20/08/2019

Aminoácidos – estrutura geral

Aminoácidos e peptídeos a

• diferenciação pelo grupo R

• grupos amino e carboxílico apresentam carga em pH fisiológico (~7)

R  H (Glicina)
pKa1: grupo carboxílico
pKa2: grupo amino
pKa1: grupo carboxílico
pKa2: grupo amino

pI: ponto isoelétrico

pKa=4.8
Corresponde ao pH onde a
molécula apresenta carga
líquida=0

pI = (pKa1 + pKa2)/2
pKa=2.3
pI = (2.34 + 9.60)/2 = 5.97

Se o grupo R for ionizável,

pI = (pKa1 + pKaR)/2
ou
pI = (pKaR + pKa2)/2

Aminoácidos com grupo R não ionizável

COOH pKa1 ~ 2 COO- pKa2 ~ 9 COO-
pI = (pKa1 + pKa2)/2
NH3 +
NH3+ NH2 Classificação dos aminoácidos
+1 0 -1
através do grupo R
Aminoácidos com grupo R ionizável
pI = (pKa1 + pKaR)/2
COO- COO-
 não-polar, alifático
COOH COO-
pKa1 ~ 2 pKaR ~ 4 pKa2 ~ 9
COOH COOH COO- COO-  aromático
NH3+ NH3+ NH3+ NH2  polar, não carregado (em pH fisiológico)
+1 0 -1 -2
 carga negativa
pI = (pKa2 + pKaR)/2  carga positiva
COOH COO- COO- COO-
pKa1 ~ 2 pKa2 ~ 9 pKaR ~ 10
NH3+ NH3+ NH2 NH2

NH2 Nesta classificação, os grupos amino e carboxílico NÃO são considerados.

NH3+ NH3+ NH3+

+2 +1 0 -1

1
 20/08/2019

(pKa1= 2.2)

(pKa2 = 9.11)

(Glicina) (Alanina) (Prolina) (Valina)

(Fenilalanina)
Phe, F pKaR = 10.07

Tyr, Y (Tirosina) Trp, W

(isoleucina) (pI = 5.66) (Triptofano)
(Leucina) (Metionina)

(pKa1= 2.18) (pKa1= 2.02) (pKa1= 1.82)

(pKa1= 1.96)
(pKa2 = 8.95) (pKa2 = 8.8) (pKa2 = 9.17)

pKa2
10.28

pKaR=8.18
Ser, S Thr, T Cys, C
(Serina) (Treonina) (Cisteína) Gln, Q
Asn, N pKaR=6.00

(Asparagina) (Glutamina)
(pI = 5.07) pKaR=10.53 pKaR=12.48
(pI = 9.74) Lys, K

(Lisina) Arg, R His, H

(Histidina)
(Arginina) (pI = 10.76) (pI = 7.59)

OUTROS AMINOÁCIDOS (considerados raros)

(pKa1=1.88) (pKa1= 2.19)

(pKa2 = 9.60) (pKa2 = 9.67)

pKaR=3.65
(Aspartato) pKaR=4.25
Asp, D (Glutamato)

(pI = 2.77) Glu, E (pI = 3.22)

2
 20/08/2019

Complexação de metais de transição Cisteína

(por exemplo Fe, Cu, Mo, V, Zn, Ni)

Características especiais de alguns aminoácidos

Exemplo: cluster 4Fe-4S

Exemplos:
• Complexação com metais de transição
• Modificação covalente

Reação de óxido-redução de Cisteínas

Alguns aminoácidos podem sofrer

modificação covalente

Essas modificações ocorrem a nível fisiológico,

ativando ou inativando uma proteína ou enzima.

red
ox

Modificações de aminoácidos - fosforilação Modificações de aminoácidos

ADP ribosilação
adenilação e uridililação

Tyr -Tirosina
Thr - Treonina

Ser - Serina

His - Histidina

Tirosina (Tyr)

3
 20/08/2019

A ligação entre 2 aminoácidos envolve o

Aminoácidos podem ser polimerizados formando: grupos amino e carboxílico do Ca
 Peptídeos (≥ 2 aa)
 Oligopeptídeos (≤ 50 aa)
 Proteínas (> 50 aa)

a a
Esses polímeros são responsáveis por
 sinalização
 estrutura
 catálise O grupo R não interfere ou participa da ligação entre os 2
 outros aminoácidos

A presença de um grupo carboxílico (do Ca) livre permite a

Formação da ligação peptídica ligação de outro aminoácido

À princípio, não há limite no número de aminoácidos que podem ser

polimerizados
Ligação peptídica
O número (e ordem) de aminoácidos da cadeia depende de uma
informação contida no genoma do organismo

N-terminal Serina Glicina Tirosina Alanina Leucina

amino ou carboxílico da cadeia R

Não estão envolvidos na formação
da ligação peptídica

C-terminal Sequência de aminoácidos (N → C) = Estrutura primária

4
 20/08/2019

Níveis Estruturais de uma proteína

Estrutura tridimensional de
PROTEÍNAS

A função biológica de um proteína depende de sua

conformação tridimensional
• a perda da conformação tridimensional acarreta perda
de atividade biológica

Estrutura super-secundária: motivos estruturais

Estrutura PRIMÁRIA Interações fracas são responsáveis pelas estruturas secundária,

terciária e quartenária

Refere-se a sequência de aminoácidos

Por convenção a sequência é indicada no sentido N-terminal para C-
terminal

N-terminal → C-terminal

• Envolve ligação covalente entre os aminoácidos • ligação de hidrogênio

• interação iônica
• é o único nível estrutural não relacionado com
• interação hidrofóbica
conformação tridimensional
• força de Van der Waals

A ligação peptídica é planar

Conformação da cadeia

Diferentes ângulos f/y

 Ligação C-N apresenta caráter de dupla-ligação (restrição)

f e y serão resultados das interações entre os diversos grupos R

ligações peptídicas e entre estes e o solvente.
A conformação da cadeia peptídica depende da relação f/y

5
 20/08/2019

Estrutura SECUNDÁRIA Estrutura secundária – a-hélice

Refere-se ao arranjo tridimensional (conformação) de

pequenos segmentos da cadeia polipeptídica.
Corresponde a um arranjo regular de aminoácidos presentes
em um segmento da cadeia polipeptídica em que cada
aminoácido está espacialmente relacionado a aminoácidos
adjacentes.
• a-hélice
Ligação

• -conformação (fita preguiada)

peptídica

• volta β
Estabilizada pela formação de ligações de hidrogênio
entre ligações peptídicas

Estrutura secundária – a-hélice Restrições para a formação de a-hélice

• Nesta estrutura existe a maior proximidade espacial entre grupos R localizados 3
(ou 4) resíduos de distância na estrutura primária
• presença de Prolina

a R a

vs H
Arg103 N N

Asp100
• aminoácidos com grupo R volumoso próximo ao Ca

• repulsão eletrostática de grupos R próximos

a-hélice da troponina C (segmento de 13 residuos).

Interação entre grupos Asp100 e Arg103

Estrutura secundária → -conformação

Nesta estrutura, existe a maior distância espacial entre 2 grupos R adjacentes

6
 20/08/2019

Estrutura secundária – volta  Estrutura SUPER-SECUNDÁRIA

São conhecido como “motivos” estruturais e correspondem
a arranjos contendo diversos segmentos com estrutura
secundária determinada

Frequentemente apresentam Glicina e Prolina

• Gly: pequeno e flexível
• Pro: configuração cis

Estrutura TERCIÁRIA Estrutura terciária

Corresponde ao arranjo tridimensional do polipeptídeo (proteína)
e envolve a localização espacial de todos os aminoácidos da
cadeia proteica

Estrutura terciária

Estrutura Super- Estrutura Secudária

secundária

Estrutura quartenária
Estrutura QUARTENÁRIA (somente para proteínas com mais de uma cadeia polipeptídica)
Corresponde ao arranjo tridimensional de uma proteína contendo
duas ou mais cadeias polipeptídicas. Glutamina sintetase:
Estrutura do homodímero da proteína do envelope do
12 subunidades iguais
vírus da Dengue
Estrutura
quartenária Vista superior

Subunidade 1

Estrutura terciária
Subunidade  Subunidade 2

Vista lateral

Hemoglobina: tetrâmero a22

7
 20/08/2019

Proteínas globulares
Níveis estruturais apresentam uma região interna
(protegida do solvente) e uma
• Estrutura Primária*: sequência de aa região exposta ao solvente.
• Estrutura Secundária**: arranjo tridimensional local
Estrutura Super-secundária**: motivos estruturais
• Estrutura Terciária**: arranjo tridimensional do a conformação tridimensional é direcionada pela relação:
polipeptídeo ► solvente - aminoácido
• Estrutura Quartenária**: arranjo tridimensional de ► aminoácido - aminoácido.
proteínas multiméricas (≥ 2 cadeias polipeptídicas)

* ligação covalente  aspectos gerais (solvente aquoso)

** interações fracas ► Interação hidrofóbica (interior)

► Ligações de Hidrogênio (interior e exterior)

► Interações iônicas (exterior)

A atividade biológica depende da conformação

tridimensional do polipeptídeo/proteína A atividade biológica depende da conformação
tridimensional do polipeptídeo/proteína

• pequenas alterações na conformação espacial podem resultar em aumento

ou diminuição da atividade biológica (regulação)

Conformação NATIVA Conformação DESNATURADA

(funcional) (sem atividade biológica)

perda de conformação = perda de atividade biológica

Fatores que podem levar a DESNATURAÇÃO de uma proteína
• aquecimento, extremos de pH, troca de polaridade de solvente, etc

Uma proteína pode ser desnaturada sem sofrer alteração em sua estrutura primária

Existem diferentes graus de perda de conformação que afetam a atividade biológica Atividade biológica e conformação tridimensional
Ex. prions (relacionado a doença da vaca louca)

Normal
nativa doença

dimerização

desnaturada
PrPC → PrPSc
A interação entre PrPC e PrPSc leva a forma normal a assumir a forma
“scrapie”
A alteração da conformação tridimensional pode não envolver perda Algumas mutações favorecem o aparecimento da forma “scrapie”
da estrutura primária de uma proteína

8
 20/08/2019

Outros modelos
para a formação de
agregados PrP

High-resolution structure of
infectious prion protein: the final
frontier
Rodrigo Diaz-Espinoza &
Claudio Soto
Nature Structural & Molecular
Biology 19, 370–377 (2012)
doi:10.1038/nsmb.2266

(a) In the β-helical model, a major refolding of the N-terminal region of PrP27-30 into a β-helix motif from residues 90 to 177 (light
green) is proposed. The C-terminal region (residues 178–230, dark green) maintains the α-helical secondary structure organization,
as in PrPC. (b) The β-spiral model developed by molecular dynamics simulation consists of a spiraling core of extended sheets
comprising short β-strands, spanning residues 116–119, 129–132, 135–140 and 160–164. In this model, the three α-helices in
PrPC maintain this conformational motif. (c) The parallel in-register extended β-sheet model of PrPSc proposes a thorough refolding of
PrPC into a structure composed mainly of β-sheets. To facilitate comparison, the same color assignment for structural motifs has
been used in all panels. The figure for the spiral model was kindly provided by W. Chen and V. Daggett.