Gerardus Johannes Mulder químico que dio srcen al terminó proteínas.
Proteínas: Biomoléculas compuestas de CHON así como azufre y fosforo, son
poliméricas lineales que resultan de la asociación de más de 51 aminoácidos
unidos mediante enlaces peptídicos, su peso oscila de 5,000 a 50 millones de
daltones, el ser humano posee alrededor de 30,000 proteínas y una bacteria
posee alrededor de 1,000.
Proteoma: Totalidad de proteínas presentes en una célula término acuñado
por Marc Wilkins (el proteoma es más grande que el genoma).
Funciones.
Estructurales: Proporcionan soporte mecánico y estructural, carecen de
papel dinámico. Ejemplos: Colágena (confiere fuerza de tensión a huesos,
piel, etc.), Queratina (constituyente del pelo, plumas, uñas), Espectrina
(componente de los eritrocitos), Flagelina (constituyente de los flagelos
bacterianos) y Fibroina (seda).
Catalíticas: Aceleran la velocidad de las reacciones. Ejemplos: Alcohol
deshidrogenasa (produce etanol durante la fermentación alcohólica),
Transporte: Acarrean moléculas hidrofóbicas a través de un medio acuoso o
sustancias polares a través de barredas hidrofóbicas. Ejemplo: HDL, LDL,
VLDL, Quilomicrones, Lipoproteína (transportan lípidos), Hemoglobina
(transporta oxigeno), Permasas (proteínas canal) y Proteínas acarreadoras
(ocupan energía).
Coagulación sanguínea: Intervienen en el proceso de coagulación. Ejemplos:
Fibrina, Fibrinógeno, Trombina y Protrombina.
Hormonales: Regulan actividades bioquímicas. Ejemplos: Insulina y Glucagón
(regulan el azúcar en la sangre), Eritropoyetina y Somatotropina.
Reserva: Funcionan como almacenamiento de aminoácidos. Ejemplo:
Albumina de huevo, Caseína (leche) y Gliadina (trigo).
Receptoras: Ubicadas en la membrana celular, sirven como sitios de unión
para virus, células, hormonas, bacterias.
Cromosómicas: Permiten el súper enrollamiento. Ejemplo: Histonas.
Clasificación.
Según su forma.
Fibrosas (fuertes): Forma alargada, mayor estabilidad, función estructural
dan soporte, resisten temperatura y degradación química y biológica, no
movibles. Ejemplos: Colágena, α-Queratinas y Elastina.
Globulares (débiles): Forma compacta, tienen movimiento, son termolábiles,
tienen superficie externa hidrofóbica (solubles), susceptibles a la degradación
química y biológica. Ejemplos: Enzimas, hormonas y proteínas membranales.
Según su composición química.
Simple: Su hidrolisis genera aminoácidos.
Conjugada: Su hidrolisis genera aminoácidos y grupos prostético.
Derivada: Proceso térmico o enzimático para genera proteínas
desnaturalizadas.
Proteínas conjugadas. (Según su grupo prostético).
Glicoproteínas: Oligosacáridos (azúcares). Ejemplo: Inmunoglobulinas y
Lectinas.
Mucoproteínas: Heteropolisacárido (GAGs). Ejemplo: Proteoglicanas,
Decorina (córnea, piel, cartílago poseen Dermatán Sulfato como grupo
prosteico) y Agrecana.
Estructura.
Kaj Ulrik Linderstrom químico que sugirió que el estudio estructural de las
proteínas se dividiera en cuatro niveles de organización.
Primaria: Analiza al esqueleto de la proteína, secuencia exacta, identidad,
cantidad, grupos prosteicos e interés filogenético.
Tautomerismo: Formula una proteína dipolar. C al Cα (Giro Ψ, psi) y N al
Cα (Giro φ, phi).
Secundaria: Es la orientación geométrica que adoptan las distintas regiones
del esqueleto de la cadena polipeptídica, se conocen en 5 tipos:
α-Hélice: Configuración en espiral, regular y compacta(es flexible y elástica).
Se enrolla hacia la derecha (dextrógira). Son D o L aminoácidos pero no con
mezclas de ambos. En cada vuelta de la hélice caben 3.6 aminoácidos. El
número promedio de aminoácidos es de 11 es decir 3 vueltas Todos sus
grupos R se ponen hacia el exterior de la hélice y nunca se van a tocar
(comportamiento que separa los grupos polares de los no polares es decir
anfifílicas). Aa no formadores: Glicina (R muy pequeño), Prolina (no tiene N
para formar puentes de H), Serina, Ac. Aspártico y Asparagina (cadenas
laterales cortas), Valina e Isoleucina (destabilizan a la alfa hélice).
Β -Tira plegada: Disposición extendida, la prolina se acomoda favorablemente
en las tiras plegadas, los grupos R se proyectan
Proteómica: Estudio de la estructura y propiedades de las proteínas.
Proteínas monoméricas: Grupo pequeño de proteínas que consisten de una
sola cadena polipeptídica.
Proteína oligoméricas: Asociación de varias cadenas polipeptídicas que
pueden ser o no similares entre sí.
Ribosoma: Genera aminoácidos y los ensambla en un orden especifico por
instrucciones del DNA.
Catalasa (descompone el peróxido de hidrogeno) y Piruvato quinasa (cataliza
la reacción de la Glicólisis).
Protección (Defensa): Defensa en contra de agentes externos. Ejemplos:
Inmunoglobulina (Anticuerpos), interferones y proteína C1 del complemento.
Contracción y motilidad: Capacidad de estirarse y contraerse. Ejemplos:
Actina y mionsina (contracción de músculo), y Dineína (movimiento de cilios
y flagelos).
Transferencia de electrones : Flujo de electrones. Ejemplo: Plastocianina
(fotosíntesis) y Citocromos.
Digestivas: Intervienen en la degradación de alimentos. Ejemplos:
Quimiotripsina, tripsina y pepsina (degradan proteínas), y Lactosa (degrada la
lactosa).
Regulatorias de la expresión genética: Polimerasas y elicasas.
Ribosomales: Proteínas asociadas con el RNA constituyen las dos
subunidades del ribosoma.
Tóxicas: Producidas por animales y plantas. Ejemplo: Toxina botulínica,
toxina pertussis (ejercen una acción toxica sobre otros organismos) y Lectinas
(cereales y leguminosas).
De la visión: Ubicadas en las membranas de las células de la retina. Ejemplo:
Rodopsina (pigmento visual ubicado en los bastiones).
Chaperonas: Ayudan al buen plegamiento. Ejemplo: GroEL y GroES.
Fosfoproteínas: Fosfato. Ejemplo: Caseína de la leche y vitelina de la yema de
huevo.
Flavoproteínas: Flavinas (+   + ). Ejemplos: Ferredoxina- +
reductasa (FNR) y Flavodoxina de D. vulgaris.
Nucleoproteínas: Ácidos nucleicos (DNA o RNA): Ejemplos: Virus y fagos
(DNA y RNA), Nucleosomas (DNA e histonas) y Ribosoma (RNA´s y proteínas).
Metaloproteínas: Metales (Cu, Zn, Mo, Fe, étc.). Ejemplo: Alcohol
deshidrogenasa (Zn) y Plastocianina (Cu).
Porfirinoproteínas: Anillo de porfirina (incluye Fe o Cu). Ejemplo: Citocromo
y Hemoglobina.
Lipoproteínas: Lípido. Ejemplos: HDL (colesterol bueno), LDL (colesterol
malo), Quilomicrón, VLDL (muy baja densidad), Rodopsina (posee Retinol) y
Bacteriorodopsina (posee Retinal).
Biliproteínas: Tetrapirrol llamado “bilina” (son pigmentos de algas y
cianobacterias). Ejemplos: Ficocianina color azul (Ficocianobilina),
Aloficocianina color verde (Ficouribilina) y Ficoeritrina color rojo
(Ficoeritrobilina).
alternadamente. En sentido paralelo se llaman Hoja β Paralela, en sentido
antiparalelo se llaman Hola β Antiparalela (son coplanares y coaxiales dando
como resultado más estabilidad siendo los más frecuente en muchas
proteínas). 4 o 5 e inclusive hasta 0 tiras plegadas forman Laminas β
(Inmunoglobulina y prealbúmina). Fuerzas de Van Der Waals mantiene
unidas las láminas.
Giro-β: Regiones que introducen cambios abruptos en su dirección, unen
segmentos adyacentes de β-Tiras plegada, los puentes de hidrogeno se
encuentran entre el grupo C=O del residuo i y el grupo N-H del residuo i+3. La
forman 4 aminoácidos dos de ellos son glicina y prolina e incluye residuos
cargados.
Vueltas-Ω: Giros extendidos que aparecen en la cadena polipeptídica
llamados así por su forma e incluyen de 6 a 16 aa
Enrollamiento al azar: Segmentos de una cadena polipetídica que carecen de
un patrón geométrico repetitivo.
Estructuras supersecundarias.
Uniones de las estructuras secundarias, 1973 Michael Rossman, son
intermedias de las
las 2arias
y 3arias. Son arreglos geométricos
el interior de proteínas globulares también recibenque
el aparecen
nombre ende
“Motivos Estructurales”. Establecimiento de interacciones no covalentes
entre los grupos R. Funciones como unirse al DNA y ligar iones calcio.
Estructura Tipos de estructuras
s 2arias

α-Hélice Hélice-giro- Doble espiral Mano EF 4 Hélices

hélice de α-hélices empaqueta
(Colled-coil), Dedo Zn das
Zipper de
Leucina

Estructur Horquilla β Meandro β Barril β Hélice β

aβ Greca (key
Greek)

α-β Unidad β α β Estructura

Rossman

Hélice-giro-Hélice: Formados por 2 hélices α. Ejemplo: Factor de e interleucina 2.

transcripción (interactúan con el DNA).
Coiled-coil: 2 o más α hélices cruzadas, el enrollamiento se estabiliza
mediante interacciones hidrofóbicas, se enrollan hacia la izquierda
(levógiros), pueden ser paralelas o antiparalelas. Ejemplo: Colicina N, colicina
Ia y colicina E3 (proteínas bacterianas con actividad de antibiótico).
Zipper de Leucina: Un par de α hélices aparecen regiones con 4 leucinas
separadas entre sí por 6 aminoácidos, pueden ser hélices paralelas o
antiparalelas, están relacionadas íntimamente con el DNA. Ejemplos: GCN4 y
bZIP.
Mano EF: Un par de α hélices colocadas en forma perpendicular y conectadas
entre si por una asa corta de 12 aa la cual une iones calcio, tiene forma de
pistola y en la región de conexión aparecen 3 residuos de Ac. Aspártico.
Ejemplo: Troponina C (proteína del musculó).
Dedos de Zinc: Un par de α hélices unidos por un giro pronunciado, 2 pares
de cisteínas o un par de cisteínas y un par de histidinas, 12 aa los separan, un
ion zinc se une por enlace covalente coordinado a los grupos R permiten a las
proteínas unirse al DNA, 30 residuos.
4 hélices empaquetadas: Consiste en 4 hélices agrupadas dejando una
cavidad en el interior se encuentran los hidrofobicos y los
hidrofílicos se sitúan en la superficie. Ejemplo: Citocromo b, ferritina
Horquilla β: Dos tiras-β adyacentes con menos de 7 aminoácidos, se orientan
de manera antiparalela y no se le conoce función alguna. Ejemplo: Lisozima.
Greca: Consiste de 4 tiras-β tiene el acomodo de la greca y están enlazadas
de dos giros-β seguidas de una asa larga que conecta con la cuarta tira.
Ejemplo: Aparece en la nucleasa de Staphylococcus.
Meandro β: Similar a la greca tiene 5 tiras adyacentes, antiparalelas con giros
β o segmentos cortos de enrollamiento al azar.
Barril-β: Numerosas β-Tiras plegadas alrededor de 22, adyacentes de manera
antiparalelas dando lugar a una especie de barril donde los residuos
hidrofobicos se acomodan adentro. Ejemplo: Retinol.
Hélice-β: β-tira plegada de forma paralela exhibiendo dos o tres caras,
conectadas por 6 asas ricas en glicina y que siempre contiene asparagina.
Ejemplo: Proteasa alcalina.
Unidad β-α-β: Consiste de dos β-tiras de forma paralela unidad a una α-
hélice y dos segmentos con estructura al azar. Ejemplo: Piruvato Quinasa.
Unidad α-Giro-β: Consiste de una α-hélice y una β-tira plegada conectada
por un giro-β. Ejemplo: Proteína RAS.
Estructura de Rossman: Compuesta de 3 o más β-tiras plegadas enlazadas
por dos α-hélices en un orden: beta-alfa-beta-alfa.

Estructura terciaria.
Se compacta hasta llegar a una estructura casi esférica, su plegamiento posee
efecto hidrofobico y posee cavidades llamadas sitios activos donde ocurren
las transformaciones o reacciones.
Fuerzas estabilizadoras.
Enlaces no covalentes: Interacciones hidrofobicas, Fuerza electrostáticas de
atracción (pares iónicos)(-,+), Fuerzas electrostásticas de repulsión (-,-)(+,+),
Puentes de hidrógeno: a) No peptídicos (parte del grupo R) y b) Peptídicos
(parte del enlace peptídico) (N-H)(H-O)(S-H).
Enlaces covalentes: Puentes disulfuro (S-S) y Puentes amida.
Dominios.
Regiones bien diferenciadas dentro de la estructura terciaria con funciones
como: a) unir un ligando pequeño, b) anclar la proteína en la membrana
plasmática, c) contener el sitio catalítico y d) sitio de unión con el DNA.
Dominio de Kringie.
Interactúan con los factores de la coagulación.
Estructura cuaternaria.
Asociación de dos o más estructuras terciarias para tener una proteína activa,
cada proteína terciara se llama protómero o subunidad, si todas las cadenas
son iguales se denomina Homoméricas y si son distintas las cadenas se
denomina Heteroméricas y si es de una sola cadena se denomina
Monomérica.
Fuerzas estabilizadoras: La mismas excepto los puentes amida.
Estructura Quinaria.
Nivel de asociación adicional que exhiben las proteínas para formar
estructuras biológicas de gran tamaño.
Asociación de proteínas con proteínas: α y β-tubulina (forman microtúbulos
dentro de las células. Cilios y flagelos), Fribrina (actúa en el proceso de
coagulación).
Asociación de proteínas con lípidos: Lipoproteínas plasmáticas y membranas
biológicas.
Asociación de proteínas con ácidos nucleicos: Ribosomas, nucleosomas y
virus.
Agentes desnaturalizantes: Calor, pH, movimiento, solventes orgánicos,
metales, la proteína desnaturalizada solo conserva su estructura primaria.
Enzimas.
Todas las enzimas son hidrosolubles y tienen forma casi esférica todas
globulares (nenas), son fácilmente digeribles, todas son proteínas que actúan
como catalizadores, en todas las células existen enzimas (citoplasma,
mitocondria, núcleo, retículo endoplasmatico), acorta la energía de
activación y la reacción ocurre en el sitio activo (capaz de reconocer y unir a
la enzima).
Propiedades de enzimas.
1. Catalizadores altamente eficientes: Son capaces de catalizar una reacción
a una velocidad extremadamente grande.
2. Catalizadores con una gran especificidad de acción: Una enzima actúa
selectivamente sobre un sustrato específico.
3. Catalizadores regulables: Pueden estar activas o inactivas a partir de las
hormonas.
Nomenclatura.
1. Nombres no descriptivos: Normalmente de donde provienen.
2. Nombres descriptivos: a) Al nombre del sustrato se le aplica el sufijo
“ASA” (ureasa y maltasa) y b) Identidad del sustrato y el tipo de reacción
(alcohol deshidrogenasa e histidina descarboxilasa)
Tipos
Orgánicos: Coenzima (relación no covalente, ejemplos+ ,  + , Ácido
fólico y pirofosfato de tiamina) y Grupos prostéticos (enlace covalente,
ejemplos + , + , Biotina y Ácido Lipoico.
Inorgánicos: Son iones monovalentes o divalentes de naturaleza catiónica
(Fe, Cu, K, Mo, Zn y Ni).
Holoenzima: Asociación de la proteína enzimática con su cofactor
(Apoenzima + Coenzima)
Isoenzimas: Sus subunidades constituyentes son diferentes (existen 5
isoenzimas distribuidas en diferente órganos).
Zimógeno: Proteínas muy grandes que corta y hace pasar al estado activo.
Competitiva clásica: El inhibidor posee una estructura análoga a la del
sustrato srcinal, el inhibidor compite con el sustrato por ocupar el sitio
activo de la enzima. Vmax No se modifica y Km Aumenta.
Competitiva no clásica: Es presentado por las enzimas alostéricas, ya que los
inhibidores se unen a un sitio diferente a donde se asocia el sustrato (sitio
activo). Vmax No se modifica y Km Aumenta.
Acompetitiva: Los inhibidores sólo son capaces de asociarse a los complejos
enzima-sustrato generando un trímero catalíticamente inactivo. Vmax
Disminuye y Km Disminuye.
Inhibición no competitiva: El inhibidor se puede unir a la enzima libre o al
complejo enzima-sustrato. Vmax Disminuye y Km No se modifica.
.
Clasificación de enzimas.
Clase 1: Oxidoreductasas (oxidación-reducción).
Clase 2: Transferasas (transfieren un grupo funcional).
Clase 3: Hidrolasas (rompen moléculas con ayuda del agua).
Clase 4: Liasas (rompen moléculas sin ayuda).
Clase 5: Isomerasa (cualquier tipo de isomerización).
Clase 6: Ligasas (unen dos o más moléculas con el ATP)
Naturaleza estructural.
Monoméricas: Grupo pequeño, consisten de una sola cadena, no disociable,
participan en reacciones hidroliticas.
Oligoméricas: Grupo numeroso, poseen varias cadenas, se disocia en
subunidades que son inactivas, participan en cualquier tipo de reacción.
Cofactores: Compuestos o elementos que una enzima requiere para actuar,
su ausencia limitan la actividad de una enzima y son insustituibles.
Katal: Unidad internacional usada para medir la actividad enzimática.
Cinética enzimática: El modelo cinético de Michaelis-Menten ocurre en dos
etapas: 1ª- La enzima y el sustrato forman rápidamente un complejo Enzima-
Sustrato. La formación de este complejo es un proceso reversible. 2ª-El
complejo Enzima-Sustrato da lugar a la formación del producto liberando la
enzima libre, este paso es irreversible y es el paso limitante de la velocidad.
Inhibición.
Tipos: Irreversibles (el inhibidor se une a la enzima mediante enlaces
covalentes o iónicos)y Reversible (el inhibidor se une a la enzima mediante
uniones no covalentes).
Regulación enzimática: Capacidad de un enzima para ser catalíticamente
activa en el momento oportuno y en el sitio adecuado. Se conocen 4 vías.
Activación proteolítica: Activación mediante la hidrolisis de uno o varios
enlaces peptídicos denominados Zimógenos.
Modificación química covalente: Se asocia covalentemente con ligando
químicos que modifican sus propiedades catalíticas son reversibles.
Control mediante proteínas: Cierta proteínas actúan como ligandos
asociándose a una proteína inactiva al establecerse.
Control alostérico: Las enzimas deben tener este sitio alosterico, que es
capaz de interactuar con un ligando.