O Jogo da Evolução

Dispositivos do DNA que decidem quando e onde os genes são ativados

permitem aos genomas gerar a grande diversidade de formas animais a
partir de um conjunto muito semelhante de genes
por Sean B. Carroll, Benjamin Prud’homme e Nicolas Gompel

À primeira vista esta lista de animais poderia ser

a de um zoológico qualquer. Há um elefante, um
tatu, um gambá, um golfinho, uma preguiça, um
porco-espinho, morcegos grandes e pequenos,
musaranhos, alguns peixes, um macaco
Rhesus, um orangotango, um chimpanzé e um
gorila – para citar algumas das criaturas mais
conhecidas. Mas esse zoológico não é nada
como os outros já existentes. É um zoológico
“virtual” que contém apenas as seqüências de
DNA desses animais – as centenas de milhões
a bilhões de letras do código do DNA que
compõem a receita genética de cada espécie.

Os visitantes mais animados desse novo

zoológico molecular são os biólogos
evolucionistas, já que podem contar com um
registro extenso e detalhado da evolução. Há
muitas décadas, cientistas tentam entender
como a grande diversidade de espécies surgiu.
Já sabemos há meio século que as mudanças
em características físicas, da cor do corpo ao
tamanho do cérebro, vêm de mudanças no TOM DRAPER DESIGN; M.
JOHNSON Wellcome Images
DNA. No entanto, até recentemente, determinar (célula); NICK PARFIT Getty
precisamente quais mudanças nas vastas Images (zebra); DON FARALL
seqüências de DNA foram responsáveis por Getty Images (peixe);
conferir a cada animal sua aparência única DARLYNE A. MURAWSKI
estava fora de alcance. National Geographic/Getty
Images (mosca); DARRIN
KLIMEK Getty Images (rã);
Agora, os biólogos estão decifrando os registros MATHEW WARD Getty Images
de DNA para localizar as instruções que fazem (tigre); DAVE KING Getty
as diversas espécies ser tão diferentes umas Images (elefante); GEOFF
das outras e nos tornam diferentes dos DAN Getty Images
(chimpanzé); JOSE LUIS
chimpanzés. Essa empreitada levou a uma PELAEZ (humano)
grande mudança em nossa perspectiva. Durante
grande parte dos últimos 40 anos, os pesquisadores dedicaram a maior parte
de sua atenção aos genes – seqüências de nucleotídeos no DNA que
codificam as cadeias de aminoácidos, que formam as proteínas. Mas, para
nossa surpresa, as diferenças nas aparências acabaram por ser enganosas:
animais muito diferentes possuem conjuntos de genes muito semelhantes. As
trilhas da evolução estão agora nos levando a dispositivos dentro do DNA que
ativam e desativam a expressão gênica, que não codificam nenhuma proteína,
mas controlam quando e como os genes são usados. Alterações nesses
dispositivos são cruciais para a evolução da anatomia e fornecem novas visões
de como a aparentemente interminável variedade de formas do reino animal
evoluiu.

O Paradoxo da Codificação

Por um longo tempo, os cientistas certamente esperavam que as variações

anatômicas entre os animais fossem refletidas por diferenças claras no
conteúdo de seus genomas. Quando comparamos genomas de mamíferos
como o camundongo, o rato, o cachorro, o homem e o chimpanzé, no entanto,
vemos que seus respectivos catálogos de genes são notavelmente similares. O
número aproximado de genes no genoma de cada animal (cerca de 20 mil) e
as posições relativas de muitos genes se mantiveram bem constantes em 100
milhões de anos de evolução. Isso não quer dizer que não há diferenças no
número e na localização dos genes. Mas, à primeira vista, nada nesses
inventários gênicos diz “camundongo” ou “cão” ou “humano”. Ao compararem
os genomas do camundongo e do homem, por exemplo, os biólogos são
capazes de identificar no roedor genes equivalentes a pelo menos 99% dos
nossos.

Quando os biólogos avaliam individualmente os genes, de forma detalhada, a

semelhança entre espécies também é a regra. As seqüências de DNA de duas
versões quaisquer de um gene, bem como as proteínas que codificam, são
geralmente semelhantes em um grau que simplesmente reflete a quantidade
relativa de tempo que se passou desde que as duas espécies divergiram de um
ancestral comum. A preservação das seqüências codificantes ao longo da
evolução é particularmente intrigante quando consideramos os genes
envolvidos na construção e definição das formas do corpo.

Apenas uma pequena fração de todos os genes – menos de 10% – são

responsáveis pela construção e definição das formas do corpo dos animais
durante seu desenvolvimento de um óvulo fertilizado à forma adulta. O resto
está participando de tarefas diárias das células nos diversos órgãos e tecidos.
Diferenças anatômicas entre animais – no número, tamanho, forma ou cor de
partes do corpo – devem de alguma forma envolver genes de construção. Na
verdade, o estudo do papel central exercido na evolução por genes e nos
processos associados ao desenvolvimento da anatomia até ganhou seu próprio
apelido: evo-devo (abreviação em inglês para “evolução do desenvolvimento”).
Para os especialistas nessa área de pesquisa, como nós, a descoberta de que
as proteínas que constroem o corpo são ainda mais parecidas na média que
outras foi particularmente intrigante por causa do paradoxo que parece
apresentar: animais tão diferentes quanto um camundongo e um elefante são
modelados por um conjunto comum de proteínas de construção muito
semelhantes e funcionalmente indistinguíveis. O mesmo se aplica aos
humanos e a nossos parentes vivos mais próximos – a maioria de nossas
proteínas difere das dos chimpanzés em apenas um ou dois das centenas de
aminoácidos que compõem cada uma delas, e 29% de nossas proteínas têm
seqüência exatamente idêntica à deles. Como explicamos essa disparidade na
evolução quanto aos níveis de proteína e à anatomia? Em algum lugar de todo
aquele DNA genômico deve haver diferenças significativas que evoluíram. O
difícil é achá-las.

Controlando a Expressão Gênica

Nos humanos, as seqüências codificantes de proteína do DNA ocupam apenas

cerca de 1,5% de nosso genoma. Boa parte do DNA não-codificante não tem
função conhecida, mas algumas das seqüências participam da tarefa muito
importante de regulação da expressão gênica. E essas seqüências regulatórias
são cruciais para a evolução.

A expressão de um gene implica a transcrição de uma seqüência de DNA em

uma versão de RNA mensageiro (mRNA), e a tradução desse mRNA para uma
seqüência protéica. A expressão da maioria dos genes é regulada no nível
transcricional – as células não desperdiçam energia fabricando mRNAs e
proteínas de que não precisam. Muitos genes são, dessa forma, expressos
especificamente em determinado órgão, tecido ou tipo celular. Certas
seqüências não-codificantes de DNA podem exercer um papel crítico na
decisão de quando e onde isso acontece. Elas são componentes dos
dispositivos que ligam ou desligam genes no sítio e hora corretos. Proteínas
ligantes de DNA em seqüências específicas, chamadas fatores de transcrição
(que são os outros componentes desse dispositivo), reconhecem essas
seqüências de DNA, normalmente chamadas de acentuadoras ou promotoras
(enhancers). A ligação de fatores de transcrição à seqüência acentuadora no
núcleo celular determina se o dispositivo de expressão e o gene estão ligados
ou desligados naquela célula.

Todo gene contém pelo menos um acentuador. Ao contrário dos genes em si,
cujas regiões codificantes são prontamente identificadas em virtude da
gramática bastante simples do código genético, as regiões acentuadoras não
podem ser reconhecidas tendo como base apenas suas seqüências de DNA, e
devem ser identificadas experimentalmente. Geralmente, os acentuadores são
formados por centenas de pares de bases de comprimento e podem estar
localizados em qualquer um dos lados do gene, ou mesmo em uma seqüência
não-codificante dentro dele. Eles podem também estar a milhares de
nucleotídeos de distância do gene.

De suma importância para a nossa discussão aqui é o fato de que alguns

genes podem ter muitos acentuadores separados. Isso é particularmente
verdadeiro para genes que codificam proteínas que definem a anatomia. Cada
acentuador regula de forma independente a expressão do gene em diferentes
partes do corpo e em várias épocas do ciclo de vida do animal, de forma que a
expressão completa do gene é uma colcha de retalhos de vários locais de
expressão controlados independentemente. Esses acentuadores permitem que
o mesmo gene seja utilizado muitas vezes em diferentes contextos e, assim,
expandem enormemente a versatilidade funcional de genes individuais.

Um gene envolvido na coloração de partes do corpo de uma mosca-das-frutas

ilustra a lógica modular desse sistema de regulação gênica. O gene batizado
confusamente de Amarelo codifica uma proteína que promove a formação de
pigmentação negra (moscas mutantes, sem essa proteína, são amarelas). O
gene Amarelo tem acentuadores separados que o ativam durante o
desenvolvimento de várias partes do corpo, incluindo as asas e o abdômen.

Uma vez que o gene Amarelo exerce um papel durante o desenvolvimento de

tantos tecidos, mutações do gene em si seriam desastrosas se alterassem ou
desativassem a função da proteína, pois afetariam o funcionamento da proteína
de pigmentação Amarelo em todo o organismo. Por outro lado, mudanças em
apenas um dos acentua-dores do gene afetam apenas a função desse
acentuador e a expressão do gene Amarelo que é governada por ele, sem
modificar a expressão e o funcionamento da proteína em outros tecidos.

As implicações evolutivas da regulação modular de genes de definição das

formas do corpo são profundas. Teoricamente, mutações nos acentuadores
permitiriam que traços corporais individuais fossem seletivamente modificados,
sem alterar genes ou proteínas em si. Nos últimos anos, têm surgido
evidências diretas de que é assim que muitas vezes as várias formas e
padrões corporais apareceram.

Dispositivos em Evolução

Uma das estratégias mais importantes na biologia é identificar os modelos

experimentais mais simples do fenômeno que se pretende entender. Com
relação à evolução de um determinado padrão corporal, a cor é o melhor
modelo. Padrões de coloração corporal de mosca-das-frutas se diversificaram
rapidamente entre espécies proximamente relacionadas, e a análise de como
esses insetos adquiriram suas manchas e listras ilustra como e por que a
evolução dos dispositivos de ativação genética define a evolução da anatomia.

Em algumas espécies, os machos têm manchas de negro intenso na ponta das

asas, enquanto outras espécies não as têm. Em algumas dessas mesmas
espécies, os machos têm o abdômen muito escuro (que é como a mosca-das-
frutas mais famosa, a Drosophila melanogaster, recebeu seu
nome: melanogaster significa “barriga preta”), enquanto machos de outras
espécies não possuem essa faixa negra. Em espécies com asas pintadas, o
macho exibe suas pintas para a fêmea quando a corteja com uma dança.
Descobrimos que, em espécies manchadas, a proteína Amarelo é produzida
em níveis muito altos nas células que comporão as manchas e em níveis
baixos no resto das células da asa. Em espécies sem manchas, a Amarelo é
produzida em níveis baixos em toda a asa, gerando apenas um pontilhado
claro de pigmento negro.

Para entendermos como a Amarelo é produzida em uma mancha da asa em

algumas espécies e não em outras, buscamos nas seqüências de DNA
próximas ao gene Amarelo os acentuadores que controlam sua expressão em
várias partes do corpo. Nas espécies sem manchas, há um acentuador que
estimula a expressão do Amarelo em um padrão baixo e uniforme por toda a
asa. Essa atividade acentuadora na asa gera a coloração cinza claro. Quando
a porção correspondente de DNA de uma espécie manchada foi analisada,
descobrimos que ela estimula tanto esse padrão de expressão gênica de baixa
intensidade quanto o padrão intenso de manchas. O que ocorreu no curso da
evolução das espécies manchadas é que novos sítios de ligação para fatores
de transcrição produzidos na asa evoluíram na seqüência acentuadora de DNA
do Amarelo. Essas mudanças criaram um padrão de expressão – manchas na
asa – sem alterar onde a proteína Amarelo é fabricada ou como ela funciona
em outros locais do corpo.

Uma história semelhante ocorreu na evolução da faixa preta no abdômen mas

com uma diferença. Embora tenhamos uma tendência natural a pensar que a
presença de uma característica em uma espécie e sua ausência em outra
espécie relacionada é o resultado de um ganho pela primeira, muitas vezes
esse não é o caso. O outro lado da moeda na evolução, a perda de
características, é muito comum, apesar de menos conhecida. Talvez a perda
de características corporais ilustre melhor por que a evolução dos
acentuadores é o caminho mais provável da evolução da anatomia.

Um acentuador do gene Amarelo comanda sua expressão no abdômen. Em

machos de espécies com a faixa negra, esse acentuador direciona a expressão
do gene Amarelo em altos níveis em células da parte posterior do abdômen.
Mas algumas espécies, como a Drosophila kikkawai, perderam essa faixa
pigmentada no curso da evolução. Na D. kikkawai, o acentuador não é mais
capaz de estimular altos níveis de expressão de Amarelo na parte posterior do
abdômen porque algumas mutações degradaram alguns de seus sítios de
ligação para fatores de transcrição.

É importante enfatizar que o gene Amarelo permanece ativo no restante do

corpo e que sua função bioquímica está intacta. Embora um dos caminhos para
perder a faixa negra pudesse ter sido por meio de mutações que desativassem
o gene Amarelo e sua proteína, essa via não é permitida pela seleção natural,
já que a perda da função da Amarelo em outros lugares do corpo teria
conseqüências adicionais negativas.

A perda de características pode ou não ser benéfica para a sobrevivência ou

maior sucesso reprodutivo, mas algumas perdas são adaptativas porque
facilitam alguma mudança no estilo de vida. Membros posteriores, por exemplo,
foram eliminados várias vezes no caso de vertebrados – como cobras, lagartos,
baleias e peixes-boi –, e essas perdas estão associadas à adaptação a
diferentes hábitats e meios de locomoção. Os precursores evolutivos dos
membros posteriores dos vertebrados são as barbatanas pélvicas dos peixes.
Diferenças cruciais na anatomia delas também evoluíram em populações de
peixes proximamente relacionadas. O peixe-espinho aparece em duas formas
em muitos lagos da América do Norte – em águas profundas, sua pelve é
completamente coberta de espinhos; aqueles que vivem no assoalho de águas
rasas tiem a pelve dramaticamente reduzida e os espinhos, atrofiados. Em
águas profundas, os espinhos ajudam a impedir que o peixe seja engolido por
predadores maiores. No entanto, no assoalho do lago, esses espinhos são um
ponto fraco, pois larvas de libélula que se alimentam dos peixes jovens
conseguem agarrá-los.
As diferenças na morfologia da pelve entre esses peixes evoluíram repetidas
vezes em apenas 10 mil anos desde a última era glacial. Grandes peixes-
espinho oceânicos colonizaram muitos lagos separados, e a variedade com
pelve reduzida evoluiu de forma independente diversas vezes. Como esses
peixes são muito próximos e conseguem ter reprodução interespécies em
laboratório, os geneticistas podem mapear os genes envolvidos na redução da
pelve. David M. Kingsley, da Stanford University, juntamente com Dolph
Schluter, da University of Bristish Columbia e seus colegas, demonstraram que
mudanças na expressão de um gene envolvido na construção do esqueleto da
pelve estavam associadas à sua redução. Como a maior parte dos outros
genes de construção corporal, o Pitx1 tem várias funções no desenvolvimento
do peixe. Mas sua expressão é perdida de forma seletiva na área do peixe que
dará origem ao broto da barbatana pélvica e seus espinhos. Mais uma vez,
mudanças evolutivas em um acionador são as responsáveis. Não há mudanças
codificantes na proteína Pitx1 entre as diferentes formas de peixe-espinho.

O Amarelo, o Pitx1 e a maioria dos outros genes de construção e definição das

formas do corpo são pleiotrópicos, ou seja, influenciam a formação e o
aparecimento de várias características. Mutações na seqüência codificante de
um gene pleiotrópico provocam uma série de efeitos em todas as
características controladas por ele, e é improvável que uma quantidade
drástica de mudanças seja tolerada pela seleção natural. A lição crucial da
evolução de pintas, faixas e esqueletos é que as mutações em seqüên-cias
regulatórias contornam os efeitos pleiotrópicos em seqüências codificantes e
permitem uma modificação de partes individuais do corpo. Mutações nas
seqüências regulatórias não são o único modo de evolução – são apenas a via
mais provável quando um gene tem vários papéis e um deles é modificado
seletivamente.

Genes em Comum, Variedade sem Fim

A evolução dos acentuadores não está, de forma alguma, limitada aos genes
que afetam a forma corporal, nem apenas a moscas-das-frutas e peixes
estranhos. Uma série de exemplos de mudanças evolutivas em seqüências
regulatórias que alteram a expressão gênica foi demonstrada para
características humanas também.

Um dos casos mais impressionantes na evolução humana recente representa

uma adaptação, por meio da perda seletiva da expressão de um gene, a um
ambiente onde a malária é endêmica. Além dos familiares tipos de sangue A, B
e O, outros considerados secundários têm sido bastante estudados. A condição
de uma proteína chamada Duffy, presente na superfície de glóbulos vermelhos
sangüíneos, define um desses tipos. A proteína Duffy constitui parte do
receptor que é utilizada por um parasita que provoca a malária, o Plasmodium
vivax, para infectar os glóbulos vermelhos. Mas, na África ocidental, a proteína
está ausente das células sangüí-neas de quase 100% da população, tornando
as pessoas resistentes à infecção. O gene Duffy é também expresso em vários
outros tecidos corporais, inclusive por células do baço, rins e cérebro. Na
população africana, a expressão do Duffy nesses outros tecidos está
preservada. Não surpreendentemente, essas pessoas Duffy-negativas portam
uma mutação em um acentuador do gene Duffy que elimina o sítio de ligação
para um fator de transcrição que ativa a expressão desse gene nos
precursores das hemácias, mas não tem efeitos na produção da Duffy em
outros locais do corpo.

Gregory A. Wray, da Duke University, e seus colaboradores identificaram

outros aspectos da biologia humana que evoluíram por meio de mutações em
acentuadores de diversos genes humanos. Uma das associações mais
intrigantes revelada até agora engloba a divergência nas seqüências
regulatórias humana e dos grandes primatas que controlam o
gene Prodinorfina, que codifica um conjunto de pequenas proteínas opióides
produzidas no cérebro e que atuam na percepção, comportamento e memória.
O gene humano é levemente mais expresso em resposta a estímulos que a
versão do chimpanzé, e fortes evidências sugerem que a seqüência regulatória
humana evoluiu sob seleção natural – ou seja, foi mantida por ser vantajosa.

Como os exemplos ilustram, mutações no DNA regulatório indubitavelmente

exerceram um papel na evolução humana, e a variação regulatória também
pode ser uma fonte importante de diferenças físicas e de saúde entre as
pessoas. Já que os cientistas não podem manipular o DNA de humanos vivos
como o fazem com moscas e peixes, é mais difícil estudar certos exemplos de
mudança em DNA regulatório responsáveis por nossa divergência de outras
espécies, embora alguns novos métodos de análise genômica estejam
produzindo resultados iniciais animadores.

Ainda estamos no início da pesquisa acerca da evolução das seqüências de

DNA reguladoras de genes. Centenas de milhares de dispositivos de
expressão genética no zoológico virtual de genomas ainda estão para ser
descobertos ou investigados. No entanto, biólogos já estão aprendendo novos
princípios: mudanças evolutivas na anatomia, particularmente as que envolvem
genes pleiotrópicos, ocorrem mais provavelmente via mudanças em
acentuadores gênicos que nos genes em si.

Esse fenômeno também revela como muitos grupos diversos de animais

podem compartilhar a maioria, se não todos, os genes envolvidos na
construção e definição das formas do corpo. Ao contrário das expectativas
iniciais dos cientistas, a questão é, principalmente, como e quando esses
genes são usados para moldar as diferentes formas do reino animal. Se
realmente quisermos entender o que faz as formas humanas diferentes
daquelas de outros primatas e o que torna um elefante distinto de um
camundongo, grande parte da informação não está em nossos respectivos
genes e proteínas, mas em um domínio completamente diferente de nossos
genomas que permanece inexplorado.

CONCEITOS-CHAVE
- Uma vez que os genes codificam as instruções para a constituição do corpo
dos animais, os biólogos esperavam encontrar diferenças genéticas
significativas entre eles, refletindo sua grande diversidade de formas. Mas, na
verdade, descobriram que animais muito diferentes possuem genes muito
semelhantes.
- Mutações em dispositivos que controlam a expressão de genes que definem
as formas do corpo, e não nos genes em si, têm sido uma fonte significativa de
diferenças evolutivas entre animais.

- Se os humanos quiserem entender o que distingue os animais, incluindo nós

mesmos, uns dos outros, será preciso olhar além dos genes.
– Os editores

DETECTANDO O DISPOSITIVO
TAMI TOLPA

Para entenderem quando e onde um acentuador

regula a expressão de um gene, os cientistas
montam um fragmento de DNA contendo a
seqüência do acentuador e um gene indicador
que produzirá um sinal visível quando estiver
ativo. Depois que essa montagem de DNA é
injetada em um embrião de uma única célula,
passa a integrar o genoma do animal e estar
presente em todas as células do corpo em
desenvolvimento. A ativação do gene indicador
revela o papel do acentuador em processos de
construção corporal durante o desenvolvimento.

Em Busca de Dispositivos
Um dos principais limitadores do ritmo de
descoberta de acentuadores humanos tem sido a
dificuldade de identificar onde eles residem nas
vastas regiões não-codificantes do genoma
humano. Os biólogos têm agora usado o poder de
preservação da seleção natural para farejar
seqüências de DNA não-codificante que ficaram
surpreendentemente bem conservadas ao longo
das grandes escalas do tempo evolutivo, na esperança de detectar
acentuadores.

Nesse artigo, enfatizamos mudanças em acentuadores que explicam

diferenças entre organismos. Mas é fácil perceber que alguns executam
funções que não se modificaram. Enquanto o ritmo constante das mutações
corrói a semelhança geral entre as seqüências de DNA de diferentes espécies
à medida que divergem, a seleção natural mantém as seqüências de
acentuadores que conserva sua função, algumas vezes em um grau
extraordinário.

O senso comum diz que os advogados e os tubarões têm muitas semelhanças.

Mas quem adivinharia que as semelhanças vão até o nível do DNA? Isso é
basicamente o que pesquisadores do Instituto de Biologia Celular e Molecular
de Cingapura e do Craig Venter Institute em Rockville, Maryland,
demonstraram. A equipe mostrou que apesar dos mais de 500 milhões de anos
que separam os tubarões dos humanos, compartilhamos quase 5 mil
elementos em regiões não-codificantes próximas a genes que aparentam ser
acentuadores. Notavelmente, a maioria desses elementos altamente
preservados está localizada na vizinhança de genes de construção corporal,
refletindo a arquitetura corporal geral compartilhada pelos vertebrados.

Todo vertebrado tem características anatômicas – órgãos, tecidos, tipos

celulares, e assim por diante – que foram preservadas durante sua
diversificação. Em distâncias evolutivas mais curtas, o número de elementos
compartilhados e o grau de semelhança aumentam.

A comparação de genomas está, portanto, rapidamente expandindo o catálogo

de acentuadores conhecidos de humanos, mamíferos e vertebrados, e pode
levar à identificação de seqüências envolvidas na divergência de formas
corporais. – S. B. C., B. P. e N. G.

PARA CONHECER MAIS

Evolution at two levels: on genes and form.Sean B. Carroll, em PLoS
Biology, vol. 3, no 7, págs. 1159-1166, julho de 2005.

Endless forms most beautiful: the new science of evo devo and the
making of the animal kingdom. Sean B. Carroll. W. W. Norton, 2005.

The making of the fittest: DNA and the ultimate forensic record of
evolution.Sean B. Carroll. W. W. Norton, 2006.

The evolutionary significance of cis-regulatory mutations. Gregory A.

Wray, em Nature Reviews Genetics, vol. 8, págs. 206-216, março de 2007.

Emerging principles of regulatory evolution.Benjamin Prud’homme, Nicolas

Gompel e Sean B. Carroll, em Proceedings of the National Academy of
Sciences USA, vol. 104, Suplemento 1, págs. 8605-8612, 15 de maio de 2007.

Para links para recursos didáticos, acesse www.seanbcarroll.com

Sean B. Carroll, Benjamin Prud’homme e Nicolas Gompel trabalharam

juntos por muitos anos para decifrar como a evolução de seqüências
regulatórias de DNA define a morfologia animal. Carroll é pesquisador do
Howard Hughes Medical Institute, professor de biologia molecular da University
of Wisconsin – Madison e autor de dois livros populares sobre evolução.
Prud’homme e Gompel, ambos ex-alunos de pós-doutorado do laboratório de
Carroll, agora estudam a evolução de formas e comportamento animal em seu
próprio laboratório na França, no Instituto de Biologia do Desenvolvimento de
Marselha Luminy.