Microbiologie 2017 PDF

Microbiologie Générale
BIO 3524
1
Informations Générales
• Enseignant: John Basso

• Courriel: jbasso@uottawa.ca
• Tel. 613-562-5800 Poste 6358
• Bureau: BSC102
• Ma page web:
http://mysite.science.uottawa.ca/jbasso/accueil.htm
• Page web du cours:
http://mysite.science.uottawa.ca/jbasso/micro/accueil.htm
Ma Page Web
1
Sujets du Cours
• Principes et historique de la microbiologie

• Diversité et classification des microorganismes
– Anatomie, métabolisme, croissance
• Contrôle de la croissance microbienne
– In vitro (désinfection & stérilisation), in vivo
(antibiothérapie)
• Virologie
– Anatomie et croissance
Sujets du Cours (suite)
• Principes d’immunologie
– Les défenses du corps humain contre les infections
• Microbiologie médicale
– La maladie et le diagnostic
• Principes d’épidémiologie
– La propagation d’infections dans les populations
Manuel de Cours
• Il n’y a pas de manuel de cours requis. Mais, si vous désirez
obtenir un manuel en tant que référence, je vous
recommande le livre suivant. Une version électronique est
disponible sur la page web du cours.
2
Évaluation du Cours - Examens de Session
• 3 examens de session
– Chaque examen couvrira la matière vue dans les semaines
précédentes (non récapitulatif) et contribuera à 15 % de la
note finale
– Ces examens comporteront 31 questions à choix multiples
pour une durée de 75 minutes
– Réponses a être soumises sur Scantrons
• 1 point pour Scantrons correctement rempli
– Informations obligatoires: Nom, numéro d’étudiant, côte du
cours et section
– Note maximale: 30/30
• Ex. 32/30 ou 31/30 ou 30/30 sont tous égaux à 30/30
– Ces examens seront à livre fermé 7
Évaluation du Cours - Examen Final
• Cet examen est récapitulatif

– Contribuera entre 50-65% de la note finale
– Cet examen comportera 72 questions à choix
multiples pour une durée de 3h
– Réponses a être soumises sur Scantrons
• 1 point pour Scantrons correctement rempli
– Informations obligatoires: Nom, numéro d’étudiant, section
– Note maximale: 70/70
– Cet examen sera à livre ouvert
• Toute matière imprimée est permise
• Tous les appareils électroniques, sauf pour les
calculatrices, sont interdits 8
Évaluation du Cours - Problèmes
• Périodiquement, 5 séries de problèmes seront

disponibles sur la page web de ce cours
• Les dates de remises exactes seront
annoncées en classe
• Vous aurez une semaine pour compléter
chacune des séries
• Valeur totale de 5% de votre note finale
3
Points Bonis sur la Note Finale!!
• 8 QUIZ
– Les quiz sont optionnels
– Les quiz seront disponibles sur Brightspace les samedi
de 9h-21h
– Vous aurez 15 minutes pour compléter les quiz
– Chaque quiz consistera de 2 questions
– Les personnes qui obtiendront 100% sur au moins 4
des quiz seront attribuées deux points bonis
– Les personnes qui obtiendront 100% sur au moins 3
des quiz seront attribuées un point boni
10
Points Bonis sur la Note Finale!!

• Microorganisme mystère
– Chaque semaine un nouvel indice sera disponible sur
la page web du cours
– Identifier le microorganisme
– Indiquer le nom complet (genre et espèce) sur la
première page de votre examen final
• Bonne réponse = un point boni
11
Calcul de la Note Finale

Option I Option II
Problèmes 5 5
Examens de session 45(a) 30(b)
Quiz (≥ 4/8) 2 2
Microorganisme mystère 1 1
Examen final 50 65
Note finale maximale 103 103
a: Les notes des 3 examens de session seront utilisées dans le
calcul de la note finale
b: Les 2 meilleures notes des trois examens de session seront
utilisées dans le calcul de la note finale
12
4
FAQ
• Est-ce que j’ai besoin d’un manuel de cours?

• J’ai manqué un examen, comment ma note
sera-t-elle calculée?
• Il me manque seulement un point pour
atteindre la prochaine note alpha numérique;
est-ce qu’il y a quelque chose que je peux
faire?
13
Microbiologie
L’Étude des Microorganismes
14
Définition d’un Microorganisme
• Dérivé du grec: Mikros, «petit» et

Organismos, «organisme»
– Organisme microscopique qui comprend soit une
seule cellule (unicellulaire) ou un amas de cellules
identiques (non différentiée)
– Ils comprennent les bactéries, les champignons,
les algues, les virus, et les protozoaires
15
5
Micro_?
Microscope optique
Microscope électronique L’œil humain
0.1nm 1 nm 10 nm 100 nm 1 µm 10 µm 100 µm 1 mm 1 cm 0.1 m
Fourmi
Atome Acide Protéine Virus Bactérie
aminé Cellule de plante
Cellule animale
Protistes
Organites
Fungi
16
_Organisme?
• Qui est vivant

– Possède un métabolisme
• Qui peut vivre de façon indépendante
– N’est pas l’unité d’une organisation multicellulaire
• Ex. une cellule du foie n’est pas un organisme
• Exception: Parasite obligatoire
– Ne peut pas vivre de façon indépendante, mais est un
organisme!
17
Propriétés de la Vie
• Les organismes vivants:
– Sont composés de cellules
– Réagissent à leurs environnements
– Peuvent se nourrir
– Sont capable d’obtenir et d’utiliser de l’énergie
– Ils maintiennent un équilibre interne
– Peuvent croître et se reproduire
– Ils sont assujettis à une adaptation évolutionnaire
18
6
Unité de la Vie - La Cellule
• Composantes structurales :
– Membrane plasmique
– +/- Paroi cellulaire
– Noyau/Nucléoïde
– Cytoplasme
• Composantes chimiques :
– Protéines
– Lipides
– Polysaccharides
– Acides nucléiques
19
Cellules Eucaryotes Vs Procaryote
Eucaryote Procaryote
Membrane nucléaire Aucune membrane nucléaire
Noyau Nucléoïde
Plus d’une molécule d’ADN Une molécule d’ADN
Division non-mitotique
Division mitotique
Fission binaire
Organites Pas d’organites
20
Réagir à son Environnement
• Les organismes interagissent avec leur

environnement et d’autres organismes
• Les réponses aident à assurer la survie de
l’organisme et de poursuivre ses activités
biologiques
– Ex. Se déplacer d’un endroit pauvre en nutriments
à un endroit plus riche
– Chimiotaxie
– Phototaxie
21
7
Se Nourrir
• Le Métabolisme:
– Absorption et transformation des composés
chimiques
• Anabolisme + Catabolisme
– Anabolisme : Synthèse macromoléculaire
» Construction
– Catabolisme : Dégradation macromoléculaire
» Destruction
– Obtenir, générer et utiliser de l’énergie
– Élimination des déchets
22
Maintenir un Équilibre Interne
• La cellule essaie de maintenir un

environnement interne constant
– Ex. pH, concentration de soluté, pression
osmotique, température, etc.
• L’organisme essaie de maintenir un
environnement interne constant
– Homéostasie
23
Reproduction
• Reproduction:
– Capacité de tout type d’organisme de générer un
autre organisme tel que lui
• Organisme unicellulaire, tel que les bactéries se
divisent tout simplement en deux
– Reproduction asexuée: Fission binaire
– Les organismes multicellulaires sont souvent le
résultat de l’union de deux cellules de différents
individus
• Ex. Reproduction sexuée; Ex. Spermatozoïde + ovule
24
8
Reproduction – Le Code Génétique
• Les instructions pour l’organisation et le

développement d’un organisme sont encodés
dans les gènes
• Les gènes sont composés d’ADN
– Le génome
• Déchiffrage (Transcription + Traduction)
– Génération de la machinerie cellulaire
– Génération de nouvelles cellules
– Maintien de la cellule
25
Adaptation Évolutionnaire
• Les organismes acquièrent des changements

transmissibles aux générations futures qui
permettent de mieux répondre à leurs
environnements
– Changement au niveau du génome
• Le maintien de ces changements dépend de pressions
sélectives
– Ex. Acquisition de résistances aux antibiotiques
26
Organismes et Entités Étudiés par les

Microbiologistes
• Cellulaire • Acellulaire
– Champignons – Virus
• Ex. Levure • Composé d’acides
– Protistes nucléiques et de
protéines
• Ex. Algue
– Viroïdes
– Bactérie
• Composé d’ARN
• Ex. E. coli
– Prions
– Archaea
• Composé de protéines
• Ex. Méthanogènes
27
9
Domaines de la Microbiologie
• Bactériologie
– L’étude des bactéries
• Microbiologie environnementale
– L'étude des processus microbiens dans l'environnement
• Microbiologie alimentaire
– L’étude des microorganismes qui causent des maladies d'origine
alimentaire et la détérioration
– L’étude des microorganismes utilisés dans la fabrication des aliments
• Microbiologie industrielle
– Utilisation et développement de microorganismes en biotechnologie
• Microbiologie médicale
– L’étude, le diagnostic et le traitement des maladies microbiennes
28
Domaines de la Microbiologie (Suite)

• Mycologie
– L’étude des champignons
• Protozoologie
– L’étude des protistes
• Virologie
– L’étude des virus
• Épidémiologie
– L’étude du rôle des microorganismes dans la santé et la maladie des
populations
• Immunologie
– L’étude des mécanismes de défense du corps contre les virus, les
bactéries, et les champignons
29
• Quelle (s) description (s) pourrait (ent) correspondre

à celle d’un microorganisme?
A. Cellule différentiée de 50 μm parmi une collection de
différentes cellules
B. Organisme multicellulaire de 30 μm constitué de plusieurs
différents types cellulaires
C. Colonie visible à l’œil nu composée d’un milliard de
cellules identiques de 5 μm
D. Organisme de 20 μm qui possède un besoin absolu d’un
hôte afin d’obtenir de l’énergie
E. Entité de 5 nm capable de se reproduire chez un hôte,
mais qui est incapable de croitre
30
10
Classification des Organismes
31
Niveaux de Classification
• Divisions hiérarchiques
– Règne (Pas utilisé par les microbiologistes)
• Les microbiologistes utilisent la division « les
domaines »
– Phylum
– Classe
– Ordre
– Famille
– Genre
– Espèce 32
Les Domaines et les Règnes
• Tous les organismes sont issus d’un ancêtre

commun le Progénote
• Les organismes dérivés du progénote sont
regroupés dans trois domaines ou 6 règnes
Domaines Règnes
Archaea Archaeabacteria
Eubacteria Eubacteria
Animalia
Plantae
Eukarya
Protista
Fungi
33
11
Définition d’une Espèce
• Unité de base en taxonomie qui représente un

type d’organisme spécifique
– Pour les organismes qui se reproduisent
sexuellement la définition fondamentale est la
compatibilité reproductive
• Cette définition ne peut pas être appliquée
pour plusieurs espèces microbiennes (telles
que les bactéries) puisqu’elles ne se
reproduisent pas sexuellement
34
Q. Vrai ou Faux
• Tous les microorganismes se reproduisent de

façon asexuelle?
• Tous les macroorganismes se reproduisent de
façon sexuelle?
35
Définition d’une Espèce
• Microbiologie:
– Un ensemble de souches microbiennes qui
partagent plusieurs caractéristiques et qui
diffèrent de façon significative d'autres groupes de
souches
– Les espèces sont identifiées par des comparaisons
à des « souches types » de références connues
36
12
Définition d’une Souche
• Population de microbes issue d’un individu unique
ou d’une culture pure
– Différentes souches représentent des variantes génétiques
d’une même espèce
• Biotypes: souches qui ont des différences biochimiques ou
physiologiques
• Morphotypes: souches qui possèdent des différences
morphologiques
• Sérotypes: souches qui possèdent des différences
antigéniques
• Pathotypes: variante microbienne causeuse de maladie qui
se distingue des autres membres de son espèce par sa
virulence 37
Nomenclature
• Nom scientifique – Système binomial

– Nom du genre + nom de l’espèce
• Nom du genre débute toujours avec une majuscule
• Peut-être abrégé
• Le nom du genre peut être utilisé seul
• Le nom de l’espèce n’est jamais abrégé
• Le nom de l’espèce n’est jamais utilisé seul
– ex: Bacillus subtilis
– B. subtilis
– Bacillus sp.
– Bacillus
38
Propriétés Utilisées pour la Classification
• Morphologie coloniale
• Forme et arrangement cellulaire
• Structure de la paroi cellulaire
– Coloration de Gram
• Structures cellulaires spécifiques
• Caractéristiques biochimiques/métaboliques
39
13
• Test Sérologique
– Utilise des antisérums spécifiques contre un
groupe de microorganismes
• L’antisérum contient des protéines (anticorps) qui
réagissent avec des antigènes sur l’organisme
– Avantages:
• Très spécifique
• Ne requiers pas de cultures pures
• Permets l’identification d’organismes qui ne peuvent
pas être crus en laboratoire
40
• Propriétés moléculaires
– Contenu G + C
– Hybridation d’acides nucléiques
– Séquençage d’acides nucléiques
41
Propriétés Moléculaires pour la Classification
• Contenu G + C
GC
Mol%(G  C)  100%
GCAT
– Estimation obtenue à partir de la température de
fusion de l’ADN
– Un pourcentage plus élevé de G + C donne une
température de fusion plus élevée
42
14
• Hybridation d’acides nucléiques

– Permet de déterminer quel pourcentage d’ADN
simple brin d’une espèce peut s’apparier à l’ADN
simple brin d’une différente espèce pour générer
des hybrides double brin
– Plus le pourcentage d’hybridation est élevé, plus
les espèces sont rapprochées
Hybrides
Espèce 1 Espèce 2
43
• Séquençage d’acide nucléique

– Séquences de gènes pour des enzymes spécifiques
– Séquences de génomes complets
– Séquences des gènes des ARN ribosomaux 5S et
16S
• La comparaison de ces séquences est très utilisée pour
déterminer la relation entre différents groupes
microbiens
44
Classification en Trois Domaines

Eubacteria Archaea Eucarya
Gram positives
G + C élevé
Gram positives Plantae
Faible G + C Animalia
Fungi
Meéhanogenes
Chlamydia Thermophiles Hyperthermophiles
Extrême
Spirochètes
Protéobacteria Protista
Bactéroïdes
Progénote 45
15
Domaine: Eubacteria
• Procaryote
• Groupe d’organismes le plus vaste sur terre
– Classifiés d’après leurs…
• Forme
• Besoins d’oxygène variés
• Maladies qu’ils causent
– Obtention d’énergie: Photosynthèse ou
chimiosynthèse à partir de composés organiques
46
Les Protéobacteries
• Plus grand groupe de bactéries

– Gram négatives
• Possèdent une paroi faite de peptidoglycane
• Possèdent une deuxième membrane
bilipidique externe à la paroi
• Obtiennent leur énergie par chimiosynthèse à
partir de composés organiques ou
photosynthèse
• Plus grand groupe de pathogènes
47
Les Bactéries Photosynthétiques
• Incluent les Cyanobactérie, et quelques

protéobactéries (bactéries vertes/pourpre
sulfureuses et les bactéries vertes/pourpres
non sulfureuses
• Obtiennent leur énergie par photosynthèse
– Source d’électrons inorganique
• Source de carbone inorganique
48
16
Les Bactéroïdes
• Caractéristiques semblables aux

Protéobactéries
• Ne tolèrent pas l’oxygène
• Membrane contient des sphingolipides
• Principalement mutualistes
– Bactéries prédominantes des intestins
• Pathogènes opportunistes
49
Les Bactéries Gram Positives
• Possèdent une paroi faite de peptidoglycanes

• Ne possèdent pas de membrane externe à la
paroi
• Formes principales: Sphères ou bâtonnets
• Obtiennent leur énergie par chimiosynthèse à
partir de composés organiques
• Plusieurs espèces font des spores
• Plusieurs espèces pathogènes
50
Les Bactéries Atypiques

• Chlamydia
– Paroi n’est pas à base de peptidoglycane
– Possèdent une deuxième membrane bilipidique
externe à la paroi
– Parasite intracellulaire obligatoire
– Incapable de générer de l’énergie
• Mycoplasmes
– Aucune paroi cellulaire
– Forme non définie
– Parasite intracellulaire obligatoire
– Incapable de générer de l’énergie 51
17
Les Bactéries Atypiques
• Spirochètes
– Forme de tire-bouchon
– Trop minces pour être observés par microscopie
traditionnelle
– Pathogène de la syphilis et de la maladie de Lyme
• Mycobactériums
– Classifiés parmi les bactéries Gram positives au
contenu G + C élevé
– Paroi avec acide mycoïque imperméable aux
colorants
– Pathogènes de la Tuberculose et de la Lèpre 52
Domaine Archaea
• Procaryotes, mais plus étroitement liés aux
eucaryotes
• Paroi sans peptidoglycanes
• Membrane cellulaire distincte des eubactéries
et des eukarya
• Lipides avec des liens éther plutôt qu’ester
53
Domaine Archaea - Membranes

Archaebactérie Eubactérie & Eukarya
O O O O
O O
O O
O O
O O
O O O O
Monocouche Bicouche
54
18
Domaine Archaea - Métabolisme
• Majoritairement des extrêmophiles
– Vivent dans des environnements extrêmes
• Ex. Acidophiles, halophiles, thermophile, psychrophiles
• La plupart ne requièrent pas d’oxygène
• Énergie obtenue par chimiosynthèse en
utilisant des sources d’électrons inorganiques
– Pas de glycolyse
55
Domaine Eucarya: Règne Fungi
• Unicellulaire/multicellulaire
• Paroi cellulaire
• Pas organisé en tissus
• Obtention d’énergie: Chimiosynthèse
– Moisissures, levures et champignons
• Besoin absolu d’oxygène
56
Domaine Eucarya: Règne Protista

• Organismes unicellulaires et multicellulaires
eucaryotes
• Peuvent causer des maladies
• Peuvent être des parasites
• 3 catégories
– I. Protistes semblables aux animaux
– II. Protistes semblables aux plantes
– III. Protistes semblables aux champignons
57
19
I. Protistes Semblables aux Animaux
• Protozoaires - “Premier animal”

• Ne possèdent pas de paroi
• Sont hétérotrophe
– Obtiennent leur énergie par chimiosynthèse
• Sont motiles
• Reproduction majoritairement par fission
binaire
58
I. Protistes Semblables aux Animaux
Sarcodines – Amibe
Ciliés – Paramécie
Flagellés – Euglène
Sporozoaires – Plasmodium
(Tous des parasites)
59
II. Protistes Semblables aux Plantes
• Unicellulaire et multicellulaire
• Obtiennent leur énergie par photosynthèse
• Autotrophe - Source de carbone inorganique
• Possèdent une paroi
– Diatomées
– Dinoflagellés Unicellulaire
– Algues vertes
– Algues rouges
Multicellulaire
– Algues brunes
60
20
III. Protistes Semblables aux Champignons
• Moisissures unicellulaires
• Obtiennent leur énergie par chimiosynthèse
• Hétérotrophe- Source de carbone organique
• Motiles
• Possèdent une paroi
– Ex. Mildiou
• Cause de la Grande Famine en Irlande
61
Domaine Eucarya: Règne Plantae
• Organismes eucaryotes multicellulaires

– Organisés en tissus
– Font la photosynthèse
– Cellules possèdent des parois cellulaires
– Besoin absolu d’oxygène
• Mousses, fougères, conifères, angiospermes, etc.
62
Domaine Eucarya: Règne Animalia
• Multicellulaires
• Absence de paroi
• Organisés en tissus
• Besoin absolu d’oxygène
• Obtention d’énergie: Chimiosynthèse
• Obtiennent leurs nutriments par ingestion
– Éponges, vers, insectes, rotifères, vertébrés
63
21
Historique
64
L’Origine de la Vie – Le Débat?
• 300 av. J.-C. - Aristote

– Croyance que les êtres vivants sont crée de façon
spontanée à partir de matière non vivante
– La vie n’est pas nécessaire à la création de la vie
– Inondation des terres au printemps résulte dans des
mares d’eaux qui génèrent des grenouilles
– Les viandes laissées à l’extérieur pourrissent et génèrent
des mouches
– Récoltes de grains entreposés sous des conditions
humides pourrissent et génèrent des souris
– Cette croyance demeure incontestée pour plus de 2000
ans
65
Hypothèse sur l’Origine de la Vie
• Aucune matière ne peut être créée ou

détruite
• Tout ce qui existe est le résultat de
transformations
• La vie survient de façon spontanée par la
transformation d’ingrédients appropriés
– La génération spontanée
66
22
17e Siècle - Jan Baptista Van Helmont
• Recette
– Contenant ouvert avec sous vêtements souillés +
blé
– Après 21 jours l’odeur change et le ferment
provenant des sous-vêtements réagit avec le blé le
transformant en souris adultes
• Des souris des deux sexes sont créées
• Les souris adultes peuvent se reproduire entre elles
67
Conclusion
• Le blé + le ferment des sous-vêtements

souillés créent des souris
– La vie peut être créée à partir de matières inertes
• La vie créée de façon spontanée peut aussi
propager la vie
68
17e Siècle- Francesco Redi
• Premier à contester l’hypothèse de la

génération spontanée
– Question de Redi: d’où proviennent les asticots?
– Hypothèse: les asticots proviennent des mouches
– Expérience:
Temps
69
23
17e Siècle- A. Van Leeuwenhoek
• L’utilisation du microscope lui a permis de voir

de la vie invisible à l’œil nu
– Les animalcules
• Premier à observer des microorganismes au
microscope
– Premier à décrire des bactéries et des protozoaires
70
18e Siècle; Controverse : Needham Vs. Spallanzani
• La question: Quelle est la cause de l’apparition

d’organismes vivants dans un bouillon?
– Hypothèse de Needham: Génération spontanée
– Hypothèse de Spallanzani: Les microbes
proviennent de l’air. Bouillir le bouillon les tuera
71
Controverse : Needham Vs. Spallanzani
• Expérience
Composés essentiels à la génération

spontanée sont détruits par la chaleur!? 72
24
19e Siècle- Louis Pasteur
• Nouvelle théorie : Théorie germinale

– Observation
• Le traitement du lait avec de la chaleur prévient le lait
de devenir aigre
• Le traitement à la chaleur prévient la fermentation du
vin
– Pasteurisation
– Hypothèse
• Les microorganismes dans l’air tombent et croissent
s’ils trouvent un milieu approprié tel que de la
nourriture
73
L. Pasteur-Méthode Expérimentale
Les microorganismes Les microorganismes ne
peuvent atteindre le milieu peuvent pas se rendre
au milieu
L’entrée d’air n’est

pas restreinte
74
Longue période
de temps
Poussière
La poussière et les
microorganismes sont piégés
Bouillir bouillon de culture dans le cou; n’atteignent pas
dans un flacon avec cou le bouillon
de cygne ouvert à l’air ambiant Aucune croissance microbienne
75
25
Courte période
de temps
Pencher flacon pour Croissance rapide des

que le bouillon entre en microorganismes
contact avec la poussière
76
18 -19e Siècle - Les Maladies
• Il est généralement accepté qu’il existe un lien

entre la saleté et les maladies
• Croyance : il y a des mauvaises graines dans
l’air appelé miasmes
• Les miasmes qui causent les maladies ont une
mauvaise odeur
77
Lister –Père de l’Antisepsie

• Observation:
– Remarque une incidence élevée d’infections des
plaies suite aux chirurgies
• Propose que les microorganismes provenant de l’air
ambiant sont responsables des infections
• Lister utilise l’acide carbolique, utilisé pour
désodoriser les égouts, pour traiter les
instruments, les plaies et les pansements
– Observe une réduction marquée dans l’incidence
de la gangrène
• Cela à mener à l’application de chirurgies stériles 78
26
Pasteur - Théorie Germinale (suite)
• Si les germes peuvent rendre le vin et la bière

mauvais, alors la même chose peut survenir
chez les animaux et les humains
– Les germes causent les maladies
• L’industrie française de la soie demande à
Pasteur de trouver la cause du taux élevé de
mortalité chez les vers de soie
– Pasteur détermine que des germes sont
responsables, mais n’a jamais démontré que les
germes causent des maladies chez les humains 79
19e Siècle - Robert Koch
• Observation:
– Des amas de bactéries (colonies) de différentes
grosseurs, couleurs, et formes croissent sur les
tranches de patates à l’air ambiant
Colonies
80
• Conclusion:
– Les colonies sont des cultures pures
originaires de cellules uniques de différentes
bactéries puisqu’une colonie étalée de façon
répétée génère des colonies identiques
81
27
Koch (suite)
• Problème :
– Plusieurs bactéries sont incapables de croître sur
les patates!
• Solution :
– Utilise la gélatine comme agent de solidification
– Créa différents milieux solides à partir de liquides
tels que le sang
82 82
Koch (suite)
• Désavantages de la gélatine
– Elle est digérée par plusieurs microorganismes
– Est liquide à des températures au-dessus de 28oC
• Solution – L’Agar
– Polysaccharide dérivé d’une algue
– Demeure solide à >37oC
– Fond à 100oC
– N’est pas digéré par la majorité des bactéries
83
19e Siècle- Robert Koch

• Étudie la maladie de l’anthrax qui tue le bétail
• Fait croître la bactérie à partir du sang
d’animaux malades en culture pure
– Bacillus anthracis
• Observations:
– Le sang d’animaux malades transmet la maladie
– Le microorganisme se retrouve seulement chez les
animaux malades
– Le microorganisme crû en laboratoire transmet la
maladie aux animaux sains
84
28
Robert Koch
• Démontre un lien direct entre des germes
spécifiques et une maladie précise:
– 1875 – Identifie le germe responsable de l’anthrax
– 1882 – Découvre le germe responsable de la
tuberculose (TB)
– 1883 – Découvre le germe responsable du choléra
85
Robert Koch (suite)
• Conclusion: Les microorganismes sont

responsables des maladies
– Les pathogènes
• Ces résultats mènent Robert Koch à élaborer
des lignes directrices pour l’association d’un
microorganisme à une maladie
– Les postulats de Koch
86
Postulats de Koch
• Le microorganisme doit être présent dans tous
les cas de maladie, mais absent des organismes
sains
• Le microorganisme suspect doit être isolé et
cultivé en culture pure
• La maladie doit se développer quand le
microorganisme isolé est inoculé dans un hôte
sain
• Le même microorganisme doit être isolé à
nouveau de l’hôte malade
87
29
Limites des Postulats de Koch
• Ces postulats peuvent-ils être appliqués à tous

les microorganismes causeurs de maladie?
– Pas tous les microbes peuvent être crûs en
cultures pures
• Ex. Virus
– Pas tous les microbes peuvent être crus en labo
– La même maladie peut être causée par différents
microbes
– Certaines maladies sont causées par une
combinaison de microbes
88
Limites des Postulats de Koch (suite)

– Les microbes pathogènes peuvent se retrouver
dans des individus sains
• Ex. État de porteur
– La maladie (les symptômes) peut survenir après la
disparition du microorganisme
• Ex. Réponse immunitaire-maladie auto-immune
– Un hôte compatible n’est pas toujours disponible
• Ex. VIH
– Dilemme éthique
89
Postulats Modifiés pour les Virus

• Le virus doit être isolé de l’hôte malade
• Le virus doit être cultivé dans des cellules de
l’hôte
• Le pouvoir pathogène du virus doit pouvoir être
éliminé par une filtration
• Le virus doit causer une maladie avec des
symptômes semblables à l’original quand il est
inoculé dans un hôte compatible
• Une réponse immunitaire contre le virus doit être
induite suite à l’infection
90
30
Postulats modernes – Moléculaire
• Fredricks et Relman (1996):

– Une séquence nucléique qui appartient au
pathogène putatif devrait être présent dans la
plupart des cas de maladie infectieuse et
préférentiellement dans les organes ou sites atteints
– Un plus faible nombre ou aucune copie de la
séquence associée au pathogène devraient se trouver
dans l’hôte ou les tissus qui ne sont pas atteints
– Le nombre de copies de la séquence associé au
pathogène devrait diminuer avec la guérison
91
Postulats modernes – Moléculaire

– La détection de la séquence précède la maladie ou
le nombre de copies est corrélé à la sévérité de la
maladie
– La nature du microorganisme inférée à partir de la
séquence devrait être en accord avec les
caractéristiques biologiques connue de ce groupe
de microorganismes
– La cause microbienne fondée sur les évidences à
base des séquences doit être reproductible
92
20e Siècle- Les Agents Antimicrobiens
• Le Dr. Gerhard Domagk découvre que le

colorant Prontosil est efficace contre un large
éventail de bactéries
– La portion sulfanilamide du Prontosil est
responsable de l’action antimicrobienne
93
31
20e Siècle- Les Agents Antimicrobiens (Suite)
• Alexander Fleming découvre un produit

naturel d’un champignon qui tue les bactéries
• La Pénicilline
Croissance bactérienne
Croissance inhibée
Colonie de Penicillium
94
La Virologie – Les Virus

• 19e siècle
– Charles Chamberland invente un filtre dont les
pores sont plus petits que les bactéries
– Demitri Ivanowsky démontre qu’un extrait d’une
plante infectée est toujours infectieux après une
filtration avec le filtre de Chamberland
• Conclut que l’agent est une toxine bactérienne
– Martinus Beijerinck (Père de la virologie)
démontre que l’agent de Chamberland peut
seulement se reproduire dans des cellules
• Appelle l’agent “contagium vivum fluidum” ou
contagion vivante 95
L’Immunologie
• Une jeune laitière informe le médecin Edward

Jenner qu'elle ne pouvait pas obtenir la
variole parce qu'elle avait déjà été malade à
partir du virus bovin
• 1796: Edward Jenner inocule une personne
avec le virus de la vaccine bovine
– La personne a été protégée contre la variole
• Puisque le virus s’appelle Vaccinia, il nomme la
méthode - vaccination
– La protection est appelée immunité
96
32
La Microscopie
Les Colorations
97
Les Colorants
• Basique : Chargés positivement
– Interagissent avec les groupements négatifs
• Ex. Membranes plasmiques
• Acide : Chargés négativement

– Interagissent avec les groupements positifs
• Ex. Le verre
98
Colorations Positives
• Coloration du spécimen
99
33
Colorations Négatives
• Coloration de l’environnement de fond
A. Grand bacille
B. Petit bacille
100
Méthode
• Coloration simple:
– Un seul agent de coloration
– Colorant basique ou acide
– Coloration positive ou négative
– Permets de déterminer la taille, la forme, et
l’arrangement des cellules
101
Les Formes Cellulaires
• Coccus:
– Sphères
– Division sur 1,2 ou 3 plans
– Nombre de plans de division donnent différents
arrangements
– Arrangements typiques de différents genres
bactériens
102
34
Les Cocci (Coccus)
Plans de division Arrangements
Diplococcus
(2)
Streptococcus
(4-20)
Tétrade
(4)
Staphylococcus
(4-50)
103
Les Formes Cellulaires (suite)
• Bacilles :
– Bâtonnets
– Division sur seulement 1 plan
– Arrangements typiques de différents genres
bactériens
104
Les Bacilles
Plans de division Arrangements

Bacille
(1)
Diplobacille
(2)
Streptobacille
(4 -12)
105
35
Autres Formes Cellulaires
Bâtonnets incurvés
Typique des Vibrio
Spirales
Typique des Spirochètes 106
Coloration Différentielle - Coloration de Gram
• Divise les bactéries en deux groupes en

fonction de la composition de la paroi
cellulaire
• Gram Négatives & Gram Positives
Rouge Mauve
107
Coloration de Gram - Principe
• Utilise une combinaison de deux colorants

– Coloration primaire - Cristal violet
• Mauve
– Coloration secondaire – Safranine
• Rouge
• Gram positif
– La paroi permet de piéger le 1er colorant
• Gram négatif
– La paroi ne permet pas de piéger le 1er colorant
108
36
Paroi Cellulaire
109
Méthode - Coloration Primaire
1. Coloration avec le cristal violet +

2. Ajout d’iode de Gram (Mordant)
+ + + + + + + + + + + + + +
Paroi: peptidoglycane LPS

Membrane plasmique --------------- ---------------
Gram positif Gram négatif
110
Méthode - Étape Différentielle
3. Lavage à alcool
Paroi est déshydratée et moins perméable Couche LPS est dissoute

– Complexe colorant + iode est piégé Paroi est déshydratée, mais perméable
– Complexe n’est pas piégé

Membrane plasmique - -+ - -+ - +- - +- - +- - +- -+- - - -+ - -+ - +- - +- - +- - +- - +- -
Gram positif Gram Négatif
111
37
Méthode - Contre Coloration
4. Coloration avec la Safranine +
+ + + + + + + + + + + + + +

Membrane plasmique - -+ - -+ - +- - +- - +- - +- -+- - ---------------
Gram positif Gram Négatif
112
Sommaire
Fixation
Coloration primaire
Violet de cristal
Lavage
Décoloration
Contre coloration
Safranine
113
Gram Positif
• Colorées Mauves
– G + C faible
• Bacille ou bâtonnet
– Sporulants: Genres Bacillus et Clostridium
– Non sporulants: Lactobacillus et Listeria
• Coccus ou sphère
– Genres Streptococcus, Staphylococcus et Micrococcus
– G + C élevé
• Bacille ou bâtonnet
– Genre Mycobactérium
114
38
Gram Négatif
• Colorées Rouges
– Protéobactéries, Bactéroïdes, Chlamydia,
Spirochètes, Cyanobactéries, bactéries
vertes/pourpre sulfureuses, etc.
– Majoritairement des bacilles
– Quelques genres sont des cocci:
• Genres Neisseria, Moraxella, & Acinetobacter
115
Coloration alcoolo-acido résistante
• Coloration diagnostique de
Mycobactérium
– Pathogènes de la Tuberculose
et de la Lèpre
– Paroi cellulaire avec acide
mycoïque
116
Méthode
• Principe:
– Contenu élevé de composés similaires aux cires
dans la paroi cellulaire, acide mycoïque, rend ces
bactéries très imperméables aux colorants
117
39
Méthode (Suite)
• La paroi est rendue perméable par la chaleur

• Coloration avec de la fuchsine basique
– Refroidissement retourne la paroi à son état
imperméable
• Colorant est piégé
• Lavage avec de l’alcool acide
– Étape différentielle
• Mycobactéries retiennent le colorant
• Autres bactéries perdent le colorant
118
Coloration de Spores
• Spores:
– Cellule bactérienne différentiée
– Résistante à la chaleur, la déshydratation, les
ultraviolets, et différents traitements chimiques
– Typique des bacilles Gram positifs
• Genres Bacillus et Clostridium
– Conditions défavorables induisent la sporogénèse
• Différenciation de cellule végétative à l’endospore
119
Coloration au Vert de Malachite

Sporangium Spores
Cellules végétatives Endospore
• Perméabilisation des spores par la chaleur

• Coloration primaire au vert de malachite
• Lavage
• Contre coloration à la safranine
120
40
Colorations Fluorescentes
• Utilise la lumière UV
• Substance fluorescente
absorbe la lumière UV et
émet de la lumière visible
– Colorants fluorescents
• Colorants vitaux
• Colorants métaboliques
– Anticorps conjugué
• Immunofluorescence
121
Colorants Fluorescents – Coloration Vitale

• Combinaison de 2 colorants
– Vert de SYTOX
• Colorant vert Mortes Vivantes
• Coloration de l’ADN
• Colore seulement les cellules mortes
– Cellules vivantes – la membrane est
imperméable au colorant
– Cellules mortes – membranes
endommagées sont perméables au
colorant
– DAPI
• Colorant bleu
• Coloration de l’ADN
• Colore les cellules mortes ou vivantes
122
Colorants Fluorescents – Coloration Métabolique

• CTC
– Colore seulement les cellules qui font la respiration
• Colorant est réduit par le succinate déshydrogénase à un
produit rouge fluorescent
Métabolisme
actif Inactif
123
41
Immunofluorescence
• Utilise un anticorps qui reconnaît une

caractéristique spécifique à la surface du
microorganisme
• L’anticorps est conjugué à un fluorochrome
• Le fluorochrome émet de la lumière visible
quand il est excité par les UV
• Permet la discrimination de différentes
bactéries
124
Anatomie Bactérienne
125
Dimensions
• 1-4m
– Rapport élevé de la superficie par rapport au
volume
• Favorise la diffusion et l’absorption
– Prise de nutriments et élimination de déchets
– Croissance rapide
– Densité cellulaire élevée
126
42
Membrane Plasmique
• Propriétés et Fonctions
– Recouvre toute la cellule
• Approx. 8nm d’épaisseur
– Sépare l’extérieur de l’intérieur
– Barrière sélective
– Permet la concentration de certains composés
– Permets l’excrétion des déchets
– Lieu de plusieurs processus métaboliques
• ex. Respiration
– Lieu de génération d’ATP
127
The Lipid Bilayer
128
Membrane Plasmique
• Frontière de Perméabilité
– Maintien l’environnement cellulaire interne:
• Hypertonique
– Problème:
• Comment la cellule obtient-elle des nutriments?
129
43
Perméabilité de la Membrane
• Substance Taux de prise

• Eau 100
• Glycérol 0.1
• Tryptophane 0.001
• Glucose 0.001
• Ion de chlorure 0.000001
• Ion de sodium 0.0000001
130
Passage Passif
• Passage de molécules au travers de la membrane sans
investissement d’énergie
• Taux de passage est une fonction du gradient de
concentration
• Ne peut pas opérer contre un gradient de
concentration
• Ne peut pas créer un gradient de concentration
• Deux types:
– Diffusion passive
• Indépendant d’un transporteur
– Dépendant de la perméabilité membranaire
– Diffusion facilitée
• Dépendant d’un transporteur
– Indépendant de la perméabilité membranaire
131
Diffusion Passive
132
44
Cinétique de la Diffusion Passive
Concentration interne de glucose

Taux de prise du glucose (v)
Concentration externe de glucose
Concentration externe de glucose Temps
133
Cinétique de la Diffusion Facilitée

Taux de saturation vmax Concentration externe de glucose
1/2 vmax= Km

Km: représente l’affinité du transporteur pour le substrat
* Le plus faible le Km le plus élevé est l’affinité 134
Transport - Actif
• Passage de molécules au travers de la membrane

qui dépend sur un investissement d’énergie
– ATP ou gradient de protons
• Passage dépend d’un transporteur
• Taux de passage n’est pas une fonction du
gradient de concentration
• Peut opérer contre un gradient de concentration
• Peut créer un gradient de concentration
135
45
Cinétique du Transport Actif

Taux de saturation vmax Concentration externe de glucose
1/2 vmax= Km

Km: représente l’affinité du transporteur pour le substrat
* Le plus faible le Km le plus élevé est l’affinité 136
Transport – Translocation de Groupe

• Passage et conversion de molécules au travers
de la membrane avec investissement
d’énergie
• Passage est dépendent d’un transporteur
• Indépendant d’un gradient
• Peut créer un gradient
137
Les Transporteurs
• Protéines amphipathiques
• Protéines transmembranaires (Intégrale)
– Porines
– Uniporteur
– Symporteur
– Antiporteur
• Utilisés pour le transport…
– Facilité
– Actif
– Translocation de groupe
138
46
Porines
• Structures dans la membrane
externe des bactéries Gram-
négatives
• Diffusion facilitée de composés
de faibles poids moléculaires
• Canaux pour petites molécules
hydrophiles
• Trimères protéiques
• Semi-sélectives
– Taille
– Propriétés ioniques
139
Les UNIporteurs
• Sélectif
• Utilisé pour diffusion facilitée ou transport actif
140
Les SYMporteurs
• Sélectif
141
47
Les ANTIporteurs
• Sélectif
142
Sommaire
Propriétés D. P. D. F. T. Actif Transloc.
Transporteur - + + +
Travail contre
Non Non Oui Oui
gradient
Spécificité Non Oui Oui Oui
Dépense d’énergie Non Non Oui Oui

En fonction de la
Oui Non Non Non
perméabilité
Transformation Non Non Non Oui
143
Structures Externes à la Membrane

Cytoplasme
ADN
Capsule
Paroi
Membrane Flagelle
Ribosomes
Fimbriae
144
48
Paroi Cellulaire
• Fonctions:
– Résister à la pression osmotique causée par
l’entrée d’eau
• Osmose (Diffusion passive de l’eau)
– Confère la forme cellulaire
Normale Lyse Ratatiné
Flaccide Turgide Ratatiné

145
Sommaire des Parois

Porine
Lipide A
LPS
Porine
Acide Mycoïque
Peptidoglycane Peptidoglycane Peptidoglycane

Periplasme
Membrane plasmique Membrane plasmique Membrane plasmique
Gram Positif Gram Négatif Alcoolo acido-résistant
146
La Paroi - Unité de Peptidoglycane
NH
Ala
Glu
Ala 147
49
La Paroi - Couches Multiples de Polymères
de Peptidoglycanes
• Gram négatifs
– 1-2 couches
• Gram positifs
– 10-30 couches
148
Pontages entre les Polymères de

Peptidoglycanes chez les Gram -
Acide N-acétyl N-acétyl
muramique glucosamine
ala
ala
glu
DAP
DAP
glu
ala
ala
N-acétyl Acide N-acetyl

glucosamine muramique
149
Pontages entre les Polymères de

Peptidoglycanes chez les Gram +
Acide N-acetyl N-acetyl
muramique glucosamine
ala
ala
glu
gly lys
lys gly
gly glu
ala gly
gly
ala
N-acetyl Acide N-acetyl

glucosamine muramique
150
50
Assemblage de la Paroi
• Clivage par autolysine

• Sous unités préformées ajoutées
• Pontages créés (transpeptidation)
151
Parois des Bactéries Gram – et +

O-Polysaccharides
Acide techoïque
Lipopolysaccharides
Porines
Lipide A
Phospholipides
Couche épaisse
Mince couche de de peptidoglycanes
peptidoglycanes
Espace
périplasmique
Membrane plasmique Membrane plasmique
Bicouche lipidique Bicouche lipidique
152
Composés qui Agissent sur la Paroi

Les Bêta-Lactamines: inhibent la transpeptidation
Croissance Croissance
sans pénicilline avec pénicilline
Les ß-lactamines agissent seulement sur

les bactéries en croissance active
153
51
Composés qui Agissent sur la Paroi
• Le Lysozyme
– Clive les liens ß-1-4 entre la N-glucosamine et
l’acide acétyle-muramique
– Mode d’action semblable aux autolysines
– Agit sur les bactéries en croissance ou en absence
de croissance
154
Couche LPS
• Caractéristiques :
– Membrane externe seulement chez bactéries
Gram négatives
– Lipopolysaccharides impliqués dans le pouvoir
pathogène
• Lipide A
– Imperméable aux grosses protéines,
polysaccharides et H+
155
Glycocalyx
• Couche de polysaccharides ou polypeptidique qui
entoure la cellule
– Aussi appelée polysaccharide extracellulaire (PSE)
• Faite à l’intérieur de la cellule puis sécrété
• Deux types:
1. Couche visqueuse
– Faiblement organisée et attachée
2. Capsule
– Hautement organisée et fermement attachée
• Fonctions:
• Protège contre l’assèchement
• Protège contre la phagocytose
• Permet l’adhésion
• Résistance à l’environnement
156
52
Glycocalyx - Capsule
• PSE fermement attachée à la
paroi cellulaire
• Permet l’adhésion aux surfaces
• Protection contre la phagocytose
– Facteur de virulence
157
Glycocalyx - Couche Visqueuse

• PSE fixé de façon lâche à la paroi
cellulaire
• Matrice des biofilms
• Permet l’adhésion aux surfaces
• Protection contre la phagocytose
– Facteur de virulence
– Protection contre les conditions
environnementales
• Assèchement
• Antibiotiques
158
Fimbriae
• Minces fibres creuses

• Composées de sous-unités protéiques
• Permettent l’adhésion
• Associées au pouvoir pathogène
159
53
Pouvoir Pathogène des Fimbriaes
160
Motilité Bactérienne
• Glissement
– Petites particules de protéines rotatives
(roulement à billes) ou sécrétion de surfactants
• Nage
– Flagelles
• Longs appendices rigides et minces composés d’un
polymère d’une protéine; la flagélline
161
Structure du Flagelle
Filament Filament
Crochet
Membrane externe
Peptidoglycane
Peptidoglycane
Espace périplasmique
Membrane plasmique Membrane plasmique

Anneaux d’ancrage
Flagelle de Gram positif Flagelle de Gram négatif
162
54
Motilité Bactérienne (Suite)
• Vésicules gazeuses-Appareil de flottaison

– Petites structures cylindriques creuses et rigides
composées de deux protéines
– Imperméables à l’eau
– Perméables aux gaz atmosphériques
– Retrouvées chez les bactéries aquatiques
– ex. Cyanobactérie
163
Motilité Bactérienne (Suite)
• Magnétosomes-Bactéries Magnétotactiques
– Chaînes de particules magnétites
• Fe3O4
– Chaque particule représente un aimant miniature
– Permettent de s’orienter vers les pôles
164
Anatomie des Cellules Eucaryotes
165
55
Paroi Cellulaire
• Présente chez plusieurs microorganismes

eucaryotes
Levure Champignons Algues Diatomées
• Présente chez quelques macroorganismes

• Composés de divers polysaccharides, tels que
la cellulose, la chitine et les glucans
166
Membrane Plasmique
• Même architecture que celle des procaryotes

– Bicouche lipidique
• Problème- Rapport surface/volume plus petit
– Passage moins efficace
– Solution - Contient des stérols
• Cholestérol
• Augmente la fluidité et la perméabilité aux composés
non polaire
167
Cytosquelette
• Réseau interne protéique de microfilaments,

filaments intermédiaires et microtubules
– Confère la forme cellulaire
– Permet la création de compartiments
– Utilisé pour le transport interne
– Permet la motilité
168
56
Motilité Eucaryote
• Flagelles et Cils
– Cylindres flexibles
– Composés de tubuline
• Extension du cytosquelette
• Recouverts de la membrane
plasmique
169
Organites Eucaryotes
• Architecture:
– Compartiments enveloppés de bicouches
lipidiques
Mitochondrie/Chloroplaste Synthèse d’ATP
Noyau Génome
Appareil de Golgi Transport-Export
Réticulum endoplasmique Synthèse de protéines
Lysosome Digestion
170
La Nutrition
Macronutriments requis pour la biosynthèse:
C,H,N,O,P,S 171
57
Le Carbone
• Requis pour la synthèse de tous les organiques
– Glucides
– Lipides
– Protéines
• Sources
– Organiques
• Monosaccharides, disaccharides, polysaccharides,
protéines, lipides, acides nucléiques, phénols, etc.
– Inorganiques
• CO2 et CO
172
Le Phosphore
• Requis pour la synthèse des :

– Phospholipides
– ATP
• Sources:
– Organiques et inorganiques
• La forme inorganique est la plus utilisée
173
L’Azote
• Requis pour la synthèse des:

– Acides aminés
– Le peptidoglycane
• Sources:
– Organiques: acides aminés
– Inorganiques: NH3, NO3 & N2
174
58
Le Soufre
• Requis pour la synthèse des:

– Acides aminés (Cystéine/Méthionine)
– Vitamines (thiamine et biotine)
• Sources:
– Organiques: acides aminés
• Cystéine et méthionine
– Inorganiques:
• S, SO4
175
L’Hydrogène et l’Oxygène
• Requis pour la synthèse de tous les organiques!!
– Glucides
– Lipides
– Protéines
• Sources:
– Organiques:
• Tout composé organique
– Inorganiques:
• H2 (Méthanogènes seulement)
• H2O (Principalement les autotrophes)
176
Classification Nutritionnelle
• Source de Carbone
– Hétérotrophes :
• Molécules organiques préformées
– Autotrophes:
• Molécules inorganiques
– CO2 et CO
177
59
Classification Nutritionnelle (Suite)
• Sources d’énergie
– Phototrophes:
• Lumière
– Chimiotrophes:
• Oxydation de composés organiques et inorganiques
• Sources d’e-
– Organotrophes:
• Molécules organiques réduites
– Lithotrophes:
• Molécules inorganiques réduites
178
Types Nutritionnels
• Nomenclature:
– Source de Carbone-d’Énergie-d’Électrons
• Ex. Autotrophes photolithotrophes
• Hétérotrophes photoorganotrophes
• Autotrophes chimiolithotrophes
• Hétérotrophes chimioorganotrophes
179
Besoin de nutriments
• Prototrophes vs. Auxotrophes

– Prototrophe
• Une espèce ou une souche d’un microbe capable de
croître dans un milieu minimal qui inclut une source
organique ou inorganique de carbone et des sources
inorganiques de tous les autres nutriments
– Auxotrophe
• Une espèce ou une souche d’un microbe qui requière
un ou plusieurs nutriments organiques (tels qu’acides
aminés, nucléotides, vitamines, etc.) pour la croissance
60
Production d’Énergie
• L’obtention d’énergie dépend des réactions

d’oxydoréductions
A donne des électrons à B (ou réduit B)
e-
A e- A
e-
B B e-
B accepte des électrons d’A (ou oxyde A)
181
Potentiel de réduction ou potentiel redox
• Mesure de la tendance (volonté) d’un

composé chimique d’accepter des électrons et
donc d’être réduit
– Unité de mesure : Eo (volts)
• Le plus négatif est Eo le plus faible le potentiel
d’oxydation
– Plus grande tendance de donner plutôt que d’accepter des
électrons
• Le plus positif est Eo le plus élevé le potentiel
d’oxydation
– Plus grande tendance d’accepter plutôt que de donner des
électrons 182
Redox Vs Énergie
A
Eo: -0.5
↑Eo = ↑Énergie = ↑d’ATP
ΔEo
B
Eo: +0.5
AH + B → A + BH : ΔEo= -1.0 ; Énergie produite

A + BH → AH + B : ΔEo= +1.0 ; Énergie investie
183
61
Production d’Énergie (suite)
• Oxydatif-Respiration
– Aérobie
• O2 utilisé comme capteur final d’e-
– Anaérobie
• Capteur final d’e- inorganique autre que O2 utilisé
• Fermentation
– Capteur final d’e- organique utilisé
184
Métabolismes Énergétique Microbiens
• Sentiers glycolytiques
• Respiration
• Fermentation
• Chiomolithotrophie
• Photosynthèse
185
Sentiers Glycolytiques
• Glycolyse:
– Plus commun des sentiers glycolytiques
– Oxydation partielle du glucose au pyruvate
– Production nette de 2 ATP
– 2 NAD sont réduits au NADH
Chacune de ces étapes

procède deux fois pour
chaque molécule de glucose
186
62
Respiration
• Caractéristiques
– Pyruvate est complètement oxydé au CO2
– NADH est oxydé au NAD
• Essentielle pour continuer l’opération des sentiers
glycolytiques
– Utilise un accepteur d’électron inorganique
• Respiration aérobique: Capteur final d’e- O2
• Respiration anaérobique : Substance inorganique autre
qu’O2 utilisée en tant que capteur final
– Ex. nitrate, nitrite, sulfate
– ATP additionnels sont faites
Respiration-Cycle de Krebs
• Sommaire/1 molécule de pyruvate:
– Équivalences d’énergie
• 1 ATP
– Équivalences de réduction
• 4 NADH
• 1 FADH 4C
– Composés d’un carbone

• 3 CO2
– Intermédiaires biosynthétiques de 4C
• α-kétoglutarate
• Succinate
• Oxaloacétate
188
Respiration: Chaîne de Transport d’Électrons
• Respiration aérobie:
– Capteur final d’e-: O2
– 3 ATP/NADH
– 2ATP/FADH
• Respiration anaérobie:
– Capteur final d’e- autre
que O2
• NO3, NO2, SO4, etc.
189
63
Fermentation
– Pyruvate est réduit à des acides organiques ou
alcool
– Capteur final d’e- est organique
– NADH est oxydé au NAD:
• Essentielle pour continuer l’opération des sentiers
glycolytiques
– O2 n’est pas requis
– Aucun ATP additionnel de faits
– Des gaz (CO2 et/ou H2) peuvent être relâchés
Fermentation - Lactique
• Capteur d’électron organique - Pyruvate

• Régénération de NAD +
191
Fermentation - Éthanolique
• Capteur d’électron organique - Acétaldéhyde

• Régénération de NAD +
192
64
Chimiolithotrophie
– Utilise un donneur d’e- inorganique réduit
• Ex. Nitrite, soufre, hydrogène
– Les e- sont passés au travers d’un sentier de
transport d’électrons
• Couplé à la synthèse d’ATP et NADH
– Les e- sont utilisés pour réduire un capteur final d’e-
• O2 → H2O ou CO2 → Méthane
– ATP et NADH sont utilisés pour convertir le CO2 à des
sucres
• Cycle de Calvin - autotrophes
Chemolithotrophie – CTE
- 0.5 Potentiel Rédox: Eo (V) + 0.8
Donneur inorganique d’e- (ex. Fe+2)

NAD+ Transport d’e-
NADH Production d’énergie
NADH 2e- 2e- 2e-
dehydrogenase Ubiquinone Cytochrome Cytochrome
Transport d’e- inverse H2O

Apport d’énergie requis 2H+ + ½ O2
168
Photosynthèse
• Caractéristiques:
– Donneur d’e- réduit un pigment photosynthétique
– L’énergie lumineuse rend le potentiel redox du
pigment photosynthétique réduit plus négatif
– Les e- sont passés au travers d’un sentier de
transport d’électrons
• Couplé à la synthèse d’ATP
– Les e- sont utilisé pour réduire un capteur final d’e-
– ATP est utilisés pour convertir le CO2 à des sucres
• Cycle de Calvin - autotrophes
195
65
Photosynthèse – 2 Types
• Anoxygénique - Cyclique
– Donneur d’e-: Organique ou inorganique (H2S, S ou H2)
– Capteur final d’e- : Pigment photosynthétique oxydé
• Oxygénique- Non-cyclique
– Donneur d’e-: H2O
• H2O + Pigox → ½ O2 + Pigred
– Capteur final d’e- : NAD ou NADP
196
Photosynthèse Anoxygénique
-1.0
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
Cyt
+0.0
Cyt
e e
Donneur d’e-
+0.25 H2S, S, H2
e e
Pigment
capteur P870
oxydé
+0.5 197
-1.0 e e
P870
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
Cyt
+0.0
Cyt
+0.25
+0.5 198
66
-1.0
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
Cyt
+0.0 e e
Cyt
+0.25
P870
+0.5 199
-1.0 P870
-0.5
Bch
-0.25
Cyt
EoV
+0.0 Cyt
+0.25 Cyt Donneur d’e-

H2S, S, H2
P870
+0.5 200
Photosynthèse Oxygénique
-1.0 P700
-0.5 ch
P680
-0.25 ch Cyt
EoV
Cyt Cyt
+0.0
Cyt P700 NADP
+0.25 ou
H2O NAD
P680
+0.5 1/2 O2+ 2H 201
67
Comparaison des Photosynthèses
Non cyclique Cyclique
Caractéristiques Bactéries Bactéries

Cyanobactérie vertes/pourpre vertes/pourpre
sulfureuses non sulfureuses
Composés de
Donneur d’e- H 2O Organique ou H2
soufre
Production d’O2 Oui Non Non
Pigment Pigment
Capteur d’e- NAD ou NADP
Photosynthétique Photosynthétique
Environnement Aérobie Anaérobie Anaérobie
202
Les Milieux de Culture
203
La Complexité Nutritionnelle
• La complexité nutritionnelle est une fonction

de la capacité biosynthétique
• Plus élevée est la capacité biosynthétique le

plus faible sont les besoins nutritionnels
204
68
Milieux Complexes
• À base d’ingrédients complexes et riches

– Ex. Extraits de protéines de soja
– Extraits de protéines de lait
– Produits sanguins
– Jus de tomate, etc.
• Composition chimique exacte inconnue
• Peuvent être sélectifs et/ou différentiels
205
Milieux de Composition Définie
• Composition chimique connue

– Peut contenir jusqu’à 80 ingrédients différents
– Peut être très simple
– Permet la croissance d’un nombre restreint de
microorganismes
– La composition est très variable en fonction du
microorganisme
• Peuvent être sélectifs et/ou différentiels
206
Milieux Sélectifs
• Contiennent des composés qui inhibent ou

tuent les organismes non désirés
– Ex. Milieu contenant de la pénicilline permet
seulement la croissance des microorganismes
résistants à la pénicilline
207
69
Milieux Différentielles
• Permettent de distinguer différentes espèces
• Contiennent souvent des indicateurs de pH
– Permettent de distinguer différents métabolismes
Production d’alcalins
change le milieu au Production d’acide
rouge change le milieu au
jaune
208
Paramètres Environnementaux
• Exigences d’oxygène
• pH
• Température
• Concentration de solutés/Disponibilité d’eau
209
Exigence d’Oxygène
• Aérobie:
– Besoin absolu d’oxygène pour survivre
– L’oxygène est utilisé comme capteur final
d’électron
– L’oxygène est utilisé par les bactéries qui utilisent
un métabolisme d’oxydation ou de respiration
aérobie
• Microaérophilie:
– Besoin absolu d’oxygène à de faibles
concentrations
– Concentrations élevées sont nocives
210
70
Exigence en Oxygène (Suite)
• Anaérobie/Aérotolérant:
– L’oxygène est toléré, mais n’est pas requis
• Anaérobies facultatives:
– Besoin d’oxygène facultatif
– Peuvent choisir d’utiliser l’oxygène ou non
– Possèdent un métabolisme oxygène-dépendant et un
métabolisme oxygène-indépendant
• Anaérobies stricts ou obligatoires:
– L’oxygène n’est pas utilisé ni toléré; ne peuvent pas
survivre en présence d’oxygène
211
La Température
• Les microorganismes sont poikilothermique
– Ne contrôlent pas leur température
• Différentes espèces ont différents optimums
212
pH
213
71
Contrôle du pH
• Perméabilité sélective de la membrane

• Antiporteurs K+/H+ ou Na+/H+
• Tampons protéiques
• Chaperons
• Excrétion de déchets acides ou alcalins
214
Activité de l’Eau (aw)

• Mesure de la disponibilité d’eau
– aw : 1% de l’humidité relative
Extérieur Intérieur Eau
Soluté
aw (Externe)  aw (Interne)
Pourquoi? 215
216
72
Osmose – Diffusion de L’eau
217
Contrôle de l’aw
• Contrôle de la concentration interne de

solutés compatibles:
– Soluté qui permet le métabolisme même quand sa
concentration interne est élevée
• Acides aminés, glucides
218
219
73
Le Suffixe “phile” Vs “tolérant”
• -phile
• Suffixe “phile” décrit condition optimale où le microbe
peut croître à une vitesse maximale
– Ex. Thermophile: la croissance du microbe se fait à vitesse
maximale à une température élevée et non faible
• -tolérant
• Suffixe “tolérant” décrit une condition non optimale où
le microbe peut survivre
– Il n’y a pas de croissance ou la croissance se fait à une vitesse
réduite
» Ex. Thermotolérant: le microbe survit à des températures
élevées, mais préfère des températures plus faibles
220
La Croissance Bactérienne
221
Croissance Bactérienne
• Augmentation du nombre de cellules

• La bactérie se reproduit par fission binaire
– (12, 24….2n)
• Les mesures de la croissance représentent des
suivis des changements dans le nombre total
de cellules ou de la masse des cellules
222
74
Fission Binaire
• Reproduction asexuée
– Réplication d’ADN  élongation cellulaire
formation du septum septum complété et
formation de la paroi séparation cellulaire et
formation de cellules filles
• La quantité de toutes les molécules double : protéines,
ADN, ARN, lipides pour les membranes, matériaux de la
paroi, etc.
• Tout est distribué de façon quasi égale
223
ADN
Réplication
ADN
Élongation
cellulaire
Une génération
Formation du septum
Formation du
septum complété et
synthèse de la
paroi
Séparation des cellules

224
Croissance en Culture Discontinue (Batch)
• Système FERMÉ
– Aucun ajout de nouveaux nutriments
– Pas d’élimination des déchets
– Les cellules ne sont pas retirées
• Ex. Production de yogourt, fermentation de la bière,
infection sanguine
• La densité cellulaire augmente jusqu’à ce que
quelque chose devienne limitant
225
75
Profil de Croissance en Culture Discontinue
Latence Exponentielle Stationnaire Mortalité
Log10 du nombre de cellules
Temps
Inoculation (Temps = 0) 226
Phase de Latence ou d’Adaptation
• Aucune augmentation dans le nombre ou la

masse de cellules
• Synthèses de composantes requises pour la
croissance dans un milieu donné
– Adaptation métabolique
227
Phase Exponentielle ou Logarithmique
• Développement et division cellulaire à vitesse

maximale
• Le nombre et la masse cellulaire doublent à
des intervalles réguliers
• Population en équilibre physiologique et
biochimique
• Nombre et la masse de cellules augmente par
un facteur exponentiel (2n)
– n = nombre de division ou de générations
228
76
Division Exponentielle
1er doublement
2e doublement
3e doublement
4e doublement
Nb final de cellules (N) = nombre initial de cellules (N0) X (2n)

n = nombre de générations
229
Division Exponentielle
Temps Nombre de Nombre de Temps Nombre de Nombre de
(h) générations (n) cellules (N) (h) générations (n) cellules (N)
0 0 1 (20) 4.5 9 512 (29)
0.5 1 2 (21) 5 10 1024 (210)
1 2 4 (22) 5.5 11 2048 (211)
1.5 3 8 (23) 6 12 4096 (212)
2 4 16 (24) 6.5 13 8192 (213)
2.5 5 32 (25) 7 14 16384 (214)
3 6 64 (26) 7.5 15 32768 (215)
3.5 7 128 (27) 8 16 65536 (216)
4 8 256 (28) 8.5 17 131072 (217)
230
Paramètres de Croissance Logarithmique
• Temps de génération: g
– Temps requis pour que le nombre de cellules double
• g = Δt/n
• Nombre de division : n
– Nombre de fois que le nombre de cellules double
• N = No (2n)
• Taux de croissance: µ
– Taux auquel le nombre de cellules change en
fonction du temps
• µ = ln2/g 231
77
Calcul
• Après 4 h de croissance une culture d’E.coli

passe de 100 cellules à 6.6 X 106 cellules
– Quel était n pour la période de 4h?

– Quel est le temps de génération?
– Quel est le taux de croissance
232
Calcul
• E. coli a un temps de génération de 20
minutes. Si vous commencez avec 1 cellule
d’E. coli combien en aurez-vous après 2
heures?
• Après 5 heures?
233
Calcul
• Si vous commencez avec une cellule, combien de cellules
aurez-vous après 4 générations?
– No= Nombre de cellules initiales
– N = Nombre de cellules après n générations
– n = nombre de générations
• Formule : N= No(2n)
• N = 1 (24) = 16 cellule
• Combien de cellules auriez-vous si vous aviez commencé
avec 100 cellules?
• Combien de cellules auriez-vous après 5 générations si
vous aviez commencé avec 100 cellules?
234
78
Paramètres de Croissance à partir d’un
Graphique
Tracé Arithmétique Tracé Logarithmique
140000 1000000
120000
100000
Nombre de cellules
Nombre de cellules
100000
10000
80000
1000
60000
100
40000
10
20000
0 1
0 2 4 6 8 10 0 2 4 6 8 10
Temps (h) Temps (h)
235
Paramètres de Croissance à partir d’un

Graphique
Tous les paramètres de croissance doivent être déterminés à

partir de la phase logarithmique!
Dans ce cas-ci, entre 40-190 min.
236
Lecture d’une échelle logarithmique
1 23456 78 9 Quelle est cette valeur?
106 107 108 109
237
79
Déterminer le Temps de Génération
Méthode 1:
• Choisir deux points qui représentent
un doublement du nombre de
cellules
• Ex. 10 et 20
• Déterminer l’écart de temps
g Méthode 2:
• Choisir n’importe quel deux-points et
déterminer les coordonnés. (Nombre
de cellule et temps)
• Calculer n pour l’écart de temps
• Calculer g: Δt/n
238
Phase Stationnaire
• Arrêt de la croissance cellulaire
• Population n’est plus en équilibre
• Arrêt en raison d’un manque de nutriments,
d’oxygène ou à une accumulation excessive de
déchets, etc.
• Représente le rendement de croissance maximal
sous les conditions données
– Yg : Masse de microorganismes formés/Masse (g) de
substrat consommé
– Ym: Masse de microorganismes formés/mole de
substrat consommé
239
Phase de Mortalité
• Perte de viabilité exponentielle en raison d’un

manque de nutriments ou d’une exposition
prolongée à des déchets
• Pas nécessairement une perte de masse
240
80
Mesures de Croissance
• Énumération des Microorganismes

– Abondance relative
• Mesures de turbidité
– Comptes directs
• Comptes absolus
– Comptes viables
• Nombre absolu des bactéries en croissance
241
Mesure de la Turbidité
• Mesure la quantité de lumière qui peut

traverser un échantillon
• Le moins de lumière qui traverse l’échantillon
le plus dense est la population
• Mesure la densité optique ou le pourcentage
de transmission
242
Mesure de la Turbidité
• Spectrophotomètre (A600):
– Mesure de la Densité Optique (D.O.)
Lumière
Détecteur…. lecture
600nm
Lecture différente
243
81
D.O. 600nm % Transmission
2.0 0
1.0 50
0 100
Densité cellulaire 244
•Avantages:
– Rapide
• Désavantages:
– Mesure relative
– Ne distingue pas vivant de mort
– Ne distingue pas bactéries de détritus
– Ne distingue pas entre différents types de
microbes
245
Comptes Directs
• L’échantillon à être énuméré est appliqué à

une lame d’hématimètre qui retient un
volume fixe dans une cellule de comptage
– Le nombre de cellules est compté
– Le nombre de cellules dans le volume donné est
déterminé
246
82
Hématimètre
• Cette lame possède 2 cellules de comptage

indépendantes
247
Déterminer le Compte Direct
• Compter le nb de cellules dans 3 carrés indépendants

– 8, 8 et 5
• Faire la moyenne
– (8 + 8 + 5)/3 =7
– Donc 7 cellules/carré 248
Déterminer le Compte Direct (suite)
1mm
Profondeur: 0.1mm
1mm
• Calculer le volume d’un carré:

= 0.1cm X 0.1cm X 0.01cm= 1 X 10-4cm3 ou ml
• Diviser le nb moyen de cellules par le volume d’un
carré
– Donc 7/ 1 X 10-4 ml = 7 X 104 cellules/ml 249
83
• Avantages:
– Rapide
– Culture pas nécessaire
– Aucune info préalable nécessaire
• Désavantages:
– Ne distingue pas vivant de mort
– Difficile de distinguer bactéries de détritus
250
Problème
• Un échantillon est appliqué à une lame

d’hématimètre dont les cellules de comptages
ont les dimensions suivantes: 0.1mm X 0.1mm
X 0.02mm et qui possèdent 100 carrés. Des
comptes de 6, 4 et 2 cellules ont été faits dans
trois carrés indépendants.
– Quel est le volume d’une cellule de comptage?
– Quel est le volume d’un carré?
– Quel est le nombre de cellules par millilitre dans
l’échantillon? 251
Comptes Viables
• Cellule viable: une cellule capable de se diviser et
de générer une population (ou colonie)
1. Un compte viable est fait en diluant l’échantillon
original
2. Étaler des échantillons des dilutions sur un milieu de
culture approprié
3. Incuber sous les conditions appropriées pour
permettre la croissance
• Des colonies sont formées
4. Les colonies sont comptées et le nombre original de
cellules viables est déterminé en fonction de la
dilution
84
Dilution d’un Échantillon de Bactéries
85
5672 57 4
Comptes Viables
• Le nombre total de cellules viables est indiqué

en tant qu’Unité Formatrice de Colonies (UFC)
plutôt que nombre de cellule
– Chaque colonie est originaire d’une unité
formatrice de colonie (UFC)
– Une plaque avec 30-300 colonies est choisie
– Calcul:
• Nombre de colonies sur la plaque X la réciproque de la
dilution (facteur de dilution)= Nombre d’UFC/mL
– Ex. 57 UFC X 106 = 5.7 X 107 UFC/mL
258
86
Compte Viable
• Avantages:
– Dénombre les microorganismes viables
– Peut distinguer différents microorganismes
• Désavantages:
– Pas de milieu universel
– Nécessite la croissance du microorganisme
– Seulement les cellules vivantes génèrent des colonies
– Des amas ou des chaînes de cellules génèrent une
seule colonie
259
Contrôle de la Croissance Microbienne

Les Désinfectants et Antiseptiques
260
Méthodes
• Trois approches pour le contrôle de la

croissance microbienne
– Chimique
• Désinfectants et antiseptiques
– Physique
• Chaleur
• Ultraviolets
• Irradiations
– L'élimination mécanique
• Nettoyage
• Filtration 261
87
Terminologie
• Nettoyage
– L'élimination des souillures adhérentes visibles (le
sang, les protéines et les débris), de la poussière
ou des autres corps étrangers par un processus
manuel ou chimique
• N’implique pas la présence ou l’absence de
microorganismes
– Propreté  Stérilité
262
Désinfection
• L’utilisation d’agents chimiques ou physiques

pour tuer ou inhiber la croissance des
microorganismes
– Désinfectants
• Produits chimiques utilisés pour des objets inanimés
– Antiseptiques
• Produits chimiques utilisés sur des tissus vivants
– Germicides
• Produits chimiques qui peuvent être appliqués sur des
choses animées (vivantes) ou inanimées
263
Autres Définitions
• Contamination
– Contaminant:
• Présence non intentionnelle d’un microorganisme
– Décontamination:
• Opération visant à réduire ou éliminer un contaminant
– Sanitaire: Réduire le niveau de contamination
microbienne pour prévenir la transmission dans
les établissements publics
• Les restaurants, les salles de bains, etc.
264
88
Facteurs qui Influencent l’Efficacité
• Charge microbienne
– Nombre de microbes
• Environnement
– Présence de matières organiques
– Concentration de l’agent
– Température
– pH
• Durée d’exposition
265
Facteurs qui Influencent l’Efficacité
• Caractéristiques microbiennes
– Glycocalyx
– Biofilms
– Paroi cellulaire
– Résistances
– Spores
266
Ordre de Sensibilité
Virus lipophiliques Plus sensible
(Avec bi-couche lipidique, Virus enveloppé)

Bactéries Gram positives (cellules végétatives)

Bactéries Gram négative

Fungi

Virus hydrophiles (non enveloppé, virus nu)

Mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis)

Spores bactériennes Plus résistant
267
89
Désinfectants et Antiseptiques
• Caractéristiques idéales
– Spectre d’action large
– Puissant
• Faible quantité requise pour une efficacité élevée
– Faible niveau de toxicité chez les humains
– Non corrosif
– Stable
– Hydrophile et hydrophobe
– Tension de surface faible
– Sans odeur ou avec une odeur agréable
268
Modes d’Action des Agents Chimiques
• Dénaturation des protéines et de l’ADN

• Mutagénèse de l’ADN
• Modification des protéines ou de l’ADN
• Interférence avec la membrane plasmique
• Oxydation de groupements fonctionnels
269
Types d’Agents Chimiques
• Sept catégories principales:

– Phénol et composés phénoliques
– Alcools
– Halogènes
– Agents oxydants
– Métaux lourds
– Aldéhydes
– Surfactants
270
90
Les Phénols et Phénoliques
• Phénol (acide carbolique)
– Utilisé pour la première fois par Lister
– Rarement utilisé, car c’est un irritant avec une forte odeur
• Phénoliques: Dérivés chimiques du phénol
– Crésols: Lysol
– Bisphénols
• Utilisé dans les centres hospitaliers
• Dénature protéines et détruit membranes
• Bactéricide, fongicide, sporicide
• Très toxique
• Caustique
• Antiseptique/désinfectant
271
Exemples de Phénoliques
O-phénylphénol
Thymol
Triclosan Turpinéol
272
Les Alcools
• Éthanol (60-95%) et isopropanol

– Efficace contre les bactéries, champignons
et virus enveloppés
• Inefficace contre les spores et virus nus
– Dénature protéines et dissout les lipides
273
91
Les Halogènes
• Quatre membres :
– L’iode
– Chlorure
– Bromure
– Fluore
• Bactéricide, fongicide et virucide
• L’iode inactive les protéines en interagissant
avec les liens disulfures
• Le chlorure, le bromure et le fluore sont des
agents oxydants puissants 274
Agents Oxydants
• Relâchent des radicaux libres d’hydroxyl qui

inhibe le métabolisme bactérien
– Très efficace contre les organismes anaérobies
• Très efficace pour les infections dans les tissus profonds
275
Agents Oxydants
• Les trois plus couramment utilisés sont:

– Le peroxyde d'hydrogène
• Antiseptique ménagé commun
– L’ozone
• Forme d’oxygène très réactive utilisée pour le
traitement des eaux
– L’acide peracétique
• Peroxyde d'acide acétique
– Sporicide extrêmement efficace
Utilisé pour stériliser les surfaces et le matériel médical
276
92
Métaux Lourds- Hg, Ag, Zn, Cu
• Interagissent avec les protéines causant leurs

dénaturation et inactivation
– Mercure
• Le mercure et l'argent étaient autrefois utilisés dans
des situations cliniques
– Le mercure a été abandonné
– L'argent est encore utilisé pour les pansements chirurgicaux
– Zinc
• Utilisé dans les rince-bouche
• Utilisé comme antifongique dans les peintures
– Cuivre
• Algicide; utilisé dans les piscines
277
Les Aldéhydes
• Composés avec un groupement terminal –CHO

– Dénature les protéines et inactive les acides
nucléiques
• Deux aldéhydes très réactifs sont utilisés
comme antimicrobiens
– Glutaraldéhyde et formaldéhyde
• Bactéricide, sporicide, fongicide et virucide
278
Les Surfactants
• Savons
– Sels de sodium ou de potassium d'acides gras
– Efficace pour l'élimination des microbes d'une
surface par des moyens mécaniques
– Inefficace comme antimicrobien
279
93
Les Surfactants
• Détergents
– Composés organiques chargés positivement
– Ex. Composés d'ammonium quaternaire
– Dissout les membranes lipidiques
– Bactéricide, fongicide, et virucide contre les virus
enveloppés
– Inefficaces contre les spores et virus nus
280
Évaluation de l’Efficacité d’un Désinfectant
• Test de suspension quantitatif

– Des comptes viables sont faits sur un microbe test
exposé à un agent chimique
– Le nombre de survivants (B) et compté puis
compare au compte original de l’inoculum (A)
• Effet Microbicide (EM) = Log (A) - Log (B)
• EM = 1 → Mortalité de 90% du nombre initial
• EM = 2 → Mortalité de 99%
– L’exigence généralement acceptée est:
• EM ≥ 5 →99.999% des microbes sont tués
281
• Test du coefficient du phénol

– La puissance d’un désinfectant est comparée à
celle du phénol
– La dilution la plus élevée qui tue les bactéries
après une exposition de 10 minutes est utilisée
pour calculer le coefficient du phénol
– Le plus élevé est le coefficient du phénol le plus
efficace est le désinfectant
282
94
• Test du coefficient du phénol (Suite)

– L'inverse de la dilution appropriée du désinfectant
testé est divisé par celui du phénol pour obtenir le
coefficient
• Ex.: Dilution du phénol = 1/90 et la dilution maximale
effective pour le désinfectant X = 1/450
– Coefficient du phénol = (450) ÷ (90) = 5
– L’agent X est donc 5X plus efficace que le phénol
283

Méthodes Physiques: Stérilisation
284
Définition
• Stérilisation
– Tuer ou retirer toutes les formes de vie
microbienne (y compris les endospores)
• La méthode la plus couramment utilisée pour la
stérilisation est l’utilisation de la chaleur
• Stérilisation commerciale
– Traitement thermique qui tue les endospores de
Clostridium botulinum, l'agent causal du
botulisme, dans les aliments en conserve
• Ne tue pas les endospores des bactéries thermophiles
qui ne sont pas pathogènes
285
95
Modes de Stérilisations à la Chaleur
• Chaleur humide
– Tue les microbes par la dénaturation des protéines
• Ébullition (100oC)
• Pasteurisation (65 - 140oC)
• Autoclave (121oC)
• Chaleur sèche
– Tue par oxydation
• Four Pasteur (121 - 250oC)
• Incinération (870 - 1200oC)
286
Ébullition
• 10 minutes à 100oC au niveau de la mer

– Tue les formes végétatives de bactéries
pathogènes
– Tue la majorité des virus et des spores des
champignons
– Endospores et certains virus ne sont pas détruits
• Virus de l'hépatite: Peut survivre jusqu'à 30 minutes
• Endospores: Peuvent survivre jusqu'à 20 heures ou plus
287
Pasteurisation
• Utilisé pour les boissons

• Tue les agents pathogènes sans altérer la
saveur de la nourriture
– Ne stérilise pas
– Pasteurisation classique
• 63oC pendant 30 secondes
– Pasteurisation HTST
• 72oC pendant 15 secondes
– Pasteurisation UHT
• 140oC pendant 3 sec. sous vide 288
96
Autoclave
• Utilise de la chaleur humide sous pression

• Température de 121oC à deux fois la pression
atmosphérique
• Tous les organismes et les endospores sont
tués en 15 minutes
289
Stérilisation à la Chaleur Sèche

• Four Pasteur
– Température 121 à 250oC
– Temps d’expositions longues (2-12 heures)
– Pas recommandé pour composés chimiques
– Peut être utilisé pour certains verres et métaux
• Incinération
– 870 à 1200oC
– Brûle et détruit physiquement
– Utilisée pour les aiguilles, le verre, les cadavres,
etc.
290
Paramètres de la Mort par la Chaleur
• Point thermique de mortalité (PTM)

– Température la plus basse à laquelle toutes les
bactéries sont tuées en 10 minutes
• Durée thermique de mortalité (DTM)
– Durée de temps requise pour tuer toutes les
bactéries à une température donnée
• Temps de réduction décimale (TRD – valeur D)
– La durée de temps requise pour tuer 90% d’une
population microbienne
291
97
Profil de Mortalité Thermique
Profil Arithmétique Profil Logarithmique
150000 1000000
Nombre de cellules
Nombre de cellules
100000
100000 10000
1000
50000 100
10
0 1
0 5 10 15 20 0 5 10 15 20
Temps (Min.) Temps (Min.)
• La mort est exponentielle

– N’est donc pas possible d’atteindre zéro
• Normes établies:
– PTM et DTM: < 1 cellule
– Stérilité en laboratoire: 10-6 cellules ou spores
– Stérilité alimentaire: 10-12 cellules ou spores
292
Paramètres de Mortalité
• Temps de réduction décimale (D)

– Temps requis pour obtenir une réduction d’un log
ou un facteur d’inactivation (N/N0) de 10
– Formule: Log (N/N0) = t/D
• T: durée de temps
• N: nombre de cellules qui ont survécu
• No: nombre de cellules initiales Profil Logarithmique
– No/N: Facteur d’inactivation 1000000
Nombre de cellules
100000
10000
1000
100
10
1
0 5 10 15 20
Temps (Min.)
293
Calculs de la Mortalité
• Constante de mortalité (k)

Profil Logarithmique
– Taux de mortalité 1000000
Nombre de cellules
100000
• Pente négative 10000
1000
– Formule: -kt = ln No/N 100

10
1
• T: durée de temps 0 5 10
Temps (Min.)
15 20
• N: nombre de cellules qui ont survécu

• No: nombre de cellules initiales
– No/N: Facteur d’inactivation
294
98
Exemple
• Un traitement à 100oC pour 1h permet de

réduire une population bactérienne de 108 à
102 cellules
– Quel est le facteur d’inactivation accompli
– Quel est le taux de mortalité?
– Combien de temps serait requis pour réduire la
population à 102
– Quel serait le DTM?
295
Déterminer D à partir d’un Graphique

Tracé logarithmique
1000000
100000
10000
Nombre de cellules
1000
100
10
1
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
Temps (Min.)
296
Résistance Relative des Microorganismes
• Valeur Z
– Changement de température requis pour changer
la valeur D d’un log
– Changement de température requis pour changer
la valeur D d’un facteur 10
– Formule: │ Z │ = (T1-T2)/(logD1-logD2)
• T: Température
• D: Temps de réduction décimal
297
99
Déterminer Z à partir d’un Graphique
298
Relation entre D et Z
• Si Z =10oC
– Chaque changement de température d’un
incrément de 10oC change la valeur D par un log
– Donc si D à 110oC = 10 minutes
• À 120oC serait = à 1 minute
• À 130oC serait = à 0.1 minute
• À 140oC serait = à 0.01 minute
– Quelle serait la valeur D à 80oC?
299
Problème
• La valeur Z d’un organisme est de 2oC. Si 18
min sont requises à 75oC pour réduire la
population de 109 à 106; à quelle température
est-ce que cet organisme devrait être assujetti
pour arriver au même résultat en 10.8
secondes?
• 18 minutes = 1080 secondes
– Donc pour passer de 1080 à 10.8= 2 log
– 2 log = 2Z = 4oC
– Puisqu’on veut réduire le temps, on doit
augmenter la température de 4oC
– Donc 75 + 4 =79oC 300
100
Point de Mortalité Thermique (PMT)
• Température minimale pour réduire à moins qu’une
bactérie en 10 minutes
• Ex. Quel est le PMT d’une culture qui contient 108 cellules?
– Calculer facteur d’inactivation désiré : 108/0.99 = 108
– Calculer le nombre de réductions décimales désirées : 8D
» Donc 8D = 10 minutes ou D = 1.25 minute
– Déterminer d’après le graphique du niveau de sensibilité la
température qui correspond à la valeur D désirée
301
Déterminer le PMT
• Désire une valeur D égale à 1.25minutes

– D’après le graphique ceci correspond à une
température minimale de…
• ~ 117oC
302
Stérilisation par Rayonnement
• 3 types de rayonnement tuent les microbes

1. Rayonnements ionisants
• Rayonnements ionisants : rayons gamma et rayons X
– Provoquent des mutations dans l'ADN
– Utilisés pour stériliser les produits pharmaceutiques et
fournitures médicales jetables
2. La lumière ultraviolette
• Endommage l'ADN et provoque des mutations
• Utilisé pour stériliser les surfaces
– Ex. Salles d'opération
303
101
Stérilisation par Rayonnement
3. Rayonnements micro-ondes:
• Causent le réchauffement des molécules d'eau
– Peuvent tuer les cellules végétatives dans les aliments humides
– Endospores, qui ne contiennent pas d'eau, ne sont pas
endommagées
– Inefficaces sur les aliments solides
» Pénétration inégale
304
Filtration
• Principe d’exclusion à l’aide de filtres

– Élimination des microbes par le passage d'un
liquide ou d’un gaz à travers un filtre dont la taille
des pores empêche le passage…
• Bactéries : pores de 0.22 et 0.45µm
– Ne retient pas les mycoplasmes et les virus
• Virus : pores de 0.01µm
305
Filtration
• Utilisée pour stériliser les matériels

thermosensibles
– Vaccins, enzymes, antibiotiques, et certains
milieux de culture
– Filtre haute efficacité pour les particules de l'air
(HEPA)
• Utilisé dans les salles d'opération pour éliminer les
bactéries de l'air
306
102
In Vivo: l’Antibiothérapie
307
Les Drogues Antimicrobiennes
• Antibiotique ou Antibactérien
– Contre les bactéries
• Antifongique
– Contre les champignons
• Antiviraux
– Contre les virus
308
Les Drogues: Les Antibiotiques
• Définitions:
– Littérale: Anti (contre) biotique (la vie )
– Ancienne déf.: Tout composé fabriqué par un
microorganisme qui inhibe ou tue les bactéries
– Nouvelle déf.: Tout composé qui inhibe ou tue les
bactéries
309
103
Caractéristiques Désirées
• Toxicité sélective élevée

– Doit tuer ou inhiber l’organisme ciblé avec un
minimum d’effets dérisoires sur l’hôte
• Pénicilline: (Toxicité sélective élevée)
– Cible la paroi cellulaire
• Cyanure: (Toxicité sélective faible)
– Cible transport d’e- des eucaryotes/procaryotes
310
Caractéristiques Désirées (suite)
• Dose toxique ou létale élevée (DL50)

– Concentration de l’agent qui est toxique pour
l’hôte
• Pénicilline: (3 000 mg/Kg)
• Arsenic: (15 mg/Kg)
• Dose thérapeutique faible

– Concentration de l’agent nécessaire pour le
traitement clinique d’une infection
• Pénicilline : 12.5 mg/Kg
• Ail : 300 mg/Kg
311
L’Indice Thérapeutique
• Dose toxique/Dose thérapeutique

– Désire un indice thérapeutique?
 Élevée
312
104
Spectres d’Actions
• Étroit:
– Efficacité restreinte à certains types de
microorganismes
• Ex. Agit seulement contre les Gram -
• Large:
– Efficace contre une grande diversité de
microorganismes
• Ex. Agit sur les Gram + et -
313
Cibles des Antibactériens

Synthèse de la paroi Membrane plasmique
Les ß-lactamines Les polymixines
Bacitracine
Vancomycine Synthèse d’ADN
Les quinolones
Synthèse d’ARN
Transcription Les macrolides
Métabolisme
A B
Traduction Synthèse des protéines
Les aminoglycosides
Les macrolides
Les tétracyclines
Le chloramphénicol
Les sulfamides
314
Modes d’Action
Compte direct
Compte viable
Temps
• Bactériostatique • Bactéricide • Bactériolytique
– Inhibe croissance – Tue – Tue
– Non létal – Irréversible – Lyse cellulaire
– Réversible – Irréversible
315
105
Les Bêta-Lactamines
• Classe d’antibiotiques qui possèdent un

anneau de bêta-lacatmine
• Bactériolytiques
• Inhibent la synthèse de la paroi cellulaire
• Inhibe la transpetidation
– Agissent seulement sur bactéries en croissance! 316
Les Bêta-Lactamines
Pénicillines Céphalosporines
Carbapénèmes Monobactames
317
Les Pénicillines & Céphalosporines
• Pénicilline naturelle – pénicilline G

– Spectre étroit; efficace seulement contre les Gram
positifs
• Aminopénicilline – ampicilline et amoxicilline
– Spectre large; efficace contre Gram positif et négatif
• Céphalosporines – Ex. Cefepime & Ceftazidime
– Développées pour avoir un spectre d’action plus
large que les pénicillines
318
106
Les Monobactames & Carbapenems
• Monobactames
– Spectre très étroit; inutile contre les Gram positifs
et les anaérobies
• Carbapénemes – dernière génération des
bêta-lactamines
– Spectre très large
– Efficace contre Gram positifs, négatifs, anaérobies
et aérobies
319
Effets Adverses des Bêta-Lactamines
• Allergies sévères chez 10% de la population

• Troubles gastro-intestinaux
– Vomissement, nausée, diarrhée
• Troubles immuns
– Immunodépression
• Troubles neurologiques (carbapenem)
– Irritabilité, confusion, crises
320
Les Quinolones
• Bactéricides
– Inhibent la synthèse de l’ADN
– Spectre large
– Effets secondaires:
• Troubles sévères gastro-intestinaux
– Ex. Ciprofloxacin
321
107
Les Tétracyclines
• Bactériostatique
– Inhibe synthèse protéique
– Spectre large
• Toxicité hépatique
• Toxicité rénale
• Déficience vitaminique
322
Les Macrolides
• Bactériostatiques
– Inhibent synthèse protéique
– Spectre étroit
– Effets secondaires
• Diarrhée
• Dommages hépatiques
– Ex. Érythromycine & Clarithromycine
323
Les Aminoglycosides
• Bactéricides
– Spectre étroit
– Haut niveau de toxicité
• Allergies
• Dommages rénaux
• Surdité
• Ex. Gentamycine, streptomycine
324
108
Chloramphénicol
• Bactéricide
– Spectre étroit
• Seulement utilisés en cas extrêmes
• Toxicité hématologique
325
Antibiotiques Peptidiques
• Structure à base d’acides aminés polycycliques

• Agissent sur la paroi
• Utilisés en dernier recours ou topiquement
– Vancomycine
– Bacitracine
– Polymixine B
326
Vancomycine et Bacitracine
• Inhibent l’ajout des unités de peptidoglycanes

durant la synthèse de la paroi
• Agissent principalement contre Gram positifs
• Très toxique
Vancomycine Bacitracine 327
109
La Polymixine B
• Perturbe la membrane plasmique

– Se lie au lipide A et phospholipides
– Efficace seulement contre Gram négatifs
• Usage topique seulement
– Cause la lyse des cellules eucaryotes
328
Antifongiques Topiques
• Dérivés d’imidalzole:
– Miconazole, Clotrimazole, Cétoconazole
• Cible et modes d’action:
– Extraction des stérols de la membrane plasmique
– Inhibe la synthèse de la membrane plasmique
– Indice thérapeutique faible
329
Antifongiques Systémiques
• Cibles et modes d’action:

– Réplication d’ADN
– Division cellulaire
– Indice thérapeutique très faible
– Utilisés en cas extrêmes seulement
• Inhibe formation des fuseaux • Analogue nucléotidique: Inhibe

mitotiques des microtubules synthèse d’ADN
330
110
Thérapies Antimicrobiennes
• Empirique
– L’organisme infectieux est inconnu
– Antibiotique à spectre large préconisé
• Définitive
– L’organisme infectieux a été identifié
– Une thérapie spécifique est choisie
– Antibiotique à spectre étroit préconisé
• Prophylactique ou préventive
– Prévenir une infection initiale ou la réinfection
331
Le Choix d’Antibiothérapie
• Déterminer le lieu de l’infection

• Prélèvement et isolation du pathogène
• Déterminer la susceptibilité
• Choix de la voie d’administration
– Orale
– Intraveineuse
– Topique
332
Le Site d’Infection
• Facteur le plus important pour le choix de

l’antimicrobien approprié!
– Permet de déterminer l’organisme infectieux
probable
• Particulièrement utile pour le traitement empirique
– Permet de déterminer la dose et la voie
d’administration
• L’efficacité de la thérapie dépend de la concentration
de l’antibiotique au site d’infection et de sa relation au
CMI
– La concentration au site doit être plus élevée que le CMI
333
111
La Susceptibilité: Essai de Kirby-Bauer
• Gélose inoculée avec la bactérie test
• Disques imprégnés d’antibiotiques sont placés sur
la gélose
• Un gradient de concentrations
est créé par la diffusion de
l’antibiotique dans le milieu
• Suite à l’incubation, les zones
d’inhibitions sont mesurées
• Les tailles des zones sont comparées à celles
établies pour déterminer si l’organisme est
susceptible ou résistant
334
E-test
• Même principe que l’essai de Kirby-Bauer

• Utilise une bande de plastique avec un
gradient prédéfini d’antibiotique
• Lecture des résultats est faite directement sur
la bande
– Point d’intersection de la zone d’inhibition avec la
bande
E
Zone d’inhibition
Croissance bactérienne
335
E-test
336
112
Déterminer l’Efficacité
• Concentration Minimale Inhibitrice

Culture avec différentes
concentrations 100 50 25 12 6 3 0
d’antibiotique
CMI=12μg/ml
Sous culture sans

antibiotique
CMB=50μg/ml
• Concentration Minimale Bactéricide 337
Diamètres d’Inhibitions Vs Conc.
27mm = au CMI
< 27mm = Conc. > CMI
> 27mm = Conc. < CMI
338
Pharmacodynamique des Antibiotiques
• Comportement des antibiotiques in vivo

– Interaction des antibiotiques avec les bactéries
• L’antibiotique doit atteindre le site où le microbe réside
• La concentration de l’antibiotique au site de l’infection
doit être au-dessus du CMI
• L’antibiotique doit occuper un nombre suffisant de sites
sur la cible
• L’antibiotique doit demeurer en contact avec la cible
pour une durée suffisante
339
113
Concentration des Antibiotiques In Vivo
Cmax
Concentration
t
CMI
Creux
Cmin
Dose 2 Dose 3
Dose 1 Temps
• Cmax: Concentration maximale atteinte pour une dose donnée
• Cmin: Concentration minimale atteinte entre les doses
• t: Durée de temps pendant lequel la concentration est maintenue au-
dessus du CMI
340
La Susceptibilité In Vivo
• Pathogène sensible
– CMI est plus bas que Cmin
• Pathogène résistant
– CMI est plus élevé que Cmax
• Pathogène de sensibilité intermédiaire
– CMI se situe entre Cmin et Cmax
• Combinaison d’antibiotiques recommandée
341
Exemple
• Conc. in vivo d’antibiotique “A”

– Cmin: 5 µg/ml
– Cmax: 40 µg/ml
• Donc:
– CMI ˂ 5 µg/ml = Microorganisme sensible
– CMI ˃ 40µg/ml = Microorganisme résistant
– CMI entre 5 -40 µg/ml = microorganisme de susceptibilité
intermédiaire
342
114
Mode d’Action des Antibiotiques In Vivo
• Activité indépendante de la concentration

– Activité dépendante du temps
– L’effet est une fonction de la durée de temps que
la cible est en contact avec l’antibiotique à une
concentration au-dessus du CMI
• L’efficacité est évaluée par t ˃ CMI
– L’efficacité demeure la même à toutes les
concentrations au-dessus du CMI
• Typiques des ß-lactamines, vancomycine, macrolides, et
tétracyclines
343
Mode d’Action des Antibiotiques In Vivo
• Activité dépendante de la concentration

– Activité indépendante du temps
– L’effet est une fonction de la quantité
d’antibiotique qui est en contact avec la cible
• L’efficacité est évaluée par le rapport : Cmax/CMI
– L’efficacité n’est pas influencée par la durée
d’exposition
• Typiques des quinolones et aminoglycosides
344
Lacunes de l’Antibiothérapie
• Tue la flore naturelle de l’hôte

• Inefficace contre les toxines bactériennes
– Ex. choléra, diphtérie, botulisme, tétanos
• Crée une pression sélective pour des souches
résistantes aux antibiotiques
• Favorise les infections opportunistes
– Ex. Diarrhée associée à Clostridium difficile (DACD)
345
115
La Résistance aux Antibiotiques
•346
346
Conséquences de l’Antibiothérapie
• Traitement d’un organisme envahisseur
– Une vie est sauvée
• Établissement d’une pression sélective
– Si le microorganisme envahisseur ne développe
pas une résistance, il meurt
– 1945- A. Fleming averti que l’utilisation
inappropriée de la pénicilline mènera à la
sélection de bactéries résistantes
• Quelques années plus tard les premières souches
résistantes apparaissent
347
Le Nombre de Bactéries Résistantes

Augmente à une Vitesse Alarmante
• À quoi s’attribue ce surcroît?
– 1990: 300 tonnes métriques d’antibiotiques
utilisées chez les humains
– Approx. 30X plus en agriculture
– 70% sont utilisés de façon inappropriée
• Doses trop faibles
• Périodes trop courtes
• Prescrit pour des infections virales
• Prescrit pour des infections bactériennes qui se
seraient guéries d’elles-mêmes
348
116
Raisons pour la Consommation Élevée
• Le patient
– Désire un traitement rapide
– Publicité
• Le médecin
– Désire de satisfaire le patient
– Éviter poursuite judiciaire
– Coût
• L’antibiothérapie est moins chère que d’autres tests et
traitements
• Industrie
– Publicité et pression des compagnies pharmaceutiques
349
Résistances Naturelles ou Innées

• La résistance n’est pas acquise; trait naturel
– Les Streptomycètes sont résistants à l’antibiotique
qu’ils produisent
– Bactéries Gram négatives: Couche LPS agit comme
une barrière de perméabilité
– Certaines bactéries ne possèdent pas la cible de
l’antibiotique
• Mycoplasmes – pas de paroi cellulaire; donc résistante aux
pénicillines et céphalosporines
• Mycobactéries – pas de peptidoglycane; donc résistantes
aux pénicillines et céphalosporines
350
Résistance Acquise
• Les microorganismes acquièrent une

résistance à un ou plusieurs antibiotiques
– Lors de l’administration à un antibiotique donné
ou à un antibiotique avec des propriétés
semblables
• Principalement durant la période du creux sous le CMI
– Suite à la rencontre avec un microorganisme qui a
acquis une résistance
• Transfert de résistance
351
117
Comment les Résistances sont-elles Acquises?
• Les microorganismes acquièrent normalement

des mutations aléatoires et spontanées
• La présence d’antibiotiques exerce une
pression sélective
– La présence de l’antibiotique crée une sélection
pour les microorganismes qui ont acquis par
hasard une mutation favorable
352
Résistance Acquise Spontanément

En absence d’antibiotique
Bactérie acquiert mutation

qui confère une résistance
En présence d’antibiotique
3 générations plus tard
Bactéries résistantes
Bactérie sensibles meurent
sont prédominantes
353
Mécanismes de Résistances
• Imperméabilité:
– Nombre réduit de porines
– Création de biofilmes
• Inactivation:
– Protéines qui lient et inactivent l’antibiotique
• Transport:
– Pompe l’antibiotique à l’extérieur
• La concentration interne est plus faible que le CMI
• Dégradation de l’antibiotique
• Modification de la cible
– L’antibiotique ne peut plus se lier à la cible
354
118
Transfère des Résistances
• Échange de gènes/mutations entre différentes

souches ou espèces
– Aucune pression sélective nécessaire
355
Mécanismes de Transfert - Transduction

• Infection virale de bactérie donneuse
• Réplication d’ADN viral et fragmentation d’ADN bactérien
• Assemblage et empaquetage d’ADN
• Libération de phage
• Infection de bactérie réceptrice
• Intégration au génome
•N’importe quel gène peut être transféré

356
Mécanismes de Transfert - Transformation

• Mort et lyse de bactérie donneuse
• Fragmentation d’ADN
• Prise d’ADN par bactérie réceptrice
• Recombinaison
• Échange d’ADN
• Multiplication
• N’importe quel gène peut être transféré 357
119
Mécanismes de Transfert- Conjugaison
• Bactérie donneuse avec pilus
• Accouplement avec bactérie réceptrice
• Transfert d’ADN
• Recombinaison
• Multiplication
• N’importe quel gène peut être transféré

358
Contrer les Résistances Acquises

• Éducation
• Utilisations plus efficacement contrôlées
• Éliminer l’administration prophylactique chez le
bétail
• Réduire l’utilisation dans les produits ménagés
• Réduire l’utilisation prophylactique
• Découvertes et synthèses de nouveaux
antibiotiques
• Utiliser des combinaisons d’antibiotiques
359
Combinaisons d’Antibiotiques
• Administration de deux antibiotiques

simultanément
– Réduire la probabilité d’acquérir une résistance
– Utiliser des antibiotiques pour lesquels le
microorganisme a une résistance intermédiaire
– Traitement d’une infection qui implique des
microorganismes multiples
360
120
Résultat de la Thérapie de Combinaison
• Effet additif (indifférent) :

– L’activité d’une combinaison de deux antibiotiques est
égale à la somme des activités individuelles
• Effet synergique:
plus élevée que la somme des activités individuelles
• Effet antagoniste:
moins que la somme des activités individuelles
361
Déterminer l’Effet de la Combinaison
• Déterminer la concentration inhibitrice

fractionnelle (CIF)
– [(CMI de drogue A en combinaison) ÷ (CMI de
drogue A seule)] + [(CMI de drogue B en
combinaison) ÷ (CMI de drogue B seule)].
• Synergisme, CIF ≤0.5
• Indifférence, CIF >0.5 et ≤4
• Antagonisme, CIF >4
362
Alternatives à l’antibiothérapie
Probiotiques et la phagothérapie
363
121
Probiotiques
• Pour (Pro) la vie (biotique)

• Suppléments alimentaires microbiens vivants
qui ont des effets bénéfiques sur l'hôte en
améliorant son équilibre microbien intestinal
364
Caractéristiques de Probiotiques Efficaces
• Survivre au passage à travers l'appareil digestif

• Adhésion et colonisation de l'épithélium
intestinal
• Capable d'utiliser les nutriments dans un
régime alimentaire normal
• Non pathogène et non toxique
• Exercer un effet bénéfique sur l'hôte
• Anti-inflammatoire, antimutagène,
immunostimulant 365
Probiotique: Modes d’Actions
• Stimulation du système immun

– Augmente la production d’anticorps des
muqueuses
• Compétition pour les nutriments et sites
d'adhésion
• Produit des facteurs antimicrobiens
– Ex. bactériocines
• Fournit un environnement favorable à la
croissance de bactéries bénéfiques
366
122
Probiotiques: Utilisations Suggérées
• Principalement utilisé pour des désordres du

système digestif
– Diarrhée infectieuse
– Diarrhées dus à l’antibiothérapie
– Syndrome de l'intestin irritable (SII)
– Constipation
– Ulcères dus à des infections par H. pylori
367
Aliments Probiotiques
368
Phagothérapie
• Utilisation de bactériophages pour traiter des

infections bactériennes
– Bactériophages: Virus qui infectent seulement les
bactéries et sont spécifiques à une seule souche
bactérienne
• Les ennemis naturels des bactéries
369
123
Bactériophages vs les Antibiotiques
Très spécifique; spectre très Cible la flore naturelle et les

étroit pathogènes
Aucun effets secondaires Effets secondaires et infections
rapportés secondaires
Indice thérapeutique très Indice thérapeutique peut être
élevé faible
Réplication au site d’infection Distribution dans tous le corps
Une seule dose requise Plusieurs doses requises
370
Désavantages de la Phagothérapie
• Immunogénicité: l’hôte développe des

anticorps contre les bactériophages
• Dû à la spécificité élevée, le pathogène doit
être identifié avant la thérapie
• Ne peut pas être utilisé pour des infections
intracellulaires
371
Virologie
•372
372
124
Caractéristiques des Virus
• Parasite obligatoire
• Incapable de se multiplier de façon
indépendante
• Génome ADN ou ARN
• Absence d’ADN et d’ARN ensemble dans le
même virion
• Génomes englobés d’une coque protéique
373
Anatomie du Virion
Enveloppe
Capside
Spicule
Acide
Nucléique Capside
ADN ou ARN
Acide
a. Virus nu Nucléique
ADN ou ARN
b. Virus enveloppé
374
La Capside
• Coque protéique qui englobe le génome
• Protège le génome de conditions physiques,
chimiques et enzymatiques
• Possède des protéines réceptrices (spicule) qui
permettent la reconnaissance et l’attachement à
la cellule hôte
• Chez certains virus, la capside est enveloppée
d’une bicouche lipidique
– Possède des enzymes ou récepteurs (spicules)
nécessaires à l’attachement et à la pénétration
375
125
Génomes
• ADN Monocaténaire (simple brin)

• ADN Bicaténaire (double brin)
• ARN Monocaténaire
• ARN Bicaténaire
• Une ou plusieurs molécules (segmenté)
• Circulaires ou linéaires
376
Classification des Virus
• Groupes
– I. (bc ADN)
– II. (mc ADN)
– III. (bc ARN)
– IV. (+ mc ARN)
– V. ( - mc ARN)
– VI. (ARN rev. trans.)
377
Taxonomie Virale
• Nom de la famille se termine en -viridae

• Nom du genre se termine en -virus
• Espèce virale: Un groupe de virus qui partage
de l’information génétique et une niche
écologique (hôte) semblable
– Noms communs sont utilisés
• Sous espèces sont indiquées par un chiffre
378
126
Exemple de Taxonomie Virale: Herpesvirus
• Classification:
– Herpesviridae (Famille)
– Herpesvirus (Genre)
– Herpes simplex type 1 / type 2 (Espèce)
• Structure:
– non-seg., lin., ADN db , hélicoïde, env.
379
Groupes d’après la Route de Transmission
• N’est pas une classification taxonomique

– Plus d’une famille peut-être incluse dans un
groupe de transmission
Groupe Virale Route de Transmission

Entérique Oro-fécale
Respiratoire Respiratoire
Zoonotique D’animaux aux humains
Transmis sexuellement Contact sexuelle
380
Cycle de Multiplication Virale - Étapes
• Attachement -Tropisme
• Pénétration
• Dénudation + Décapsidation
• Réplication du génome
• Transcription <-> Traduction
– Synthèses d’ARNm et de protéines
• Assemblage
• Relâchement
381
127
Récepteur viral
Attachement
Récepteur
Décapsidation cellulaire
Réplication
Synthèse protéique
Encapsidation
382
Attachement et Pénétration
Intérieur
• Virus Nus – Bactérien (Bactériophages)

– Attachement au récepteur
• Récepteur détermine le tropisme
– Injection du génome
383
• Virus Nus - Eucaryote

– Endocytose du virus nu
– Libération du génome
384
128
• Virus Enveloppé
– Endocytose du virus env.
– Dénudation
385
• Virus Enveloppé
– Fusion de l’enveloppe
– Pénétration de la
nucléocapside
386
Réplication du Génome
• Générer des copies du génome original
– ADN ou ARN double brin = 2 brins; 1+ et 1-
• Chaque brin sert de matrice pour la fabrication du brin
opposé
– ADN ou ARN simple brin = 1 brin; + ou –
• La synthèse d’une copie conforme à l’original requiert la
synthèse du brin de polarité opposée!!
– +  -  + ou -  +  -
– +  + ou -  -
387
129
Enzymes de la Réplication
• Polymérases d’acides nucléiques

– Pol. ADN ADN dépendante: ADN → ADN
– Pol. ADN ARN dépendante: ARN → ADN
– Pol. ARN ARN dépendante: ARN → ARN
388
Réplication des Génomes ADN
• Petits virus à ADN (ex. parvovirus):

– Enzymes de la cellule hôte font la réplication, la
transcription et la traduction
– L’ADN viral doit être répliqué dans le noyau
– La réplication virale nécessite des cellules en
phase de croissance active
– Les fonctions de l’hôte ne sont pas inhibées
389
Réplication des Génomes ADN (Suite)
• Grands virus à ADN (ex. Herpesvirus)

– Enzymes de l’hôte sont utilisée pour transcrire les
gènes nécessaires à la réplication de l’ADN viral
• Polymérases virale d’ADN
– Réplication virale se fait dans le noyau
– Requièrent des cellules en phase de croissance
– Inhibent la synthèse de l’ADN de l’hôte
390
130
Réplication des Génomes ADN (Suite)
• Très grands virus à ADN (ex. Poxvirus)

– Nucléocapside contient polymérases ADN et ARN
– Génome viral est répliqué dans le cytoplasme
– Ne requièrent pas nécessairement des cellules en
phase de croissance
391
Réplication des Génomes ARN SB
Chaîne positive ou négative

• Chaîne positive:
– Séquence conforme à l’ARNm
– Peut être traduite en protéines
• Chaîne négative:
– Séquence complémentaire à l’ARNm
– Ne peut pas être traduite
392
Réplication des Génomes ARN Pos.

ARN virale
Génomique ARN + (ARNm)
Traduction par la machinerie cellulaire
Transcription Polymérase ARN ARN dépendante

par PRRd (PRRd)
ARN – (Matrice)
Transcription
par PRRd
ARN + (Génome ou ARNm)
393
131
Réplication de Génomes ARN Nég.
ARN virale
Génomique ARN- (Matrice)
Transcription PRRd (Présente dans le virion)
ARN+
Transcription PRRd
ARN- (Génome)
394
Réplication des Génomes Rétrovirales – ARN Pos.

ARN virale
Génomique ARNv (+)
Transcriptase Inverse
Transcription inverse Polymérase ADN ARN dépendante (PDRd)
(Présente dans le virion)
ADNc-
Transcriptase Inverse
Polymérase ADN ADN dépendante (PDDd)
ADN +
ADN +/-
Bicaténaire
Transcription Polymérase ARN ADN dépendante
cellulaire cellulaire
Génome ARNv (+)
395
Transcription <-> Traduction
• Transcription
– Générer les ARNm viraux
• Petits et grands virus ADN – Procédé cellulaire
– Polymérase ARN ADN dép. cellulaire
– Brin nég. d’ADN transcrit en ARNm (pos.)
• Très grands virus ADN – Procédé viral
– Polymérase ARN ADN dép. virale
396
132
Transcription <-> Traduction (Suite)
• Virus ARN (double brin)
– Polymérase ARN ARN dép. virale
• Virus ARN (Simple brin pos.)
– Brin pos. transcrit en ARN neg. (matrice)
– Brin d’ARN nég. transcrit en ARN pos. (ARNm)
• Virus ARN (Simple brin nég.)
– Brin d’ARN nég. transcrit en ARN pos. (ARNm)
397
Transcription <-> Traduction (Suite)
• Traduction
– Toujours faite par la machinerie cellulaire
• Synthèse des protéines virales
– Capside, polymérases, etc.
398
Assemblage et Libération
• Capside assemblée autour du génome

• Désintégration de la membrane plasmique
• Libération
399
133
Assemblage et Libération
• Synthèse des protéines des

spicules virales
• Migration des protéines des
spicules à la membrane
• Assemblage de la capside
• Insertion du génome
• Migration et exocytose des
virions
– Acquièrent l’enveloppe
400
Récepteur viral
Attachement
Récepteur
Décapsidation cellulaire
Réplication
Synthèse protéique
Encapsidation
401
Profil de Croissance Virale

Relâchement
Rendement cellulaire
No de virus
Latence
Éclipse
Temps
402
Infection
134
Cycle de Multiplication Virale - Étapes
• Attachement
• Pénétration
• Dénudation + Décapsidation Éclipse
• Réplication du génome Latence
• Transcription <-> Traduction

• Assemblage
• Relâchement
403
Paramètres de la Croissance Virale
• Multiplicité d’infection (M.I.):

– Nbre de virus infectieux disponibles pour une
cellule
• Nbre de virus infectieux/Nbre de cellules non infectées
• Rendement cellulaire:
– Nbre de virus généré par une cellule infectée suite
à un cycle infectieux complet
• Nbre de virus /Nbre de cellules infectées
404
Multiplicité d’Infection
Nombre de virus = 4
M.I. = 4/6 = 0.67

Ou
4 sur 6 cellules seront infectées
Nombre de cellules = 6
405
135
Multiplicité d’Infection
Nombre de virus = 10
M.I. = 10/6 = 1.6

Ou
6 sur 6 cellules seront infectées
Nombre de cellules = 6
406
La M.I.
• 108 cellules sont exposées à 105 virus

– Quelle est la multiplicité d’infection?
• 105/108 = 10-3 ou 0.001
– Combien de cellules seront infectées?
• Nbre de cellules X M.I. = 108 X 10-3 = 105
– Combien de cellules demeurent non infectées?
• Nbre de cellules initiales - Nbre de cellules infectées
• = 108 - 105 = 9.99 X 104 ≈ 105
407
Rendement Cellulaire
Nombre de virus produits =10
donc
10 virus/4 cellules infectées
Rendement cellulaire = 2.5 virus produits/cellule infectée
Nombre de cellules infectées = 4
408
136
Rendement Cellulaire
• 108 cellules sont infectées à une M.I.=0.0001.

Après un cycle infectieux il y avait 106 virus
– Combien de cellules se font infectées?
• M.I. X Nbre de cellules = 0.0001 X 108 cellules = 104
– Quel est le rendement cellulaire?
• Nbre de virus/Nbre de cellules infectées = 106/104 = 100
– Quelle sera la M.I. au deuxième cycle?
• Nbre de virus après 1er cycle/Nbre de cellules non infectées
• 106/(108- 104)= 106/108 = 0.01
409
Énumération et Typage des Virus

• Compte direct
– Détermine nombre de virus totaux
• Essai de plages
– Détermine nombre de virus infectieux
• Essai d’hémagglutination
– Détermine nombre total de virus
– Possible seulement avec les virus hémagglutinants
• Qui possède l’hémmaglutinine – Ex. influenza
• Infectieux et non infectieux
• Essai d’inhibition d’hémagglutination
– Typage antigénique des virus hémagglutinants
410
Comptes Directs
• Coloration négative
• Microscopie électronique
• Ne distingue pas les particules infectieuses
des particules non infectieuses
• Utile pour les virus qui ne peuvent pas être
crus en laboratoire
• Utilise des billes à une concentration connue
pour estimer le volume du champ de vision
411
137
Comptes Directs Viraux
Ajouter billes Observer au microscope
(104/mL)
10 billes dans un champ

Donc un champ = 1µL
21 virus dans un champ
Donc 21 virus/1µL = 2.1 X 104 virus/mL
412
Essai de Plages
• Infecter monocouches de cellules ou tapis

bactériens avec différentes dilutions de virus
• Déterminer le nombre de plages pour chaque
dilution
– Chaque plage est le résultat d’une seule cellule
infectée par une seule particule virale
• 1 UFP
413
Les Plages
• Effet cytopathique localisé

– Lyse cellulaire
• Chaque plage représente un foyer d’infection
– Chaque foyer d’infection est initié par une cellule
infectée
414
138
Essai de Plages
1/10
virus Dilutions en séries de facteurs 10

1/10 1/10 1/10 1/10 1/10
Dilution finale: 10-1 10-2 10-3 10-4 10-5 10-6

0.1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml
Mélanger avec quantité

constante de cellules
permissive
Lyse confluente 36 4 0
36 UFP pour 0.1ml d’une dilution de 10-4

Conc. originale = 36UFP/0.1ml X 104 = 3.6 X 106 UFP/ml
415
Essai d’Hémagglutination
• Mesure de la quantité minimale de virus

requise pour agglutiner tous les globules
rouges
– 1 unité d’hémagglutination (UHA)
Hémagglutination
partielle
Hémagglutination Pas
complète d’hémagglutination
≥1UHA < 1UHA 0 UHA
416
Essai d’Hémagglutination
1/8
virus Dilutions en séries de facteurs 2

1/2 1/2 1/2 1/2 1/2
Dilution finale: 1/8 1/16 1/32 1/64 1/128 1/256

0.1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml
Vue du côté
Mélanger avec quantité
constante de globules
Vue du haut rouges
Échantillon le plus dilué avec hémagglutination complète = 0.1ml de 1/32 = 1UHA

Conc. originale = 1 UHA/0.1 X 32 = 320 UHA/ml
417
139
Essai d’Inhibition d’Hémagglutination
Virus Virus + Anticorps
+
Ac lient le virus
Virus lient GR
+ Virus ne peut
pas lier GR
Hémagglutination Hémagglutination
inhibé
418
Des Virus à la Portée de Tous

Papilloma Humain, Influenza et le Virus
d’Immunodéficience Humain
419
Papillomavirus Humain
• Petit virus nu
– 51 types connus
• Types 6, 11, 16 et 18 sont plus communs
• Tropisme:
– Cellules épidermiques en différentiation
• Récepteur:
– Inconnu
• Génome ADN double brin
– Seulement 6 gènes
420
140
Cycle Infectieux du VPH
1. Attachement au récepteur cellulaire
2. Endocytose
3. Pénétration du virus enveloppé dans le noyau
4. Fusion, dénudation et décapsidation
5. Transcription et synthèse de protéines précoces
• Protéines régulatrices non structurales
6. Recrutement et modification de l’ADN polymérase
de l’hôte
7. Réplication du génome viral
8. Transcription et synthèse de protéines tardives
9. Assemblage de la capside
10. Empaquetage du génome
11. Lyse cellulaire et relâchement 421
422
L’Influenza
• Virus enveloppé
• Trois types
– A, B et C
• Tropisme:
– Cellules épithéliales du tractus respiratoire
• Récepteur:
– Acide sialique
• Génome ARN (-) segmenté
– 8 segments
423
141
Virus Influenza - Anatomie
Hémagglutinine
Membrane bilipidique
Protéine M1
Protéine M2
Polymérase ARN
ARN dépendante
Neuraminidase
8 segments
ARN-monocaténaire
424
Virus Influenza – Protéines du Virion

• Hémagglutinine
– Récepteur viral
• Protéine M1
– Protéine de la matrice-capside
• Protéine M2
– Impliquée dans la dénudation
• Neuraminidase
– Impliquée dans le relâchement
• Polymérase ARN ARN dépendante
– Requise pour la réplication virale 425
Cycle Infectieux
Neuraminidase
Hémagglutinine
Acide sialique Attachement
Endocytose
Décapsidation
Endosome
Dénudation
426
142
ARNc (+)
ARNv (-)
ARNm +
427
ARNc (+)
Assemblage de la capside ARNv (-)
ARNm +
428
ARNc (+)
ARNv (-)
ARNm +
429
143
Le VIH
• Virus enveloppé
• Tropisme:
– Cellules du système immunitaire
• T, monocytes et macrophage
• Récepteur:
– CD4
• Génome ARN +
– 2 copies
430
VIH - Anatomie
gp120
gp41 Membrane
bilipidique
ARN Protéine de
la matrice
Capside
Transcriptase
inverse
431
VIH – Protéines du Virion

• Protéines de la capside
• Protéine de la matrice
• Récepteur viral
– GP120 et GP141
• Transcriptase inverse
– Polymérase ADN ARN dépendante et ADN ADN dépendante
• Intégrase
– Permet l’intégration du génome viral au génome cellulaire
• Protéase virale
– Permet la maturation des polyprotéines virales
432
144
Cycle Infectieux du VIH
1. Attachement de gp41/120 a CD4
2. Fusion de l’enveloppe à la membrane cellulaire
3. Dénudation et décapsidation
4. Réplication et intégration du génome d’ADN viral
5. Transcription d’ARNm par la cellule
6. Traduction de polyprotéines par la cellule
– gag, pol et env
7. Maturation des polyprotéines par la protéase
– gag → Protéines de la capside
– pol → Transcriptase inverse et intégrase
– env → gp120 et gp41
8. Assemblage de la capside
9. Empaquetage du génome
10. Bourgeonnement et relâchement 433
Cycle Infectieux
GP120
CD4 Attachement
Fusion
Transcription inverse
ADNc
ADN double brin
Pénétration
Décapsidation
434
Transcription
Assemblage
Intégration
435
145
436
Drogues Antivirales
• Plusieurs antiviraux sont des prodrogues

– Elles doivent être phosphorylées par des enzymes
virales ou cellulaires afin d’être activées
• Doivent agir contre une fonction essentielle
du virus
• Doivent avoir une toxicité acceptable pour
l’hôte
437
Drogues Antivirales
• Conçues pour inhiber des fonctions

essentielles au cycle viral
– Entrée
• Attachement
• Pénétration
– Dénudation
– Réplication
– Maturation des protéines
– Assemblage
– Relâchement 438
146
Drogues Antivirales
• Les antiviraux courants n’ont pas d’effets sur

les virus qui ne se reproduisent pas!
• Une réponse immune de l’hôte est essentielle
pour un rétablissement d’une infection virale
439
Antiviraux Courants
• Analogues nucléosidiques des purines ou des

pyrimidines
440
Antiviraux Courants
• Inhibiteurs de la dénudation
– Ex. Amantidine
• Inhibe protéine M2 de l’influenza
• Inhibiteurs du relâchement
– Ex. Oseltamivir (Tamiflu)
• Inhibe neuroaminidase de l’influenza
• Inhibiteurs de la maturation protéique
– Inhibiteurs de protéases virales (IP)
• Ex. Atazanavir
441
147
Les Antiviraux
• Caractéristiques indésirables associées aux

antiviraux:
– Toxicité sélective faible
– Dose thérapeutique élevée
– Dose toxique faible
– Indice thérapeutique faible
442
Viroïdes
• ARN circulaire simple brin qui code pour une

seule protéine
• Aucune coque protéique
• Répliqué par pol. ARN ARN dép.
• Infecte principalement les plantes
• Une forme connue chez les humains
– Hépatite D
• Requière coïnfection par l’hépatite B
443
Prions
• “Protéines infectieuses”
• Protéines normales (PrPc) sont converties à
une configuration alterne par le contact avec
des protéines prions (PrPsc)
• Pas d’ADN ou d’ARN
• Maladies héréditaires et transmissibles
– Encéphalopathies spongiformes
• Maladie tremblante du mouton, maladie de
Creutzfeldt-Jakob, Kuru, maladie de la vache folle
444
148
Immunologie
Le Système Immunitaire
445
L’Immunité
• Tous les mécanismes utilisés pour protéger le corps
humain d’entités étrangères – Les antigènes
– 3 lignes de défense :
• 1re - Les Barrières
– Système inné – aucune éducation
– Actif en tout temps
– But: Prévenir l’entrée
• 2e –Système phagocytaire
– Système inné – aucune éducation
– Prévenir la propagation
– Détruire l’entité étrangère
– Recruter et activer la 3e ligne
• 3e - La réponse acquise ou adaptative
– Doit être éduqué – peut apprendre
– Destruction/Neutralisation spécifique de l’entité
– Prévenir les invasions futures - mémoire
446
Caractéristiques des Deux Systèmes
Inné Acquis
• Antigène indépendant • Dépendant d’antigène
• Immédiat • Période de Latence
• Non spécifique à l’antigène • Spécifique à l’antigène
• Pas de mémoire • Mémoire immunologique
immunologique
447
149
La 1re Ligne - les Barrières
• Prévenir le passage à l’intérieur
– L’intérieur est stérile à moins d’une infection
• Toutes les cavités représentent l’intérieur chez l’homme
• Toutes les cavités, sauf pour la cavité pelvienne,
représentent l’intérieur chez la femme Cavité
• Le tractus gastro-intestinal et une partie du tractus céphalique
respiratoire sont externes
Cavité
thoracique
Cavité
abdominale
Cavité
pelvienne
448
Les Barrières - la Peau

Physique Chimique
• Cellules kératinisées • Concentration élevée de sel
épaisses • Acides gras inhibent la
• Desquamation des cellules croissance bactérienne
• Défensines-antibiotiques
peptidiques
• Faible pH
• Antimicrobiens générés par la
microflore
449
Les Barrières - l’Oeil

Physique Chimique
• Larmes • Larmes-Lysozyme
– Lavage /élimination • Lactoférrine
– Protéine qui lie le fer
• Faible aw
450
150
Les Barrières – Voies Respiratoire et
Gastrointestinale
Physique Chimique
• Poils et cils nasaux • Lysozymes
– Action de filtration • Lactoférrine
• Sécrétions muqueuses • Peptides antimicrobiens
– Piègent les particules • Thiocyanate sécrété par
• Escalier mucociliaire les glandes salivaires
• Éternuements et toux • Acides gastriques
• Sécrétions de surfactants • Sels biliaires
par les cellules A • Enzymes digestives
– Préviennent • Microflore
l’attachement
451
Les Barrières - La Flore Naturelle
• Microorganismes retrouvés à des sites

spécifiques chez des individus sains
– Toutes les surfaces externes sont colonisées
– Compétition contre les pathogènes
– Sources d’organismes pathogènes (Opportunistes)
– Stimule le système immunitaire
• Stimule la production d’anticorps contre des épitopes
partagés par les pathogènes
452
Le Système Inné - 2e Ligne
• Cellules et substances sériques prédisposées

pour l’attaque immédiate des antigènes
– Cascade du complément alterne
– Cellules sanguines – Leucocytes
• Cellules polymorphonucléaires – Granulocytes
• Monocytes/macrophages
• Cellules NK
– Réponse inflammatoire
453
151
Cascade du Complément Alterne
• Implique une collection de protéines sériques

– Protéines du complément:
• C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8 et C9
– Protéines accessoires: B et P
• Initiée par la liaison à des composantes
communes d’une grande variété de bactéries:
– Alterne: Liaison de C3b à lipide A, acide téchoïque
454
Voie Alterne
C3 + H2O C3a + C3b
C5a
C3 C5 C3b C3a +
Ba Complexe CAM
C5b
C3 C5
Convertase
Convertase
CC C
C3b BbB P C3b C9C 9 9CC
C5b C6 C7 C8 99 C 9 9
9
Bactérie Gram Négative •455

455
Conséquences
• Opsonisation
– C3b et C4b
• Bactéries, virus et parasites
• Anaphylatoxines
– C3a et C5a
• Activent granulocytes et monocytes
– Induisent la réponse inflammatoire
– Dégranulation
• CAM
– Lyse osmotique
• Bactéries Gram négatives – Permettent lysozymes
d’atteindre la paroi
• Parasites – Perte de solutés
456
152
Cellules Sanguines
Cellule Hématopoietique multipotente
Cellule progénitrice myéloïde Cellule progénitrice lymphoïde
Érythrocyte Mastocyte Cellule tueuse naturelle Petit lymphocyte

Myéloblast
Lymphocyte T Lymphocyte B
Basophile Éosinophile
Neutrophile Monocyte
Plasmocyte
Cellule dendritique Macrophage 457
Cellules Polymorphonucléaires - Granulocytes
• Neutrophile
– Cellule phagocytaire
– Conc. élevée est indicatrice d’une infection
– Normalement absent dans les tissus sains
• Éosinophile
– Combats les infections parasitiques
– Impliqué dans les réactions allergiques
• Basophile/Mastocyte
– Impliqué dans les réactions allergiques
458
Rôles des Granulocytes
• Destruction de l’entité étrangère

– Phagocytose
• Possèdent des récepteurs qui reconnaissent les
opsonines
– Digestion enzymatique
– Destruction chimique
» Antiseptiques: peroxyde et hypochlorite
– Relâchement des granules
• Médiateurs inflammatoires
• Enzymes digestives
• Antiseptiques: peroxyde et hypochlorite
• Recruter les leucocytes non granulaires 459
• Recruter les lymphocytes – 3e ligne
153
Rôles des Agranulocytes
• Monocytes/Macrophages/Cellules dendritiques
– Phagocytes
• Possèdent des récepteurs qui reconnaissent les
opsonines
– Cellules présentatrices d’antigènes (CPA)
• Ingestion/Digestion/Présentation
– Présentation d’épitopes d’antigènes exogènes
– Présentation sur le CMHII
– Présentation aux lymphocytes T auxiliaires
• Activer la 3e ligne – Réponse adaptative
460
Lymphocytes NK – Réponse Innée
• Tuent les cellules qui n’ont pas ou ont peu de

CMHI
– Cellules infectées par des virus
– Cellules cancéreuses
• Deux récepteurs de surface
• Récepteur inhibiteur
– Interagit avec CMHI des cellules nucléées
• Récepteur activateur
– Interagit avec glycoprotéines induites par le stress
461
Action des Cellules NK

Récepteur inhibiteur CMHI
NK Cellule Cellule
Survie
Récepteur activateur Protéine activatrice
Cellule
NK Infectée Cellule
Infectée
462
154
Réponse Inflammatoire
• Buts:
– Neutraliser ou détruire l’envahisseur
– Alerter la troisième ligne
• Causes
– Dommages aux tissus
– Infections
– Toxines
– Anaphylatoxines
• Symptômes
– Rougeur, chaleur, douleur, œdème, perte de fonction
463
Réponse Inflammatoire
• Relâchement de médiateurs par les leucocytes:

– Histamines
• Causent vasodilatation et vasoperméabilité
– Permettent passage des leucocytes du système sanguin aux tissus
– Prostaglandines
• Agissent sur le centre de thermorégulation (hypothalamus)
– Fièvre
– Cytokines
• Chimiotaxie et activation des leucocytes
464
3e Ligne - Le Système Acquis
• Caractéristiques:
– Spécifique
– Acquiert une mémoire après une première
rencontre
– Amélioration suite à des infections subséquentes
– Discrimination entre le « soi » et le « non-soi »
465
155
Le Non-Soi
• Ce qui est à l’extérieur et qui obtient accès à
mon intérieur est probablement non-soi
• La majorité des cellules sont étiquetées pour
m’identifier
– CMHI et CMHII
• Mes lymphocytes ont des récepteurs qui
reconnaissent des épitopes que je n’ai pas
– RCB et RCT
• J’étiquette le non-soi avec des opsonines
– Protéines du complément et anticorps 466
Le Non-Soi
• Les antigènes
– Entités reconnues par les récepteurs des
lymphocytes B (RCB) ou T (RCT)
• Antigène exogène
– Entité qui se retrouve à l’extérieur des cellules
• Antigène endogène
– Entité fabriquée à l’intérieur de la cellule
– Les antigènes possèdent des épitopes (ou
déterminants antigéniques) qui interagissent avec
les paratopes des RCB et RCT
467
Le Non-Soi – l’Antigène
Déterminant antigénique
ou Épitope
Virus=Antigène
468
156
Antigènes Exogènes Vs Endogènes
• Exogènes
– Introduit dans le corps à partir de l’extérieur
• Inclut agents infectieux
– Telle que bactérie, virus, champignons, protistes, vers etc.,
• Inclut substances environnementales
– Tels que produits alimentaires, pollen, etc.
– CPA ingère les antigènes exogènes par
phagocytose les apprêtent en fragments
• Présenté sur CMHII aux cellules TA
469
Antigènes Exogènes Vs Endogènes
• Endogènes
– Sont généré à l’intérieur de la cellule par le
métabolisme cellulaire
• Inclut les antigènes du soi, tumoraux, et viraux
– Peuvent être le résultat d’infections intracellulaires
virales ou bactériennes
– Ne requière pas de phagocytose
– Fragments généré par la dégradation sont
présentés sur le CMHI aux cellules Tc
470
La Présentation
• Les épitopes d’antigènes doivent être présentés

afin d’être reconnus en tant que non-soi
• CMHI • CMHII
– Retrouvé sur la majorité des – Retrouvé seulement sur les
cellules nucléées CPA
• Exceptions: globules rouges, • Monocytes, macrophages,
neurones et spermatozoïdes cellules dendritiques,
– Présentation d’épitopes lymphocytes B
d’antigènes endogènes aux – Présentation d’épitopes
RCT des lymphocytes Tc d’antigènes exogènes aux RCT
des lymphocytes TA
471
157
3e Ligne – Deux volets
Réponse humorale Réponse cellulaire

Cible Participants Cible Participants
Lymphocytes TA – TH2 Lymphocytes TA – TH1
Ag Lymphocytes B Ag Lymphocytes Tc
exogènes Anticorps endogènes Cellules NK
Cascade classique du complément
472
Réponse Humorale
• La réponse humorale a besoin de deux

signaux afin d’être activée
1. Un lymphocyte TA (TH2) doit déterminer qu’un
épitope, présenté par le CMHII d’une CPA du
système inné, représente le non-soi
• Conséquence : TA est activée
2. Un lymphocyte TA (TH2), qui a été activé, doit
confirmer qu’un épitope, présenté par le CMHII
d’un lymphocyte B, représente le non-soi
• Conséquence : Lymphocyte B est activé
473
Lymphocytes TA
• Un Lymphocyte TA possède des RCT avec un

paratope capable de reconnaître un épitope
présenté par le CMHII des CPA
– Macrophages, monocytes, cellules dendritiques et
lymphocytes B
• Responsable de la discrimination du non-soi
TA
CD4
474
158
1. Présentation aux Cellules TA
CMHII
TA
TA CD4
CD4
CPA
RCT TA
Paratope CD4
Amplification clonale
TA TA TA
CD4 CD4 CD4
475
Lymphocytes B
• Possède un RCB capable de reconnaître un

épitope d’antigènes exogènes
• Font l’endocytose des complexes Ag-RCB
• CPA : Font la présentation d’épitopes sur CMHII
RCB
476
2. Activation de la Réponse Humorale

Épitopes
Répertoire de lymphocytes B naïfs
CMHII
RCB
Cytokines
Activation
Antigène
Amplification clonale et différentiation

M P P Sécrétion d’Ac
M P P
B Mémoires Plasmocytes
477
159
Les Anticorps (Immunoglobulines)
Sites de liaisons d’épitopes antigéniques
Chaîne lourde
2 X Fab Région variable
Région constante
Liens disulfures
Chaîne légère
Région variable
Région constante
Isotype
1 X Fc Idiotype
478
Les Anticorps (suite)
• Régions variables
– Uniques à chaque lymphocyte B
– Idiotype de l’Ac
– Région du paratope
– Confèrent la spécificité à l’épitope
• Régions Constantes
– Isotype de l’anticorps
• IgM, IgA, IgD, IgG, IgE
– Confère le mode d’action de l’Ac
479
Isotypes
IgD
• Membranaire: RCB
• Monomère; Membranaire: RCB

IgM
IgM • Pentamère: Sérique
• Premier Ac produit lors
d’une première rencontre
IgG • Anticorps sérique:

• 80% des Ac sériques
• Traverse le placenta
480
160
Isotypes
• Dimère:
IgA
• Associé aux muqueuses
• Tractus urogénital
• Tractus respiratoire
• Tractus gastro-intestinal
• Sécrété dans le colostrum
IgE
• Monomère:
• Récepteur membranaire
des basophiles et
mastocytes
481
Modes d’Actions des Anticorps

• Agglutination IgM et IgA
• Neutralisation IgM, IgA et IgG
• Opsonisation IgG et IgM
• ADCC IgG et IgM
• Dégranulation des granulocytes IgE
• Fixation du complément IgM et IgG
– Voie classique du complément
482
Agglutination
• Favorise la phagocytose
• Inactive l’envahisseur
483
161
Neutralisation
• Liaison à des composantes essentielles causant

l’inactivation
484
Opsonisation
• Régions Fc sont des opsonines reconnues par les

cellules phagocytaires
485
Cytotoxicité Cellulaire Dépendant des

Anticorps - ADCC
• Régions Fc sont reconnues par des récepteurs

des cellules NK
486
162
Dégranulation
Granules de
médiateurs préformés
Récepteur de
Lysosome région Fc 487
Voie Classique du Complément
C C
C4
C2 C2a + C2b
4a 4b
Complexe C1 C5a
C3b
C3
C5 ++
C1r C1q C1s C3 Convertase
C5
C5b
C3a Convertase
C
4bC2aC3b CC C
C9 C
C9 9
C5bC6 C7 C8
C
99 C 99
9
488
Conséquences de la Voie Classique
• Opsonisation
– C3b & C4b
• Analphylatoxines
– C3a & C5a
• CAM
– Lyse osmotique
489
163
Réponses Immunes: 1re et 2e Rencontres
Réponse
Élément Réponse primaire
secondaire
Réponse
Plus faible Plus forte
maximale
Dose d’antigène Relativement
Faible
requise élevée
Latence Entre 10-21 jours Entre 1-3 jours
490
Réponse à Médiation Cellulaire
• La réponse cellulaire a besoin de deux signaux

afin d’être activée
1. Un lymphocyte TA (TH1) doit déterminer qu’un
épitope, présenté par le CMHII d’une CPA du
système inné, représente le non-soi
• Conséquence : TA est activé
2. Un lymphocyte Tc (naïf) doit déterminer à son
tour que l’épitope présenté par le CMHI d’une
même CPA représente le non-soi
• Conséquence : Lymphocyte Tc est armé
491
Lymphocytes Tc
RCT
• Récepteur cellulaire – RCT
– Reconnaissance du non-soi présenté par Tc
CMHI CD8
– Un lymphocyte Tc possède un RCT capable
de reconnaître un épitope associé au CMHI
• Tc naïfs doivent être armés
– Deux signaux sont requis :
• Reconnaissance par un RCT d’un épitope spécifique
associé au CMHI
• Cytokines activatrices produites par TH1
492
164
Réponse à Médiation Cellulaire
Infection Tc Présentation d’épitopes
CD8 endogènes sur CMHI
Présentation d’épitopes
exogènes sur CMHII
Reconnaissance par
RCT de TH1 - activation
Phagocytose
Reconnaissance par
RCT de Tc - armement
Amplification clonale de Tc armé 493
Attaque par les Cellules Tc Armées
494
Survol des Réponses Immunes Acquises

Réponse humorale Réponse cellulaire
Antigène
Phagocytose par CPA
Présentation d’épitopes Infection cellulaire
Activation de cellule T auxiliaire
Endocytose Cellule T auxiliaire activée Cellule T cytotoxique

par cellule B
Cellule T cytotoxique
Plasmocytes activée
Anticorps Tuer
495
165
Attaque du Système Immunitaire
- le VIH
496
Le VIH
• Récepteur viral
– Gp120
• Récepteur cellulaire
– CD4
• Cellules T auxilliaires, monocytes, macrophages et
cellules dendritiques
• Réplication préférentielle dans les cellules T
activées
• Durée de vie d’une cellule T qui réplique
activement le VIH: 2.2 jours 497
Suivi de l’Infection par le VIH

Phase aigüe
Infection Mort
Dissémination massive du VIH
Nbre de cellules CD4/µL
Phase de latence Infections

Période asymptomatique opportunistes
Nbre de VIH/µL
Séroconversion Symptômes
cliniques
Anticorps spécifiques au VIH
Semaines Années
498
166
Décours de l’Infection par le VIH
• Subclinique (1-4 semaines après l’infection)
• Asymptomatique
• ARN du VIH peut être déceler aussi tôt qu’une semaine post infection
• Antigènes du VIH décelés en moyenne 2-3 semaines post infection
• Syndrome primaire (6-12 semaines après l’infection)
• Symptômes semblables à la mononucléose
• Compte CD4 : Chute subite 1000 → 500
• Période de latence clinique (Jusqu’à 10 ans)
• Période asymptomatique
• Compte CD4 : Chute progressive 650 → 0
• De 500 – 200 : risque d’infections opportunistes
• SIDA
• Compte CD4 moins que 200
• De 200 – 50: risque d’infections opportunistes sévères
• Moins de 50 : immuno-incompétence → mort
499
Immunité Acquise
Les Vaccins
500
Immunisations
Type d’immunité Mode d’acquisition
• Active (Prophylactique)
 Naturelle  Infection
 Non intentionnelle
 Artificielle  Vaccination
 Délibérée
• Passive (Thérapeutique)
 Naturelle  Transfert d’Ac - mère à enfant
 Transplacentaire ou colostrum
 Artificielle  Administration d’Ac

501
167
Définitions
• Vaccin:
– Suspension de microorganismes atténues ou tués,
ou une fraction de ces derniers, administrée pour
induire une immunité et donc prévenir la maladie
infectieuse
• Anatoxine:
– Version modifiée non toxique d’une toxine qui a
retenu son immunogénicité
• Adjuvant :
– Composé ajouté à des préparations vaccinales qui
augmente la réponse immunitaire
502
Contenu des Vaccins
• Protéines, polysaccharides, acides nucléiques

• Agent de conservation
– Thiomersal (un organomercuriel)
• Antibactérien et antifongique
• Adjuvant
– Sels d’aluminium
• Organisme ou composantes de ce dernier
503
Types de Vaccins
• Atténué (vivant)
– Version moins virulente, mais vivante du
pathogène
• Inactivé (mort)
– Virus ou bactéries tués à la chaleur ou au formol
– Vaccins d’anatoxines
– Vaccins sous unitaires
• Protéine ou autre composante purifiée du pathogène
504
168
Buts de la Vaccination
• Protéger l’individu – Efficacité de la protection

– Protection contre l’infection
• Prévenir l’entrée, la croissance, la propagation, la
pénétration cellulaire
– Protection contre la maladie
• Prévenir les dommages causés par le pathogène ou des
produits de celui-ci
• Protéger la population – Immunité de
troupeau
– Restreindre la propagation entre les individus
505
Immunité de Troupeau
Transmission soutenue
Malade Susceptible Malade Susceptible
Indirectement protégé
Malade Immunisé Susceptible
506
Vaccins Atténués (vivant)

• Virulence atténuée ou éliminée
– L’atténuation est le résultat de mutations
– Ex. Rougeole, oreillons, rubéole, bacille de Calmette-Guérin
• Avantages:
– Grande efficacité
– Reproduisent l’infection
– Structures demeurent inchangées
• Désavantages:
– Peuvent induire des symptômes
– Peuvent causer la maladie chez les personnes
immunodéprimées
– Peuvent retourner à l’état sauvage (Réversion)
507
169
Vaccins Inactivés
• Inactivation par des méthodes physiques
– Traitement à la chaleur
– Traitement au formaldéhyde (formol)
• Anthrax, Cholera, Pertussis, Influenza
• Avantage:
– Très sécuritaires
• Désavantages:
– Structures antigéniques peuvent changer
– Immunité peut-être faible et de court terme
– Ne reproduisent pas l’infection
– Réactions allergiques
– Doses de rappel souvent requises
– Adjuvants requis
508
Réponse Immunitaire - Inactivé Vs Atténué
Vaccin d’antigène inactivé Vaccin d’antigène atténué

Réponse Immune
1re dose 2e dose 3e dose 1re dose

509
Vaccin de la Variole
• Agent infectieux: Virus de la variole

– Un seul hôte: l’être humain
• Vaccin: Virus de la vaccine bovine
– Virus vivant (infectieux, atténué)
– La souche vaccinale peut être transmise de
personnes immunisées à des personnes non
immunisées!!
– A permis l’éradication du virus et de la maladie
• Dernier cas en 1977
510
170
Vaccins de l’Influenza
• 2 versions
– Inactivé
• Croissance du virus dans des embryons de poulet, puis tué
• Traitement au formol et à la chaleur
• Stimule une réponse humorale seulement
– Atténué (LAIV)
• Atténué par une adaptation au froid à 25oC
• Induit une immunité humorale et cellulaire
511
Vaccin DPT
• D - Diphtérie
– Corynebacterium diphtheriae
• Anatoxine diphtérique
• P – Pertussis (Coqueluche)
– Bordetella pertussis
• Antigène de Pertussis
• T - Tétanos
– Clostridium tetani
• Anatoxine tétanique
512
Gardasil - VPH
• Préparation de la protéine L1 de la capside

– La protéine L1 s’auto-assemble générant des
particules non infectieuses - VLP
– Les VLP induisent une forte réponse humorale
• Protège contre l’infection pas la maladie
• Non thérapeutique
513
171
Vaccin ROR
• Vaccin vivant atténué multivalent contre la

rougeole, les oreillons et la rubéole
– Virus ARN de la rougeole propagé dans des
cellules humaines
– Virus ARN des oreillons propagé dans des
embryons de poulet
– Virus ARN de la rubéole propagé dans des cellules
humaines
• Efficacité 95%
• Immunité à vie
Microbiologie Médicale
La Relation Hôte-Pathogène
515
Qu’est qu’une Maladie ?
• Toute modification d’un état de bonne santé,

dans laquelle l’entièreté ou une partie du
corps de l’hôte n'est pas en parfait équilibre
– Infectieuse - Un état de maladie en raison de la
présence d’un microorganisme pathogène ou de
ses produits
– Non Infectieuse - Un état de maladie en raison de
causes non vivantes
• Génétique, empoisonnement, environnemental, etc.
516
172
Le Pathogène et l’Infection
• Pathogène :
– Tout organisme qui a la capacité de causer une
maladie infectieuse
• Infection :
– État lorsqu’un pathogène se développe et se
multiplie chez l’hôte
• Une infection peut causer ou ne pas causer une
maladie
• Infection n’est pas synonyme à maladie
517
Types de Pathogènes
• Pathogènes primaires
– Causent une maladie suite à une infection
– Ne sont pas normalement associés à l’hôte
• Ex. TB (Mycobacterium tuberculosis), Influenza
• Pathogènes opportunistes
– Causent une maladie dans certaines circonstances
– Peuvent faire partie de la flore naturelle
• Ex. Enterococcus faecium, Candida albicans (flore naturelle)
• Ex. Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens
(microorganismes de l’environnement)
518
Classes de Pathogènes Microbiens
• Bactéries (Primaire et opportuniste)

• Ex. Primaire : TB; Opportuniste : E.coli
• Champignons (Principalement opportuniste)
• Ex. Levure (candidose)
• Protistes (Primaire)
• Ex. Plasmodium spp. (malaria), Trypanosoma spp.
(maladie du sommeil)
• Virus (Primaire)
519
173
La Maladie Infectieuse
• Comment s’établit-elle?
• 3 exigences :
– Un hôte susceptible
– Un agent pathogène
– Un environnement favorable au pathogène
520
Devenir l’Agent d’une Maladie

• 7 Commandements
– Trouver un hôte approprié
– Obtenir accès à l’intérieur
• Pénétration
– Établir un foyer
• Adhérence
– Se multiplier
– Causer des dommages
– Sortie
– Transmission à un nouvel hôte
521
Pénétration
• Pénétration de la peau
– Plus difficile des barrières à être pénétrées
– La pénétration dépend sur un traumatisme qui
endommage l’intégrité de la peau
• Éraflure, coupure, aiguille, morsure d’insecte, etc.
• Pénétration des membranes muqueuses
– La plus commune des routes d’entrées
• Ingestion, inhalation, contact sexuel (Tractus urogénital
ou anus)
522
174
Adhérence
• Le pathogène doit adhérer à des cellules hôtes

pour établir une infection
– Facteurs d’adhérence bactériens
• Adhésines –retrouvé à l’extrémité des fimbriaes
• Couche-S – Couche externe de protéines semblable à la
capsule
• Glycocalyx ou capsule – Couche externe de
polysaccharides
• Couche LPS
• Acide téchoïque
523
Nuire l’Hôte
• Production de poisons tels que des toxines et

des enzymes qui endommagent ou tuent les
cellules et les tissus
• Invasion directe et destruction des cellules
hôtes
• Amorcer une réponse immune de l’hôte qui
mène aux symptômes
524
Les Toxines
• Endotoxine:
– Composante structurale des membranes des
bactéries Gram- (LPS)
• Toxique seulement quand elle est relâchée
– Lyse cellulaire
• Exotoxines:
– Protéines produites et sécrétées par les bactéries
525
175
Propriétés des Toxines
Endotoxines Exotoxines
– Thermostables – Thermolabiles (60-80oC)
– Faible toxicité (mg/Kg) – Forte toxicité (μg/Kg)
– Inflammatoires – Effets associés à des
• Non spécifique symptômes spécifiques
– Peu immunogènes – Très immunogènes
– Pyrogènes (fièvre) – Non pyrogènes
526
Les Endotoxines
• Lipopolysaccharide:
– Composante structurale des bactéries Gram -
• Lipide A
– Actif seulement quand relâché suite à la lyse cellulaire
– Cause Endotoxémie:
• Endotoxine libre dans le sang
– Cause Septicémie (choc septique)
• Réponse inflammatoire systémique
527
Classes d’Exotoxines
• Neurotoxines
– Interfèrent avec les transmissions synaptiques des
neurones
• Entérotoxines
– Interfèrent avec la réabsorption d’eau par les
muqueuses
• Tractus respiratoire et intestinal
• Cytotoxines
– Inhibent des fonctions cellulaires spécifiques
• Ex. Synthèse protéique 528
176
Les Neurotoxines (suite)
• Toxine tétanique (Clostridium tetani)

– Inhibe la sécrétion de neurotransmetteurs des
neurones inhibiteurs
– Cause une paralysie spastique
529
Les Neurotoxines (suite)
• Toxine botulique (Clostridium botulinum)

– Inhibe la décharge de l'acétylcholine
– Cause paralysie flasque
530
Les Enterotoxines - Toxine Cholérique
• La toxine active la production d’AMPc

• Une hausse des niveaux d’AMPc cause la perte
d’électrolytes et de l’eau des cellules qui
revêtent l’intestin
• Cause une diarrhée abondante très liquide
(1L/h)
– Déshydratation sévère
– Mort (18h à quelques jours)
531
177
Les Cytotoxines – Toxine Diphtérique
• Produit par Corynebacterium diphteriae

– Inhibe synthèse protéique causant la mort
cellulaire :
• Localisé (membrane muqueuse de la gorge)
– Dégénérescence des cellules épithéliales de la gorge
– Inflammation et œdème
– Formation de pseudomembrane
• Systémique
– Défaillance cardiaque
– Inhibition du système nerveux – paralysie
532
Sortie
• Les dommages causés à l’hôte facilitent la

sortie
– Ex. Vibrio cholerae cause la diarrhée
– Ex. Bordetella pertussis cause la toux
• Peut utilisé des fonctions corporelles
naturelle
– Parler, urine, sperme sécrétions vaginales
• Peut utiliser un vecteur
– Morsure d’insecte, aiguilles
533
Conséquences de la Maladie Infectieuse
• Le résultat de la maladie infectieuse dépend

– Des propriétés de l’hôte
• La réponse immune
– Des propriétés du pathogène
• La virulence
L’hôte est malade L’hôte est malade L’hôte n’est pas malade
Il meurt Il guérit Infection sans maladie
Les défenses n’ont pas Les défenses ont Les défense ont
fonctionné éventuellement fonctionné fonctionné
Aucune mémoire Aucune ou faible mémoire Mémoire immune d’une
immune immune exposition antérieur
Agent très virulent Agent virulent Agent non-virulent
534
178
Virulence
• La virulence est un terme quantitatif qui réfère

à la capacité d’un pathogène de causer une
maladie
– Mesure de la sévérité des dommages causes à
l’hôte
– Virulence élevée = Pathogénicité élevée
• Le niveau de virulence est une fonction des
propriétés du pathogène et de l’hôte
535
Mesure de la Virulence
• Dose infectieuse (DI50)
– Nombre minimum d’organismes nécessaires pour causer
la maladie chez 50% des hôtes
• Apparition de symptômes
• Dose létale (DL50)
– Nombre minimum d’organismes nécessaires pour tuer
50% des hôtes
Bacillus anthracis
Dose DI50 DL50
Portail d’entrée
Peau 10-50 50 - 250
Inhalation 1 000 - 8 000 8 000 – 10 000
Ingestion 25 000-100 000 150 000-500 000536
La Relation Hôte:Pathogène
La Maladie Infectieuse
537
179
Classification des Maladies d’après la Durée
Organisme
Aigüe
disparaît
Période
Maladie Convalescence Une immunité est
d’incubation
habituellement
acquise
Chronique
La maladie persiste
Période ou réapparaît sur
Maladie
d’incubation une longue
période
La maladie peut
Latente
réapparaître si
Période Latence La maladie peut l’immunité est
Maladie Convalescence
d’incubation (Pas de maladie) réapparaître affaiblie
Jours Mois Années

Temps
538
Classification des Maladies Infectieuses
• D’après le lieu
– Localisé
• Confiné à un endroit spécifique du corps
– Systémique
• Infection avec distribution généralisée dans les tissus
• D’après le temps d’apparition
– Primaire
• Infection initiale chez une personne saine
– Secondaire
• Survient chez une personne affaiblie par une infection
primaire
539
Déroulement de la Maladie Aiguë
• Période d’incubation :
– Inclut la rencontre, la pénétration, l’adhérence, et
la croissance
– Durée moyenne de 2-3 jours, jusqu’à plusieurs
semaines ou mois
• Période prodormale :
– Précède l’expression de symptômes spécifiques
• Ex. Maux de tête, malaises, maux gastro-intestinaux
– Représente le début de l’activité du pathogène
540
180
• Période aiguë
– Interactions entre le pathogène et l’hôte sont à
leurs summums
• Contribution active de la réponse inflammatoire
• Symptômes spécifiques et non spécifiques
– 1re exposition
» La réponse immune acquise est initiée, il n’y a pas
d’anticorps présents
– 2e exposition
» Haut niveau d’activité du système acquis
» Niveau élevé d’anticorps
541
• Période de convalescence :
– Récupération de la période aiguë
– Diminution des symptômes spécifiques et non
spécifiques
– Le niveau d’anticorps est à son summum
542
Microbiologie Clinique
Le Diagnostic
543
181
Tests
• Tests de dépistages
– Identifie les individus asymptomatiques qui
pourraient avoir la maladie
– Vérifie pour la présence d’un facteur associé à la
maladie
• Tests diagnostics
– Utilisés pour déterminer la présence ou l’absence
d’une maladie chez les sujets qui démontrent des
signes ou des symptômes de la maladie
– Fait après un test de dépistage positif pour établir
un diagnostic définitif
544
Tests de Dépistages
• Microscopie et tests biochimiques

• Immunologiques
– Test de précipitation
– Test d’agglutination
– Test de fixation du complément
– ELISA
– Immunochromatographie
• Moléculaires
– Hybridation
– PCR et RT-PCR
545
Microscopie et Tests Biochimiques
• Microscopie
– Coloration de Gram
– Coloration alcoolo-acido résistante
• Tests biochimiques
– Permet l’identification d’après les caractéristiques
métaboliques
• Ex. Exigences en oxygène
• Sources de carbone utilisées
• Métabolisme oxydatif ou fermentatif
• Sous-produits métaboliques
546
182
Immunologie - Tests de Précipitations
• Principe
– Quand des anticorps réagissent avec des épitopes
multiples sur des antigènes solubles, il y a
formation de réseaux qui génèrent un précipité
insoluble
– Les réactions de précipitation peuvent avoir lieu
en solution ou dans des gels tel que l’agar
547
Agglutination au Latex
Test d’antigène
+
Latex enrobé Spécimen qui
d’anticorps contient l’antigène
Test d’anticorps
+
Latex enrobé Spécimen qui
d’antigènes contient des anticorps •548
548
Fixation du Complément
• Méthode
Ajout d’Ac contre Ag à être décelé
Ajout d’une concentration limite du complément
Ajout de globules rouges sensibilisés avec IgG
Avec Ag Pas d’Ag
Sérum du
Ag
patient Lyse
Ag
Ag
549
183
Fixation du Complément (Suite)
• Essai qui détermine si le complément est utilisé
par la liaison d’AC spécifique à un antigène
– Complément utilisé – Pas de lyse de globules rouges
• Fixation du complément
• Antigène présent
– Complément inutilisé-lyse de globules rouges
• Aucune fixation du complément
• Antigène absent
• Essai peut-être fait de façon quantitative
• Sensibilité moyenne
550
Dosage par la Méthode ELISA
• Utilisé pour déceler la présence d’anticorps ou

d’antigènes
– Très sensible
– Quantitatif
– Rapide
551
ELISA – Détection d’Antigène

Sérum (source d’Ag) est ajouté à des puits de plastique
Agent bloquant est ajouté
Ac contre Ag est ajouté
Lavage
Ac détecteur est ajouté
Lavage
Substrat est ajouté
Antigène Présent Antigène Absent
ENZ ENZ
ENZ ENZ
ENZ
ENZ ENZ ENZ
552
184
ELISA – Détection d’Anticorps
Ag cible pour Ac à déceler ajouté aux puits
Agent bloquant est ajouté
Sérum à tester est ajouté
Lavage
Ac détecteur est ajouté
Lavage
Substrat est ajouté
Ac Présent Ac Absent
ENZ ENZ
ENZ
ENZ ENZ
ENZ ENZ ENZ
553
Interprétation des Résultats
Essai pour Ag de virus X

Dilutions
1/2 1/4 1/8 1/16 1/32 1/64 1/128 1/256
Standard 3.8 1.9 0.8 0.4 0.2 0.1 0.04 0.03
Patient 1 0.1 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
Patient 2 0.8 0.4 0.2 0.1 0.05 0.03 0.03 0.03
Patient 3 3.6 1.8 0.9 0.5 0.3 0.2 0.1 0.05
Témoin nég. 0.12 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
Plaque d’ELISA Lectures d’absorbances

Conclusions:
Patient 1 n’est pas infecté
Patients 2 & 3 sont infectés
Patient 3 possède une charge ≈ 5X plus élevée d’Ag
554
Interprétation des Résultats
Essai pour Ac contre virus X

Dilutions
1/2 1/4 1/8 1/16 1/32 1/64 1/128 1/256
Standard 3.8 1.9 0.8 0.4 0.2 0.1 0.04 0.03
Patient 1 2.5 1.2 0.6 0.3 0.15 0.07 0.03 0.03
Patient 2 0.1 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
Patient 3 3.6 1.8 0.9 0.5 0.3 0.2 0.1 0.05
Témoin nég. 0.12 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
Plaque d’ELISA Lectures d’absorbances

Conclusions:
Patient 1 & 3 sont séropositifs
Patients 2 est séronégatif
555
185
Immunochromatographie
• Même principe que l’ELISA

– Qualitatif plutôt que quantitatif
– Décèle l’interaction d’anticorps spécifiques contre
un antigène
• Méthode colorimétrique
– Principe de plusieurs tests dits rapides
• ≤ 15 minutes
• Utilisée pour la détection de pathogènes viraux et
bactériens
• Peut aussi être utilisée pour la détection d’anticorps
556
Principe d’Immunochromatographie
557
Interprétation
Positif Négatif Invalide
558
186
PCR et RT-PCR
• PCR
– Permet l’amplification exponentielle d’une
séquence spécifique à partir de génome d’ADN
• Fondé sur la réplication d’ADN
• RT-PCR
– Permet l’amplification exponentielle d’une
séquence spécifique à partir de génome d’ARN
• Idem à la PCR, mais requiert une étape initiale pour
convertir l’ARN en ADN
– Réaction de transcriptase inverse
559
Utilité de la PCR et de la RT-PCR
• Détection de pathogènes qui sont difficiles ou

qui ne peuvent pas être crus en labo
– Ex. Mycoplasmes
• Détection précoce d’un faible nombre de
pathogènes
– Ex. VIH
• Détection d’infections latentes
– Ex. EBV
• Criblage rapide de tissus
– Ex. CMV dans transplantation d’organes 560
PCR
561
187
Validité des Tests
• Capacité d'un test d’indiquer quels individus

ont la maladie et quels ne l’ont pas
– Sensibilité
• Capacité d’un test d’identifier correctement ceux qui
ont la maladie
– Spécificité
• Capacité d’un tests d’identifier correctement ceux qui
n’ont pas la maladie
• La validité est déterminée en comparant les
nouveaux tests aux tests de référence
562
Comparaisons aux Tests de Références
• Vrai positif (VP)

– Nouveau test (pos.) et test de référence (pos.)
• Faux positif (FP)
– Nouveau test (pos.) et test de référence (nég.)
• Vrai négatif (VN)
– Nouveau test (nég.) et test de référence (nég.)
• Faux négatif (FN)
– Nouveau test (nég.) et test de référence (pos.)
563
Calcul de la Sensibilité
Maladie
+ -
A B
+ Vrai positifs Faux positifs
Test
- C D
Faux négatifs Vrai négatifs
A Vrai pos. (VP)

Sensibilité = =
A+C Total avec maladie
564
188
Calcul de la Spécificité
Maladie
+ -
A B
Test
- C D
D Vrai nég. (VN)

Spécificité = =
B+ D Total sans maladie
565
Exemple
• Remplir les cellules vides et calculer la

sensibilité et la spécificité
Résultats de Caractéristiques véritables dans la
dépistage population
Maladie Sans maladie
Positif 100
Négatif 60
Total 300 700
• Sensibilité = 240/300 = 0.8 ou 80%
• Spécificité = 600/700 = 0.86 ou 86%
566
Restrictions
• La sensibilité et la spécificité décrivent la validité du

test et non la probabilité d'avoir la maladie
• La sensibilité et la spécificité indiquent la
probabilité de la présence ou l'absence du facteur
testé
– Ex. Dépistage de la tuberculose – Test de tuberculine
• Dépistage pour une réaction immune à l’antigène de la
tuberculose
– Sensibilité de 80% = 80% de chance qu’il y a une mémoire
– Pas 80% de chance d’avoir la maladie
• Besoin de valeurs prédictives 567
189
Valeurs Prédictives
• Valeur prédictive positive (VPP)

– Proportion des patients déclarés positifs qui ont
réellement la maladie
– Si une personne est déclarée positive, quelle est la
probabilité qu'elle ait la maladie?
• Valeur prédictive négative (VPN)
– Proportion des patients déclarés négatifs qui n‘ont
effectivement pas la maladie
– Si une personne est déclarée négative, quelle est
la probabilité qu‘elle n'ait pas la maladie?
568
Valeur Prédictive Positive (VPP)

Maladie
+ -
A B
Test
- C D
A Vrai pos. (VP)

VPP = =
A+B Total Pos.
569
Valeur Prédictive Négative (VPN)

Maladie
+ -
A B
Test
- C D
D Vrai nég. (VN)

VPN = =
C+D Total nég.
570
190
ÉPIDÉMIOLOGIE
571
Définitions
• Épidémiologie: Branche de la médecine qui

décrit l’occurrence, la distribution et les types
de maladies dans des populations pendant
des périodes de temps distinctes
• L’épidémiologie est l’étude du qui, quoi,

quand, où et comment des poussées de
maladies infectieuses
572
Définitions (Suite)
• Maladie infectieuse
– Maladie causée par un agent infectieux
• Ex. Le rhume
• Maladie subclinique
– État dans lequel l'infection a causé une atteinte tissulaire,
mais avec absence de signes ou symptômes cliniques
• Maladie contagieuse
– Transmission directe ou indirecte à partir d’une personne
infectée
• Ex. L’influenza – La grippe
• Maladie transmissible
– Transmission par des voies non naturelles à partir d’une
personne infectée
• Ex. Intoxication alimentaire – S. aureus
573
191
Mesures des Fréquences d’une Maladie
• Incidence cumulative ou taux d’attaque

– Type d'incidence appliqué à une fraction de la
population qui est observée pendant une période
définie
– Mesure du risque de développer la maladie
– Mesure de la transmissibilité
IC = No de nouveaux cas de la maladie / Population à risque
574
Taux d’Attaque: Exemple 1

• Pendant la première semaine d‘avril 2002, l‘unité de la santé
publique a été appelée pour mener une enquête sur plus de
20 rapports de personnes souffrant de gastroentérite après
avoir mangé au restaurant le Parramatta. Une enquête a été
menée et tous les clients qui ont mangé au restaurant durant
cette semaine ont été interviewés. Ils ont trouvé 2000 clients
qui ont mangé au restaurant, dont 400 qui sont tombés
malades
– Quel était le taux d'attaque par 1 000 clients?
Taux d'attaque = 400/2000

= 0.2 X 1 000 = 200/1 000 clients
575
• Il y a une population à risque de 100 sénateurs

suivis pendant un an. Vingt-cinq sénateurs ont
développé des symptômes de la maladie de
l'anthrax
– Le «risque» d'un an (incidence cumulative) de
l'anthrax chez les sénateurs est le nombre de
sénateurs avec l’anthrax divisé par le nombre de
sénateurs à risque au début de la période du suivi
576
192
– Étant donné qu'il n'y avait pas de cas d’anthrax au
début de l'année, les 25 cas sont des nouveaux
cas (numérateur)
– La population à risque, dans ce cas, inclut 100
sénateurs
• IC = 25 cas / 100 sénateurs à risque = 25%
– Interprétations
• Au cours de l'année en question, l'anthrax s'étend à
25% des Sénateurs
• Au cours de l'année en question, les sénateurs avaient
25% de risque de développer l’anthrax
577
• Prévalence :
– Mesure de la proportion d’une population qui est
malade à un moment donné
• Mesure de la pathogénicité
– Varie en fonction de
• L’incidence ou du taux d’attaque de la condition
• Durée moyenne de la condition
– La durée est influencée par le taux de rétablissement et le
taux de mortalité
P = Cas totaux (nouveau + préexistant) / Population totale
578
Prévalence : Exemple
Cambodge Vietnam
Année (12.8 million personnes) (82.1 million personnes)
Cas Décès Cas Décès
2003 0 0 3 3
2004 0 0 29 20
2005 4 4 61 19
Total 4 4 93 42
• Calculer la prévalence de la grippe aviaire pour 100 000
personnes. Supposez que les cas restent infectés tout au long
de l'année et qu'aucun cas n’est reporté d'année en année.
– Au Cambodge à la fin de 2005 et de 2003 - 2005
– Au Vietnam à la fin de 2005 et de 2003 - 2005
579
193
Prévalence : Exemple (Suite)
• Cambodge
– 2005
• (4 nouveaux cas - 4 décès) / (12 800 000 personnes) = 0
cas de grippe / 100 000 personnes
– 2003-2005: Idem
• Vietnam
– 2005
• (61 nouveaux cas - 19 décès) / 82,100 000 personnes =
0,05 cas de grippe / 100 000 personnes
– 2003-2005
• (93 nouveaux cas – 42 décès) / 82,100 000 personnes =
0,06 cas de grippe / 100 000 personnes 580
Incidence Cumulative Vs Prévalence

• Cette figure représente 10 nouveaux cas d’une maladie sur une
période de 15 mois dans une population de 20 personnes.
Chaque ligne horizontale représente une personne et la durée
de la maladie
Calculer l’incidence cumulative et la prévalence pour la

période d’oct. - sept
581
Cumulative Incidence Vs Prevalence

• Incidence cumulative
– Numérateur = nombre de nouveau cas entre le 1er octobre et le 30
septembre; = 4 (les 6 autres avaient la maladie avant le 1er octobre et
ne sont donc pas incluent)
– Dénominateur = 20 -6 = 14; 6 étaient déjà malades est donc pas à
risque durant la période
– Incidence Cumulative = (4 ⁄ 14) × 1000 = 286 nouveaux cas / 1000
• Prévalence
– Numérateur inclut toute personne qui était malade durant la période;
10 personnes avaient la maladie durant la période
– Prévalence = (10 ⁄ 20 -5) × 1000 = 667 cas / 1000
582
194
• Taux d’incidence
– Taux de l'accumulation de cas de maladie
• Mesure la vitesse de propagation d'une maladie
• Mesure de l’infectivité
– Probabilité d’un pathogène d’établir une infection
TI = (Nombre de nouveaux cas) / (Temps-personne à risque)
583
Calcul du Temps-Personne
• Temps-Personne: quantité de temps de risque

que chaque personne contribue
– Si une personne développe la maladie au
deuxième jour, elle contribue 1,5 jour-personne
pendant laquelle elle est à risque
– Si une personne est à risque pendant 30 jours et
ne contracte pas la maladie, elle contribue 30
jours-personnes à risque
– Combinées, ces deux personnes contribuent 31,5
jours-personnes à risque
584
Taux d’Incidence – Exemple 1
• Une population à risque est composée de 100

personnes. Vingt-cinq personnes développent
la maladie de l'anthrax. Si 12 personnes ont
développé l’anthrax en septembre et 13 en
octobre, quel est le taux d'incidence de
l'anthrax pour ces deux mois?
585
195
Exemple 1 (Suite)
• Temps-personne
– 12 personnes développe l’anthrax en septembre
• Donc 12 X 0,5 mois = 6 mois-personnes
– 13 personnes développe l’anthrax en septembre
• Donc 13 X 1,5 mois = 19,5 mois-personnes
– 75 personnes ne sont pas malade pendant les 2 mois
• Donc 75 X 2 mois = 150 mois-personnes
– Total de mois-personnes à risque
• 6 + 19,5 + 150 = 175,5 mois-personnes
– TI = 25/175,5 = 0,14 cas/mois-personne
586
Temps-Personne – Exemple 2
• Les cas d’une maladie ont été suivis sur une
période de 5 ans dans une population de 100
personnes parmi lesquelles 30 étaient à
risque. Quel est le nombre d’années-
personnes à risque? Année
Nouveaux cas
d’étude
1 2
2 0
3 1
4 0
5 3
Nombre d’années-personnes =
(2 X 0,5 an) + (1 X 2,5 ans) + (3 X 4,5 ans) + ((30-6) X 5 ans) = 137 a-p
587
Temps-Personne – Exemple 3
• Les cas d'ulcère duodénal a été examinée chez

14 sujets qui utilisaient un médicament
– 4 sujets ont commencé l'étude en janvier 1990
– En décembre 1994, 2 des sujets ont quitté l’étude
– 10 sujets se sont joints à l'étude en janvier 1995
– L’étude s’est terminée en décembre 1996
Nombre d’années-personnes =
(2 X 5 ans) + (10 X 2 ans) + (2 pers. X 7 ans) = 44 a-p
588
196
Taux d’Incidence – Exemple 4
• L’incidence d’une maladie chronique est suivie

parmi une population de 1 000 individus de
janv. – avr. 2013. Quelle est le taux
Mois d’étude
d’incidence/a-p? Cas totaux
j 12
f 25
m 100
a 200
(12 X 0,5) + ((25 – 12) X 1,5) + ((100 -25) X 2,5) + ((200-100) X 3,5) +
((1 000 -200) x 4) = 3763 mois-personnes ou 313.6 années-
personne
589
TI = 200/313.6 a-p = 0,64 cas/a-p
Prédiction
• Le taux d’incidence peut être utilisé pour

prédire le nombre de cas futurs
– Ex. Sur une période de 3 ans, parmi 150
personnes qui ont consommé des fruits de mer,
10 ont contracté une infection alimentaire. Si en
moyenne 25% d’une population de 10 000
habitants consomment des fruits de mer, combien
de personnes/année vont contracter une infection
alimentaire suite à la consommation de fruits de
mer?
590
Solution
• Taux d’incidence:
– Nb d’années-personnes = 150 pers. X 3 ans = 450 a-p
– Nb de nouveaux cas = 10
– T.I.= 10/450= 0.02 cas/année-personne
• Prédiction:
– Nb de personnes à risque = 0.25 X 10 000 = 2 500
– Nb de personnes prévues qui vont contracter une
infection alimentaire:
• 0.02 X 2 500 = 50 cas/année-personne
591
197
• Taux de Mortalité :
• Mesure de la virulence
Nombre de décès résultant d’une maladie
Nombre d’individus atteints de la maladie
592
Risque Relatif
• Rapport entre la probabilité de contracter une

maladie quand on est exposé à un facteur
comparativement à quand n'est pas exposé à ce
facteur
• RR = (Incidence cumulative chez personnes exposées)
(Incidence cumulative chez personnes non exposées)
• RR = (Taux d’incidence chez personnes exposées)

(Taux d’incidence chez personnes non exposées)
593
Tableau de 2 x 2 : Calcul de l’Association
Exposition Maladie Oui Maladie Non Total

Oui A B A+B
Non C D C+D
Total A+C B+D A+B+C+D
Risque relatif = (A / (A+B)) / (C / (C+D))
594
198
Risque Relatif - Exemple
• Dans une étude de 1 000 personnes, des

chercheurs ont déterminé qui à été mordu par
une tique et qui à dévéloppé la maladie de
lyme Maladie de Lyme Maladie de Lyme
Mordu Total
Oui Non
Oui 400 200 600
Non 100 300 400
Total 500 500 1 000
Risque relatif = (A / (A+B) ) / (C / (C+D)) = (400 / 600) / (100 / 400)

= (0.667/0.25) = 2.67
595
Interprétation du RR
• = 1 – Indique qu’il n’y a pas d’association
• > 1 – Indique une association positive
• < 1 – Indique une association négative
– Ex.
• Si le RR = 5
– Les gens qui ont été exposés sont 5 fois plus susceptibles d'avoir le
résultat comparativement aux personnes qui n'ont pas été exposées
• Si le RR = 0,5
– Les gens qui sont exposés ont 2 fois moins de chances d’avoir le résultat
comparativement aux personnes qui n'ont pas été exposées
» Effet protecteur
• Si le RR = 1
– Les gens qui ont été exposés ne sont pas plus ou moins susceptibles
d'avoir le résultat comparativement aux personnes qui n'ont pas été
exposées
596
Valeurs Prédictives et la Prévalence
Sensibilié xprévalence
VPP =
(sensibilité x prévalence) + (1- spécificité) x (1- prévalence)
spécificité x (1–prévalence)
VPN =
[(spécificité x (1– prévalence)] + [(1- sensibilité) x prévalence]
597
199
Exemple
• Tests de dépistage pour le VIH

– Sensibilité : 90%
– Spécificité : 50%
• Prévalence du HIV dans population X: 20%
• Prévalence du VIH dans population Y: 10%
0.9 x0.2
VPP(Pop. X) = = 0.31 or 31%
(0.9 x 0.2) + (1- 0.5) x (1- 0.2)
• Quelle est la VPP dans la population Y? 17%

598
Types de Poussées Épidémiques

• Sporadique
– Incidence occasionnelle
– Pas de patron défini
• Endémique
– Incidence régulière maintenue à un faible taux
• Épidémique
– Augmentation soudaine au-delà du taux prévu
• Pandémique
– Maladie épidémique dont l'incidence est mondiale
599
Profils Épidémiologiques
• Épidémies liées à une source commune

– Augmentation soudaine du nombre d'individus
atteints suivi d'un déclin graduel
• Épidémie par propagation
– Augmentation lente du nombre d'individus atteint
• Typique des maladies contagieuses
• Cas-Index (Proposant): Première personne que l’on
peut retrouver comme ayant contracté la maladie
600
200
Caractéristiques de la Courbe
Pic
Cas
Début Fin
Temps 1 2 3 4 5 Période totale

601
Interprétation de la Courbe
• Quel est le nombre de cas
totaux pour la période des
mois 1-5?
• Des mois 1-8?
Cas Totaux
• Quel est le nombre de

nouveaux cas au 2e mois?
• Au 3e mois?
Mois 1 2 3 4 5 6 7 8
602
Interprétation de la Courbe
• Quel est le nombre de cas
totaux pour la période des
mois 1-5?
Nouveaux cas
• Des mois 1-8?
• Quel est le nombre de

nouveaux cas au 2e mois?
• Au 3e mois?
Mois 1 2 3 4 5 6 7 8
603
201
Épidémies Liées à une Source Commune
• Les personnes sont
exposées à la même
source pour une courte
période de temps
définie
• La forme de la courbe
démontre une
augmentation rapide
avec un pic défini, suivi
par un déclin graduel
604
Épidémie par Propagation

• Un cas de maladie est la
source de l'infection
– Les cas subséquents, à leurs
tours, servent de sources pour
des infections ultérieures
• La forme de la courbe
contient une série de pics,
successivement plus grands
• Cette tendance peut se
poursuivre jusqu'à ce que
– Le nombre de personnes
sensible est épuisé
– L’immunité de troupeau est
acquise
– Des mesures de contrôle sont
mises en œuvre
605
Taux de Reproduction de Base – R0
• Définition: Nombre prévu de cas secondaires

produits par une seule infection dans une
population complètement susceptible
– Si R0 <1: l'infection disparaîtra éventuellement
– Si R0> 1: l'infection continuera à se propager
• Facteurs qui influencent R0
– Probabilité d'infection lors de la rencontre entre
un individu sensible et un infecté
– Fréquence de contact entre sensibles et infecté
– Durée de l’infectivité
606
202
Immunité de Troupeau
• Proportion de personnes immunisées dans

une population au-dessus duquel une maladie
ne peut plus persister
– Seuil d’immunité
• R0 < 1
Susceptible
Infecté
Rétablie
Seuil d’immunité
607
Déterminer le Seuil d’immunité
• Combien de personnes doivent être vaccinées

afin d'acquérir l'immunité de troupeau?
– Vc = (1−1/R0)/E
• Vc : Proportion minimum critique qui doit être vaccinée
• E : Pourcentage des individus vaccinés qui sont
protégés (Mesure de l’efficacité du vaccin)
– Besoin de parvenir à un R0 ˂ 1
608
Détermination du Seuil d’immunité
• Exemple
– Une maladie donnée a un R0 de 3 et la vaccination
offre une protection à 100%. Combien de
personnes doivent être vaccinées afin d'acquérir
l'immunité de troupeau?
– Vc = (1−1/R0)/E
– Vc = (1−1/3)/1
– Vc = (1−1/R0)/E
– Vc = 0.66; donc 66% doivent être immunisés
609
203
Source de l’Agent Infectieux
• Réservoirs inanimés
– Certains pathogènes se retrouvent principalement
dans des habitats non vivants
– ex. Clostridium tetani; retrouvé dans le sol
• Réservoirs animés
– Le pathogène ne se retrouve pas habituellement
dans des habitats non vivants
– ex. Virus; parasite obligatoire
610
Réservoirs Humains
• Porteur actif
– Individu qui est atteint de la maladie et qui exprime les
symptômes qui y sont associés
• Porteur en incubation
– Individus sains qui hébergent le pathogène
– L'individu sera malade à une date ultérieure
• Porteur convalescent
– Individu qui a récupéré de la maladie
– N'exprime plus de symptômes
– Héberge un grand nombre de pathogènes vivants
• Porteur sain
– Individu n'a jamais été malade
– Héberge le pathogène
611
Réservoirs Animales
• Porteur sain
– Ne cause pas de maladie chez l’animal
– Peut-être un résident de la flore naturelle
• Ex. E. coli, Salmonella
• Porteur malade
– Cause la maladie chez l’animal
– La maladie peut être transmise à l’homme
• Zoonose
– Maladie qui peut être transmise d’un animal à l’homme
de façon naturelle
612
204
Contrôle du Réservoir
• Destruction du réservoir
– Animaux domestiques
• Ex. Tuberculose bovine, maladie de la vache folle
– Animaux sauvages (Très difficile)
• Rage, virus du Nil
– Humains (impossible)
– Réservoirs inanimés
• Élimination ou traitement possible
– Ex. Traitement des eaux usées
613
Quarantaine
• Buts:
– Éliminer/restreindre la propagation
– Le but n’est pas de secourir les malades!
• Maladies pour lesquelles une entente
internationale permet la mise en quarantaine :
– Variole
– Choléra
– Peste
– Fièvre jaune
– Fièvre typhoïde
– SARS
614
205

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Microbiologie Générale

• Enseignant: John Basso

• Principes et historique de la microbiologie

Sujets du Cours (suite)

Évaluation du Cours - Examen Final

• Cet examen est récapitulatif

Évaluation du Cours - Problèmes

• Périodiquement, 5 séries de problèmes seront

Points Bonis sur la Note Finale!!

Calcul de la Note Finale

• Est-ce que j’ai besoin d’un manuel de cours?

Définition d’un Microorganisme

• Dérivé du grec: Mikros, «petit» et

• Qui est vivant

Cellules Eucaryotes Vs Procaryote

Réagir à son Environnement

• Les organismes interagissent avec leur

Maintenir un Équilibre Interne

• La cellule essaie de maintenir un

• Les instructions pour l’organisation et le

• Les organismes acquièrent des changements

Organismes et Entités Étudiés par les

Domaines de la Microbiologie (Suite)

• Quelle (s) description (s) pourrait (ent) correspondre

Les Domaines et les Règnes

• Tous les organismes sont issus d’un ancêtre

• Unité de base en taxonomie qui représente un

• Tous les microorganismes se reproduisent de

Définition d’une Espèce

• Nom scientifique – Système binomial

Propriétés Utilisées pour la Classification

Propriétés Utilisées pour la Classification

Propriétés Moléculaires pour la Classification

• Hybridation d’acides nucléiques

Propriétés Moléculaires pour la Classification

• Séquençage d’acide nucléique

Classification en Trois Domaines

• Plus grand groupe de bactéries

Les Bactéries Photosynthétiques

• Incluent les Cyanobactérie, et quelques

• Caractéristiques semblables aux

Les Bactéries Gram Positives

• Possèdent une paroi faite de peptidoglycanes

Les Bactéries Atypiques

Domaine Archaea - Membranes

Domaine Eucarya: Règne Fungi

Domaine Eucarya: Règne Protista

• Protozoaires - “Premier animal”

I. Protistes Semblables aux Animaux

II. Protistes Semblables aux Plantes

Domaine Eucarya: Règne Plantae

• Organismes eucaryotes multicellulaires

Domaine Eucarya: Règne Animalia

L’Origine de la Vie – Le Débat?

• 300 av. J.-C. - Aristote

Hypothèse sur l’Origine de la Vie

• Aucune matière ne peut être créée ou

• Le blé + le ferment des sous-vêtements

17e Siècle- Francesco Redi

• Premier à contester l’hypothèse de la

• L’utilisation du microscope lui a permis de voir

18e Siècle; Controverse : Needham Vs. Spallanzani

• La question: Quelle est la cause de l’apparition