Universidad de Illinois en Urbana-Champaign Instituto Beckman de Ciencia y Tecnología

Avanzada Teórica y Computacional Grupo de Biofísica Computacional Biofísica Taller

El uso de VMD

VMD Desarrollador: John

Stone

Colaboradores: Tutorial
Alek Aksimentiev, Anton Arkhipov, Robert Brunner, Jordi Cohen, Brijeet Dhaliwal, John
Eargle, Jen Hsin, Fatemeh Khalili, Eric H. Lee, Zan Luthey-Schulten, Patrick
O'Donoghue, Elías Roberts, Anurag Sethi, Marcos Sotomayor, Emad Tajkhorshid ,
Leonardo Trabuco, Elizabeth Villa, Yi Wang, David Wells, Dan Wright, Ying Yin

de febrero 2012
 2

Una versión actual de este tutorial está disponible en

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Disfruta el tutorial-l@ks.uiuc.edu lista de correo para obtener ayuda adicional.

CONTENIDO 3

Contenido

1 Trabajar con una sola molécula 8

1.1 Carga de una molécula. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.2 Visualización de la molécula. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.3 Representaciones gráficas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.3.1 Exploración de di ff estilos de dibujo Erent. . . . . . . . . . . . . . 10
1.3.2 Exploración de di ff métodos de coloración Erent. . . . . . . . . . . . 12
1.3.3 Viendo selecciones Erent di ff. . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.3.4 Creación de múltiples representaciones. . . . . . . . . . . . . . 14
1.4 Secuencia de extensión Visor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
1.5 Cómo guardar su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.6 Los fundamentos de la VMD Figura Rendering. . . . . . . . . . . . . . . 18
1.6.1 Ajuste del fondo de la pantalla. . . . . . . . . . . . . . . 18
1.6.2 El aumento de resolución. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
1.6.3 colores y materiales. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
1.6.4 La percepción de profundidad. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
1.6.5 Representación. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

2 trayectorias y la creación de películas 25

2.1 Carga de trayectorias. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.2 Principales herramientas de animación de menú. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.3 Visualización de trayectorias. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3.1 trayectorias suavizado. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3.2 La presentación de varias tramas. . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3.3 Actualización de selecciones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.4 Los fundamentos del movimiento de decisiones en VMD. . . . . . . . . . . . . . . . 29
2.4.1 Hacer películas de un solo cuadro. . . . . . . . . . . . . . . . . 30
2.4.2 Realización de películas trayectoria. . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

3 Scripting en VMD 32
3.1 Los fundamentos de Tcl Scripting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.2 scripting VMD. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.2.1 Cargando moléculas con comandos de texto. . . . . . . . . . 34
3.2.2 El atomselect mando. . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2.3 Obtención y cambiar las propiedades de moléculas con comandos de texto. . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . 35
3.2.4 guiones de abastecimiento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
3.3 Dibujo de formas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
CONTENIDO 4

4 Trabajando con moléculas múltiples 42

4.1 Menú principal del navegador Lista molécula. . . . . . . . . . . . . . . . . 42
4.1.1 Cargando múltiples moléculas. . . . . . . . . . . . . . . . . 42
4.1.2 cambio de nombres de molécula. . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
4.1.3 Dibujo representaciones di ff Erent para moléculas Erent di ff. 44
4.1.4 Indicadores de estado molécula. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
4.2 Alineación de moléculas con la medida de ajuste Comando. . . . . . . 46

5 La comparación de las estructuras y secuencias con MultiSeq 48

La alineación 5.1 Estructura con MultiSeq. . . . . . . . . . . . . . . . . 48
5.1.1 estructuras Cargando acuaporina. . . . . . . . . . . . . . . . 48
5.1.2 Alineación de las moléculas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
5.1.3 moléculas de colorante por su identidad estructural. . . . . . 52
5.2 Secuencia de alineación con MultiSeq. . . . . . . . . . . . . . . . . 52
5.2.1 Alineación de las moléculas y la coloración de las moléculas según el grado de
conservación. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
5.2.2 Importación de FASTA fi les para la alineación de secuencia. . . . . . 53
5.3 Árbol filogenético. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

6 Análisis de Datos en VMD 58

6.1 Etiquetas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
6.2 Ejemplo de una herramienta de análisis incorporada: la herramienta Trayectoria RMSD. 60

6.3 Ejemplo de una secuencia de comandos de análisis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

CONTENIDO 5

Introducción

VMD (VMD) es un programa de visualización y análisis molecular diseñado para sistemas biológicos tales
como proteínas, ácidos nucleicos, asambleas bicapa de lípidos, etc. Es desarrollado por el Grupo de
Teórica y Computacional Biofísica de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign. Entre los programas
de gráficos moleculares, VMD es único en su capacidad de e fi cientemente operar en varios gigabytes
trayectorias de dinámica molecular, su interoperabilidad con un gran número de paquetes de simulación de
dinámica molecular, y su integración de la estructura y secuencia de información.

Figura 1: representaciones Ejemplo VMD.

Las principales características de VMD incluyen:

• visualización molecular 3-D General con amplias métodos de dibujo y colorear

• Amplia sintaxis selección átomo para la elección de subconjuntos de átomos para la visualización

• Visualización de datos molecular dinámico

• La visualización de datos volumétricos

• Es compatible con todos los datos moleculares principales fi l formatos

• No hay límites en el número de moléculas o marcos de trayectoria, con excepción de memoria disponible

• comandos de análisis molecular

• Renderizado de alta resolución, imágenes de moléculas publicación calidad

• capacidad de creación de películas

• Construcción y Preparación de sistemas para simulaciones de dinámica molecular

• Interactivos simulaciones de dinámica molecular

• Las extensiones a los lenguajes de script Tcl / Python

• código fuente extensible escrito en C y C ++

CONTENIDO 6

Este artículo servirá como un tutorial introductorio VMD. Es imposible cubrir todas las capacidades de
VMD, pero aquí vamos a presentar varios ejemplos paso bystep de las funciones básicas del VMD. Los
temas cubiertos en este tutorial incluyen la visualización de moléculas en tres dimensiones con métodos de
dibujo di ff Erent y colorantes, haciendo figuras con calidad de publicación, animado y analizar la trayectoria
de una simulación de dinámica molecular, secuencias de comandos en la interfaz Tcl / Tk basado en texto, y
analizar tanto la secuencia y los datos de estructura de las proteínas.

descarga de VMD

Antes de mirar el tutorial es necesario descargar la versión actual de VMD. Este tutorial requiere VMD
versión 1.9 o posterior. VMD es compatible con las principales plataformas informáticas y se puede obtener
desde la página principal de desarrollo VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd. Siga las instrucciones
en línea para instalar en su ordenador VMD. Una vez instalado VMD, para empezar VMD:

• Mac OS X: Haga doble clic en el icono de la aplicación VMD en el directorio de aplicaciones.

• Linux y SUN: Tipo VMD en una ventana de terminal.

• ventanas: Seleccionar comienzo → programas → VMD.

Cuando se inicia VMD, por defecto tres ventanas se abrirán (Fig. 2): la ventana VMD principal, la ventana de
visualización OpenGL, y la ventana VMD consola (o una ventana de terminal en un Mac). Para finalizar una
sesión de VMD, vaya a la ventana VMD Principal y seleccione Expediente → Dejar. También puede salir de
VMD cerrando la ventana VMD consola o la ventana VMD principal.

Figura 2: La ventana VMD principal, la ventana de OpenGL Display, y la ventana VMD Console.
CONTENIDO 7

Los temas de aprendizaje y archivos

El tutorial contiene seis secciones. Cada sección actúa como un tutorial independiente para un tema específico,
con el diseño de sección como se muestra en Contenidos. Para los lectores que no tienen experiencia previa con
VMD, sugerimos que trabajan a través de las secciones en el orden en que se presentan. Para los lectores ya
están familiarizados con los conceptos básicos de VMD, pueden perseguir selectivamente secciones de su
interés. Varios archivos se han preparado para acompañar a este tutorial. Es necesario descargar estos archivos
a la http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd. La fi les necesaria para cada capítulo se ilustra en la Fig. 3.

1 Trabajar con una sola molécula

1ubq.pdb

2 trayectorias y la creación de películas

pulling.dcd ubiquitin.psf

3 Scripting en VMD
beta.tcl 1ubq.pdb

4 Trabajando con moléculas múltiples

1rc2.pdb 1fqy.pdb

5. La comparación de las estructuras de proteínas y secuencias con el MultiSeq Plugin

1fqy.pdb 1rc2.pdb 1lda.pdb 1j4n.pdb spinach_aqp.fasta

6 Análisis de Datos en VMD

ubiquitin.psf pulling.dcd equilibration.dcd distance.tcl

Figura 3: Los archivos que se necesitan para cada sección. Todos los archivos son con-

contenida en el VMD-tutorial-archivos carpeta, que puede ser descargado desde

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 8

1 Trabajar con una sola molécula

En esta sección aprenderá las funciones básicas de VMD. Vamos a empezar con la carga de una molécula,
mostrando la molécula y renderizar imágenes de moléculas con calidad de publicación. Esta sección se utiliza la
proteína ubiquitina como una molécula de ejemplo. La ubiquitina es una proteína pequeña responsable para el
etiquetado de proteínas para la degradación, y se encuentra en todos los eucariotas con secuencias y estructuras
casi idénticas.

1.1 Carga de una molécula

El primer paso consiste en cargar nuestra molécula. Un AP fi l, 1ubq.pdb ( Vijay-Kumar et al., JMB, 194: 531,
1987), que contiene las coordenadas atómicas de la ubiquitina se proporciona con el tutorial.

1 Iniciar una sesión de VMD. En el

VMD ventana principal, seleccione Expediente

→ Nueva molécula ... ( La Fig. 4 (a)). Otra

ventana, la ventana Explorador de archivos
molécula (Fig. 4 (b)), aparecerá en la
pantalla.

2 Utilizar el Vistazo... (Fig. 4 (c))

botón para hallar el expediente 1ubq.pdb

en VMD-tutorial-archivos directorio. Tenga en

cuenta que cuando se selecciona el archivo,

usted estará de nuevo en la ventana del

explorador de archivos molécula. Con el fin de

cargar en realidad el expediente tiene que pulsar Carga Figura 4: Carga de una molécula.

(Fig. 4 (d)). No se olvide de hacer esto!

Ahora, la ubiquitina se muestra en la ventana de visualización OpenGL. Es posible cerrar la ventana del explorador de archivo de la

molécula en cualquier momento.

Webpdb. VMD puede descargar una AP fi l de la Protein Data Bank 1 Si una conexión de red
disponible. Sólo tienes que escribir el código de cuatro letras de la proteína en la entrada de
texto Nombre de archivo de la ventana Explorador de archivos molécula y pulse el botón
Cargar. VMD lo descargará automáticamente.

1 Proteína sitio web del Banco de Datos: http://www.pdb.org

1 TRABAJO CON Una sola molécula 9

1.2 Visualización de la molécula

Con el fin de ver la estructura 3D de nuestra proteína, vamos a utilizar el ratón en múltiples modos de cambiar
el punto de vista. VMD permite a los usuarios rotar, escalar y traducir el punto de vista de su molécula.

1 En la pantalla de OpenGL, pulse

el botón izquierdo del ratón y mover el
ratón. Explorar lo que sucede.
Este es el Rota-
modo ción del ratón y le permite girar la
molécula alrededor de un eje paralelo a la
pantalla (Fig. 5 (a)).

2 Si mantiene pulsada la derecha

Figura 5: Modos de rotación. (A) ejes de rotación cuando se
botón del ratón y repita el paso anterior, la
mantiene pulsado el botón izquierdo del ratón. (B) El eje de
rotación se hará alrededor de un eje
rotación cuando mantiene pulsado el botón derecho del ratón.
perpendicular a la pantalla (Fig. 5 (b))
(Para usuarios de Mac, el derecho

botón del ratón es equivalente a mantener presionada la tecla comando mientras se presiona el botón del
ratón).

3 En la ventana principal de VMD, mira la Ratón menú (Fig. 6). Tu aquí

será capaz de conmutar el modo de ratón de Rotación a Traducción o
Escala modos.

4 Elegir el Traducción modo

y volver a la pantalla de OpenGL. Ahora
puede mover alrededor de la molécula
cuando se mantiene pulsado el botón
izquierdo del ratón.

5 Volver a la del Ratón menú

y elegir el Escala Modo de este tiempo.
Esto le permitirá ampliar o reducir al mover
el ratón horizontalmente mientras mantiene
Figura 6: modos de ratón y sus cursores
pulsado el botón izquierdo del ratón.
característicos.

Cabe señalar que estas acciones

realizado con el ratón solamente cambiar su punto de vista y no cambian las coordenadas reales de los
átomos de la molécula.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 10

Modos de ratón. Tenga en cuenta que cada modo de ratón tiene su propio cursor característica y

su propia clave de acceso directo ( r: Girar, t: Traducir,

s: Escala). Cuando se encuentra en la ventana OpenGL Display, puede utilizar estos accesos
directos en lugar del menú del ratón para cambiar el modo de ratón.

Otra opción útil es la Ratón → Centrar opción del menú. Se le permite especificar el punto alrededor del cual se
realizan las rotaciones.

6 Selecciona el Centrar elemento de menú y elegir un átomo en uno de los extremos de la

proteína; El cursor debe mostrar una cruz.

7 Ahora presiona r, girar la molécula con el ratón y ver cómo su

molécula se mueve en torno al punto que ha seleccionado.

8 En la ventana VMD principal, seleccione el Monitor → Reestablecer vista elemento de menú para

volver a la vista predeterminada. También puede restablecer la vista pulsando la tecla “=” cuando se
está en la ventana de visualización OpenGL.

1.3 Representaciones gráficas

VMD puede mostrar su molécula de diversas maneras por la Representaciones gráficas

muestra en la figura 7. Cada representación se define por cuatro parámetros principales:. la selección de
los átomos incluido en la representación, el estilo de dibujo, el método de coloración, y el material. La
selección determina que se extrae parte de la molécula, las multas método de dibujo de los cuales se utiliza
la representación gráfica, el método de coloración da la el color de cada parte de la representación, y el
material determina los ECTS e ff de la iluminación, el sombreado y la transparencia en la representación.
Vamos a explorar primera di ff estilos de dibujo Erent.

1.3.1 Exploración de di ff Erent estilos de dibujo 1 En la ventana VMD principal, elija la Gráficos → Representaciones

... menú
articulo. Una ventana llamada gráfica aparecerá Representaciones y verá resaltado en amarillo (Fig.
7 (a)) la representación por defecto actual mostrando su molécula.

2 En el Dibuje Estilo pestaña (Fig. 7 (b)) podemos cambiar el estilo (Fig. 7 (d)) y
de color (Fig. 7 (c)) de la representación. En esta sección vamos a centrarnos en el estilo de dibujo (el valor

predeterminado es Líneas).

3 Cada Método de dibujo tiene sus propios parámetros. Por ejemplo, cambiar la
Grosor de las líneas mediante el uso de los controles de la esquina del lado de mano derecha inferior (Fig.
7 (c)) de la ventana gráfica Representaciones.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 11

4 Haga clic en el Método de dibujo

(Fig. 7 (d)), y verá una lista de opciones.
Escoger VDW
(Van der Waals). Cada átomo está
representado por una esfera, lo que
permite ver más fácilmente la distribución
volumétrica de la proteína.

5 Cuando se elige VDW para

método de dibujo, dos nuevos controles
aparecerían en la esquina del lado de mano
derecha inferior (Fig. 7 (e)). Utilice estos
controles para cambiar la Escala esfera a 0.5 y
el
Resolución esfera a 13. Tenga en cuenta
que cuanto mayor sea la resolución, más
lenta será la pantalla de su molécula será.

6 presione el Defecto botón. Esta

permite volver a las propiedades por
defecto del método de dibujo seleccionado. Figura 7: La ventana gráfica Representaciones.

Las representaciones anteriores Al-

bajo que le permite ver los detalles de su proteína micromoleculares mostrando cada átomo. propiedades
estructurales más generales se pueden demostrar mejor mediante el uso de métodos de dibujo más
abstracto.

7 Elegir el Tubo estilo bajo Método de dibujo y observar la columna vertebral

de sus proteínas. Selecciona el Radio a 0.8. Usted debe obtener algo similar a la Fig. 8.

8 Al mirar a su proteína en el método de estirado de tubos, ver si se puede

distinguir las hélices, β- hojas y bobinas presentes en la proteína.

Más representaciones. Otras representaciones populares son CPK y regaliz. En CPK, como en
kits de bolas química y del palillo de edad, cada átomo está representado por una esfera y
cada enlace está representado por un cilindro delgado (radio y resolución tanto de la esfera y
el cilindro puede ser modi fi ed independientemente). El método de dibujo regaliz también
representa cada átomo como una esfera y cada enlace como un cilindro, pero el radio de la
esfera no puede ser modi fi independientemente.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 12

Figura 8: Regaliz (izquierda), el tubo (centro) y NewCartoon (derecha) representaciones de ubiquitina

El último método de dibujo vamos a explorar es NewCartoon. Se da una representación simplificada de una
proteína basada en su estructura secundaria. Las hélices se dibujan como cintas en espiral, β- hojas como flechas
continuas y todas las otras estructuras como un tubo. Este es probablemente el método más popular de dibujo para
ver la arquitectura general de una proteína.

9 En la ventana gráfica Representaciones, seleccione Método de dibujo → Nuevo-

Dibujos animados. Ahora puede identificar fácilmente el número de hélices, β- hojas y bobinas están presentes en la

proteína.

Estructura de la ubiquitina. Ubiquitina tiene tres vueltas y uno y medio de

α- hélice (residuos 23 a 34, tres de ellos hidrófobo), una pieza corta de 3 10- hélice (residuos
56 a 59) y un mezclado β- hoja con cinco filamentos (residuos 1 a 7, 10 a 17, 40 a 45, 48 a
50, y 64 a 72) y siete vueltas inversas. VMD utiliza el programa STRIDE (Frishman et al., proteínas,
23: 566, 1995) para calcular la estructura secundaria de acuerdo con un algoritmo
heurístico.

1.3.2 Exploración de métodos de coloración di ff Erent

Ahora, vamos a explorar métodos de coloración Erent di ff para nuestras representaciones.

10 En la ventana gráfica Representaciones, se puede ver que el valor predeterminado

método de coloración es Método para colorear → Nombre. En este método de coloración, si se elige un método de

dibujo que muestra los átomos individuales, se puede ver que tienen di colores ff Erent, es decir: O es de color rojo, N

es de color azul, C es ciánico y S es de color amarillo.

1 TRABAJO CON Una sola molécula 13

11 Escoger Método para colorear → ResType ( Fig. 7 (c)). Esto le permite dis-
residuos no polares guir (blanco), restos básicos (azul), residuos ácidos (rojo) y residuos polares
(verde).

12 Seleccionar Método para colorear → Estructura ( La Fig. 7 (c)) y con fi rm que la Nuevo-

Dibujos animados representación muestra colores consistentes con la estructura secundaria.

1.3.3 Viendo selecciones Erent di ff

También puede mostrar sólo las partes de la molécula que le interesa por que especifica la selección en la
ventana gráfica Representaciones (Fig. 7 (f)).

13 En la gráfica Represen-
ciones ventana, hay una Los átomos

seleccionados de entrada de texto (Fig. 7 (f)).

Eliminar la palabra todas, tipo

hélice y pulse el Aplicar botón o presione la
tecla Enter / Return en su teclado
(Recuerda hacer esto cada vez que
cambie una selección). VMD mostrará sólo
las hélices presentes en nuestra molécula.

14 En la gráfica Represen-
ciones ventana de elegir el Trozos escogidos pestaña

(Fig. 9 (a)). En la sección

Solo palabras ( La Fig. 9 (b)), se le encontrar

una lista de posibles selecciones que puede
escribir. Por ejemplo, trate de visualizar β- hojas
en lugar de hélices escribiendo la palabra
apropiada en el Los átomos seleccionados

introducción de texto.
Figura 9: Ventana de representaciones gráficas y la Trozos

Las combinaciones de operadores booleanos también se escogidos lengüeta.

pueden utilizar cuando se escribe una selección.

15 Con el fin de ver la molécula sin hélices y β- hojas, escriba el seguimiento

ing en Los átomos seleccionados: ( No hélice) y (no lámina beta). Recuerde pulsar el Aplicar botón o
presione la tecla Enter / Return en su teclado.

dieciséis En la sección Palabra Clave ( Fig. 9 (c)) de la Trozos escogidos pestaña, se puede ver propie-

lazos que se pueden utilizar para seleccionar partes de una proteína con sus valores posibles.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 14

Mira valores posibles de la palabra clave resname ( Fig. 9 (d)). Mostrar todos los lisinas y glycines
presentes en la proteína escribiendo ( resname LYS) o (resname GLY) en el Los átomos seleccionados. Lisinas
juegan un papel fundamental en la con fi guración de las cadenas de poliubiquitina.

17 Ahora, cambiar la actual representación de Método de dibujo a CPK y el

Método para colorear a ResName en el Dibuje Estilo lengüeta. En la pantalla podrá ver el Erent di ff
lisinas y Glycines.

18 En el Los átomos seleccionados tipo de entrada de texto agua. Escoger Método para colorear →

Nombre. Debería ver las 58 moléculas de agua (de hecho, sólo los oxígenos) presentes en nuestro
sistema.

19 Con el fin de ver qué moléculas de agua están más cerca de la proteína se puede
utilizar el comando dentro. Tipo agua y menos de 3 de proteínas para
Los átomos seleccionados. Esto selecciona todas las moléculas de agua que están dentro de una distancia de 3

angstroms de la proteína.

20 Por último, pruebe a escribir las siguientes selecciones en Los átomos seleccionados:

Selección Acción
proteína Muestra la proteína
resid 1 El residuo primera
(Resid 1 76) y (no agua) La primera y residuos últimos
(Resid 23 a 34) y (proteína) los α- hélice

Tabla 1: Ejemplo selecciones atómicas.

1.3.4 Creación de múltiples representaciones

El botón Crear Rep ( La Fig. 10 (a)) en la ventana gráfica Representaciones le permite crear múltiples
representaciones. Por lo tanto, se puede tener una mezcla de di ff selecciones Erent con estilos y colores
Erent di ff, todo se muestra al mismo tiempo.

21 Para la representación actual, en Los átomos seleccionados tipo proteína, selecciona el

Método de dibujo a NewCartoon y el Método para colorear a Estructura secundaria.

22 presione el crear Rep botón (Fig. 10 (a)). Debería ver que una nueva
Se crea la representación. Modificar la nueva representación para conseguir VDW como el Método de
dibujo, ResType como el Método para colorear, y resname LYS
como la selección actual.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 15

23 Repitiendo el procedimiento anterior, crear los dos nuevos repre-

taciones:

Selección Dibujo para colorear Método Método

agua Nombre CPK
resid 1 76 y el nombre de CA ColorID → 1 VDW

Tabla 2: Ejemplos de representaciones.

24 Crear la última representación

pulsando de nuevo el crear Rep botón.
Seleccionar Dibujo

Método → Navegar para el método de dibujo, Método

para colorear →

Molécula para el método de coloración, y el

tipo proteína en el Los átomos seleccionados entrada.
Para esta última representación elegir Transparente
en el Material menú desplegable (Fig. 10 (c)).
Esta representación muestra la superficie
volumétrica de proteína en transparente.

25 Tenga en cuenta que puede seleccionar y

modificar representaciones ff Erent di que

ha creado haciendo clic en una
representación para resaltarlo en amarillo.
También, se puede cambiar cada
representación de encendido / O ff
haciendo doble clic sobre él. También
puede eliminar una representación
resaltándolo y haciendo clic en el eliminar
Rep botón (Fig. 10 (b)). Al final de esta
sección, la ventana gráfica
Figura 10: representaciones múltiples de la ubiquitina.
Representaciones debe ser similar a la Fig.
10.

1.4 Secuencia de extensión Visor

Cuando se trata de una proteína para la primera vez, es muy útil para ácidos y siguientes Erent aminoácidos pantalla
di fi nd y rápidamente. La extensión espectador secuencia que permite
1 TRABAJO CON Una sola molécula dieciséis

para ver la secuencia de proteínas, así como la recolección y visualización de uno o más residuos de su elección
fácilmente.

1 En la ventana principal de VMD,

elegir el extensiones → Análisis → secuencia
Visor opción del menú. Una ventana (Fig.
11 (a)) con una lista de los aminoácidos
(Fig. 11 (e)) y sus propiedades (Fig. 11 (b)
y (c)) aparecerá en la pantalla.

2 Con el ratón, intente hacer clic

en residuos di ff Erent en la lista (Fig. 11
(e)) y ver cómo están resaltados.
Adicionalmente,

el residuo resaltado aparecerá en la ventana

de visualización de OpenGL en el método de
color amarillo y el dibujo de bonos, para que
pueda visualizar su ubicación dentro de la
proteína fácilmente.

3 Utilizando la Enfocar los controles (Fig. 11 (f))

puede visualizar la lista completa de los residuos

en la ventana. Esto es especialmente útil para

las proteínas más grandes

Figura 11: ventana VMD Secuencia.

4 Para recoger residuos múltiples, mantenga

la tecla de mayúsculas y haga clic en el

Botón del ratón. Trate destacando los residuos 11, 48, 63 y 29 (Fig. 11 (e)).

5 Mira la ventana gráfica Representaciones, usted debe encontrar una nueva

la representación con los residuos que ha seleccionado utilizando la secuencia de extensión Visor.
Puede modificar, ocultar o eliminar esta representación similar a lo que ha hecho antes.

Información sobre los residuos es un código de colores (Fig. 11 (d)) en las columnas y obtenido a partir de paso
grande. los B-valor la columna (Fig. 11 (b)) muestra el campo B-valor (factor de temperatura). los struct columna
muestra la estructura secundaria (Fig 11 (d).), donde el significado de cada letra:
1 TRABAJO CON Una sola molécula 17

T Girar
E conformación extendida ( β- hojas) B aisladas
puente H hélice alfa G 3-10 hélice I hélice Pi C Coil

Tabla 3: códigos de estructura secundaria utilizados por paso.

1.5 Cómo guardar su trabajo

Los puntos de vista y las representaciones que se han creado utilizando VMD se pueden guardar como un
estado de VMD. Este estado VMD contiene toda la información necesaria para reproducir la misma sesión de
VMD sin perder lo que has hecho.

1 Ir a la ventana de visualización OpenGL, utilizar el ratón para encontrar una buena vista de

la proteína. Vamos a guardar este punto de vista usando VMD ViewMaster.

2 En la ventana VMDMain, seleccione Extensión → Visualización → ViewMaster.

Esto abrirá la ventana VMD ViewMaster.

3 En la ventana VMD ViewMaster, haga clic en el Crear nuevo botón. Ahora

de haber guardado el punto de vista de pantalla OpenGL.

4 Volver a la ventana de visualización OpenGL, utilizar el ratón para hallar otra

bonita vista. Si lo desea, también puede añadir / eliminar / modificar una representación en la
ventana gráfica Representaciones. Cuando haya encontrado una buena vista, puede volver a
guardarlo por volver a la ventana VMD ViewMaster y hacer clic en el crean NUEVO botón.

5 Crear tantos puntos de vista como desee repitiendo el paso anterior. Tú

se puede ver que en la ventana VMD ViewMaster, todos sus puntos de vista se muestran como
miniaturas. Usted puede ir a un punto de vista previamente guardado haciendo clic en su miniatura.

6 Ahora vamos a guardar toda la sesión de VMD. En la ventana principal de VMD,

elegir el Expediente → Guardar Visualización Estado opción del menú. Escribe un nombre apropiado (por
ejemplo, myfirststate.vmd) y guardarlo. El estado de VMD fi l
myfirststate.vmd contiene toda la información que necesita para restaurar la sesión de VMD,

incluyendo los puntos de vista y las representaciones. Para cargar un estado guardado VMD, iniciar una

nueva sesión de VMD y en la ventana VMD main Expediente → Estado de carga.

7 Dejar de VMD.
1 TRABAJO CON Una sola molécula 18

1.6 Los fundamentos de VMD Figura Rendering

Uno de los muchos puntos fuertes de VMD es su capacidad para hacer de alta resolución, imágenes de moléculas

publicationquality. En esta sección vamos a introducir algunos conceptos básicos de la prestación fi gura en VMD.

1.6.1 Ajuste del fondo de la pantalla

Antes de dibujar una figura, que quiere asegurarse de configurar el fondo de pantalla OpenGL de la manera
deseada. Casi todos los aspectos de la pantalla OpenGL son ajustables por el usuario, incluyendo el color
de fondo.

1 Iniciar una nueva sesión de VMD. Carga el 1ubq.pdb fi l en el VMD-tutorial-archivos

directorio siguiendo los pasos descritos en la sección 1.1.

2 En la ventana VMD principal, seleccione Gráficos → Colores. . . . El color Con-

ventana de controles debe aparecer. Mira a través de la categorías lista. Todos los colores de la pantalla, por ejemplo,

los colores de átomos Erent di ff cuando coloreado por nombre, se establecen aquí.

3 Ahora vamos a cambiar el color de fondo. En categorías, seleccionar Monitor. En

nombres, seleccionar Antecedentes. Por último, seleccione 8 blanco en Colores. Su OpenGL de pantalla debe

tener ahora un fondo blanco.

4 Al hacer una figura, a menudo no queremos incluir los ejes. para activar
de los ejes, seleccione Monitor → ejes → O ff en la ventana VMD principal.

1.6.2 El aumento de resolución

Todos los objetos VMD se dibujan con una resolución ajustable, permitiendo a los usuarios para equilibrar finura de

detalle con la velocidad de dibujo.

5 Abrir la ventana a través de la representación gráfica Gráficos → representación

ciones ... en el menú principal VMD. Modificar la representación por defecto para mostrar sólo la
proteína, y mostrarlo usando el método de dibujo VDW.

6 Zoom en uno o dos de los átomos, ya sea mediante el uso de la rueda de desplazamiento

el puntero del ratón, o mediante el uso Ratón → Modo de escala ( atajo s).
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recorte de OpenGL. Usted puede notar que a medida que uno se acerca a un átomo cada vez
más cerca, el átomo podría ser cortado o FF por un plano de delimitación invisible, lo que hace
di fi culto a centrarse en un solo átomo. Esta es una característica de OpenGL. Se puede mover
el plano de delimitación más cerca de ti, haciendo lo siguiente: pasar el modo de ratón para el
modo Traducir, o bien pulsando la tecla de acceso directo “t” en la ventana de OpenGL o
mediante la selección de Ratón → Traducir modo, y arrastre el puntero del ratón en la ventana
OpenGL mientras mantiene pulsado el botón derecho del ratón. Ahora puede mover el plano de
corte más cerca de ti, o lejos de ti. Si esto no funciona, aquí es una forma alternativa: en la
ventana VMD principal, elija Display → Configuración de pantalla. . . ; en la ventana de
configuración de la pantalla que se muestra, se puede ver muchas opciones de OpenGL se
puede ajustar; disminuir el valor de Cerca del clip, este se moverá el recorte más cerca de
OpenGL, lo que permite hacer zoom en átomos individuales sin recorte ellos o FF.

7 Tenga en cuenta que con la configuración de resolución predeterminada, los átomos “esféricas”

no están mirando muy esférica. En la ventana gráfica Representaciones, haga clic en la

representación se configura antes de la proteína para resaltarlo en amarillo. Intente ajustar la Resolución
esfera establecer a algo más alto, y ver que es lo di ff rencia se puede hacer. (Ver Fig. 12.)

Muchos de los métodos de dibujo tienen una configuración de resolución. Trate de unos métodos de dibujo Erent

di ff y ver cómo se puede aumentar fácilmente sus resoluciones. Cuando la producción de imágenes, puede aumentar

la resolución hasta que se deja de hacer un rencia di ff visible.

1.6.3 Colores y materiales 8 Usted puede haber notado la Material menú en las representaciones gráficas

ventana (que por defecto se dibuja con Opaco material). Seleccione la representación de proteínas
que haya hecho antes, y experimentar con los materiales di ff Erent en el Material menú.

9 Además de los materiales pre-definido en el Material menú, VMD también permite

los usuarios crear sus propios materiales. Para hacer un nuevo material, en la ventana VMD main Gráficos
→ Materiales. . . . En la ventana que aparece Materiales, verá una lista de los materiales que acaba
de intentar salir, y sus configuraciones ajustables. Haga clic en el Crear nuevo botón. Un nuevo
material,
material 12 se creará. Darle los ajustes siguientes:

10 Volver a la ventana gráfica Representaciones. En el Material menú,

puedes ver eso material 12 ahora está en la lista. Trate de usar material 12 para una representación
y ver lo que parece.
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(A) de baja resolución: Resolución esfera ajustado (B) de alta resolución: Resolución esfera establece
a8 en 28

Figura 12: El e ff ect de la configuración de resolución.

Ajuste Valor
Ambiente 0.30
uso di ff 0.30
De espejo 0.90
brillo 0.50
Opacidad 0.95

Tabla 4: Ejemplo fi material de Ned-de usuario.

GLSL. Ahora es un buen momento para probar el GLSL Render Mode, si el equipo lo admite.
En la ventana VMD principal, seleccione Mostrar → Modo de renderizado → GLSL. Este modo
utiliza la tarjeta gráfica 3D para renderizar la escena con el trazado de rayos en tiempo real de
las esferas y transparencia alfa-mezclado; véase la Fig. 13 para un ejemplo.

11 Si el equipo es compatible GLSL modo de procesado, se puede tratar de reproducir

La Fig. 13 (b). Primero encienda el modo de representación GLSL seleccionando Monitor

→ Modo de renderizado → GLSL en la ventana VMD principal.

12 Modificar material 12 a ser más transparentes mediante la introducción de los siguientes valores

en la ventana de Materiales:

13 Ocultar todas sus representaciones actuales y crear los dos siguientes repre-
resentations:
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(A) El material transparente por defecto. (B) A fi material de Ned-de usuario.

Figura 13: Ejemplos de configuración del material Erent di ff.

Ajuste Valor
Ambiente 0.30
uso di ff 0.50
De espejo 0.87
brillo 0.85
Opacidad 0.11

Tabla 5: Ejemplo de un material más transparente.

Selección de material de dibujo para colorear Método Método

proteína Estructura NewCartoon Opaco
proteína ColorID → 8 Surf blanco material 12

Tabla 6: Ejemplo de representaciones dibujadas con materiales Erent di ff.

1.6.4 La percepción de profundidad

Dado que los sistemas que nos ocupan son tridimensionales, VMD tiene múltiples formas de representar la
tercera dimensión. En esta sección, vamos a explorar cómo utilizar VMD para mejorar u ocultar la percepción
de profundidad.

14 La primera cosa a considerar es fi el modo de proyección. En el VMD Principal

ventana, haga clic en el Monitor menú. Aquí podemos elegir Perspectiva o