Sunteți pe pagina 1din 53

Diversitatea în lumea vie.

Procariote, eucariote, regnuri


Curs 1
Suciu Maria
Cuprins:
Apariția vieții
Teorii pentru originea și apariția vieții
Evoluția vieții
Monera. Eubacteria
Archaea
Eukaria. Protista și Cromista
Eukaria. Fungi
Eukaria. Plantae
Eukaria. Animalia
Teorii despre evoluția vieții
Metode pentru analiza diferențierii
speciilor
Apariția vieții
În urmă cu:
• 4.6 miliarde ani - formarea Pământului
• suprafața pământului era ocupată de H2O, CH4, CO2, NH3 care se reciclau
• nu exista oxigen în atmosferă
• temperaturi înalte, furtuni cu descărcări electrice, gaze vulcanice
• 3.8 – 3.9 miliarde ani - apariția vieții pe Pământ.
• 3.5 miliarde ani - primele forme de procariote
• 2.5 miliarde de ani - primele forme de eucariote
Apariția vieții
Teorii pentru originea și apariția vieții:
• Teoria generației spontanee - Antichitate
• susținută de Aristotel
• materia ne-vie se transformă spontan în micro-organisme vii
• a fost demontată repetat în secolele 17-19

Aristotel și Platon
”Școala din Atena” – Rafael, sec 16
Vatican
Apariția vieții
Teorii pentru originea și apariția vieții:
• Teoria creaționistă
• a apărut odată cu dezvoltarea și dispersia religiilor politeiste și monoteiste
• viața și materia a fost creată de Dumnezeu/de zei/putere supranaturală

”Facerea lui Adam”


Michelangelo, sec 16
Capela Sixtină
Vatican
Apariția vieții
Teorii pentru originea și apariția vieții:
• Teoria biogenezei – sec 17-19
• propusă și demonstrată de Redi, Spallanzani și Pasteur
• viața se naște din viață

Francisco Redi, Muzeul Uffizzi, Luis Pasteur, Muzeul Getty, Los Angeles
Florența
Apariția vieții
Teorii pentru originea și apariția vieții:
• Teoria cosmică (panspermia) – sec 19
• propusă de Svante Arrhenius
• origine extraterestră: meteori, meteoriți, comete
• viața a fost adusă sub formă de ”spori”
• azi își găsește numeroși susținători pentru ca s-au găsit molecule cheie ”building
blocks” (ex: aminoacizi) în meteoriți, specii care supraviețiuesc în spațiu
Apariția vieții
Teorii pentru originea și apariția vieții:
• Teoria evoluției chimice din ”supa primordială” - Oparin-Haldane (1920)
• a fost propusă de Oparin și Haldane (1920) și a fost testată de Miller și Urey in 1953
• sinteza abiotica de aminoacizi, nucleotide, lipide, glucide, pigmenți (organice) în
atmosferă reducătoare din: CH4, NH3 + ioni+temperatură înaltă; S, Fe+UV+fulgere
• pași: legarea moleculelor organice în polimeri și molecule complexe, atracția spontană în
agregate coloidale numide coacervate, organizarea lor în protobionți
(membrană+mediu intern diferit de extern) și apoi autoreplicare
• se poate testa și azi la nivelul vulcanilor activi subacvatici sau în laborator
Viața = capacitate de (auto)replicare + metabolism

Molecule cu capacitate de replicare: ADN și ARN


Molecule cu capacitate enzimatică (metabolism): proteine (ca atare, glicoproteine,
lipoproteine), ARN
Care credeți că ar fi putut fi primele molecule cu capacitate de replicare si de metabolism?

Proteinele ARN ADN


Ribozime = ARN cu
capacitate enzimatică
Protobiont
• sau eobionți sau proto-celulă
• veziculă lipidică cu mici
vezicule lipidice (coacervate) Protobiont

la interior
• coacervat = agregat sferic de
molecule atrase între ele și
delimitate de un înveliș Coacervate
lipidic
• coacervatele acumulează și
pierd material, se separă și
se unesc
• conținut diferit de mediul
extern care determină un
mediu propice pentru
funcționarea ribozimelor
• ribozimele = molecule cu
capacitate de replicare și
metabolism

Probabil prima formă de VIAȚĂ


premergătoare procariotelor
Apariția vieții
Metabolismul
• coacervatele aveau un schimb permanent cu
mediul extern
• se presupune că glicoliza anaerobă (glucoză-acid
lactic) a fost printre primele mecanisme
energetice ale primelor forme celulare
• fotosinteza este considerată următoarea formă
apărută evolutiv pentru obținerea energiei
(primele procariote foloseau lumina pentru
conversia H2S și CO2 în molecule organice)
• fotosinteza a avut ca urmare apariția
metabolismului oxidativ (glicoliza aerobă:
glucoză-piruvat) cu cea mai mare eficiență
energetică
• metabolismul energetic este foarte conservat:
adenozin trifosfat (ATP) molecula energetică a
lumii vii
Evoluția vieții
Evoluție:
• proces lent, gradual și constant de
formare a organismelor complexe prin
schimbarea din forme ancestrale de la
apariția vieții până în prezent
Dovezi ale evoluției:
• paleontologice – fosile
• morfologice/anatomice – anatomie
comparată
• radiație adaptativă – evoluție dintr-un
trunchi comun, prin adaptare și
selecție naturală
• biochimice – proteine și gene
omoloage la specii diferite
• embriologice: stadii embrionare
similare la specii inrudite
Evoluția vieții
3.9 mld ani: Protobiont – prima formă
de viață

Precambrian Proterozoic -Precambrian 2.5 miliarde ani - primele forme de eucariote


Archean – Precambrian 3.5 miliarde ani - primele forme de procariote
Archean – Precambrian 3.8 – 3.9 miliarde ani - apariția vieții pe Pământ.
4.6 miliarde ani - formarea Pămantului
Evoluția vieții

3.5 mld ani: Procariote


Ex: stromatolite fosile de 3.5 mld ani

Stromatolite – cea mai veche formă de viață găsită în fosile


Precambrian Proterozoic -Precambrian 2.5 miliarde ani - primele forme de eucariote
Archean – Precambrian 3.5 miliarde ani - primele forme de procariote
Archean – Precambrian 3.8 – 3.9 miliarde ani - apariția vieții pe Pământ.
4.6 miliarde ani - formarea Pămantului
UK
Evoluția vieții
Stromatolitele:
• procariote-bacterii asemănătoare
cianobacteriilor
• trăiau în atmosferă fără O2
• realizau fotosinteză și eliberau O2
• fototaxie – motile
• formau colonii - structuri
pietroase de aragonit (CaCO3) și
siliciu Bahamas
• au avut dezvoltare maximă în
Proterozoic
• au determinat Marea oxigenare a
Pământului / Evenimentul de
oxidare a Pământului
• forme actuale de stromatolite: de
la ape dulci la lacuri hipersaline
Evoluția vieții
Bacteria și Archea
• pot fi găsite în aproape toate mediile, inclusiv:
• extreme (sarate, reci, fierbinți, acide, bazice)
• roci la 3 km adâncime
• variabilitate mare
• adaptabilitate mare
• dimensiuni mici: câțiva microni
• diviziune simplă – fisiune binară, înmugurire, sporulare
• unicelulare dar pot trăi în colonii
Evoluția vieții
3.9 mld ani: Protobiont – prima formă
de viață
3.5 mld ani: Procariote (stomatolite)
2.5 mld ani: Eucariote

Grypania spiralis – algă multicelulară, cea mai veche fosilă


de eucariote
Precambrian Proterozoic -Precambrian 2.5 miliarde ani - primele forme de eucariote
Archean – Precambrian 3.5 miliarde ani - primele forme de procariote
Archean – Precambrian 3.8 – 3.9 miliarde ani - apariția vieții pe Pământ.
4.6 miliarde ani - formarea Pămantului
Evoluția vieții
Eucariotele:
• au apărut în timpul oxigenării Pământului
• au evoluat din schimburi genetice între procariote +
endosimbioze seriale cu procariote
• aveau formă similară amoebelor
• aveau invaginări membranare
• membranele plasmatice conțin steroli (ex:
colesterol) – element definitoriu pentru eucariote
• endosimbioza mitocondriei – din grupul alfa
proteobacteria
• endosimbioza cloroplastului – din cianobacteria
(determinat pe baza genei SSU-rRNA = small subunit
ribosomal ARN ce se găsește în toate formele de
viață)
Procariote prădătoare au preluat procariote autotrofe
(bacterii și arhee), au încorporat părți din genomul
lor = entități de sine stătătoare
Evoluția vieții
Multicelularitatea
• întâlnită la procariote și
eucariote
• a permis specializarea
tipurilor de celule
• a dus la diversificarea nișelor
de viață
• s-a realizat de mai multe ori
printre eucariote - a dus la
formarea diferitelor linii
filogenetice (alge, plante,
fungi, animale): regnuri
• a început în Precambrian și a
explodat în Cambrian
Evoluția vieții
Taxonomie - Sistematică. Domenii și Regnuri
• 1,8x106 specii cunoscute și descrise
• Aristotel și Hipocrate sec. 3-4 î.e.n. – prima categorisire bacteria archaea
• Plinius cel Bătrân sec 1 – sistem de clasificare ”Historia
Naturalis”
• Linnaeus (1735)- Sistema Naturae și Species Plantarum:
animale, plante, minerale (Animale, Vegetabile, Lapideum)
– sistem binomial
• Huxley (1940) și Whittaker (1969): noua taxonomie
unificată (sistematica clasică+genetică+teoria Darwinistă): cromista protozoa
Bacteria și Eukaria cu Monera, Protista, Plantae, Fungi,
Animalia
• Woese (1990): taxonomie bazată pe filogenie - domeniile plantae
Bacteria, Archaea, Eukaria, Regnuri: Archebacteria,
Monera, Protista, Mycota, Plantae, Animalia
• Rugierro – Cavalier, Smith (2015): Bacteria, Archaea,
Protozoa (Protista), Cromista, Plantae, Fungi, Animalia -
caracteristici macro și microscopice (taxonomie clasică) + fungi
ultrastructurale (microscopie electronica) + moleculare
(taxonomie moleculară)
• discuția rămâne deschisă...
animalia
Monera. EuBacteria capsule bacteriene
• microorganisme procariote
• unicelulare dar pot trăi în colonii
• dimensiuni de 1-5 µm
• forme: coc (coci, diplococi, streptococi,
stafilococi), bacil, spiril, spirocheți
• nu au nucleu, nu au organite delimitate de
membrane
• au perete celular (Surface-layer) ce conține
peptidoglicani
• simplu (Gram +) conțin peptidoglicani cu rețea
densă
• dublu (Gram -) conțin mai puțin peptidoglican dar
au lipopolizaharide
• sunt acoperite de o capsulă de polizaharide si
proteine –aderență, colonizare, patogenitate
• fimbrii, pili, pili sexuali/de conjugare (din
fimbrilină sau pilină) și flageli (flagelină)
• motile (direcționată – taxie, sau nu) sau fără
capacitate de deplasare
pili de conjugare fibrii și pili
Monera. EuBacteria
• ADN circular = cromosom cu puține
proteine asociate, liber în citoplasmă, într-o
zonă numită nucleoid
• pot conține plasmide = inele de ADN cu
gene de rezistență, de conjugare, de
metabolism special
• înmulțire asexuată prin fisiune binară
• realizeaza transfer lateral de material
genetic (conjugare) între specii =
diversitate genetică
• nu au histone
• un singur tip de ARN polimerază
• ribosomi 16S
• se pot transforma în structuri de rezistență
= endospori (Bacillus anthracis)
Monera. EuBacteria autotrofe - ficocianină

• autotrofe (fotoautotrofe, chemoautotrofe) sau


heterotrofe (fotoheterotrofe, chemoheterotrofe)
• aerobe, anaerobe, facultativ aerobe/anaerobe
• simbiotice, parazite/patogene, oportuniste
Fotoautotrofe: lumină+ subst. anorganice
• fotosintetizatoare: CO2 și lumină = sursă de
energie
• ex: cianobacteria
Chemoautotrofe: subst. anorganice
• CO2 + H2S/NH3/Fe2+ = sursă de energie heterotrofe – incluziuni de S
• ex: sulfobacterii, nitrobacterii
Fotoheterotrofe: lumină + subst. organice
• lumină + substanțe organice = sursă de energie
• ex: Rhodobacter
Chemoheterotrofe: subst. organice
• substanțe organice (glucoză) = sursă de energie
• ex: Clostridium
Cea mai mare bacterie descoperită:

Thiomargarita namibiensis
• 750 µm
• sulfuroasă
Cea mai mică bacterie descoperită:

Mycoplasma genitalium
• 0.1 µm, 580 kb
• nu are perete celular
• parazită intracelular
• anaerobă
Archaea
• sunt considerate regn din 1977 (Woese) pe baza
ARN 16S
• majoritatea extremofile: termofile, halofile,
metanogene (la rumegătoare)
• conțin bacteriorodopsină – pigment roșu
fotosintetizator (la arhaeele halofile), nu conțin
clorofilă
• metanogeneza apare doar la arhee
(metanogenele produc CH4 din CO2 și H2)
• ADN circular, liber in citoplasmă, cu histone
• numeroase ARN polimeraze perete celular • Sulfolobus – 90°C izvoare vulcanice
• lipidele membranare sunt ramificate și au bacterian
• Pyrolobus fumarii - 113°C vulcani subacvatici
lanțuri izoprenice legate eteric de L-glicerol (spre •Pyrococcus furiosus – ADN polimeraza pt PCR
deosebire de bacterii și eucariote care au ac. •Picrophilus – mediu acid de pH 0
grași neramificați cu legături esterice cu D-
glicerol)
• membranele plasmatice pot fi monostrat cu Archaea
două capete fosfat
• au perete celular (Surface-layer) fără
peptidoglicani, mai puțin rigid decât la bacterii și
cu pori mai mari Bacteria
• se coloreaza Gram + și - perete celular arhean
• nu răspund la majoritatea antibioticelor
Cea mai mică Arhee descoperită
Nanoarchaeum equitans
• cel mai mic genom
celular (490 kb)
• cea mai mică celulă
(400 nm = 0.4 µm)
• descoperită în 2002 în
guri hidrotermale
oceanice (80°C, pH 6)
• simbiont obligat cu o
altă arhee Ignicoccus
Eucariote: Protista și Cromista
• fost regn, actual împărțit între celelalte regnuri ale domeniului
Eukaria
• specii unicelulare (majoritatea)
• caracteristicile taxonomice clasice nu le puteau atribui
animalelor, plantelor sau fungilor
• specii eucariote, majoritar acvatice (protozoare, diatomee,
alge)
• structura eucariotă tipică: nucleu, mitocondrii, plastide, Golgi,
RE, etc
• pot avea 1 sau mai mulți nuclei, micronuclei și macronuclei
• au flageli și cili (dublete microtubuli 9+2)
• se pot deplasa prin pseudopode, mișcare flagelară, ciliară,
Wriggling (similar râmelor), propulsie de mucilagiu
• Cromistele au clorofilă c și nu au amidon ca formă de depozit
de glucoză, ci diverse forme de poliglucide
• pot fi hetero, auto sau mixotrofe, saprofite, parazite, simbiote
• se reproduc în feluri diverse: fisiune binară, fisiune multiplă,
plasmotomie, înmugurire, mitoză, meioză, conjugare, zoospori
și singamie
Eucariote: Protista și Cromista
• au plastide care se presupune că s-au format prin
endosimbioză secundară: un eucariot cu plastid a fost
înglobat într-un alt eucariot – plastidele sunt înconjurate de
3 sau 4 membrane și au un conținut nuclear vestigial
(nucleomorf) – plastide secundare
• sunt grupuri care au și plastide primare (endosimbioza unui
procariot fotosintetizator) la fel ca plantele
Eucariote: Protista și Cromista dinoflagelate parameci

• unele nu au plastide și au mitocondrii fără material


genetic (anaerobe – ex: Giardia intestinalis;
Trichomonas vaginalis)
• grupul euglenelor: fără perete celular dar au o diatomee Trypanosoma
peliculă proteică, au kinetoplast = mitocondrie
singulară imensă cu ADN organizat, citostom,
vacuole contractile, organit vizual+detector pt.
lumină (stigma), depozit de paramilon (polimer de
glucoză)
foraminifere
• grupul algelor diatomee și radiolarii: perete celular
dantelat din Si, depozite de laminarină (polimer de
glucoză)
radiolaria
• grupul amibelor: pseudopodii
• grupul foraminiferelor: majoritatea sunt fosile,
multicamerale, au o carcasă poroasă de calcar
Eucariote: Protista și Cromista
• grupul mucegaiului
mâzgă/mucegai de șlam: o
singură celulă multinucleată
(plasmodiu), se mișcă pulsatoriu,
saprofite
• grupul algelor roșii/verzi/brune:
multicelulare sincițiale sau
propriu-zise, conțin pigmenți
fotosintetizatori din toate
categoriile (ficoeritrină, clorofilă alge
a,b,c) – pot absorbi lumină din tot
spectrul, au perete celular din
celuloză
zigomicete chitride
Eucariote: Fungi
• au evoluat din o specie flagelată,
asemănătoare protistelor heterotrofe –
sunt mai înrudite cu animalele decât cu
plantele
• multicelulare, cu câteva excepții
• heterotrofe: secretă enzime la exterior și bazidiomicete ascomicete
absorb moleculele rezultate din digestie,
pot fi saprofite, parazite
• celulele nu sunt motile, cu câteva excepții
• au perete celular din chitină
• înmulțire: asexuată (fragmentare, fisiune,
înmugurire) și sexuată (meioză - oospori,
ascospori, bazidiospori)
• Phycomycetes (acvatice), Ascomycetes
(micelii filamentoase), Basidiomycetes
(ciuperci cu carp), Deuteromycetes
Eucariote: Fungi
• Armilaria ostoyae – un organism
întins pe 890 ha, cu o durată de
viață de 2600 ani (până în
prezent)
• Arthobotrys sp. – hife modificate
pt. capturarea prăzii
• Cordyceps sp. – parazite la
insecte – induc modificări
comportamentale
Eucariote: Plantae alge Chara

• au populat uscatul de acum 500


mil. ani (Ordovician)
• din Devonian există plante
vasculare (400 mil.)
• din Triasic există plante cu flori
(200 mil.)
• se consideră că au evoluat din
alge verzi (ancestori ai Chara și
Colechaete)
• terestre, cu câteva excepții
• au celule de sine stătătoare
organizate în țesuturi/organe - o
diversitate enormă de
specializări
Eucariote: Plantae rozete sintetizatoare de celuloză

• au meristeme
• perete celular rigid din celuloză sau lignină
• cloroplastele au clorofilă a și b
• rozete – complexe sintetizatoare de celuloză
• peroxizomi – enzime de peroxidare
• cuticulă (poliesteri și ceruri)
• compuși metabolici secundari (alcaloizi,
terpene, taninuri, flavonoizi)
• înmulțire sexuată (spori, semințe) și asexuată
• majoritatea celulelor sunt multi sau toti-potente
• majoritatea sunt autotrofe, pot fi heterotrofe
parazite sau insectivore
Cycas revoluta welwitschia
Eucariote: Plantae
• Algae (alge cu tal), Bryopphytes
(mușchi), Pteridophytes (ferigi),
Gymnosperme (conifere), Angiosperme
(plante cu flori)
• Cicadele (Cycas revoluta) – există ca
specii din mezozoic (dinozauri) Amorphophallus Rafflesia
• Welwitschia – are cele mai lungi frunze
• Pinus longaeva – varstă individ ~ 4600
ani
• Sequoiadendron giganteum și S.
sempervirens – 2700 ani și peste 100 m baobab
înălțime
• baobabul (Adansonia digitata) –
trunchi de 10-14 m cu 300 l apă, 1500
ani
• Amorphophallus și Rafflesia – floare de
3 m și miros de carne putredă
Eucariote: Plantae
• Desmodyum girans – plantă mișcătoare
• Dioneea muscipula - carnivoră
Eucariote: Animalia (Metazoa)
• primele forme de animale apărute în Proterozoic (~1 mld.
ani)
• toate animalele au un ancestor comun din grupul Metazoa
• multicelulare, motile și mobile (cu câteva excepții),
heterotrofe, pot fi parazite
• digeră enzimatic hrana la interior, fac rezerve energetice de
glicogen și lipide
• nu au perete celular dar au matrice extracelulară
• sunt legate între ele prin joncțiuni (strînse, gap,
desmosomi)
• celulele neuronale și musculare sunt unice pt acest regn
• prezintă celule stem pluripotente (nu prezintă totipotență),
majoritatea celulelor specializate își pierd capacitatea de
diviziune
• diviziunea embrionară și specializarea este strict reglată prin
gene Hox
• cea mai veche fosilă de animal: Ediacaran fauna (~500 mil.)
fosila Ediacaran fauna
Eucariote:
Eucariote: Animalia
Animale
• numărul de animale de azi = 1% din
totalul animalelor din istoria
Pământului
• explozia de animale se datoreaza:
atmosferei oxigenate, capacității de
locomoție și genelor Hox
• apar simetrii ale corpului
• organele formează cavități
• Tardigrade – pot supraviețui în stare
dormandă și la temperaturi de 0
absolut (-273°C)
• Limulus polyphemus – fosile vii (400 Limulus poluphemus
sute mil. ani)
• Nautilus – 500 mil ani
• balena albastră (Balaenoptera
musculus)- cel mai mare animal (100 t)
Nautilus
Teorii despre evoluția vieții
• Lamarkism: caractere dobândite = ereditare
• Jean-Baptiste Lamarck, sec 18
• evoluția e efectul cumulativ al unui proces de
presiune a mediului asupra organismelor pe o
periada lunga de timp
• modificările suferite sunt ereditare
• ex: gâtul lung al girafei, lipsa membrelor la șerpi
• Darwinism: selecția naturală
• Charles Darwin și Alfred R. Wallace, sec 19
• variație genetică + spațiu și nutrienți limitați –
lupta pentru supraviețuire + supraviețuirea celui
mai ”adaptat” = selecție naturală
• selecție naturală continuă – formarea de noi
specii prin acumulare de noi variații = speciație
ex: cinteza lui Darwin
Teorii despre evoluția vieții
Speciație
• formarea unei noi specii dintr-o
specie existentă prin izolare
reproductivă – într-o durată
semnificativă de timp
• geografică
• socială
• anatomică/funcțională
• molecular se datorează
• mutațiilor și recombinărilor (ex:
apariția unui fenotip nou foarte
atrăgător/rezistent)
• driftului genetic – efectul
fondatorului (ex: câțiva indivizi
dintr-o specie ajung pe o insulă
îndepărtată)
• selecției naturale (ex: extincții în
masă)
Teorii despre evoluția vieții
Speciație. Cladogeneză. Anageneză
• Cladogeneza = separarea liniilor evolutive
de la o specie ancestrală
• Anageneza = modificarea unei trăsături pe
linie evolutivă, în timp
Metode pentru analiza diferențierii speciilor
• Metode clasice:
• Descriptive morfologice (morfometrie, morfologie) –
masurători în teren, colorit, formă, microscopie
optică/electronică
• Colorații histologice și/sau imunohistologice (colorația
gram pt. Procariote, marcare cu anticorpi specifici)
• Metode recente: secvențiere + bioinformatică
• Secvențierea genelor ARNr16S (Pk), ARNr18S, citocrom
c oxidaza I, ADN mitocondrial, maturaza K plastidială
(EuK)
• Analiza DNA MetaBarcoding a unor gene țintă
(ribosomale, mitocondriale, ITS, RuBisCO)
• Secvențiere proteică
• Filogenie moleculară
+ Colorația Gram -
1. soluție cristal violet
(violet-albastru)
2. blocare cu iod
3. spălare cu alcool
4. soluție fucsină/safranin
(roșu-roz)

Gram + Gram -
• perete gros cu straturi • perete subțire de membrană
peptidoglycan cu externă
de peptidoglican membrană externă cu
(mureină) lipopolizaharide
• unele antibiotice • foarte toxice
membrană membrană
plasmatică (penicilina) blochează • rezistente la reacția plasmatică
polimerizarea imună a unui
peptidoglicanilor și fac organism
bacteria sensibilă • stratul de lipide le
face rezistente la
pătrunderea
există și exceptii: fără perete bacterian antibioticelor
(Mycoplasma) sau nu se colorează prin colorația
Gram
Secvențierea Sanger a genei ARN 16 S ribozomal
Se utilizează pt. filogenie pt. că:
la eucariote: 50S= 23S + 5S RNA
• există la toate procariotele • ARN 18S + proteine
• sunt foarte conservate la o specie • citocrom oxidaza PK 70S
• prezintă variabilități mari între specii •ADN mitocondrial
•maturaza K plastidială 30S= 16S RNA
• nu necesită cultivarea speciilor ci doar recoltare + proteine

• Pași:
• se extrage ADN-ul de interes, se multiplică prin PCR
• se migrează în gel de agaroză (electroforeză)
• se extrage banda specifică genei ARN 16S
• gena se secvențiază (PCR modificat) folosind un nr. de primeri
complementari regiunilor constante din genă și baze azotate
modificate și marcate fluorescent
• ribozele nucleotidelor marcate fluorescent sunt lipsite de un
oxigen în poziția 3’ (dideoxy) și legarea următoarei nucleotide
(dir. 5 ’ - 3’) nu mai poate avea loc (polimeraza e blocată)
• rezultă o serie de fragmente de lungimi diferite care se termină
cu o nucleotidă fluorescentă
Secvențierea Sanger genei ARN 16 S ribozomal
• amestecul de fragmente se separă prin
electroforeză capilară – vor migra în funcție de
dimensiune
• suprapunerea fragmentelor identificate va duce la
obținerea secvenței
• secvența se compară cu o bază de date
• o diferență mai mare de 3% între regiunile
variabile poate însemna o specie nouă

• tehnica Sanger fost revoluționată de Woese și


colab. în 1990 – azi există variante Next
Generation Sequencing (NGS) – mai rapide și/sau
mai ieftine
• secvențierea se folosește pentru identificarea
speciilor pe baza regiunilor constante înalt
conservate intraspecific și pentru a determina
legătura filogenetică între acestea
DNA Barcoding și metagenomica
• este o metodă de diagnostic al speciilor
• funcționează pe principiul secvențierii
• primerul pentru secvențiere se numește
barcode și are proprietatea de a fi
complementar unei secvențe conservate
pentru toate speciile dintr-un grup filetic
• astfel, barcodingul se poate face pentru un
amestec de specii, pe care le poate diferenția
• rezultatul nu spune nimic despre legătura
dintre speciile găsite
• secvențele rămase neidentificate pot aparține
unor specii noi, încă nesecvențate (ale căror
secvențe nu există încă în bazele de date)
Secvențiere proteică: spectrometrie de masă
• este o metodă de determinare a structurii primare polipeptidice
• proteinele se extrag din țesuturi, se purifică prin tehnici de
cromatografie
• polipeptidele se clivează enzimatic și se separă prin
electroforeză
• fragmentele asfel obținute se analizează într-un spectrometru
de masă (mass spectrometer)

Principiu:
• polipeptidele sunt vaporizate prin încălzire, și încărcate ionic
prin trecerea unui curent de electroni
• moleculele încărcate pozitiv vor fi atrase către catod la o viteză
ce depinde de masa lor și deflectate de un câmp magnetic
• un detector va înregistra trecerea lor către catod
• rezultă un spectru caracteristic pentru fiecare moleculă, care se
compară cu o bază de date pentru acuratețe
Filogenie moleculară pe baza secvențelor ADN sau a
structurii primare polipeptidice
• funcționează pe principiul că secvențele înalt conservate au o
rată de mutație constantă și lentă pe baza cărora se poate
contrui un ceas molecular
• ceasul molecular sau ordinea aparițiilor mutațiilor se face pe
studii paleontologice ale fosilelor (genetic sau proteic)
• secvențele constante ale speciilor se compară aliniat,
nucleotidă cu nucleotidă sau aminoacid cu aminoacid
• pe baza secvențelor, prin programe de analiză bioinformatică
rezultă un arbore filogenetic
• arborele nu oferă un timp concret al apariției speciei/ramurii,
ci doar nivelul de diferență
• nu este de folos in situații în care apare transferul lateral de
material genetic între specii sau în situații în care fosilele
lipsesc
Ce vârstă are specia Homo sapiens?

• grupul hominidelor – 7 mil. ani


• genul Homo – 2.5 mil ani
• Homo sapiens – 300 mii ani

• Marea șansă a existenței. Evoluția si


dezvoltarea omului – Alice Roberts
• Sapiens. A brief history of
humankind – Yuval Noah Harari
• First Peoples (5 parts series), 2015 –
PBS
Referințe:
Campbell NA, Reece JB, 2005, Unit 5, The Evolutionary History of Biological Diversity, in: Biology, 7th Edition, Campbell NA, Reece JB eds., Edit. Pearson, pp: 512-708
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. 2002, Molecular Biology of the Cell. 4th edition.
Cooper GM. 2000, The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition. Sunderland (MA): Sinauer Associates; 2000. The Origin and Evolution of Cells.
Ruggiero MA, Gordon DP, Orrell TM, Bailly N, Bourgoin T, et al. (2015) Correction: A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLOS ONE 10(6): e0130114.
Madhurantakam C, Howorka S, Remaut H. 2014, Chapter 2 S-layer Structure in Bacteria and Archaea, in: Nanomicrobiology, L. L. Barton et al. (eds.), pp: 11-22.
Margit S, Sleytr UB. 2000, S-Layer Proteins, Journal of Bacteriology, 182(4): 859–868 DOI: 10.1128/JB.182.4.859-868
Smith C, 2013 Various Ciliated Protozoa. Kingdom Ptotista. DIC Lighting Technique. https://www.youtube.com/watch?v=TTbS7_vZLNg
Kohanski MA, Dwyer DJ, Collins JJ. How antibiotics kill bacteria: from targets to networks. Nat Rev Microbiol. 2010;8(6):423-35.
Kapoor G, Saigal S, Elongavan A. 2017, Action and resistance mechanisms of antibiotics: A guide for clinicians. J Anaesthesiol Clin Pharmacol.;33(3):300-305.
NEET 2020 Biology Guide - 7th Edition – Disha Experts, chapter 29 Evolution, pp:634-642.
Deshpande, S., Brandenburg, F., Lau, A. et al. 2019, Spatiotemporal control of coacervate formation within liposomes. Nat Commun 10, 1800 DOI:10.1038/s41467-019-09855-x
Chan CX, Bhattacharya D, 2010, The Origin of Plastids. Nature Education 3(9):84, https://www.nature.com/scitable/topicpage/the-origin-of-plastids-14125758/
The Primordial Broth. The first myth: origin, expectations and failures. https://origineprebiotica.blogspot.com/2011/
Emerson BC, Patiño J, 2018, Anagenesis, Cladogenesis, and Speciation on Islands, Trends in Ecology and Evolution. 33(7):488491. DOI:https://doi.org/10.1016/j.tree.2018.04.006
https://www.britannica.com/science/climate-meteorology/The-Gaia-hypothesis
https://www.britannica.com/science/archaea
https://ucmp.berkeley.edu/archaea/archaeamm.html
https://www.pbslearningmedia.org/resource/buac16-912-sci-ess-nvlrsmillerurey/wgbh-nova-lifes-rocky-start-the-miller-urey-experiment/#.Xlp0E0qxWUk
https://www.britannica.com/science/life/The-origin-of-life#ref320877
https://www.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-molecular-genetics/hs-biotechnology/a/dna-sequencing
https://www.mun.ca/biology/scarr/Adaptation_in_Darwins_Finches.html
https://www.britannica.com/biography/Julian-Huxley
Baker, M. Mass spectrometry for biologists. Nat Methods 7, 157–161 (2010). https://doi.org/10.1038/nmeth0210-157