Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
MATEMÁTICAS III
PROYECTO FINAL: Modelo de la expresión génica constitutiva
Informe del proyecto
Fecha de entrega: 3/09/2017
Autores: Feijóo Kevin, Palma Ricardo
Ingeniería en Biotecnología
Introducción
Las proteínas son las herramientas de trabajo de la célula. En la mayoría de actividades
metabólicas celulares están involucradas proteínas. Cada proteína tiene su propia función,
además de poseer una alta especificidad por su ligando (1). La información precisa para
la síntesis de una proteína se encuentra en una secuencia de ADN, denominada como gen.
Esta secuencia está compuesta por 4 nucleótidos: adenina, guanina, citosina y timina. El
proceso de síntesis de proteínas se da en dos pasos: la transcripción y la traslación(2). La
transcripción es el proceso mediante el cual la información contenida en un gen es
transferida a moléculas de ARN mensajero (ARNm). Una enzima, la ARN polimerasa,
construye una hebra de ARN a partir de un gen en el ADN. La cadena de ARN es
complementaria a la secuencia de nucleótidos del gen, con una excepción, en lugar de
timina contiene uracilo(1). Mientras que la traducción se refiere al proceso de producción
de proteínas. La molécula de ARNm ingresa en una subunidad ribosomal, que es el sitio
específico en donde se lleva a cabo la síntesis de proteínas. Por cada tres nucleótidos, se
produce un aminoácido(2).
El proceso de transcripción de ARNm y su posterior traducción a proteínas se denomina
el dogma central de la biología(3).
𝐺𝑒𝑛 − (𝑡𝑟𝑎𝑛𝑠𝑐𝑟𝑖𝑝𝑐𝑖ó𝑛) → 𝐴𝑅𝑁𝑚 − (𝑡𝑟𝑎𝑑𝑢𝑐𝑐𝑖ó𝑛) → 𝑃𝑟𝑜𝑡𝑒í𝑛𝑎
Además, se debe considerar que las biomoléculas de ARNm y proteínas tiempo un tiempo
determinado de vida útil, es decir, se degradaran luego de un tiempo determinado.
𝐴𝑅𝑁𝑚 − (𝑑𝑒𝑔𝑟𝑎𝑑𝑎𝑐𝑖ó𝑛) → ∅
𝑃𝑟𝑜𝑡𝑒í𝑛𝑎𝑠 − (𝑑𝑒𝑔𝑟𝑎𝑑𝑎𝑐𝑖ó𝑛) → ∅
En cada una de las especies, el tiempo determinado para la degradación de estas
biomoléculas es diferente. También debemos considerar que este postulado está basado
en la expresión génica constitutiva. Este tipo de expresión se refiere a que un gen está
activo todo el tiempo no existe ningún tipo de regulación para su expresión(2). En la
actualidad existen varios estudios enfocados en la expresión constitutiva. Estas
investigaciones involucran estudios sobre el cáncer(4)(5), micro ARNs(6), y producción
de antibióticos(7,8). En relación a los antibióticos, es de suma importancia analizar los
sistemas de síntesis de proteínas en bacterias patógenas, especialmente en aquellas de alto
riesgo(9), con el fin de crear antibióticos que inhiban la síntesis. En este trabajo se
analizará el proceso de síntesis de proteínas cuando la expresión de genes es constitutiva.
1
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
Objetivo general:
Resolver un sistema de ecuaciones que representa el modelo de expresión génica
constitutiva, a través de Laplace, con el fin de analizar diferentes variables dentro del
sistema.
Objetivos específicos:
• Realizar un análisis del sistema diseñado a partir del modelo descrito.
• Obtener la salida del sistema y describir los resultados obtenidos.
• Representar el sistema de manera gráfica con el fin de comprender su
funcionamiento.
• Aplicar el modelo descrito a un caso específico con bacterias de los géneros
Escherichia y Pseudomonas.
Antecedentes:
El curso de matemática III se ha enfocado en la resolución de ecuaciones del tipo
diferencial. En las últimas semanas se ha incluido el uso de la transformada de Laplace
con el fin de resolver ecuaciones y sistemas de ecuaciones. Además, se han desarrollado
varios programas a partir de GNU Octave, con el fin de resolver y analizar tales sistemas.
Dentro de estos sistemas es importante analizar la información que pueden dar la matriz
de transición de estado y la matriz de transferencia.
Descripción de actividades:
Se realizó una investigación bibliográfica, con el enfoque de encontrar un modelo que
involucre el conocimiento de otras áreas relacionadas a la carrera de biotecnología. A
partir del modelo hallado se hizo una modificación, se obtuvo la solución del modelo
aplicando Laplace y finalmente, a través de Matlab se obtuvieron gráficas que permiten
analizar el sistema.
Planteamiento del problema:
Cuando la expresión génica es constitutiva, el modelo es el siguiente:
𝑚̇ = 𝑘1 − 𝑑1 𝑚
𝑝̇ = 𝑘2 𝑚 − 𝑑2 𝑝
El modelo anterior es el hallado en bibliografía(10). Para este trabajo, consideramos a N
(copias del genoma) como una nueva variable:
𝑚̇ = 𝑁𝑘1 − 𝑑1 𝑚
𝑝̇ = 𝑘2 𝑚 − 𝑑2 𝑝
Donde m representa la concentración ARNm y p la concentración de proteína.
• k1 representa la razón de la transcripción de ARNm. Es considerada como una
constante y representa el número de moléculas de ARNm que se producen por
gen, por unidad de tiempo.
2
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
𝑚̇ −𝑑 0 𝑚 𝑁
( 𝑝̇ ) = ( 1 ) ( 𝑝 ) + ( ) 𝑘1
𝑘2 −𝑑2 0
Con el fin de realizar una comparación de la salida con dos organismos diferentes, se
recolectaron datos específicos para cada uno (tabla 1), en relación con su proceso de
síntesis de proteínas(11).
Variable Escherichia coli (12) Pseudomonas aeuroginosa (13)
k1
10 u/min 12 u/min
razón de la transcripción
d1
5 minutos 8 minutos
razón de degradación de ARNm
k2
1 u/min 0.7 u/min
tasa de traducción a proteína
d2
20 minutos 30 minutos
tasa de degradación de proteínas
N
1 2
número de genomas en la célula
Tabla 1.- Constantes en el proceso de síntesis de proteínas en E. coli y P. aeuroginosa. Obtenido de (12) y (13)
3
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
Descripción de la solución:
Solución analítica del sistema.
Modelo cuando la expresión génica es constitutiva
𝑚̇ = 𝑁𝑘1 − 𝑑1 𝑚
𝑝̇ = 𝑘2 − 𝑑2 𝑝
El modelo es un sistema de ecuaciones lineales representado en forma matricial con dos
entradas. Donde la dinámica del sistema es descrita por: la matriz A que representa el
comportamiento de sistema, la matriz B las conexiones entre variables externas y el
sistema, y f(t) la entrada del sistema.
Forma matricial del modelo:
𝑚̇ = 𝑁𝑘1 − 𝑑1 𝑚
𝑝̇ = 𝑘2 − 𝑑2 𝑝
𝑋̇ = 𝐴𝑥 + 𝐵𝑓
𝑚̇ −𝑑 0 𝑚 𝑁
( )=( 1 ) ( ) + ( ) 𝑘1
𝑝̇ 𝑘2 −𝑑 2 𝑝 0
−𝑑1 0 𝑁 1 0
A= ( ) B= ( ) C= ( ) 𝐷=0
𝑘2 −𝑑2 0 0 1
Matriz de transición de estados:
𝛷(𝑆) = (𝑆𝐼 − 𝐴)−1
𝑆 0 −𝑑 0
𝛷(𝑆) = ( )−( 1 )
0 𝑆 𝑘2 −𝑑2
−1
𝑆 + 𝑑1 0
𝛷(𝑆) = ( )
−𝑘2 𝑆 + 𝑑2
𝑑𝑒𝑡𝛷(𝑆) = (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) − (0)(−𝑘2 )
𝑑𝑒𝑡𝛷(𝑆) = 𝑆 2 + 𝑑1 𝑆 + 𝑑2 𝑆 + 𝑑1 𝑑2
𝑑𝑒𝑡𝛷(𝑆) = (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 )
𝑇 𝑆 + 𝑑2 0
𝐴𝑑𝑗(𝛷(𝑆)) = ( )
𝑘2 𝑆 + 𝑑1
1 𝑇
𝛷(𝑆) = 𝐴𝑑𝑗(𝛷(𝑆))
det(𝛷(𝑆))
𝑆 + 𝑑2
0
(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 )
𝛷(𝑆) =
𝑘2 (𝑆 + 𝑑1)
(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 )
( )
4
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
Matriz de transferencia:
𝐻(𝑆) = 𝐶(𝛷(𝑆))𝐵
𝑆 + 𝑑2
0
1 0 (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) 𝑁
𝐻(𝑆) = ( ) ( )
0 1 𝑘2 (𝑆 + 𝑑1) 0
(𝑆 ) (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 )
( + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 )
𝑁
(𝑆 + 𝑑1)
𝐻(𝑆) = ( )
𝑁𝑘2
(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2)
Matriz X(s):
𝑋(𝑆) = 𝛷(𝑆)𝑋𝑜 + 𝛷(𝑆)𝐵𝐹(𝑆)
𝑋(𝑆) = 𝛷(𝑆)𝐵𝐹(𝑆)
Condiciones iniciales 0
𝑋1 0
𝑋𝑜 = ( ) = ( )
𝑋2 0
𝑆 + 𝑑2
0
(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) 𝑁 𝑘1
𝑋(𝑆) = ( )
𝑘2 (𝑆 + 𝑑1) 0 𝑆
((𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ))
𝑁𝑘1
𝑆(𝑆 + 𝑑1)
𝑋(𝑆) = ( )
𝑁𝑘1 𝑘2
𝑆(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2)
Matriz Y(s)
𝑌(𝑆) = 𝐶[𝛷(𝑆)𝑋𝑜 + 𝛷(𝑆)𝐵𝐹(𝑆)]
𝑌(𝑆) = 𝐶𝛷(𝑆)𝐵𝐹(𝑆)
𝑆 + 𝑑2
0
1 0 (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) 𝑁 𝑘1
𝑌(𝑆) = ( ) ( )
0 1 𝑘2 (𝑆 + 𝑑1) 0 𝑆
((𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) (𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ))
1
0 𝑁𝑘1
(𝑆 + 𝑑1)
𝑌(𝑆) = ( 𝑆 )
𝑘2 1 0
(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2 ) (𝑆 + 𝑑2 )
( )
𝑁𝑘1
𝑆(𝑆 + 𝑑1)
𝑌(𝑆) = ( )
𝑁𝑘1 𝑘2
𝑆(𝑆 + 𝑑1)(𝑆 + 𝑑2)
5
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
𝑑1 = 5, 𝑑2 = 20, 𝑘1 = 10, 𝑘2 = 1, 𝑁 = 1
10
[1 − 𝑒 −20𝑡 ]
5
𝑦(𝑡) = ( 1 𝑒 −5𝑡 𝑒 −20𝑡 ) 𝑢(𝑡))
(10)(1) [ + 2 + 2 ]
(5)(20) 5 − (5)(20) 20 − (5)(20)
2 − 2𝑒 −5𝑡
𝑦(𝑡) = ( 1 2𝑒 −5𝑡 𝑒 −20𝑡 ) 𝑢(𝑡)
10 − 15 + 30
6
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
𝑑1 = 8,
𝑑2 = 30, 𝑘1 = 12, 𝑘2 = 0.7, 𝑁 = 2
(2)12
[1 − 𝑒 −30𝑡 ]
8
𝑦(𝑡) = ( 1 𝑒 −8𝑡 𝑒 −30𝑡 ) 𝑢(𝑡))
(2)(12)(0.7) [ + 2 + 2 ]
(8)(30) 8 − (8)(30) 30 − (8)(30)
3 − 3𝑒 −8𝑡
𝑦(𝑡) = ( 7 21𝑒 −8𝑡 7𝑒 −30𝑡 ) 𝑢(𝑡)
−
100 220 + 275
7
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
8
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
9
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
10
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
11
Matemática III
Proyecto Final: Expresión génica constitutiva
abstract/63/8/1087/2389125
10. Stan G. Modelling in biology. Lect Notes Model Biol Course [Internet]. 2010
[cited 2017 Sep 2]; Available from:
http://www.bg.ic.ac.uk/research/g.stan/2010_Course_MiB_article.pdf
11. Madigan M, Martinko J, Dunlap P, Clark D. Brock biology of microorganisms
12th edn. Int Microbiol [Internet]. 2008 [cited 2017 Sep 3]; Available from:
http://www.im.microbios.org/1101/1101BR.pdf
12. Hanna MM, Meares CF. Topography of transcription: path of the leading end of
nascent RNA through the Escherichia coli transcription complex. Proc Natl Acad
Sci [Internet]. 1983;80(14):4238–42. Available from:
http://www.pnas.org.ezproxy2.library.colostate.edu:2048/content/80/14/4238?ijk
ey=3f215ce80dc41a3960860669dea84cf1b64c4442&keytype2=tf_ipsecsha
13. Ma L, Jackson KD, Landry RM, Parsek MR, Wozniak DJ. Analysis of
Pseudomonas aeruginosa conditional psl variants reveals roles for the psl
polysaccharide in adhesion and maintaining biofilm structure postattachment. J
Bacteriol. 2006;188(23):8213–21.
12