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MICROBIOLOGIE GÉNÉRALE
PLAN
Présentation et principales caractéristiques des microorganismes
• Objet de la microbiologie et historique
• La microbiologie dans l'étude de l'évolution et des origines de la vie
• Remaniements de la classification et domaines Bacteria/Eucarya/Archaea
• Présentation des Archaea : phylogénie, conditions extrêmes et métabolismes particuliers
Microorganismes eucaryotes
Présentation, quelques définitions
Exemple de parasite Plasmodium
Le cycle du paludisme
Comment Plasmodium échappe au système immunitaire
Quelles stratégies de lutte anti-malaria (médicaments, vaccins..)
Les levures taxonomie, cycle, diversité, exemple Candida albicans (protéases, dimorphisme)
Phytophthora infestans et le mildiou de la pomme de terre
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INTRODUCTION
Crenarchaeota Archaea
Sulfolobales*
Desulfurococcales* Euryarchaeota
Caldisphaerales*
Thermoplasmatales
Eucarya Archaeoglobales* Halobacteriales
Thermoproteales* Methanosarcinales
Thermococcales*
Bacteria Methanocellales
Methanomicrobiales
Korarchaeota Methanococcales*
Methanobacteriales*
LACA* ? Methanopyrales*
?
Nanoarchaeota
LUCA ?
110
90
80
70
ARCHAEA + BACTERIA
60
0 1 2 3 4 5 6 7
pH minimal de croissance
- Du fait que l'énergie disponible peut être faible en conditions environnementales plus
modérées, ce qui est aussi une situation génératrice de stress. Les archées peuvent alors
occuper des niches écologiques particulières, grâce à des voies métaboliques qui leurs sont
propres comme par exemple la méthanogénie ou certaines syntrophies (voir plus loin).
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Facteurs de croissance
• Un facteur de croissance est un constituant indispensable de la biomasse que la cellule est
incapable de synthétiser par elle-même, et qu'elle doit donc se procurer directement comme
substrat : acide aminé, vitamine ou coenzyme, base azotée, lipide, ... Un facteur de
croissance, pour lequel la cellule est dite auxotrophe (voir le tableau des types trophiques),
ne doit surtout pas être confondu avec un aliment essentiel !
• Cette situation peut être soit naturelle et c'est alors une des caractéristiques du
microorganisme éventuellement utilisée en taxonomie, soit provoquée par exemple par une
mutation touchant la voie de biosynthèse du constituant pour lequel le microorganisme
devient alors auxotrophe.
• Il existe aussi des auxotrophies conditionnelles, c'est-à-dire dépendantes des conditions de
culture. Par exemple chez la levure, l'oxygène est nécessaire en tant que co-substrat pour l a
synthèse des stérols et de l'acide nicotinique (vitamine PP, précurseur du coenzyme NAD+)
du fait de la présence d'oxygénases dans les voies correspondantes, ce qui implique que ces
composés doivent être ajoutés au milieu seulement pour une culture anaérobie.
CROISSANCE MICROBIENNE
➀ ➁ ➂ ➃ ➄
10
9
8
N (108 cellules/mL)
7
6
5
4
3
2
1
0
8,5
log(N)
7,5
6,5
6
Taux de croissance
µ = Ln2/G (h-1)
0,5
0
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450
Temps (min)
Diauxie
• On parle de diauxie (du grec auxein "augmenter") lorsqu'il y a deux croissances à la suite
l'une de l'autre, traduisant le plus souvent les utilisations successives de deux substrats
différents. Ce phénomène a été découvert par Jacques Monod en 1940.
• L'exemple classique est celui de la bactérie Escherichia coli cultivée en présence de glucose
+ lactose comme sources de carbone et d'énergie. On observe une première croissance
pendant laquelle seul le glucose est consommé, qui s'arrête lorsqu'il est épuisé. Après une
phase de latence correspondant à l'induction de l'opéron lactose qui était réprimé par le
glucose, une seconde croissance lui succède pendant laquelle le lactose est à son tour
consommé. Remarque : il n'y a pas de diauxie avec la même bactérie cultivée dans les mêmes
conditions en présence de glucose + fructose, qui sont alors utilisés simultanément (et il n'y
a pas d'opéron fructose).
Production et excrétion d'un peptide phéromone servant de signal, par l'ensemble des
cellules de la culture
↓
Accumulation de ce peptide signal dans le milieu au fur et à mesure de la croissance
↓
Fixation de ce peptide signal sur le récepteur du domaine extracellulaire d'une protéine
transmembranaire servant de "capteur" (sensor)
↓
Déclenchement du signal au delà d'un certain seuil de concentration du peptide, correspondant
à une densité cellulaire particulière (quorum sensing)
↓
La protéine "capteur" est activée et son domaine intracellulaire possède une activité kinase
qui phosphoryle une protéine cytoplasmique régulatrice (effector)
↓
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La protéine régulatrice activée par cette phosphorylation peut alors se fixer spécifiquement
sur certains promoteurs cibles pour activer ou inhiber la transcription des gènes
correspondants
Conservation
• Les souches de microorganismes peuvent être conservées sur le long terme, c'est-à-dire
plusieurs années voire même décennies, pour constituer des "collections" :
- Par congélation à -80°C ou mieux à -196°C en azote liquide (mais surtout pas à - 2 0 ° C ) ,
en présence de composés cryoprotecteurs comme le glycérol ou le DMSO. Ce procédé est
efficace pour la plupart des procaryotes et certaines cellules eucaryotes.
- Par lyophilisation, qui consiste en une déshydratation sous vide et à froid. Ce procédé,
couramment employé dans la préparation d'aliments industriels, est efficace pour la plupart
des procaryotes mais plus limité pour les eucaryotes.
• Il existe plusieurs organismes et institutions mettant à la disposition de la communauté
scientifique internationale d'importantes collections de microorganismes variés, comme par
exemple :
- En France, la Collection de l'Institut Pasteur (CIP) à Paris.
- En Belgique, la Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms (BCCM) à Bruxelles.
- En Allemagne, la Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) à
Braunschweig.
- Aux Etats-Unis, l'American Type Culture Collection (ATCC) à Manassas en Virginie.
- Au Japon, la Japanese Collection of Research Bioresources (JCRB) à Osaka.
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A partir de cette énergie primaire, les cellules vivantes possèdent des systèmes de
conversion entre les différentes formes d'énergie primaires et secondaires :
- Lumineuse : photosynthèse, pompe ionique (voir plus loin).
- Chimique : oxydo-réduction (voir plus loin), synthèses d'ATP et de molécules biologiques
complexes (anabolisme).
- Chimio-osmotique : établissement d'un gradient ionique transmembranaire.
- Transport membranaire : échanges entre la cellule et son environnement.
- Mécanique : mouvements intracellulaires, locomotion et déplacements de l'organisme.
Conservation de l'énergie
• Dans l'ensemble du monde vivant, l'énergie chimique est principalement conservée par
création d'un grandient ionique transmembranaire ou potentiel chimio-osmotique (découvert
par le biochimiste britannique Peter D. Mitchell, prix Nobel de chimie en 1978), à partir
de réactions d'oxydo-réduction avec un donneur X et un accepteur Y d'électrons. Ce gradient
est le plus souvent à base de protons (force proto-motrice), mais il peut dans certains cas
reposer sur les ion sodium. Il y a 3 mécanismes possibles reposant sur la mise en place de
systèmes membranaires de transfert d'électrons (ou chaînes respiratoires), les mécanismes
B et C, dits vectoriels, étant les plus complexes :
- A : forme la plus simple de tranfert de proton, sans translocation. Il y a oxydation d'un
donneur d'électrons à l'extérieur, transport des électrons à travers la membrane (en général
via une protéine de type Fe-S), et réduction d'un accepteur d'électrons à l'intérieur. Ces 3
étapes couplées génèrent un gradient de protons si la première en libère alors que l a
dernière en consomme. La principale contrainte de ce mécanisme est que l'oxydant ait accès à
la face interne de la membrane. Les cas les plus intéressants concernent CO2 et O2 qui
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diffusent très facilement. Sinon un transport actif transmembranaire est nécessaire, ce qui
complique le système et alourdit la dépense énergétique.
- B : translocation de protons par une quinone. Cette famille de protéines membranaires
mobiles est quasiment ubiquitaire parmi l'ensemble des être vivants des 3 domaines, des
chaînes respiratoires à la photosynthèse.
- C : translocation par une pompe à protons, comme par exemple les complexes I et IV de l a
chaîne respiratoire mitochondriale des cellules animales.
X + 2 H+
XH2 H+
2 H+
A B C
Extérieur
2 e- 2 e- e- e-
2 e- Q Y Y
X X
Intérieur
2 H+
Y + 2 H+ H+
YH2
–1
Chlorophylles*
Succinate+CO2/α-Cétoglutarate
3-PGlycérate/3P-Glycéraldéhyde CO2/CO
–0,5
CO2/Formate
Glucose (moyenne) Ferrédoxine 2 H +/H2
NAD(P)+/NAD(P)H
S o/H2S
E0' (V) à pH 7 et 25°C
CO2/CH4
Pyruvate/Lactate
SO42-/H2S
Fe 3+/Fe2+ NO2-/NH4+
NO3-/NO2-
+0,5
MnO 2/Mn 2+
Chlorophylles
1/2O 2/H2O
NO/N2O
+1
ClO3/Cl-
Couple Oxydant/Réducteur
Sur ce graphique, les électrons vont spontanément du haut vers le bas, c'est-à-dire du
réducteur dont E0' est le plus négatif vers l'oxydant dont E0' est le plus positif.
• Calcul de l'énergie libre standard apparente, qui est négative dans le cas d'une réaction
spontanée : ∆G0' = – n.F.∆E0' = – n.F.(E0'ox – E0'réd)
avec F = 96500 Coulombs et n le nombre d'électrons échangés.
- Pour le glucose oxydé par l'oxygène : ∆E0' = 0,82 – (–0,42) = +1,24 V
n = 12 d'où : ∆G0' = –2870 kJ/mol
- Pour l'ammonium oxydé par l'oxygène : ∆E0' = 0,82 – 0,35 = +0,47 V
n = 6 d'où : ∆G0' = –272 kJ/mol
Types trophiques
• Les chimiotrophes se répartissent en 2 types selon la nature du substrat réducteur source
primaire d'électrons, qui est soit organique soit minéral :
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NADH +
Acétaldéhyde Ethanol
CO2 CO2
Pyruvate
• La méthode la plus simple pour déterminer le type respiratoire consiste à faire une
culture en milieu gélosé contenu dans un tube de faible diamètre par rapport à sa hauteur
(gélose Viande-Foie ou VF). Cette disposition particulière permet d'établir un gradient
d'aération décroissant du haut vers le bas du tube, et d'empêcher le déplacement des
microorganismes mobiles :
- un trouble apparaît seulement en haut du tube : aérobie strict ;
- un trouble apparaît sur toute la hauteur du tube : soit aéro-anaérobie, soit anaérobie
indifférent à l'oxygène ;
- un trouble apparaît seulement au fond du tube : anaérobie strict.
• Une façon indirecte et simple d'agir sur l'oxygénation d'un milieu liquide consiste à faire
varier le remplissage d'un erlenmeyer agité : l'oxygénation dépend du rapport entre l a
surface de contact avec l'air et le volume de liquide. Plus ce volume est petit et plus
l'oxygénation est importante, les conditions optimales étant généralement obtenues avec un
volume de remplissage inférieur ou égal au cinquième du volume total de l'erlenmeyer.
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• Effet "Pasteur" : chez certains microorganismes aéro-anaérobies, le passage de
l'anaérobiose à l'aérobiose entraîne une diminution de la consommation de glucose et une
diminution de la fermentation. Cet effet est d'autant plus prononcé que la cellule a un
métabolisme aérobie plus important (voir cours de biochimie pour les régulations
métaboliques mises en jeu).
CO2 + 2 H+
HCOOH H2O2 + 2 H+
2 H 2O
Lactate
DH Cyt c
Formate
2 H+ péroxydase CH3-SO-CH 3 + 2 H+
DH
H2 DMSO
réductase
CH3-S-CH3 + H 2O
Hydrogénase
1/2 O2 + 2 H+
Cyt o
Q Cyt b
NADH oxydase
H2O
DH
1/2 O2 + 2 H+
Cyt d
Nitrate oxydase
Succinate réductase H2O
DH Glycérol-3-P
DH NO3- + 2 H+
NO2- + H 2O
Respirations anaérobies
• On parle de respiration anaérobie lorsque l'accepteur final d'électrons est un autre oxydant
que l'oxygène moléculaire O2. Par exemple :
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Accepteur Produits
Respiration E0' (V) Exemples de procaryotes
d'électrons réduits
Aérobie O2 H2O – 0,82 Tous les procaryotes aérobies
Anaérobie NO3– NO2– + 0,42 Entérobactéries, Pseudomonas, Bacillus
NO2– NO, N2O, N2 + 0,35 Pseudomonas, Bacillus
SO4– H2S – 0,12 Desulfovibrio, Archeoglobus
CO2 CH4 – 0,25 Archaea méthanogènes hydrogénotrophes
S0 H2S – 0,28 Desulforomonas, Thermoproteus, Pyrococcus
H+ H2 – 0,41 Pyrococcus
Fe3+ Fe2+ + 0,33 Pseudomonas, Bacillus, Geobacter
MnO2 Mn2+, H2O + 0,61 Pseudomonas, Bacillus, Geobacter
ClO4– , ClO3– C l– + 1,29 Dechloromonas, Dechlorospirillum
AsO43– As(OH)3 + 0,13 Chrysiogenes , Bacillus, Pyrobaculum
DMSO DMS + 0,16 Entérobactéries
Fumarate Succinate + 0,03 Wolinella succinogenes
So
Sulfure NADH
H2 + 2 H+
réductase
H2S
- Un de ces complexes est une hydrogénase membranaire à noyau métallique [Ni-Fe] (partie
gauche du schéma). Les électrons fournis par les substrats organiques (sucres, acides
aminés) sont transférés à la ferrédoxine (E0' = –0,42 V) au lieu du NAD+ (E0' = –0,32 V)
par une voie modifiée d'Embden-Meyerhof. Cela permet ensuite à la ferrédoxine de les céder
à l'hydrogène (E0' = –0,41 V), accepteur d'électrons le plus simple qui soit, via le complexe
hydrogénase membranaire qui est une pompe à protons. L'ensemble de cette réaction, qui a
donc un ∆G0' quasiment nul, est tiré par l'élimination de H2 sous forme gazeuse.
- En présence de soufre S0, il y a production de H2S au lieu de H2. La ferrédoxine réduite cède
alors ses électrons au NAD+ par l'intermédaire d'un autre complexe membranaire lui aussi
générateur d'un gradient de protons, et le NADH ainsi obtenu peut réduire le soufre en H2S
( E0' = –0,28 V) grâce à une sulfure réductase cytoplasmique (partie droite du schéma). I c i
encore, le ∆G0' résultant est faible et la volatilité de H2S tire l'ensemble de la réaction.
Donneur Accepteur
Procaryotes Produits
d'électrons d'électrons
Alcaligenes, Pseudomonas H2 O2 H2O
Nitrobacter NO2– O2 NO3– , H2O
Nitrosomonas, Nitrosopumilus NH4+ O2 NO2– , H2O
Brocadia, Kuenenia NH4+ NO2– N2, H2O
Desulfovibrio H2 SO42 H2S, H2O
Acidianus ambivalens S 2O32– O2 S 4O62–, H2O
H2 S0 H2S
Thiobacillus denitrificans S 0, H2S NO3– SO42–, N2
Thiobacillus ferrooxidans Fe2+, S0, H2S O2 Fe3+, H2O, H2SO4
S0 Fe3+ Fe2+, SO42–
Aérobiose Anaérobiose
Extérieur Intérieur Intérieur Extérieur
2 S2O32- H2
Thiosulfate-quinone (thiosulfate) Hydrogénase
oxydoréductase
2 H+
S 4O62-
2 e- 2 e-
(tétrathionate)
H+ CoQ SQ H+
2 e- 2 e-
1/2 O2 + 2 H+ S o + 2 H+
Cytochrome Sulfure
H+ oxydase aa3 réductase
H2O H2S
Définition
La phototrophie est l'utilisation par un organisme de l'énergie lumineuse qui est convertie en
énergie chimique. Il existe 2 mécanismes de conversion : photosynthèse ou pompe ionique.
Photosynthèse
• La photosynthèse n'existe que chez les eucaryotes et les bactéries. Elle est absente chez les
archées, qui ne possèdent pas non plus le cycle de Calvin-Benson-Bassham.
• Principe :
Donneur d'électrons externe (H2O, H2S, S0, H2, Fe2+, N02–, ...)
↓
Photosystème : "centre réactionnel photochimique" comportant de la chlorophylle et utilisant
l'énergie lumineuse pour passer à l'état activé (chlorophylle*)
↓
Transfert des électrons à un réducteur fort (E0' très négatif)
↓
Chaîne membranaire de transport d'électrons : conservation de l'énergie par création d'un
gradient transmembranaire de protons
↓
Production de coenzymes réduits (NADH, NADPH) et d'ATP
↓
Retour d'une partie des électrons à un photosystème (le même ou un second)
↓
Synthèse de carbone organique à partir de CO2, de coenzymes réduits et d'ATP par le cycle
réducteur des acides tricarboxyliques (Arnon-Buchanan), le cycle réducteur des pentoses-
phosphate (Calvin-Benson-Bassham), ou le cycle du 3-hydroxypropionate
• Schéma général (les flèches pleines indiquent le trajet des électrons) :
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