Bacteria y Archaea

“If you don’t like bacteria, you are on the wrong planet”
(Brand 2010. Whole Earth discipline: Why dense cities, nuclear power, transgenic crops, restored wildlands and geoengineering are necessary)

Biología de Organismos
BIOL1300
Prof: Jorge Molina
 ¿Qué se espera para el final
del tema de bacterias y Archaea?
Conocer los dominios de la vida y las relaciones evolutivas entre ellos

Identificar el papel importante de los procariotas en la biosfera

Identificar las diferencias entre Bacteria y Archaea

Entender las biopelículas y su importancia

Manejar algunas de las aplicaciones que tienen los procariotas en la vida diaria
 Reinos

Eucariota

Procariota

Last Universal Common Ancestor (LUCA) Whittaker. 1969. Science. 163:150-160

Propusieron utilizar el ARNr
Solamente dos dominios Archaea y Bacteria siendo las Archaeas TACK la clave
para entender el origen quimérico de los eucariotas
¿Cómo están organizadas
las bacterias y Archaeas?
 Características generales de los Procariotas
Los procariotas son organismos unicelulares

Todos los procariotas pertenecen a dos dominios:

Bacteria y Archaea

Vibrio

Cocobacilos Espiroquetas
 Cápsula
Constituida de exopolisacáridos y le sirve de protección
 Pared celular
Pared celular con peptidoglicano o pseudopeptidoglicano

NAG = N-acetilglucosamina
NAM = Acido N-acetilmurámico

Archaea tiene
pseudopeptidoglicano con
ácido N-acetitalosaminuronico
y NAG

Moradas G+ (Monodermo) Rojas G- (Didermo)

 Flagelos

Rotación de 270 rps en E. coli

Proteína del flagelo = flagelina
y 1.100 rps en Vibrio alginolyticus
Flagelos sirven para movilidad, adherirse
a sustratos, formación de biopelículas y
contribuyen en los procesos de virulencia
Cavalier-Smith. 1998. Biol Rev. 73:203-266
http://www.arn.org/docs/mm/flag_dithani.htm

Estructura 9+2 de los Eucariotas

unidas con dineina y nexina
 Procariotas vs Eucariotas
Organización del cromosoma como nucleoide en el citoplasma y no como núcleo
Cavalier-Smith. 1998. Biol Rev. 73:203-266

Bacteria y Archaea Protistas, hongos, plantas y animales

 Plásmidos en bacteria
y Archaea
La mayoría de plásmidos son circulares y
están conformados por ADN de cadena
doble extracromosomal autoreplicable

Plásmidos generalmente tienen genes no

importantes para el crecimiento celular

Plásmido F = factores de fertilidad (sintetizan proteínas de pilis de conjugación)

Plásmidos de resistencia a antibióticos y metales pesados
Plásmidos de virulencia (Salmonella causan signos y síntomas de enfermedad)
Plásmidos que inducen formación de tumores en plantas
Plásmidos con genes de enzimas catabólicas
Plásmidos que dirigen síntesis de bacteriocidas

Microbiology: Principles and explorations. Jacquelyn Black. 1999. Prentice Hall

 Complejos proteicos o compartimentos intracelulares
Tienen: proteasomas (presentes en archaea y eucariotas, pero raros en bacteria)
ficobilisomas (cianobacterias y eucariotas) capturan luz
clorosomas en bacterias verdes fotosintéticas
vacuolas de gas compuestas por varias vesículas gaseosas
carboxisomas para procesos de fijación de CO2
membranas intracitoplasmáticas de bicapas membranosas que casi
siempre son el producto de invaginaciones de la membrana

Son aproximadamente 1000 veces mas grande que

un ribosoma y el grosor de la cubierta es de 3-4 nm
y está formada por la proteína CsoS1

De Souza. 2012. Mem Inst Oswaldo Cruz. 107:283-293

Son de forma polihédrica y constituidos
por varios miles de polipéptidos
10-20 tipos y sin evidencia de 1000-1500 Å
componentes lipídicos

Utilizados en reacciones
metabólicas (7 o mas tipos)

Se estima que del 20-25% de todas las

bacterias producen microcompartimentos
 Sistemas con endomembranas

MamK

Magnetosomas tiene bicapas lipídicas de 3-4 nm con fosfolípidos, ácidos grasos

y algunas proteínas que sirven para el transporte de hierro al espacio intracelular
Komeili. 2007. Ann Rev Biochem. 76:351-366
De Souza. 2012. Mem Inst Oswaldo Cruz. 107:283-293
Otros sistemas con endomembranas en procariotas

Además de magnetosomas se han encontrado:

Acidocalsisomas: Organelos que almacenan calcio acidificado

Cromatóforos: vesículas fotosintéticas en bacterias moradas

Tilacoides en saco: en cianobacterias

Vacuolas: en bacterias acuáticas

Pirellulosomas

Anamoxosomas

De Souza. 2012. Mem Inst Oswaldo Cruz. 107:283-293

Citoesqueleto y forma de la célula en procariotas

CreS

Callaway. 2008. Nature. 451:124-126

De Souza. 2012. Mem Inst Oswaldo Cruz. 107:283-293
 CreS tiene 40% de
similaridad con las
proteínas de filamentos
intermedios en eucariotas

Shih & Rothfield. 2006. Microbiol Mol Biol Rev. 70:729-754

?
De Souza. 2012. Mem Inst Oswaldo Cruz. 107:283-293
División celular

Huso mitótico
en Eucariotas

Cavalier-Smith. 1998. Biol Rev. 73:203-266

De Souza. 2012. Mem Inst Oswaldo Cruz. 107: 283-293
 ¿Cómo funcionan
las bacterias y Archaeas?
 Crecimiento poblacional de bacteria y Archaea

Utilización de todos los recursos

Producción de desechos tóxicos

Adaptarse y producir enzimas

http://www.bact.wisc.edu/Microtextbook/index.php?module=Book&func=displayarticle&art_id=112
Metabolismo bacteriano

Abiótico

Bioquímica microbiana

Tectónico y
geotérmico
 Respiración y fotosíntesis
Los procariotas respiran y hacen fotosíntesis con la membrana citoplasmática o
con tilacoides libres

http://www.ivanstalio.com/anatomy.htm Cavalier-Smith. 1998. Biol Rev. 73:203-266

 Alimentación por difusión
Procariotas dependen entonces de simple difusión para tener acceso a nutrientes
y otros metabolitos importantes

Difusión tiene como limitante la relación superficie/volumen

Para mantener una relación superficie/volumen grande los procariotas

deben mantenerse pequeños para que ninguna parte del citoplasma
se encuentre alejada del medio ambiente y obtenga los nutrientes rápidamente

Si a lo anterior le adicionamos especialización tisular es fácil ver porque

los eucariotas han alcanzado grandes dimensiones
Cavalier-Smith. 1998. Biol Rev. 73:203-266
Mendell et al. 2008. PNAS. 105:6730-6734
 Procariotas vs Eucariotas
Simbionte del tracto intestinal del pez unicornio
y no se ha podido cultivar

Naso tonganus

Epulopiscium sp.
200-300 µm largo x 50-60 µm diámetro

Angert. 2006. Microbiol Monogr. 285-301

Mendell et al. 2008. PNAS. 105:6730-6734
 Procariotas vs Eucariotas
¿Cómo hacer para ser tan grande y poder realizar difusión?

Una célula grande tiene aprox. 250 pg de ADN, una pequeña tiene aprox. 85 pg ADN
Una célula diploide humana tiene 6 pg ADN

Esto permite que se tengan las proteínas necesarias en el sitio donde se necesitan
sin perder tiempo transportándolas del sitio de síntesis al de acción
¿Qué hacen con el resto del citoplasma libre?

Usarlo para permitir el crecimiento de las crías (viviparidad)

Mendell et al. 2008. PNAS. 105:6730-6734

Transferencia horizontal de información genética

Margulis & Dolan. 2009. Los inicios de la vida.

 Biopelículas: Comunidades complejas

Kolter & Losick. 1998. Science. 280:226-227

http://focus.hms.harvard.edu/1999/Sept17_1999/microbiology.html

La matriz está conformada por exopolisacáridos, ácidos nucleicos y proteínas

Quorum sensing es importante para la señalización intercelular y para

coordinar la formación de la biopelícula. Moléculas usadas como
mensajes incluyen péptidos (5-87 aa), Auto Inducer 2 (AI-2), Acyl homoserine
lactones

Las biopelículas le permiten a las bacterias resistir a situaciones de estrés como:

antibióticos, ataque del sistema inmune, fuerzas mecánicas, etc.

Las biopelículas que se encuentran en ambientes clínicos, industriales y naturales

están constituidas generalmente de mezclas de especies
Irie & Parsek. 2008. Quorum sensing in microbial biofilms. Bacterial biofilms. Springer Verlag. 239 pp.
¿Cuál es la diversidad de
las bacterias y Archaeas?
 ¿Cuál es la diversidad de procariotas?
Existen algunos puntos para considerar:
Hasta el momento solo unas 6800 especies han sido descritas
principalmente aquellas que se pueden cultivar

Son el producto de la evolución de 3800 millones de años

(2000 millones de años mas que los eucariotas)
 ¿Cuál es la diversidad de procariotas?

Estimativos globales:
Número de taxa en el suelo = 4 x 106 taxa por tonelada
Número de taxa en mares = no excede 2 x 106 taxa

En los mares existen 1029 individuos de bacterias 2/3 son Bacteria y 1/3 son
Archaea (20.000 taxa en mares y 8.000 taxa en lagos)

Diversidad global mínima = 4.5 x 106 taxa o en promedio un individuo de la especie

menos abundante por cada 27 km2
Bacteria
 Bacteria

Walsh & Doolittle. 2005. Curr Biol. 15:237-240

Amann et al. 1995. Microbiological Reviews. 59:143-169
 Aplicaciones de bacterias

Producción de moléculas complejas en cantidades comerciales se logra con

la manipulación de procesos llevados a cabo por microorganismos

En la naturaleza los microorganismos tienen mecanismos regulatorios que

inducen o reprimen

La clave es entonces manipular a nivel industrial esos mecanismos regulatorios:

1)  Alterando los nutrientes disponibles para los microorganismos
2)  Alterando las condiciones ambientales
3)  Seleccionando mutantes que producen exceso de lo que se necesita
4)  Utilizando ingeniería genética para manipular al microorganismo

Microbiology: Principles and explorations. Jacquelyn Black. 1999. Prentice Hall

 Aplicaciones de bacterias

Bacterias productoras de etanol (por fermentación de celulosa con Clostridium

termofílicas)

El etanol no solo se usa como solvente, sino también para producir anticongelantes,
colorantes, detergentes, adhesivos, pesticidas, explosivos, cosméticos y productos
farmaceúticos

Clostridium acetobutylicum produce butanol a partir de azúcares. El butanol es

luego utilizado para producir resinas, aditivos de gasolina o fluidos para frenos

Lactobacillus delbrueckii metaboliza glucosa hasta ácido láctico que es luego

usado para acidificar comidas, para hacer textiles sintéticos y plásticos

Microbiology: Principles and explorations. Jacquelyn Black. 1999. Prentice Hall

 Aplicaciones de bacterias

Bacterias productoras de antibióticos

Penicillium chrysogenum por ingeniería genética pasó de producir 60 mg/l de

antibiótico a 20g/l

Antibióticos sintéticos que son parcialmente producidos por bacterias y luego

en laboratorios químicos. Esto permite por ejemplo unirle ácido clavulánico
a un antibiótico que es degrado por la enzima ß-lactamasa de las bacterias.
Amixicilina con ácido calvulánico no es degradado y mata a las bacterias

Microbiology: Principles and explorations. Jacquelyn Black. 1999. Prentice Hall

 Aplicaciones de bacterias

Bacterias productoras de enzimas

La gran mayoría de proteasas y amilasas industriales son producidas en grandes

cantidades por bacterias

Bacterias productoras de aminoácidos

Ocho de los 20 aminoácidos son esenciales para la vida y no son sintetizados por
los animales. Deben entonces ser suministrados en la dieta.

Un mutante de Corynebacterium glutamicum produce grandes cantidades de lisina

que luego son suministrados a los alimentos de humanos y animales

Bacterias productoras de vitaminas y hormonas esteroides

Microbiology: Principles and explorations. Jacquelyn Black. 1999. Prentice Hall

 Aplicaciones de bacterias

Bacterias biorremediadoras

Degradan hidrocarburos o remueven metales pesados de ambientes contaminados

Bacterias que remueven los desechos contaminados de aguas procedentes de plantas

de residuos industriales

Microbiology: Principles and explorations. Jacquelyn Black. 1999. Prentice Hall

Archaea
5 Phyla hacen parte de Archaea
 Archaea extremos

Pyrodictium brockii 113ºC

Ferroplasma acidarmanus pH 0 - 2.5
Halobacterium salinarium 3-4 M NaCl (17-23%),
fotosintético sin clorofila (bacteriorodopsina)
Thermoplasma spp.: sin pared celular, crece a
60ºC y pH 1

No todas son extremófilas

Hay Archaea que viven en el intestino

de artropodos
 Methanobrevibacter smithii que se encuentra en intestino y vagina

Methanosphaera stadmanae que se encuentra en el intestino

Methanosphaera oralis que se encuentra en la boca

En la actualidad no hay suficiente evidencia que soporte las propiedades

patogénicas de las Archaea
 ¿Por qué debemos saber de las Archaea?
Porque juegan papel en demasiados aspectos que nos afectan, por ejemplo:

Ciclo del carbono

Industria

Biotecnología
 ¿Por qué debemos saber de las Archaea?
Porque juegan papel en demasiados aspectos que nos afectan, por ejemplo:

Ciclo del carbono

Industria

Biotecnología
Ciclo del carbono
Caltratos
Ciclo del carbono
Caltratos
Microbiomas
 Humanos y su microbioma: Metaorganismo

23.000 genes humanos

Genes humanos
Genes microbioma 90% de las células que conforman
nuestro cuerpo NO son humanas

1’000.000 genes microbioma

En nuestra boca hay por lo menos 500 especies formando biopelículas

Irie & Parsek. 2008. Quorum sensing in microbial biofilms. Bacterial biofilms. Springer Verlag. 239 pp.
http://www.earthmicrobiome.org
 http://homemicrobiome.com

https://www.anl.gov/videos/home-where-microbes-are
Celulares vs zapatos
http://hospitalmicrobiome.com
 Microbiomas
fuera de la tierra
 Cuarto limpio
Desechos

Actinobacterias

Proteobacterias Filtro

Cuarto limpio
 Geles
antibacteriales