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ORGANISMOS TRANSGENICOS

Raúl Hernán Vera Romero


Código: 88198259
Aspirante a Agronómo
Eliseth Jansasoy
Código:1061738707
Sandro López Bravo
Código: 87304073
Yeison Andrés Samboní
Código:1058972003

Tutora:
Juliana Rivera

Grupo:
203022_3

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA- UNAD


CIENCIAS AGRICOLAS, PECUARIAS Y DEL MEDIO AMBIENTE
CEAD PAMPLONA
NOVIEMBRE DEL 201

Estudio de caso A:
Estudio de caso A:

El añublo del arroz es una de las enfermedades más limitantes en la producción de arroz. Investigadores
del sector agrario son llamados a proponer un método de edición genómica para la obtención de una
variedad de arroz (Oryza sativa L. japonica) resistente al ataque por Magnaporthe oryzae. Los
investigadores sugieren abordar el problema mediante la interrupción del gen OsSEC3A a través de la
tecnología CRISPR / Cas9, mediante la estrategia de transformación de protoplastos con vectores binarios
de expresión Cas9 / gRNA.
Las plantas de arroz OsSEC3A mutantes mostraron signos de inmunidad mejorada, incluido un mayor
contenido de ácido salicílico, una regulación positiva de los genes relacionados con la respuesta de
defensa y una mayor resistencia de la enfermedad contra M. oryzae (Ma et al., 2018).

Explique:

1. ¿Qué significa el acrónimo CRISPR?.


Este proceso hace referencia al sistema inmune de algunas bacterias y arqueobacterias. De manera
más específica, el sistema CRIPSPR asociado a la proteína CAS9, es un mecanismo de defensa contra
la infección de fagos y plásmidos. A nivel de ácidos nucleicos, esta secuencia se ve como secuencias
repetidas en tándem en el extremo de un gen. Con el tiempo, se denominaron con el acrónimo
CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, por sus siglas en inglés) que
significa repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente espaciadas (Castro & Cobos,
2017). A continuación, se presenta un diagrama sobre las aplicaciones del proceso:
2. ¿Cuál es la función biológica del sistema CRISPR/Cas en las células procariotas?.
Muchas bacterias y arqueas tienen un sistema inmune adapatativo guiado por ARN
codificante para CRISPR. El sistema se ayuda de la proteína Cas. Este proceso responde a la
infección con bacteriófagos o pequeños fragmentos de DNA extraño. Después de una
infección, la célula hospedadora obtiene un registro del ADN extraño para futuras
infecciones. Al final del extremo 5’ el RNAcr contiene un corto segmento de RNA
complementario a la secuencia detectada como extraña y en el extremo 3’ se encuentra una
secuencia repetida de CRISPR, la complementariedad entre la secuencia CRISPR y el DNA
extraño provoca la destrucción especifica de la secuencia de ADN o ARN invasora, esta
destrucción se da gracias a las proteínas Cas. (Jiang & Doudna, 2017).
La forma en la que este complejo se descubrió resulta ser muyinteresante, en 1987, un grupo
de investigación de la Universidad de Osaka descubrió secuencias repetidas de nucleótidos
muy conservadas en el genoma de Escherichia coli. Inicialmente, se consideró como ADN
basura. Sin embargo, análisis posteriores las denominaron espaciadoras pues encontraron que
estas secuencias eran complementarias con secuencias de algunos fagos y virus que atacan a
las bacterias. Esto fue uno de los principios para establecer que las bacterias poseían
algosimilar a un sistema inmune con memoria (Lammoglia-Cobo etal.,2016).

3. ¿Qué es un motivo adyacente de protoespaciador (PAM, del inglés Protospacer


adjacent motif)?.
La secuencia en el genoma extraño del cual deriva el RNA espaciador se conoce como
protoespaciador, por lo tanto, cada espaciador se hibrida con un protoespaciador proveniente del
virus infectante. Corriente abajo del protoespaciador, se encuentra PAM (protospacer adjacent
motif, PAM, motivo adyacente al protoespaciador), esta es una secuencia de 2 a 5 nucleótidos
requerida para el reconocimiento del sitio de corte de la nucleasa y necesario para que la nucleasa
Cas9 inicie la ruptura del protoespaciador. Debido a que PAM es exclusivo del ADN invasor, y
no
en la región CRISPR, este impide una respuesta autoinmune (Reyes, Olivera & Guerra, 2015).
4. “sgRNA” es la abreviatura que hace referencia a una molécula sintética de ARN
guía de cadena sencilla. ¿Cuál es la función de sgRNA en el Sistema
CRISPR/Cas? Por favor apóyese de imágenes para explicar dicha función tal
claramente como le sea posible.
sgRNA es un RNA quimérico proveniente de la fusion de tracrRNA Y crRNA
permitiendo la dirección del sistemas CRISPR/CASa cualquier gen blanco que sea
inmediatamente cercano al a secuencia PAM. Como se ha mencionado anteriormente, el
complejo CRISPR/cas9 es una nucleasa que es guiada por un RNA pequeño denominado single
guide RNA (sgRNA) hacia el DNA blanco, allí se generan interacciones de Watson y Crick entre
las bases nitrogenadas y se produce un nick (ruptura de las dos hélices del ADN) por medio de la
proteína CAS (Ran et al., 2013).

5. OsSEC3A, una subunidad importante del complejo de exocisto en el arroz. ¿Cuál


es la función del complejo de exocisto a nivel celular?.
El reconocimiento de la membrana de destino constituye un mecanismo fundamental de la
especificidad de los procesos de fusión de membranas.
El contacto inicial entre las membranas se realiza mediante complejos multiproteicos de gran
tamaño localizados en la membrana celular y que reciben el nombre de exocisto (Merino., Martín
& Artalejo, 2009). El exocisto media un reconocimiento inicial o anclaje de las vesículas a la
membrana plasmática en las etapas tempranas de la exocitosis. El
exocisto es un complejo proteico compuesto por: Sec3, Sec5, Sec6, Sec8, Sec10, Sec15, Exo70 y
Exo84. En plantas, es un subcomplejo que participa en la regulación de exocitosis polarizada
durante la expansión celular. La expansión de los genes de las subunidades del exocisto en
Arabidopsis incluye por ejemplo EXO70. Reportes recientes han demostrado que en algunas
plantas, la sobreexpresión de este gen esta involucarda también con la respuestas inmunes (Ma et
al., 2018).
La función del complejo de exocisto a nivel celular es el alargamiento del vello radicular. Acción,
embriogénesis y germinación de polen (Elías y col.,2003; Wen y col. 2005; Zhang y col. 2013;
Bloch y col., 2016).
6. Escriba la secuencia PAM utilizada por los investigadores para lograr la interrupción del
gen OsSEC3A.

R/:

Secuencia PAM para lograr la interrupción del gen OsSEC3A utilizado por los investigadores

Actividad objetivo del gen. Cas9 tiene 50-NGG-30 PAM secuencia (barras azules) y Cpf1
tiene una secuencia 50-TTTV-30 PAM (barras verdes).

7. Escriba la secuencia objetivo de edición ubicada en la vecindad del PAM

R/:

8. Mencione 2 características fenotípicas presentes en las plantas de arroz OsSEC3A mutantes.


¿puede cada una de estas características favorecer o desfavorecer la producción de arroz? ¿si o no?
y, ¿por qué?.

R/:

Características fenotípicas en las plantas de arroz OsSEC3A mutantes

1. Defensas mejoradas, como se muestra por niveles de transcripción regulados por aumento
de genes relacionados con la síntesis de patogénesis y ácido salicílico.

2. Aumento de los niveles de Sali ácido cíclico y mayor resistencia al patógeno fúngico
Magnaporthe oryzae.
Si pueden favorecer la producción de arroz, porque resisten al estallido del arroz, a través del
extremo C y unido a los lípidos de fosfatidilinositol, particularmente fosfato de fosfatidilinositol-
3, a través de su extremo N-terminal.

9. Mencione 3 razones, por las que la tecnología CRISPR/Cas9 fue preferida por los
investigadores con respecto a las tecnologías de recombinación genética y mutagénesis
convencional. Estas razones deben tener soporte documental científico. Para ello, refiérase a
la base de datos Science Direct desde la página de la biblioteca de la UNAD (enlace para
ingresar al recurso de la biblioteca: https://stadium.unad.edu.co/) y al buscador académico
(enlace para ingresar al buscador: https://scholar.google.es/) y garantice la selección de 3
documentos relacionados con CRISPR/Cas9 y sus ventajas competitivas. Lea y extraiga las
3 razones para usted, más importantes. Por favor tenga adherencia a las normas APA para
las citaciones correspondientes.
R/
A.- Porque esta tecnología requiere menos conocimientos y medios financieros y tiene una mayor
tasa de éxito en la modificación génica en comparación con las otras nucleasas disponibles. La
aplicación de la edición CRISPR / Cas9 se ha convertido en una herramienta poderosa para la
mejora futura de los rasgos agronómicos en los cultivos ( Mohanta et al., 2017 ).

B.- La herramienta CRISPR / Cas9 fue diseñada para interferir con diferentes secuencias
codificantes y no codificantes del virus de Kokhran de enrollamiento de la hoja de algodón
(CLCuKoV), MeMV y diferentes cepas severas y leves de TYLCV. El trabajo reveló que cuando
el complejo sgRNA / Cas9 editó sitios en las regiones de codificación de todos los virus, se
generaron variantes de virus capaces de replicarse y moverse para escapar de la maquinaria
CRISPR / Cas9. Por el contrario, no se detectaron variantes novedosas en plantas de N.
benthamiana que llevaran sgRNA que abordaran las secuencias IR. Aunque la maquinaria NHEJ
reparó las roturas de doble cadena causadas por la proteína Cas9, las variantes reparadas con IR
generaron genomas de virus incapaces de replicarse, proporcionando así una mejor interferencia
general con el ciclo de vida viral.
C.- Porque En el sistema CRISPR / Cas9, un ARN de guía única (sgRNA) puede unirse a Cas9 y
dirigirse a secuencias de ADN específicas

10. ¿Para qué sirve la herramienta web CRISPR-P 2.0


(http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/)?

Esta herramienta de ingeniería genética se basa en el sistema inmune procariota, que proporciona
resistencia a elementos genéticos tales como plásmidos o fagos, y confiere una forma de
inmunidad adquirida. Las bacterias sintetizan las llamadas secuencias CRISPR o de RNA guía,
que se acoplan al DNA del virus, y permiten que la enzima Cas lo inactive y lo elimine.

Este mecanismo biológico se está utilizando para modificar el DNA de todo tipo de células
(procariotas, eucariotas, somáticas y germinales). Se diseñan y sintetizan moléculas CRISPR,
complementarias a las secuencias del genoma que se quieren corregir o eliminar, y se asocian a la
enzima endonucleasa Cas9, responsable de cortar la doble hélix de DNA. De esta forma, el
complejo CRISPR/Cas9 es capaz de reconocer y unirse a una secuencia específica del genoma, y
cortarla. Con ello se consigue eliminar, modificar y sustituir genes, pudiendo añadir material
genético nuevo en esas posiciones concretas.

Las aplicaciones son múltiples, incluyen desde los modelos transgénicos en la investigación
básica, la agricultura y la ganadería, hasta el desarrollo de nuevos fármacos y la posible cura de
enfermedades genéticas.

11. ¿Cuál es el flujo de trabajo que debe aplicarse para emplear la herramienta web
CRISPR-P 2.0? Escriba los 6 pasos.

1 PASO

Los científicos primero identifican un gen responsable de alguna característica de la planta.Luego


crean un fragmento de ARN y una proteína o enzima, para dirigirse y editar el gen.

2 PASO
El ARN, que imita una hebra de la secuencia del ADN del gen objetivo, y una enzima de
restricción conocida como Cas9, que puede cortar el ADN, se introducen en una célula.
3 PASO
Con su secuencia guía, el ARN localiza y se une a su secuencia de ADN pareada. El ARN
también se une a la enzima Cas9, que corta el ADN en la ubicación seleccionada.

4 PASO
La enzima Cas9 corta a través de ambas cadenas de ADN en el lugar deseado dentro del genoma.
Entonces se introduce un cambio.

5 PASO
Se puede agregar una característica nueva eliminando el gen o introduciendo una variación.
Después del cambio los científicos esperan que la célula repare su secuencia de ADN.
6 PASO
Las propias enzimas de las células reparan el corte, pudiendo generarse cambios bien puede
incorporarse un nuevo fragmento de ADN en el sitio de corte y listo queda editado el ADN.

Estudio de caso B:

Científicos de una empresa japonesa, crearon la primera rosa del mundo con pigmento para color
azul. Anteriormente, rosas de coloración azul ya eran producidas a través de cruces selectivos,
pero no eran consideradas azules verdaderas. La técnica utilizada consistió en extraer el gen de la
enzima que produce el pigmento azul de una flor llamada “pensamiento” e incorporarlo al
genoma de la rosa para que produzca el color azul.

1. ¿Cuáles fueron las especies de flores que utilizaron los investigadores para aislar
el gen que participa en la biosíntesis del color azul?.

La nueva flor, bautizada con el nombre de Applause, ha sido desarrollada usando las técnicas de
ingeniería genética de la compañía australiana de biotecnología Florigene Pty Ltd., que añadió a
la flor el gen del pimento azul delphinidin de las petunias.
En el 2004, y tras 20 años de investigaciones, Suntory y los científicos de Florigene anunciaron el
desarrollo de la primera rosa azul verdadera (el 100% de los pigmentos de sus pétalos es azul) en
la que se había insertado el gen responsable de la síntesis de delfinidina procedente de la flor del
pensamiento.

2. ¿Cuál es el gen encargado en participar en la biosíntesis del color azul? ¿Qué


proteína se traduce a partir de este gen?.

Desde 1990, los científicos de la compañía holandesa Florigene (controlada desde el 2003 por la
empresa japonesa Suntory) han intentado crear el pigmento azul en los pétalos de las rosas
mediante la inclusión de un gen proveniente de la petunia (Petunia × hybrida) en las células de
esas plantas, que produce la enzima indispensable para lograr la síntesis de delfinidina, se incluyó
también mediante transformación un "gen silenciador", cuyo propósito exclusivo es ordenar a la
rosa que deje de fabricar el pigmento rojo, la cianidina.
3. ¿Para desarrollar esta rosa trangénica fue necesario recurrir al Silenciamiento
genético, la recombinación genética o ambos? Explique su respuesta.

4. ¿Cuál fue el método de transformación que emplearon para la obtención de esta


planta transgénica?.

Los dos genes responsables de la fabricación del pigmento se introdujeron en la planta a través de
una cepa de Agrobacterium tumefaciens, un microorganismo muy utilizado en biotecnología
vegetal por su capacidad para insertar ADN extraño en el genoma de las plantas.

5. En este experimento existióó un gen marcador de selección. ¿por qué es necesario


utilizar un gen marcador de selección? y ¿cuál es el gen marcador de selección que se
utilizó para la producción de la rosa “Applause”?.

Es necesario utilizar un gen marcador de selección porque permite a la célula transformada vivir
en presencia de agente selectivo dicho agente añadido al medio de cultivo, mata células no
transformadas. Un buen agente de selección es aquel que puede usarcé en una dosis lo
suficientemente alta como para impedir la viabilidad de las células no transformadas y lo
suficientemente baja como para no dañar las células transgénicas e inhibir la regeneración. Y el
tipo de marcador que se utilizo fue el T – DNA

6. ¿Sería posible que esta rosa transgénica sea obtenida mediante la tecnología
CRISPR/Cas9? Explique el porqué de su respuesta.

Si sería posible ya que es una herramienta de tecnología avanzada y El sistema tiene dos
componentes: una proteína que corta el ADN llamada Cas9 y una molécula de ARN conocida
como el ARN guía. Cuando se unen, forman un complejo que puede identificar y cortar secciones
específicas de ADN. En primer lugar, Cas9 tiene que localizar y unirse a una secuencia común en
el genoma llamada PAM (Motivo Adyacente de Protoespaciador). Una vez CAS9 se une a PAM,
El ARN guía desenrolla parte de la doble hélice del ADN. Por otro lado, Algunos investigadores
están desactivando uno o ambos dominios de corte en Cas9 y fusionando nuevas enzimas a la
proteína. Cas9 se puede usar para transportar esas enzimas. a una secuencia de ADN específica.
desactivando completamente Cas9 de manera que ya no puede cortar el ADN. En su lugar, se
añaden activadores transcripcionales a Cas9 fusionándolos directamente o a través de una cadena
de péptidos. Alternativamente, los activadores pueden ser reclutados al ARN guía. Estos
activadores reclutan la maquinaria de transcripción de la célula, trayendo a la ARN polimerasa y
a otros factores al sitio específico o diana y aumentando la transcripción de ese gen. El mismo
principio se aplica al silenciamiento de genes. Un dominio KRAB fusionado a Cas9 Inactiva la
transcripción reclutando más factores que bloquean físicamente el gen.
Una idea más original para usar CRISPR es unir proteínas fluorescentes al complejo para poder
ver secuencias particulares de ADN al interior de la célula. Esto podría ser útil para otros
requerimientos como visualizar la arquitectura 3D del genoma, o colorear un cromosoma
completo y seguir su posición en el núcleo.
7. ¿Es ético que los investigadores modifiquen genéticamente los organismos?
No es ético teniendo en cuenta que afectan de alguna manera el equilibrio ecológico y la
biodiversidad además de cuestionar que el valor intrínseco de un ser vivo puede quedar afectado
al ser sujeto de modificación genética.
Y son los principios los que ayudan a tomar medidas sobre los principios sobre la racionalidad
del uso de transgénicos y la necesidad de regulaciones que controlen su producción en los países.
Sin embargo, es de resaltar que la modificación de organismos genéticamente es de gran
importancia y tiene sus ventajas y desventajas.
En agricultura por ejemplo la creación de plantas con resistencia a plagas y enfermedades,
reducción en el uso de herbicidas y pesticidas, reducción de costos por menor empleo de
máquinas y equipos para control mecánico de las malezas y para las aplicaciones de herbicidas,
reducción de pérdidas por ataques de insectos, creación de plantas con resistencia a la sequía a
alta o baja temperatura a suelos ácidos o alcalinos y mejoramiento en calidad nutricional o
rendimiento.
Por otra parte, como desventaja si al ser imposible insertar con exactitud un nuevo gen, la
transferencia de genes puede alterar la fina red del ADN de un organismo. Cualquier cambio en el
ADN puede tener efectos inesperados e imposibles de predecir o controlar.
Otro problema que puede surgir tiene que ver con la bioseguridad terroristas podrían aprovechar
publicaciones de secuencias patógenas y liberar organismos altamente patógenos introducidos en
organismos de consumo, existiendo publicaciones de doble intensión ya que hay de por medio
más intereses comerciales que el objetivo de desarrollo sustentable.
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