Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
ADER 515 Faza 2 PDF
ADER 515 Faza 2 PDF
Coordonator proiect:
Stațiunea de Cercetare-Dezvoltare pentru
Creşterea Bovinelor Arad
Cod proiect: ADER 5.1.5.
Micropipete automate Termobloc
Vortex
Microcentrifugă (max.4.000 rpm)
Protocolul de lucru
Izolarea ADN din probe de sânge ‐ kitul Wizard Genomic DNA Purification (Wizard™
Genomic DNA Purification Kit)
Etapele extracţiei ADN din sânge
Etapa I. Liza celulară
300 μl sânge se pun într‐un tub Eppendorf de 1,5 ml;
se adaugă 900 μl soluţie de liză celulară şi se amestecă prin răsturnare apoi se incubează 10
min la temperatura camerei;
se centrifughează la 13000xG, 20 secunde;
se îndepărtează supernatantul lăsându‐se deasupra sedimentului o cantitate de 10 µl lichid
rezidual şi apoi se vortexează timp de 20 secunde;
Etapa II. Liza nucleilor şi precipitarea proteinelor
se adaugă 300 μl soluţie de liză a nucleilor şi se pipetează de 5‐6 ori;
se adaugă 100 μl soluţie de precipitare a proteinelor şi apoi se vortexează 20 secunde
se centrifughează la 13000XG, 3 minute pentru colectarea resturilor proteice
Etapa III. Precipitarea şi rehidratarea ADN
se transferă supernatantul în izopropanol 300 μl
centrifugare la 13000XG,1 minut;
se îndepărtează supernatantul, se adaugă 300 μl etanol 70% şi se centrifughează la
13000XG,1minut;
se aspiră etanolul şi se lasă la uscat 10‐15minute;
se rehidratează ADN în 50 µl de soluţie de rehidratare timp de o oră la 650C.
Aprecierea probelor de ADN extrase
Puritatea probelor de ADN extrase a fost apreciată pe baza raportului A260/A280 iar
concentraţia probelor a fost calculată automat cu softwareul spectofotometrului NanoDrop
2000
Graficul spectrelor de absorbanță pentru probele de ADN
Electroforeza în gel de agaroză
Determinarea integrităţii ADN extras (gradul de fragmentare al probelor)
Etape de lucru:
‐amplificarea in situ a fragmentelor de ADN, specifice genelor de
interes, prin intermediul tehnicii PCR;
‐vizualizarea ampliconilor (produşilor PCR) în gel de agaroză;
‐restricţia produşilor de amplificare cu endonucleaze specifice, cu
ajutorul tehnicii RFLP şi vizualizarea fragmentelor de restricţie de
lungimi diferite, utilizând tehnica de electroforeză în gel de agaroză;
Amplificarea sectoarelor de ADN pentru k‐cazeină
1) κ‐cazeina (κ‐CN)
Simbolul genei: CSN3
ID‐ul genei: 281728
Locus: AC_000163
Secventa amplificată:
ATCATTTATGGCCATTCCACCAAAGAAAAATCAGGATAAAACAGAAATCC
CTACCATCAATACCATTGCTAGTGGTGAGCCTACAAGTACACCTACCATCG
AAGCAGTAGAGAGCACTGTAGCTACTCTAGAAGCTTCTCCAGAAGTTATT
GAGAGCCCACCTGAGATCAACACAGTCCAAGTTACTTCAACTGCGGTCT
AAATACTCTAAGGAGACATCAAAGAAGACAACGCAGGTAAATAAGCAAA
ATGAATAACAGCCAAGATTCATGGACTTATTAATAAAATCGTAACATCTAA
ACTAGCGTAGATGGATAAATTAAATCTGTTACAGAGAAGGCGAAATGGG
C
Amplificarea sectoarelor de ADN pentru β‐
lactoglobulina
2) β‐lactoglobulina (BLG)
Simbolul genei: BLG/LGB/PAEP
ID‐ul genei: 280838
Locus: AC_000168
Secventa amplificată:
TGTGCTGGACACCGACTACAAAAAGTACCTGCTCTTCTGCAT
GGAGAACAGTGCTGAGCCCGAGCAAAGCCTGGTCTGCCAGT
GCCTGGGTGGGTGCCAACCCTGGCTGCCCAGGGAGACCAGC
TGTGTGGTCCTCGCTGCAACGGGGCCGGGGGGGACGGTGG
GAGCAGGGAGCTTGATTCCCAGGAGGAGGAGGGATGGGGG
GTCCCCGAGTCCCGCCAGGAGAGGGTGGTCATATACCGGGA
GC
Amplificarea sectoarelor de ADN pentru α‐
lactalbumina
3) α‐lactalbumina
Simbolul genei: LALBA/alfaLA/a‐LACTA/
ID‐ul genei: 281894
Locus: AC_000162
Secventa amplificată:
CTCTTCCTGGATGTAAGGCTTGATGCCAGGGCCCCTAAGGCT
TTTTCCACAAATAAAAGGAGGTGAGCAGTGTGGTGACCCCAT
TTCAGAATCTTGGGGGGTAACCAAAATGATGTCCTTTGTCTCT
CTGCTCCTGGTAGGCATCCTATTCCATGCCACCCAGGCT
Locus Secventa primerilor Lungime amplicon
Materiale necesare: pipete automate şi vârfuri (10 sau 100 µl); tuburi sterile de
1,5 ml; produs PCR; enzime de restricţie HindIII, HaeIII și MnlI, tampon de reacţie
al enzimei de restricţie10X; H2O bidistilată sterilă; termobloc.
Protocolul de lucru
Determinarea genotipurilor existent la nivelul genelor de interes s‐a realizat
prin scindarea specifică a ampliconilor cu enzimele de restricţie HindIII (κ‐CN),
HaeIII (β‐LG) și MnlI (α‐LA). Aceaste restrictaze scindează molecula de ADN
(ampliconii) la nivelul unor regiuni specifice, dând naştere fragmentelor de
restricţie de lungimi diferite.
Probele au fost incubate timp de 2 h, la temperatura optimă de activitate a
enzimelor (37oC). După incubare produşii PCR‐RFLP au fost vizualizaţi în gel de
agaroză de 3,5% și fotografiați în ultraviolet folosind sistemul de
fotodocumentare al gelurilor Vilber Loumart Print II Systems.
Produşii de restricţie de lungimi diferite au fost ulterior apreciaţi, din punct
de vedere al dimensiunii, cu ajutorul unui ADN standard de greutate
moleculară
Lungimea produsilor PCR-RFLP
AA AB BB
κ‐CN 350 HindIII 350 350
219 219
131 131
Produși PCR‐RFLP pentru gena din locusul κ‐CN obținuți prin digestia ampliconilor de
350 pb cu enzima HindIII
Rezultatele PCR‐RFLP (β‐LG )
Produși PCR‐RFLP pentru gena din locusul β‐LG obținuți prin digestia ampliconilor de
247 pb cu enzima HaeIII
Rezultatele PCR‐RFLP (α‐LA )
Produși PCR-RFLP pentru gena din locusul α-LA obținuți prin digestia ampliconilor de
166 pb cu enzima MnlI
Corelarea valorilor productive cu genotipul vacilor
Parametri productivi incluși în studiu
‐producția de lapte (Kg);
‐producția de grăsime (%);
‐producția de grăsime (Kg);
‐producția de proteină (%);
‐producția de proteină (Kg).
Coeficienții de corecție pentru aducerea la echivalent maturitate a producțiilor
în raport cu rangul lactației
Rangul lactației Producție lapte Producție grăsime
1 1,229 1,204
2 1,133 1,118
3 1,067 1,057
4 1,024 1,019
5 1,002 1
6 1 1
7 1,018 1,019
Aprecierea productivă a efectivului
Valorile medii și indicii de dispersie privind parametri productivi aferenți F1
Parametru de analizat Lapte (kg) Grăsime (%) Grăsime (kg) Proteină (%) Proteină (kg)
Efectiv 82 82 82 82 82
AA 0,646
pA‐0,81
AB 0,329 qB‐0,19
κ‐CN
BB 0,025 ᵪ=0,0016
AA 0,281
pA‐0,61
AB 0,658 qB‐0,39
β‐LG
BB 0,061 ᵪ=0,008
AA 0
pA‐0
AB 0 qB‐1
α‐LA
BB 1 ᵪ=1
Frecvența genelor și a genotipurilor pentru generația
F2 (rezultate parțiale
Polimorfismul din locusul genelor de interes în efectivul F2 studiat (rezultate parțiale)
AA 0,625
pA‐0,75
ᵪ=0,009
BB 0,125
AA 0,406
pA‐0,593
ᵪ=0,037
BB 0,219
AA 0
pA‐0
α‐LA AB 0 qB‐1
ᵪ=1
BB 1
Caracterizarea productivă a generației F1 în raport cu
genotipul asociat locusului k‐CN
Valorile medii și indicii de dispersie privind producțiile de lapte, grăsime și proteină a
generației F1 în raport cu genotipul deținut pentru locusul k-cazeinei
Genotip AA AB BB AA/AB AA/BB AB/BB
Diferențe semnificative statistic la p≤0,05
Caracterizarea productivă a generației F1 în raport cu
genotipul asociat locusului β‐lactoglobulinei
Valorile medii și indicii de dispersie privind producțiile de lapte, grăsime și proteină a
generației F1 în raport cu genotipul deținut pentru locusul β-lactoglobulinei
Diferențe semnificative statistic la p≤0,05
Activități desfășurate în cadrul fazei