A  Comprehensive  Guide  to  AP  Biology  

by  Brian  Lin  
 

Table  of  Contents:  

About  the  new  AP  Bio  test  (pages  2-­3)  
I.  Evolution  (pages  4-­8)  
II.  Biochemistry  (pages  8-­16)  
III.  Cells,  Membranes,  Transport  (pages  16-­22)  
IV.  DNA  Replication  and  Cell  Cycle  (pages  23-­28)  
V.  Ecology  and  Behavior  (pages  29-­37)  
VI.  Plants  and  Photosynthesis  (38-­47)  
 
*Second  Semester  Google  Doc  found  here.  
 
Important  disclaimers:  
● All  diagrams  are  copyrighted  by  Pearson  Education  inc.  and  used  for    NONPROFIT  
EDUCATIONAL  purposes  under  Section  107  for  educational  Fair  Use.  
● This  review  guide  is  NOT  meant  for  resale  and  should  not  be  sold  since  it  contains  
copyrighted  materials  from  Pearson.  
● Units  I-­VIII  are  kinda  organized  by  target  according  to  the  green  targets  sheet  and  should  
prepare  you  for  each  test  (they  worked  for  me  at  least).  Of  course,  teachers  may  have  
changed  stuff  so…  yeah.  Units  IX-­XII,  I  just  used  teacher  handouts  and  diagrams.  I’ve  still  
included  friends’  notes  for  your  convenience  though.    
● If  you  want  to  make  changes/edit/etc.  check  with  your  peers/teacher/etc.  make  a  
comment  (top  right  hand  corner  next  to  the  blue  “Share”  button).  
● If  you  have  biology  questions,  DO  NOT  flood  my  FB  with  messages!  Instead  please  
ask  your  classmates,  FB  group,  teacher,  etc.  FIRST  before  asking  me  online  because  
I’m  going  to  be  insanely  busy  this  fall  with  college  apps/cello/cross  
country/NHS/school/SAT/etc.  During  school  is  completely  different  though,  and  I’ll  be  
more  than  happy  to  explain  stuff  to  the  best  of  my  ability  if  I  have  the  time.  
● Q.  What’s  with  the  random  Pokemon,  man?  A.  Wynaut?  
● Q.  Seriously,  why?  A.  So,  in  V.  Ecology  and  Behavior,  you  learn  about  ‘kinesis’  in  the  pill  
bug  lab  (fun  fact:  2  years  ago,  Justin  Doong  came  to  my  backyard  to  look  for  pill  bugs  
before  the  school  started  buying  them  last  year).  Well,  kinesis  just  happens  to  be  a  
Pokemon  move...  hence  the  pictures.    

 
 
 
 
 
1  
 About  Me...  and  the  new  AP  Bio  test.  
 
My   name   is   Brian   Lin,   if   you   don’t   already   know   me,   then   you   sure   will   70-­80   pages   later.  
Anyways,   I   like   playing   the   cello,   fooling   around,   and   complaining   about   things   in   review   guides.  
So   have   fun,   learn   a  lot,  and  eat  a  lot  (the  pre-­AP  test  breakfast  is  AMAZING!)  However,  don’t  eat  
so  much  that  you  end  up  throwing  up  during  the  test  and  losing  time  (one  of  my  friends  lol).    

On the AP Bio Test...

Alright,   so  my  year   (2014)   got   kinda   screwed   over...   they   happen  to  be  changing  the  AP  Bio  and  
AP   Chem   tests   the   year   we   take   them.   Oh   well...   that’s   life,   isn’t   it?   Anyways,   you   can   see  for  
yourself  how  the  AP  Bio  test  went  last  year:  
   
The   mean   went   up,   but   the  percentage  of  5s  went  down  
(down  down  down  down...).  
DO   NOT   BE   WORRIED!   I   will   explain   below   what  
happened  and  what  you  can  do  to  be  prepared!  
 
Now  here’s  what  the  graders/College  Board  had  to  say  
about  this  (typos  included):    
 
1,200  college  students  were  administered  redesigned  AP  Biology  exam  questions  this  spring;;  their  work  
was  scored  at  the  AP  Reading.  College  professors  also  took  the  full  redesigned  AP  Biology  exam  
themselves  &  evaluated  each  question  to  set  the  pts  needed  for  2,3,4,5.  Most  AP  Biology  students  earned  
enough  pts  to  get  a  2,3,4,  but  very  few  scored  well  enough  on  the  grid-­ins  and  free-­response  to  score  a  5.  
AP  Biology  grid-­in  questions  require  students  to  use  mathematics  to  solve  biological  problems.  The  avg  
score  on  these  was  very  low:  36%.  
Multiple-­choice:  last  year,  students  earned  63%  correct  on  average;;  this  year,  61%  
FRQs  require  students  to  "explain,"  "describe,"  "justify"  their  content  knowledge.  Very  low  scores  on  
avg.ow.ly/mmH0O.  What  %  of  AP  Bio  students  earned  0  pts  on  these  FRQs?  Q5  (polypeptides):  45%.  Q6  
(organelles):  49%.  Q8  (hormone-­signalling):  54%.  AP  Bio  students  performed  well  on  Q3  (evaluating  fossils  
of  a  transitional  species)  and  Q7  (effect  of  alcohol  on  urine  production).  
I  have  posted  a  6-­page  summary  of  the  AP  Biology  exam  results  on  the  AP  Biology  Teacher  Community.    
College  professors  attest  that  AP  Biology  cousre  &  exam  are  now  the  gold  standard  in  college-­level  Biology.  
Kudos  to  AP  Biology  teachers.    
 
Previously,   the   free   response   questions   (FRQs)   were   only   25%   of   the   total   score.   Now,   the  
FRQs   make   up   50%   of   the   total   score.   And   if   you   combine   that   with   the   fact   that   ~50%   of  
students   got  0s   on   about  half   of   their   FRQs,   there   you   go.   So,  my  explanation  for  the  drop  in  5s  
is  that  kids  in  other  schools  (aka  not  Stevenson)  had  NO  CLUE  how  to  write  FRQs.    
 
FRQ   tip:   Points   are   cumulative   only!   Therefore,   you   can   have   tons   of   incorrect   stuff   but   they  
can’t  take  points  off  for  that  (obviously,  this  is  different  on  other  AP  tests).    
“Somehow,   maybe   just   due   to   the   stress   of   the   test,   kids   saw   that   message,   and   thought   the  

2  
proctor   would   tell   them   when   to  move  on  to  the  grid-­in  problems.  So  time  ran  out,  and  they  didn't  
do  them!”  -­Some  teacher  guy  
 
Apparently   some   people  just  didn’t  do  the  grid-­ins  because…  I  have  no  idea  really.  Luckily,  all  of  
us   were   told   to   work   backwards   on   the   MC,   starting   with   the   grid-­ins   (and   the   harder  
normal   MC)   so   I   (at   least)  did  not  have  that  problem.  Grid-­ins  are  not  really  that  hard  though.  
Even   though   you   can’t   guess   like   a   MC   question,   there’s   quite  a   bit   of   room   for   rounding   errors  
and  stuff.  And  the  math  is  pretty  easy  (though  tedious).  
 
Also,   time   was  not   an   issue   for   me   (that’s   for   me  though,  one  of  my  friends  had  to  throw  up  in  
the   middle   and   didn’t   finish…).   I   had   enough   time   left   after   the   MC   to   check  over   about   half   of  
them.   On   the   FRQs,   I   was  able   to   read   through   all   of   them   (and   my   responses).  In   fact,   make  
sure   you   leave   plenty   of   space   to   add   stuff   later   since   you   will   have   time   to   go   back   and   stuff  
more  key  words  in.    
 
Also,   it’s   important   to   realize   that   the   test   has  shifted  away  from  memorization/content-­based  
and   more   towards   skill/application/understanding   (for   example,   they   will   have   questions  
where   they   will   explain  a   lab/concept   for   you   and   then  ask  you  about  it).  Your  teachers  will  say  
corny   stuff   about   how   understanding   stuff   is   important   (the   whole   Big   Idea   thing).  
They’re  actually  right.  Seriously,  I  thought  it  was  really  cheesy  but  it  helped  A  LOT.  
 
Big   disclaimer   here:   The  AP  Biology  test  content  NO  LONGER  coincides  (completely)  with  
the   SAT   Bio   test.   You   will   have   to   self   study   around   half   of   the   material.   Sucks   since   the  
College   Board   makes   both   but   haven’t   updated   the   SAT   subject   test.   Also,   there’s   a   lot   less  
curve   than   physics,   which   sucks.   Take   SAT   PHYSICS   or   CHEM!   Please!   (Plus   Princeton  
doesn’t  take  Bio  for  engineering  majors).  Seriously,  I  regret  not  taking  SAT  Physics.    
 
Also,   do   not   pay   for   test-­prep   books/   tutoring   unless   they’re   based   on/have   actually  
taken   the   new   test.   I   bought   the   Barron’s   book   last   year   and   it   was   a   waste   of   money  
considering   entire   chapters   were   irrelevant   (and   useless)   and   covered   stuff   we   didn’t   need   to  
know  (all  the  while  leaving  other  stuff  out).  Just  ask  someone  who  took  the  new  test.    

Reasons Why You Shouldn’t Be Scared

● All  three  teachers  are  very  qualified  (from  personal  experience  +  friends’  experience)  
● A  lot  less  homework  than  before  (notes  are  not  mandatory-­  more  college  style)  
● Teachers/we  now  know  what  to  look  out  for  (no  old  tests  to  look  at)  
● I  think  David  Chen  got  like  a  100%  on  the  1st  semester  final.  That  should  inspire  you.  
● The  test  was  ‘easier’  but  the  curve  was  a  lot  tougher.  This  should  be  fixed  (I  hope).  
● The  percentages  do  not  reflect  Stevenson!  You  will  be  fine  if  you  work  hard!  

 
 
3  
 I.  Evolution  
1.  Evolution  by  Natural  Selection  
 
•  Okay,  let’s  start  off  with  a  population  (bunch  of  same  species  in  same  place)  
•  There’s  going  to  be  genetic  variation.  Why?  
1.  Random  mutations.  Point  mutations  (insert/delete/frameshift)  
2.  Crossing  over  and  recombination  (getting  back  together)  
3.  Law  of  Independent  Assortment  (Metaphase  I  ⇨  2  dif.  orientations)  
4.  Random  fertilization  
(You  learn  about  all  this  stuff  later,  I  just  added  it  here  since  this  is  a  big  FRQ  topic)  
•  These  different  individuals  will  be  selected  for  or  against  by  selective  pressures  
•  Any  developed  traits  that  help  you  survive  are  known  as  adaptations  
•  Those  that  survive  to  reproduce  will  create  offspring  and  change  the  allele  frequency  of  the  
population  in  favor  of  the  ‘fit’  allele  (allele  =  version  of  a  gene)  
 
•  Divergent  evolution⇨  branching  out  (becoming  “more  different”)  
•  Convergent  evolution⇨  evolving  similarly  (explains  analogous  structures  in  5.)  
 
•  Population  ⇨  a  group  of  individuals  of  same  species  that  can  interbreed  and  create  fertile  
offspring  (so  a  herd  of  deer  or  something)  
•  Species  ⇨  a  group  of  populations  whose  members  can  interbreed  and  produce  fertile  offspring  
(all  the  deer  herds  in  the  world)  
 

2.  Hardy-­Weinberg  
 
•  What’s  it  say?  Allele  frequency  and  genotype  frequency  remain  constant!  
•  But  for  this  to  apply,  we’ll  need  5  conditions:  
1.  Really  big  population/sample  size  
2.  No  mutations  
3.  Random  mating  
4.  No  natural  selection  
5.  No  migration/gene  flow  (ie  no  adding/removing  organisms)  
 
Equation  1: P +  Q   = 1  
 
Equation  2: P ²   +  2P Q   +  Q²   =  1        
 
P  is  the  dominant  allele  frequency.  Q  is  the  recessive  allele  frequency.  
So  if  you  have  mice  that  can  either  have  brown  hair  or  black  hair  (where  hair  color  is  the  gene  
with  2  different  alleles).  Then  %  brown  (P)  +  %  black  (Q)  =  100%  (1).  Should  make  sense.  

4  
  
P²  is  the  frequency  in  the  population  with  homozygous  dominant  allele.  
2PQ  is  the  frequency  in  the  population  with  heterozygous  both  alleles.  
Q²  is  the  frequency  in  the  population  with  homozygous  recessive  allele.  
 
Since  the  mice  get  one  allele  from  each  parent,  you  multiply  the  allele  frequencies  together.  
Since  P  =  chance  of  getting  the  dominant  allele  and  Q  =  chance  of  getting  the  recessive  allele,  
you  multiple  P  *  P  to  get  the  chance  of  getting  homozygous  (2)  dominant  alleles  and  so  on.  
 
•  Genotype  ⇨  Set  of  genes  it  carries;;  2  alleles.    
•  Phenotype  ⇨  Expressed  traits;;  characteristics.  (Straight  hair)  
 
So  if  brown  is  dominant,  a  brown  mouse  can  have  the  genotype  Bb  (one  brown  and  one  black)  
but  still  have  the  phenotype  brown  since  that  allele  takes  over.    

3.  Microevolution    
 
•  What  is  microevolution?  Changes  in  allele  frequencies  within  a  population.  
•  There  are  4  main  causes  for  microevolution:  
1.  Random  mutations    
2.  Natural/Artificial  Selection  
3.  Genetic  drift  
4.  Gene  flow  
 
•  Genetic  drift  is  changing  allele  frequencies  by  changing  the  sample  size  
1.  Bottleneck  (natural  disaster⇨random  drop  in  gene  pool,  depends  on  survivors)  
2.  Founder  (random  group  leaves  and  ‘founds’  new  population,  depends  on  founders)  
•  Gene  flow  and  migration  is  when  you  transfer  alleles  from  one  population  to  another  
 

4.  Macroevolution  
 
•  What  is  macroevolution?  Formation  of  a  new  species  (speciation)  
•  How  does  this  happen?  
1.  Start  off  with  parent  species    
2.  Add  a  reproductive  barrier    
3.  Wait  some  time  
4.  Divergent  groups  can’t  produce  fertile  offspring  
5.  Voilà!  Macroevolution  
•  There  are  two  main  modes  of  speciation  
•  Allopatric  speciation  ⇨  geographic/physical  isolation    
Examples  would  be  mountains,  long  distances,  oceans,  etc.  

5  
•  Sympatric  speciation  ⇨  non-­physical  isolation  
Examples  would  be  all  the  stuff  in  I.6:  Reproductive  Barriers  (scroll  down  1  page)  
•  Adaptive  radiation  refers  to  when  a  parent  species  diversifies  and  fills  many  different  niches  
 

5.  Evidence  for  Evolution  

 
•  Embryology  ⇨  stuff  looks  the  same  as  an  embryo  and  early  stages  of  development  
•  Anatomy  (what  stuff  looks  like)  
⇨  Homologous  structures  (different  function,  similar  anatomy)    
⇨  Vestigial  structures  (random  crap  left  over  from  common  ancestor,  ex.  tailbone)  
⇨  Analogous  structures  (NOT  evidence,  stuff  that  evolved  same,  bird/bug  wings)  
•  Molecular  Biology  ⇨  all  organisms  have  similarities  in  DNA,  RNA,  proteins,  ATP  use,  etc.  Use  
bioinformatics  to  compare  chimpanzee  DNA  to  human  DNA  
•  Paleontology  ⇨  dig  up  stuff,  do  carbon  dating,  look  at  fossil  records,  ratio  Carbon  14  to  12  
•  Physiology  ⇨  similar  processes  and  functions  in  organisms  (jaw  bones,  chloroplasts,  etc.)  
 

6.  Reproductive  Barriers  
 
Egg   +  Sperm   =  Zygote  
 
•  Pre-­zygotic  ⇨  impede  mating  or  hinder  fertilization  even  if  mating  occurs  
 
Type  1:  No  mating  (ie  NO  SEX!)  
⇨  Habitat  Isolation:  different  areas  (water/land  snake)  
⇨  Temporal  Isolation:  different  times  (winter/summer  skunk)  
⇨  Behavioral  Isolation:  different  courtship  rituals  (bird  songs)  
 
Type  2:  No  fertilization  (sperm  never  meets  egg)  
⇨  Mechanical  Isolation:  the  ‘parts  don’t  fit’  (use  your  imagination)  
⇨  Gametic  Isolation:  sperm  cannot  fertilize  egg  (dif.  color  eggs    in  sea  urchins)  
 
•  Post-­zygotic  ⇨  prevent  the  hybrid  (offspring)  from  developing  correctly  
⇨  Reduced  Hybrid  Viability:  too  weak  and  dies  
⇨  Reduced  Hybrid  Fertility:  sterile  offspring  (mule)  
⇨  Hybrid  Breakdown:  hybrid’s  offspring  can’t  survive  

 
 
 

6  
7.  Modes  of  Selection  
 

 
 
•  Directional  ⇨  favors  one  extreme  
•  Diversifying/Disruptive  ⇨  favors  both  extremes  
•  Stabilizing  ⇨  favors  the  middle  
 
•  Frequency  Dependent  ⇨  fitness  declines  if  too  common  (ex.  Google  ‘scale  eating  fish’)  
•  Sexual  Selection  ⇨  organisms  with  best  traits  get  to  reproduce  
⇨  Intrasexual:  compete  with  same  gender  (ex.  alpha  lion)  
⇨  Intersexual:  ‘mate  choice’  (choose  flashy  colors  of  peacock,  etc.)  

8.  Chi-­Square    
 

X ²   =  Σ   (O−E)²
E  
•  X²  means  “chi-­squared”.  DO  NOT  take  the  square  root  or  anything.  
•  O  means  observed  number  
•  E  means  expected  number  
 
•  Degrees  of  Freedom  ⇨  number  of  possibilities  minus  one  (ex.  rolling  a  die  ⇨  5  degrees  of  
freedom)  
•  P  value  ⇨  probability  observed  results  are  due  to  chance  
•  If  P  <  .05  ⇨  results  are  NOT  due  to  chance  
•  Null  hypothesis  ⇨  predicting  that  there  is  NO  change  

7  
9.  Cladograms/Phylogenetic  Trees  
 

 
“Jaws,  lungs,  etc.”  are  traits  that  distinguish  each  branch.    
 
•  Clade  ⇨  bunch  of  organisms  evolved  from  same  common  ancestor  
•  There  are  different  types  of  clades  
⇨  Monophyletic:  complete,  all  from  same  common  ancestor  (all  the  animals  above)  
⇨  Paraphyletic:  incomplete,  not  everyone  (just  the  chimp,  mouse,  and  pigeon)  
⇨  Polyphyletic:  different  common  ancestor  (all  the  animals  above  +  a  plant)  

II.  Biochemistry  
1.  Bonds  
 
Note:  Bonds  are  listed  in  order  of  strongest  ⇨  weakest    
 
•  Intramolecular  Bonds  ⇨  hold  a  single  molecule  together,  covalent  and  ionic  bonds  
•  Covalent  Bonds  ⇨ a  sharing  of  valence  electrons    
⇨  Nonpolar  (equal  b/w  two  of  same  atom):  O2,  H2,  etc.  
⇨  Polar  (unequal  sharing,  difference  in  electronegativity):  H2O  
•  Ionic  Bonds  ⇨  giving  or  taking  electrons  
⇨  Need  a  big  difference  in  electronegativity  (NaCl)  
⇨  Cation  donates  electron,  Anion  receives  
 
•  Intermolecular  Bonds  ⇨  attraction  between  multiple  molecules    
•  Hydrogen  Bonds  ⇨  attraction  between  positive  (H)  and  negative  (O)  poles  of  water  molecules    
•  Van  der  Waals  ⇨  temporary  dipoles  from  random  electron  movement,  need  to  be  close  
together  
 
So...  Covalent>Ionic  >>>>>>>  Hydrogen>Van  der  Waals  

8  
2.  Why  is  Water  so  Special?  
 
•  Structure  ⇨  polar  molecule,  easily  forms  H-­bonds,  hydrophilic  of  course  
•  4  awesome  properties:  
1.  Cohesion:  Water  molecules  link  together  with  H-­bonds,  allows  for  transpiration  pull  in  plants  
2.  Moderation  of  Temperature:  High  specific  heat  ⇨  takes  a  lot  of  heat  to  increase  
temperature,  evaporative  cooling  (sweating),  regulates  the  Earth’s  climate  
3.  Freezing:  ice  floats  on  water,  keeps  fish  and  stuff  alive,  oceans  can  thaw  out  during  
spring/summer  
4.  ‘Universal  Solvent’:  forms  aqueous  solution    
 

3.  Acids  and  Bases  

 
•  Acid  ⇨  Donates  H+  ions  
•  Base  ⇨  Accepts  H+  ions  (increases  OH+  concentration)  
 
•  Strong  acids/bases  ⇨  dissociates  completely  in  water  (completely  falls  apart)  
ex.  HCL  ⇨  H+  and  Cl-­  
•  Weak  acids/bases  ⇨  ionically  binds  and  stuff,  does  not  dissociate  completely  
ex.  H2CO3  ⇨  H+          HCO3−    
Carbonic  Acid  ⇨  Hydrogen  Ion  +  Bicarbonate  Ion  
Notice  how  you  get  the  random  clump  of  crap  (Bicarbonate  Ion)  
•  pH  scale  ⇨  measures  how  acidic  or  basic  a  solution  is  
•  Acids  ⇨  pH  0-­7  
•  Bases  ⇨  pH  7-­14  
•  Go  up  1  number  ⇨  multiply  by  10  
 

4.  Carbon  and  its  Isomers  

 
•  Carbon  has  4  valence  electrons  ⇨  equal  as  likely  to  give  or  receive  
•  Isomer  ⇨  same  chemical  formula,  different  physical  arrangement  of  atoms  
•  Structural  ⇨  different  covalent  bond  arrangements,  always  single  bonds  
•  Geometric  ⇨  double  bonded  in  center  (can’t  move),  X/H  can  rotate  in  3D  
Cis:  1st  example,  Trans:  2nd  example  (trans  =  across,  like  trans-­continental)  
•  Enantiomer  ⇨  same  arrangement  of  atoms,  but  are  ‘mirror  images’  of  each  other,  always  in  
tetrahedral  shape  (3D),  also  known  as  “chiral  compounds”  

9  
  
 

5.  Functional  Groups  
 
 
 
   
 
 
 
 
 
 
 
 

10  
  

(Make  sure  to  refresh  on  these  before  the  AP  test/final)  

 
11  
6.  Macromolecules    
 
•  Dehydration  synthesis  ⇨  take  out  a  water  molecule,  combine  two  things  (anabolism)  
•  Hydrolysis  ⇨  add  a  water  molecule,  break  things  apart  (catabolism)  
•  4  groups  of  macromolecules  ⇨  Carbohydrates,  lipids,  proteins,  nucleic  acids  
 

 
•  Notice  that  maltose  does  not  follow  the  1:2:1  ratio  as  it  loses  2  hydrogens  and  1  oxygen  in  the  
release  of  a  water  molecule  
 
 
•  Carbohydrates  ⇨  C,  H,  O  ~  1:2:1  ratio,  sugars  end  in  -­ose  
•  Monomer  ⇨  Monosaccharides  
•  Type  of  covalent  bond  ⇨  glycosidic  linkages  
For  energy  purposes:  
⇨  Monosaccharides:  single  sugar  (glucose,  fructose,  ribose,  deoxyribose)  
⇨  Disaccharides:  double  sugar    
Sucrose:  glucose  +  lactose  (sucrose  ⇨  table  sugar)  
Maltose:  glucose  +  glucose  (amylase  breaks  down  starch  ⇨  maltose)  
Lactose:  glucose  +  galactose  (sugar  found  in  milk)  
⇨  Polysaccharides:  multiple  sugars,  used  for  energy  storage  
Starch  in  plants  (don’t  move,  can  store  energy  long  term  as  carbs)  
Glycogen  in  animals  (short  term  storage,  fat  is  for  long  term)  
For  structural  purposes:  
⇨  Chitin:  forms  the  exoskeleton  of  arthropods  (crabs,  bugs,  etc.)  and  fungi  cell  walls  
⇨  Cellulose:  plant  cell  walls  
 
•  Lipids  ⇨  insulation  +  long  term  energy  storage  
•  Monomer  ⇨  Fatty  acids,  glycerol,  other  stuff  
•  Type  of  covalent  bond  ⇨  Ester  linkages    
⇨  Saturated  fats:  solid  at  room  temperature,  3  fatty  acids  +  
glycerol  
⇨  Unsaturated  fats:  liquid  at  room  temperature;;  3  fatty  acids  
+  glycerol  
⇨  Steroids:  4  carbon  ring  things  with  functional  groups    
⇨  Phospholipids:  polar  head  (phosphate)  and  nonpolar  tail  
12  
(fatty  acids)  
2  fatty  acids  +  glycerol  +  phosphate  
Phospholipid  bilayer  in  semi-­permeable  membranes    
⇨  Waxes:  long  fatty  acid  +  alcohol  
 
•  Proteins  ⇨  do  a  ton  of  stuff  
•  Monomer  ⇨  Amino  acids  (20  different)  
•  Type  of  covalent  bond  ⇨  Peptide  bond  
•  Functions:  
⇨  Structure  (keratin,  collagen)  
⇨  Transport  (hemoglobin)  
⇨  Enzymes  (amylase,  lipase,  polymerase,  etc.)  
⇨  Defense  (antibodies,  cytokines,  etc.)  
⇨  Hormones  (insulin)  
⇨  Motion  (actin  and  myosin  in  muscles)  
 
•  4  Levels  of  Protein  Structure    
1.  Primary  Structure  (polypeptide  chain  of  amino  acids  linked  by  peptide  bonds)  
2.  Secondary  Structure  (folding  between  polypeptides,  linked  by  Hydrogen  bonds)  
Forms  Alpha  helices  and  Beta  pleated  sheets  
3.  Tertiary  Structure  (bonds  between  R-­groups,  forms  3D  shape)  
Ionic  bonds/  Salt  bridges  from  acidic  (-­)  and  basic  (+)  R-­groups  
Hydrogen  bonds  (between  -­COOH  and  -­NH2  and  -­OH  groups  on  side  chains)    
Hydrophobic  forces  between  non  polar  side  groups    
Disulphide  bridges  (strong  covalent  bonds  b/w  sulfhydryl  groups  in  thiols)  
4.  Quaternary  Structure  (not  necessary,  interaction  between  multiple  subunits)  
 
•  Nucleic  Acids  (Note:  Nucleic  acids  may  no  longer  be  in  this  unit)  ⇨  encoding,  transferring,  
and  expressing  genetic  information  
•  Monomer  ⇨  Nucleotides  (phosphate  +  pentose  +  nitrogen  base)  
•  Type  of  covalent  bond  ⇨  Phosphodiester  bonds    
•  Two  types  of  nucleotides:    
⇨  Pyrimidines:  1  carbon  ring  nitrogen  bases  (cytosine,  thymine/uracil)  
⇨  Purines:  2  carbon  rings  nitrogen  bases  (adenine,  guanine)  

 
13  
  
 

 
 
 

14  
  

7.  Enzymes  and  Regulation  

 
•  Enzymes  ⇨  protein  catalysts;;  lower  the  activation  energy  needed  for  a  reaction  to  take  place  
⇨  Enzymes  are  reusable.    
⇨  Enzymes  bind  to  specific  substrates.  

 
 
⇨  Lock  and  key  model:  specific  substrate  for  specific  enzyme,  binds  to  active  site  
⇨  Induced  fit  model:  more  accurate,  the  substrate  induces  (causes)  the  enzyme  to  align  
with  the  substrate  (not  a  perfect  fit)  
•  Denaturing  ⇨  temperature/salt/pH  break  apart  bonds  in  secondary/tertiary  structure  
⇨  For  example,  if  you  have  an  acid  such  as  Hydrochloric  acid  (HCl),  it  might  interrupt  the  
H-­bonds  of  the  secondary  structure,  causing  everything  to  fall  apart  
⇨  Also,  raising  the  temperature  can  denature  enzymes  because  of  either:  
1.  Going  beyond  the  optimum  enzyme  temperature  (when  enzymes  are  most  
efficient)  
2.  Adding  heat  which  raises  the  kinetic  energy  of  the  enzyme  to  the  point  that  
bonds  begin  falling  apart  
•  Cofactors  ⇨  non-­protein  helper  for  enzymatic  reactions  
⇨  Inorganic  minerals  (zinc,  iron,  copper,  etc.)  
⇨  Organic  coenzymes  (vitamins,  etc.)  
 
 

15  
  
•  Enzyme  regulation  ⇨  in  addition  to  active  site,  enzymes  also  have  allosteric  sites

 
 
 
 
III.  Cells,  Membranes,  and  Transport  
1.  Surface  Area  to  Volume  Ratio  
•  The  greater  the  SA:V  ratio  is  ⇨  more  efficient  because  more  ‘stuff’  can  pass  through  
•  Smaller  the  cell  ⇨  higher  the  SA:V  ratio  ⇨  better  
 

2.  Cell  Organelles  
 
•  Eukaryotes  can  have  ⇨  golgi  apparatus,  mitochondria,  vacuole,  chloroplast  (plants  only),  cell  
wall  (plants,  fungi,  etc.),  nucleus,  ribosomes,  endoplasmic  reticulum,  cytoplasm,  cytoskeleton,  
plasma  membrane  
•  Prokaryotes  can  have  ⇨  ribosomes,  cytoplasm,  nucleoid,  plasma  membrane,  cell  wall,  capsule    
 
 
 
 
 
 

16  
3.  Organelle  Interaction  
•  Let’s  follow  a  protein  pathway.  For  our  purposes,  the  protein  has  already  been  synthesized.  
The  process  of  protein  synthesis  will  be  covered  in  VIII:  Protein  Synthesis  
•  Proteins  are  synthesized  in  ribosomes.  Free  ribosomes  are  found  floating  around  in  the  
cytoplasm  while  bound  ribosomes  are  stuck  to  the  rough  endoplasmic  reticulum.  
 
•  Rough-­ER  bound  ribosomes    
⇨  Protein  is  synthesized  in  ribosome  
⇨  Enters  lumen  (area  within  the  entire  ER)  
⇨  Chaperonin  (protein)  folds  new  protein  in  secondary  and  tertiary  structure  
⇨  Protein  travels  to  Smooth-­ER  (parts  of  ER  without  ribosomes)  
⇨  Buds  off  in  a  transport  vesicle  towards  the  Golgi    
⇨  Within  the  Golgi,  travels  in  cis  to  trans  direction  
⇨  At  cis  end,  enzymes  will  begin  modifying  protein  by  phosphorylation  or  glycosylation  
⇨  Glycosylation  adds/removes  sugars.  This  decides  where  the  protein  will  go  
⇨  At  trans  end,  the  finished  protein  will  exit  the  Golgi  in  secretory  vesicles  
⇨  If  the  vesicles  fuse  with  lysosomes,  the  proteins  will  be  for  digestion  of  stuff  
Protein  examples:  Nuclease,  lipase,  protease,  etc.  
Stuff  examples:  Food,  antigens,  screwed  up  organelles,  etc.    
⇨  These  vesicles  can  also  carry  the  proteins  out  or  to  other  organelles  
⇨  The  proteins  will  leave  the  cell  and  enter  the  bloodstream  via  exocytosis  
⇨  Examples  of  RER  proteins  include:  hormones  (insulin)  and  digestive  enzymes  (lipase)  
 
•  Free  ribosomes    
⇨  Protein  is  synthesized  in  ribosome  
⇨  Receive  little  amount  of  modification  (compared  to  RER  proteins)  
⇨  Still  fold  into  tertiary  structure  by  chaperonin  in  the  cytosol  
⇨  Cytosol:  glycolytic  enzymes,  Actin  for  microfilaments  (in  cytoskeleton,  muscles,  etc.)  
⇨  Nucleus:  histones,  transcription  factors,  etc.  very  important!  
⇨  Mitochondria  and  Chloroplast  
These  organelles  actually  have  their  own  genome  and  protein  factories  
Still  import  most  integral  proteins  (electron  transport  chain,  etc.)  from  cytosol  
⇨  Always  inside  the  cell  it  was  produced  in!  
 
 
 
 
 
 
 

17  
4.  Prokaryotic  vs.  Eukaryotic  Cells  

 
 
•  Prokaryotes  ⇨  include  domains  Archaea  and  Bacteria  (E.  coli,  mold,  etc.)  
•  Eukaryotes  ⇨  include  domain  Eukarya  (echinoderms,  chordates,  plants,  etc.)    

18  
  

5.  The  Three  Domains  of  Life  

6.  Origin  of  Life  

 
•  Abiotically  synthesize  small  organic  molecules  (amino  acids,  hydrocarbons,  etc.)  
⇨  Miller-­Urey  experiment  
“Primordial  soup”  of  methane,  ammonia,  water,  hydrogen,  energy  
NO  oxygen  present  in  large  amounts  (not  until  plants  spread)  
•  These  molecule  form  big  macromolecules  (proteins,  carbs,  lipids,  nucleic  acids,  etc.)  
•  Formation  of  protobionts  (membrane-­enclosed  molecules)  
•  RNA  World    
⇨  RNA  can  replicate,  pass  down  inherited  traits  (like  DNA)  
⇨  RNA  can  also  act  like  an  enzyme  as  a  ribozyme  
•  Endosymbiosis  ⇨  membrane  bound  prokaryotes  engulf  each  other,  mutually  beneficial  
⇨  More  efficient  (compartmentalized  processes)  
⇨  Chloroplasts/mitochondria  have  own  genome,  proof  for  endosymbiosis  

19  
  

7.  Parts  of  a  Plasma  Membrane  

 
•  Peripheral  proteins  ⇨  located  on  the  hydrophilic  surface  of  membrane,  responsible  for  
regulating  cell  signaling,  interaction,  and  other  events  
•  Integral  proteins  ⇨  embedded  within  membrane,  serve  as  pumps,  channels,  and  electron  
transport  chains  
•  Cholesterol  ⇨  located  within  the  hydrophobic  regions,  maintains  membrane  stability  when  
warm,  maintains  fluidity  when  cool    
•  Glycolipids  ⇨  carbohydrate  (glyco-­)  bound  directly  to  membrane  (lipid),  provides  energy,  
cellular  recognition,    
•  Glycoproteins  ⇨  carbohydrate  (glyco-­)  bound  to  a  membrane  protein  (usually  peripheral),  cell  
signaling,  determine  blood  type,  recognition  of  self  vs.  nonself  
 
Glycolipids   +  Glycoproteins   =  Glycocalyx  
⇨  Immune  system  can  recognize  and  attack  foreign  (nonself)  organisms  
⇨  Immune  system  can  recognize  and  attack  cancerous  cells  
⇨  Transplant  issues    

20  
8.  Types  of  Passive  Transport  
•  Concentration  Gradient  ⇨  substances,  molecules,  ions,  etc.  will  naturally  travel  from  high  
concentrations  to  low  concentrations  
•  Diffusion  ⇨  simply  going  down  the  concentration  gradient  
•  Osmosis  ⇨  the  diffusion  of  water  down  its  concentration  gradient  (from  high  water  potential  to  
low  water  potential)  
•  Facilitated  Diffusion  ⇨  still  going  down  the  concentration  gradient,  but  traveling  through  an  
integral  protein  channel  (ex.  ‘leak’  channels  for  K+  ions)  

9.  Types  of  Active  Transport  

•  The  cell  spends  energy  (ATP)  to  send  stuff  against  its  concentration  gradient    
•  Proton  pumps  ⇨  pump  ions  in  or  out  of  a  cell  in  order  to  establish  a  concentration  gradient  
•  Cotransport  ⇨  pump  H+  ions,  other  ions  or  molecules  hitch  a  
ride  
 

10.  Types  of  Bulk  Transport  

•  Exocytosis  ⇨  create  a  vesicle  to  send  stuff  outside  of  the  cell  
•  Endocytosis  ⇨  vesicle  meets  membrane  and  enters  the  cell  to  
deliver  contents  
 
 
 
 

21  
 IV.  DNA  Replication  and  Cell  Cycle  
1.  Scientists  and  DNA  
•  Griffith  Experiment  
1.  Live  smooth  bacteria  +  mouse  ⇨  mouse  dead  
2.  Live  rough  bacteria  (no  protective  coat)  +  mouse  ⇨  mouse  alive  
3.  Heat  killed  smooth  bacteria  +  mouse  ⇨  mouse  alive  
4.  Heat  killed  smooth  bacteria  +  live  rough  bacteria  +  mouse  ⇨  mouse  dead    
⇨  Genetic  material  for  coat  passed  between  bacteria  ⇨  transformation  
•  Avery  Experiment:  what  is  the  genetic  material?  
⇨  Same  bacteria  as  Griffith  experiment  
⇨  Isolate  potential  genetic  materials  (DNA,  RNA,  and  proteins)  
⇨  Turns  out  to  be  DNA!  
•  Hershey  and  Chase:  what  is  the  genetic  material?    
⇨  Bacteriophage:  virus  which  injects  its  own  genetic  material  into  bacteria    
⇨  Protein  labeled  with  radioactive  sulfur    
⇨  DNA  labeled  with  radioactive  phosphorus  
⇨  Process:  infection  (phage  attaches)  ⇨  blending  (break  phage  off)  ⇨  centrifuge  
⇨  Results:  proteins  stays  in  phage,  DNA  enters  the  bacteria!  
•  Chargaff’s  Rules:  what  is  the  ratio  between  nucleotide  bases?    
⇨  Ratio  of   T  
A =   C = 1    
G  
•  Watson  and  Crick:  what  is  DNA’s  structure?  
⇨  Rosalind  Franklin:  x-­ray  crystallography  (picture  of  double  helix)  
⇨  1953:  W&C  publish  article  in  Nature  magazine  
⇨  Double  helix  model  

2.  Nucleotides  
•  Nucleotide  ⇨  phosphate  +  sugar  +  nitrogen  base  
•  Phosphate  creates  negatively  charged  ‘phosphate  backbone’  
•  Purines  ⇨  double  ringed  bases,  adenine  and  guanine  “AG  is  pur  2”    
•  Pyrimidines  ⇨  single  ringed  bases,  cytosine  and  thymine    
•  Hydrogen  bonds  (the  ‘ladder  rungs’)  formed  between  1  pyrimidine  and  1  purine  (bases)  
•  Phosphodiester  bonds  ⇨  (covalent)  connect  nucleotides  
•  A&T  ⇨  2  hydrogen  bonds  
•  C&G  ⇨  3  hydrogen  bonds  (C  ⇨  3rd  letter  of  the  alphabet)  
•  Nitrogen  bases  are  hexagonal.  Sugars  are  pentagonal.  
 
 
 
 
 

22  
  

 
 
 
 
 
 
•  RNA  is  older  than  DNA  (think  RNA  world  thing)  
•  RNA  is  multipurpose  (mRNA  sends  messages,  rRNA  composes  ribosomes,  tRNA  carries  
proteins,  ribozymes  catalyze  reactions)  
 

3.  DNA  Structure    
 
•  OH  ⇨  3’  end  
•  Phosphate  backbone  is  negatively  charged    
 

4.  Prokaryotic  vs.  Eukaryotic  

Genomes  
 
•  Prokaryotes  ⇨  have  no  nucleus  or  nuclear  
membrane    
⇨  Circular  ‘supercoil’  of  DNA  in  nucleoid  
(like  a  ball  of  yarn)  
⇨  Packed  by  DNA  gyrase  
⇨  Unpacked  by  DNA  gyrase  or  DNA  topoisomerase  
•  Eukaryotes  ⇨  nuclear  membrane  
⇨  During  interphase,  stored  as  loose  chromatin  
⇨  Positively  charged  histone  proteins  +  negative  DNA  strands  ⇨  nucleosome  
⇨  Chromosome  (packaged  up  DNA)  is  packed  by  histones  before  mitosis  
•  Genome  ⇨  all  the  DNA  present  in  an  organism  
 
 

23  
 Prokaryotes   Eukaryotes  

•  Single  celled   •  Multicellular  

•  Nucleoid   •  Nucleus  (membrane-­bound)  
•  Simultaneous  transcription  and  translation  of •  Transcription  within  nucleus  (DNA  ⇨  RNA)  
proteins   •  Translation  in  cytoplasm/RER  (RNA  ⇨  
•  Haploid/  Monoploid  (1  copy  of  chromosome   proteins)  
per  gene)   •  Diploid/Polyploid  (multiple  copies  per  
•  Contains  plasmids     chromosome)  
•  No  telomeres  (circular  DNA)   •  Multiple  chromosomes  
•  Replicates  via  binary  fission  (mitosis)   •  Has  telomeres  (linear  DNA)  
•  Grows  and  heals  via  mitosis  (body  cells)  
•  Gametic  cells  (sex  cells)  duplicate  via  
meiosis  
 
 

5.  DNA  Replication  
 

24  
6.  DNA  Replication  and  Repair  
 

25  
  

7.  Mitosis  

 
•  Let’s  keep  a  chromosome  count!  
1.  G1  phase  ⇨  somatic  cell  has  46  chromosomes  in  23  pairs  of  2  
2.  S  phase  ⇨  46  chromosomes  with  92  sister  chromatids    
3.  Anaphase/Telophase  ⇨  2  new  sets,  each  has  46  chromatids/chromosomes  

26  
  
 
 
•  This  is  what  happens  during  S  phase  to  duplicate  the  chromosomes:  

8.  Cell  Cycle  Regulation  

•  Regulate  cell  cycle  with  protein  kinases  and  
cyclin  
•  Cyclin  ⇨  protein  that  binds  with  cyclin-­dependent  
protein  kinases  (CDKs),  which  are  enzymes  
•  This  complex  of  cyclin  +  CDK  functions  as  a  
maturation  promoting  factor    
•  The  MPF  activates  other  proteins  via  
phosphorylation  in  order  to  push  along  the  events  of  
the  cell  cycle    
•  G1  Checkpoint  ⇨  Decide  if  cell  should  1.  Divide  
(mitosis)  2.  Rest  (G0)  3.  Delay  (repairs)  
•  G2  Checkpoint  ⇨  p53,  other  tumor  suppressor  
proteins,  make  final  check  before  mitosis  
•  M  Checkpoint  ⇨  Check  that  chromosomes  line  
up  properly  on  metaphase  plate  
•  p53  ⇨  tumor  suppressor  protein,  calls  in  repair  
cells  OR  calls  for  apoptosis  (cell  self-­destruction)  
•  Proto  Oncogenes  ⇨  normally  cause  and  regulate  

27  
cell  division,  oncogenes  (mutated)  are  the  equivalent  of  a    “stuck  accelerator”  

V.  Ecology  
1.  Ecological  Levels  

28  
  

2.  Trophic  Levels  and  Energy  Flow  

29  
  

30  
  
31  
3.  Survivorship  Curves  

32  
4.  Logistic  and  Exponential  Growth  Graphs  

 
•  Density-­dependent  factors  ⇨  factors  that  increase  as  density  increases  
ex.  Competition  for  food,  predation,  waste  buildup,  disease  
•  Density-­independent  factors  ⇨  factors  whose  occurrence  is  unrelated  to  density  
ex.  Floods,  forest  fire,  hurricane  

33  
5.  Relationships  

 
34  
6.  Behavior  
 
•  Operant  Conditioning  ⇨  behavior  depends  on  consequences  (reward/punish)  
ex.  Don’t  get  straight  A’s.  Asian  parents  yell  at  you.  
 
•  Classical  Conditioning  ⇨  associate  two  things  together  
ex.  Pavlov’s  Dogs  (ring  bell  ⇨  dog  salivates)  
 
•  Fixed  Action  Pattern/  Sign  Stimulus  ⇨  organism  has  to  follow  through  with  response  
⇨  Receive  stimulus  or  signal  (ex.  Goose  sees  egg-­shaped  ball  outside  nest)  
⇨  Action  or  response  (ex.  Goose  retrieves  ball  and  places  it  into  the  nest)  
⇨  Once  started,  this  behavior  cannot  stop  
 
•  Imprinting  ⇨  parents  pass  on  characteristics  or  behavior  to  offspring  
⇨  Can  only  occur  within  a  short  critical  period  
 
•  Taxis  ⇨  directional  movement  
⇨  Move  towards  a  positive  stimulus  
⇨  Move  away  from  a  negative  stimulus  
 
•  Kinesis  ⇨  non-­directional  movement  
⇨  Move  in  random  direction    
⇨  Movement  slows  down  or  stops  once  in  the  presence  of  a  positive  stimulus  
 
 

 
 
 

35  
7.  Biogeochemical  Cycles  

36  
  

37  
 VI.  Plants  and  Photosynthesis  
1.  Photosynthetic  Pigments  
•  Each  pigment  has  its  own  absorption  spectrum  
•  Having  a  greater  variety  of  pigments  (and  wider  absorption  spectrum)  allows  plant  to  harvest  
more  energy  
 
 

 
 

38  
2.  Light  Dependent  Reactions    
•  Stroma  ⇨  the  ‘cytoplasm’  of  a  chloroplast  (fluid)  
•  Thylakoid  ⇨  one  of  the  poker  chip  things  
•  Thylakoid  space  ⇨  space  inside  a  poker  chip  
•  Granum  ⇨  a  stack  of  poker  chips    
 
•  Photosystem  ⇨  integral  protein  complex,  conducts  both  light  
harvesting,  light  reaction,  and  electron  transfer,  located  in  the  
thylakoid  membrane  
•  Photosystem  II  ⇨  discovered  second,  but  starts  first  
⇨  Wavelength  p680  
⇨  Water  is  split  ⇨  donates  electrons(2)  to  PSII,  protons  for  gradient,  oxygen  released  
⇨  Released  energy  (electrons)  travel  down  electron  transport  chain  
⇨  Primary  electron  acceptor  is  plastoquinone  
⇨  Cytochrome  complex  pumps  H+  ions  from  stroma  (out)  to  thylakoid  space  (in)  
⇨  Creates  chemiosmotic  (H+)  gradient  ⇨  H+  have  to  leave  through  ATP  synthase  
⇨  Photophosphorylation  adds  phosphate  to  ADP  to  make  ATP  
•  Photosystem  I  ⇨  discovered  first,  starts  second  
⇨  Wavelength  p700  
⇨  Receives  electrons  from  PSII  
  ⇨  Released  energy  (electrons)  travel  down  another  electron  transport  chain  
⇨  Primary  electron  acceptor  is  ferredoxin  
⇨  Enzyme  NADP+  reductase  combines  NADP+  and  H+  to  make  NADPH    
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

39  
3.  Electron  Flow  Comparisons  
•  In  non-­cyclic  /  linear  electron  flow  ⇨  goal  is  making  NADPH  with  some  ATP  along  the  way  
⇨  Process  is  described  in  detail  above  
⇨  Reactants:  light,  water  
⇨  Products:  ATP,  NADPH,  O2  (waste  product  from  splitting  water)  
•  In  cyclic  electron  flow  ⇨  goal  is  making  ATP    
⇨  Only  uses  Photosystem  I  
⇨  Recycles  electrons  
⇨  Cytochrome  complex,  chemiosmosis,  and  phosphorylation  work  same  way  as  above  

4.  1st  Law  of  Thermodynamics  

•  Basically  just  says  ⇨  energy  will  be  conserved  
•  What  does  that  mean  for  photosynthesis?    
 
Light  energy  (sun)  ⇨  Chemical  energy  (ATP,  NADPH,  and  finally  Glucose)  
 

5.  Paper  Chromatography  
 
•  You  have  a  pigment  and  a  solvent  
•  Pigments  that  are  soluble  in  the  solvent  will  travel  farther  up  the  paper  strip    
•  Pigments  that  have  lower  molecular  mass  will  also  travel  farther  up  the  paper  strip    
 
 
 
 

40  
6.  Calvin  Cycle  (Light  Independent  Reactions)  
•  What  was  the  purpose  of  the  light  reactions?    
⇨  Make  a  little  bit  of  ATP  
⇨  Make  NADPH  (energy  ‘truck’)  for  the  Calvin  cycle    
•  The  Calvin  cycle  does  not  require  light  to  occur  
•  The  Calvin  cycle  takes  place  within  the  stroma  of  the  chloroplast  

 
•  Carbon  dioxide  first  enters  the  plant  by  diffusing  through  the  stomata    
•  3  carbon  dioxides  (1C)  are  ‘fixed’  to  3  RuBP  molecules  (5C)    
•  This  is  catalyzed  by  the  enzyme  rubisco  and  creates  a  6  carbon  compound,  which  quickly  
breaks  into  two  3-­phosphoglycerate  (3C)  
•  Next,  ATP  and  NADPH  allow  for  reduction  to  G3P  (3C),  which  is  a  sugar  
•  Once  you  collect  2  G3P  molecules,  you  can  form  glucose  and  other  sugars  
•  More  ATP  is  used  to  regenerate  the  RuBP  to  accommodate  more  carbon  dioxides  

41  
•  Now  that  we  understand  what’s  going  on,  let’s  take  a  look  at  the  math:  
 
3  Carbon  Dioxide  +  9  ATP  +  6  NADPH  ⇨  1  G3P  +  9  ADP  +  6  NADP+  
 
Note:  Double  all  coefficients  if  you  want  to  produce  a  glucose  molecule    
 

 
 
 
 

 
42  
7.  C3  Plants  in  Hot  and  Dry  Weather  
•  C3  ⇨  3  carbons,  carbon  dioxide  creates  a  3  carbon  molecule  (3-­phosphoglycerate)  
•  C3  plants  like  warm  moist  climates.  Hot  and  dry  weather  is  bad.  

 
•  It’s  hot  and  dry  ⇨  the  plant  wants  to  save  water!  
•  Where  does  the  water  evaporate  from?  ⇨  Stomata  (openings  in  the  leaves)  
•  So,  C3  plants  respond  to  hot  and  dry  weather  by  closing  the  stomata  
•  Unfortunately,  this  also  traps  O2  in  (waste  from  LR)  and  CO2  out  (what  plants  like)  
•  Remember  rubisco,  the  enzyme  from  before?  It  can  also  bind  to  O2.    
•  Now,  the  plant  goes  through  the  process  of  photorespiration  in  order  to  get  rid  of  the  O2  
•  Photorespiration  uses  up  the  carbon  stores  of  the  plant,  wastes  energy,  and  doesn’t  do  
anything    
•  This  is  bad.  That’s  why  plants  in  hot  and  dry  climates  have  evolved  ways  to  cope  (they  join  
support  groups)  
 
   
 
 
 
 
 
 
 
 
 

43  
8.  C4  Plants  in  Hot  and  Dry  Weather  
•  C4  plants  have  evolved  to  spend  a  bit  more  energy  to  limit  water  loss  in  arid  conditions    
•  C4  ⇨  4  carbon  compound    
•  There  is  spatial  separation  between  mesophyll  and  bundle  sheath  cells  

   
•  Rubisco  is  replaced  by  PEP  Carboxylase  (only  binds  to  carbon  dioxide,  not  oxygen)  
•  3-­phosphoglycerate  is  replaced  by  Oxaloacetate  (are  4  carbon  compound)  
•  This  is  then  stored  as  malate  /  malic  acid    
•  Now  we  move  from  the  mesophyll  to  the  bundle  and  sheath  cells  for  the  Calvin  cycle  
•  Pyruvate  is  recycled  while  CO2  can  now  go  into  the  normal  Calvin  cycle    
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

44  
9.  CAM  Plants  in  Hot  and  Dry  Weather  
•  CAM  plants  have  temporal  separation  ⇨  time  (night  and  day)  
•  Same  thing  as  C4  plants  with  oxaloacetate  and  everything,  but  instead  of  separating  by  cell,  
CAM  plants  separate  by  time  
 

 
 

10.  Roots,  Stems,  and  Leaves  

 
•  Roots    
1.  Absorption  of  water  and  nutrients  (root  hairs  increase  surface  area  for  this)  
2.  Anchoring  the  plant  body  to  the  ground  
3.  Storage  of  food  and  nutrients  as  starch  (carbohydrates)  
•  Stems    
⇨  Carry  water  and  nutrients  from  roots  (source)  to  destination  (sink)  
 
•  Leaves    
⇨  Stomata  (openings)  allow  water  to  evaporate,  CO2  to  enter,  and  O2  to  exit  
⇨  Main  photosynthetic  surfaces  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

45  
11.  Adhesion-­Cohesion-­Transpiration  Mechanism  
 
•  Water  Potential  =  Solute  Potential  +  
Pressure  Potential  
 
•  Pressure  potential  ⇨  pressure  exerted  by  
the  cell  wall  against  its  contents  
 
•  Solute  potential  ⇨  more  solute  means  a  
lower  solute  potential    
 
•  More  solute  added  ⇨  solute  potential  
becomes  more  negative  ⇨  water  potential  
also  becomes  more  negative  
 
•  Water  moves  from  high  water  potential  ⇨  
low  water  potential  
 

12. Stomata and Guard Cells

 
•  What  affects  transpiration  rates?    
•  Humidity  ⇨  increased  water  potential  
outside  of  the  stomata  reduces  the  rate  of  transpiration  
 •  Wind  ⇨  wind  removes  the  ‘boundary  layer’  of  still  
air  immediately  outside  the  leaf.  This  increases  the  
rate  of  transpiration  
•  Waxy  cuticle  ⇨  hydrophobic,  thicker  cuticle  
reduces  the  rate  of  transpiration  
•  Temperature  ⇨  warmer  air  holds  more  water,  so  
pseudo  “less  humid”,  so  increases  rate  of  
transpiration  
•  Light  ⇨  stoma  open  in  the  light  so  that  light  
dependent  processes  can  take  place    
 
 
 
 
 
 
Thanks  for  reading!  Once  again,  the  second  semester  review  guide  can  be  found  here.    
 
46  
  
 
 
 
 
 

47  
 A  Comprehensive  Guide  to  AP  Biology  (cont’d)  
by  Brian  Lin  

Table  of  Contents  

VII.  Cellular  Respiration  (pages  2-­9)  
VIII.  Protein  Synthesis  (pages  10-­16)  
IX.  Meiosis  and  Inheritance  (pages  17-­19)  
X.  Gene  Expression  (pages  20-­21)  
XI.  Immune  System  (pages  21-­23)  
XII.  Cell  Signaling  (pages  24-­31)  
 
Alright,   so   I   need   your   help   here!   After   unit  VIII,   I   basically   stopped   taking   notes.   First   reason  
was   because...   well   you   know,   I   didn’t   want   to.   Second   reason   was   that   my   teacher   gave   us  
those   Power   Point   print  out   notes   (the   ones  with   like   6   hard-­to-­read  slides   per  page).   But   most  
importantly,   and   I   cannot   emphasize   this   enough,   I   switched   over   to   taking   my   notes   on   my  
Bio   diagrams,   call   it   ‘annotating’   if   you   will.   I   am   a   heavily   visual   learner   and   found  that  I  
could   learn   just  as   well  (with  a  lot  less  effort/work)  simply  by  annotating  diagrams,  watching  Wiki  
videos,  paying  attention  in  class,  and  answering  other  people’s  questions.    
 
So   if  you  have  GOOD  notes,  either  in  print  (send  ‘em  to  me  and  I’ll  post  them  here)  or  on  paper  (I  
have   a   scanner   at   home)   I’ll   be   happy   to   share   them   with   everyone   else   unless   they   suck.   If  
they’re   on   paper   and   you   have   crappy   handwriting,   forget   it.   No   one   can   physically   read   that  
(lookin’   at   you   Pulkit).   Also,   if   you   have   super   crappy   formatting   with   stuff   you   type   out   (still  
lookin’   at   you   Pulkit)   then   forget   it   as   well.   In   my   opinion,   notes   are   supposed   to   be   super  
compact   and   concise   and   meant   for   looking   at   in-­between   classes/during   classes/etc.   I  
don’t  want  you  sending  me  paragraphs  of  notes...  save  it  for  English  class  or  Facebook  rants.    
 
Anyways,  in  order  to  finish  up  this  guide,  I’ve  recruited  the  help  of  Chris  Yao  and  Pulkit  Kashyap...  
I’ve   merely   edited/touched   up/reformatted   their   stuff   for  Units  IX.-­XII.  Have  fun.  Actually,  I  gave  up  
on  XII  since  Pulkit’s  notes  are  impossible.  So  please,  send  me  yours  to  replace  those  units!  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1  
 VII.  Cellular  Respiration  

 
 

2  
Anaerobic:  don’t  need  oxygen  present  to  occur  
Takes  place  in  the  cytoplasm  

 
 
 
Since  we’re  going  from  big  molecule  (glucose)  to  small  molecule  (pyruvate),  this  is  a  
catabolic  reaction.    
 
Show  me  the  math:  
 
x1  Glucose  (6C)  ⇨  x2  Pyruvate  (3C)  
x2  ATP  ⇨  x4  ATP    (+2  ATP  Net)  
x2  NAD+  ⇨  x2  NADH    
 
 
Phosphofructokinase  (enzyme):  lots  of  ATP  ⇨  ATP  binds  allosterically  to  phosphofructokinase  

3  
⇨  shuts  phosphofructokinase  down  (feedback  inhibition  of  an  enzyme)  

 
 
No  oxygen?  Diagram  below.  Yes  oxygen?  Next  page.  

 
 
What’s  the  point  of  anaerobic  fermentation?  
It  empties  the  energy  trucks  (2  NADH  ⇨  2  NAD+)  while  creating  a  little  bit  of  energy  (ATP)  
(Note:  You  CANNOT  do  glycolysis  without  the  empty  energy  trucks)  
 
This  is  OKAY  for  yeast  and  other  little  organisms  who  can  live  off  the  +2  ATP.  However,  big  
things  have  to  use  aerobic  respiration  to  get  enough  energy  out  of  glucose  +26-­28  ATP.  
 

4  
  
 
Okay,  so  we  got  some  pyruvate.  That  still  has  lots  of  energy  inside.  
But  first,  we  need  some  more  energy  trucks  (NADH  and  FADH2)  
The  Krebs  will  do  that,  but  we  need  to  make  pyruvate  ready  for  Krebs.  
That’s  the  Bridge  Reaction.  

 
  Bridge  Math  
Pyruvate  (3C)  +  Coenzyme  A  ⇨    
Acetyl  CoA  (2C)  +  CO2  (1C)  
NAD+  ⇨  NADH  
 
*Multiply  by  2  for  both  pyruvate  molecules  
 
 
 
 

5  
  
Citric  Acid/Krebs  occurs  in  the  mitochondrial  matrix  (random  space  inside  cistae)  
Goal:  Create  tons  of  energy  trucks  (NADH  +  FADH2)  
Krebs  Math  
Acetyl  CoA  (2C)  ⇨  x2  CO2  (1C)  
x3  NAD+  ⇨  x3  NADH  
FAD  ⇨  FADH2  

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

6  
Aerobic:  need  oxygen  or  won’t  happen  
We’re  going  through  a  series  of  redox  reactions  in  which  we  are  oxidizing  and  reducing  
molecules,  ending  with  oxygen,  the  final  electron  acceptor.  
Note:  Lose  electron  oxidize  
Gain  electron  reduce  
“LEO  says  GER”  
 

 
1.  NADH  and  FADH2  arrive  at  the  mitochondrial  membrane  (top  row  of  circles  is  the  outer  
bottom  is  the  inner)  
2.  NADH  arrives  higher  up  in  the  electron  transport  chain.  Therefore,  it  can  pump  more  H+  
across  the  membrane,  effectively  synthesizing  3  ATP.  
3  FADH2  arrives  lower  down  the  electron  transport  chain.  Therefore,  it  can  pump  ⅓  less  H+  
across  the  membrane,  effectively  synthesizing  2  ATP.  
4.  Pumping  H+  across  the  membrane  creates  a  chemiosmotic  gradient.  Because  charged  
ions  cannot  simply  diffuse  across  the  membrane,  they  must  diffuse  across  ATP  synthase  
(integral  protein)  via  facilitated  diffusion.    
5.  This  drives  the  reaction  ADP  +  P  ⇨  ATP    
 
The  electron  transport  chain  creates  a  lot  of  ATP.  Around  26-­28  molecules  of  ATP.  
 
If  you  don’t  like  my  crummy  drawing,  go  to  the  next  page  for  a  diagram.  
 
 

7  
  
 
AMP  (a  cell  resp.  reactant)  stimulates  glycolysis  
 
ATP/Citrate  (cell  resp.  products)  inhibit  glycolysis  
 
 
 
 
 
 
Next  page  has  some  general  overviews  of  where  all  the  
products  and  reactants  come  from  and  go  to.  

8  
  
 
 
 

9  
 VIII.  Protein  Synthesis  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

10  
1.  Central  Dogma  
 
 
DNA  ⇨  (transcription)  ⇨  RNA  ⇨  (translation)  ⇨  Protein  ⇨  (processing)  
 
DNA  strand  is  always  read  in  the  3’  to  5’  direction.  
Thus,  RNA  polymerase  builds  mRNA  in  the  5’  to  3’  direction.  
 
AUG  is  the  start  codon  (methionine)  
Codon:  a  3  nucleotide  sequence    (note:  Uracil  replaces  Thymine  in  RNA  sequences)  
 
Bottom  strand  of  DNA  is  called  the  template  strand  
Top  strand  of  DNA  is  called  the  coding  strand  
 
mRNA:  messenger  RNA  that  leaves  the  nucleus  for  a  ribosome  in  order  to  code  for  a  
polypeptide  
 
tRNA:  transport  RNA  that  carries  amino  acids  from  cytoplasm  to  ribosome,  has  complimentary  
anti-­codon  to  the  mRNA  
 
rRNA:  ribosomal  RNA  that  makes  up  the  ribosome’s  subunits    

11  
2.  Why  is  Redundancy  Important  in  
Codons?  
 
 
As  you  can  see  in  the  diagram,  there  are  usually  4  different  
codon  sequences  that  can  code  for  the  exact  same  thing.  
 
This  means  that  a  point  mutation  (substitution)  from  ACU  to  
ACC  won’t  screw  you  up.  This  is  known  as  a  silent  mutation  
because  you  don’t  notice  any  change.  
 
That  variation  in  the  3rd  base  pair  is  known  as  wobble.  
 
Of  course,  some  codons  such  as  AUG  (start)  do  not  exhibit  
any  redundancy  and  this  can  be  problematic.  
 

3.  Transcription  
 
Once  again,  transcription  involves  us  copying  DNA  to  mRNA  within  the  nucleus.  
 
There  are  3  main  steps  to  transcription:  
 
1.  Initiation  
Before  DNA  can  be  copied,  the  copier,  RNA  Polymerase  must  bind  to  the  DNA  strand  at  the  
promoter  region  (specifically  at  the  TATA  box).  
 
In  order  for  RNA  Polymerase  to  bind,  you  need  a  bunch  of  transcription  factors.  This  provides  an  
effective  means  for  gene  regulation  (please  see  X.  Gene  Regulation  for  further  detail)  
 
2.  Elongation  
DNA  is  unwound  by  transcription  factors.  RNA  Polymerase  then  transcribes  a  single  strand  of  
mRNA  complementary  to  the  template  DNA  strand.    
 
3.  Termination    
RNA  Polymerase  and  completed  mRNA  disconnect  from  the  DNA  strand  upon  reaching  the  
termination  sequence.  

12  
  
 

13  
Ok,  so  at  this  point,  we  got  a  complete  mRNA  strand.  However,  we  only  want  the  parts  of  it  that  
are  important-­  the  coding  regions  (known  as  exons).  The  non-­coding  regions  are  introns.  
So,  how  are  we  going  to  cut  the  introns  out?  mRNA  editing  
 
Spliceosome  (a  complex  of  SNRPs)  cuts  introns  out  
 
A  poly-­Adenine  tail  is  added  (to  3’  end)  
 
A  5’  methylated  cap  is  added  
 

4.  Translation  
 
1.  Initiation  
Assemble  ribosomal  subunits  out  of  rRNA  
AUG  is  the  start  codon  
2  subunits:  large  on  top,  small  on  bottom  
5’  end  enters  first  
 
2.  Elongation  
Amino  acids  added  to  tRNA  by  Aminoacyl-­tRNA  synthetase  (an  enzyme)  
Amino  acid  chain  assembled  out  of  the  P-­site  
New  amino  acids  carried  by  tRNA  join  to  the  complementary  codon  on  the  A-­site  
tRNA  and  mRNA  exits  via  the  E-­site  
 
3.  Termination  
Stop  codons  (UGA,  UAA,  UAG)  signal  the  ribosomal  subunits  to  break  apart,  releasing  the  
completed  polypeptide  (string  of  amino  acids)  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

14  
5.  Post-­Translational  Protein  Editing  
 
•  Rough-­ER  bound  ribosomes  
⇨  Protein  is  synthesized  in  ribosome  
⇨  Enters  lumen  (area  within  the  entire  ER)  
⇨  Chaperonin  (protein)  folds  new  protein  in  secondary  and  tertiary  structure  
⇨  Protein  travels  to  Smooth-­ER  (parts  of  ER  without  ribosomes)  
⇨  Buds  off  in  a  transport  vesicle  towards  the  Golgi  
⇨  Within  the  Golgi,  travels  in  cis  to  trans  direction  
⇨  At  cis  end,  enzymes  will  begin  modifying  protein  by  phosphorylation  or  glycosylation  
⇨  Glycosylation  adds/removes  sugars.  This  decides  where  the  protein  will  go  
⇨  At  trans  end,  the  finished  protein  will  exit  the  Golgi  in  secretory  vesicles  
⇨  If  the  vesicles  fuse  with  lysosomes,  the  proteins  will  be  for  digestion  of  stuff  
Protein  examples:  Nuclease,  lipase,  protease,  etc.  
Stuff  examples:  Food,  antigens,  screwed  up  organelles,  etc.  
⇨  These  vesicles  can  also  carry  the  proteins  out  or  to  other  organelles  
⇨  The  proteins  will  leave  the  cell  and  enter  the  bloodstream  via  exocytosis  
⇨  Examples  of  RER  proteins  include:  hormones  (insulin)  and  digestive  enzymes  (lipase)  
 
•  Free  ribosomes  
⇨  Protein  is  synthesized  in  ribosome  
⇨  Receive  little  amount  of  modification  (compared  to  RER  proteins)  
⇨  Still  fold  into  tertiary  structure  by  chaperonin  in  the  cytosol  
⇨  Cytosol:  glycolytic  enzymes,  Actin  for  microfilaments  (in  cytoskeleton,  muscles,  etc.)  
⇨  Nucleus:  histones,  transcription  factors,  etc.  very  important!  
⇨  Mitochondria  and  Chloroplast  
These  organelles  actually  have  their  own  genome  and  protein  factories  
Still  import  most  integral  proteins  (electron  transport  chain,  etc.)  from  cytosol  
⇨  Always  inside  the  cell  it  was  produced  in!  
 
 
 
 
 
 
 
 
 

15  
6.  Mutations  
 
Mutation:  a  change  in  DNA  during  DNA  replication,  allows  for  methods  of  evolution  
 
Evolution:  a  change  in  allele/gene  frequency    
 
Mutations  arise  from  1.  DNA  replication  copying  errors  or  2.  External  factors  (ie  mutagens)  
 
There  are  2  categories  of  mutations,  point  mutations  and  chromosomal  mutations  
 
Point:  (1  base  pair)    
Substitution  
Silent  (Redundancy)  
Missense  (Wrong  amino  acid)  
Nonsense  (Stop  codon)  
Insertion  or  Deletion  
Adding  in/  removing  amino  acids  
Can  lead  to  a  frameshift  
Chromosomal:  (change  in  entire  chromosome)  
This  can  be  a  change  in  structure  (losing  part  of  it)  or  number  (monosomy,  etc.)  
 

7.  Universal  Genome  
 
All  domains  of  life  share  central  genetic  code  (DNA).  
All  domains  of  life  share  similar  metabolic  pathways.  
 
Just  read  Big  Idea  #1.  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

16  
  

IX.  Meiosis  and  Inheritance  

Content  courtesy  of  Chris  Yao...  with  quite  a  bit  of  editing  by  yours  truly.  
 
Asexual  Reproduction   Sexual  Reproduction  

● One  parent   ● Two  parents    

● Cell  division  by  fission  (mitosis),   ● Gametes  (egg  and  sperm)  are  both  
budding,  or  regeneration   haploid  (single  set  of  chromosomes)  
● Very  efficient  (think  of  bacteria   ● Gametes  form  a  zygote  (egg  +  
multiplying)   sperm)  
● Population  vulnerable  to  being  wiped   ● Genetic  variation  due  to  combination  
out  due  to  lack  of  genetic  variation   haploid  cells  
 
Genetic  variation  
● Crossing  Over-­  alleles  of    two  chromatids  next  to  each  other  switch,  so  outer  chromatids  
have  alleles  of  the  parent  while  the  inner  chromatids  have  the  new  mixture,  therefore  
reproduction  will  yield  new  offspring.  
● Random  Fertilization-­  8  million  potential  ovum  x  8  million  sperm  possibilities  =  trillions  of  
potential  zygotes.  
● Law  of  Segregation-­  Only  one  allele  from  each  pair  of  alleles  mixes  in  with  the  other  
alleles;;  i.e.  punnett  square  of  Aa  vs  AA  will  yield  4    different  types  of  alleles  because  each  
half  of  the  alleles  segregates  and  binds  on  its  own.  
 
Karyotypes  
● A  picture  of  a  cell’s  chromosomes  during  the  metaphase  of  mitosis.  
● Chromosomes  are  in  homologous  pairs,  starting  with  the  smallest  (1)  and  ending  with  
the  sex  chromosomes  (23).  
 
Mitosis   Meiosis  

● Creates  all  of  your  non-­sex  body  cells   ● Creates  gametes  for  sexual  
(for  example,  new  skin  cells)   reproduction  
● Genetically  identical  offspring   ● Allows  for  genetic  variation  
(basically  clones)   ● (In  humans)  chromosome  number  is  
● Note:  Due  to  random  mutation,  there   halved  from  diploid  to  haploid  
may  still  be  very  slight  genetic  
variation  
● Chromosome  number  remains  
constant  
 
 

17  
  
 
 
Mendel’s  Laws  
● Law  of  Segregation  ⇒  Each  gamete  (sex  cell)  carries  one  allele  (version  of  a  gene).  
Each  offspring  then  gets  1  allele  from  each  parent  for  a  total  of  2  alleles  (such  as  
dominant  brown  hair  from  dad  and  recessive  blonde  hair  from  mom).  
● Law  of  Independent  Assortment  ⇒  Separate  traits  are  inherited  independently  from  
each  other.  For  example,  your  height  and  your  eye  color  are  coded  for  by  different  genes.  
● Law  of  Dominance  ⇒  A  dominant  allele  will  take  priority/override  a  recessive  allele.  

You  should  also  know  how  to  do  Punnett  Squares  and  Family  Trees/Pedigrees/etc.    
 
This  is  some  pretty  basic  stuff  really.  So  pay  attention  in  class  and  practice  as  much  as  you  
can.  There  aren’t  any  ‘tricks’  really,  so  I’ll  leave  you  on  your  own  here.    
 
Basically,  I  didn’t  take  notes  for  this  part  of  the  unit.  And  I’m  not  about  to  do  so  now,  in  
August,  when  I  have  much  better  things  to  do.  So  once  again,  you’re  on  your  own  for  this.  
Seriously,  it’s  not  hard.  Just  pay  attention  in  class  and  do  your  work.    
 
Okay  fine.  Even  though  I  still  refuse  to  put  more  effort  into  this,  I  happen  to  still  have  some  
examples  that  I  can  share  with  you.  Also,  some  very  important  terms  to  know  and  definitely  
not  to  confuse  (such  as  incomplete  dominance  and  co-­dominance).  
 
Here’s  the  quiz  (on  dominance,  I  believe).  Not  only  is  it  embarrassing  but  very  silly  and  
immature  as  well.  Have  fun.  Don’t  say  I  didn’t  warn  you.  And  no,  there  are  no  answers.  That’s  
because  you  must  take  pride  in  your  learning  (ie  I  lost  the  answer  key  or  there  never  was  one).    
 

Huntington  Disease  (Dominant)  

David  Chen,  Jay  Wang,  and  Brian  Lin    
 
 
1.  If  Will-­da-­beast  and  Will-­powa-­showa,  both  with  homozygous  Pikachupacabra  disease  
(dominant),  have  a  child;;  what  is  the  probability  that  the  child  expresses  the  traits  of  the  disease?  
 
2.  Sergei  and  Abby  have  a  child,  King  Alfonso,  and  King  Alfonso  has  a  dominant  disorder  that  
makes  him  smile  uncontrollably  and  is  heterozygous.  Give  one  possible  set  of  alleles  that  Sergei  
and  Abby  could  have  so  that  the  chance  of  their  child  having  this  smiling  disorder  is  ½.    
 
3.  Little  Ignoff  has  heterozygous  Midas  Touch  disease  (dominant),  while  his  sister,  Little  Van  
Hindschtechtz,  has  the  homozygous  form  of  the  disease.  Give  a  possible  set  of  genotypes  for  

18  
their  parents,  Sally  and  Bob.    
 
 
 
4.  Fill  in  the  blanks!  
 
 
 
H  =  dominant  
h  =  recessive  
 
 
 
 
 
 
 
 
5.  The  ultimate  question:  The  members  of  the  Chen  family  are  affected  by  both  hair  color  and  
Hokey-­Pokey  disease  (dominant).  The  father,  Phat  Dadda  “Pkash”  Money  (the  original  Bile-­o-­G  
gangsta),  has  fluorescent  purple  hair  (dominant)  but  does  not  express  any  alleles  for  
Hokey-­Pokey  disease.  The  mother,  Val  Mart-­Agupta,  has  normal  brown  hair  (recessive)  but  has  
the  dominant  allele  for  Hokey-­Pokey  disease.  What  is  the  probability  that  their  new  child,  Alfred  
the  Undulator,  will  have  both  purple  hair  and  hokey-­pokey  disease?  
 
 
 
 
 

19  
 X. Gene Expression
Once  again,  written  by  Chris  Yao,  edited  by  me.  
 In  Vivo  Cloning  
● In  vivo  (use  dat  spanish)  =  cloning  within  a  living  organism  (in  our  case,  using  a  bacteria  
as  a  ‘factory’  of  sorts  to  produce  specific  proteins!)  
○ Compare  to  In  Vitro,  which  is  cloning  within  a  glass  test  tube  (the  Polymerase  
Chain  Reaction  stuff  you  learned  about)  
● Class  example  =  AMP  experiment  
● Isolate  mRNA  for  desired  gene...  since  it’s  mRNA,  there  are  no  exons.  
● Use  reverse  transcriptase  to  create  cDNA  from  the  mRNA  template.  
● Use  a  restriction  enzyme  to  cut  the  plasmid  once  and  the  ends  of  the  gene  of  interest  
twice.  
● Combine  plasmid  and  gene  of  interest.  They  will  be  attracted  to  each  other  since  the  
sticky  ends  (cut  by  the  restriction  enzyme)  will  be  complementary.    
● Ligase  will  seal  with  covalent  bonds  (phosphodiester).  
● Now  that  our  gene  has  been  successfully  introduced  into  the  bacteria’s  plasmid  (a  
chromosome),  the  bacteria  will  start  producing  whatever  we  wanted  it  to!  
Microarrays  
● Using  reverse  transcriptase  and  DNA  polymerase  cDNA  is  synthesized  from  a  RNA  
template  (typically  mRNA  from  the  cells  of  interest),  binds  with  certain  ssRNA  in  the  
microarray,  the  ones  that  bind  glow  under  the  fluorescence  detector,  indicating  that  these  
are  the  genes  expressed.  
 
Operons    
● Promoter  is  like  a  door  knob,  promoters  of  many  operons  are  similar,  like  a  keyhole  
because  only  a  specific  regulatory  protein  binds  it.  
● Co-­repressor  ⇒  binds  to  repressor  to  help  prevent  transcription  of  the  gene  
● Repressor  ⇒  prevents  transcription  of  the  gene  by  blocking  the  attachment  of  RNA  
polymerase  
● Activator  ⇒  protein  that  increases  gene  transcription  
 

Types of Regulation
 
Please  just  use  your  class  notes  (ppt.  slides)  +  diagrams  for  this...  SO  MUCH  easier.  
 
Inducible  (lactose)  
● The  system  begins  as  off.  However,  it  can  be  induced  (aka  turned  on).  
● Repressor  starts  off  attached  to  the  operator  (that’s  why  it’s  off).  
● Under  certain  conditions,  the  repressor  will  be  removed,  turning  the  system  on.  
 
 
20  
  
Repressible  (tryptophan)  
● The  system  begins  on.  However,  it  can  be  repressed  (turned  off).  
● When  the  levels  of  the  expressed  gene  exceed  the  needs  of  the  cell,  the  repressor  
activates  and  inhibits  expression.  
● When  trp  levels  are  high  enough  (and  you  therefore  need  to  get  rid  of  it),  activators  bind  
to  the  repressor  to  get  it  off.  
 
Positive  
● cAMP  accumulates  when  glucose  is  scarse  used  to  activate  CAP  
● CAP  is  a  regulatory  protein  ⇒  activator  
● when  cAMP  is  low  cap  stops  activating  
 
 
Methylation  
● Addition  of  methyl  caps  to  histones  prevent  expression  
Histone  Acetylation  
● Add  more  space,  make  expression  more  likely  to  happen  
 
RNAi  
● siRNA-­  Small  interfering  RNA  that  degrade  a  specific  mRNA  upon  recognition  (RISC  )  
● siRNA  made  from  dsRNA  using  a  dicer,  which  dices  the  dsRNA  into  siRNA  
● RNAi  can  abolish  gene  function  of  specific  genes,  because  they  are  created  in  vitro  
(shRNA/siRNA),  RNAi  allows  us  to  control  timing  
● Applications  include  gene  therapy,  
● Problems  include  stability,  delivery,  toxicity,  off  target    
● miRNA  is  like  siRNA  but  longer,  made  using  dicers  and  takes  out  homologous  mRNA  
 

XI. Immune Response

Content  courtesy  of  Christopher  Yao,  edited  by  me.  
I  happened  to  have  some  book  on  the  Immune  System  so  I  never  had  to  take  notes  for  this.  
 
Pathogen  ⇒    a  disease  causing  infectious  agent  such  as  a  bacteria,  fungi,  virus,  etc.  
 
1.  Levels  of  Defense  
 
First  level  of  defense  ⇨  physical  and  chemical  barriers  that  prevent  a  pathogen  from  infecting  
cells  ie)  skin,  stomach  acids,  mucous,  enzymes,  cough  reflex,  etc.  non  specific  
 
Second  Level  of  defense  ⇨  also  known  as  non  specific  immune  response  or  innate  immune  
● Inflammatory  response  ⇨  upon  detecting  an  infection,  mast  cells  release  histamines  

21  
 causing  vasodilation  
○ Vasodilation⇒blood  vessels  and  capillaries  increase  in  diameter  allowing  
phagocytes  easier  access  to  the  infected  cells,  this  causes  swelling  and  redness  
○ Phagocytes⇒Neutrophils,  eosinophils  and  Macrophages  all  are  phagocytes  that  
eat  infected  cells  
○ Cytokines  ⇒  chemicals  released  by  cells  for  cell  to  cell  communication,  ie)  Helper  
T  Cells  release  Cytokines  to  activate  B  cells.  
○ Pyrogens  ⇒  chemicals  released  by  phagocytes  that  cause  fevers  in  an  attempt  to  
denature  invaders  through  heat  
○ Interferons  ⇒  infected  cells  also  release  interferons  which  are  the  cytokines  that    
 
Third  Level  of  Defense⇨  specific  immune  response  
○ Macrophages,  after  eating  infected  cells,  uses  MHC  to  present  antigen  fragments  
on  their  surface    
○ Helper  t-­cells  become  activated  if  they  recognize  the  antigen  fragments  
○ Helper  t-­cells  activate  the  killer  T  cells  (AKA  Cytotoxic  T  Cells)  and  B  cells    
 
● Humoral  Response  
○ Plasma  B  cells  (activated  B  cells)  produce  antibodies  which  bind  onto  their  
respective  antigen  (specific)  
○ Antibodies  are  Y  shaped  proteins  that  bind  onto  an  antigen,  they  then  either  mark  
the  antigen  for  destruction  (via  killer  t-­cells  for  example)  or  they  can  block  the  
pathogen  from  further  spreading.  
● Cell  Mediated  Response  
○ Cytotoxic  t  cells  
○ Helper  t  cell  binds  to  macrophages  presenting  a  virus  on  its  mhc  
○ Activates  cytotoxic  t  cell  for  that  specific  infection,  finds  all  cells  with  that  infection  
and  kills  them  using  perforin  
● Humoral  vs  Cell  Mediated-­  What’s  the  Difference?  
○ Cell  mediated  is  a  direct  attack  versus  humoral  which  marks  for  an  attack  later  
○ both  produce  memory  cells  which  remain  for  second  incidence  
○ part  of  acquired  immunity  
Passive  Immunity  
■ Natural:  Transfer  of  antibodies  from  mom  to  child  during  pregnancy  
■ Artificial:  Addition  of  antibodies  through  some  other  means  to  an  individual  
who  cannot  create  the  necessary  antibodies  
Active  Immunity  
■ Natural:  Exposure  to  a  pathogen  and  going  through  b  cells/t  cells  
■ Artificial:  Being  ‘infected’  through  a  vaccine  which  stimulates  the  body  to  
create  the  necessary  antibodies/memory  cells  for  future  attacks  
The  thing  you  just  read  (passive/active)  confuses  a  lot  of  people.  Let  me  (Brian)  elaborate  a  little.  
 
Passive  immunity  means  that  you  get  antibodies.    

22  
Active  immunity  means  that  you  make  antibodies.    
 
Here’s  an  analogy:  Passive  immunity  is  like  getting  $100  for  your  birthday  as  a  gift  whereas  
active  immunity  would  be  like  getting  a  job  so  that  you  can  continually  make  money.    
 
Natural  means  that  no  voodoo  science  stuff  is  going  on.  Artificial  means  that  we  ‘use  science’  
(whatever  that  means)  to  create  the  immunity  (such  as  getting  a  shot).    
 
HIV  
● Destroys  the  body’s  ability  to  fight  disease  by  disabling  helper  t  cells.  
 
Blood  Type  
● People  can  only  take  in  specific  blood  types  that  match  with  their  own  
● Each  blood  type  has  a  specific  antigen  on  their  surface  and  antibodies  around  them.  
○ ex.  Type  A  blood  is  marked  with  ‘a’  antigens  but  has  antibodies  that  destroy  stuff  
marked  with  ‘b’.    
● AB  is  a  universal  receptor,  O  is  a  universal  donor.  
○ If  you  have  both  A  and  B  blood,  then  you’ll  recognize  everything.  If  you  have  type  
O,  you  can  only  recognize  type  O  blood.  
 
Allergies  
● Body  detects  non-­self  (such  as  some  pollen)  and  releases  histamine  to  fight  something  
that’s  not  even  dangerous.  
○ This  causes  inflammation  and  all  the  other  typical  allergy  symptoms.  
 
Organ  Transplantation  
● Organs  need  to  be  accepted  by  the  host,  otherwise  they  will  be  destroyed  as  non-­self.  
● Body  uses  the  MHC  to  identify  self  vs    non-­self.  
 
Autoimmune  Disorders  
● Body  somehow  confuses  self  with  non-­self  and  begins  destroying  self  cells.  
 
 
 
 
 
XII.  Cellular  Signaling  
Content  courtesy   of   Pulkit.  However,   I   could   tell   that   he  copied  it  from  somewhere  else  because  
the  formatting  was  absolutely  atrocious.  In  order  to  attest  to  this,  I’m  leaving  it  as  is  so  you  all  can  
suffer  unnecessarily.   Hahaha.   But   seriously,   I’m   not   about   to   spend   an   hour   fixing   this   mess  so  
23  
pay   attention   in   class   and   make   your   own   notes   lol.   I   tried   fixing   this   page   (added   the   bullet  
points,   the   original   picture   was   absolute   crap   since   you   couldn’t   read   any   words,   but   then   I  
realized   that   this   stuff   is   basically   worse   than   the   textbook   so   I’m   reaching   out  to   you   guys   for  
help  here).  
 
● Long  Distance  Neurons  =  Electrical  signals  (chem  for  short  paths),  used  for  regulation  
and  information  
● Dendrites-­  branched  extensions  that  receive  signals  
● Axon-­  extension  that  transmits  signals  to  other  cells  (information);;  branched  at  one  end,  
hillock  at  other  
● Cell  Body-­  where  neurons  organelles  are  located  
● Axon  Hillock-­  signals  that  are  transferred  down  the  Axon  generated  here  
● Synaptic  Terminals-­  Branched  ends  of  the  axon,  neurotransmitters  transmit  information  
from  the  axon  to  the  receiving  cell  from  here;;  the  cell  sending  the  signal  is  presynaptic,  
postsynaptic  is  the  cell  that  receives.  Dendrite  conc.=    synapse  conc.  Electrical  
synapses  are  rare  but  serve  for  really  fast  reactions.  Usually  chemical  reactions.  
Presynaptic  neuron  packages  and  transports  its  neurotransmitters  in  synaptic  vesicles  
towards  the  terminals  of  the  recipient  neuron.  This  change  in  action  potential  causes  the  
neurons  membrane  to  become  permeable  because  it  depolarizes  which  in  turn  means  
Ca+2  concentration  goes  up  and  then  that  causes  some  vesicles  to  fuse  and  dump  their  
contents  in    the  receiving  neuron  

 
 
 
 
 
Myelinated  neuron-­  sheets  that  surround  axons    (produced  by  oligodendrocytes)  -­>  electrical  
insulation,  space  eficient  
24  
Unmyelinated  neuron-­  slower,  travels  in  waves  
Sensory  Neurons-­  transmit  information  from  eyes  and  other  sensors  that  detect  external  
stimulation  (light,  sound,  touch,  heat,  smell,  taste)  
Motor  output-­  necessitates  nerves  (bundles  of  neurons)  to  make  muscles  function  properly  
CNS-­  brain  and  longitudinal  nerve  cord,  integration  up  here  (analyzing  and  interpreting  the  
sensory  information)  
Peripheral-­  send  and  take  out  information  from  the  CNS  

 
Brian  edit:  What  is  going  on  here?    
 Neurotransmitters  have  more  than  a  dozen  diff.  receptors  
Sodium-­Potassium  pumps  are  used  for  the  maintenance  of  resting  potential.  They  send  out  NA+  
and  bring  in  K+.  Clusters  of  proteins  make  ion  channels.  These  ion  channels  are  selectively  
permeable  to  NA+  or  K+  depending  on  the  channel.  K+  is  taken  out  ,  leaving  a  negative  charge  
behind,  and  NA+  comes  in,  the  movement  of  these  charges  causes  the  generation  of  potential.  
The  buildup  of  negative  charge  behind  the  movement  of  K  helps  create  the  membrane  potential  
Eion  =  62  mV  (  log  ([ion  outside]/  [ion  inside]  ))  
Gated  Ion  channels  open  or  close  in  response  to  stimuli  when  neurons  are  active.  This  in  turn  
means  that  membrane  potential  changes  (and  permeability  changes).    Ex.  Resting  neurons  k+  
ion  channels  open  up  again,  making  it  more  negative,  polarity  goes  up  (hyperpolarization-­>  
increases  the  outflow  of  positive  or  in  flow  of  negative  ions,  either  way  end  result  is  a  negative  
inside).  Depolarization-­  reduction  of  membrane  potential  by  opening  gated  sodium  channels,  
these  are  graded  potentials  a  bigger  stimuli  =  bigger  change.    These  have  a  major  effect  on  the  
generation  of  nerve  signals.  Voltage  gated  ion  channels  open  or  close  to  a  change  in  the  
membrane  potential.  If  depolarization  opens  voltage-­gated  sodium  channels,  then  the  resulting  
flow  of  Na+  causes  more  depolarization  which  opens  more  gates  which  in  turn  opens  more  
gates  and  all  of  this  changes  the  membrane  potential  ,  called  an  action  potential.  Action  
potentials  are  transmitted  along  the  axon,  occur  whenever  membrane  voltage  gets  to  the  
threshold,  act  independently  of  stimuli  and  are  an  all-­or  nothing  (happen  or  do  not  happen).  
During  this  period,  the  sodium  channels  close  up  till  after  the  undershoot.  Therefore  if  a  stimuli  
occurs  during  the  undershoot  period  no  action  potential  will  occur,  this  is  called  the  refractory  
period.  When  an  action  potential  is  generated,  it  can  only  move  towards  the  synaptic  terminals  
because  the  area  behind  the  generation  point  (the  hillock)  prevents  another  potential  from  being  
formed.  Action  potentials  go  as  far  as  the  synpases  which  allow  the  current  to  flow  from  one  
neuron  to  another  
   
Synaptic  Terminals-­  Branched  ends  of  the  axon,  neurotransmitters  transmit  information  from  the  
axon  to  the  receiving  cell  from  here;;  the  cell  sending  the  signal  is  presynaptic,  post  synaptic  is  
the  cell  that  receives.  Dendrite  conc.=    synapse  conc.  Electrical  synapses  are  rare  but  serve  for  
25  
really  fast  reactions.  Usually  chemical  reactions.  Presynaptic  neuron  packages  and  transports  
its  neurotransmitters  in  synaptic  vesicles  towards  the  terminals  of  the  recipient  neuron.  This  
change  in  action  potential  causes  the  neurons  membrance  to  become  permeable  because  it  
depolarizes  which  in  turn  means  Ca+2  concentration  goes  up  and  then  that  causes  some  
vesicles  to  fuse  and  dump  their  contents  in    the  receiving  neuron  
Ligand  gated  ion  channels  are  clustered  in  the  membrane  of  the  post  synaptic  cell,  binding  of  the  
neurotransmitter  to  a  particular  part  allows  specific  ions  to  diffuse  across  the  membrane.  
Post  Synapatic  Potentials-­  vary  depending  on  the  concentration  of  neurotransmitter  sent,  the  
potential  degenerates  as  it  gets  farther  from  the  synapse.  ESPS  is  too  small  to  effectively  
generate  a  reaction  
Temporal  summation-­    two  ESPS  occur  at  once  almost  (one  happens  and  then  another  
happens  before  first  done)  –  same  synapse  
Spatial  summation-­  different  synapses-­  but  made  simultaneously  
Excitatory  -­  bringing  membrane  potential  closer  to  threshold    (cap)  
Inhibitory-­  taking  away  from  threshold  (cap);;  
It’s  almost  like  a  cycle.  One  neuron  sends  a  signal  via  neurotransmitters  to  another  neuron.  The  
connection  of  neutransmitters  to  the  post  synaptic  cell’s  membrane  causes  channels  to  open  
that  depolarize  the  cell,  this  depolarization  causes  excitatory  postsynaptic  potential  which  brings  
the  cells  potential  up  to  the  threshold.  When  this  happens  to  twice  in  one  synapse,  its  called  
temporal  separation  and  can  cause  an  action  potential  to  be  generated.  When  this  happens  with  
two  different  synpases  at  the  same  time,  an  action  potential  is  generated.  The  generation  of  an  
action  potential  then  gets  the  axon  hillock  to  transmit  it  down  the  axon  to  the  synpases  which  in  
turn  starts  the  cycle  all    
 
over  again  with  another  cell,  ISPS  (hyper  polarization)  can  lower  the  threshold  and  balance  out  
with  the  ESPS.  
 
REFLEX  ARC  
Reflexes-­  the  body’s  automatic  response  to  certain  stimuli,  produced  by  spinal  cord  
Ex:  touching  a  hot  stove,  knee  buckling,  hitting  knee  w/  hammer  
How  knee-­jerk  reflex  response  works:  
1)   Muscle  is  tapped  
2)   Sensory  Neurons  detect  a  sudden  stretch  in  quadriceps  muscle  
3)   Information  is  conveyed  by  these  sensory  neurons  back  to  the  spinal  cord  (white  matter)  
4)   Motor  neurons,  thanks  to  this  information,  signal  the  quadriceps  to  contract  
5)   In  the  meanwhile,  sensory  neurons  are  also  communicating  with  inter  neurons  to  prevent  
inhibition  of  the  reflex  
Spinal  Cord  runs  to  and  fro  the  brain,  therefore  it  generates  basic  patterns  of  
locomotion/movement  
 
CNS/PNS  
 
Describe  how  the  nervous  system  components  work  together  to  maintain  homeostasis.  

26  
Define  the  functions  of  the  CNS  and  PNS  (include  the  following:  brain,  spinal  cord,  
autonomic  nervous  system,  somatic  nervous  system,  interneurons,  sensory  
neurons).  
Brain-­  contains  white  matter  on  the  inside,  used  predominantly  for  signaling,  sensory  
information  processing,  feeling  emotions,  generating  commands,  and  gray  matter  
consists  mainly  of  neuron  cell  bodies,  dendrites,  and  unmyelinated  axons.  Integrates  
sensory  neuron  information;;  
Spinal  Cord-­  white  matter  on  the  outside,  used  for  transmitting  information  from  CNS  to  
sensory/motor  neurons  of  the  PNS;;  generates  basic  patterns  of  locomotion  (reflexes  too)  
Astrocytes-­  Provide  structural  support  for  neurons  and  regulate  the  extracellular  
concentrations  and  neurotransmitters.  Astrocytes  cause  blood  vessels  to  dilate  which  
increases  the  flow  of  oxygen  to  neurons,  they  create  the  blood-­brain  barrier,  radial  gilia  
help  move  the  new  neurons  from  the  neural  tube    
Cranial  nerves-­  connect  the  brain  with  locations  in  organs  of  head/upper  body,  some  are  
afferent  only  i.e.  the  one  for  smell  (Peripheral)  
Spinal  nerves-­  run  between  spinal  cord  and  parts  of  the  body  below  head  (Peripheral)  
Afferent-­  The  Sensory  neurons  that  tell  the  CNS  whats  going  on,  Efferent  =  the  neurons  
that  tell  the  muscles  what  to  do  (motor)  
Motor  System  (Somatic)  -­  consists  of  neurons  that  carry  signals  to  skeletal  muscles,  
mainly  in  response  to  external  stimuli,  it  is  voluntary  since  we  can  consciously  control  it,  
but    there  is  also  a  major  reflex  aspect  to  it.  
Autonomic  nervous  system-­  regulates  internal  environment  by  controlling  smooth  and  
cardiac  muscles  ;;  Controls  the  organs  of  the  digestive,  cardiovasulcar,  excretory,  and  
endocrine  systems;;  involuntary  control,  three  divisions-­    sympathetic,  parasympathetic,  
and  enteric-­  
Sympathetic  division—energy  generation  (“fight  or  flight”  response-­  heart  beats  faster,  
digestion  is  inhibited,  liver  converts  glycogen  to  glucose,  adrenaline.  
parasympathetic  division-­  calming,  return  to  self-­  maintenance  functions  (rest  and  digest)  
**need  relation  to  homeostasis**  
T6-­  Hypothalamus-­  endocrine  gland  in  brain;;  receives  information  from  nerves  throughout  
the  body  and  from  other  parts  of  the  brain.  It  initiates  endocrine  signaling  appropriate  to  
environmental  conditions;;  
Pituitary  Gland-­  a  gland  located  at  base  of  hypothalamus,  size  and  shape  of  lima  bean,  
two  parts  (posterior  and  anterior).  
  Posterior-­  Extension  of  hypothalamus  that  grows  downward  towards  the  
mouth,  stores  and  secretes  two  hormones  made  by  the  hypothalamus;;  releases  oxytocin  
and  antidiuretic  hormone;;  hormones  released  travel  along  the  axon’s  of  the  
neurosecretory  cells  to  the  posterior  pitiuary.  Impulse    stimulates  a  neurosecretory  cell  to  
release  neurohormone  which  diffuses  into  bloodstream.  (nerve  impulse  from  
hypothalamus  making  oxytocin  get  released).oxytocin-­  regulate  milk  release;;  
Anterior-­  regulated  by  hormones  secreted  by  the  hypothalamus;;    Anterior  pituitary  
hormones  are  all  controlled  by  some  hypothalamus  hormonone  which  determines  their  
release  (the  hormones  from  the  hypothalamus  are  released  near  the  base  by  capillaries  

27  
 which  in  turn  go  into  portal  vessels  which  then  go  into  another  layer  of  capillaries  by  the  
anterior  pituitary.    
 
Brian  edit:  WTF  is  with  this  picture?  Why  would  you  stretch  it  out  to  the  point  
where  no  one  can  read  it?  

.  
T7-­  
Long  distance  regulators:  
Animal  hormones  are  cheimcal  signals  that  are  secreted  into  the  circulatory  system  and  
commnicate  regulatory  msgs  within  the  body  
hormons  reach  all  parts  of  body,  but  only  target  cells  have  receptors  of  that  hormo  
   
What  Is  a  hormone-­  secreted  cells  that  serveto  maintain  homeostasis,  mediate  
responses  to  environmental  stimuli,  regulate  growth,  development,  and  reproduction.  
Hormones  coordinate  the  body’sr  esponse  t  ostress,  dehydration,  low  blood  glucose;;  
control  appearances.  COME  FROM  ENDOCRINE  SYSTEM!!  
Insulin-­  Hormone.  Polypeptide.  Cleavage  of  longer  protein  chain  forms  insulin;;  

28  
Epinephrine  &  Thyroxine  are  amine  hormones  which  come  from  an  amino  acid;;  
Cortisol-­  lipids  that  contain  four  fused  carbon  rings  
Polypeptide/Amine  hormones  are  water  soluble  while  Steroids  are  lipid  soluble  
(membranes  are  hydrophobic  so  they  let  the  steroids  diffuse  through  but  don’t  let  the  
polypeptides  through)  
Protein  Hormones:  
  -­Receptors  on  the  outside,  on  the  plasma  membrane  
  -­  Secreted  by  exocytosis,  bind  to  the  receptor  on  the  outside,  and  initiate  a  
change  in  gene  transcription  (serve  as  transcription  factors  for  the  mRNA,  allow  it  to  
translate  
-­  signal  transduction:  converting  the  extra-­cellular  signal  (the  binding  of  the  hormone  to  
the  receptor)  to  a  intracellular  response  (change  in  transcription  etc.)  
-­second  messenger:  ex.  cAMP,  activates  protein  Kinase  A  which  leads  to  activation  of  an  
enzyme  required  for  glycogen  A  breakdown  and  inhibits  the  synthesis  of  more  glycogen  
which  in  turn  releases  more  glucose  via  the  liver  into  the  blood  which  helps  you  chase  
the  bus  (example  provided  based  on  hormone  epinephrine)  
Hormone  binds  to  G  protein  coupled  receptorà  releases  G  protein(uses  GTP  for  
transport)-­à  gets  to  Adenylyl  Cyclaseà  bind  and  w/  help  of  ATP  make  cAMPà  activates  
protein  kinase  Aà  (in  the  case  of  epinephrine)  activates  the  inhibition  of  glycogen  
synthesis  &  the  promotion  of  glycogen  breakdown  

Steroid  Hormones:  
  -­Receptors  are  located  within  the  cell  
                               -­bind  to  intracellular  receptors,  cause  gene  transcription  changes,  go  through  
the  plasma  membrane  

29  
   -­  hormone  binds  to  receptor,  this  directly  activates  cell  response  (directly  
regulate  gene  expression  usually),  bind  to  DNA  (in  nucleus)  and  transcribe  certain  parts  
of  mRna  i.e.  binding  of  estradiol  leads  to  the  transcription  and  translation  of  Vitellogenin  
which  goes  to  the  reproductive  system  in  birds  for  egg  yolk  production  
NEED:  SHORT  DISTANCE  (WATER  SOLUBLE)  +  LONG  DISTANCE  (LIPID  SOLUBLE)  

 
 

30