Tema nr.

1
Mioglobina

1. Introducere
Mioglobina (Mb) este o hemoproteină citoplasmatică având o singură catenă polipeptidică
formată din 154 de aminoacizi (Ordway, 2004). Aceasta se exprimă numai în mușchiul cardiac și
în fibrele musculare scheletice, având rol similar cu al hemoglobinei (Hb). Ca și hemoglobina,
mioglobina leagă reversibil 𝑂2 și astfel facilitează transportul 𝑂2 de la celulele roșii ale sângelui
la nivelul mitocondriei în timpul perioadelor de creștere a activității metabolice sau servește ca
rezervor de 𝑂2 în condiții hipoxice sau anoxice (Ordway, 2004). O altă funcție a mioglobinei este
reprezentată de păstrarea relativ constantă a concentrației de oxigen la nivel intracelular.
Structura mioglobinei constă în 8 α-helixuri legate între ele prin structuri de tip „turn” și
„coil” și o grupare prostetică reprezentată de hem. Hemul prezintă central un ion de Fe (II), iar
derivatul porfirinic din structura sa este protoporfirina IX.

2. Materiale și metode
Am accesat site-ul RCSB Protein Data Bank, unde am căutat structura mioglobinei pe baza
denumirii acesteia. Am descărcat structura proteinei având codul PDB 5UT7 (Powell et al., 2018)
de pe site-ul RCSB Protein Data Bank (Berman et al., 2000) de la nivelul Download Files, PDB
format. Am deschis fișierul în editorul de text Notepad++ (https://notepad-plus-plus.org//), pentru
a vizualiza mai ușor detaliile de structură ale proteinei. Structura tridimensională a proteinei constă
în:
- 7 α-helixuri;
- 1 helix 310 ;
- 3 stucturi de tip turn;
- 8 structuri de tip coil;
- liganzi: hemul format din protoporfirina IX și central atomul de Fe, 7 ioni nitrit (𝑁𝑂2− ), 3
ioni sulfat 𝑆𝑂42− și glicerolul.
Cu ajutorul programului VMD (Humphrey et al.,1996) am reprezentat structura
mioglobinei, împreună cu liganzii săi: hemul (HEM), ioni nitrit (NO2), ioni sulfat (SO4) și glicerol
(GOL).
1
 Am deschis programul VMD unde am încărcat structura proteinei descărcată anterior,
astfel: din fereastra VMD Main am accesat File New Molecule Browse Click pe
fișierul cu structura proteinei Load.
În fereastra OpenGL Display am vizualizat structura proteinei, editând-o cu ajutorul
setărilor din Graphical Representations. Pentru a vizualiza structurile secundare ale proteinei am
selectat NewCartoon, iar metoda de colorare folosită este Secondary Structure.
Pentru evidențierea liganzilor am folosit de 10 ori Create Rep astfel încât să reprezint
fiecare ligand cu ajutorul comenzii „chain A and resid” urmată de poziția corespunzătoare
ligandului. Metoda de colorare folosită pentru fiecare ligand este Name, iar metoda de desenare
este Licorice. Din meniurile Graphics, respectiv Colors am setat culori diferite pentru structurile
secundare și atomii constituenți ai liganzilor.
Am reprezentat structura proteinei folosind prima oară ca setare a materialului Opaque, iar
a doua oară, pentru a vizualiza mai bine liganzii am setat Glass3.

3. Rezultate și discuții
În structura 3D a mioglobinei este reprezentată singura catenă polipeptidică constiuentă a
acesteia, ce conține 154 de resturi de aminoacizi. Mioglobina este complexată în acest caz cu
următorii liganzi: NO2 (7 ioni nitrit), SO4 (3 ioni sulfat), GOL (o moleculă de glycerol) și HEM
(o moleculă de hem). Metoda prin care a fost realizată structura 3D este difracția de raze X, fiind
obținută o rezoluție de 1,85 Å.

2
 În urma reprezentării proteinei, am obținut următoarele imagini:

Fig.1. Structura tridimensională a mioglobinei de tip sălbatic de la balenă (cod PDB 5UT7 (Powell
et al., 2018) complexată cu liganzi (NO2, SO4, GOL și HEM). Catena de bază a proteinei este
reprezentată utilizând metoda “New Cartoon”. Liganzii, respectiv 7 ioni NO2, 3 ioni S04, o
moleculă GOL și o moleculă HEM, sunt reprezentați utilizând metoda “Licorice” și colorați
utilizând metoda “Name”. Imaginea a fost generată cu VMD (Humphrey et al., 1996).
Legendă: - culoarea lime reprezintă alfa- helixurile
- culoarea roz (pink) reprezintă helixul 310
- culoarea cian3 reprezintă structurile turn
- culoarea orange3 reprezintă structurile coil
- culoarea red reprezintă atomul de oxigen (O)
- culoarea blue reprezintă atomul de azot (N)
- culoarea white reprezintă atomul de carbon (C)
- culoarea yellow reprezintă atomul de sulf (S)
- culoarea red3 reprezintă atomul de fier (Fe)

3
Fig. 2: Structura tridimensională a mioglobinei (cod PDB 5UT7 (Powell et al., 2018) cu
evidențierea ionilor nitrit, ionilor sulfat și a hemului. Catena de bază a proteinei este reprezentată
utilizând metoda “New Cartoon” și Glass3. Liganzii, respectiv 7 ioni NO2, 3 ioni S04, o moleculă
GOL și o moleculă HEM, sunt reprezentați utilizând metoda “Licorice” și colorați utilizând
metoda “Name”. Imaginea a fost generată cu VMD ((Humphrey et al., 1996).
Legendă: - culoarea lime reprezintă alfa- helixurile
- culoarea roz (pink) reprezintă helixul 310
- culoarea cian3 reprezintă structurile turn
- culoarea orange3 reprezintă structurile coil
- culoarea red reprezintă atomul de oxigen (O)
- culoarea blue reprezintă atomul de azot (N)
- culoarea white reprezintă atomul de carbon (C)
- culoarea yellow reprezintă atomul de sulf (S)
- culoarea red3 reprezintă atomul de fier (Fe)

Prin analizarea structurii tridimensionale a proteinei și a funcției acesteia, putem observa

faptul că lanțul polipeptidic al mioglobinei se pliază astfel încât henul să fie poziționat în interiorul
unui spațiu creat de adoptarea acestei conformații globulare. Astfel, ionul de fier interacționează
cu șase liganzi, dintre care patru sunt reprezentați de atomii de azot ale celor 4 cicluri pirolice. Al
cincilea ligand este lanțul lateral imidazolic al His93, stabilizând gruparea hem și deplasând ușor
ionul de fier de planul hemului. Poziția a șasea a ligandului, neocupată în deoximioglobină,

4
servește ca situs de legare pentru oxigen, precum si pentru alți liganzi potențiali precum CO sau
NO (Ordway, 2004). Înlocuirea ligandului 𝐻2 𝑂 legat la precursorii Mb III-𝐻2 𝑂 cu nitritul legat
prin legătură de tip O- nu are ca rezultat modificări substanțiale în plierea proteinei (Powell et al.,
2018).

4. Bibliografie
 Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H.,
Shindyalov, I.N., and Bourne, P.E. (2000). The Protein Data Bank Helen. Nucleic Acids Res. 28,
235–242.
 Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K. (1996). “VMD - Visual Molecular
Dynamics.” J. Molec. Graph. 14, 33–38.
 Ordway, G.A. (2004). Myoglobin: an essential hemoprotein in striated muscle. J. Exp.
Biol. 207, 3441–3446.
 Powell, S.M., Wang, B., Shiva, S., Gladwin, M.T., Tejero, J., Richter-Addo, G.B., Zhang,
Y., Shi, Y., and Thomas, L.M. (2018). Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors:
Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations
of Preferred Fe – NO Ligand Orientations in Myoglobin Distal Pockets . Biochemistry 57, 4788–
4802.