ACIZI NUCLEICI – STRUCTURA SI FUNCTII

Acizii nucleici reprezinta moleculele care pastreaza, transporta si manipuleaza

informatia in orice celula vie. Codul de scriere a acestei informatii este universal

valabil iar mecanismele biochimice implicate sunt pe de o parte complexe si pe de alta

parte foarte precise.

Unitatile de baza din compozitia acizilor nucleici sunt reprezentate de

nucleotide - structuri care contin pentoze ( riboza sau deoxiriboza ), acid fosforic si

baze azotate cu nucleu purinic sau pirimidinic:

 Acizii nucleici pot fi impartiti in 2 mari clase, intre care exista diferente

structurale si functionale: acizii ribonucleici (ARN sau RNA) si acidul

dezoxiribonucleic (ADN sau DNA).

Ambele macromolecule prezinta din punct de vedere chimic o structura

polinucleotidica, construita cu ajutorul legaturilor fosfodiesterice si avand in

componenta pentoze facand din ADN si ARN molecule inrudite. Exista insa diferente

nete la nivelul structurii:

- pentoza din ARN este reprezentata de riboza iar in ADN de deoxiriboza, o

riboza in care gruparea hidroxil de la carbonul 2 lipseste fiind, inlocuita cu

hidrogen.

- ARN are o structura predominant monocatenara iar ADN are o structura

bicatenara.

- Timina din ADN este inlocuita cu uracilul in molecula de ARN.

 ADN-ul, structura polinucleotidica dublu catenara, formeaza genomul unui

organism, cu alte cuvinte, totalitatea genelor care poarta informatia acelui sistem

biologic. ADN-ul este prezent in nucleul celulelor (si in mitocondrii) sub forma de

cromatina sau cromozomi pentru animalele eucariote.Pentru procariote exista un

cromozom circular in citoplasma, compactat -prin formarea unor superhelixuri cu

ajutorul unei enzime numita ADN giraza. Plasmidele sunt unitati mici de ADN

specifice bacteriilor (exemplu: plasmidele care codifica rezistenta la antibiotice).

La eucariote cromatina apare in nucleul celulelor in perioadele de repaus. In

momentul inceperii mitozei cromatina se organizeaza in cromozomi, complexe ADN-

proteine cu numar diferit de la specie la specie (la om 44xy sau 44xx).

Lungimea de aproximativ 2m a ADN-ului eucariotelor face necesara o

supercompactare a acestei molecule care trebuie sa incapa intr-un nucleu cu

dimensiuni de ordinul micronilor. Aceasta superhelicare se realizeaza cu ajutorul unor

proteine speciale numite histone. Exista 5 clase de histone (H1, H2a, H2b, H3, H4)

care realizeaza un miez proteic pe care ADN-ul se infasoara de aproximativ doua ori.

Histona H1 nu intra in structura miezului dar are un rol in stabilizarea structurii.

Celelalte histone formeaza un octamer(2H2a-2H2b-2H3-2H4) care impreuna cu 2

spire de ADN formeaza un nucleozom. Deci cu ajutorul histonelor ADN-ul eucariot

este impachetat de mai multe ori formandu-se o structura super spiralata.

 Exista si proteine nehistonice in nucleu, mai mult de 1000 de tipuri, cu functii

diverse: diferiti factori de transcriptie, polimeraze, receptori hormonali, etc.

Hertonele, de exemplu, au rol in modificarea structurii hipercompactate a ADN-ului

in vederea citirii genelor existente la acest nivel.

Nu toate nucleotidele din lantul ADN (numarul lor total fiind de aproximativ 3,5

miliarde de perechi) codifica informatia necesara sintezei de proteine. Exista 3 tipuri

de portiuni in aceasta molecula:

- Zone inalt repetitive construite din 6-10 perechi de baze ce se repeta de

sute de mii de ori.

- Zone moderat repetitive

- Zone non-repetitive, portiuni corespunzatoare genelor, detinatoare de

informatii ce sunt stocate prin insiruirea intr-o anumita ordine a celor 4

litere ale alfabetului genetic: A, T, C, G. La eucariote, o gena apare doar o

singura data in tot genomul, exceptie facand doar cateva gene care se pot

repeta, de exemplu genele care codifica histonele sau ARN-ul ribozomal.

Tot in cazul eucariotelor, s-a observat in ADN prezenta unor portiuni

nepurtatoare de informatie chiar in interiorul genelor. Acestea poarta numele de

introni si, in procesul de biosinteza proteica vor fi copiate pe ARN mesager dar vor fi

apoi excizate. Doar genele pentru histone si genele procariotelor nu prezinta introni.

Lantul unei catene de ADN este format prin insiruirea celor 4 tipuri de

nucleotide care se unesc intre ele cu ajutorul acidului fosforic. Astfel, se formeaza

legaturi fosfodiesterice intre deoxiriboza unui nucleotid si o deoxiriboza a

urmatorului, in pozitiile 5’ si 3’. Scheletul va fi deci construit dintr-o succesiune

deoxiriboza-acid fosforic, de fiecare pentoza fiind legata cate o baza azotata.

Legaturile 5’-3’ vor conferi un sens pentru fiecare dintre cele 2 catene care se

infasoara una in jurul celeilalte deci se poate vorbi de o catena cu sens 5’-3’ si de o

catena cu sens invers, 3’-5’ numita si catena antisens (catene antiparalele).

S-a demonstrat ca ADN-ul adopta aceasta conformatie dublu helicoidala din

ratiuni de stabilitate energetica. Structura este stabilizata astfel prin interactiunea

dintre bazele azotate care se plaseaza in interiorul dublului helix. Aici apar legaturi de

hidrogen intre bazele de pe o catena si bazele de pe cealalta catena conform unui

principiu al complementaritatii. Acest principiu postuleaza ca intotdauna adenina se

leaga de timina prin 2 legaturi de hidrogen si guanina se leaga de citozina prin 3

legaturi de hidrogen.

Cele 2 catene pot fi despartite in anumite conditii (de exemplu temperatura si

pH) prin desfacerea legaturilor de hidrogen. Acest fenomen se numeste denaturare si

este reversibil, prin revenirea la conditiile initiale, procesul numindu-se renaturare.

S-a observat ca zonele cu o cantitate mai mare de guanina si citozina sunt mai greu de

denaturat din cauza legaturii de hidrogen in plus dintre acestea.

Hibridizarea reprezinta procesul de renaturare a doua catene provenind de la 2

acizi nucleici diferiti, tehnica prin care se poate aprecia de exemplu, gradul de

potrivire a acizilor nucleici provenind de la specii diferite.

Exista mai multe posibilitati de structurare a dublului helix (A,B,Z), cea mai

raspandita fiind forma B. Aceasta forma se prezinta ca o elice formata din doua

lanturi antiparalele, stabilizata prin legaturile de hidrogen din interior. Diametrul este

de 20 A, pasul elicei (distanta pentru o rotatie completa de 360) este de 34 A si

cuprinde o spira cu 10 perechi de nucleotide. Deci distanta dintre 2 nucleotide de pe

acelasi lant este de 3,4 A. Exista doua zone numite jgeaburi (unul mare si unul mic),

importante penru ca aici se poat face un contact mai intim intre diferite substante

(medicamente, proteine) si molecula de ADN.

Se poate vorbi deci de mai multe posibilitati de abordare structurala a ADN-

ului:

- Structura primara, care ne arata insiruirea bazelor azotate pe scheletul

format din pentoze unite prin punti fosfodiesterice. (vezi figura 2)

- Structura secundara, care ne arata forma de dubla elice stabilizata de

puntile de hidrogen dintre bazele azotate complementare.

 - Structura tertiara, ce explica superhelicarea si compactarea moleculei cu

ajutorul proteinelor, fenomen necesar potrivirii cu dimensiunile reduse ale

nucleului.

ACIZI NUCLEICI – PROCESE BIOCHIMICE GENETICE

 Dogma centrala a geneticii postuleaza urmatoarea transformare: ADN ARN

proteine sau O GENA  UN ARN MESAGER  O PROTEINA. Descoperirile

din ultimii ani nu au contrazis transformarile clasice care sunt fundamentul acestei

stiinte ci au completat in mod fericit dogma centrala, facand-o mai complexa si mai

apropiata de adevar.

Exista 3 procese esentiale in manipularea informatiei genetice pentru orice

celula vie:

1. Replicarea ADN - reprezinta procesul prin care cantitatea de ADN dintr-o celula

se dubleaza si se regaseste practic neschimbata in fiecare dintre celulele fiice.

2. Transcriptia - reprezinta procesul prin care o parte din informatia de pe ADN este

copiata pe ARN (o genaun ARN mesger).

3. Translatia – reprezinta procesul prin care informatia din ARN este folosita la

sinteza unei proteine in ribozomi.

REPLICAREA ADN

Toate celulele se divid in timpul vietii, unele dintre ele sufera mai multe

diviziuni si altele se divid de un numar limitat de ori.

In timpul diviziunii celulare informatia prezenta la nivelul ADN-ului se

conserva de la o generatie la alta din punct de vedere cantitativ si calitativ. Acest

proces care se numeste replicare este semiconservativ deoarece in celulele noi

constituite se regaseste o structura a ADN-ului construita dintr-o catena mama si o

catena noua, complementara.

Replicarea semiconservativa a fost demonstrata clar la bacterii: administrandu-

se ca unica sursa de azot, clorura de amoniu marcata cu azot radioactiv sa observat ca

dupa prima diviziune bacteriana azotul radioactiv s-a regasit doar in procent de 50%.

La urmatoarea diviziune acest procent scade inca odata la jumatate, s.a.m.d..

Replicarea ADN necesita un sistem biochimic si enzimatic complex format din:

- ADN matrita (ADN-ul mama)

- Deoxinucleotidele necesare sintezei (dATP, dGTP, dCTP, dTTP)

- Ribonucleotidele necesare sintezei unui ARN care va folosi ca punct de plecare

pentru sinteza ADN (ATP, GTP, CTP, UTP)

- Ioni de magneziu

- Un sistem multi enzimatic compus din:

a. topoizomeraze – enzime care detensioneaza elicea ADN-ului in timpul

replicarii.
 b. ADN primaza – enzima care produce mici fragmente de ARN, necesare

inceperii procesului de replicare.

c. ADN polimeraza ADN dependenta si care are o serie de caracteristici:

sintetizeaza ADN in directia 5`-3`, are si activitate exonucleazica pentru ca

elimina unele nucleotide in timpul replicarii, are o inalta fidelitate pentru

ca exercita un control strict al replicarii. La procariote existe 3 ADN

polimeraze.

d. ADN ligaza – enzima care reuneste fragmentele de ADN rezultate in

timpul replicarii.

Intregul complex de factori care participa la acest proces se mai numeste

replizom.

Exista diferente in replicarea la procariote si eucariote.

Replicarea la procariote

ADN-ul procariotelor este compus dintr-un singur cromozom circular.

Replicarea incepe in puncte bine determinate numite regiuni de origine (ori). La unele

bacterii exista o singura regiune de origine (punct de plecare). De aici procesul se

desfasoara pa ambele catene ale ADN-ului circular astfel incat la un moment dat un

ADN bacterian poate lua forma literei grecesti theta.

Initierea replicarii incepe prin desfacerea legaturilor de hidrogen dintre

nucleotidele de pe cele doua catene ale ADN-ului mama, in punctul de origine

(reamintim ca adenina se leaga de timina prin 2 legaturi de hidrogen si guanina de

citozina prin 3 legaturi de hidrogen, conform principiului complementaritatii;A=T,

G=C). Enzimele implicate in acest proces se numesc helicaze. Astfel pe catenele

eliberate se poate construi o noua catena de ADN. Deci in fata enzimelor care

realizeza replicarea se afla aceste helicaze care separa cele 2 catene.

Prin separarea celor 2 catene dubla elice a ADN-ului devine din ce in ce mai

tensionata. Aceasta situatie ar putea duce la oprirea replicarii daca nu ar exista

topoizomerazele care detensioneaza ADN-ul. Topoizomeraza 2 numita si ADN giraza

poate induce tensionari negative, inverse tensionarilor produse de helicaza permitand

continuarea procesului. Astfel se poate explica actiune antimicrobiana a acidului

nalidixic (negram) care inhiba ADN giraza si blocheaza deci diviziunea bacteriana.

Topoizomeraza 1 detensioneaza ADN-ul suprahelicat pentru ca poate sa desfaca o

legatura fosfodiesterica de pe o catena a ADN-ului permitand relaxarea elicei (catena

rupta se roteste in jurul celelalte catene). Dupa detensionare catena desfacuta se poate

reface deoarece fenomenul este reversibil, mai mult decat atat neavand nevoie de

energie pentru ca aceasta energie este conservata cu ajutorul unui rest de tirozina din

enzima.

Odata desfacut si detensionat, pe ADN-ul mama se poate incepe construirea

celor 2 catene a noului ADN. Pentru aceasta este nevoie de mici molecule de ARN

numite primeri sau initiatori (au 5-10 nucleotide). Acestea sunt realizate cu ajutorul

ADN primazei.

De la capatul 3` al ARN-ului initiator pleaca sinteza ADN-ului propriu zis prin

adaugarea succesiva a deoxinucleotidelor care se unesc prin legaturi fosfodiesterice.

Molecula fiica nou constituita respecta cu strictete ADN-ul matrita astfel incat daca pe

ADN-ul mama exista timina acolo va veni adenina, pentru citozina va veni guanina,

s.a.m.d. , conform principiului complementaritatii. Enzima necesara este ADN

polimeraza III.
 Energia necesara procesului provine din legaturile fosfat tmacroergice ale

nucleotidelor folosite. Pirofosfatul rezultat este desfacut in 2 molecule de fosfat

impingind reactia ireversibil spre dreapta. Replicarea continua astfel pana la intalnirea

unei noi unitati de origine.

Finalul replicarii necesita eliminarea ARN-ului initiator si asigurarea

continuitatii catenei nou formate. Enzima necesara este ADN polimeraza 1 care este

deci si polimeraza si exonucleaza. Asta inseamna ca ribonucleotidele din ARN-ul

initiator sunt inlocuite pe rand cu deoxinucleotidele necesare noului ADN.

Exista proteine specifice legate pe catena ADN, cu rol in reglarea si

optimizarea interactiunii dintre catena si enzime.

Acest mecanism explica foarte bine sinteza lantului polinucleotidic cu directia

5`-3`. Insa este demonstrat ca ADN polimeraza nu poate functiona decat in aceasta
directie, deci la prima vedere s-ar putea crede ca cealalta catena a ADN-ului mama

care are directie inversa nu poate fi folosita in acelasi fel.

S-a demonstrat ca si cealalta catena poate fi copiata cu ajutorul aceleiasi ADN

polimeraze printr-un mecanism asemanator dar care pleaca in sens invers. Deci de

data asta punctul de plecare a polimerazei este bifurcatia de replicare construindu-se

astfel catena in directia 5`-3`. Procesul este discontinuu, pentru ca dupace punctul de

bifurcatie avanseaza suficient de mult o noua sinteza pleaca din dreptul noului punct

de bifurcatie. Astfel se vor forma mai multe fragmente mici de ADN numite

fragmente Okazaki.Fragmentele Okazaki au o lungime de cateva sute de nucleotide la

eucariote si cateva mii la procariote. Fragmentele vor fi reunite dupa excizia fiecarui

fragment de ARN initiator care insoteste lanturile Okazaki. Cu excizia ARN-ului se

ocupa tot ADN polimeraza 1 iar cu unirea lanturilor de ADN ramase se ocupa ADN

ligaza (necesita cosum de ATP).

In final de pe fiecare catena a ADN-ului mama se construieste cate o catena

noua rezultand 2 molecule polideoxinucleotidice bicatenare cu un lant vechi (mattrita

sau mama) si un lant nou sintetizat de complexul enzimatic numit replicare.

Intregul mecanism este extrem de fidel astfel incat erori nu apar decat cu o frecventa

de una la un milion –zece miloane de nucleotide. ADN polimeraza are o extraordinara

capacitate de autocontrol astfel incat daca o nucleotida nu este pusa conform

principiului complementaritatii aceasta este imiediat eliminata si inlocuita cu

nucleotidul corespunzator. Viteza replicarii este de sute de nucleotide pe secunda si se

face aproape perfect.

 Replicarea la eucariote

Se face asemanator cu cea de la procariote. Exista totusi o serie de particularitati:

- ADN polimerazele: aici sunt in numar de trei ,  si .  polimeraza este

implicata in replicarea ADN-ului nuclear,  polimeraza este implicata in

replicarea ADN-ului mitocondrial. Pe de alta parte nici una din enzime nu are

activitate exonucleazica.

- originea replicarii: la eucariote viteza este mai mica si s-ar parea ca nu exista

explicatie cum aprope 2 metri de ADN care contine in jur de 3 miliarde jumatate

de baze nucleotidice pot fi copiate doar in aproximativ 8 ore. Dar explicatia este

foarte simpla pentru ca exista mai multe origini de replicare, aproximativ una la

cateva zeci de mii de baze care functioneaza in acelasi timp. Aici, in momentul

inceperii copierii fiecare origine are cate un replizom care se ocupa de ambele

catene ale ADN-ului. Fidelitatea este si mai mare, riscul erorii fiind de una la

cateva miliarde.
- exista un mecanism propus pentru catena 5`-3` a ADN-ului mama in momentul

copierii. Se pare ca la nivelul replizomului aceasta catena poate face o bucla care

permite folosirea complexului de sinteza in acelasi sens ca in cazul catenei 3`-5`.

- biosinteza ADN apare in faza S a diviziunii celulare, intreaga cantitate de ADN si

histone (necesare “impachetarii”) fiind dublata complet.

ADN ligazele si fragmentele Okazaki se regasesc si la mamifere deci si aici

procesul este discontinuu.

Diferite situatii (radiatii puternice, toxice, etc.) pot provoca mutatii in timpul

replicarii. De exemplu radiatiile ultraviolete pot genera formarea dimerilor intre 2

nucleotide pirimidinice (exemplu timina-timina). Acest defect poate fi inlaturat prin

actiunea unor enzime specializate care excizeaza si repara bazele anormale.

Molecula de ADN poate fi sintetizata folosindu-se ca matrita o molecula de ARN.

Este o situatie mai rar intalnita, de exemplu in cazul anumitor virusuri ARN. Acestia

prezinta o enzima speciala numita revers transcriptaza care este o ADN polimeraza

ARN dependenta si are capacitatea de a copia informatia de pe ARN-ul virusului care

a patruns in celula pe o molecula de ADN care dupa ce devine dublu catenar se insera

in genomul gazdei. Celula astfel parazitata va fabrica “inconstient” proteine si ARN,

acesta fiind modul de inmultire a unui virus. Cel mai bun exemplu este virusul HIV

care infecteaza in special limfocitele T helper si care poate fi partial inhibat cu

medicamente care blocheaza revers transcriptaza.

Revers transcriptaza modifica intr-o mica masura teoria clasica mendeliana a

geticii care postuleaza procesul ADNARN proteine. Intre ADN si ARN

informatia poate fi copiata in ambele sensuri. Pe de alta parte revers transcriptaza este

utila obtinerii genelor sintetice plecandu-se de la diferiti ARN mesageri, usor de

izolat.
 Exista o multitudine de baze azotate modificate artificial care pot sa inhibe

replicarea normala a AND-ului. Unele dintre acestea pot fi folosite ca medicamente

antivirale sau citostatice (ex. : 5-fluorouracil, 5-bromouracil etc.)

5 fluoro-uracil