Chapitre 3: LES DIFFERENTS PROCEDES DE PHYTOREMEDIATION

La phytoremédiation est une technologie émergeante qui utilise les plantes ou les
microorganismes de la rhizosphère pour extraire, transformer ou stocker les polluants
contenus dans les sols, les sédiments, les eaux souterraines ou de surface et même
l’atmosphère. A l’heure actuelle, la phytoremédiation est utilisée pour le traitement de
plusieurs classes de polluants tels que les hydrocarbures, les solvants chlorés, les pesticides,
les composés explosifs ou encore les ETM. Cette méthode de dépollution, plus longue qu’une
extraction classique, s’avèrerait cependant moins coûteuse, ce qui la place en bonne position
dans les stratégies de dépollution.

I. Histoire de la phytoremédiation
La phytoremédiation est un concept ancien qui aurait été utilisé dès les premières
civilisations pour recycler la ressource en eau par l’exploitation des marais. Cependant les
premières installations qui témoignent d’une utilisation volontaire d’une zone humide pour
l’épuration de l’eau datent de la fin du XIXe siècle.
En 1871 les travaux de Mille et Claye sur la dégradation des polluants des eaux usées
par les cultures agricoles permirent de mettre en place à Paris un hectare de « jardin modèle »
ouvert au public afin de convaincre les cultivateurs du bienfait de ce type d’installation. En
1875, les villes de Moscou et de Berlin mettent en place des systèmes d’épuration similaires
sur une surface de 25 000 ha pour la région berlinoise. En 1901, la ville de San Antonio met
en place un lac artificiel (lac Mitchell) d’une surface de 275 ha avec pour objectif de traiter
ses eaux usées. A la même époque, la ville de Munich développe un projet similaire en
installant un plan d’eau de 233 ha pour créer une station d’épuration biologique. Cette
technique permet de reproduire les mécanismes de dégradation, de transformation et de
recyclage de la matière organique grâce aux propriétés épuratrices d’algues microscopiques.
Les végétaux vasculaires flottants ou enracinés (les macrophytes), n’interviendront
dans le traitement que beaucoup plus tard. Leur effet dépolluant est connu de façon empirique
depuis très longtemps mais ce n’est qu’à partir des années 1950 que des chercheurs allemands
commencent à étudier ce phénomène de façon scientifique. C’est le docteur Kathe Seidel de
l’institut Max Planck qui entreprit les premiers travaux scientifiques suivis
d’expérimentations à l’aide d’un pilote de zone humide artificielle pour le traitement d’eaux
usées. Ces travaux présentés pour la première fois en 1953 montrèrent que certaines espèces

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végétales comme le jonc des marais (Scirpus lacustris) pouvaient avoir une réelle activité
épuratrice.
Depuis les années 1970, la phytoremédiation est en plein essor. L’utilisation de plantes
pour éliminer notamment les ETM et les pesticides, suscite un intérêt croissant et fait l’objet
de nombreuses études. La nature du polluant et son accessibilité pour les plantes sont
déterminantes dans le choix du procédé de phytoremédiation à utiliser pour un traitement
optimal.

II. Conditions de mise en œuvre de la phytoremédiation

La localisation dans le substrat du ou des polluant(s) à traiter est un facteur important
pour envisager le type de phytoremédiation. Selon le degré d’accessibilité des polluants par
les plantes, trois méthodes de traitement sont envisageables.

1. La phytoremédiation in situ
Ce procédé est le plus simple à mettre en œuvre et correspond à la stratégie la moins
coûteuse. Il consiste à faire pousser des plantes dans des eaux de surface ou sur un sol ou des
sédiments contaminés en faible profondeur. Dans cette approche, le matériel contaminé est
facilement accessible pour le système souterrain des plantes enracinées ou pour tous les
organes des macrophytes flottantes et n’est donc pas extrait du milieu avant le traitement par
phytoremédiation. Si les polluants sont uniquement extraits et accumulés dans la plante sans
être transformés (ce qui arrive souvent pour les ETM), les plantes utilisées doivent ensuite
être récoltées en vue de leur confinement ou de l’extraction des polluants.

2. La phytoremédiation ex situ
Cette stratégie est appliquée lorsque les racines des plantes ne peuvent pas atteindre les
polluants. C’est le cas par exemple du traitement d’une nappe phréatique profonde ou d’une
pollution d’un sol sur une épaisseur importante. Dans ce cas, les matériaux contaminés sont
d’abord extraits mécaniquement du site puis transférés dans une zone de traitement où ils
pourront être mis directement au contact des espèces végétales sélectionnées. Après
l’extraction des polluants et la récupération des plantes, les substrats épurés sont ensuite
replacés dans leur environnement d’origine. Le lieu de traitement peut être éloigné ou non du
site contaminé mais quelle que soit sa localisation, l’extraction préalable des matériaux
contaminés engendre un coût plus élevé que pour la phytoremédiation in situ. De plus, cette
méthode génère beaucoup plus de perturbations au sein de l’écosystème que la

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phytoremédiation in situ. Elle n’apparaît donc pas plus écologique qu’un traitement chimique
classique.

3. La phytoremédiation in vitro
Dans cette dernière approche, ce sont uniquement des organes, des composants de la
plante (essentiellement des enzymes) ou des cellules (microalgues) qui sont utilisés et non pas
des plantes entières comme dans les deux stratégies précédentes (Medina et al., 2004). Ces
fractions végétales peuvent être utilisées directement sur le site pollué ou après extraction des
substrats contaminés et visent à transformer essentiellement des polluants organiques.
La phytoremédiation in vitro est plus onéreuse que les techniques précédentes car elle
nécessite la préparation de fragments végétaux, de suspensions cellulaires, voire la
purification d’enzymes. Cependant, une approche prometteuse est l’utilisation d’écorces
modifiées de certaines espèces arborescentes pour fixer des polluants organiques et surtout
métalliques présents en milieu aqueux. Cette technique permet de concentrer les polluants
dans un volume final plus faible et donc plus facile à traiter par la suite. L’autre intérêt de
cette méthode est de valoriser en même temps les écorces issues de la transformation du bois,
ce qui peut réduire considérablement les coûts de préparation.

III. Mécanismes de phytoremédiation

Selon les espèces végétales et le type de polluant, la phytoremédiation peut se faire de
plusieurs manières qui sont résumées sur la figure 1 ci-dessous.

Figure 1. Mécanismes de phytoremédiation. Les xénobiotiques (ETM ou composés organiques) représentés en

rouge peuvent s’accumuler dans la plante en conservant la même forme ou être transformés (symboles roses) de
différentes manières : dégradation dans le sol ou dans la plante (symboles en croissant), volatilisation dans
l’atmosphère (ronds ailés) ou stabilisation dans le sol (carrés).

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La première étape de la phytoremédiation est l’absorption ou extraction du polluant par voie
racinaire pour un polluant du sol ou des eaux ou par voie aérienne pour un polluant
atmosphérique. Ensuite, plusieurs mécanismes peuvent être développés par les plantes:
certains polluants sont stockés et compartimentés dans la plante, ce qui correspond à une
majorité des ETM (phytoaccumulation). D’autres polluants sont transformés par la plante en
composés secondaires moins toxiques (phytodégradation) qui peuvent rester dans la plante ou
être éliminés par voie racinaire ou aérienne (phytovolatilisation). Il s’agit généralement de
polluants organiques mais quelques ETM comme le mercure et le sélénium peuvent être
éliminés par voir aérienne. A l’opposé, certaines plantes sont capables de sécréter des
composés par voie racinaire afin de complexer les polluants dans le sol au lieu de les absorber
(phytostabilisation).

1. Phytoremédiation par extraction des polluants

1.1. Phytoaccumulation
Ce mécanisme permet d’extraire et d’accumuler des polluants dans les plantes mais
sans que ces derniers ne subissent de dégradation ou de transformation. La phytoaccumulation
est observée pour une majorité des EMT et dans des cas plus rares pour des polluants
organiques comme les perchlorates. Certaines plantes dites hyperaccumulatrices sont capables
d’emmagasiner des grandes quantités d’éléments métalliques. Les polluants absorbés peuvent
ensuite être extraits des tissus végétaux. Lorsque le but est de récolter les plantes, celles-ci
doivent être capables de transporter ces polluants des racines vers leurs parties aériennes. En
effet, si les polluants demeurent dans les racines, l’efficacité du traitement s’avère amoindrie,
certaines racines ne pouvant être arrachées entièrement. Ceci aurait pour conséquence de
libérer les polluants préalablement piégés.
Un métal est dit hyperaccumulé lorsque sa masse dans les différents tissus de la plante
est supérieure à 0,1 % de la masse sèche de la plante, soit 1 g / kg. Il existe cependant des
exceptions à cette définition : l’hyperaccumulation du cadmium est définie pour une quantité
supérieure ou égale à 0,01 % de la masse sèche de la plante et les plantes hyperaccumulatrices
de fer, de manganèse ou de zinc doivent contenir au moins 1 % de ces éléments dans leur
masse sèche. Il existe peu d’études sur les plantes hyperaccumulatrices de radioéléments. Les
rares données publiées sur les plantes capables de stocker de l’uranium mentionnent Brassica
juncea, une Brassicacée pouvant accumuler dans certaines conditions jusqu’à 5 g par kg de
matière sèche. Certaines espèces sont capables d’accumuler deux ETM ou parfois même

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davantage. Par exemple, Thlaspi caerulescens est une Brassicacée hyperaccumulatrice de
cadmium, plomb, nickel et zinc.
Il existe plus de 450 espèces hyperaccumulatrices connues à l’heure actuelle. Elles sont
réparties dans environ 45 familles et près de 25 % de ces espèces appartiennent à la famille
des Brassicacées.

1.2. Phytodégradation ou phytotransformation

La phytodégradation est la capacité des plantes de transformer des polluants organiques en
sous-produits peu ou pas toxiques pour la plante (Newman et Reynolds, 2004). Elle ne
s’applique donc pas aux ETM. La dégradation peut se faire au niveau des racines ou dans les
parties aériennes sans intervention de microorganismes.

1.2.1. Enzymes impliquées

Les polluants organiques possèdent des structures diverses et sont donc dégradés par des
enzymes différentes. Certaines enzymes sont cependant fréquemment induites en réponse à
divers polluants. C’est le cas de celles appartenant à la famille des mono-oxygénases à
cytochrome P450 et celle des glutathion-S-transférases. Les enzymes de ces deux familles
sont présentes chez tous les végétaux mais toutes les isoformes ne sont pas produites, ce qui

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implique que chaque espèce végétale peut potentiellement transformer certains polluants
organiques mais pas tous.

Les isoformes de glutathion-S-transférases (GST) sont séparées en six classes dont deux
majoritaires, les classes phi et tau, peuvent catalyser le clivage de nombreux composés
organiques (dont les herbicides) comme indiqué sur la figure ci-dessous. Chez Arabidopsis
thaliana, 48 gènes codant des GST ont été identifiés, ce qui montre la grande quantité
potentielle d’isoformes et la possibilité de décomposer desmolécules variées. Les sous-
produits issus de l’action des GST sont complexés (ou conjugués) avec du glutathion ou
homoglutathion selon les espèces puis transférés du cytoplasme vers la vacuole où ces sous-
produits sont stockés de manière inoffensive pour la cellule.

Les mono-oxygénases à cytochrome P450 constituent également une vaste famille

d’enzymes. Chez Arabidopsis thaliana, environ 300 gènes codant ces enzymes ont été
identifiés. Ces isoformes peuvent transformer un polluant organique en plusieurs sousproduits
comme représenté sur la figure 3.

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D’autres enzymes sont également responsables de la dégradation de polluants organiques
mais de manière un peu plus restreinte. Quelques exemples sont présentés dans le tableau ci-
contre.

1.2.2. Efficacité de la phytodégradation de quelques familles de composés organiques

Les pesticides.
Les composés chlorés aromatiques sont très nombreux parmi les pesticides. Deux
d’entre eux, l’atrazine et le 1,1,1-trichloro-2,2-bis(p-chlorophényl) éthane (DDT), sont très
répandus dans les sols et les eaux de surface. Il y a quelques années des racines de raifort
(Armoracia rusticana) ont été proposées pour traiter des eaux de surface contaminées par des
phénols chlorés. D’autres travaux réalisés sur des roseaux (Phragmites australis) soumis à
différents composés chlorés, ont également montré la dégradation de ces polluants en sous-
produits non dangereux pour les plantes.

Les composés explosifs.

La capacité des plantes à extraire et transformer le 2,4,6-trinitrotoluène (TNT) contenu
dans des eaux ou des sols a déjà fait l’objet de plusieurs travaux. Des études réalisées sur une
espèce de myriophylle (Myriophyllum spicatum) avec du TNT radioactif ont mis en évidence
que la radioactivité augmentait au cours du temps dans la plante mais que les composés
radioactifs détectés étaient des sous-produits du TNT. L’utilisation de peupliers hybrides
(Populus deltoides × nigra DN34) pour traiter des sols contaminés au TNT a montré que le
composé était dégradé au bout de 10 jours d’expérience en 2-amino-4,6-dinitrotoluène, 4-
amino-2,6-dinitrotoluène et d’autres molécules non identifiés. Les enzymes impliquées dans

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la dégradation du TNT appartiennent aux familles des cytochromes P450, glutathion-S-
transférases (GST) et nitroréductases.

Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP).

Des expériences réalisées en serre sur Mirabilis jalapa indiquent que cette plante peut
dégrader en 120 jours plus de 60 % des résidus de pétrole présents initialement dans le
substrat à hauteur de 10 g par kg de sol. Une autre étude récente a mis en évidence la
dégradation d’hydrocarbures présents dans des marais salants par Juncus rosemarinus.

1.3. Phytovolatilisation
La phytovolatilisation est une forme particulière de phytodégradation. En effet, les
plantes absorbent un polluant et le convertissent en une forme volatile peu ou pas toxique. Ce
phénomène peu fréquent a été mis en évidence surtout pour la transformation du sélénium, du
mercure et de quelques solvants chlorés. Des plantes peuvent par exemple convertir du
sélénium en diméthyl sélénide qui est une forme volatile 100 fois moins toxique du sélénium.
Cependant, le sélénium du sol entre en compétition avec les sulfates dans les voies
d’absorption et de transport et peut être incorporé à la place du soufre dans la synthèse de
cystéine ou de méthionine pour générer des protéines non fonctionnelles comme indiqué sur
la figure 4. Pour des espèces hyperaccumulatrices, qui n’incorporent pas le sélénium dans des
acides aminés mais le compartimentent dans les vacuoles, on peut ainsi trouver des quantités
de sélénium comprises entre quelques centaines de milligrammes à presque 10 g /kg de
matière sèche (Zhu et al., 2009).

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 Le mercure est un ETM présent généralement sous forme de méthyl mercure. Une
étude réalisée en chambre de culture sur Brassica juncea a montré la possibilité de volatiliser
le mercure présent initialement dans le milieu de culture (Moreno et al., 2008). Cependant, le
procédé reste peu efficace car les plantes expulsaient environ 60 μg de mercure par jour pour
un milieu contenant ce métal à une concentration de 10 mg / L. L’alternative proposée par
Bizily et al. (2003) est la surexpression de deux gènes d’origine bactérienne, MerA et MerB
qui codent respectivement une réductase et une lyase (figure 5). Cette surexpression réalisée
chez Arabidopsis thaliana a permis d’augmenter d’un facteur 50 la capacité de
phytovolatilisation du mercure.

Figure 5. Phytovolatilization du mercure par surexpression des gènes MerB et MerA d’après Bizily et al. (2003).

1.4. Rhizofiltration
Ce mécanisme trouve des applications dans le cadre de la dépollution des eaux usées.
Il est basé sur l’utilisation de plantes flottantes ou enracinées (mais partiellement immergées

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de type hydrophytes et / ou hélophytes) possédant un fort taux d’évapotranspiration. Les
plantes fonctionnent comme des pompes qui vont absorber de grandes quantités d’eau et en
rejeter par transpiration. Certaines espèces ligneuses tolérant des sols gorgés d’eau sont
également des modèles intéressants pour la rhizofiltration. La rhizofiltration est donc une
étape préalable à une phytoaccumulation ou à une phytodégradation selon le type de polluant.
De plus, l’assèchement du milieu aquatique permet la création d’un milieu aérobie favorable à
la dégradation par des microorganismes des polluants non absorbés par les plantes. Cette
rhizofiltration peut être réalisée directement sur le site (phytoremédiation in situ) ou par
culture hydroponique en dehors du site après récupération et transfert des eaux contaminées
(phytoremédiation ex situ). Une corrélation existe entre une extraction active des polluants
aquatiques par rhizofiltration et la stimulation d’activités anti-oxydantes comme la catalase ou
la synthèse de proline.
2. Phytoremédiation par rétention des polluants dans le substrat
2.1. Phytostabilisation
C’est un mécanisme permettant de limiter la migration des polluants (essentiellement
des ETM) dans les sols ainsi que leur absorption par les plantes comme indiqué sur la figure
ci-après.

Les polluants sont ainsi immobilisés dans le sol et ne diffusent pas autour du site
contaminé. L’avantage de cette stratégie par rapport à la phytoaccumulation est de ne pas
avoir à traiter les plantes par la suite. Cependant, la phytostabilisation, si elle évite la
propagation des polluants, ne permet pas une réelle décontamination des sites. Ce processus

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serait dû à la capacité de certaines plantes de sécréter des composés dans le milieu par voie
racinaire. Ces molécules formeraient des complexes avec les cations métalliques, ce qui
entraînerait la précipitation de ces derniers dans le sol et une forte diminution de leur
absorption par les racines. La phytostabilisation est souvent améliorée par addition
d’amendements dans le milieu contaminé. Ceux-ci ont pour objectif de modifier le sol et plus
particulièrement d’augmenter le pH car un sol acide favorise la solubilité et l’absorption des
métaux par les plantes. Les métaux sont généralement adsorbés au niveau de ces
amendements et ne sont donc plus disponibles pour une absorption par voie racinaire. Des
amendements avec des composés riches en calcium sont également efficaces car ce cation
entre en compétition avec les cations métalliques au niveau de l’absorption par voie racinaire.

2.2. Rhizodégradation
La rhizodégradation est un traitement biologique d’un polluant organique grâce à l’activité
des bactéries et des champignons de la rhizosphère de certaines plantes vasculaires. La
rhizosphère est une zone à forte densité et activité microbiennes formée par les racines
et le sol avoisinant. Les plantes peuvent modifier les conditions du sol et créer des conditions
optimales pour le développement des microorganismes. Ces modifications sont dues à:
1) la pénétration des racines dans le sol qui favorise la création de zones aérées stimulant la
dégradation aérobie par les microorganismes.
2) la sécrétion de divers composés dans le sol qui permettent une croissance et un
développement optimal des bactéries et champignons de la rhizosphère. Les exsudats
racinaires constituent une source importante de carbone et d’azote pour les microorganismes
décomposeurs. La rhizodégradation est aussi étudiée pour le traitement de milieux pollués par
des hydrocarbures polycycliques aromatiques (HAP).
Les racines sécrètent également dans le milieu des enzymes de type oxydase et
peroxydase dont les activités sont stimulées par des facteurs compris entre 4 et 8, ce qui
renforce l’activité de dégradation du polluant. En 4 semaines, la concentration de polluant
dans le sol est ainsi passée de 10 à 0,04 mg / kg.

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Le tableau 9 résume une partie des polluants traités par au moins un procédé de
phytoremédiation. Les procédés de phyto- et rhizo- dégradation sont spécifiques des
polluants organiques alors que l’accumulation, la volatilisation et la stabilisation sont
des méthodes de traitement essentiellement utilisées pour des milieux (solides ou
aqueux) riches en ETM.

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