Tests for recombination are routinely performed in MLST-based studies and it has become clear that

homologous recombination rates vary widely between different species.

Elevated HRR in certain groups thus could indicate increased need for DNA repair, increased
importance
Variation in homologous recombination rates M Vos and X Didelot 200 of DNA for metabolism or a
role for recombination to increase the efficacy of natural selection.

The ratio r/y is a measure of the frequency at which recombination occurs relative to mutation and
therefore has an intuitive interpretation: if for example r/y 2, recombination events occur two times
as often as point mutation in the evolution of the population.

To measure the relative effect of homologous recombination on the genetic diversification of

populations, we decided to use the ratio r/m, or the ratio of rates at which nucleotides become
substituted as a result of recombination and mutation.

Oversampling of a single clone in an epidemic population structure will therefore result in an

underestimation of HRR. Although pooling of distinct populations will generally result in an
underestimation of HRR, it is possible to overestimate HRR of a given ecotype when it is lumped
together with ecotypes that have higher HRR. To avoid potential confounding effects of spatial
population structure, local or regional strain collections were analyzed instead of global collections
when possible.

The hot spring inhabiting cyanobacterium Mastigocladus laminosus has a low-to-intermediate HRR.
Two archaea, the thermoacidophile Sulfolobus and the halophile Halorubrum, have similar,
intermediate HRR. Homologous recombination has been detected in the bacteria Thermotoga and
Leptospirillum and the archaeon Ferroplasma, but these findings were based on non-MLST methods
and so could not be included here.

Variation in homologous recombination rates M Vos and X Didelot 207 Jolley KA, Wilson DJ, Kriz P,
McVean G, Maiden MC. The influence of mutation, recombination, population history, and selection
on patterns of genetic diversity in Neisseria meningitidis.
Tes untuk rekombinasi secara rutin dilakukan dalam studi berbasis MLST dan telah menjadi jelas
bahwa tingkat rekombinasi homolog bervariasi antara spesies yang berbeda.

Peningkatan HRR dalam kelompok-kelompok tertentu dengan demikian dapat menunjukkan

peningkatan kebutuhan untuk perbaikan DNA, peningkatan pentingnya Variasi dalam tingkat
rekombinasi homolog M Vos dan X Didelot 200 DNA untuk metabolisme atau peran rekombinasi
untuk meningkatkan efektivitas seleksi alam.

Rasio r / y adalah ukuran frekuensi di mana rekombinasi terjadi relatif terhadap mutasi dan oleh
karena itu memiliki interpretasi intuitif: jika misalnya r / y 2, peristiwa rekombinasi muncul dua kali
lebih sering daripada mutasi titik dalam evolusi populasi.

Untuk mengukur efek relatif rekombinasi homolog pada diversifikasi genetik populasi, kami
memutuskan untuk menggunakan rasio r / m, atau rasio tingkat di mana nukleotida menjadi
tersubstitusi sebagai hasil rekombinasi dan mutasi.

Oversampling dari klon tunggal dalam struktur populasi epidemi karena itu akan menghasilkan
meremehkan HRR. Meskipun pengumpulan populasi yang berbeda umumnya akan menghasilkan
perkiraan yang rendah terhadap HRR, adalah mungkin untuk melebih-lebihkan HRR dari suatu
ekotipe tertentu ketika disamakan dengan ekotipe yang memiliki HRR yang lebih tinggi. Untuk
menghindari efek pembaur yang mungkin dari struktur populasi spasial, koleksi strain lokal atau
regional dianalisis sebagai ganti koleksi global bila memungkinkan.

Air panas yang menghuni cyanobacterium Mastigocladus laminus memiliki HRR rendah hingga
sedang. Dua archaea, Sulfolobus thermoacidophile dan Halophob Halorubrum, memiliki HRR
intermediet yang sama. Rekombinasi homolog telah terdeteksi pada bakteri Thermotoga dan
Leptospirillum dan archaeon Ferroplasma, tetapi temuan ini didasarkan pada metode non-MLST
sehingga tidak dapat dimasukkan di sini.

Variasi dalam tingkat rekombinasi homolog M Vos dan X Didelot 207 Jolley KA, Wilson DJ, Kriz P,
McVean G, Maiden MC. Pengaruh mutasi, rekombinasi, sejarah populasi, dan seleksi pada pola
keragaman genetik pada Neisseria meningitidis.