Propuesta de Trabajo de Grado/Tesis

Título:

REVIEW:Genes de resistencia a antibióticos encontrados en fuentes hídricas

Maestría en Biología Molecular y Biotecnología

Director

Jose Ignacio Moncayo

Co-director

Gina

Grupo de Investigación GRIENI

Facultad de Ciencias de la Salud

Universidad Tecnológica de Pereira

Pereira

E-mail:

1
 Estructura Recomendada

Pág.

1 Resumen (500 Palabras) 3

2 Descripción del Proyecto 3

2.1 Introducción 3

2.1.1 Planteamiento de la pregunta o problema de investigación y su

justificación en términos de necesidades y pertinencia. 3

2.1.2 Marco teórico y estado del arte. 3

2.1.3 Objetivo General. 3

2.1.4 Objetivos Específicos. 3

2.2 Metodología. 4

2.2.1 Metodología - Objetivo Específico 1. 4

2.2.2 Metodología - Objetivo Específico 2. 4

2.2.3 Metodología - Objetivo Específico 3. 4

2.3 Resultados esperados. 4

2.4 Declaración ética sobre las implicaciones de desarrollo del proyecto. 4

2.5 Cronograma. 5

3 Presupuesto. 6

4 Referencias 6

2
1 Resumen (500 Palabras)

Palabras clave:

2 Descripción del Proyecto

2.1. Introducción

Las Naciones Unidas, varios organismos internacionales y un grupo de expertos han

iniciado una campaña dirigida a concientizar a la población mundial para evitar una crisis
causada por la resistencia antimicrobiana que podría tener consecuencias desastrosas en
la salud humana y animal. El Grupo de Coordinación Inter organismos sobre Resistencia
a los Antimicrobianos (IACG) de las Naciones Unidas, ha emitido un informe, donde
advierte de que, si no se toman medidas preventivas, las enfermedades infecciosas con
agentes etiológicos resistentes a los antimicrobianos podrían causar 10 millones de
defunciones anuales en 2050 y ocasionarían perjuicios económicos tan graves como los
derivados de la crisis financiera mundial de 2008-2009. Para 2030, la resistencia a los
antimicrobianos podría sumir en la pobreza extrema a hasta 24 millones de personas1.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) proporciona una serie de pautas sobre la

posible transmisión de patógenos por el agua, así como microorganismos indicadores.
Los microrganismos potencialmente transmitidos por el agua que causan enfermedad
incluyen bacterias, virus, protozoarios y helmintos.

La resistencia bacteriana es un factor crítico en el tratamiento de las infecciones y los

reportes de resistencia a nivel mundial son preocupantes. El uso indiscriminado de los
antibióticos conlleva a la selección de bacterias resistentes. Los antibióticos son
principalmente aplicados en el tratamiento de infecciones, las cuales son los principales
problemas de salud pública, en Estados Unidos solamente, causan dos millones de
enfermedades severas y una mortalidad de 23,000 pacientes al año [1]. También en
Estados Unidos, de millones de prescripciones médicas de antibióticos, al menos un 30%
de los antibióticos prescritos son innecesarios3.

La aplicación intensiva de antibióticos en agricultura, el tratamiento de las infecciones

bacterianas en humanos y animales, tiene como resultado la liberación de grandes
cantidades de antibióticos al ambiente, comprometiendo los suelos y las fuentes hídricas
como destino final de los antibióticos [1, 4].

3
En contraste a las propiedades y efectos terapéuticos deseables de los antibióticos
aplicados en la salud humana y animal, estas mismas propiedades son a menudo una
desventaja para aquellos organismos presentes en el ambiente que pueden ser o no blanco
de los antimicrobianos. Así, el destino final de los antibióticos en el suelo y en las fuentes
hídricas impactan en la resistencia bacteriana [5].

Los estudios conducentes a la contaminación con micro contaminantes, y los

contaminantes emergentes como los antibióticos en el ambiente, durante las últimas
décadas, muestran que están actualmente presentes, también en aguas residuales
municipales, efluentes de hospitales, afluentes y efluentes de las plantas de tratamiento de
aguas, aguas superficiales y aguas profundas [5-9].

La presencia de antibióticos en el ambiente, exponen a las bacterias a una presión

selectiva ejercida por los antibióticos, las cuales pueden desarrollar resistencia a
diferentes clases de antibióticos presentes en su entorno [1, 12, 13].

La metagenómica, la secuenciación del ADN de toda la comunidad, puede superar la

necesidad de un conocimiento previo de los genes de resistencia. La metagenómica se ha
utilizado para detectar la resistencia a los antibióticos en diversos entornos y no se limita
a pocos genes elegidos a priori, sino que, mediante la secuenciación del ADN de la
comunidad total, puede capturar todo el resistoma. Sin embargo, la anotación de ARGS
todavía se basa en genes conocidos en bases de datos públicas de genes de resistencia a
antibióticos. Los más confiables son aquellos que contienen solo ARG verificados
experimentalmente. Además, la base de datos basada en HMM (modelo oculto de
Markov), Resfams [24], y la versión actualizada de la base de datos CARD [28),
contienen conjuntos de genes verificados. En la mayoría de los entornos, los ARGS son
poco frecuentes en comparación con otros genes funcionales y, por lo tanto, se necesita
una secuenciación profunda para capturar toda la diversidad. La mayoría de las
plataformas de secuenciación metagenómica producen lecturas cortas que, como tales,
solo brindan información limitada sobre los genes secuenciados. Reunir lecturas cortas
en segmentos de ADN superpuestos más largos (contigs) puede brindar información
sobre la filogenia y la ubicación genética de los genes. Se pueden reconstruir genomas
parciales o incluso completos a partir de datos de metagenoma. Este conocimiento es
importante para clasificar los riesgos de ARGS en el medio ambiente.

2.1.1.Planteamiento de la pregunta o problema de investigación y su

justificación en términos de necesidades y pertinencia.

La resistencia antimicrobiana ya está generando una crisis mundial en el tratamiento de

las enfermedades infecciosas humanas y animales. Se ha informado niveles alarmantes de

4
resistencia antimicrobiana en todos los países; los excesos de prescripciones en los
tratamientos con antibióticos a nivel mundial son gigantescos. Además, en agricultura los
utilizan también como biocidas en producción de frutas y cultivos, en piensos para
ganado y aves de corral. Todo esto tiene como resultado la liberación de grandes
cantidades de antibióticos al ambiente comprometiendo los suelos y las fuentes hídricas,
planteando un desafío enorme para la salud, la seguridad alimentaria, el agua potable y el
saneamiento ambiental.

Las aguas residuales se encuentran entre los depósitos más importantes de resistencia a los
antibióticos en entornos urbanos. La abundancia de fuentes de carbono y otros nutrientes, una
variedad de posibles aceptores de electrones como oxígeno o nitrato, la presencia de partículas
sobre las cuales las bacterias pueden adsorberse o un pH y temperatura bastante estables son
ejemplos de condiciones que favorecen la notable diversidad de microorganismos.

La problemática radica en las plantas de tratamiento de aguas residuales, donde en su mayoria el

proceso llega hasta un tratamiento secundario que parece no ser suficiente para la inactivación de
genes resistentes a antibióticos. Un tratamiento terciario sería el más recomendado, este
tratamiento se basa en cloración, radiación UV y ozonización.

Se precisa una revisión sobre resistencia antimicrobiana, por la problemática

internacional de salud generada por la proliferación de estos microorganismos, el poco
estudio en colombia que genera un desconocimiento hacia la detección de bacterias
resistentes y el estudio de sus genes.

2.1.2. Marco teórico y estado del arte.

La resistencia antimicrobiana ya está generando una crisis mundial en el

tratamiento de las enfermedades infecciosas humanas y animales, se ha
informado niveles alarmantes de resistencia antimicrobiana en todos los países,
planteando un desafío enorme para la salud, la seguridad alimentaria, el agua
potable y el saneamiento ambiental, el consumo y la producción responsable de
alimentos. El uso indebido y excesivo de los antimicrobianos en humanos,

5
animales y plantas están acelerando la aparición y la propagación de patógenos
resistentes a los antimicrobianos, plantean los expertos en la resistencia
antimicrobiana.

La resistencia bacteriana es un factor crítico en el tratamiento de las infecciones

y los reportes de resistencia a nivel mundial son preocupantes. El uso
indiscriminado de los antibióticos conlleva a la selección de bacterias
resistentes. Los antibióticos son principalmente aplicados en el tratamiento de
infecciones, las cuales son los principales problemas de salud pública, en
Estados Unidos solamente, causan dos millones de enfermedades severas y
una mortalidad de 23,000 pacientes al año [1]. También en Estados Unidos, de
millones de prescripciones médicas de antibióticos, al menos un 30% de los
antibióticos prescritos son innecesarios.

Los excesos de prescripciones a nivel mundial son gigantescos. En agricultura

los utilizan entre otros usos como biocidas en producción de frutas y cultivos, en
piensos para ganado y aves de corral. El uso y abuso de los antibióticos en la
salud animal es similar a lo que sucede con la salud humana [2]. En China, 46%
de 210,000 toneladas de antibióticos producidos anualmente están siendo
usados en agricultura y ganadería [3].

La aplicación intensiva de antibióticos en agricultura, el tratamiento de las

infecciones bacterianas en humanos y animales, tiene como resultado la
liberación de grandes cantidades de antibióticos al ambiente, comprometiendo
los suelos y las fuentes hídricas como destino final de los antibióticos [1, 4].

En contraste a las propiedades y efectos terapéuticos deseables de los

antibióticos aplicados en la salud humana y animal, estas mismas propiedades
son a menudo una desventaja para aquellos organismos presentes en el
ambiente que pueden ser o no blanco de los antimicrobianos. Así, el destino final
de los antibióticos en el suelo y en las fuentes hídricas impactan en la resistencia
bacteriana [5].

La presencia de antibióticos en el ambiente, exponen a las bacterias a una

presión selectiva ejercida por los antibióticos, las cuales pueden desarrollar
resistencia a diferentes clases de antibióticos presentes en su entorno [1, 12,
13].

Bacterias patógenas en aguas:

La presencia de patógenos en casi todos los cuerpos de agua ambientales es

objeto de muchas investigaciones. Existen diversos estudios que reportan

6
diferentes patógenos detectados en fuentes hídricas. Las bacterias patógenas
reportadas más comunes se encuentra en las Familias: Enterobacteriaceae,
Pseudomonadaceae, Vibrionaceae, Moraxellaceae, Campylobacteriaceae
Enterococcaceae, Micrococaceae, Staplylococaceae, Bacteriodaceae, entre
otras [14]. Existiendo un amplio rango de bacterias Gram negativas,
especialmente de la Familia Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Klebsiella
pneumoniae, Enterobacter spp. Salmonella spp., Shigella spp); F.
Pseudomonadaceae (Pseudomonas aeruginosa); F. Moraxellaceae
(Acinetobacter baumannii) y bacterias Gram positivas especialmente de la F.
Enterococcaceae (Enterococcus spp) [15].

Familia Enterobacteriaceae:

La Familia Enterobacteriaceae incluye géneros y especies que se clasifican

como oportunistas, verdaderos patógenos y de comportamiento dual, es decir
pueden ser saprófitos o potencialmente patógenos. En caso de E. coli, puede
ser microbiota normal de intestino, pero también puede causar infecciones
severas.

Escherichia coli:

Es un bacilo Gram negativo increíblemente diverso que posee la habilidad de

colonizar y sobrevivir en numerosos nichos, tanto ambiental como en animales
hospederos. Sin embargo, E. coli, se ha convertido en un patógeno bien
adaptado a través de la obtención y pérdida de genes.

Esta bacteria adquiere sus mecanismos de resistencia por transferencia

horizontal de elementos genéticos móviles, codificando enzimas que mutan
sitios de reconocimiento del antimicrobiano para impedir su unión, o sistemas
que disminuyen la concentración intracelular del mismo [18].

Klebsiella spp.

Las especies de Klebsiella (K. pneumoniae, K. oxytoca, K. planticola y K.

terrígena), son habitantes naturales de muchos ambientes acuáticos, y pueden
multiplicarse en alto número en aguas ricas en nutrientes tales como aguas con
residuos de plantas de celulosa, textilerías, ingenios azucareros, entre otros.
También, son excretadas en la materia fecal del hombre y los animales. Son
fácilmente detectadas en aguas contaminadas [14].

Klebsiella pneumoniae:

Es un patógeno oportunista, encontrado en humanos y otros mamíferos,

7
colonizando el tracto gastrointestinal, la piel y en la nasofaringe [24]. Es
causante común de neumonía, bacteriemia e infecciones del tracto urinario tanto
en la comunidad como en los centros hospitalarios [29]

Familia Peudomonadaceae

Este grupo taxonómico son bacilos Gram negativos usualmente encontrados en

el suelo y aguas e incluye importantes patógenos de humanos, plantas y
animales.

Pseudomonas aeruginosa

Es un microrganismo común ambiental y puede ser encontrado en heces, suelo,

agua y aguas residuales. Puede crecer en ambientes acuáticos y en las
superficies de materiales orgánicos en contacto con el agua. Ha sido cultivada
de diversos ambientes húmedos. Es un patógeno oportunista, omnipresente y
versátil, responsable de muchas enfermedades infecciosas [14].

Familia Moraxellaceae

La familia incluye a bacilos y cocobacilos Gram negativos, y dentro de su

taxonomía incluye el Género Acinetobacter que son aerobios estrictos,
oxidadasa negativos y no fermentadores, la especie patógena tipo es
Acinetobacter baumannii.

Acinetobacter spp.

Las especies de Acinetobacter, son habitantes ubicuos del suelo y ambientes

acuáticos. Son a menudo detectados en fuentes de aguas de consumo tratadas.
La asociación entre la presencia en aguas de consumo y la enfermedad clínica
no ha sido confirmada, no hay evidencia de infección gastrointestinal. Sin
embargo, la transmisión de enfermedades no gastrointestinales por el agua es
posible en individuos susceptibles principalmente en las unidades de salud y
hospitales [14].

Acinetobacter baumannii

Ampliamente distribuido en el ambiente y se comporta como un patógeno

oportunista, que puede ser responsable de infecciones en heridas no tratadas
adecuadamente [43]. En las últimas décadas se ha convertido en un patógeno
de mucha importancia clínica a nivel mundial por el aumento en el número de
infecciones que produce en pacientes hospitalizados [43]. Causa infecciones

8
principalmente en el tracto respiratorio, asociadas a ventilación asistida, y en el
torrente sanguíneo, piel y tejidos blandos. Esta bacteria es un problema de
importancia en las instituciones hospitalarias debido a que sus brotes son
difíciles de controlar.

Familia Enterococcaceae

La Familia Enterococcaceae fue descrita con base en el rRNA 16S, para

agruparla en géneros estrechamente relacionados: Enterococcus,
Melissococcus, Tetragenococcus y Vagococcus [55, 56]. El género
Enterococcus, es el más abundante con alrededor de 43 especies, siendo las
más frecuentes Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus
durans, Enterococcus gallinarum, y Enterococcus avium. Están ampliamente
distribuidos en la naturaleza. Asociados con un amplio rango de nichos
ecológicos incluyendo plantas, en la microbiota del tracto gastrointestinal de
insectos, humanos y otros animales, alimentos fermentados, así como en aguas
para beber, aguas superficiales y aguas saladas [55].

Los enterococos son microbiota normal del tracto intestinal en humanos, siendo
E. faecalis el más frecuente. También se encuentran en menor proporción en la
cavidad oral y el tracto genital [57].

Enterococcus faecalis

Es un enterococo Gram positivo, anaerobio facultativo caracterizado por su

capacidad para crecer a concentraciones de 6.5% de NaCl y a pH elevado y
poder hidrolizar bilis-esculina y PYR (Lpyrrolidonyl-B-naphthylamide).
Tradicionalmente clasificado en el Grupo de D de los estreptococos. Son
patógenos emergentes involucrados en infecciones hospitalarias responsables
de endocarditis e infecciones urinarias, sangre, meninges, heridas, tracto biliar,
etc. Recientemente con datos de vigilancia epidemiológica es la tercera causa
de infecciones intrahospitalarias después de E. coli y S. aureus con un 12%.

2.1.3. Objetivo General.

Conocer el estado del arte de los genes de resistencia encontrados en fuentes

hídricas, sus mecanismos de acción y transmisión.

9
2.1.4. Objetivos Específicos.

2.1.1.1 Objetivo 1.
● Identificar familias de microorganismos frecuentes en diferentes fuentes
hídricas.
2.1.1.2 Objetivo 2.
● Conocer los genes de resistencia a antibióticos comúnmente encontrados en
dichos microorganismos, conocer sus mecanismos de acción y de
transmisión.
2.1.1.3 Objetivo 3.
● Producir un artículo de revisión que resulte útil como base para la realización
de proyectos de investigación que tengan como fin evaluar la presencia o
ausencia de genes de resistencia.

2.2. Metodología.

Metodología - Objetivo Específico 1.

Metodología - Objetivo Específico 2.

Metodología - Objetivo Específico 3.

2.3. Resultados esperados.

2.4. Declaración ética sobre las implicaciones de desarrollo del proyecto.

10
11
Cronograma.

Actividad Meses

2 4 6 8 1 12 1 1 18 2 22 2 2 28 3 3 34 36
0 4 6 0 4 6 0 2

Objetivo
Específico
1

Objetivo
Específico
2

Objetivo
Específico
3

Objetivo
Específico
4

Objetivo
Específico
5

Informe
Final
(tesis
escrita)

12
3 Presupuesto.

4 Referencias

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