METODOLOGÍA RECONSTRUCCIÓN ENDOCRÁNEOS (Kochiyama et al.

, 2018)

1. Elaboración endocráneos a partir de generación de mallas triangulares basado en el

método marching cube, usando Analyze 9.0 (Alternativas: ITK-SNAP, Real3d VolVicon,
VTK, 3DSlider, Stratovan Checkpoint, MRIcron)

2. Restaurar partes perdidas del cráneo:

Usar individuos con esas partes conservadas y mediante TPS (Thin Plite Spline)
integrarlas en el cráneo /endocráneo del individuo a restaurar. Para ello hay que
establecer landmarks (las màximes possibles y lo más cercanas al defecto) y una gran
cantidad de sliding semilandmarks. Se establece una forma cranial de referencia (lo más
completa posible) y se alinea con la forma cranial alterada y/o fragmentada usando
landmaks comunes (mediante Procrustes least-squares method). Las matrices W y A de
la funcion TPS son calculades para definir la función de mapeo desde el individuo de
referencia al espècimen objectivo dañado. Usando TPS, la forma de referencia es
deformada hacia la forma objectivo y la región de craneo de referencia deformado
correspondiente a la porción perdida es usada para reconstruir dichas partes no
presentes. Las porciones existentes del individuo objectivo son usadas para definir la
funció de mapeo, y la porcion correspondiente al individuo completo es entonces
mapeada en el individuo incompleto con el objectivo de reconstruir las partes perdidas.

Los pequeños agujeros endocraneales tb pueden ser restaurados mediante TPS o un

algoritmo de Gap Filling
(https://cran.r-project.org/web/packages/REddyProc/vignettes/gapFilling.html)

3. A partir de la base de datos de 1185 individuos modernos (disponible), establecer la

variabilidad intraespecífica de los patrones de sulcos y gyrus (mirar como lo hacen)

4. Las estructura tridimensional del cerebro (GM y WM) y del endocráneo (regiones del
cerebro y del líquido cefalorraquídeo) se obtuvieron mediante la segmentación de
resonancia magnética craneal de 1185 humanos modernos basada en un marco
probabilístico que utiliza mapeo paramétrico estadístico (SPM software) mediante el
procedimiento de segmentación-normalización unificada (Ashburner, John, and Karl J.
Friston. "Unified segmentation." Neuroimage 26.3 (2005): 839-851).

5. Posteriormente, se calcula la forma promedio del cerebro y del endocráneo de toda la

muestra. La función de deformación espacial desde cada uno de los endocráneos hasta
la forma promedio es definida mediante un algoritmo de deformación espacial
difeomórfica (DARTEL).

6. Cálculo de los volumenes de Cx y Cb:

Para cuantificar el volumen del Cx y el Cb del fósil reconstruido se, se parcel·la el cerebro
de HAM en 40 regiones anatómicas, usando el software Freesurfer. Posteriormente, el
cerebro parcelado resultante, se transforma inversamente al endocraneo fosil tal y
como se describe previamente. De esa manera, los volúmenes pueden ser estimados.
7. Evaluación de la superfície cerebral reconstruïda:

Reconstruir cerebros de HAM basandose unicamente en la información endocraneal.

Así, el cerebro humano promedio obtenido se transforma basandose en la función de
deformación (DARTEL) desde el endocraneo promedio al endocraneo de cada individuo
y, despues, se compara con los cerebros verdaderos. De esa manera, la distribucion
espacial de la desviación euclidiana del cerebro original al reconstruido, puede ser
cuantificada.

8. Evaluación de los volumenes cerebrales parcelados:

Se usa la técnica Automated Anatomical Labelling (AAL) (Tzourio-Mazoyer, Nathalie, et

al. "Automated anatomical labeling of activations in SPM using a macroscopic
anatomical parcellation of the MNI MRI single-subject brain." Neuroimage 15.1 (2002):
273-289.). Se parcela el cerebro de cada individuo en 25 regiones estructurales (12 por
hemisferio y el Vermis del Cb) basandose en el atles AAL. Posteriormente se compara
cada region del cerebro verdadero y el reconstruido contando el numero de vòxels
verdaderos positivos y negativos y vòxels falsos positivos y negativos.

9. Desplazamiento de la superfície basada en la morfometria:

Para la evaluación del desplazamiento de las diferentes regiones cerebrales, la

superfície del modelo de malla (mesh) del cerebro promedio (aprox. 50.000 vertices) es
transformado hacia el cerebro de cada espècimen usando la funcion DARTEL. Despues
del Procrustes, las diferencias morfológicas entre cada individuo y la superfície del
cerebro promedio se cuantifican en forma de grafico de desplazamiento 3D y los datos
son testados estadisticamente entre las especies que conforman la muestra (HAM y
fosiles) mediante un anàlisis multivariante de varianza (MANOVA). El volumen total del
endocraneo se añade como covariable de no interès para contabilizar los diferentes
tamaños craneales. El mapa estadístico de superficie es generado después de calcular
el Hotelling´s T-square sobre una base de vertex-by-vertex. Esto es posible porque la
superficie media del cerebro del modelo de malla es transformado para calcular todas
las superficies cerebrales; por lo tanto, todos los modelos de malla son homólogos. El
mapa estadístico de superficie se somete entonces a un umbral de p<0,05 family-wise
error (FWE) corregido para múltiples comparaciones por medio de la teoría de campos
aleatorios utilizando el toolbox Surfstat (http://www.math.mcgill.ca/keith/surfstat/).

10. Correlación entre habilitades cognitivas y volumen Cb:

A partir de la base de datos de Human Connectome Project. El volumen de GM se

obtiene mediante la suma del volumen de 26 regiones cerebelares distinguidas por el
atles AAL. La bateria de tests psicológicos (NIH Toolbox) evalua la habilidad de la
comprensión del lenguaje y el proceso de producción, la memòria de Trabajo, la
flexibilidad cognitiva, el control de la atención la velocidad de procesamiento y la
 memòria episòdica (Mediante regresiones entre cada tarea (como variable
independiente) y el total del ICV, edad y sexo como variables de confusión.

11. Evaluación de la lateralidad del volumen en el Cb:

Recalcular el volumen de cada región cerebelar utilizando un atles AAL simetrizado. A

la vez, las imágenes cerebrales individuales originales y las midsagitales volteadas son
transformadas espacialmente usando un algoritmo DARTEL para calcular la forma
simétrica del cerebro de la población promedio. La función de deformación estimada se
utiliza para calcular el atlas simétrico. Sin embargo, la simetrización perfecta del atlas es
imposible. Por lo tanto, se usa tanto el simétrico como el espejo de los atlas simétricos
de TODOS los atlas para la parcelación de las regiones cerebel·loses y ambos datos se
combinan para probar si existe una diferencia significativa entre el volumen ajustado
por tamaño del cerebelo izquierdo y derecho.

12. Evaluación del método de reconstrucción usando cerebros de chimpance y bonobo:

Mediante la reconstrucción del cerebro de bonobo a partir del cerebro de chimpance

viceversa. Datos disponibles en http://www.chimpanzeebrain.org/ . El proceso es similar a lo
explicado anteriormente pero no identico. La única diferencia es el uso del algoritmo
FAST (FMRIB’s Automated Segmentation Tool) mediante el software FSL
(https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FAST). Para la evaluación, se cuantifica la distribución
parcial de la desviación Euclidiana desde la superfície del cerebro de bonobo a la
superfície estimada usando el chimpance y viceversa. La desviación de la media (+
desviación Standard) absoluta de la superfície entera del cerebro se confirma
relativamente baja (2.1 + 0.5 mm), indicando que la reconstrucción del cerebro de
bonobo a partir del de chimpancé basada en la morfologia endocraneal funciona
bastante bien, por lo tanto, el mismo método puede ser aplicado para la reconstrucción
del cerebro de Neanderthal y Sapiens antiguo (y, por lo tanto, tb especies más antiguas.