15/11/2017

A. Rochdi Licence Science Appliquée à l’environnement 2017-2018 A. Rochdi Licence Science Appliquée à l’environnement 2017-2018

I- Introduction : C’est quoi un sol ?

atmosphère

hydrosphère
sol
biosphère

lithosphère

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Quelles sont les fonctions du sol ?

 Fonctions socio-économiques et culturelles :

 Fonctions écologiques:
Production de biomasse, préservation de la  Le sol est la base spatiale du développement et de l’évolution
biodiversité, le support de toutes la biosphère des sociétés en tant que source de matériaux : argile, sable … ;
continentale, …
 Le sol est un héritage géogénique et culturel formant le socle
Sols Plantes Herbivores Prédateurs du paysage dans lequel nous vivons, mémoire de notre
histoire(archéologie) ;
 Fonction épuratrice et régulatrice:
le sol à un rôle de filtre, de tampon, milieu de réactions
 Approche patrimonial : attachement des peuples à la terre,
chimiques permettant les échanges. C’est une fonction
essentielle à la protection de l’environnement (eau, air, religions et civilisations.
...). …

II- Processus de formation des sols :

À vous d’y réfléchir :
Pourquoi le sol est important ?

Le sol, est-ce une ressource ?

Est-ce une ressource renouvelable ?

Est-ce une ressource menacée ?

 Le sol possède sa propre dynamique : il prend naissance, et
évolue sous l'action de facteurs naturels dits "actifs" aux dépens
Le sol est-il un milieu vivant ? d'une matière inerte = Roche mère.

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II- Processus de formation du sol

Phase 1: altération de la roche mère
De la roche mère vers un système équilibré, 3 phases :
Désagrégation physique (mécanique) : fractionnement
par agents climatiques (vent, gel, eau)
1. Altération de la roche mère
 composition minéralogique initiale conservée.
2. Intégration de la matière organique
Altération géochimique: processus faisant intervenir l'eau,
3. Transfert de matière et formation d'horizons bien associée ou non à l'oxygène, au CO2 ou à des acides
différenciés organiques

 altération chimique des composants de la roche mère,

minéraux néoformés  Argiles et des oxydes

Altération géochimique: se fait selon 5 voies :

- hydratation : ajout de molécules d'eau à certaines roches  fragilisation ;

- Dissolution : mise en solution de certains composés de la roche ;

- hydrolyse : réarrangement important de certains réseaux cristallins (p. ex. silicates).

Na Al Si 3 O 8 + 8 H 2 O--------> Al (OH) 3 + 3 H 4 SiO 4 + Na+ OH -

albite + eau  gibbsite + acide silicique + ions précipités + solution de lessivage

- oxydation ;

- réduction ;

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Ex. Importance des facteurs biologiques Phase 2: intégration de la matière organique

Apport de matière organique:

litière "aérienne": matière organique morte en surface ;

litière souterraine: racines mortes, animaux, champignons,
bactéries, etc... Morts.

Transformation de la M.O. :
Minéralisation

Humification

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Minéralisation de MO : processus physique, chimique et

biologique menant à la transformation des constituants Humification : synthèse de matière organique
organiques en constituants minéraux. stabilisée, formant l'humus (au sens biochimique),

2 types:
Structure d’un composé humique 
 minéralisation primaire M1: dégradation rapide (1 à 5
ans) de la matière organique fraîche ;

3 types de composés humiques

 minéralisation secondaire M2 : destruction lente (qlq
10aines à qlq 100aines d’années) et ne concerne que 1 à 3% par
année) des molécules organiques synthétisées par les processus
d'humification.

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Acides fulviques : constituants de l’humus caractérisés par une agressivité assez

Résumé de l’humification
grande à l’égard des substances minérales contenues dans le sol ; ces constituants
sont responsables, en partie, des phénomènes de migration ( dynamique du
sol). .

Acides humiques : constituants complexes de l’humus, peu acides, à poids

moléculaire élevé ; certains composés sont floculés par le calcium, sont stables,
et plus ou moins énergiquement liés à l’argile ( structure du sol).

Humine : composant de l’humus, constitué de matière organique très humifiée,

fortement polymérisée, souvent liée à l’argile, et insoluble dans les réactifs alcalins
utilisés pour l’analyse de l’humus ( structure du sol).

Les migrations des éléments du complexe d’altération.

Phase 3. Transfert de matière et formation
d'horizons bien différenciés Migration = déplacements des éléments du complexe d’altération à l’intérieur du
profil.
 Les mouvements de particules et des solutés (Migration)

Migration ascendante (Remontée capillaire, évaporation).

 Précipitations d’éléments en solution Migrations Migration oblique (en présence de pente)
Migration descendante (éluviation, lessivage fct de l’eau.)

 L’activité biologique

Ces déplacements accélérés ou freinés par le climat, par la perméabilité du sol et le

 L’action anthropique
type d’humus vont créer dans le sol des couches plus ou moins distinctes qu’on

appelle horizons.la succession des horizons =profil

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Résumé des étapes de formation des sols :

 Il passe par des phases successives de jeunesse et de maturité
pour aboutir à un état d'équilibre dont les propriétés reflètent et
intègrent l'ensemble des facteurs du milieu.
Résumé

Source : D.SOLTNER

Formation des horizons

Résumé :
Le sol est un milieu "complexe" qui résulte d'un triple
processus Régit par les facteurs temps/espace:

 L'altération et la désagrégation de la roche-mère, ou des

formations superficielles qui la surmontent, sous l'action des
agents physiques, chimiques et biochimiques ; ce qui donne la
phase minérale du sol ;

 L'accumulation de la matière organique par la décomposition

des plantes et des animaux morts sous l'action des agents
atmosphériques et biologiques ; cela donne la phase
organique du sol.

 Une dynamique spatio-temporelle des différents constituants

du sols en fonction des mouvements de l’eau, de l’activité
biologique, de la topographie, … 24

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Exemple d’un profil de sol

Humus
Niveaux riche en matière organique,
horizon appauvri en matière minérale

Niveau pauvre en matière organique,

horizon d’accumulation des fractions
minérales ( 2 types !!)

Horizon d’altération de la roche

Exemple 1 Exemple 2

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En combien de temps se forme un sol ?

Quelques dizaines d’années  Cycle court

 Une succession des profils de plus en plus évolués
Des milliers d’années  Cycle long apparaissent en parallèle avec la succession
phytosociologique.

 Cette double évolution (végétale et pédologique) aboutit à

un équilibre stable appelé climax.

 Cette succession de phase aboutissant à un profil stable est

qualifiée d’évolution de progressive.

Fig. 2 : Cycle long d’un sol formé sur les terrasses de la vallée du Rhône.

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A-t-on toujours un sol?

Climax désigne l’état
final d’une succession
écologique et l’état le  Climat laissant pousser les
plus stable
plantes

 Topographie permettant
la stabilité du sol et de la
couverture végétale
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Conclusion sur les conditions gérant la formation des sols Fraction organique

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Fraction minérale
Le sol est un milieu triphasique :
Solide, Liquide et Gaz

Fig. : Représentation
schématique de la
constitution d’un sol.

Le sol fait apparaître plusieurs bandes

d'épaisseur variable, de quelques
centimètres à quelques mètres, ce sont
les horizons qui sont formés par 3 phases
:

Fraction minérale du sol 1-Texture :

 Complexe d’altération constitué par
 argiles
 Autres éléments tq hydroxydes Fe, Mn, Si, Al, colloïdes
La texture des sols ne concerne que la phase minérale du sol et est
définie par la distribution des particules en fonction de leur taille
(diamètre).

 Différents types d’argiles

 Illite
 Chlorite
 Smectite
 Kaolinite

 Distribution des différents argiles en fonction des

horizons et des climats
Trois Classes texturales (sable, limon & argile) sont généralement
retenues pour une caractérisation globale de la texture d’un sol.

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Cette composition texturale peut être représentée dans un TEXTURE DU SOL

diagramme triangulaire dit « triangle textural » regroupant
toutes les combinaisons possibles de diverses fractions de la Diagramme de la texture selon le système Européen
terre fine ( <2mm). A
A : argileux
As : argilo-sableux
Al : argilo-limoneux
La : limono-argileux
Laf : limono-argileux-fin
Las: limono-argileux-sableux

L : limoneux
Ls : limono-sableux
Lfa : limoneux fins argileux
Lf : limoneux fins
Ltf : limoneux très fins
S L Sl : sablo-limoneux
S : sableux

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Fraction minérale du sol Fraction minérale du sol

 -Les argiles  Distribution des différents argiles en fonction des horizons

et des climats

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Fraction minérale du sol

Granulométrie et composition minérale
 Oxydes et hydroxydes
 Fe
 Goethite (FeOOH) en climat humide

 Hématite (Fe2O3) en climat chaud à saisons sèches/humides

alternant

 Al
 Gibbsite (AlOH3)

 Bohémite (AlOOH)

 Si
 Silice amorphe

2- La structure du sol
Trois grands types de structure distingués :
Le mode d’assemblage des constituants solides
1 ) Structure grumeleuse : la présence d’agrégats visibles { l’oeil nu. Un
agrégat est défini comme un assemblage cohérent constitué de particules
élémentaires du sol

50 mm

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Importance
De la MO !!!  Composition des agrégats

Rôle
important

Complexe
argilo-humique
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Détail au microscope
2 ) Structures particulaires dans lesquelles les particules
élémentaires du sol restent dissociées

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3 ) Structures continues ou compact se caractérisent par Structure du sol

Synthèse
l’absence d’agrégats visibles

Le sol est un milieu triphasique : 3- La porosité

Solide, Liquide et Gaz

Fig. : Représentation
schématique de la L’analyse de l’organisation des vides (air +eau !)
constitution d’un sol.

f = Porosité
=
volume des vides /volume total du sol.
(m3/m3)  f .100 [%]
On distingue deux types :
- porosité de structure
- porosité de texture

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Porosité de structure

Porosité de texture

(1) grosse crevasse déterminant la sur-structure.

(2) crevasse de 2ème ordre délimitant les agrégats
Importance du mode d'assemblage (=structure) et de la distribution de la taille
(3) fissures fines déterminant la sous-structure
porosité de structure du sol : des particules (texture) sur la porosité d'un milieu poreux non consolidé.
(4) canalicules de faible diamètre
(5) grosse lacune traversant les agrégats
Pour un arrangement aléatoire de particules monodispersés, la porosité moyenne
(6) lacune tubulaire creusée par un lombric
sera de l'ordre de 36%.
(7) lacune aveugle.

Mesure de la porosité : Relation entre les différentes variables d’états

Mesure directe :

- Pycnomètre à air


 teneur en eau volumétrique-teneur en eau pondérale :   w. (1)
w
-Porosimètre à intrusion de mercure
 indice d’eau-teneur en eau volumétrique :   (1  e) (2)

a   w. s
f 1
Mesure indirecte :  indice d’eau-teneur en eau pondérale : (3)

s
-Mesure de la densité du sol
 porosité-masses volumiques : f  1 (4)
s

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Relation plantes - Sol

 Le volume occupé par les racines d'une plante dans le sol a une grande
importance pour l'absorption de l'eau.
L'espace racinaire varie selon les plantes et la nature du sol.

II- Cycles Biogéochimiques et méthodes

d’analyses chimiques des principaux éléments
chimiques du sol

Les molécules formant une plante peuvent contenir d’autres

atomes que C, H et O (une plante n’est pas faite que de glucose pur)
. Ces atomes, autres que C, H et O proviennent de minéraux puisés
dans le sol.
Exemples:

•Acides aminés : C, H, O et N (parfois S)

•ATP : C, H, O, N et P
•Chlorophylle : C, H, O, N et Mg
•Cytochrome : C, H, O, N, S et Fe

C/C : Le sol fournit aux plantes, outre le substrat et l'eau, les sels
minéraux qui sont N, P, S, Fe, Mg et les autres éléments pouvant C/C : Un sol est dit fertile s’il assure à la plante l’ensemble des éléments
chimiques dont elle a besoin pour sa croissance.
entrer dans la composition d'une molécule organique. Ces
éléments sont puisés dans le sol par les racines

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On divise généralement les éléments nécessaires à une

plante en : Les molécules formant une plante peuvent contenir d’autres
atomes que C, H et O (une plante n’est pas faite que de glucose pur)
•Éléments majeurs (besoins élevés) : . Ces atomes, autres que C, H et O proviennent de minéraux puisés
C, O, H, N, S, P, Ca, K, Mg, Mo dans le sol.
Exemples:

•Éléments mineurs ( besoins très faibles moins de 100 mg par Kg •Acides aminés : C, H, O et N (parfois S)
de matière végétale sèche):
•ATP : C, H, O, N et P
Fe, Cu, Cl, Mn, Mo, B, Ni, Zn,…
•Chlorophylle : C, H, O, N et Mg
Il sont essentiel à la plante, ils sont aussi appelés oligo-
•Cytochrome : C, H, O, N, S et Fe
éléments

C/C : Le sol fournit aux plantes, outre le substrat et l'eau, les sels
La richesse du sol consiste en une sorte d’équilibre. Les plantes puisent minéraux qui sont N, P, S, Fe, Mg et les autres éléments pouvant
dans le sol des éléments nutritifs (sels minéraux). C’est pourquoi il entrer dans la composition d'une molécule organique. Ces
nous faut les remplacer par des engrais pour ne pas appauvrir le sol. éléments sont puisés dans le sol par les racines

CO2
CYCLE DU CARBONE
(dans le sol) Détermination de la teneur en carbonates dans les sols:
Il y a plus de CO2 dans le sol Méthode volumétrique. (NF ISO 10693 )
que dans l’atmosphère 
Activité bio moindre
Détermination à l’aide d’un calcimètre
O2 CO2 LITIERE, MO fraîche O2 Bernard, elle s’applique aux sols séchés
CO2
CO2 O2 à l’air, dont le pH est supérieur à 7.00

microbes
microbes
N, P, Ca, K, Mg, S
Minéralisation

 On mesure le volume de CO2 dégagé

par action de l'acide chlorhydrique (HCl)
microbes HUMUS CAH sur le carbonate de calcium (CaCO3) d'un
échantillon de sol

CO2 + Ca2+ + H2O  CaCO3 + 2H+ Accumulation en profondeur le calcul de la teneur en CaCO3
Humus passif
CaCO3 + 2 HCl ---> CaCl2 + H2O + CO2
Le carbone de la litière sert de carburant aux microbes qui produisent l’azote et les minéraux
pour la plante. Si trop d’oxygène dans le sol (par des labours)  augmentation de la biomasse
et donc de la minéralisation de l’humus  rejet de CO2 . Phénomène plus actif dans la zone
superficielle. Le CO2 plus lourd que l’air est toxique pour les racines. Inactivation du CO 2 par le
Si l'acide HCl est en excès, son action sur une mole de CaCO3 (100g/mol) libère
Ca2+ en carbonate insoluble. 63 une mole de CO2 (22,4 l soit 22400 mL).

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Dosage de la matière organique (1) Dosage de la matière organique (2)

Par la méthode de Walkley-Black
PRINCIPE ET THÉORIE
La méthode repose sur le principe que le bichromate de potassium oxyde le carbone
contenu dans le sol. Le bichromate de potassium change de couleur selon la quantité
de produits réduits et ce changement de couleur peut être comparé à la quantité de
carbone organique présent dans le sol.
CALCUL ET EXPRESSION DES RÉSULTATS
Considérant que 1 ml de dichromate de potassium 1 N = 4 mg de carbone
% C = (ml de dichromate potassium 1 N en excès x 0,004 x 100)/Poids du sol (g)
Considérant que la matière organique (M. O.) = C × 1,724
PAR COMBUSTION SECHE : NF ISO 10694
PRINCIPE
 L’échantillon solide, placé dans une capsule d’étain, est introduit dans un four à
900°C/1000°C traversé par un courant d’hélium, un apport d’oxygène provoque une
combustion totale.
Les teneurs en C sont quantifiées par chromatographie gazeuse après une
calibration appropriée avec des substances de composition connue en C (EDTA, ...).
Ou bien une combustion à 550°C pendant 18h en atmosphère non contrôlée avec
mesure de la perte en poids à la fin pour déterminer la quantité de CO2.
CALCUL ET EXPRESSION DES RÉSULTATS
Quand l'échantillon contient des quantités non négligeables de carbone minéral sous
forme de carbonates, une correction est nécessaire. Elle consiste en la soustraction de
la quantité de C lié au calcaire total obtenue selon la formule suivante :
(C minéral = 0,12 x CaCO3 ).
Considérant que la matière organique (M. O.) = C × 1,724

L’AZOTE
Les autres éléments majeurs
En plus de C, H et O, les trois autres éléments majeurs essentiels à la plante,
et les plus susceptibles de manquer dans le sol sont :
•Azote
•Potassium
•Phosphore

Azote N :
L'atmosphère terrestre est composée d’environ 80% de N2 .
L'azote est un élément important dans la constitution de nombreuses
molécules organiques (acides aminés des protéines).
Par contre, toutes les plantes ne peuvent pas utiliser l'azote atmosphérique.
L'azote est assimilé par les racines sous forme de nitrates ( NO3- ) ou, parfois,
d'ions ammonium ( NH4+).

Ces ions proviennent de la décomposition de la matière organique azotée

dans le sol.

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Fixation de l'azote
=
Transformation de l'azote
gazeux (N2) en azote
assimilable par les
plantes

AZOTE - BACTERIES
Système caulinaire
N2
N2
NO3-, ac. aminés
NO2-/NO/N2O

Bactéries fixatrices Bactéries

d’azote dénitrifiantes
libres ou dans nodosités anaérobies
racine

Bactéries NH4+ NO2- NO3-

ammonifiantes
Bactéries
nitrifiantes
aérobies
MO
humus

Toutes ces bactéries travaillent déjà à T < 10°C  tôt au printemps !

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LA FIXATION DE L’AZOTE Dosage de l’azote Total

De nombreux végétaux (légumineuses) établissent des relations symbiotiques
mutualistes (bénéfiques pour les 2 partenaires) avec des bactéries fixatrices
d’azote.
Leurs racines portent des renflements (nodosités) dans lesquelles vivent les
bactéries anaérobiques fixatrices de N2 (genre Rhizobium). Chaque espèce de
légumineuse s’associe à une espèce de bactéries Rhizobium.
Une molécule d’azote donne 2 molécules d’ammoniac.
N2 + 8 e- + 8H+ + 16 ATP  2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi
Cette réaction est très consommatrice d’énergie (16 ATP). Ces bactéries
poussent donc dans des sols riches en MO qui fournissent l’énergie de la
respiration cellulaire.
Conséquences: ces bactéries fournissent de l’azote assimilable. Et en retour,
la légumineuse leur procure des glucides et des substances organiques.
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PAR COMBUSTION SECHE : NF ISO 13878
PRINCIPE
 L’échantillon solide, placé dans une capsule d’étain, est introduit dans un four à
900°C/1000°C traversé par un courant d’hélium, un apport d’oxygène provoque une
combustion totale.
 Les teneurs en N sont quantifiées par chromatographie gazeuse après une
calibration appropriée avec des substances de composition connue en N (atropine ...).
PAR METHODE DE KJELDAHL : NF ISO 11261
PRINCIPE
L’échantillon est minéralisé en milieu acide sulfurique en présence de cuivre(II) et
d’un catalyseur (Se mieux oxyde de Ti moins dangereux pour l’environnement).
L’azote organique est retrouvé sous forme ammonium.
 Les ions ammonium sont transformés en ammoniac par passage en milieu alcalin.
On entraîne NH3 à la vapeur d’eau et on dose le condensât recueilli par dosage
volumétrique acide/base.

Phosphore :

P est présent dans le sol sous la forme de phosphates : soit dissous dans
l'eau, soit fixés sur les particules du sol, soit dans les minéraux ou encore
sous forme organique. Le phosphore sous forme organique est lentement
minéralisé.

Solubilité très faible (moyenne de 0,05 mg P L-1 de solution du sol).

Les formes inorganiques du P sont associées à des composés amorphes ou

cristallins d'aluminium et de fer dans les sols acides et à des composés de
calcium dans les sols alcalins.

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Dosage du Phosphore assimilable (P2O5)
PAR METHODE OLSEN : NF ISO 11263
PRINCIPE
 La terre est mise en contact avec une solution d’hydrogénocarbonate de sodium.
L’extrait obtenu est dosé par spectrophotocolorimétrie.
La technique d’extraction mise en œuvre dans cette méthode est reconnue
internationalement comme la plus représentative des échanges sols-racines et la plus
universelle, c'est-à-dire fiable et interprétable dans la très grande majorité des
situations pédologiques.
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Potassium K :
Le potassium est l’élément nutritif absorbé en plus grandes
quantités que tous les autres éléments nutritifs, à l’exception de
l’azote. Le tissu de la plante contient 1 à 6% K, similaire à N.
Le K a plusieurs rôles on cite principalement :
•Activation des enzymes
•Relation hydrique :
•Agit sur l’ouverture et la fermeture des stomates  contrôle
de la transpiration ;
• Aussi la soluté de K grâce à la capacité osmotique permet
de tirer l’eau vers la racine.
Les autres éléments :
Le calcium et le magnésium sont destinés essentiellement à améliorer
la structure du sol, ils sont apportés sous forme d'amendements.
Le soufre est nécessaire à la synthèse des protéines, il est apporté par
certains engrais sous la forme de sulfates. Ce sont les crucifères (choux,
colza...) et l'ail, l'oignon, le poireau qui ont les plus grands besoins en
soufre.
2-2 Les oligo-éléments.
Les oligo-éléments (cuivre, manganèse, zinc, bore, molybdène,
fer...) participent à doses très faibles à la nutrition des plantes.
Cependant une carence dans l'un de ces éléments peut provoquer un
trouble de la végétation. Ces carences peuvent être provoquées soit par
une teneur insuffisante soit par la non disponibilité de l'élément.
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Détermination des bases échangeables et de la CEC par Détermination des bases échangeables et de la CEC par la
la méthode { l’acétate d’ammonium 1N { pH 7.0 méthode { l’acétate d’ammonium 1N { pH 7.0
NF-X 31-108 (agitation ) - -NF X 31-130(percolation)

 Le résultat est exprimé en nombre de charges pour 100g de sol

(milliéquivalents pour 100g ou méq/100g ou centimoles+/kg).
La capacité d’échange cationique du sol représente la taille du réservoir
permettant de stocker de manière réversible certains éléments fertilisants
cationiques (K, Ca, Mg, Na). La prise d'essai est de 2,5 g d'échantillon broyé à 2 mm.

Détermination des ETM totaux dans les sols

Capacité d’Echange Cationique
Par attaque fluoro-nitro-perchlorique avec volatilisation de la silice
( NF-ISO 14869-1 )
 Cette méthode nécessite une calcination préalable pour les matériaux dont la teneur
en matière organique est supérieure à 5 %.

 La mise en solution par cette attaque permet de doser les éléments: Al, Ba, Cd, Ca,
Cs, Cr, Co, Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na, Ni, P, Pb, S, Sr, Ti, Zn.

 Par attaque aux acides chlorhydrique et nitrique (méthode dite à l’eau

régale). ( NF-ISO 11466 )

 La mise en solution par l’eau régale est utilisée surtout pour les métaux lourds (Cu,
Zn, Se, Hg, As, Pb, Cr, Ni, Cd) lorsque l’on veut connaître l’impact d’une pollution.

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Détermination des éléments totaux dans les sols

Quelques éléments d’interprétation : Valeurs limites de teneur des sols en ETM,
au-del{ desquels l’épandage est en toute hypothèse interdit (Norme française)
Les éléments dissous sont ensuite dosés par spectrométrie d’émission
atomique par plasma induit (ICP), soit en mode photonique (ICP-AES), ou bien
en l'émission plasma couplée à la spectrométrie de masse (ICP-MS) ou encore
l'absorption atomique avec atomisation électro-thermique (AAET). Le mercure
est dosé par une technique spécifique.

-éléments traces totaux HF : Co, Cr, Cu, Ni, Zn (ICP-AES) (mg/kg)

-éléments traces totaux HF : Pb, Cd, Tl, Mo (ICP-MS) (mg/kg)

-éléments totaux HF : Al, Ca, Fe, K, Mg, Mn, Na (ICP-AES) ((g/100g) sauf Mn (mg/kg)

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