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1.1 Descrizione
Il circuito è composto da due geni (LacI e TetR), la cui espressione reprime la tra-
scrizione dell’altro. La repressione dei promotori di LacI e TetR può essere regolata
aggiungendo molecole diffusive quali, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) e
anhydrotetracycline (aTc), rispettivamente.
Dalle pseudo reazioni (vedi Appedice) si deriva il seguente modello matematico:
1
dLacI
= kLp · mRN ALacI − gLp · LacI (3)
dt
dT etR
= kTp · mRN AT etR − gTp · T etR (4)
dt
m0 m p m p
I parametri kL/T ,kL/T ,kL/T , gL/T ,gL/T rappresentano rispettivamente il tasso di tra-
scrizione stocastica e il tasso di trascrizione per attivazione dei promotori, tasso di
traduzione, tasso di degradazione dell’mRNA e tasso di degradazione delle proteine
(espressi in min− 1).
La repressione che un gene ha sull’altro e l’ IPTG/aTc sul LacI/tetR ha un compor-
tamento descritto dalla funzione di Hill : h− (x, θ, η) = (1+(x/θ)
1
η ) , con θ valore di soglia
per cui c’è la repressione e η (detto coefficiente di Hill) che rappresenta la cooperatività
che c’è tra le molecole.
t0 = gp t x1 = LacI
θLacI
x2 = T etR
θT etR
u1 = aT c
θaT c
u2 = IP T G
θIP T G
dx2 k2m
= k20 + 2 − x2 (6)
dt
x1
1+ 1+u22
k0 kp 0 kp
kT m kp
kL m kp
kT
avendo posto k10 = gm θLLacI
L
gp
k20 = mθ
gT
T
T etR g
p k1 = mθ
gL
L
LacI g
p k2 = mθ
gT
T
T etR g
p e scelto
L
ηLacI = ηT etR = ηIP T G = etaaT c = 2
2 Analisi
2.1 Ciclo Aperto
Una prima analisi del sistema 5-6 è stata condotta implementando il sistema in Matlab,
con valori dei parametri come in Tabella 1. Si è simulata la risposta al gradino per
diversi valori di IPTG e aTc, e visualizzando l’andamento di x1 , x2 (variabili di stato
del sistema) nel tempo, con condizioni iniziali di x1 = 23,48, x2 =10 (corrispondente
2
Parametri Unità Valore
kLm0 mRN A min−1 3.20e-2
kTm0 mRN A min−1 1.19e-1
kLm mRN A min−1 8.30
kLm mRN A min−1 2.06
kLm a.u. mRN A−1 min−1 9.726e-1
kTm a.u. mRN A−1 min−1 1.170
gLm min−1 1.386e-1
gTm min−1 1.386e-1
gLp = gTp = g p min−1 1.65e-1
ηLacI = ηT etR = ηIP T G = ηaT c adim 2.00
θLacl a.u. 31.94
θT etR a.u. 30.00
θaT c ng.L−1 11.65
θIP T G mM 9.06e-2
(a) (b)
(c) (d)
3
Figura 2: Intersezione delle zerocline in tre punti, due nodi stabili e un punto di sella
a 700 a.u.1 e 300 a.u. rispettivamente). Il sistema può evolvere in uno dei due di
equilibrio, in cui solo uno dei due geni è espresso completamente, (Fig. 1 )
(Vedi Appendice Fig. 7 per differenza tra piano delle fasi e la versione linearizzata )
2.3 Stabilità,Controllabilità,Osservabilità
Il sistema nel punto di equilibrio scelto è instabile, poichè mostra un autovalore positivo
e uno negativo (0.4353, -2.4353).
La matrice di controllabilità risulta:
0.0612 0
W = (8)
0 1.0852
1
unità arbitraria di fluorescenza
2
La linearizzazione è stata fatta nel punto in cui LacI è 16 e TetR è 9, per valori di IPTG = 1 mM
ng
e aTc = 20 mL .
4
Figura 3: Schem del controllo SFC + AI, implementato in Simulink
3 Sintesi
3.1 Specifiche
Si vuole provare a controllare il sistema linearizzato, in modo da garantire un anda-
mento di LacI il più vicino possibile al valore di 511 a.u. (16 unità adimensionale) in
un tempo inferiore a 25 min. Ovvero in altri termini bisogna garantire:
i. per un riferimento r1 (t) = 16(t), errore il più piccolo possibilie
ii. tempo di assestamento inferiore a 25min.3
iii. smorzamento 0.4
5
Figura 4: Schema del controllo bang bang , implementato in Simulink
3.4 BangBang
Data l’estrema somiglianza del controllore SFC ad un controllo a relè si è proceduto
alla sintesi di un controllore di questo tipo scegliendo come limite inferiore 0, limite
ng
superiore 20 mL ,inf = 0,sup = 0.1 , (Fig. 4).
4 Confronto
I due controllori sintetizzati cercano di soddisfare le specifiche controllando la con-
centrazione di LacI il più vicino possibile al riferimento. In entrambi i casi ci si può
ritenere soddisfatti, considerando l’andamento della concentrazione di LacI in figura
Fig.5.In figura Fig. 6 è possibile apprezzare il confronto tra le azioni di controllo b)
6
Figura 5: Risposta al gradino del sistema linearizzato, ciclo aperto
(a)
(b)
(d)
(c)
Figura 6: a) andamento Lac per l’SFC, b) andamento aTc per l’SFC, c) andamento
Lac per il relè, d) andamento aTc per il relè
e d), preferendo quella del relè che è di più facile realizzabilità. Molteplici tentativi
sono stati fatti per controllare il sistema per valori di riferimento maggiore di 16, senza
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riuscirci, probabilmente la saturazione forzata degli ingressi e il punto in cui è stata
fatta la linearizzazione limita i valori raggiungibili dalla concentrazione di LacI. Per
questa ragione è stato difficile condurre un’analisi riguardante la reiezione di disturbi.
5 Appendice
Le pseudo-reazioni che descrivono il comportamento dell’espressione genica sono le se-
guente e rappresentano:
la traduzione proteica
L kp T kp
mRN AL −→ mRN AL + LacI e mRN AT −→ mRN AT + T etR
L gm T gm L Tgp gp
mRN AL −→ ∅ e mRN AT −→ ∅ e LacI −→ ∅ e T etR −→ ∅
Le funzioni fLm (T etR, aT c) = kLm0 + kLm · h− (T etR · h− (aT c, θaT c , ηaT c ), θT etR , ηT etR ) e
fTm (Lac, IP T G) = kTm0 +kTm ·h− (LacI ·h− (IP T G, θIP T G , ηIP T G ), θLacI , ηLacI ) descrivono
come i geni vengono regolati dall’espressione delle proteine opposte e dai corrispettivi
induttori. h− (x, θ, η) = (1+(x/θ)
1
η ) è la funzione di Hill, che descrive in che modo avviene
la repressione delle proteine, con θ valore di soglia per cui c’è la repressione e η (detto
coefficiente di Hill) che rappresenta la cooperatività che c’è tra le molecole.
(a) (b)
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Riferimenti bibliografici
[1] T. S. Gardner, C. R. Cantor, and J. J. Collins, “Construction of a genetic toggle
switch in escherichia coli,” Nature, 2000.
[3] D. Fiore, A. Guarino, and M. D. Bernardo, “Analysisi and control of genetic toggle
switches subject to periodic multi-input stimulation,” 2018.