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Clasificación
El reino Protista ha tenido un papel central en el origen y evolución de
la célula eucariota. Constituye un taxón parafilético con respecto a otros
reinos puesto que se basa en el carácter plesiomórfico de la
unicelularidad y no contiene a todos los descendientes de las especies
que abarca. Aun así, se encuentran entre ellos miembros que
aumentaron su nivel de complejidad hacia la pluricelularidad. Varios
grupos de eucariotas desarrollaron independientemente la
pluricelularidad teniendo como origen un
protista: animales, hongos, plantas, algas rojas y algas pardas. De ellos,
los tres primeros grupos se consideran reinos independentes, mientras
que los dos últimos se suelen incluir dentro del reino Protista.
La clasificación del reino Protista ha avanzado mucho en las últimas
décadas tanto por los estudios ultraestructurales como por los análisis
genéticos. Los caracteres morfológicos y funcionales nos dan una idea
sobre la diversidad de los protistas y su megaevolución, esto es, los
cambios que afectan a su plan corporal y a su forma de sobrevivir y
reproducirse. Por ejemplo, el esqueleto interno o citoesqueleto nos da
una idea del plan corporal básico del organismo pues funciona de sostén
y debe ser lo suficientemente plástico como para modificarse para la
locomoción y para la alimentación. Utilizando esta
aproximación, Cavalier-Smith[8][9][10][11][12][13] estableció un número
reducido de filos que si bien son abarcativos y diversos poseen como
característica unificadora el plan corporal básico, de forma similar a lo
que ocurre con filos tradicionales en otros reinos
como cordados, moluscos, artrópodos (en animales), o traqueofitas (en
plantas). Algunos de estos análisis sirvieron para inferir cómo habría sido
el eucariota ancestral: unicelular, flagelado y fagotrófico (carácter
debido al cual pudo engullir a la mitocondria ancestral que le permitió la
respiración aerobia y posteriormente al cloroplasto ancestral que dio
origen al reino vegetal).
Los análisis genéticos, por su parte, han permitido establecer
parentescos entre grupos de protistas que superficialmente parecen
muy diferentes. Se han propuesto varias hipótesis considerando la
acumulación de datos sobre la naturaleza quimérica del genoma de los
eucariontes. La evolución subsecuente es difícil de determinar por las
recombinaciones intertaxonómicas primarias, secundarias e incluso
terciarias que tuvieron lugar. Sin embargo, comparaciones de múltiples
genes y de datos ultraestructurales aclaran en cierta medida tales
eventos. Sobre la base de estos datos se han propuesto algunos
grupos monofiléticos y una filogenia aproximada de los protistas.
Actualmente se distinguen las siguientes líneas o clados de protistas, a
los que se da habitualmente la categoría de supergrupos: