Sunteți pe pagina 1din 4

1

Guia Base de datos physionet y physiobank


Juan Camilo Sandoval,u5600056@unimilitar.edu.co
Diana Paola Prada,u5600082@unimilitar.edu.co

Resumen : En el presente artículo se va a desarrollar el modelos matematicos que, dependiendo del comportamiento
manual de usuario de la herramienta Physiobank la cual es una de una señal, caracterizar la misma, es decir saber cunado
base de datos de señales digitales fisiológicas que ayuda a las esta tiene una anomalia etc.
investigaciones biomédicas previas a realizar de forma libre,de
manera que envía resultados para su debida realimentación. II. PROCEDIMIENTO
De modo que dentro del manual irán definidas casa una de las
partes que posee el programa así como las aplicaciones que Para empezar, se va a acceder a las paginas de base de
ofrece el uso de sus bases de datos. datos physionet y pyshiobank (las cuales estan netamente
conectadas), en donde se procedera a realizar una guia sencilla
de como manejar estas dos plataformas, con el fin de lograr
Palabras Claves: Bases de datos, Cajero Automático, Diseño, un facil accesos a las mismas, y poder navegar en las bases
lightWave, Registro, Ondas. de datos que brindan de una manera correcta e eficaz, y por
otra parte para tener conocimiento de en que consiste cada
parametro para buscar una señal especifica y los diferentes
Abstract—This article will develop the user’s manual of the metodos que exisiten para dicha labor.
Physiobank tool which is a database of digital physiological
signals that helps previous biomedical research to be performed
freely so that it sends results for proper feedback. So that within III. R ESULTADOS
the manual will be defined house one of the parts that has the Como resultados de analizar el dominio web de physionet,
program as well as the applications that offers the use of its
databases. se puede obtener que:

A. PHYSIONET
Index Terms—Databases, ATM, Design, lightWave, Registration, Physionet es una herramienta de que contiene bases de datos
Waves.
fisiológicas recolectadas clínicas, cuenta con los siguientes
tipos de datos:
I. INTRODUCCIÓN 1) Base de datos clínicos: puede contener la información
En primer lugar, Una base de datos es una información de una población específica, en donde se realizaron mediciones
organizada de forma que un programa computarizado, pueda de signos vitales, pruebas de laboratorio, procedimientos clíni-
seleccionar el/los datos que se requieran, ya sea una columna, cos, medicamentos administrados, y los informes de dicho
o un tipo de dato en especifico [1], las bases de datos en caso.
su inicio eran las mismas bibliotecas, en donde capturaban 2) Base de datos de señales fisiológicas: Son el resultado
información como por ejemplo los datos de censos, las muertes de monitoreo continuo de diferentes tipos de onda a un
de personas generadas por una catastrofe etc. Sin embargo, paciente específico, es decir este puede contener una patología
cuando aparece la era del primer computador, se liga la o de cuidados intensivos,etc. Algunos de estos datos pueden
definción de base de datos con la rama informatica, una ser:
evolución importante se dio en los años 60 en donde utilizaban 3) Ondas ECG: contiene formas de onda con arritmia, con
discos para almacenar toda esa informacion, posteriormente aplicación de un tipo de medicamento, también pueden pre-
en la decada de los 80 SQL se emepezó a implementar ya sentarse el caso que una onda tenga anotaciones clínicas como
que su almacenamiento se realizaba por medio de una tabla por ejemplo puntos en el trazado que indican la detección de
dinamica virtual[2]. Actualmente las bases de datos se utilizan un pico R, análisis de segmentos particulares etc.
con el fin de agilizar el proceso estadistico, o lograr hacer 4) Datos cardiovasculares: Contienen mediciones de sat-
varias prediciones segun sea el caso, incluso, se han llegado uración de oxígeno, sonido de datos cardiacos fetales
a utilizar bases de datos para entrenar redes neuronales. El (perteneciente a la universidad de shiraz) y presión arterial
aporte de las bases de datos en la medicina tuvo como lugar de ratas sensibles a la sal (18 minutos en total).
a poder crear historias clinicas, en donde cada hospital pueda 5) Datos marcha y equilibrio: Cuenta con casos clínicos de
contar con el acceso a la información de cada paciente sin paciente que por una enfermedad degenerativa pueden sufrir
necesidad de acudir a un familiar, esto con el fin de mejorar algún tipo de alteración en la marcha como por ejemplo
el servicio en un caso de una emergencia. En el ambito de parkinson , sin embargo también cuenta con datos de marcha
procesamenito de señales, se pueden utilizar para generar y equilibrio de pacientes sanos (de 3 años en adelante)
2

6) Base de datos radioeléctricas y mioeléctricas: En esta series temporales de ‘Physiobank’, junto con sus anotaciones.
sección podemos encontrar no solo EEG si no MMG (mag- Funciona con cualquier navegador y NO requiere instalación
netoencefalografía), así como el estudio de estas señales en los dispositivos del usuario.
cuando el paciente realiza diferentes tareas, como por ejemplo 1) ¿Cómo Utilizarlo?: En la pestaña Elegir entrada, selec-
aritmética mental, cuando se aplica una estimulación etc. Por cione una de las bases de datos de PhysioBank.
otra parte, en la parte de EMG cuentan con estudios realizados Una vez que haya elegido una base de datos, aparecerá un
en las lagunas de voluntarios, y de la respuesta neuromuscular selector de registros. Seleccione un registro.
de tres pacientes (uno sin enfermedad neuromuscular, otro con Una vez que haya elegido un registro, se abre el panel
miopatía y otro con neuropatía). Ver/editar de LightWAVE, mostrando los primeros 10 segun-
7) Base de datos radioeléctricas y mioeléctricasmodo: En dos del registro.
esta sección podemos encontrar no solo EEG si no MMG 2) Controles: Para saber como funciona cualquier control,
(magnetoencefalografía), así como el estudio de estas señales mueva el puntero encima y una breve descripción aparecerá
cuando el paciente realiza diferentes tareas, como por ejemplo después de un intervalo. Luego, haga un click en una ficha
aritmética mental, cuando se aplica una estimulación etc. Por para abrirla:
otra parte, en la parte de EMG cuentan con estudios realizados Seleccionar Entrada, vuelva aquí para seleccionar un reg-
en las lagunas de voluntarios, y de la respuesta neuromuscular istro diferente.
de tres pacientes (uno sin enfermedad neuromuscular, otro con Ver/Editar, este panel contiene controles de navegación e
miopatía y otro con neuropatía). indicadores a lo largo de su borde superior. Como: Buscar,
8) Base de datos de imágenes: Principalmente corresponde Encontrar, Arriba, Abajo e Igual.
a imágenes de angiografía por resonancia magnética. Mesas, ver detalles sobre el registro, incluyendo representa-
9) Base de datos sintéticos: Corresponden a señales simu- ciones de texto de las anotaciones y señales digitalizadas.
ladas tanto de ECG fetal como de fonocardigraficas fetales. Ayuda, el botón de ayuda principal se muestra en la página
10) Otros tipos de datos: se cuenta con las siguientes
señales: movimientos complejos de las extremidades supe-
riores, bioradiación del sueño, pulsación de teclas rápidas,
datos de voz, mapas de presión según la postura en una cama,
estimación cuantitativa de la deshidratación.

B. PHYSIOBANK DATABASES
Contiene más de 90 mil grabaciones de señales fisiológicas
digitalizadas y series de tiempo organizadas en bases de datos.
De manera que enumera todas las posibles bases de datos
disponibles de acuerdo al tipo de señales.
Para ver y exportar el sistema ofrece dos herramientas
denominadas ‘LightWAVE’ Y el ‘Cajero automático’ de modo
que este último ofrece una caja de herramientas para la
exploración y explotación de datos permitiéndole obtener hasta
100,000 muestras de señales digitales en formato de texto, y
Figure 1. Interfaz del Programa LightWAVE.
también genera una forma de onda ralentizada que puede ser
En la figura número 1, se puede ver una ECG generada con el
visible en ordenadores antiguos. Y LightWAVE que utiliza
programa ligthWAVE, en donde esta corresponde a un ritmo
javaScript ofrece gráficos vectoriales más rápidos y de alta
sinusal, se puede apreciar que en cada pico R, se traza una
calidad.
En el momento de la descarga, se recomienda hacer uso línea azul, esto indica que la señal ya fue procesada.
de los espejos de PhysioNet si su conexión al servidor web
maestro de PhysioNet es lenta. Así mismo el ‘Cajero au- D. PHYSIOBANK ATM
tomático’ permite empaquetar todos los archivos asociados con Es el navegador de bases de datos con el que cuenta
los registros individuales en un archivo tar o zip. pyhisionet(ver imagen N), con este podemos visualizar la onda
Una base de datos es simplemente una colección de Reg- que se desea (de las nombradas anteriormente, para seleccionar
istros disponible en un conjunto de archivos, en este caso, la señal a analizar, se debe tener en cuenta los diferentes
consisten en números relativamente pequeños de registros parámetros que se deben de rellenar:
que pueden ser bastante grandes dependiendo el caso. Un 1) Entrada: Se debe colocar que base de datos queremos
registro consta de al menos tres archivos, que son nombrados analizar, se refiere más a la muestra, es decir por ejemplo,
utilizando el nombre del registro seguido de distintos sufijos un ECG en la parte abdominal, un monitoreo de las ondas
(extensiones) que indican su contenido. cerebrales durante un entrenamiento etc. El récord, hace
referencia a la muestra de dicha base de datos, la señal, es
C. LIGHTWAVE el lugar específico de dicha muestra como por ejemplo un
Es un visor y editor de forma de onda. Utilizado para visu- lugar anatómico (en el caso de una señal específica), o la onda
alizar cualquiera de las grabaciones de señales fisiológicas y fisiológica en si (como por ejemplo un ECG).
3

2) Salida: Se divide en tres parámetros, los cuales van cuales no proporciona como por ejemplo en bases de datos
desde el tiempo que se desea tomar la muestra, el formato se que tengan que ver con datos del sueño, señales cerebrales
relaciona a cómo se emitieron los datos, y por último podemos de personas con trastornos mentales,marcha de personas, etc.
escoger las tipos de datos, si de alta precisión, e incluso Lo que para el desarrollo de una investigación que abarque
podemos decidir ver la onda antes de generar el procesamiento. dicho campo sería un proceso más demorado ya que se
3) Toolbox: Su principal función es decidir de cómo se requiere adquirir más señales o empezar de cero. Por otra parte
van a presentar los datos, es decir podemos escoger ver toda cuando se quiere realizar una búsqueda muy específica de una
la onda completa, o solo los datos de los picos R-R(en caso señal physiobank nos proporciona un fichero de texto, y un
de ECG), si queremos exportarlos a un archivo CSV, hasta software (pbsearch), en donde se puede realizar todo lo que
mostrar el texto original de la onda. explico anteriormente en resultados, pero esta vez en forma
4) Navegación: Sirve para recorrer los diferentes tipos de de “código”, y de una manera mucho más específica, es decir
datos de la base de datos seleccionada, así como actualizar la se puede seleccionar si se quiere un paciente de cierta edad, o
salida si se decidió cambiar algun parametro como por ejemplo de un sexo en particular, el tiempo de donde arranca la onda
la longitud. etc,sto se puede ver en la figura 4.

Figure 4. Busqueda con el software pbsearch


En la figura 4, se puede ver la busqueda sepecifica de un ECG,
de un paciente determinado, con unas caractersiticas de ondas
que se especifican en el corte, es decir va de 1 a 6 segundos.

Figure 2. Interfaz WEB de PHYSIOBANK.


En la figura 2, se puede ver el GUI que ofrece physiobank
para buscar la forma de onda o examen deseado.
Figure 5. Busqueda con el software pbsearch
En la figura 5, Es el resultado de la busqueda en el software
pbsearch, es decir este arroja el numero del fichero que peude
contener lo que se esta buscando.

V. CONCLUSIONES
- Podemos decir que la herramienta Physionet nos permite
simular varias aplicaciones médicas para ver su respuesta en
diversos ámbitos de aplicación, por lo cual al contar con una
base de datos no tenemos que implementar nuestras entradas
desde el inicio.
-Se puede generar una investigación de manera mas rapida,
ya que se pueden utilizar ondas fisiologicas que esten en la
Figure 3. Presión parcial de oxígeno utilizando el ATM.
base de datos de physionet y no tener que ir al campo a
En la figura 3, se puede observar la presión parcial de un conseguir dichas señales.
paciente, en donde por medio dela interfaz de la figura 2, se -Se logro realizar una guia en la cual se plasme todos
genera la onda que se observa en dicha imagen. las funciones y parametros con las que cuenta physionet y
pyhsiobank, con el fin de poder negavegar de una manera facil
IV. ANÁLISIS DE RESULTADOS y correcta por la base de datos.
Para empezar, el manejo de las bases de datos es de forma
sencilla, ya que en los parámetros que se requieren de entrada R EFERENCES
son específicos y claros, es decir, no hay ningún parámetro [1] Concepto.de. (2019). Base de Datos: Concepto, Tipos y Ejemplos. [on-
que se pueda tornar confuso, sin embargo, las bases de datos line] Available at: https://concepto.de/base-de-datos/ [Accessed 30 Aug.
de algunas patologías son un poco limitadas, es decir para el 2019].
[2] Histinf.blogs.upv.es. (2019). Historia de las Bases de
campo de señales comunes como ECG, EMG, physionet nos Datos – Historia de la Informática. [online] Available at:
brinda una amplia rama de posibles variaciones de onda, las https://histinf.blogs.upv.es/2011/01/04/historia-de-las-bases-de-datos/
4

[3] Archive.physionet.org. (2019). About PhysioBank. [online] Available at:


https://archive.physionet.org/physiobank/about.shtml [Accessed 30 Aug.
2019].
[4] Archive.physionet.org. (2019). Finding records in PhysioBank. [online]
Available at: https://archive.physionet.org/physiobank/database/pbi/ [Ac-
cessed 30 Aug. 2019].
[5] Archive.physionet.org. (2019). LightWAVE 0.68. [online] Available at:
https://archive.physionet.org/lightwave/ [Accessed 30 Aug. 201
[6] Archive.physionet.org. (2019). PhysioBank Annotations. [online] Avail-
able at: https://archive.physionet.org/physiobank/annotations.shtml [Ac-
cessed 30 Aug. 2019].
[7] Archive.physionet.org. (2019). PhysioBank ATM. [online] Available at:
https://archive.physionet.org/cgi-bin/atm/ATM [Accessed 30 Aug. 2019].
[8] Physionet.org. (2019). PhysioNet Databases. [online] Available at:
https://physionet.org/about/database/ [Accessed 30 Aug. 2019].