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Introducción
• MM es un método (esquema computacional) muy rápido para determinar geometría,
energías moleculares, espectros vibracionales y entalpias de formación de moléculas estables
en su estado basal.
• Debido a su gran velocidad de cálculo, es ampliamente usado para moléculas grandes, tal
como aquellas de importancia biológica y farmacéutica, que están actualmente fuera del
alcance de los métodos más intensivos de orbitales moleculares.
• El mayor reto de MM es encontrar cuando uno o más de los parámetros necesarios para
resolver un problema no son conocidos.
• Debido a que los métodos MM son parametrizados usando datos de moléculas en su estado
basal, no son útiles (igual que los métodos semiempíricos) para el modelamiento de química
en estados de transición, como sí lo hacen los métodos ab initio.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM computa la energía de una molécula en términos de un conjunto de funciones clásicas de
energía potencial. La funciones de energía potencial usadas junto con un conjunto de
parámetros seleccionados que se usan para evaluar a la molécula componen lo que se conoce
como campo de fuerza.
• Los núcleos y electrones son fusionados y tratados como partículas unificadas (átomos).
• Las interacciones no enlazantes entre átomos son descritas usando funciones potenciales
derivadas de la mecánica clásica.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
• Se usan funciones potenciales individuales para describir las diferentes interacciones:
estiramiento de enlace, flexión de angulo, torsión y interacciones no enlazantes.
• Las energías de mecánica molecular no tienen significado como cantidades absolutas. Ellas
pueden ser usadas solamente para comparar energías estéricas relativas entre dos o más
conformaciones de la misma molécula.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
Dado que la mecánica molecular trata a los enlaces como resortes, la matemática de las
deformaciones de los resortes - la Ley de Hooke - es la usada para describir la habilidad de los
enlaces para estirarse, flexionarse y torsionarse. Los átomos no enlazados (distantes a más de
dos angulos de distancia) interactura a través de atracciones de van der Waals, repulsiones
estéricas, y atracciones y repulsiones electrostáticas. Estas propiedades son fáciles de describir
matemáticamente cuando los átomos son considerados como esferas de un radio
característico.
La energía potencial total, E, de una molécula puede ser descrita por la siguiente sumatoria de
interacciones:
La energía potencial total, E, de una molécula puede ser descrita por la siguiente sumatoria de
interacciones:
Interacciones enlazantes
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
La energía potencial total puede ser descrita por las
siguientes relaciones entre los átomos.
Interacciones no enlazantes
1-Estiramiento de enlace: (1-2) estiramiento entre átomos
unidos directamente.
Veamos por ejemplo el caso del campo de fuerza MM2, desarrollado por Allinger.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM2
• Cortes para los términos de interacciones van der Waals y electrostáticas con una
función switching (de corte) polinomial de orden 5.
Eestiramiento 71,94 K s r r0
2
enlaces
La ecuación de energía de estiramiento de enlace se basa en la Ley de Hooke. El parámetro Ks
controla la rigidez del estiramiento del resorte (constante de fuerza del estiramiento del
enlace), mientras que r0 define la longitud de equilibrio (las medidas estándar usadas en la
construcción de los modelos). Un único par de valores Ks y r0 son asignados a cada par de
átomos enlazados de acuerdo a los tipos de átomos (C-C, C-H, O-H). La constante 71,94 es un
factor de conversión para obtener los resultados finales en unidades de Kcal/mol.
Este simple modelo parabólico falla cuando los enlaces son estirados más allá del punto de
disociación. La función de Morse podría ser la mejor corrección para este problema. Sin
embargo, la función de Morse ocasiona un gran incremento en el tiempo de cálculo. Como
alternativa, constantes de fuerza cúbica y cuadrática son adicionadas para proveer un
resultado aproximado al que se logra empleando la función de Morse.
El termino de fuerza cubica ajusta bien la función potencial a una forma asimétrica,
permitiendo de esta manera que enlaces largos sean bien ajustados. Sin embargo, el término
de fuerza cúbica no es suficiente para controlar enlaces anormalmente largos. Un término de
fuerza cuadrática es usado para corregir problemas causados por estos enlaces muy largos.
Con la adición de los términos de fuerza cúbicos y cuadráticos, la ecuación para el
estiramiento de enlace queda:
K s r r0 CS x x0 QS x x0
3
Eestiramiento 71,94
2 4
enlaces
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM2
Edeformacion 0,02191418 Kb 0
2
Energía de deformación de ángulo
angulo
Un termino sextico es agregado a fin de incrementar la energía de los ángulos con grandes
deformaciones desde sus valores ideales. Con la adición de un término séxtico. La ecuación
para la deformación de ángulo se convierte en:
0,02191418 Kb 0 SF 0
2 6
Edeformacion
angulo
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
Vn
MM2 Etorsion 1 cos n
angulo diedro 2
Energía de torsión
Este término da cuenta de la tendencia de los ángulos diedros de tener un energía mínima
dentro del rango comprendido a intervalos específicos de 360/n.
Energía de no enlace
La energía de no enlace representa la sumatoria de las energías de todas los posibles átomos
interactuando de forma no enlazante dentro de una distancia predeterminada “de corte”.
Energía de no enlace
Las fuerzas de repulsión dominan cuando las distancias entre los átomos que interactúan se
vuelve menor que la suma de sus radios de contacto de van der Waals. Esta repulsión es
modelada frecuentemente por una ecuación la cual combina una repulsión exponencial con
una interacción de dispersión atractiva (1/R6):
Evan der Waals 290000e12,5/ R 2,25R 6
Donde rij i j
R
Ri* R*j
Los parámetros incluidos son: Ri* y Rj* - los radios de van der Waals para los átomos. Epsilon
() – determina bien la profundad de la energía potencial atractiva y qué tan fácil es empujar
los atomos juntos. rij - el cual es la distancia actual entre los átomos.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM2
Energía de no enlace
A distancias cortas la ecuación anterior favorece las interacciones repulsivas sobre las
interacciones dispersivas. Para compensar esto a cortas distancias (R = 3,311) este término es
reemplazado con:
Evan der Waals 336,176 R 2
i j
El uso de distancias de corte para los términos de van der Waals mejora sustancialmente la
velocidad de cálculo para grandes moléculas por eliminación de rangos largos, relativamente
insignificantes.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM2
qi q j
Energía de no enlace Eelectrostatica
Dr
Energía electrostática
• carga/carga
• dipolo/dipolo
• dipolo/carga
Contribución carga/carga
qi q j
E 332,05382
i j Dq ri j
Donde el valor 332,05382 convierte las unidades del resultado a kcal/mol.
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM2
qi q j
Energía de no enlace Eelectrostatica
Dr
Energía electrostática
Contribución dipolo/dipolo
i j
E 14,388
Dr 3 cos 3cos cos
i j
i j ij
Donde el valor 14,388 convierte el resultado de ergs/mol a Kcal/mol, es el ángulo entre los
dos dipolos i y j, i y j son los ángulos de la forma dipolo con el vector, rij, conenctando los
dos a sus puntos medios, y Dm es la constante dieléctrica (efectiva).
Mecánica Molecular (MM)
Campos de fuerza
MM2
qi q j
Energía de no enlace Eelectrostatica
Dr
Energía electrostática
Contribución dipolo/carga
qi j
E 60,120 2
cos
i j r
ij D Dq
Donde el valor 69,120 convierte el resultado a kcal/mol.
Los parámetros de dipolo de enlace, , para cada par de átomos son guardados en los
parámetros en los parámetros de estiramiento de enlace. La carga, q, es guardada en los
valores de tipos de átomos. La expresión dieléctrica molecular es ajustada a un valor
constante entre 1,0 y 5,0 en los valores de los tipos de átomos para el campo MM2.