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BIOCHIMIE
PHA-1013
Sandrine Sallé-Lefort
sandrine.salle.1@ulaval.ca
10 septembre 2019
2
La Biochimie
L’étude des processus
moléculaires qui sont à la
base du Vivant
Intégration de domaine
Chimie Immunologie
Biologie Cellulaire Physiologie
Biologie Moléculaire Pharmacologie
Génétique Pharmacocinétique
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Cheminées hydrothermales
• T° extrême
• pH acide
• Enrichies en sels minéraux et en sulfure d’hydrogène
EAU (vapeur)
+ Atmosphère : CH4, NH4, H2S, CO2 …
+ Éclairs/Orages : Fortes décharges électriques
1 2
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La transition entre des systèmes statiques générés de manière aléatoire vers des
systèmes auto-réplicatifs a été un moment clé dans l’évolution de la vie
• Enrichir l’environnement de molécules aptes à se répliquer
• Établissement d’un processus de « sélection naturelle »
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9
THERMODYNAMIQUE
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Introduction à la thermodynamique
Thermodynamique et Biologie
son environnement
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• Fermés
Fusion Vaporisation
∆G = ∆H –T∆S
ΔG = ΔH - TΔS
Équilibre chimique
• Variation de l’énergie libre
• Concentration des réactifs et des produits
• Température
Équilibre chimique
• L'équilibre chimique est un état dans lequel la vitesse
de la réaction directe est égale à celle de la réaction
inverse
CHIMIE DE L’EAU
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Neutron
Électron
Électron
Proton
Proton
A : nb de masse
Nucléons = protons + neutrons
Z : n° atomique Noyau Hydrogène
Nb de protons
Oxygène
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Liaisons hydrogène
molécules d’eau
molécule
• Liaisons faibles
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Effet hydrophobe
• Substances apolaires : charges
symétriques
• Ex CO2 : O = C = O
δ- δ+ δ-
Molécule amphiphile
Possède à la fois un groupement hydrophile et un
groupement hydrophobe
CH3CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2 C O-
Palmitate (C15H31COO-)
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Osmose
• Mouvement du solvant à travers une
membrane semi-perméable de le
sens du moins concentré vers le
plus concentré
Diffusion
- H
+ Ion
O O O
H + hydronium
H H H
H H
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Constante de dissociation et pH
• Ke = 10-14
• H2O + HCl → [H+]↑ et [OH-]↓ mais Ke ne change pas
• H2O + NaOH → [H+]↓ et [OH-]↑ mais Ke ne change pas
• Si la [H+] est :
• = 10-7 : la solution est neutre
• > 10-7 : la solution est acide
• < 10-7 : la solution est basique
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Définition du pH
• Acide fort : [H+] = 100M = 1M, pH=0
• Base forte : [H+] = 10-14M, pH=14
𝐩𝐇 = − 𝐥𝐨𝐠 𝐇 +
OU
𝟏
pH = 𝐥𝐨𝐠
𝐇+
• Échelle logarithmique !
Δ d’une unité de pH Δ d’un facteur 10 de la [H+]
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ACIDE BASE
Solution tampon
• Solution aqueuse capable de maintenir
le pH malgré l’ajout d’un Acide ou
d’une Base
Solution tampon
• pH sanguin : très finement régulé (entre 7.37 et 7.43)
BIOMOLÉCULES
COMPOSITION, STRUCTURE ET PROPRIÉTÉS
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Nucléotides Purine
• Molécules ubiquitaires
• Composition
Base azotée
• Sucre Pyrimidine
• Groupement phosphate
Ribose Désoxyribose
Nucléotides
• Adénine • Adénine
• Guanine • Guanine
• Cytosine • Cytosine
• Uracile • Thymine
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L’ARN est un polymère fait d’unité de nucléotide. Les L’ADN est un polymère fait d’unité de nucléotide. Les
nucléotides sont composés d’un sucre (ribose), d’un nucléotides sont composés d’un sucre
groupement phosphate et d’une base azotée. (désoxyribose), d’un groupement phosphate et d’une
base.
• Polymère de nucléotides
Transcription : définitions
• Promoteur
• Séquence essentielle de l’ADN servant de site de liaison aux facteurs de
transcription
• ARN polymérase
• Enzyme, associée aux facteurs de transcription, qui assure la conversion de
l’ADN en ARN
• Facteurs de transcription
• Protéines qui activent ou répriment l’initiation de la transcription selon les
besoins de l’organisme
• Séquence de terminaison
• Séquence spécifique du brin matrice mettant fin à la transcription
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Transcription
• Initiation
• ARN polymérase et facteurs de
transcription
• Élongation
• Par complémentarité des
nucléotides (AGC et U)
• Terminaison
• Séquence de terminaison
• Libération de l’ARN
• Fermeture de l’hélice
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Traduction : définitions
• ARN messager (ARNm) : copie de l’ADN
AUG = Méthionine
Réplication de l’ADN Un brin répliqué en temps réel, l’autre est dit retardé.
Acides aminés
• Structure des acides aminés
• Un atome d’hydrogène
AA sont ionisés
Liaison peptidique
peptidiques (polypeptide)
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Pont disulfure
• Ex Cystéine : Contient un groupement thiol (SH)
une molécule
l’exception de la glycine
• Énantiomère ou Stéréoisomère
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• Projection à plat
forme L- ou D-
Stéréoisomère en pharmacologie
• Lors de la synthèse de certaines molécules on peut obtenir un mélange
des 2 isomères
Objectifs du cours
- Comprendre les concepts généraux
réplication