Teritoriul actual al Bosniei-Herțegovina a fost locuit în antichitate de către triburile ilire.
Statul roman a ocupat teritoriul actual în urma unor conflicte care au durat aproximativ trei secole. În mod cert teritoriul era cucerit de către Imperiu în timpul domniei lui Octavianus Augustus, la începutul primului secol al erei creștine. Teritoriul actual al Bosniei-Herțegovina a fost parte a provinciilor Iliricum și Dalmația. În perioada administrației romane, pe teritoriul celor două provincii a avut loc un proces intens de colonizare și romanizare a populației ilire. Există anumite teorii care susțin că mulți dintre coloniștii stabiliți în Dacia proveneau din aceste provincii (în special din Dalmația). În anul 395, când Imperiul roman a fost divizat între Imperiul de răsărit și cel de apus, linia de demarcație dintre acestea trecea prin actualul teritoriu al Bosniei-Herțegovina. Odată cu prăbușirea autorității imperiale în occident și cu slăbirea ei în răsărit, teritoriul este stăpânit succesiv de ostrogoți, alani și huni. În timpul domniei împăratului bizantin Justinian, teritoriul reintră pentru scurtă vreme sub autoritatea Imperiului de răsărit. Între secolele V-VII are loc sosirea în masă și stabilirea slavilor. Slavii s-au stabilit în valuri succesive, amestecându- se cu autohtonii iliri, celți, traci și cu populația romanizată rămasă aici (vlahii). Stabilirea slavilor în Bosnia a fost unul din primele elemente determinante ale istoriei acestui stat. Istoricul John Fine menționează că în Bosnia a existat o populație numeroasă pre-slavă și anume vlahii care sunt înrudiți cu românii și vorbeau o limbă asemănătoare cu limba română dar a căror urmași au fost slavizați și vorbesc astăzi o limbă slavă. Un alt element major, marea schismă din 1054 va influența istoria Bosniei. Teritoriul se află la limitele ortodoxiei și catolicismului. Din acest motiv, populația este divizată sub aspect confesional. În perioada respectivă se formează și Biserica Bosniacă, o grupare considerată eretică atât de către ortodocși cât și de către catolici. Datele despre Biserica Bosniacă sunt foarte sărace și sunt exclusiv prezentate de către clericii catolici. Unii autori (în special istoricii croați), susțin că membrii ei erau susținători ai bogomilismului. Alți autori (în special cei occidentali) susțin că Biserica respectivă respecta în principiu ritualul catolic însă ieșită de sub autoritatea Papei. În mod cert clasa feudală din Bosnia, deși a profesat catolicismul, a păstrat legături strânse cu Biserica Bosniacă locală. În această perioadă apar primele formațiuni statale bosniace. Primul monarh, banul Kulin este instaurat pe tron în anul 1180 de către Imperiul bizantin, apoi în anul 1183 se aliază cu Regatul Ungariei. În timpul său statul bosniac ocupă apoximativ actualul teritoriu al Bosniei - Herțegovina. Tratatul între Bosnia și Republica Dubrovnik, Carta Banului Kulin, definește teritoriul Bosniei, între râurile Una, Sava și Drina, care marchează și azi granițele statului Bosnia-Herțegovina. Carta este considerată certificatul de naștere al statului bosniac.