Con la muerte de Torrijos (1981), que seguía como comandante en jefe de
la Guardia Nacional, el régimen entró en una etapa de inestabilidad: se sucedieron, entre otros. A. Royo (1978-1982), Ricardo de la Espriella (1982-1984), Jorge Illueca (1984), Nicolás Ardito Barletta (1984-1985), Eric Arturo Delvalle (1985-1988).
Guillermo Endara venció en las elecciones legislativas de 1989, pero los
resultados fueron anulados por el General Noriega, que nombró un Gobierno provisional. Tras la intervención militar estadounidense en diciembre de 1989, Endara tomó posesión nuevamente de la presidencia y Noriega fue conducido a EE.UU., donde fue juzgado y condenado a 40 años de cárcel por narcotráfico. Con el país sumergido en una profunda crisis económica Ernesto Pérez Balladares, candidato del torrijista Partido Revolucionario Democrático, venció en las presidenciales de 1994 y llevó a cabo un programa de recuperación total de la soberanía del canal.
En septiembre de 1997 el cuartel general del Comando Sur de EE.UU. en
Quarrv Heights, en la Zona del Canal, se trasladó a Miami, como primer paso para la devolución del canal a Panamá.
Durante el mandato de Mireya Moscoso, viuda de Amulfo Arias y elegida
presidenta del gobierno de la República de Panamá en 1999, EE.UU. renunció al arriendo, retiró sus tropas de la Zona del Canal y traspasó a Panamá la gestión de la vía de agua el 31 de diciembre de 1999.