1
Guia Base de datos physionet y physiobank
Juan Camilo Sandoval,u5600056@unimilitar.edu.co
Diana Paola Prada,u5600082@unimilitar.edu.co
Resumen : En el presente artículo se va a desarrollar el
manual de usuario de la herramienta Physiobank la cual es una
base de datos de señales digitales fisiológicas que ayuda a las
investigaciones biomédicas previas a realizar de forma libre,de
manera que envía resultados para su debida realimentación.
De modo que dentro del manual irán definidas casa una de las
partes que posee el programa así como las aplicaciones que
ofrece el uso de sus bases de datos.
Palabras Claves: Bases de datos, Cajero Automático, Diseño,
lightWave, Registro, Ondas.
Abstract—This article will develop the user’s manual of the
Physiobank tool which is a database of digital physiological
signals that helps previous biomedical research to be performed
freely so that it sends results for proper feedback. So that within
the manual will be defined house one of the parts that has the
program as well as the applications that offers the use of its
databases.
Index Terms—Databases, ATM, Design, lightWave, Registration,
Waves.
I. INTRODUCCIÓN
En primer lugar, Una base de datos es una información
organizada de forma que un programa computarizado, pueda
seleccionar el/los datos que se requieran, ya sea una columna,
o un tipo de dato en especifico [1], las bases de datos en
su inicio eran las mismas bibliotecas, en donde capturaban
información como por ejemplo los datos de censos, las muertes
de personas generadas por una catastrofe etc. Sin embargo,
cuando aparece la era del primer computador, se liga la
definción de base de datos con la rama informatica, una
evolución importante se dio en los años 60 en donde utilizaban
discos para almacenar toda esa informacion, posteriormente
en la decada de los 80 SQL se emepezó a implementar ya
que su almacenamiento se realizaba por medio de una tabla
dinamica virtual[2]. Actualmente las bases de datos se utilizan
con el fin de agilizar el proceso estadistico, o lograr hacer
varias prediciones segun sea el caso, incluso, se han llegado
a utilizar bases de datos para entrenar redes neuronales. El
aporte de las bases de datos en la medicina tuvo como lugar
a poder crear historias clinicas, en donde cada hospital pueda
contar con el acceso a la información de cada paciente sin
necesidad de acudir a un familiar, esto con el fin de mejorar
el servicio en un caso de una emergencia. En el ambito de
procesamenito de señales, se pueden utilizar para generar
modelos matematicos que, dependiendo del comportamiento
de una señal, caracterizar la misma, es decir saber cunado
esta tiene una anomalia etc.
II. PROCEDIMIENTO
Para empezar, se va a acceder a las paginas de base de
datos physionet y pyshiobank (las cuales estan netamente
conectadas), en donde se procedera a realizar una guia sencilla
de como manejar estas dos plataformas, con el fin de lograr
un facil accesos a las mismas, y poder navegar en las bases
de datos que brindan de una manera correcta e eficaz, y por
otra parte para tener conocimiento de en que consiste cada
parametro para buscar una señal especifica y los diferentes
metodos que exisiten para dicha labor.
III. R ESULTADOS
Como resultados de analizar el dominio web de physionet,
se puede obtener que:
A. PHYSIONET
Physionet es una herramienta de que contiene bases de datos
fisiológicas recolectadas clínicas, cuenta con los siguientes
tipos de datos:
1) Base de datos clínicos: puede contener la información
de una población específica, en donde se realizaron mediciones
de signos vitales, pruebas de laboratorio, procedimientos clíni-
cos, medicamentos administrados, y los informes de dicho
caso.
2) Base de datos de señales fisiológicas: Son el resultado
de monitoreo continuo de diferentes tipos de onda a un
paciente específico, es decir este puede contener una patología
o de cuidados intensivos,etc. Algunos de estos datos pueden
ser:
3) Ondas ECG: contiene formas de onda con arritmia, con
aplicación de un tipo de medicamento, también pueden pre-
sentarse el caso que una onda tenga anotaciones clínicas como
por ejemplo puntos en el trazado que indican la detección de
un pico R, análisis de segmentos particulares etc.
4) Datos cardiovasculares: Contienen mediciones de sat-
uración de oxígeno, sonido de datos cardiacos fetales
(perteneciente a la universidad de shiraz) y presión arterial
de ratas sensibles a la sal (18 minutos en total).
5) Datos marcha y equilibrio: Cuenta con casos clínicos de
paciente que por una enfermedad degenerativa pueden sufrir
algún tipo de alteración en la marcha como por ejemplo
parkinson , sin embargo también cuenta con datos de marcha
y equilibrio de pacientes sanos (de 3 años en adelante)

6) Base de datos radioeléctricas y mioeléctricas: En esta
sección podemos encontrar no solo EEG si no MMG (mag-
netoencefalografía), así como el estudio de estas señales
cuando el paciente realiza diferentes tareas, como por ejemplo
aritmética mental, cuando se aplica una estimulación etc. Por
otra parte, en la parte de EMG cuentan con estudios realizados
en las lagunas de voluntarios, y de la respuesta neuromuscular
de tres pacientes (uno sin enfermedad neuromuscular, otro con
miopatía y otro con neuropatía).
7) Base de datos radioeléctricas y mioeléctricasmodo: En
esta sección podemos encontrar no solo EEG si no MMG
(magnetoencefalografía), así como el estudio de estas señales
cuando el paciente realiza diferentes tareas, como por ejemplo
aritmética mental, cuando se aplica una estimulación etc. Por
otra parte, en la parte de EMG cuentan con estudios realizados
en las lagunas de voluntarios, y de la respuesta neuromuscular
de tres pacientes (uno sin enfermedad neuromuscular, otro con
miopatía y otro con neuropatía).
8) Base de datos de imágenes: Principalmente corresponde
a imágenes de angiografía por resonancia magnética.
9) Base de datos sintéticos: Corresponden a señales simu-
ladas tanto de ECG fetal como de fonocardigraficas fetales.
10) Otros tipos de datos: se cuenta con las siguientes
señales: movimientos complejos de las extremidades supe-
riores, bioradiación del sueño, pulsación de teclas rápidas,
datos de voz, mapas de presión según la postura en una cama,
estimación cuantitativa de la deshidratación.
B. PHYSIOBANK DATABASES
Contiene más de 90 mil grabaciones de señales fisiológicas
digitalizadas y series de tiempo organizadas en bases de datos.
De manera que enumera todas las posibles bases de datos
disponibles de acuerdo al tipo de señales.
Para ver y exportar el sistema ofrece dos herramientas
denominadas ‘LightWAVE’ Y el ‘Cajero automático’ de modo
que este último ofrece una caja de herramientas para la
exploración y explotación de datos permitiéndole obtener hasta
100,000 muestras de señales digitales en formato de texto, y
también genera una forma de onda ralentizada que puede ser
visible en ordenadores antiguos. Y LightWAVE que utiliza
javaScript ofrece gráficos vectoriales más rápidos y de alta
calidad.
En el momento de la descarga, se recomienda hacer uso
de los espejos de PhysioNet si su conexión al servidor web
maestro de PhysioNet es lenta. Así mismo el ‘Cajero au-
tomático’ permite empaquetar todos los archivos asociados con
los registros individuales en un archivo tar o zip.
Una base de datos es simplemente una colección de Reg-
istros disponible en un conjunto de archivos, en este caso,
consisten en números relativamente pequeños de registros
que pueden ser bastante grandes dependiendo el caso. Un
registro consta de al menos tres archivos, que son nombrados
utilizando el nombre del registro seguido de distintos sufijos
(extensiones) que indican su contenido.
C. LIGHTWAVE
Es un visor y editor de forma de onda. Utilizado para visu-
alizar cualquiera de las grabaciones de señales fisiológicas y
2
series temporales de ‘Physiobank’, junto con sus anotaciones.
Funciona con cualquier navegador y NO requiere instalación
en los dispositivos del usuario.
1) ¿Cómo Utilizarlo?: En la pestaña Elegir entrada, selec-
cione una de las bases de datos de PhysioBank.
Una vez que haya elegido una base de datos, aparecerá un
selector de registros. Seleccione un registro.
Una vez que haya elegido un registro, se abre el panel
Ver/editar de LightWAVE, mostrando los primeros 10 segun-
dos del registro.
2) Controles: Para saber como funciona cualquier control,
mueva el puntero encima y una breve descripción aparecerá
después de un intervalo. Luego, haga un click en una ficha
para abrirla:
Seleccionar Entrada, vuelva aquí para seleccionar un reg-
istro diferente.
Ver/Editar, este panel contiene controles de navegación e
indicadores a lo largo de su borde superior. Como: Buscar,
Encontrar, Arriba, Abajo e Igual.
Mesas, ver detalles sobre el registro, incluyendo representa-
ciones de texto de las anotaciones y señales digitalizadas.
Ayuda, el botón de ayuda principal se muestra en la página
Figure 1. Interfaz del Programa LightWAVE.
En la figura número 1, se puede ver una ECG generada con el
programa ligthWAVE, en donde esta corresponde a un ritmo
sinusal, se puede apreciar que en cada pico R, se traza una
línea azul, esto indica que la señal ya fue procesada.
D. PHYSIOBANK ATM
Es el navegador de bases de datos con el que cuenta
pyhisionet(ver imagen N), con este podemos visualizar la onda
que se desea (de las nombradas anteriormente, para seleccionar
la señal a analizar, se debe tener en cuenta los diferentes
parámetros que se deben de rellenar:
1) Entrada: Se debe colocar que base de datos queremos
analizar, se refiere más a la muestra, es decir por ejemplo,
un ECG en la parte abdominal, un monitoreo de las ondas
cerebrales durante un entrenamiento etc. El récord, hace
referencia a la muestra de dicha base de datos, la señal, es
el lugar específico de dicha muestra como por ejemplo un
lugar anatómico (en el caso de una señal específica), o la onda
fisiológica en si (como por ejemplo un ECG).

2) Salida: Se divide en tres parámetros, los cuales van
desde el tiempo que se desea tomar la muestra, el formato se
relaciona a cómo se emitieron los datos, y por último podemos
escoger las tipos de datos, si de alta precisión, e incluso
podemos decidir ver la onda antes de generar el procesamiento.
3) Toolbox: Su principal función es decidir de cómo se
van a presentar los datos, es decir podemos escoger ver toda
la onda completa, o solo los datos de los picos R-R(en caso
de ECG), si queremos exportarlos a un archivo CSV, hasta
mostrar el texto original de la onda.
4) Navegación: Sirve para recorrer los diferentes tipos de
datos de la base de datos seleccionada, así como actualizar la
salida si se decidió cambiar algun parametro como por ejemplo
la longitud.
Figure 2. Interfaz WEB de PHYSIOBANK.
En la figura 2, se puede ver el GUI que ofrece physiobank
para buscar la forma de onda o examen deseado.
Figure 3. Presión parcial de oxígeno utilizando el ATM.
En la figura 3, se puede observar la presión parcial de un
paciente, en donde por medio dela interfaz de la figura 2, se
genera la onda que se observa en dicha imagen.
IV. ANÁLISIS DE RESULTADOS
Para empezar, el manejo de las bases de datos es de forma
sencilla, ya que en los parámetros que se requieren de entrada
son específicos y claros, es decir, no hay ningún parámetro
que se pueda tornar confuso, sin embargo, las bases de datos
de algunas patologías son un poco limitadas, es decir para el
campo de señales comunes como ECG, EMG, physionet nos
brinda una amplia rama de posibles variaciones de onda, las
3
cuales no proporciona como por ejemplo en bases de datos
que tengan que ver con datos del sueño, señales cerebrales
de personas con trastornos mentales,marcha de personas, etc.
Lo que para el desarrollo de una investigación que abarque
dicho campo sería un proceso más demorado ya que se
requiere adquirir más señales o empezar de cero. Por otra parte
cuando se quiere realizar una búsqueda muy específica de una
señal physiobank nos proporciona un fichero de texto, y un
software (pbsearch), en donde se puede realizar todo lo que
explico anteriormente en resultados, pero esta vez en forma
de “código”, y de una manera mucho más específica, es decir
se puede seleccionar si se quiere un paciente de cierta edad, o
de un sexo en particular, el tiempo de donde arranca la onda
etc,sto se puede ver en la figura 4.
Figure 4. Busqueda con el software pbsearch
En la figura 4, se puede ver la busqueda sepecifica de un ECG,
de un paciente determinado, con unas caractersiticas de ondas
que se especifican en el corte, es decir va de 1 a 6 segundos.
Figure 5. Busqueda con el software pbsearch
En la figura 5, Es el resultado de la busqueda en el software
pbsearch, es decir este arroja el numero del fichero que peude
contener lo que se esta buscando.
V. CONCLUSIONES
- Podemos decir que la herramienta Physionet nos permite
simular varias aplicaciones médicas para ver su respuesta en
diversos ámbitos de aplicación, por lo cual al contar con una
base de datos no tenemos que implementar nuestras entradas
desde el inicio.
-Se puede generar una investigación de manera mas rapida,
ya que se pueden utilizar ondas fisiologicas que esten en la
base de datos de physionet y no tener que ir al campo a
conseguir dichas señales.
-Se logro realizar una guia en la cual se plasme todos
las funciones y parametros con las que cuenta physionet y
pyhsiobank, con el fin de poder negavegar de una manera facil
y correcta por la base de datos.
R EFERENCES
[1] Concepto.de. (2019). Base de Datos: Concepto, Tipos y Ejemplos. [on-
line] Available at: https://concepto.de/base-de-datos/ [Accessed 30 Aug.
2019].
[2] Histinf.blogs.upv.es. (2019). Historia de las Bases de
Datos – Historia de la Informática. [online] Available at:
https://histinf.blogs.upv.es/2011/01/04/historia-de-las-bases-de-datos/
 4

[3] Archive.physionet.org. (2019). About PhysioBank. [online] Available at:

https://archive.physionet.org/physiobank/about.shtml [Accessed 30 Aug.
2019].
[4] Archive.physionet.org. (2019). Finding records in PhysioBank. [online]
Available at: https://archive.physionet.org/physiobank/database/pbi/ [Ac-
cessed 30 Aug. 2019].
[5] Archive.physionet.org. (2019). LightWAVE 0.68. [online] Available at:
https://archive.physionet.org/lightwave/ [Accessed 30 Aug. 201
[6] Archive.physionet.org. (2019). PhysioBank Annotations. [online] Avail-
able at: https://archive.physionet.org/physiobank/annotations.shtml [Ac-
cessed 30 Aug. 2019].
[7] Archive.physionet.org. (2019). PhysioBank ATM. [online] Available at:
https://archive.physionet.org/cgi-bin/atm/ATM [Accessed 30 Aug. 2019].
[8] Physionet.org. (2019). PhysioNet Databases. [online] Available at:
https://physionet.org/about/database/ [Accessed 30 Aug. 2019].