PAUTA INTERROGACION 2

ICM 3845 Nanobiotecnología

16 de noviembre 2011
Tiempo: 1 hr

Responda 15 preguntas de las siguientes 18. Cada pregunta tiene 4 ptos. Si contesta
más de 15 preguntas, se eliminarán aleatoriamente algunas de sus respuestas.

1. Explique cómo se mide fuerza en un microscopio de fuerza atómica.

Midiendo el doblamiento del “cantilever”. Este doblamiento se mide por el cambio
de dirección de un laser que es reflejado por el cantilever y luego es detectado en
un sensor.

2. La Figura 1 muestra microesferas que tienen motores moleculares adheridos. Estos

motores son capaces de “caminar” sobre filamentos como el que se muestra en la
figura. Una de las microsferas se encuentra en el foco del laser. Explique cómo se mide
la fuerza que el motor ejerce cuando la esfera se acerca al filamento.
La fuerza se mide por el desplazamiento (x) de la esfera desde el centro del laser.
La fuerza es proporcional a este desplazamiento. F=kx.

3. La Figura 2 muestra mediciones de una molécula de ADN obtenidas mediante una

técnica de “single molecule”. Que técnica de las vistas en clases permite obtener esas
mediciones? Explique concretamente qué hay que hacer para introducir rotaciones, una
vez que la molécula de ADN se encuentra adecuadamente adherida.
Pinzas Magneticas (Magnetic Tweezers). Para introducir rotaciones se rotan los
imanes.

4. En la Figura 2, explique cómo se explica que la curva a 1 pN sea asimétrica respecto a

su centro. Cómo se explica que la extensión disminuya al introducir rotaciones
positivas? Cómo se explica que la extensión se mantenga constante al introducir
rotaciones negativas?
La curva es asimétrica porque al introducir rotaciones positivas el ADN forma
“supercoils” o plectonemas, en cambio, al introducir rotaciones negativas las dos
hebras de la molecula empiezan a separarse.

5. Respecto a la Figura 3, compare la curva de “double stranded DNA”(dsDNA) y la de

“single stranded DNA” (ssDNA) en un buffer con 150 mM Na+ y explique porque a
extensiones relativas <<1, la fuerzas aplicadas a ssDNA son mayores para un mismo
estiramiento.
ssDNA tiene un “persistence length” (P) menor que el P de dsDNA por lo tanto
para estirar ssDNA hay que vencer una mayor fuerza entrópica ya que menor P
implica acceso a un mayor número de configuraciones.

6. Respecto a la Figura 3, explique porque “single stranded DNA” (ssDNA) a 2 mM Na+,

requiere fuerzas menores para ser estirado que ssDNA a 150 mM Na+.
ssDNA a 2 mM Na+ tiene menos iones positivos neutralizando la carga negativa
de la molécula, y por esta razón existe mayor repulsión entre las partes de la
molécula y a ésta le cuesta más doblarse lo que redunda en un P mayor que el P
de ssDNA a 150 mM Na+.
7. Nombre tres factores que afectan la temperatura a la que se separan las dos hebras de
una moléculas de ADN.
Contenido GC en el ADN, contenido de “mismatches” en la secuencia del ADN,
número de pares de bases de la molécula, contenido de sales en la solución.

8. Indique como se pueden usar partículas de oro para detectar eléctricamente la

presencia de una molécula de ADN con una secuencia específica.
Se tiene dos electrodos y la superficie entre ellos se cubre con ADN
complementario a una parte de la secuencia que uno quiere detectar (target), las
partículas de oro tienen ADN complementario a la otra parte del target. Si el target
está presente, entonces partículas de oro se acumulan en la superficie. Estas
partículas catalizan la formación de plata sólida, la cual reduce la resistencia
eléctrica entre los electrodos.

9. Explique como un “cantilever” puede utilizarse para detectar una molécula de ADN con
una secuencia específica.
Se cubre el cantilever con una ADN complementario a la molcula que se quiere
detectar (target). Si el target esta presente en la muestra y se une a las moléculas
en la superficie del cantilever, entonces el cantilever se dobla por el cambio de
tensión superficial. Este doblamiento se puede detectar con un laser.

10. La presencia de biomoléculas puede detectarse utilizando un “nanowire”, o nanocable

que funciona como “gate” en un “Field effect transistor”, explique porque debe utilizarse
un nanocable, y no puede simplemente usarse un cable común y corriente.
Ya que las propiedades eléctricas del nanocable se ven afectadas por el cambio
de carga eléctrica en su superficie, en cambio en un cable común y corriente esto
no ocurre.

11. Nombre cuatro aplicaciones del diagnóstico molecular.

Detección de enfermedades genéticas hereditarias; Detección de enfermedades
infecciosas; Identificación de humanos; Deteccion de cáncer.

12. Explique cómo se pueden utilizar partículas magnéticas en la detección de

biomoléculas.
Partículas magnéticas se pueden hacer rotar en un campo magnético cuya
dirección fluctúa. La presencia de una molecula puede detectarse porque la
rapidez de rotación de la partícula se ve afectada cuando moléculas se adhieren a
su superficie.

13. Explique cómo se puede utilizar un “nanopore” para secuenciar una molecula de ADN
El ADN pasa por el nanoporo y cada una de las cuatro bases produce un cambio
reconocible en la corriente eléctrica que circula alrededor del poro.

14. En general, indique que se utiliza para que una nanoparticula o una nanocapsula que se
intecta al torrente sanguíneo se dirija a células especificas del cuerpo. Explique.
Se utilizan anticuerpos unidos a la superficie de la nanopartícula o nanocápsula.
Estos anticuerpos son específicos para antígenos que se encuentran en la
superficie de las células que se quieren afectar.

15. Indique los dos tipos de moléculas necesarias para generar un “dendrimer” y qué
propiedades deben tener cada una de estas moléculas.
Las moléculas son iniciador central y ramificacion o “branching”. La molécula
iniciador se une a un solo extremo de las moléculas branching. La molécula
“branching” tiene en sus otros extremos puntos que reaccionan con otras
moléculas de “branching”, pero solo después de ser activados.
16. Explique una técnica de Nanolitografía.
Mediante una punta de AFM se posicionan moléculas que reaccionan y se
adhieren a una superficie en lugares específicos.

17. Indique que ocurre a una nanovesícula formada por moléculas lipídicas que inicialmente
se encuentra en agua, si la solución se cambia por aceite. Explique.
La nanovesícula se destruye ya que lo que mantiene la estructura de la
nanovesícula es la tendencia de la parte hidrofobica de las moléculas lipídicas a
no estar en contacto con agua.

18. Nombre y explique dos aplicaciones de Quantum Dots.

Quantum Dots se pueden funcionalizar con moléculas que se adhieren a
moléculas específicas, de esta forma Quantum Dots se pueden utilizar para 1)
detectar tumores cancerígenos y 2) marcar la posición de moléculas específicas
en imágenes de células, por ejemplo ácidos nucleicos (FISH).

Figura 1

dsDNA 150mM 
Na+ 

ssDNA 150mM Na+

ssDNA 2mM Na+

Figura 3.
Figura 2