux macrophages et sont donc responsables
de manifestations invasives.
- Morphologie
- Culture
Le fait que la bactérie soit exigeante est une aide au diagnostic car il n’y a pas
besoin de beaucoup de tests pour l’identifier.
- Impact de la vaccination sur les infections par haemophilus influenzae

Listeria monocytogenes
Les infections sont en baisse grâce à l’état sanitaire des aliments.
Le nom de listéria provient de Lister le bactériologiste qui l’a mise en évidence
Ce sont des bactéries telluriques. Elles peuvent se retrouver dans des denrées
contaminées.
Ces bactéries (Gram ±) ont la particularité de se multiplier entre 4°C et 45° C :
leur culture est facile.
Elles sont responsables de listériose chez les immunodéprimés:
- incubation
- clinique:

Forme materno-fœtale
Le tableau est peu évocateur d’où le danger pour l’enfant
Pseudo-grippale
Avortement
Accouchement prématuré

Forme néo-natale:
infection précoce : septicémie prénatale
Infection tardive grave (méningée : entraîne des séquelles)
Forme neuroméningée
taux de mort élevée
maladie à déclaration respiratoire
souches à transmettre au CAR listeria.

Physiopathologie
La bactérie pénètre dans les cellules grâce à des facteurs de virulence. La
Listeria se retrouve dans un phagosome mais n’est pas détruite. Elle détourne
les filaments d’actine de la cellule : ils se retrouvent au pôle de la bactérie :
vont permettre le déplacement de la bactérie d’une cellule à une cellule
jointive.
Il s’agit d’une bactérie à Gram- qui comme l’haemophilus se trouve dans le
rhinopharynx : c’est une bactérie commensale.
Elle est capsulée ce qui lui permet d’échapper à la phagocytose. Elle est
naturellement transformable (c’est à dire qu’elle subit des transferts génétiques
comme la transformation). Elle possède aussi une hémolysine qui lui permet de
lyser les globules rouges et d’autres cellules. Cette hémolysine n’est pas
sécrétée mais libérée lorsque la bactérie est lysée ce qui est facile puisqu’elle
possède une autolysine.

De plus, elle possède aussi une pneumolysine (qui peut déclencher un purpura).

Neisseria Meningitidis.
II existe un vaccin vis à vis du groupe A.

Au labo
On réalise des ponctions ; lombaires (entre L4 et L5), au niveau de la
fontanelle chez l’enfant.
Perturbations cytochimiques au niveau du liquide céphalorachidien (LCR).
Dans les méningites la glycorachie diminue, la protéinorachie augmente. Le
Cl- est normal ou diminué. On recherche aussi la CRP.

Traitements
- Pour l’Haemophilus : possède une bêta lactamine donc insensible aux
penidilhines. Cependant. elle est sensible aux céphalosporines de 3° génération.

- Pour les pneumocoques : il faut augmenter les doses d’antibiotique car

ils sont peu sensibles.

- Pour la listéria : ne peut être traité aux céphalosporines de troisième

génération. II faut un traitement particulier avec de l’amoxicilline.

- Pour Neisseiria: on utilise des céphalosporines de troisième génération

mais il existe des problèmes de résistance.

On réalise une antibiothérapie par la rifampicine pour l’entourage de l’individu

touché. On fait une campagne de vaccination lorsque le groupe de
méningocoque correspond à un groupe pour lequel on a un vaccin.
Les infections respiratoires atypiques
Les pneumopathies peuvent avoir différentes origines.
Les pneumopathies d'origine bactérienne ; aiguës, purulentes, avec une atteinte
alvéolaire, présentent une opacité homogène bien limitée sur une radio
thoracique (exemple : PFLA Pneumonie Franche Lobaire Aiguë, due au
Pneumocoque).
Les pneumopathies d'origine virale, sont subaiguës, avec une atteinte du tissu
conjonctif pulmonaire, et présentent une image d’infiltrats sur une radiographie
thoracique.
Certaines bactéries donnent des pneumopathies de type viral ; parmi elles, on
trouve les Chlamydiae et Mycoplasme pneumoniae .

Les maladies
Infection respiratoire due à Mycoplasma pneumoniae

Pneumopathie clinique atypiqu, infection par l’agent d'Eaton

Début progressif, moins brutal que la pneumopathie bactérienne classique ou
la grippe.
- atteinte du parenchyme pulmonaire donnant une image d'infiltrat à la radio
thoracique.

Evolution
- Bénin en général: sous la forme d'infections rhino-pharyngées minimes, voire
même sans aucune manifestation.
- Grave quelquefois: détresse respiratoire lors d'une bronchopneumopathie
obstructive entraînant l'hospitalisation .
Fréquence : 20 à 30% des infections respiratoires atypiques.

Pouvoir pathogène des mycoplasmes

Infections respiratoires : Mycoplasme pneumoniae
Infections génitales : Mycoplasma hominis
Mycoplasme gcnitalium Ureaplasma urealyticum

Caractère communs
- Morphologie et structure
. Eléments sphériques de très petite taille : 0,1 à 0,3 microns . Dépourvus de
paroi . Possédant ADN et ARN
. Proches des bactéries, ils appartiennent à la classe des Molli eûtes
- Culture
Nécessité de milieux enrichis géloses ou liquides hypertoniques Très petites
colonies en "oeuf sur le plat"
- Vitalité
Très fragiles

Diagnostic bactériologique
Direct : Culture qui permet l'identification et l'étude de la sensibilité in vitro
aux antibiotiques : +++ pour les Mycoplasmes génitaux
Indirect : Sérodiagnostic par réaction de fixation du complément (R F C) pour
les infections respiratoires à Mycoplasme pneumoniae
Sensibilité aux antibiotiques
- Sensibles aux tétracyclines et macrolides
- Résistant aux bétalactaminés

Infections respiratoires à Chlamidia

Infections respiratoires à Chlamydia psittaci
C'est une ZOONOSE: elle touche en général les animaux , accidentellement
l'homme .
Chez les animaux, on distingue:
Ornithose transmise par le pigeon
la Psittacose transmise par le perroquet
Chez l'homme : il est rarement touché ; cependant , lorsqu'il l'est , cela est
grave.

Infections respiratoires à Chlamidia trachomatis

C'est la 1ère cause de pneumopathie chez le nouveau né par contamination lors
de l’accouchement.

Infections respiratoires à Chlamidia pneumoniae

C'est une infection très fréquente: 50% des adultes de 30 ans ont des anticorps
sériques dirigés contre cette bactérie .
En général, on assiste à :
une pneumopathie atypique très souvent bénigne (type viral)
ou à une pharyngite / une bronchite
Les réinfections sont fréquentes et graves chez les sujets immunodé-primés.

Les bactéries
Mycoplasme pneumoniae
Caractères communs
Morphologie, structure: petite taille et absence de paroi ; fragile en culture:
milieux spéciaux.

Diagnostic
direct : la bactérie n'est pas mise en évidence dans l'expectoration.
indirect : il faut rechercher les anticorps sériques du patient notamment par la
réaction de fixation du complément ; l'étude se fait sur 2 sérums prélevés à 15
jours d'intervalle.

Sensibilité aux antibiotiques

sensible aux tétracyclines et macrolides
Pneumoniae et psittaci
Caractères communs
Morphologie, structure: très petites, comparables à C. trachomatis.
Culture: sur cellules vivantes ; le cycle de reproduction est plus long que celui
de Chlamydia trachomatis, il dure au minimum 72h et aboutit à des inclusions
intra cytoplasmiques.

Diagnostic surtout sérodiagnostic

Mise en évidence d'anticorps sériques par:
R° de Fixation du Complément -> Donc de Chlamidiose (peu sensible)
Immunofluorescence et ELISA donc espèce
Sensibilité aux antibiotiques
Sensibles aux tétracyclines et macrolides

Chlamidiae
Pouvoir pathogène
Infections respiratoires :
Chlamydia pneumoniae
Chlamydia psittaci
Infections génitales (MIS) : Chlamydia trachomatis
- Lymphogranulomatose vénérienne = sérotypes L , L , l
- Infections oculo génitales = sérotypes D à K

Caractères communs
Morphologie
Très petites bactéries (0,3 microns)
Culture nécessité de cellules vivantes :

Œuf embryonné
Culture de cellules
- Vitalité
Bactéries très fragiles

Diagnostic bactériologique
Direct :
Examen direct : Immunofluorescence avec anticorps monoclonaux
Recherche ADN par PCR
Culture sur cellules et recherche de l 'ECP
Indirect : Sérodiagnostic :
RFC
Immunofluorescence
ELISA
Sensibilité aux antibiotiques
Bactéries sensibles aux tétracyclines, macrolides, certaines quinolones,
résistantes aux aminosides.
Les infections respiratoires d'origines bactériennes
Les infections respiratoires sont très fréquentes: on dénombre 2 millions de cas
par an aux USA. Les agents étiologiques les plus fréquents sont par ordre
décroissant: les virus essentiellement, les bactéries et les champigons.
L'expectoration est due à une hypersécrétion bronchique qui est rejetée à
l'extérieur par le mécanisme réflexe de la toux.
Les voies respiratoires post-pharyngiennes sont normalement stériles ;
l'implantation et la multiplication de certains microorganismes dans ces voies
basses réalisent une infection bactérienne qui, selon sa localisation, les signes
cliniques et radiologiques, porte différents noms

Classification
Les infections bronchiques
aigues
Elles sont virale le plus souvent, bactérienne exceptionnellement ; ilsagit de la
coqueluche due à Bordetella pertussis.
chroniques
Elles sontfavorisées par . des lésions anatomiques, des facteurs externes
comme le tabac ou la pollution atmosphérique, se manifestent notamment sous
la forme de bronchites à répétition.
Elles sont dues au Streptococcus pneumoniae ou Pneumocoque, Haemophilus
influenzae, Branhamella catarrhalis (Neisseria, Moraxella).

Les infections pulmonaires

Primaires
dues à des bactéries très pathogènes introduites par inhalation comme: le
Pneumocoque, Legionella , Mycoplasma pneumoniae et les Chlamydiae qui
donnent toutes trois des pneumopathie atypiques.
Secondaires
Elles sont favorisées par une obstruction sur l'arbre bronchique (cancer,
respirateur) ; les bactéries opportunistes,comme le bacille pyocyanique
(Pseudomonas aeruginosa) sont très fréquentes en milieu hospitalier et
responsables de pneumopathies nosocomiales.
Elles peuvent être d'origine hématogène comme pour le staphylocoque doré
(Staphylococcus aureus).

La tuberculose
Primo-infection avec : asthénie, anorexie, fébricule.
Avec caverne(s) par nécrose et ramollissement du caséum.
Atteinte pleurale.
Atteinte miliaire avec semis sur les deux champs pulmonaires.
Autres localisations secondaires

Les prélèvements
II faut savoir qu'en ce qui concerne le prélèvement, il existe deux types de
bactéries :
certaines bactéries pathogènes peuvent se trouver à l'état commensale , par
exemple dans l'oropharynx ; donc le fait de les trouver dans un prélèvement ne
signe pas forcément l'infection: tout dépend de la quantité.
d'autres bactéries sont strictement pathogènes: leur présence signe l'infection
comme la Legionella (pneumophila +++) ou le Mycobacterium tuberculosis.

Conditions de prélèvement
Le prélèvement doit être fait chez un patient n'étant pas sous antibiotique. Le
prélèvment peut être réalisé de deux manières :
par recueil des produits de l'expectoration (réalisé de préférence le matin à jeun
, en évitant la salive).
par recueil des sécrétions obtenues par fibroscopie, simple , avec brossage
bronchique ou lavage broncho alvéolaire.
Il doit être acheminé rapidement au laboratoire ou bien il peut être conservé à
4°C pendant une période n'excédant pas 4 heures.
L'examen microscopique permettra d'effectuer une analyse qualitative et
quantitative de la flore .
S'il s'agit d'une pneumopathie grave, on peut réaliser aussi: une hémoculture,
un examen du liquide pleural, une sérologie, une pneumoculture.

Technique de prélèvement
Non invasives
Etude de l'expectoration
Elle permet le diagnostic de moins de 50% des pneumopathie. Elle est réalisé
le matin à jeun après rinçage buccal soigneux à l'eau physiologique.
Il est possible d'induire l'expectoration à l'aide, soit d'un aérosol d'eau chaude
avec du NaCl et du Glycérol, soit d'une manœuvre de kinésithérapie.
Dans le cadre de véritables pneumopathies, on peut comptabiliser jusqu'à 50%
de faux négatifs, d'où l'intérêt de réaliser une hémoculture.

Prélèvement naso-pharyngé
Pour rechercher Bordetella pertussis ou bien Haemophilus influenzae dans le
cadre d'une épiglottite aiguë.

Invasives
Fibroscopie
Elle permet d'apprécier l'état de l'appareil respiratoire. Réalisée par voie orale
ou nasale, elle peut être améliorée par le passage d'un cathéter muni d'une
brosse à son extrémité: la brosse est dirigée vers les endroits purulents, puis
trempée dans 1 ml de sérum physiologique; on effectue ensuite une numération
des colonies.
Pour un brossage : infection seulement si le nombre de bactéries est supérieur à
103 bactéries/ml.
Lavage broncho alvéolaire
A la recherche de:
Mycoplasma
Legionella
Certains virus et parasites
Avantage: on a des cellules intactes.
Inconvénient: la numération est aléatoire , d'où un seuil de pathogénicité plus
élevé : Pour un L.B.A. : infection seulement si le nombre de bactéries.est
supérieur à 105 bactéries/ml (sauf pour les bactéries pathogènes d'emblée).

Tubage gastrique
On le réalise le matin à jeun pour récupérer l'expectoration digérée qui est
encore dans l'estomac.
On recherche Mycobacterium tuberculosis .
On effectue trois prélèvements trois jours de suite car l'élimination du BK est
discontinue.

Techniques sanglantes
Ponction transtrachéale.
Ponction transpariétale.
Biopsie pulmonaire

Cathéter à travers une trachéotomie

Vu le nombre important de bactéries même en l'absence d'infection, il faudra se
baser sur les signes cliniques pour l'interprétation des résultats.

Examen direct
Macroscopie
On examine :
l'aspect du prélèvement : muqueux, muco-purulent, purulent, hémoptoïque ...
la consistance : visqueux, épais ...
l'odeur éventuelle : foetide.

Microscopie
Le frottis
On réalise un frottis à partir du prélèvement (expectoration) et un GRAM.
Puis, grâce au microscope, deux étapes.
on dénombre, par champ de microscope (et cela, sur 10 champs différents
successivement) les cellules épithéliales et les polynucléaires afin de placer le
"crachat" dans la classe qui lui correspond. La lecture s'effectue au
grossissement 10. Les classes 1 et 2 correspondent à un nombre de cellules
épithéliales supérieur à et un nombre de polynucléaires inférieur à 25 salive pas
d'ensemencement. Les classe 3 à 4 correspondent à un nombre de
polynucléaires supérieur à 25 purulent à ensemencer.
.on regarde ensuite les cellules et les bactéries. en présence (morphologie,
mode de groupement) afin d'identifier le type de bactérie présente.
Par exemple Bordetella pertussis :
IF Directe par des AC monoclonaux après étalement sur lame
Sérologie

II faut savoir que:

L'expectoration est fluidifiée grâce à la N acétyl cystéine.
Certains prélèvements comme ceux réalisés par aspiration bronchique, avec
lavage ou brossage, sont centrifugés s'ils sont trop dilués.

L'ensemencement et la culture
II existe différents milieux permettant le développement de telle ou telle
bactérie :
Pour Haemophilus influenzae, Gélose chocolat enrichie en facteurs X et V (lire
x et v).
Pour Streptocoques, gélose au sang.
Pour Bacille pyocyanique, Cétrimide.
Pour Staphilocoque doré, Chapman.
Pour Legionella, milieu au charbon
Pour bactérie anaérobie, milieu anaérobie
La culture permet une étude quantitative de la flore à partir de l'expectoration :
on attribue un rôle pathogène à une espèce bactérienne si cette espèce donne
plus de 107 bactéries/ml de crachats.
On s'aide de techniques immunologiques et biochimiques pour l'identification
des espèces.
Par exemple : la culture ne permet d'identifier que 10% des cas de Legionella ,
d'où l'importance des srologies (plus fiable).

Génétique bactérienne
Un certain nombre de partenaires vont rentrer en jeu dans le cadre de la
génétique bactérienne. Ce sont : les chromosomes circulaires, les plasmides,
les bactériophages (apportent des gènes supplémentaires), les transposons
(apportent des séquences d'insertion) et les îlots de pathogénicité (apportent 1
ou 2 gènes et peuvent se mobiliser)
Deux grands éléments expliquent la variabilité du génome bactérien : les
mutations et les transferts génétiques
Dans ces deux cas il y aura conservation et transmission du patrimoine
génétique de la bactérie mère à la bactérie fille. Ainsi, la variation génétique
touchant une certaine bactérie touchera l'ensemble de sa descendance. C'est
pourquoi il sera important de différencier ces variations génotypiques des
variations phénotypiques.
Variations phénotypiques
Ce sont des variations temporaires, réversibles et non transmissibles. Elles
correspondent à l'adaptation de la bactérie à son milieu, comme par exemple
les enzymes inductibles qui apparaissent en fonction du milieu de vie.

Variations génotypiques
Ce sont des variations définitives, irréversibles et transmissibles.
Il existe deux mécanismes de variations génotypiques : les mutations et les
transferts.

Les mutations :
Lorsque, au sein d'une population bactérienne, apparaît une bactérie présentant
un caractère différent du reste de la population c'est qu'il y a eu mutation du
génome de cette bactérie, on parle alors de mutant.
Ces mutations présentent 5 caractéristiques précises :

La rareté :
La probabilité de voir apparaître un mutant est faible (10-6 à 10-8) et de plus est
variable selon les bactéries et selon les mutations. Les mutations ne sont
décelables qu'en raison du très grand nombre de bactéries que compte une
population. L'incidence de la mutation peut-être augmentée par des agents
mutagènes (rayons X, ultra violet, acide nitreux ou encore nitrosoguanidine).

La spécificité
La mutation ne concerne qu'un seul caractère et donc est spécifique de ce
caractère.

L'indépendance
Si on considère deux mutations A et B, leur probabilité de survenue est de 10-6
pour la mutation A et de 10-8 pour la mutation B. La probabilité de survenue
d'une double mutation est de 10-14, ce qui est extrêmement faible. Ceci nous
prouve l'indépendance des mutations les unes par rapport aux autres.

L'hérédité et la stabilité
Une mutation survenue dans une bactérie se retrouvera chez les bactéries filles
et se maintiendra dans la population. Il est à noter qu'il existe un taux de
"mutation reverse" qui se produit avec la même probabilité que la mutation
initiale.

Spontanéité
 Pour identifier une mutation on utilise un agent sélecteur mais la mutation
existe indépendamment de l'agent sélecteur. On peut donc dire que la mutation
préexiste à l'agent sélecteur ce qui prouve le caractère spontané des mutations.

Mise en évidence des mutants résistants à la streptomycine :

On a en culture une population bactérienne n'ayant jamais été au contact de la
streptomycine. On utilise la streptomycine comme agent sélecteur des mutants
résistants à la streptomycine, c'est à dire que l'on fera des étalements de
bactéries sur deux types de boîtes de Pétri : un normal, l'autre contenant de la
streptomycine.
On prélève une certaine quantité de bactéries de la population initiale que l'on
va mettre en culture dans une boîte de Pétri normale. On fait une réplique à
l'identique de cet étalement à l'aide d'un cylindre calibré au diamètre de la boîte
de Pétri que l'on place dans le deuxième type de boîte de Pétri (celui contenant
de la streptomycine).
On obtient deux populations sans pouvoir distinguer de colonies. On va
récupérer une toute petite partie de la population cultivée dans la première
boîte de Pétri (sans streptomycine) que l'on va mettre en culture dans un tube à
essai.
On refait un prélèvement que l'on étale sur le premier type de boîte de Pétri et
on fait la réplique à l'identique sur le deuxième type de boîte de Pétri. Cette fois
ci des colonies (clones) sont distinguables sur les 2 boîtes de Pétri et en
particulier sur celle contenant de la streptomycine.
On fait ensuite un prélèvement au niveau du premier type de boîte de Pétri
correspondant à une zone où un clone est bien individualisé sur le deuxième
type de boîte de Pétri. Ce prélèvement est mis en culture dans un tube à essai.
On refait ce type de prélèvement et étalement 2 fois et on obtient 2 boîtes de
Pétri, l'une avec, l'autre sans streptomycine où la répartition des clones est
identique. On peut dire que l'on a sélectionné les mutants résistants à la
streptomycine.
Dans le cas d'une tuberculose le bacille tuberculeux est retrouvé en grand
nombre avec un taux de mutation élevé. Si on traite par streptomycine il y a
tout d'abord amélioration puis rechute très rapide due à la sélection de bacilles
résistants à la streptomycine. C'est pourquoi on propose plusieurs antibiotiques
lors de la tuberculose pour éviter la sélection d'un clone résistant.

Transferts génétiques
II existe trois types de transferts génétiques : la transformation, la conjugaison
et la transduction.
Ces transferts conduisent à des échanges de matériels génétiques
indispensables pour l'évolution des bactéries (car leur mode de reproduction est
asexuée). Les échanges ne sont pas réciproques. Ils sont orientés dans un sens,
le bénéficiaire étant la bactérie réceptrice
La Transformation
Elle a permis de démontrer que l'ADN était le support génétique.
Exemple de Griffith : Pneumocoque : bactérie sous forme capsulée, virulente
peut provoquer la mort d'une souris.
Si l'on considère trois types de bactérie (1, 2 et 3).
Le type 1 capsulée provoque la mort de la souris.
Le type 1 capsulé + CHALEUR provoque la survie de la souris.
Le type 1 non capsulé provoque la survie de la souris.

Le type 1 capsulée + CHALEUR avec le type 3 non capsulée entraîne la mort

de la souris.
Dans le sang de cette dernière on a un pneumocoque 3 avec la capsule de type
1. Dans l'organisme de la souris il y a eu transformation de 3 avec la capsule de
1 par le principe de transformation.
En 1944, Avery démontre que le principe transformant est de l'ADN (une
DN'ase inhibant le principe transformant) ; l'ADN est le support de la synthèse
de la capsule (support de l'hérédité).
Streptocoque, Haemophilus, Bacillus et Neisséria sont susceptibles de subir des
transformations. De nombreux caractères peuvent être acquis par
transformation : résistance aux antibiotiques, aux bactériophages, caractères
métaboliques, de virulence...
Cet ADN constitue moins de 1% du génome de la bactérie. C'est un ADN natif
qui provient d'une bactérie donatrice. La bactérie réceptrice doit être
compétente. Il y a intégration de l'ADN par la bactérie réceptrice. On a pu faire
la carte génétique de certaines bactéries, leur introduire des gènes et leur faire
produire des protéines qu'elles ne produisaient plus.

La conjugaison
Le support repose sur la description de bactéries qui peuvent transmettre des
caractères chromosomiques.
Transfert du facteur F de la donatrice vers la réceptrice, la donatrice ayant
conservée son facteur. F confère la propriété de synthétiser un pili sexuel
indispensables au transfert génétique et à l'attachement des deux bactéries.
Dans le cas des bactéries HFr (haute fréquence de recombinaison) par exemple
; il y a transferts des caractères chromosomiques.
Le facteur F est intégré dans le chromosome de la bactérie donatrice, puis le
facteur F est transféré avec une petite partie du chromosome de la bactérie
donatrice, dans la bactérie réceptrice.

La transduction
Elle se fait par l'intervention d'un bactériophage qui va être le support de l'ADN
de la donatrice vers la réceptrice : le phage transducteur.
Un bactériophage est responsable d'une infection lytique ; il injecte son ADN.
Le bactériophages virulent se fixe sur un récepteur, injecte son ADN, il y a
production de capside, la bactérie explose et il y a libération de particules
phagiques.
Le bactériophage tempéré s'insère dans le chromosome sans qu'il y ait de cycle
lytique (prophage), la bactérie est dite lysogénique pour ce bactériophages
(provirus HIV : ARN en ADN qui s'intègre dans le chromosome).
Il peut y avoir une induction : dispersion de l'ADN bactérien dans des têtes de
bactériophages. Cet ADN va ensuite pouvoir être transmis à d'autres bactéries ;
donc passage d' éléments du génome de la bactérie lysogénique vers une autre
bactérie.
Conversion lysogénique : la bactérie est infectée par un bactériophage
tempéré. Certains bactériophages peuvent apporter des facteurs de virulence
que la bactérie ne possédait pas. Ex : le bacille diphtérique.
Le gène apporté par le bactériophage donne un caractère nouveau à la bactérie
(ex. le Bacille diphtérique infecté par un gène celui de la toxine diphtérique
appartenant au bactériophage).

Le Streptocoque hémolytique groupe A sécrète une toxine érythrogène à

l'origine de la scarlatine).
Il y a eu des tentatives d'utilisation thérapeutique de cette propriété de lyse par
les bactériophages, mais sans suite .C'est un échec du à l'émergence de mutants
résistant des bactériophages et également du au développement d'anticorps par
l'organisme.
De plus il est difficile de trouver des bactériophages d'activité universelle .il
fallait des bactériophages spécifiques mais de préparation trop longue.
La lysotypie : c'est une activité de bactériophage sur une souche bactérienne
.On compare les lysotypes de différentes souches et on retrouve la filiation (Ex:
épidémies de listéria: les souches peuvent être comparées entre elles).
Exceptionnellement on utilise des bactériophages pour faire une identification
bactérienne.

Bactéries et maladies sexuellement transmissibles (MST)

Certaines infections génitales sont d'origines exogènes, dues a une relation
sexuelle, se sont les maladies sexuellement transmissibles (M.S.T) telles que :
la syphilis, la gonococcie, le chlamydiae). Mais d'autre sont d'origine endogène
du a un déséquilibre de la flore bactérienne vaginale comme la vaginose
bactérienne.

Ces différentes maladies sont un problème de santé publique car elles sont :
fréquentes, graves (comme la syphilis) mais surtout a cause de leurs
complications. Elles débordent la sphère génitale : elles auront donc des
conséquences sur la santé en général, sur les grossesses, la reproduction, la
fécondité.
Données épidémiologiques
Fréquence
Les MST sont en recrudescence au niveau planétaire.
En effet, durant les années 80, avec l'apparition du SIDA, on a pu remarquer
une baisse du nombre de cas des MST bactériennes en Europe a cause d'une
sexualité sans risque (préservatif). Dans les pays en voie de développement, le
nombre de MST bactériennes était déjà en hausse.
Mais depuis l'apparition de la trithérapie, les gens ont moins peur du SIDA et
se remettent à avoir des comportements sexuels a risque, et le nombre de cas
des MST augmentent de nouveau.
Les infections génitales les plus fréquentes sont les vaginoses génitales.

Gravité
Certaines sont grave en elle-même (ex: la syphilis 20% de cas létaux).
Si elles sont traitées précocement par antibiothérapie, il y a de forte chance de
guérison. Mais si elles sont mal traitées, elles sont toutes graves au moins par
leurs complications.
Par exemple une cervicite a gonocoque ou a chlamydia peut entrainer une
salpingite qui peut provoquer une stérilité, celle-ci étant beaucoup plus grave
que la petite infection de départ.
De plus il y a une interrelation, une potentialisation réciproque entre les MST
bactériennes et le SIDA. Les MST augmentent la susceptibilité a l'infection
VIR (X3), et I'infectiosité du VIR (plus de chance de Ie transmettre)
Donc le CDC essaye de traiter toutes les infections génitales surtout dans les
pays en voie de développement.

Incidence a distance
Quand on part d'une infection génitale banale (a chlamydiae) non traitée, si on
la laisse évoluer, on obtient 10% de salpingite qui elles-mêmes vont entrainer
une stérilité dans 10% des cas.
60% des stérilités tubaires sont dues à des infections a chlamydia.
Les salpingites a chlamydia sont la première cause des grossesses extra-
utérines.
Mais il y a aussi des risques d'accouchement prématuré, d'infection de la mère
dans le post-partum, ou d'infection neonatale pour le nouveau-né.

Prévention
Il n'y a pas de vaccin, donc le seul moyen est le dépistage précoce du patient,
suivi d'un traitement rapide de lui et de son partenaire.

Différents syndromes cliniques et étiologies

La clinique
Elle est indispensable pour orienter le diagnostique mais elle n'est pas
suffisante pour le porter.
II y a deux sortes de syndromes :

Infection avec lésions génitales

Soit cutanées, soit muqueuses.
Une ulcération est un chancre d'inoculation.
Il faut alors rechercher des agents de la syphilis en Europe.
Dans les pays tropicaux, il faut rechercher un chancre mou, une
lymphoméiornatose bactérienne, ou une donovanose.

Infection avec écoulement

Chez l'homme
Un écoulement urétral signe une urétrite. Celle-ci peut être : gonococcique
dormant, une urétrite purulente, non gonococcique dormant, un écoulement
plus clair du a différentes bactéries telles que la chlamydia trachomatis,
l'ureaplasma urealyticum, le streptoccus agalactiae (B).
Ces infections génitales basses peuvent évoluer en infections génitales
profondes (epididyrnite, prostatite) qui sont douloureuse.

Chez la femme
Le spéculum permet de différencier plusieurs localisations : vaginale cervicale.
La symptomatologie est moins marquée (asymptomatique dans 50%)
Un écoulement vaginal peut être une vaginite ou une vaginose ; une vaginose
est un remplacement de la flore bactérienne physiologique (lactobacille) par
une association bactérienne ( gardnerella vaginalis, bactéries anaérobies,
mycoplasma hominis) sans inflammation.
Vaginite (avec inflammation) : présence de nombreuses bactéries pyogènes
comme le streptocoque B
Si l'examen gynécologique montre un écoulement au niveau de l'endocol, c'est
une endocervite et il faut soupçonner deux bactéries : gonocoque et chlamydia
trachomatis.
Ces infections sont très discrètes, bénignes si prise à temps, mais attention car
elles peuvent évoluer vers une salpingite puis vers une stérilité.

Description
Avec ulcération
La syphilis
C'est une MST très fréquente (12 millions de cas dans le monde en 1995) du a
tréponème pale (treponema pallidum). Elle a une période d'incubation de 28j.
Elle va évoluer en trois stades :

Syphilis primaire : 5 à 8 semaines

Association d'ulcération génitale avec adénopathie satellites. Aspect clinique
variable.(attention pour toutes ulcération il faut penser a la syphilis)

Syphilis secondaire: 2 à 3 ans

De nombreuses lésions cutanéo-muqueuses suivi d'une phase de latence
silencieuse.

Syphilis tertiaire : 3 a 30 ans

Signes de lésions viscérales (neurologique, cardio-vasculaire (aorte)) S'il n'y a
pas de traitement le patient meurt des lésions viscérales.

Physiopathologie
Phase primaire
Le chancre est le lieu de multiplication du tréponème.
Puis il va y avoir une dissémination par voie lymphatique et sanguine
entrainant les Adénopathies.

Phase secondaire
Correspond à une septicémie tréponémique. Il va y avoir réaction du système
immunitaire entrainant la disparition des lésions.
Phase tertiaire
Les lésions viscérales sont pauvres en tréponème et résultent de phénomènes
d'immunité a médiation cellulaire.

Diagnostic
La preuve biologique est obligatoire avant tout traitement.
Le diagnostic direct repose sur l'examen direct uniquement. On fait un
prélèvement au laboratoire qui l'étudie sur microscope a fond noir (car faible
réfringence (pale)), ou en immunofluorescence. Si l'analyse est positive on
commence un traitement. Mais le résultat est souvent négatif car la bactérie est
très fragile.
Diagnostique indirect est sérologique. Les anticorps sont présents dans le
sérum et dans le LCR. On peut faire :

une réaction d'agglutination pour la sérologie cardiolipidique (VDRL).

une sérologie spécifique : elle est plus spécifique (supprime les faux positifs) et
permet d'identifier les différentes classes d'anticorps. S'il y a des IgM cela
marque l'aspect évolutif de la maladie ou permet de diagnostiquer une syphilis
congénitale (IgM passent la barrière placentaire)

Traitement
La syphilis est traitée par l'administration de pénicilline G au patient mais
également a son partenaire.
II faut surveiller l'efficacité du traitement par des sérologies quantitatives qui
doivent montrer une baisse significative du titre des anticorps. On le fait grâce
a la réaction VDRL.

Avec écoulement
Infections vaginales
II y a trois grandes étiologies: la vaginite a trichomonas vaginalis 20 a 30%, la
vaginite a candida albicans 30% et la vaginose bactérienne 30%. A coté de ces
étiologies il y a des vaginites bactériennes a streptocoque B.

Physiopathologie
La flore bactérienne vaginale physiologique est composée de plusieurs espèces
de bactéries, mais en majorité de Lactobacille qui ont un rôle de défense de
l'organisme. En utilisant le glycogène, elles forment de I' acide lactique
permettant ainsi I' acidification du vagin au pH 4.5 (ce qui empêche la
multiplication de certaines bactéries) en tapissant l'épithélium vaginal elles
forment un biofilm. En produisant des substances toxiques pour les autres
espèces bactériennes, mais qui protège également des infections virales et du
VIH. C'est un déséquilibre dans cette flore bactérienne qui va entrainer les
pathologies. Le remplacement par d'autres bactéries physiologiques donnera
des vaginoses bactériennes. Le remplacement par des bactéries, qui ne sont
normalement pas présentes dans le vagin, entrainant des vaginites.

Clinique
Un des signes d'appel est la présence d'une leucorrhée. Toute leucorrhée doit
entrainer durant l'examen gynécologique un prélèvement au spéculum pour
définir son étiologie et sa localisation exacte. S'il n'y a pas de signe
d'inflammation c'est une vaginose. Parfois elles ne sont pas durables, mais elles
peuvent avoir des complications graves. Plusieurs espèces bactériennes
peuvent être en cause (mycoplasma, anaérobies, gardnerella)

Diagnostic
Lors de I' examen (qui est le moment important du diagnostique, il peut suffire)
on retrouve :
Une leucorrhée malodorante.
Un pH plus élevé que celui physiologique (grâce a un papier pH).
Si on rajoute une goutte de potasse sur Ie prélevèrent cela exacerbe la mauvaise
odeur.

A l'examen au microscope on observe :

Pas de PN ou peu.
Si vaginose a gardnerella, les cellules de l'épithélium vaginal sont polyédriques
et remplies de bactéries.
Si on fait appel a un laboratoire, le diagnostique ne repose pas sur une mise en
culture puisque les bactéries responsables de vaginose sont présentes de
manière physiologique. On va essayer de mettre en évidence leur
multiplication. Sur un frottis, avec une coloration de GRAM on compte les
différents phénotypes bactériens. Si on obtient un score de :
0 a 3 : flore physiologique.
4 a 6 : flore modifiée (intermédiaire).
> 6 : flore d'une vaginose.

Traitement de la vaginose
On utilise des antibiotiques agissants sur les anaérobies et les gardnerella, mais
pas sur les lactobacilles :
Imidazote metronidazole.
Bactériologie - Structure des bactéries
La structure des bactéries explique l'action de certains antibiotiques, mais aussi
la capacité des bactéries à se défendre.

La paroi
Toutes les bactéries en ont une sauf les mycoplasma et formes L (bactéries
dégradées). La paroi est une enveloppe rigide qui donne sa forme à la bactérie,
c'est une structure particulière du monde bactérien, constituée de
peptidoglycane (muréine). La composition diffère selon que la bactérie est
GRAM(+) ou GRAM (-).

Peptidoglycane
Hétéropolymère avec chaînes polysaccharidiques parallèles entre elles ;
alternance de N acétyl glucosamine et d'acide N acétyl muramique (composé
spécifique du monde bactérien): dérivé chimique de N acétyl glucosamine.
Ces chaînes polysaccharidiques sont reliées entre elles par des peptides, avec
des liaisons directes d'une chaine à l'autre, ou indirectes par l'intermédiaire
d'autres peptides.

Ces chaines sont tétra peptidiques, reliées d'une part sur l'acide muramique et
sur un pont inter peptidique. La composition de ces chaines tétra peptidiques
est variable au niveau du 3ème acide aminé de la chaine, il existe des ponts
formés en général par un seul type d'acide aminé (Staphylococcus Aureus :
glycine).
Le peptidoglycane exerce différentes fonctions :
Il permet à la bactérie de conserver sa forme.
Il permet la résistance à la pression osmotique pouvant atteindre 20
atmosphères.
Il est antigénique, et permet la formation d'Ig chez l'homme.
Il est sensible seulement à certains désinfectants à base de phénol.
 Il est stimulateur de l'immunité et joue le rôle d'adjuvant.
C'est le substrat de l'immunité non spécifique, il est détruit par les enzymes des
bactériophages, le lysozyme en particulier.

Bactéries à GRAM+
Les bactéries à GRAM(+) ont une paroi épaisse, de 30 à 50nm. Sur le
peptidoglycane s'accrochent les acides téichoiques, qui sont des polymères de
ribitol phosphate, et sont branchés sur la N acétyl glucosamine.
Il existe aussi les acides lipo-téichoiques formés de glycérol phosphate qui
sont immunogènes, augmentent l'adhérence et ont une faible action toxique.
Les polysaccharides confèrent la spécificité antigénique (le polyoside C du
pneumocoque ,ou le polysaccharide C du streptocoque).
Le polysaccharide C permet de différencier un certain nombre de groupe
sérologique chez le streptocoque. Les plus importants sont ceux du groupe A
ayant un pouvoir pathogène.
Les protéines sont soit liées directement aux peptidoglycanes, soit aux acides
téichoiques. Les ions Ca2+ favorisent ces liaisons.

Bactéries à GRAM (-)

La paroi des bactéries à GRAM(-) sont constituées de peptidoglycanes de 3 à 5
nm (parfois 10 nm) elles sont donc plus minces. Ces bactéries sont entourées
d'une membrane externe séparée du corps bactérien par un espace
périplasmique, plus ou moins important.
Cette membrane a une composition chimique complexe. Elle est constituée à
l'intérieur de phospholipides et à l'extérieur de lipopolysaccharides
Le lipapolysaccharide comprend des protéines appelées porines, car leur
présence permet l'existence de pores reliant l'extérieur et le cytoplasme
bactérien.
A travers ces pores peuvent passer des éléments nutritifs et des antibiotiques.
La perméabilité des pores est variable, sélective. Certaines sont plus
perméables que d'autres, ce qui explique les réactions bactériennes aux
antibiotiques.

Cas particuliers
Les mycobactéries ont une affinité teintoriale dépendante de la structure de la
paroi. Celle-ci contient 60 % de lipides constitués des acides mycolique et des
cires. Les lipides sont liés à des polysaccharides complexes et à des protéines.
Les protoplastes sont des bactéries GRAM (+) où il n'existe plus de
peptidoglycanes. La bactérie est ronde, ne vit que dans un milieu hypertonique
(correspondant à sa pression interne). Les protoplastes ne peuvent se diviser.
Ils apparaissent après un traitement aux antibiotiques.
Les sphéroplastes sont les formes L des bactéries GRAM(-). La paroi est
encore présenterais abimée à certains endroits par des antibiotiques, tels que la
pénicilline. Ils peuvent se multiplier dans un milieu particulier. Quand on
enlève l'antibiotique, le spheroplaste reprend sa forme initiale.
Les mycoplasma n'ont pas de paroi.

Propriétés de la paroi
Elle donne la coloration de GRAM.
C'est le support de l'antigénicité.
Elle donne sa forme à la bactérie.
Elle est sensible à certains enzymes.
C'est le récepteur des bactériophages.
Sa sensibilité à certains antibiotiques permet d'interférer dans la multiplication
bactérienne.
La multiplication bactérienne est très rapide. Un colibacille donne deux
cellules filles en 20 minutes. Avant de se diviser, la bactérie, doit augmenter de
volume, afin de multiplier par deux sa masse .Pour cela, elle détruit la paroi
rigide, en sécrétant des autolysines, agissant au niveau de certaines liaisons
chimiques du peptidoglycane. En même temps qu'elle se détruit, elle se
reconstruit grâce à une peptidase qui permet la fusion des peptides.

Les bêta lactamides jouent sur les ponts inter peptidiques de la paroi, se lient
aux protéines, créant une paroi mince, qui éclate, tuant la bactérie. On appelle
PLP, les protéines liées aux bêta lactamides.

La membrane cytoplasmique
C'est une membrane trilamellaire, avec une double couche phospholipidique,
dont les pôles hydrophobes se font face. Entre les lipides, il ya des proteines.il
n'y a pas de cholestérol, sauf pour les mycoplasma.
Pour améliorer son action, elle envoie dans le cytoplasme bactérien des
expansions de sa propre membrane, appelées mesosomes. Ils permettent
l'augmentation des fonctions de la membrane. Ils sont fréquents chez les
bactéries. GRAM(+), où l'on peut trouver jusqu'à trois mesosomes . Il en existe
en général, deux pour les GRAM(-).
C'est une barrière osmotique, permettant des transferts passifs, mais où il existe
des perméases, permettant la pénétration active d'acides aminés, ou d'ions
minéraux.
De nombreuses enzymes sur la membrane, servent dans le métabolisme
énergétique, rôle identique à la mitochondrie, chez les cellules eucaryotes (à
sou niveau, ou trouve des cytochromes et des cytochromes oxydases). C'est le
point d'impact de substances antimicrobiennes telles que le phénol.
La membrane a un rôle dans la division cellulaire. Grâce au mesosome, il se
forme des liens géographiques entre la membrane et l'appareil nucléaire,
permettant l'induction de la division bactérienne à partir de l'appareil nucléaire,
vers la membrane, puis vers la paroi. C'est une division par scissiparité. Au
microscope électronique elle commence par une invagination de la membrane
(mesosome de division). Sur cette membrane en division vient se coller la
paroi. Le mesosome et la paroi forment un septum de division.
Quand le septum est complet, comme les appareils nucléaires se sont multipliés
par 2, on obtient deux cellules filles identiques à la bactérie mère. La division
commence par l'appareil nucléaire, mais est difficilement observable.

Le cytoplasme
Il est constitué d'hydrogène colloïdal.
Il contient des protéines, des glucides, des lipides, des ions minéraux tels que le
Ca2+, le Mg2+, le P.
Il comprend des pigments de couleurs différentes:
.Rouge chez les serratia.

.Bleu chez les pyocianiques.

Ces pigments sont solubles, et diffusent dans l'organisme.
Le cytoplasme bactérien comporte des vacuoles de réserves qui servent à la
nutrition de la bactérie quand elle est à jeun.
De l'ARN : il y a 15000 ribosomes/bactérie ce qui représente 40% du poids
bactérien et 90% de l'ARN total.
Les ribosomes sont constitués de deux sous unités, de 50 et 30S.
Parfois il existe des granulations spéciales qui permettent de reconnaître la
bactérie comme dans le cas du bacille diphtérique.

Appareil nucléaire
Chez la bactérie au repos, c'est une petite masse sphérique centrale. Chez le
bacille, il est de forme allongée. L'appareil nucléaire, ne possède pas de
membrane, d'appareil mitotique, de nucléoles. Il est formé de fibrilles, ADN,
protéines basiques. Les fibrilles ont un diamètre de 2 à 8 nm. L'ADN est
double brin, déroulé, il mesure 1 mm de long chez le colibacille.
L'ADN bactérien a une partie central et une bouclée: Le pied est formé d'ARN.
L'ADN est superenroulé, et sur l'ADN, il y a des protéines.
C'est le support des propriétés bactériennes, et le support de mutations ; à son
niveau que se font les recombinaisons génétiques. C'est le site d'action de
certains antibiotiques, en particulier les quinolones, les rifampicines

Les plasmides
Ce sont des ADN circulaires, en dehors de l'appareil nucléaire. Ce sont eux, qui
parfois gouvernent la résistance aux antibiotiques. Ils sont à l'origine de la
résistance antibactérienne, grâce à la sécrétion de bactériocines. Il existe des
plasmides de résistance aux antiseptiques.

La capsule bactérienne
Elle entoure certaines bactéries pathogènes, elle peut être mince ou épaisse. Sa
structure est polysaccharidique, avec un ou deux types de sucre.

*Pour différencier une espèce bactériennes, la bactérie secrète des oses

particuliers, responsables de la présence de nombreux serotypes différents
(pneumocoque, hemophilus influenzae).
Les vaccins contre ces pathologies doivent présenter les différents serotypes du
pays.
La capsule peut être polypeptidique, comme chez le Bacillus anthracis.
La capsule n'existe que dans la production pathogène, et disparait en culture au
laboratoire. Sa perte fait passer la colonie bactérienne d'une forme lisse, a une
forme rugueuse (Smooth->Rough). S est pathogène, R ne l'est pas.

Propriétés de la capsule :
Elle protège la bactérie de son environnement, et empêche l'entrée de
substances antibactériennes.
Elle permet la classification, mise en évidence avec l'encre de chine.
Elle a un rôle dans le pouvoir pathogène, et dans la protection contre les PN.
Elle a un rôle immunologique, d'où son utilisation en vaccination, mais elle
est faiblement immunogène, et il faut ajouter au vaccin un élément adjuvant.
Au cours des infections, la capsule est libérée dans les milieux organiques, et
on peut mettre en évidence les antigènes qu'elle contient.

Le flagelle
C'est l'élément locomoteur, il n'existe que chez certains bacilles, Vibrio ou
Spirochètes.
C'est un élément filamenteux, sinueux, de 10 à 20 nm de diamètre, et de 20µ de
long. Il peut n'y en avoir qu'un (vibrions), mais il peut en exister tout autour
(colibacille).
Le flagelle est composé par une protéine la flagelline de PM 40000 daltons.
Le flagelle est accroché dans le corps bactérien par un granule.

Rôle:
Il intervient dans la mobilité, dans la classification, et possède un rôle
immunologique : AG H de certaines bactéries mobiles GRAM (-) comme la
(Salmonella).
Dans la fièvre typhoïde, on recherche les AC H formés.

Les pili
communs: Ils sont courts nombreux, rigides. Ils sont formés d'une protéine et
ont un rôle dans la fixation bactérienne et la colonisation. Ils permettent à la
bactérie de se fixer sur un récepteur spécifique.
sexuels: de 1 à 4, ils sont plus grands, et sont appelés facteur F.
La spore
Elle n'existe que chez certains bacilles.
Elle apparaît dans des conditions défavorables : froid, chaud, elle résiste à une
température de 120°C pendant 45 mn, ceci est très important pou la
stérilisation autoclave.
Elle peut être centrale comme chez Bacillus anthracis, à une extrémité
(Clostridium), ou terminale (Clostridium tetani).

Rôle:
La spore amène à la bactérie sa résistance, c'est un élément de classification
bactérienne .Elle sert de témoin de stérilisation.
STRUCTURE DES BACTÉRIES

La connaissance des différentes structures des bactéries est nécessaire pour

comprendre leur métabolisme. Certaines de ces structures sont permanentes,
d'autres inconstantes.
La Paroi
Elle est présente chez toutes les espèces bactériennes à l'exception des
mycoplasmes. Elle entoure la bactérie et constitue la structure constante la plus
externe.
On rencontre deux types de paroi :
les parois épaisses et denses
Elles sont faites presque uniquement de peptidoglycane ou muréine ou
mucopeptide. Cette substance à structure lamellaire est faite de chaînes
glucidiques reliées entre elles par des peptides ; lui sont associés des acides
téchoïques.
les parois fines et lâches
Elles ont une structure plus complexe constituée d'une fine couche de
mucopeptide (à structure plus lâche que celui des parois épaisses) recouverte à
l'extérieur d'une membrane externe ou pariétale. Cette paroi est séparée de la
membrane cytoplasmique par un espace appelé espace périplasmique.
La membrane externe a la structure de toutes les membranes cellulaires. Elle
est faite de lipides (phospholipides et lipopolysaccharides) organisés en deux
couches hydrophiles séparées par une couche hydrophobe. Dans l'épaisseur de
cette membrane sont enchâssées des protéines, les porines, qui permettent le
passage de petites molécules telles que les antibiotiques. Les
lipopolysaccharides les plus externes portent les antigènes O des bactéries et
constituent l'endotoxine des bactéries.
La paroi détermine la forme de la bactérie, elle la protège (une bactérie qui n'a
plus de paroi meurt), elle est un passage obligé pour les échanges avec le
milieu extérieur, elle est antigénique (antigène O).
La paroi est la cible d'antibiotiques tels que les bêtalactamines qui bloquent sa
synthèse.
La coloration de Gram permet de séparer les bactéries à paroi épaisse des
bactéries à paroi fine.
Après fixation des bactéries sur une lame microscopique, on traite la
préparation par un premier colorant : le "violet de gentiane" puis on mordance
par une solution de lugol. A ce stade, toutes les bactéries apparaissent violet.
On lave la préparation avec de l'alcool qui décolore les seules bactéries à paroi
fine qui ne sont donc plus visibles. On surcolore par de la fuchsine (colorant
rouge) qui recolore les bactéries décolorées. Après coloration de Gram, les
bactéries à paroi épaisses sont colorées en violet : elles sont dites "à Gram
positif", les bactéries à paroi fine sont colorées en rouge : ce sont les bactéries
"à Gram négatif".
La membrane cytoplasmique
La membrane cytoplasmique entoure le cytoplasme, elle a la structure
lipidoprotidique de toutes les membranes cellulaires.
Les molécules qui la constituent sont mobiles et "flottent" dans son épaisseur
lui donnant une grande plasticité. Parmi les diverses protéines, certaines sont
constitutives, d'autres ont un rôle de transport permettant le passage de diverses
molécules ou ions (Na, K, Cl, sucres, aminoacides ou oligopeptides). Elle
contrôle donc les entrées et sorties de la cellule.
La membrane cytoplasmique des bactéries contient en outre de nombreux
enzymes assurant les synthèses et fournissant l'énergie nécessaire au
métabolisme. La membrane assure les fonctions des mitochondries, qui
n'existent pas chez les bactéries.
Certaines bactéries produisent des bactériocines, substances toxiques pour les
bactéries et certaines de ces bactériocines perturbent le fonctionnement de la
membrane cytoplasmique.
La membrane est la cible des antibiotiques polypeptidiques.
Le cytoplasme
Il contient essentiellement les ribosomes qui assurent les synthèses protéiques
en traduisant le m-RNA. Ils sont en étroit contact avec le matériel nucléaire.
Les ribosomes des bactéries sont différents des ribosomes des eucaryotes. Ils
sont la cible de nombreux antibiotiques.
Le matériel nucléaire
Les cellules procaryotes ne possèdent pas de noyau mais possèdent du matériel
nucléaire sous forme d'un chromosome unique, circulaire, d'une longueur
voisine de 1 mm. Ce chromosome est constitué d'un filament hélicoïdal d'acide
désoxyribonucléique (ADN) bicaténaire. Chaque chaîne est faite d'une
succession d'acide phosphorique et de desoxyribose sur lequel est branché une
base. Quatre bases entrent dans la composition de l'ADN : adénine (A),
guanine (G),thymine (T) et cytosine (C). Les deux chaînes, liées entre elles par
les bases, ont la même structure mais chaque base détermine obligatoirement la
base opposée car à l'adénine ne peut se lier que la thymine et à la guanine, la
cytosine (A-T, G-C). La séquence de ces bases est spécifique de chaque ADN.
L'ADN des bactéries est le support des informations transmises aux ribosomes
qui effectuent les synthèses.
La capsule
La capsule est une structure extérieure non constante. Elle entoure la bactérie.
Sa constitution est le plus souvent polysaccharidique, parfois protéique. Elle
n'est pas colorable par les techniques bactériologiques. Pour la mettre en
évidence au microscope, on réalise une suspension des bactéries dans de l'encre
de chine et on observe la capsule sous forme d'un halo clair et réfringent.
C'est un facteur de virulence car elle protège la bactérie de la phagocytose.
La capsule est antigénique, les antigènes capsulaires sont dénommés antigène
K.

Les flagelles
Les flagelles ou cils sont des structures rigides, ondulées qui naissent de la
membrane cytoplasmique. Ils permettent la mobilité des bactéries et seules les
espèces qui en sont pourvues sont mobiles. Ils sont constitués d'une protéine
appelée flagelline.
Plusieurs dispositions sont possibles :
un seul flagelle polaire = ciliature monotriche,
une touffe de flagelles polaires = ciliature lophotriche,
un flagelle à chaque pôle = ciliature amphitriche,
des flagelles entourant la bactérie = ciliature préritriche.
les spirochètes ont un flagelle interne dénommé filament axial.
Les antigènes des flagelles sont appelés Antigène H.

la spore
Si on place les bactéries dans des conditions défavorables de survie, pour
certaines d'entre elles (bacilles Gram + : Bacillus et Clostridium) il y a
formation de spores ; c'est la sporulation.
Si on place des spores dans des conditions favorables, elles retournent à l'état
de bactéries végétatives ; c'est la germination.
La spore contient, sous forme condensée, le génome et une partie du
cytoplasme déshydraté autour d'un enveloppe très résistante.
On peut observer au microscope les spores en voie de formation dans les corps
bactériens. La situation de la spore est caractéristique de l'espèce.
Les spores constituent une forme de résistance des bactéries et sont la cause de
certaines contaminations d'origine tellurique (tétanos, charbon).

Les pili
Les pili (poils) sont des formations qu'on ne peut observer qu'au microscope
électronique. Certains d'entre eux, dénommés pili communs ou fimbriae
(frange) sont courts et cassants. Ils sont utiles pour l'adhésion des bactéries aux
interfaces et particulièrement aux muqueuses et sont donc des facteurs de
virulence . Ils ont une structure protéique : la piline
Les pili sexuels, plus longs, relient deux bactéries et sont voies d'échanges de
matériel génétique entre les bactéries. Les bactéries capables de produire des
pili sexuels sont dénommées bactéries "mâles" à l'opposé des autres qui sont
dites "femelles".
Les plasmides
Les plasmides sont de petits éléments circulaires constituant du matériel
génétique extra-chromosomique. Ils sont faits d'ADN et portent, comme le
chromosome, des informations génétiques. Ils sont autonomes et capables de se
répliquer indépendamment du chromosome. Ils codent pour la synthèse de
différentes protéines enzymatiques conférant ainsi à la bactérie qui les possède
des caractères particuliers tels que possibilité d'utiliser tel ou tel substrat ou
résistance aux antibiotiques..
Ces plasmides sont transmissibles à d'autres bactéries.
( Retour à la présentation des bactéries) (Classification et taxonomie
bactériennes)
Retour

Bactériologie -Physiologie bactérienne

L'étude des bactéries, et leur identification nécessite leur mise en culture. La
physiologie bactérienne va permettre d'optimiser les conditions d'analyse des
bactéries, mais aussi d'identifier les moyens les plus efficaces pour lutter contre
leur prolifération.

La nutrition
Définition
Les besoins nutritifs sont les éléments indispensables à la vie et à la croissance
des bactéries.

Les sources d’énergie

Chez tous les êtres vivants, l’énergie est stockée sous forme d’ATP, selon son
origine on distingue :

Les bactéries photophores

Les bactéries photophores vont utiliser l’énergie lumineuse comme le font les
plantes lors de l’assimilation chlorophyllienne et la transformer en énergie
chimique sous forme d’ATP.

Les bactéries chimiotrophes

Pour les bactéries chimiotrophes la source d’énergie est d’origine chimique ;
on aura donc synthèse d’ATP avec transports des électrons au cours de « la
chaîne de transporteurs d’électrons ». Au début de la chaîne, on a des donneurs
d’électrons ; le composé est organique. Le glucose est le donneur principal.
L’accepteur final est différent ; lors de la fermentation l’accepteur final est un
composé organique, il y a phosphorylation au niveau du substrat. Il y a des
bactéries lactiques et des bactéries anaérobies. Lors de la respiration, la
synthèse d’ATP se produit après phosphorylation oxydative avec deux
éventualités ; soit l’oxygène est l’accepteur d’électrons et c’est une respiration
aérobie (elle concerne un grand nombre d’espèces), soit l’accepteur final est un
composé minéral différent de l’oxygène et on parle alors de respiration
anaérobie.
On distingue trois grands groupes:
les bactéries aérobies ou aérobies strictes.
les bactéries anaérobies.
les bactéries aéro-anaérobies facultatives.

La source de carbone
On distingue:
les bactéries autotrophes « qui se nourrit soi-même » autosuffisantes, elles ont
un pouvoir de synthèse très élevé, ce sont les bactéries impliquées dans les
grands systèmes biologiques.
les bactéries hétérotrophes pour lesquelles la source de carbone est
automatiquement un composé organique tel que le glucose, un alcool, les
acides organiques. Certaines peuvent êtres utilisées pour dégrader des
hydrocarbures, lutte contre la pollution.

Les facteurs de croissance

Ce sont des composés qui vont devenir indispensables pour la croissance car la
bactérie ne possède pas la chaîne de synthèse de certains composés. Un facteur
peut l’être pour une espèce et non pour l’autre (facteur d’identification et de
différenciation).
On différentie parmi les bactéries hétérotrophes:
.les bactéries prototrophes n’ont pas besoin de facteurs de croissance, elles
sont autonomes.
.les bactéries auxotrophes, elles ont des marqueurs d’auxotrophie, et
nécessitent un certain nombre de facteurs de croissances (acides aminés, bases
puriques ou pyrimidiques ou des vitamines) tels que l’acide
paraminobenzoïque qui est un facteur de croissance pour un grand nombre de
bactéries, et permet la synthèse des bases puriques et pyrimidiques.
Un antibactérien appelé le sulfamilamide est un analogue structural du facteur
de croissance qui pourra être utilisé dans la chaîne de synthèse Il arrête la
synthèse métabolique. C’est un antibactérien qui agit par analogie structurale,
la bactérie privée de bases puriques et pyrimidiques ne peut se diviser.

Source d’azote
L’azote est un composé organique et se trouve dans l’organisme ou dans le
milieu de culture (sel d’ammoniaque, protéines).
II y a dans le sol des bactéries fixatrices d’azote qui vont enrichir le sol et
l’améliorer.

Les facteurs physico-chimiques

La température
La température optimale est proche de 37°C pour la plupart des bactéries, on
distingue:
les bactéries mésophiles vivent dans une gamme comprise entre 20°C et 37°C
avec un optimum à 37°C.
les bactéries thermophiles, leur température doit être supérieure à 40°C avec
des gammes variables allant de 40°C à 50°C (nuisent à la bonne conservation
du lait et des conserves). Certaines présentes au fond des océans vivent avec
des températures supérieures à 90°C ; elles ont donc des enzymes fonctionnant
à des températures élevées et sont utilisées pour l’amplification par PCR, la taq
polymérase par exemple.
les bactéries cryophiles, se plaisent au froid, de 4°C à 0°C, et ont cependant un
métabolisme perceptible et visible.
les bactéries psychrophiles se situent en dessous de 20°C, elles vont rarement
être des bactéries pathogènes directes mais seront responsables de l’altération
de produits biologiques tels que le sang en s’y multipliant mais ces
multiplications sont exceptionnelles.

La listéria qui provoque la listériose est psychrophile, multiplication en dessous

de 20 °C.
La yersina se multiplie à température relativement basse, elle est en quantité
abondante dans les produits alimentaires.
A l’inverse certaines bactéries sont détruites par la chaleur; stérilisation par
chaleur sèche à 180°C ou par chaleur humide à 120°C pendant 30 à 50
minutes. Le lait est pasteurisé, par traitement thermique UHT, pour destruction
bactérienne.
Le PH
Le pH est voisin de 7 pour la majorité des bactéries. On utilise des milieux
tamponnés.
On parle d’espèces bactériennes ayant un pH optimum alcalin comme pourle
vibrion cholérique pH de 8,5 à 9, et de bactéries acidophiles comme les
lactobacillus qui se développent à un pH voisin de 6.

La teneur en oxygène.
Equivaut au potentiel d’oxydoréduction. On utilise un milieu de culture
contenant une substance tout l’oxygène dissous, on crée un gradient d’oxygène.
Les bactéries vont avoir un comportement différent.

Lorsqu’elles se développent à la surface ; Bactéries AEROBIES STRICTES.

Si elles se développent dans la profondeur où il y a très peu d’02 ; bactéries
ANAEROBIES STRICTES.L’02 leur est toxique.
Certaines occupent tout le tube, ce sont les bactéries dites AERO-
ANAEROBIES facultatives;
nutritive portée à ébullition pour chasser
Enfin, certaines vivent à distance de la surface du tube, ce sont les bactéries
MICRO-AEROPHILES ; elles auront besoin d’une certaine teneur en 02.
Donc pour les cultures bactériennes, il faudra utiliser un dispositif pour chasser
l’02, la bactérie choisit elle même le niveau de développement.

Teneur en C02
Certaines espèces bactériennes auront une croissance favorisées par une forte
teneur en C02, comme le gonocoque, le méningocoque (responsable de la
méningite cérébrospinale), la brucella (responsable de la brucellose).

La croissance bactérienne.
Correspond à la multiplication. Une bactérie n’est jamais isolée, c’est toujours
une population .on considère toujours la population.
L’augmentation du nombre de bactéries peut être considérée comme une
augmentation de la masse bactérienne, résultat de la division par scissiparité.
La bactérie isolée va augmenter de taille avant de se scinder en deux.
On peut apprécier la croissance des bactéries ; sur un milieu liquide il devient
trouble, sur un milieu solide de gélose et de substances nutritives la croissance
se manifeste par la présence de colonies visibles à l’œil nu.
Pour les quantifier, en milieu liquide on mesure la densité optique au
spectrophotomètre, la numération se fait au microscope mais toutes les
bactéries sont comptées qu’elles soient viables ou non.

Le dénombrement des bactéries vivantes se fait par dilution et mise en culture

sur milieu solide et on compte le nombre de colonies qui ont poussé.
On peut aussi utiliser la masse bactérienne.

Les caractéristiques de la croissance

Le temps de génération, est le temps que met la bactérie pour donner deux
bactéries filles, c’est l’intervalle de temps entre deux divisions successives. Il
est très variable selon les conditions de culture et les espèces.
Le colibacille a un temps de génération de 40 à 60 minutes. Toutes les 20
minutes on a une division.

Le Mycobacterium tuberculosis (BK) va se diviser toutes les 900 minutes dans

les conditions optimales.
Le bacille de la lèpre a un temps de génération de 12 jours.
Le taux de croissance, est le nombre de division par unité de temps. Pour le
colibacille il est de 1, pour le BK il est de l/15ème. L’unité est l’heure.

Croissance des bactéries à croissance normale

On peut diviser la croissance des bactéries en différentes phases :
phase I : la phase de latence : peut être plus ou moins allongée selon les
conditions préalables et la souche utilisée. Elle correspond à l’adaptation des
bactéries aux conditions de culture, la température et le temps de synthèse des
enzymes indispensables. Le taux de croissance est nul.
phase II : la phase d’accélération : mise en route de la croissance active, les
synthèses sont a leur maximum et leur taux de croissance va augmenter pour
atteindre sa valeur la plus élevée.
phase III : la phase de croissance exponentielle : toute la machinerie est en
marche, le taux de croissance est le plus élevé pour les conditions, le nombre
de bactéries augmente en progression géométrique.
phase IV : phase de ralentissement: le taux de croissance va diminuer et
retrouve son niveau de base. C’est la fin de la phase exponentielle.
phase V : phase stationnaire :le taux de croissance est nul et le nombre de
bactéries à atteint son optimum. Le maximum est lié à la qualité du milieu de
culture.
phase VI : phase de lyse : correspond au vieillissement du milieu de culture. Il
peut être plus ou moins intense suivant les espèces bactériennes. Lorsque le
milieu est épuisé on n’a plus de croissance active.
L’arrêt de la croissance est dû a un épuisement des substances nutritives, une
modification des conditions métaboliques, une accumulation de produits
toxiques.
Si on maintient un milieu sain, on peut conserver une croissance exponentielle.
La coproculture en bactériologie
La coproculture est la mise en culture des selles pour rechercher et identifier
des bactéries pathogènes (donc responsables de diarrhées).
Autrefois le terme de coproculture était destiné à la bactériologie ; aujourd'hui,
son champ d'application s'élargit aussi à la virologie et la parasitologie.

La diarrhée
La diarrhée est une émission de selles trop liquides ou molles de manière trop
fréquente et trop abondante.
La diarrhée peut être liquide voire même aqueuse (ex: lors du choléra), molle,
glaireuse (elle contient du mucus, des cellules desquamées, des produits
inflammatoires, hémorragique.
On distingue différents types de diarrhées ; aigues, chroniques, fébriles ou non
(toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas toujours fébriles.)
Différentes causes et conditions de survenu
Virale
Elle peut être virale, eu particulier chez l'enfant (épidémie de gastro-entérite).
Parasitaire
En occident l'origine parasitaire est souvent due au retour d'un voyage
(amibiase).
Toxiques
Elle survient après ingestion alimentaire (poisson contenant trop d'histamine).
Lors de désordres métaboliques associés à des erreurs alimentaires.
Les causes mécaniques liées à des erreurs alimentaires (melons).
Bactérienne
Plusieurs espèces bactériennes sont concernées. Chaque espèce peut avoir son
propre mécanisme d'action ce qui implique différents traitements.
D'un point de vue épidémiologique, les diarrhées bactériennes surviennent
plutôt l'été. Elles sont d'origine hydrique (eau contaminée) ou alimentaire.
Notion importante : le péril fécal
Il s'agit du risque de contaminer l'eau et les aliments par les selles de malades
contenant des bactéries d'origine humaine. Ces bactéries st susceptibles alors
de contaminer d'autres personnes par l'eau et les aliments.
Manifestations cliniques
Le syndrome dysentérique
C'est une dysenterie d'origine bactérienne le plus souvent (Mais il existe aussi
des dysenteries ramibiennes ; les selles sont molles ou liquides ; elles
contiennent du sang, du mucus et des cellules : ce sont des selles glaireuses et
hémorragiques, Elles sont un peu colorées.
Le syndrome cholérique:
Il s'agit d'une émission de selles pouvant être aqueuses,
Elles sont dites afécales : il n'y a que de l'eau ; les selles sont dites eau de riz.
On les observe lors de la production de toxines notamment lors du choléra.
Indications de la coproculture
Diagnostic d'une diarrhée
Il faut tenir compte du contexte épidémique, en particulier la saison (été,
hiver), les déplacements (résidents/voyageurs) des circonstances de survenue,
d'une éventuelle prise d'antibiotiques juste avant.
Recherches particulières
Faire une prescription a la recherche d'une bactérie nommément désignée ;
recherche :
de Campylo bacter, de Clostridium difficile (qui est anaérobie stricte). La
recherche de Salmonella est systématique.
de portages : chez les patients, les convalescents mais aussi les travailleurs
dans l'industrie alimentaire ou la restauration où l'hygiène est primordiale.
dans un contexte d'infection nosocomiale : l'intestin peut être le réservoir de la
bactérie mais aussi le point de départ d'une infection.
Les toxi infections alimentaires collectives: TIAC. La coproculture n'est pas la
solution appropriée ; il vaut mieux rechercher la bactérie dans les aliments
(voire dans le vomi).
Le Clostridium difficile produit une enterotoxine. La bactérie peut proliférer
après traitement antibiotique et peut entrainer des colites pseudo-
membraneuses (parfois, il faut procéder a une ablation de quelques centimètres
d'intestin). La bactérie peut être recherchée par coproculture mais on peut aussi
rechercher directement la toxine dans les selles.
Mauvaises indications de la coproculture
Lors d'un déséquilibre de flore après antibiothérapie : en effet, on peut observer
la prolifération d'une bactérie résistante à l'antibiotique prescrit (la prescription
d'amoxicilline laisse proliférer la Klebsiella pneumoniae ou le bacille
pyocyanique. La coproculture met alors en évidence un déséquilibre de flore ;
il ne sert à rien de donner un autre antibiotique.
La biologie moléculaire permet aujourd'hui la recherche de bactéries dans
l'intestin directement grâce a la connaissance d'un gène, d'amorces, la
coproculture ne présente donc pas d'intérêt ici.
Les prélèvements
Il faut récolter une partie des selles fraichement émises Elles sont transportées
dans un flacon stérile et clos. Chez I' enfant, on peut réaliser un écouvillonnage
rectal. L'acheminement doit être rapide. A défaut, brève conservation a 4°C.
Examen bactériologique des selles
Description de la flore intestinale normale
Il existence d'une flore bactérienne normale, saprophyte, dans l'intestin (Iléon,
caecum, colon).
L'équilibre de cette flore saprophyte constituée de bactéries anaérobies et aéra
anaérobies.
Les bactéries anaérobies sont les plus nombreuses (1010 à 1011 par gramme)
appartenant à des genres variés:
Bacteroides (B. fragilis) (gram -).
Fusobacterium (gram -).
Bifidobacterium (gram +).
Clostridium (CI. perfringens)(gram + sporulés).
Les bactéries aéro-anaérobies de la flore intestinale normale (107 à 109 par
gramme) ont les genres suivants :
Entérobactéries : Coliformes (E. coli, Klebsiella, Enterobacter, Proteus).
Streptocoques, Enterocoques (E. faecalis).
Lactobacillus.
Flore intestinale anormale par la présence d'un germe pathogène
Salmonella.
Shigella.
Escherichia coli pathogène.
Vibrion cholérique.
Yersinia enterocolitica.
Campylo bacter.
Le germe entraine des manifestations cliniques (diarrhées) ou il s'agit d'un
simple portage.
Flore intestinale anormale par modification de la flore avec prédominance
d'une espèce présente habituellement en faible quantité
Le déséquilibre de la flore est souvent secondaire a un traitement antibiotique.
Staphylocoque.
Bacille pyocyanique.
Klebsiella.
Proteus.
Candida albicans (Ievure).