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PATRICK R.

MURRAY, PhD

Senior Worldwide Director, Scientific Affairs BD Diagnostics Systems Sparks, Maryland; Adjunct Professor, Department of Pathology University of Maryland School of Medicine Baltimore, Maryland

KEN

S.

ROSENTHAL,

PhD

Professor of Biomedical Sciences Director of Microbiology and Immunology Roseman University of Health Sciences College of Medicine Las Vegas, Nevada; Emeritus Professor Northeastern Ohio Medical University Rootstown, Ohio

MICHAEL A. PFALLER, MD

Chief Medical Officer T2 Biosystems Lexington, Massachusetts; Professor Emeritus University of Iowa College of Medicine and College of Public Health Iowa City, Iowa

ELSEVIER

SECCION

1

lntroducci6n

Introducci6n a la microbiologia medica 2

2 El microbioma humano en la salud

y en la enfermedad

5

3 Esterilizaci6n, desinfecci6n y antisepsia 11

SECCION

2

Principios generales del diagn6stico de laboratorio

4

Microscopia y cultivo in vitro 16

5

Diagn6stico molecular

22

6

Diagn6stico serol6gico 26

SECCION

3

Conceptos basicos de la respuesta inmunitaria

7

Elementos de las respuestas protectoras delh ospedador 34

8

Respuestas innatas del hospedador

45

9

Respuestas inmunitarias especificas

contra antigenos

59

10 Respuestas inmunitarias a los microorganismos infecciosos

77

11 Vacunas antimicrobianas

97

SECCION

4

Bacteriologfa

 

1 2

Clasificaci6n, estructura

 

1 3

replicaci6n de las bacterias Metabolismo y genetica

y

106

de las bacterias

119

14 Mecanismos de patogenicidad bacteriana 134

15 Papel de las bacterias

en la enfermedad

143

16 Diagn6stico de laboratorio de las enfermedades bacterianas

17 Agentes antibacterianos 162

18 Staphylococcus y cocos grampositivos relacionados 170

19 Streptococcus y Enterococcus

20 Bacillus 202

21 Listeria y bacterias grampositivas relacionadas 209

22 Mycobacterium y bacterias acido­alcohol resistentes relacionadas 218

23 Neisseria y generos relacionados 234

24 Haemophilus y bacterias relacionadas 243

25 Enterobacteriaceae 251

26 Vibrio y bacterias relacionadas

27 Pseudomonas y bacterias relacionadas 272

28 Campylobacter y Helicobacter

29 Otros bacilos gramnegativos 287

153

183

265

280

30 Clostridium

301

31 Bacterias anaerobias no formadoras

de esporas

312

32 Treponema, Borrelia y Leptospira

33 Mycoplasma y Ureaplasma 334

34 Rickettsia, Ehrlichia y bacterias

relacionadas

338

35 Chlamydia y Chlamydophila

348

321

SECCION

Virologfa

36 Clasificacion, estructura

5

y replicaci6n virica

358

37 Mecanismos de patogenia virica 374

38 Papel de los virus en las enfermedades 384

x

[NOICE DE CAPITULOS

39

Diagn6stico de laboratorio de las enfermedades viricas

392

40

Farmacos antivirales y control

de las infecciones

400

41

Papilomavirus y poliomavirus

408

42

Adenovirus 418

43

Virus del herpes humanos 425

44

Poxvirus 447

45

Parvovirus 453

46

Picornavirus 458

47

Coronavirus y norovirus 469

48

Paramyxovirus 475

49

Orthomyxovirus 487

50

Rhabdovirus, filovirus y bornavirus

496

51

Reovirus 503

52

Togavirus y flavivirus 511

53

Bunyaviridae y Arenaviridae 523

 

54

Retrovirus 529

55 Virus de las hepatitis 546

56 Enfermedades por priones 561

SECCION

6

Micologfa

57 Clasificacion, estructura y replicacion

de los hongos

568

58

Patogenia de las micosis

574

59

Importancia de los hongos

en la enfermedad

582

60 Diagn6stico de laboratorio

de las micosis

585

61

Farrnacos antifungicos 595

62

Micosis superficiales y cutaneas 607

63 Micosis subcutaneas

64 Micosis sisternicas causadas por hongos dim6rficos 627

65 Micosis oportunistas 643

66 Micosis e infecciones seudomicoticas de etiologia atipica o desconocida 668

67 Micotoxinas y micotoxicosis 678

617

SECCION

7

Parasitologfa

68 Clasificacion, estructura y replicacion

 

de los parasites

686

69

Patogenia de las parasitosis

692

70

Papel de los parasitos

en la enfermedad

696

71 Diagn6stico de laboratorio

de las parasitosis

698

72 Farrnacos antiparasitarios

73 Protozoos intestinales y urogenitales

707

74

7 5

Protozoos sanguineos y tisulares 728 Nematodos 748

76 Trematodos 766

77 Cestodos 777

78 Artr6podos 789

fndice alfabetico

806

715

INTRODUCCl6 N

CAPÍTULO
CAPÍTULO

INTRODUCCIÓN A LA MICROBIOLOGÍA MÉDICA

E s fácil imaginarse la emoción que sintió en 1674 el biólogo holandés Anton van Leeuwenhoek cuando examinó con sus

lentes de microscopio, cuidadosamente pulimentadas, una gota de agua y descubrió un mundo formado por millones de diminu­ tos «animálculos». Casi 100 ai'los después el biólogo danés Otto Müller amplió los estudios de van Leeuwenhoek y, siguiendo los métodos de clasificación de Carlos Linneo, organizó las bacterias en géneros y especies. Se trataba del inicio de la clasificación taxo­ nómica de los microorganismos. En I 840 el anatomopatólogo alemán Friedrich Heole propuso unos criterios para demostrar que los microorganismos eran responsables de la aparición de enfermedades en el ser humano (la denominada ,,teoría de los gérmenes►, de las enfermedades). En las décadas de 1870? 1880 Robert Koch y Louis Pasteur con.fi r maron esta teoría mediante una serie de magníficos experí.mentos en los que demostraron que los microorganismos eran responsables de la aparición del car­ bunco, la rabia, la peste, el cólera y la tuberculosis. Más adelante, otros brillantes científicos confirmaron que una amplia variedad de microorganismos producían otras enfermedades humanas. La era de la quimioterapia comenzó en 191 O, cuando el químico ale­ mán PauJ Ehrlich descubrió el primer compuesto antibacteriano, un compuesto que resultó efectivo contra la espiroqueta causante de la sífilis. En los años posteriores se asistió al descubrimiento de

la penicilina por Alexander Fleming en 1928, de la sulfanilamida por Gerhard Domagk en 1935 y de la estreptomicina por Selman Waksman en 1943. En 1946 el microbiólogo estadounidense John Enders fue el primero en cultivar virus en cultivos celulares, proporcionando así un medio para la producción a gran escala de cultivos víricos para el desarrollo de vacunas. Los primeros pasos de estos innovadores investigadores se han seguido por miles de científicos que, trabajando con los fundamentos establecidos por sus predecesores, han aiíadido cada vez más datos para ampliar los conocimientos sobre los microorganismos y el papel que ejercen en la aparición de las enfermedades. El conocimiento que tenemos de la microbiología está sufriendo actualmente una notable transformación debido a los rápidos avances tecnológicos en el anáLisis genómico. El Proyecto Genoma Humano fue un programa multinacional que concluyó en 2005 con el secuenciado completo del genoma humano. Las técnicas desaJTolladas para este programa han pasado rápidamen­ te a los laboratorios de investigación y los laboratorios clínicos, lo que ha llevado al secuenciado microbiano y a la obtención de conocimientos previamente no reconocidos sobre las propiedades patogénicas de los organismos, las relaciones taxonómicas y los atributos funcionales de la población microbiana endógena. Es evidente que estamos en las primeras fases de unos novedosos abordajes del diagnóstico y la terapéutica basados en la monito­ rización y la manipulación de esta población (el microbioma). El mundo descubierto por van Leeuwenhoek era complejo y estaba formado por protozoos y bacterias de todas las for­ mas y tamaños. Sin embargo, la complejidad de la microbio­ logía médica actual desafía los límites de la imaginación. Así,

2

en la actualidad se sabe que existen m1les de tipos diferentes de microorganismos que viven en el interior, en la superficie

o alrededor del ser humano y, asimismo, pueden contarse por

centenares los que son capaces de provocar en él enfermedades graves. Para entender esta información y organizarla de una forma útil es importante conocer algunos delos aspectos básicos de la microbiología médica. En principio los microorganismos pueden subdividirse en cuatro grupos: virus, bacterias, hongos y parásitos, dotado cada uno de ellos de su propia complejidad.

Virus

Los virus son las partículas infecciosas de menor tamai\o, con un diámetro que oscila entre los 18 y los 600 nm (la mayoría de los virus tiene un tamai'loinferior a 200 nm y no puede visualizarse mediante el microscopio óptico). Los virus contienen típica­ mente ácido desoxirribonucleico (ADN) o ácido ribonucleico (ARN), pero no ambos; sin embargo, algunas partículas sirni­ laJ'es a los virus no contienen ningún ácido nucleico detecta· ble (p. ej., priones), mientras que los recientemente descritos

Mimivirus contienen ADN y ARN al mismo tiempo. Los ácidos nucleicos víricos necesarios para la replicación están envueltos en una cubierta de proteínas, con o sin una cubierta de membrana lipídica. los vírus son parásitos verdaderos, que necesitan de las células del huésped para su replicación. Las células a las que infec­ tan y la respuesta del hospedador ante la infección condicionan la naturaleza de las manifestaciones clínicas. Se han descrito más de 2.000especies de virus, de las que w1as 650infectan a las personas

y los animales. La infección puede ocasionar uJ1a replicación

rápida y la destnicción celular, o dar lugar a una relación crónica latente en la que puede ocurrir que la información genética del virus se integre en el genoma del hospedador. Se conocen tan solo parcialmente los factores que determinan estas posibles opciones. Por ejemplo, la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), agente etiológico del síndrome de inmunodefi­ ciencia adquirida (SIDA), puede provocar una infección latente de los linfocitos CD4 o una replicación activa con destrucción de estas células de gran importancia para el sistema inmunitario. Asimismo,la infección puede propagarse a otras células suscepti­ bles (p. ej., las células microgliales del cerebro), lo c.¡ue ocasiona la aparición de las manifestaciones neurológicas del SIDA. El virus determina la enfermedad, que puede variar desde un resfriado común y episodios de gastroenteritis hasta cuadros clínicos mor­ tales como la rabia, la enfermedad de Ébola, la virue.la y el SIDA.

Bacterias

Las bacterias poseen una estructura relativamente simple. Son microorganismos procariotas, es deci1', unos microorganismos unicelulares sencillos, sin membrana nuclear, mitocondrias,

!? 2017. F.lsev,�r Espa.fiu. S.l

t.:.

Reservados todos Jos derechos

CA PITULO 1

INTRODUCCIQN A LA MICROBIOLOG[A MEDICA

3

aparato de Golgi ni reticulo endoplasrnatico que se reproducen por division asexual. La pared celular que rodea a las bacterias es compleja, y existen dos forrnas basicas: una pared celular gram­ positiva con una gruesa capa de peptidoglucano y una pared celular gramnegativa con una delgada capa de peptidoglucano, asi como una membrana externa. Algunas bacterias carecen de pared celular y compensan su ausencia sobreviviendo tan solo en el interior de celulas del hospedador o en un ambiente hipertonico. Para realizar una clasificacion preliminar de las bacterias se utiliza su tamafio (de 1 a 20 µmo mas), forma (esferas, bastoncillos, espirales) y disposicion espacial (celulas aisladas, en cadenas, formando cumulos), mientras que su clasificacion definitiva se refiere a sus propiedades fenotipicas y genotipicas. El organis­ mo humano esta habitado por miles de especies bacterianas distintas; mientras algunas mantienen una relacion parasitaria temporal, otras habitan en el ser humano de manera permanente. Tambien se encuentran bacterias en el ambiente, como el aire que se respira, el agua que se bebe y los alimentos que se comen; aunque muchas de ellas son relativamente avirulentas, otras son capaces de pravocar enfermedades potencialmente mortales. La enfermedad puede deberse a los efectos toxicos de los productos bacterianos (toxinas) o bien a la invasion de tejidos y liquidos corporates que acostumbran a ser esteriles,

• Hongos

A diferencia de las bacterias, la estructura celular de los hongos

es mas compleja. Son rnicrcorganismos eucariotas que poseen un nucleo bien definido, rnitocondrias, aparato de Golgi y reti­ culo endoplasmatico, Los hongos pueden existir en una forma unicelular (levadura) capaz de replicarse de manera asexual, o en una forma filamentosa (m oho) capaz de replicarse de manera tanto asexual como sexual. La mayoria de los hongos existe en forma de levadura o bien en forma de moho. Sin embargo, algunos de ellos pueden adoptar ambas morfologias; se trata de los llamados hongos dimorficos, como Histoplasma, Blastomyces y Coccidioides.

• Parasites

Los parasites son los microorganismos con mayor grado de com­ plejidad. Aunque todos los parasites se clasifican como eucario­ tas, algunos son unicelulares y otros son pluricelulares. Su tamafio oscila desde protozoos diminutos de tan solo 4­5 µm de diametro (el tamafio de algunas bacterias) hasta platelmintos que pueden llegar a los 10 m de longitud y artropodos (pulgas). De hecho, resulta dificil imaginar como pudieron clasificarse estos organis­ mos como microbios teniendo en cuenta el tamafio de algunos de ellos. Su ciclo vital es igualmente cornplejo, de forma que algunos establecen una relacion permanente con el ser humano

y otros atraviesan un conjunto de etapas de desarrollo en una serie de huespedes animales. Una de las dificultades a que deben enfrentarse los estudiantes es no solo comprender el conjunto de en­ fermedades causadas por los parasites, sino tarnbien conocer la epidemiologia de estas infestaciones (la cual es fundamental para entender el modo de controlarlas y prevenirlas).

• lnmunologfa

Es dificil analizar la microbiologla humana sin estudiar tambien

las respuestas innatas e inmunitarias frente a los rnicroorganis­ mos. Nuestras respuestas innatas e inmunitarias evoluciona­ ran para protegernos de las infecciones. Al mismo tiernpo, los

microorganismos que viven en nuestros cuerpos como floa normal o como microorganismos productores de enfermedades deben ser capaces de soportar o escapar a esas protecciones del huesped durante el tiempo suficiente como para poder establecer su nicho dentro de nuestros cuerpos o diseminarse a nuevos huespedes, El dafio periferico que se produce durante la guerra entre las protecciones del huesped y los invasores microbianos contribuye o puede ser la causa de los sintornas de la enfermedad. En ultimo terrnino, las respuestas innatas e inmunitarias son la mejor prevencion y la mejor curacion para las enfermedades microbianas.

• Enfermedades microbianas

Uno de los motivos mas importantes para el estudio de los microorganisrnos es conocer las enfermedades que pravocan y el modo de controlarlas, Por desgracia, la relacion entre muchos microorganismos y las enfermedades que producen no es sencilla. Concretamente, aunque los micraorganismos rara vez provocan una enfermedad bien definida, existen algunos que si lo hacen (p. ej., Clostridium tetani, agente causal del tetanos, virus Ebo­ la, agente causal de la enfermedad de Ebola; genera Plasmodium, agente causal de! paludismo). En carnbio, es mas frecuente que un microorganismo dado origine la aparicion de numerosas manifestaciones clinicas de enfermedad (p. ej., Staphylococcus aureus, agente causal de endocarditis, neumonia, infecciones de heridas e intoxicaciones alimentarias) o bien que varios microorganismos produzcan una misma enfermedad (p. ej., meningitis por virus, bacterias, hongos o parasitos). Asimis­ mo, son relativamente pocos los micraorganismos de los que puede decirse que siempre son patogenos (p. ej., virus de la rabia,

Bacillus anthracis, Sporothrix schenckii, genero Plasmodium).

De hecho, la mayoria de los microorganismos tan solo provoca enfermedad en unas condiciones bien definidas (p. ej., introduc­ cion de un micraorganismo potencialmente patogeno en una localizacion normalmente esteril como el cerebra, el pulmon y la cavidad peritoneal). Algunas enfermedades aparecen cuando un individuo se expone a los micraorganismos a traves de fuentes externas. Se denominan infecciones exogenas, y engloban ejern­ plos como las enfermedades causadas por el virus de la gripe,

C. tetani, Neisseria gonorrhoeae, Coccidioides immitis y Entamoeba

histolytica. Sin embargo, la mayoria de las enfermedades de! ser humano se deben a la infeccion por micraorganismos presentes en su microflora que se diseminan a localizaciones de! organismo que normalmente son esteriles (infecciones endogenas). La interaccion entre un microorganismo y el ser humano es compleja. Puede producir una colonizacion transitoria, una rela­ cion sirnbiotica cronica o bien la aparicion de una enfermedad. El resultado final de esta interaccion se encuentra determinado por la virulencia del microorganismo, el lugar de la exposicion y la capacidad de respuesta de! hospedador. Por tanto, las manifes­ taciones clinicas de la enfermedad pueden variar desde sintomas !eves hasta el fracaso multiorganico y la muerte. El papel de la virulencia microbiana y la respuesta inmunitaria de! hospedador se estudia con detalle en capitulos posteriores. El organismo humano esta muy adaptado a controlar la expo­ sicion a rnicroorganismos patogenos. Distintas barreras fisicas impiden la invasion por los microorganismos; las respuestas innatas reconocen patrones moleculares caracteristicos de los componentes microbianos y activan los mecanismos de defensa local y las respuestas inmunitarias especificas que actuan contra el micraorganismo con el proposito de eliminarlo. Lamentable­ mente, la respuesta inmunitaria es, con frecuencia, excesivamente tardia o lenta. Para mejorar la capacidad de prevencion de la infeccion del organismo humano se puede potenciar el sistema

4

MICROBIOLOGfA MEDICA

inmunitario mediante la transferencia pasiva de anticuerpos incluidos en preparaciones de inmunoglobulinas o mediante la vacunaci6n con componentes microbianos (vacunas). Las infecciones tarnbien se pueden controlar mediante compuestos quirnioterapicos diversos. No obstante, los microorganismos pueden mutar y compartir informaci6n gerietica, y los que no puedan ser reconocidos por la respuesta inmunitaria debido a la variacion antigenica o los que sean resistentes a los antibioticos se seleccionaran y perduraran, En consecuencia, persiste la batalla por el control entre el microorganismo y el hospedador sin que ninguno de ellos haya podido proclamar aun la victoria (aunque los microorganismos han demostrado ser bastante mas ingeniosos que los seres humanos). Es evidente que no existe ninguna «receta magica» que haya erradicado las enfermedades infecciosas.

• Diagn6stico microbiol6gico

El laboratorio de microbiologia clinica desernpena un importante papel en el diagn6stico y el control de las enfermedades infeccio­ sas. Sin embargo, la capacidad del laboratorio para realizar estas funciones se encuentra limitada por factores como la calidad de la muestra recogida en el paciente, el medio de transporte de la muestra al laboratorio y las tecnicas utilizadas para demostrar la presencia del microorganismo. Puesto que la mayoria de las pruebas diagn6sticas se basan en la capacidad de crecimiento de! microorganismo, las condiciones del transporte han de asegurar su viabilidad. Asimismo, incluso los protocolos de recogida de muestras mas sofisticados carecen de valor cuando la muestra recogida no es representativa del foco de la infecci6n. Aunque esto parece obvio, muchas muestras remitidas a los laboratorios para su analisis se contaminan durante el proceso de recogida con microorganismos que colonizan las mucosas. Dado que la mayoria de las infecciones se deben a microorganismos end6ge­

nos, es practicamente imposible interpretar los resultados de las pruebas realizadas con muestras contaminadas. Aunque el valor de estas pruebas es limitado, el laboratorio tambien puede determinar la actividad antimicrobiana de los farrnacos quirnioterapicos. El laboratorio tan solo debe estudiar los microorganismos capaces de producir enfermedades y los farrnacos antimicrobianos medicamente mas significativos. La evaluaci6n de todos los microorganismos aislados o una selecci6n empirica indiscriminada de farrnacos puede dar lugar a resul­ tados equivocos y a consecuencias potencialmente peligrosas. Por ello, puede ocurrir que un paciente reciba un tratamiento inapropiado basado en antibi6ticos innecesarios y, adernas, que no se identifique al verdadero microorganismo pat6geno en el amplio abanico de microorganismos aislados y estudiados. Finalmente, la determinaci6n in vitro de la susceptibilidad de un microorganismo a diversos antibi6ticos tan solo representa un aspecto mas de una compleja situaci6n. En la planificacion de! tratamiento de un paciente tarnbien se deben tener en cuenta la interacci6n huesped­parasito y aspectos como la virulencia de! microorganismo, la zona de la infecci6n y la capacidad de res­ puesta de! paciente frente a los efectos de la infecci6n.

• Resumen

Es importante entender que los conocimientos sobre el mundo microbiano experimentan una evoluci6n continua. Del mismo modo que los primeros microbi6logos basaron sus descubri­ mientos en los principios establecidos por sus predecesores, nosotros (y las futuras generaciones) continuaremos descubrien­ do nuevos microorganismos, nuevas enfermedades y nuevos tratamientos. Los capitulos que siguen pretenden proporcionar los fundamentos basicos para ampliar los conocimientos sobre los microorganismos y las enfermedades que provocan.

H asta el momento de! nacimiento el feto humano vive en un entorno muy protegido y practicamente esteril, sin embargo,

esta situaci6n cambia rapidamente cuando el lactante esta expues­ to a bacterias, arqueas, hongos y virus procedentes de la madre, de otros contactos pr6ximos y de! entorno. En los anos siguientes se forrnaran comunidades de organismos (microbiota o flora normal [tabla 2­1]) en la superficie de la pie], las fosas nasales, la cavidad bucal, los intestinos y el aparato genitourinario. El objetivo de este capitulo es conocer la participaci6n de estas comunidades en las funciones metab6licas e inmunitarias de las personas sanas, los factores que regulan la composici6n de estas comunidades y c6mo las alteraciones de estas comunidades pueden dar lugar a enfermedades.

Proyecto microbioma humano

Nuestro conocimiento actual de! microbioma tiene sus raices en

el exito de la finalizaci6n de! Proyecto Genoma Humano, un pro­

grama internacional de 13 afios de duraci6n iniciado en 1990 que determin6 las secuencias de los aproximadamente 3.000 millones de nucle6tidos que componen los 23.000 genes codificadores de proteinas que forman el acido desoxirribonucleico (ADN) huma­ no. De manera muy similar a los intentos de enviar un hombre

a la Luna, el principal legado de este trabajo fue el desarrollo de

tecnologias y soluciones inforrnaticas que permiten la generaci6n

y el analisis de grandes cantidades de datos de secuenciaci6n de

ADN y acido ribonucleico (ARN) mensajero. El Proyecto Microbioma Humano fue un estudio multinacio­ nal de 5 afios de duraci6n para analizar la composici6n genetica (microbioma) de las poblaciones microbianas que viven en el interior y en la superficie de los adultos sanos. Para poner en perspectiva la complejidad de este programa se estima que las celulas bacterianas superan a las celulas humanas de! huesped en una proporci6n de 10: 1 y que la poblaci6n bacteriana aporta al menos 300 veces mas genes formadores de proteinas. El Proyecto Microbioma Humano se puso en marcha en 2007 con la recogida de muestras de la nariz, la boca, la piel, el intes­ tino y la vagina de voluntarios adultos sanos. Se identificaron los microorganismos mediante la secuenciaci6n de regiones especi­ ficas de] gen 16S de! ARN ribosornico, y la informaci6n sobre el contenido genico de toda la poblaci6n se determin6 mediante la secuenciaci6n de todo el genoma de un grupo de muestras. Estos analisis mostraron que hay una importante variaci6n en

la composici6n de especies y de genes de unas personas a otras

y en diferentes partes de! cuerpo. Por ejernplo, las bacterias que

colonizan el intestino son diferentes de las que hay en la boca, la

pie! y otras partes de! cuerpo. La parte de] cuerpo con la mayor diversidad taxon6mica y genetica fue el intestino, y la vagina fue la menos compleja. Diversos microentornos, como distintas

regiones de la boca, el intestino, la superficie cutanea y la vagina, tarnbien tenian su propio microbioma especifico (fig. 2­1).

• Microbioma central

La mayoria de las personas comparten un microbioma nuclear, que se define arbitrariamente como las especies que estan pre­ sentes en una localizaci6n especifica en al menos el 95% de las personas. Los maxirnos numeros de especies compartidas estan presentes en la boca, seguida por la nariz, el intestino y la piel, y el menor nurnero de especies compartidas se encuentra en la vagina. Adernas, los pequenos numeros de especies que for­ man el microbioma nuclear son las especies mas numerosas, que representan la mayor parte de la poblaci6n total, mien­ tras que la porci6n restante de la poblaci6n (microbioma secun­ dario) esta formada por pequenas cantidades de muchas especies que pueden no estar compartidas ampliamente por diversas personas. Esto implicaria que los miembros de] microbioma nuclear tienen una importancia fundamental porque aportan funciones esenciales que se deben conservar para mantener unas actividades metab6licas e inmunitarias norrnales, y que las funciones que aporta el microbioma secundario tarnbien tienen una importancia fundamental, aunque pueden ser aportadas por diversos microorganismos. En otras palabras, aunque hay una gran variaci6n de especies de unas personas a otras, hay menos variaci6n en la composici6n genetica de cada parte de] cuerpo. La diversidad taxonornica de una poblaci6n es elevada, aunque las propiedades funcionales estan muy conservadas (redundancia funcional) en los microbiomas asociados al estado de salud. Esto no es sorprendente si se tiene en consideraci6n que el micro­ bioma es una comunidad que mantiene una relaci6n simbi6tica con su huesped, aportando funciones metab6licas necesarias, estimulando la inmunidad innata e impidiendo la colonizaci6n por pat6genos no deseados. Por tanto, puede haber variaciones interpersonales de! microbioma en personas sanas siempre que se satisfagan las funciones necesarias.

• Evoluci6n del microbioma y flora normal

La flora normal de una parte concreta de! cuerpo esta formada por una comunidad especifica de microbiota nuclear y secun­ daria que ha evolucionado mediante una relaci6n simbi6tica con el huesped y una relaci6n competitiva con otras especies. El huesped ofrece un Ingar que colonizar, nutrientes y cierta protecci6n frente a especies no deseadas (respuestas inmuni­ tarias innatas). Los microorganismos aportan funciones meta­ b6licas necesarias, estimulan la inmunidad innata y reguladora

6

MICROBIOLOGIA MEDICA

Tabla 2-1

Glosario de terminos

Definicion

Microbiota

Comunidad de microorganismos que viven en el interior y exterior del individuo; puede variar mucho dependiendo del entorno y los nichos del buesped en estados de salud y enfermedad

Flora normal

Microbiota

Microbioma

Conjunto de genomas microbianos que aparecen

Microbioma

en la microbiota Especies microbianas compartidas habitualmente entre

central

diversas personas en partes del cuerpo especificas;

Microbioma

aunque generalmente estan representadas por un escaso numero de especies, forman la mayor proporci6n de la poblaci6n microbiana Especies microbianas que contribuyen a la diversidad

secundario

especifica de los individuos en partes del cuerpo

Redundancia

concretas; habitualmente estan presentes en cantidades proporcionalmente pequeiias

funcional

Funciones necesarias (p. ej., metabolismo de nutrientes, regulaci6n de la respuesta inmunitaria) que realizan los diversos miembros de la microbiota

Diversidad

Namero variable de especies que forman la microbiota

taxon6mica

Prebi6tico

lngrediente alimentario que estimula la proliferaci6n de uno o mas miembros de la microbiota

Probi6tico

Microorganismo vivo que, cuando se ingiere, se cree que ofrece beneficios al buesped

e impiden la colonizaci6n por pat6genos no deseados (fig. 2­2). La capacidad de tolerar la cantidad de oxigeno o la falta de esta (estado de oxidorreducci6n) y el pH y la concentraci6n de sales, ademas de la fijaci6n de minerales esenciales y la captaci6n y el metabolismo de los nutrientes disponibles, determinan el numero y la naturaleza de las especies que pueblan una parte del cuerpo. Las bacterias anaerobias o anaerobias facultativas colonizan la mayoria de las partes de! cuerpo debido a la falta de oxigeno en zonas como la boca, el intestino y el aparato genitourinario. La composici6n de la microbiota depende de la higiene per­ sonal (p. ej., uso de jabon, desodorantes, colutorios, exfoliaci6n cutanea, enemas, duchas vaginales), la alimentaci6n, la fuente de! agua de bebida, los farrnacos (especialmente antibi6ticos) y la exposici6n a toxinas ambientales. Beber agua de pozo o agua clorada del suministro de una ciudad, o consumir una alimen­ taci6n que incluye mas o menos fibra, azucar o grasas, puede seleccionar diferentes bacterias intestinales debido a su capacidad de utilizar los minerales (p. ej., hierro) y los nutrientes esenciales. La alteraci6n de! entorno con alimentos o farrnacos tarnbien puede modificar la microbiota (fig. 2­3). Estos cambios pueden ser aceptables si se mantienen el microbioma y las propiedades funcionales basicas del microbiorna, aunque pueden producir enfermedades si se pierden estas funciones. Historicamente, la principal preocupaci6n con el uso de antibi6ticos de amplio espectro era la selecci6n de bacterias resistentes; sin embargo, la alteraci6n de! microbioma y la perdida de funciones esenciales deberian ser problemas mas preocupantes. De las aproximadamente 200 especies unicas de bacterias que colonizan el intestino la mayoria pertenecen a los filos Actinobac­ teria (p. ej., Bifidobacterium), Bacteroidetes (p. ej., Bacteroides) y

Firmicutes (p. ej., Eubacterium, Ruminococcus, Faecalibacterium,

Blautia). Debe senalarse que nos e reconoci6 la importancia de muchas de estas bacterias antes de que se utilizara la secuencia­

ci6n genica para identificar y cuantificar la microbiota intestinal. En el colon algunas bacterias libran una guerra entre especies para establecer su nicho con bacteriocinas (p. ej., las colicinas producidas por Escherichia coli), otras proteinas antibacterianas y metabolitos que impiden la proliferaci6n de otras especies. Estas moleculas tarnbien benefician al huesped mediante la eliminaci6n

de bacterias invasoras, como Salmonella, Shigelta, Clostridium

difficile, Bacillus cereus y otros pat6genos. Las bacterias tambien deben resistir a los peptides antimicrobianos y la inmunoglobu­ lina (lg) A producida por el huesped y liberada hacia el intestino. El metabolismo de los nutrientes tiene una importancia fun­ damental en la relaci6n simbi6tica entre el huesped humano y los microorganismos. Las bacterias del intestino humano son responsables de metabolizar carbohidratos complejos (como la celulosa) para dar acidos grasos de cadena pequefia como ace­ tato, propionato y butirato, que se pueden transportar y utilizar facilmente en las celulas de nuestro cuerpo. Estos acidos tambien limitan la proliferaci6n de bacterias indeseadas. Otras bacterias se nutren de los carbohidratos, las mucinas que tapizan el epitelio o los aceites liberados con nuestro sudor. Bacteroidetes y Firmicutes son mas eficientes que otros microorganismos en la degradaci6n de carbohidratos cornplejos, incluyendo los compuestos de la pared de las celulas vegetales (celulosa, pectina, xilano), adernas de carbohidratos derivados de! huesped, como los que estan unidos a las mucinas o los sulfatos de condroitina de la capa mucosa protectora de! intestino. Los aumentos en la proporci6n de estas bacterias en el microbioma intestinal pueden llevar a una mayor eficiencia en el almacenamiento de los subproductos metab6licos. Esto puede ser util en poblaciones malnutridas yen pacientes con enfermedades debilitantes, como el cancer, o puede producir obesidad en poblaciones bien nutridas.

lmportancia del microbioma en estados de enfermedad

Si el microbioma normal caracteriza a la salud, las alteraciones en el microbioma pueden implicar una enferrnedad, una relaci6n que tan solo ahora estamos empezando a comprender. En 1884 Robert Koch y Friedrich Loeffler definieron la relaci6n entre un microorganismo y una infecci6n. Los postulados de Koch se basaban en el concepto de un microorganismo: una enfermedad. La investigaci6n sobre el microbioma ha introducido un nuevo concepto (la enfermedad producida por una comunidad de microorganismos y no por una unica especie de bacterias), y la influencia se extiende mas alla de las enfermedades «infecciosas» tradicionales para incluir trastornos inmunitarios y metab6licos como enfermedad inflamatoria intestinal, obesidad, diabetes de tipo 2 y enfermedad celiaca. Ahora estamos en los albores de una nueva era en la definici6n de las enfermedades infecciosas. La alteraci6n de la microflora normal (denominada habi­ tualmente disbiosis) puede producir enfermedades por la eliminaci6n de microorganismos necesarios o porque permite la proliferaci6n de bacterias perjudiciales. Por ejernplo, despues de la exposici6n a antibi6ticos y la supresi6n de la flora intestinal normal C. difficile puede proliferar y expresar enterotoxinas, lo que produce inflamaci6n de! colon (colitis asociada a antibio­ ticos). Otra enfermedad de! colon, la colitis ulcerosa, se asocia a mayor concentraci6n de bacterias productoras de sulfatasas que degradan la rnucina, lo que causa degradaci6n de! reves­ timiento mucoso protector de la pared intestinal y estimulaci6n de respuestas inmunitarias e inflamatorias. Las personas con una microbiota intestinal que degrada con mas eficiencia los carbohidratos complejos interiorizan estos nutrientes, en lugar de eliminarlos, y por ello son susceptibles a la obesidad y tie­ nen predisposici6n a sindrornes metab6licos como la diabetes

CAPITULO 2

EL MICROBIOMA HUMANO EN LA SALUD YE N LA ENFERMEDAD

e Glabela --

e Surco alar ----- ,

e Conducto auditive - - - externo

e Fosa nasal

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Cianobacteria

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<1 %

Firmicutes

D

No clasificado

• Otros Firmicutes

D Staphylococcaceae

• Sebaceo

Hurneoo

• Seco

7

FIGURA 2­1 Distribuci6n topografica de las bacterias en regiones de la pie!. Como en otras partes de! cuerpo, la distribuci6n de! microbioma cutaneo depende de! microentorno de la zona de la que se ha obtenido la muestra, como superficies sebaceas u oleosas (circulos azules), humedas (circulos verdes) y secas y planas (circulos rojos). (De Grice E, Segre J: The skin microbiome, Nat Rev Microbiol 9:244­253, 2011.)

de tipo 2. No todos los pacientes predispuestos geneticamente a la enfermedad celiaca, una alteraci6n intestinal de mecanismo inmunitario precipitada por la exposicion a las proteinas del gluten, tienen sintomas, La microbiota intestinal de la mayoria de las personas esta formada por bacterias capaces de digerir los glu­ tenes, lo que puede ser suficiente para proteger a estas personas con predisposicion genetica. Si no estan presentes estas bacterias se puede producir la enfermedad. Los cambios del microbioma cutaneo se asocian a progresi6n a infecciones cronicas de heri­ das y empeoramientos epis6dicos de dermatitis atopica, La alteracion de! microbioma vaginal desde relativamente pocos microorganismos predominantes hasta una poblacion mixta y heterogenea se asocia a progresi6n a vaginitis.

• Diagn6stico y terapeutica

El conocimiento de la influencia de la disbiosis sabre la evoluci6n de las enfermedades puede llevar tanto a pruebas diagn6sticas avanzadas como a nuevos caminos para la intervenci6n terapeutica. De la misma forma que la presencia de Salmonella o Shigella indica enfermedad, los cambios en la diversidad y la composici6n de la microflora fecal tarnbien pueden indicar susceptibilidad o inicio de la enfermedad. El ejemplo mas evidente es la enfermedad por C. difficile: la enfermedad clinica esta precedida por depleci6n de la flora normal debido al uso de antibi6ticos. Debe seiialarse que a los pacientes con infecciones cronicas y recurrentes por C. difficile se les trata con exito mediante la repoblacion del intestino con trasplantes

8

MICROBIOLOGfA MEDICA

Microbiota saludable

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FIGURA 2-2 Protecci6n por la microbiota intestinal frente a las infecciones intestinales. I) La saturaci6n de los puntos de colonizaci6n y el consumo de nutrientes limitan el acceso de los pat6genos a los tejidos de! huesped: II) la microbiota ceba la inmunidad innata mediante la estirnulacion de la producci6n de mucina, inmunoglobulina (lg) A y peptides antimicrobianos (PAM ); III) la microbiota estimula la expresion de interleucina (IL) 22, que aumenta la resistencia del epitelio, y de la producci6n de IL­1 , que favorece la atracci6n de celulas inflamatorias. (De Khosravi A, Mazmanian S: Disruption of the gut microbiome as a risk factor for microbial infections, Curr Opin Microbial 16:221­227, 2013.)

de heces de! conyuge o un familiar proximo sanos, o con mues­

• Probi6ticos

tras de heces creadas artificialmente y formadas por una compleja mezcla de microorganismos fecales aerobios y anaerobios.

Los probioticos son mezclas de bacterias o levaduras que tras

Otras alteraciones mas sutiles en el microbioma intestinal pueden predecir la aparicion de enfermedades coma enteroco­ litis necrosante (ECN), enfermedad inflamatoria intestinal y

su ingestion colonizan y proliferan en el intestino, aunque solo sea de forma transitoria. Los consumidores de probioticos creen que actuan reequilibrando el microbioma y funciones tales coma

tendencia a la obesidad. La ECN es una enfermedad intestinal

el

aumento de la digestion de los alimentos y la modulacion de

devastadora que afecta a lactantes prematuros. En muestras de

la

respuesta inmunitaria innata del individuo. El motivo mas

heces obtenidas prospectivamente en lactantes menores de 29 se­ manas de edad gestacional que posteriormente presentaron ECN se observa una disbiosis evidente antes de la aparicion de la enfermedad. Los lactantes con enfermedad de inicio temprano

frecuente por el que las personas utilizan probioticos de venta sin receta es para mejorar y mantener la funcion intestinal y regular y mejorar la tolerancia a la lactosa. Los probioticos habi­ tualmente son bacterias grampositivas (p. ej., Bi.fidobacterium,

tienen predominio de Firmicutes (fundamentalmente Staphy­

Lactobacillus) y levaduras (p. ej., Saccharomyces). Muchos de

lococcus), mientras que los lactantes con ECN de inicio tardio

estos microorganismos se encuentran en capsulas para ingerir

tienen predominio de Enterobacteriaceae.

y

coma complementos alimentarios (p. ej., yogur, kefir). Se

Tambien se han descrito los efectos de las alteraciones del micro­ bioma en relacion con la patogenia de la enfermedad inflamatoria intestinal y el cancer colorrectal. La proliferacion de bacterias coma Akkermansia muciniphila, que producen sulfatasas que degradan la mucina, es responsable de la degradacion del revestimiento de la pared intestinal. Ademas, un aumento de los miembros de la familia de anaerobios Prevotellaceae causa activacion de la inflarnacion mediada por quimiocinas. Cepas enterotoxigenas de Bacteroidesfra­ gilis tambien puede inducir respuestas inflamatorias mediadas por linfocitos T cooperadores que se asocian a colitis y son precursoras de hiperplasia colonica y tumores colorrectales. Por ultimo, Metha­ nobrevibacter smithii, un miembro poco importante del microbioma intestinal, aumenta la digestion de los glucanos de la alimentacion por Bacteroides thetaiotaomicron y otras bacterias del microbioma nuclear intestinal, lo que lleva a la acumulacion de grasa.

han utilizado los probioticos para tratar la diarrea asociada a C. difficile y la enfermedad inflamatoria intestinal, para conferir proteccion frente a la enfermedad por Salmonella y Helicobacter pylori, coma tratamiento de la dermatitis at6pica infantil y de enfermedades autoinmunitarias, e incluso para la reducci6n de la caries dental, aunque no se ha demostrado la utilidad de los probioticos en muchas de estas enfermedades. Aunque los pro­ bi6ticos son complementos alimentarios saludables, no todos los probioticos son eficaces, y tampoco lo son en todas las personas. La especie, la mezcla de especies y la dosis y la viabilidad de los microorganismos probioticos que conforman una formulaci6n de probioticos influyen en su potencia, eficacia y utilidad tera­ peutica, Loque esta claro es que de forma muy similar al uso de mezclas artificiales complejas de microorganismos para tratar la enfermedad recurrente por C. difficile, es probable que los

CAPITULO 2

EL MICROBIO MA HUMANO EN LA SALUD YE N LA ENFERMEDAD

9

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• Bacteroidetes Alistipes

• Bacteroidetes Bacteroides

• Bacteroidetes Parabacteroides

• Firmicutes Blautia

• Firmicutes Clostridium XVIII

• Firmicutes Enterococcus

• Firmicutes Faecalibacterium

• Firmicutes Lachnospiraceae incertae sedis

• Firmicutes Lactobacillus

• Firmicutes Oscillibacter

• Firmicutes Streptococcus

• Firmicutes Subdoligranulum Firmicutes uc_Clostridiales Firmicutes uc_Lachnospiraceae Firmicutes uc_Ruminococcaceae

• Proteobacteria Escherichia/Shigella

• Proteobacteria Klebsiella Proteobacteria uc_Enterobacteriaceae Otros

inhibidor de la sintesis de la cubierta celular

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• Actinobacteria Bifidobacterium

• Bacteroidetes Alistipes

• Bacteroidetes Bacteroides

• Bacteroidetes Parabacteroides

• Bacteroidetes uc_Bacteroidales

• Bacteroidetes uc_Bacteroidetes

• Firmicutes Blautia

• Firmicutes Enterococcus

• Firmicutes Faecalibacterium

• Firmicutes Subdoligranulum

• Firmicutes uc_Bacilli

• Firmicutes uc_Clostridiales

• Firmicutes uc_Firmicutes

• Firmicutes uc_Lachnospiraceae Firmicutes uc_Lactobacillales Firmicutes uc_Ruminococcaceae

• Proteobacteria Escherichia/Shigella

• Proteobacteria Salmonella

• Proteobacteria uc_Enterobacteriaceae Proteobacteria uc_Gammaproteobacteria Otros

FIGURA 2-3 Efecto de los antibi6ticos sobre la microbiota intestinal. Se obtuvieron muestras de heces de cuatro pacientes tratados con antibi6ticos: paciente A, moxifloxacino; paciente B, penicilina + clindamicina; paciente C, cefa