Los genomas de cinco especies de invertebrados han sido secuenciados: dos nematodos

(Caenorhabditis elegans y C. briggsae) y tres artrópodos (D. melanogaster, Anopheles

gambiae y Bombyx mori). La mayoría se sabe sobre la reordenación cromosómica gruesa
en Drosophila porque los reordenamientos se detectan fácilmente en el cromosomas de
sus glándulas salivales gigantes. El tipo más común de reordenamiento cromosómico
grueso son las inversiones paracéntricas, que no abarcan el centrómero. Las inversiones
paracéntricas son polimorfismos comunes dentro de las especies de moscas: diferentes
poblaciones de D. melanogaster solo tienen polimorfismos de inversión O500 [12]. La
mayoría de las otras especies de Drosophila también tienen muchos polimorfismos de
inversión paracéntricos conocidos [13]. Las inversiones paracéntricas también son
comunes como diferencias fijas entre las especies de moscas [14]. La comparación del
WGS de D. melanogaster y A. gambiae ha revelado que, aunque sus brazos
cromosómicos han conservado un contenido de genes similar ya que divergieron, se han
producido numerosas inversiones paracéntricas brutas y de escala fina dentro de cada
brazo [15]. Por lo tanto, se observa el mismo patrón de frecuentes inversiones
paracéntricas dentro de las especies de Drosophila y entre Drosophila y otros dípteros,
como Anopheles.
Poco se sabía sobre la evolución de los cromosomas de nematodos hasta hace poco,
cuando se secuenciaba el genoma de Caenorhabditis briggsae y se comparaba con el de
C. elegans [16]. Como en los genomas de moscas, las inversiones a escala fina son
comunes en los genomas de estos nematodos (aunque sus inversiones no pueden
clasificarse como paracéntricas porque los cromosomas de los nematodos carecen de
centrómeros localizados). Por el contrario, las translocaciones de brazos de cromosomas
completos o pequeños segmentos de brazos son misteriosamente raras en genomas de
moscas, pero se han producido con frecuencia en el Caenorhabditis. genomas: ha habido
casi una translocación por cada cinco inversiones [16]. La poliploidía es relativamente rara
en los animales (en comparación con las plantas); sin embargo, se conocen cientos de
invertebrados poliploides, incluidos artrópodos, nematodos, moluscos y platelmintos [5].
De hecho, dos especies diploides que se han elegido para la secuenciación: el nematodo
del nudo de la raíz el nematodo agallador Meloidogyne hapla y la pulga acuática Daphnia
pulex - tener poblaciones diploides y poliploides en la naturaleza ([17,18], D. Bird y J.
Colbourne, comunicación personal).
Vertebrados
Con la excepción de los peces teleósteos y algunas especies de anfibios [19,20] las
duplicaciones del genoma completo no son una ocurrencia común en la evolución reciente
de la mayoría de los linajes de vertebrados. Sin embargo, la mayoría de los análisis de
secuencia de genoma de vertebrados admiten al menos una duplicación de
enterogenoma antiguo que se produjo hace 500 millones de años (Mya). En cambio, los
reordenamientos cromosómicos (que incluyen fisiones, fusiones y translocaciones) y la
expansión diferencial de las secuencias repetitivas han sido las principales fuerzas del
cambio cromosómico entre los vertebrados [21]. Varios estudios han revelado numerosos
reordenamientos intracromosómicos cortos en mamíferos [22]. Por ejemplo, las
comparaciones de las secuencias del genoma humano, de ratón y de rata descubrieron
miles de pequeños "microreorganismos", que varían desde una parte de un gen o región
intergénica hasta varios genes de longitud. Aunque una pequeña proporción de estos
podrían ser artefactos derivados de errores en el proyecto de ensambles de genoma de
ratón y rata [22], el número de reordenamientos intracromosómicos observados es
consistente con estudios que muestran que las inversiones son comunes en animales
invertebrados [14,16]. Incluso si ignoramos supuestos microreorganismos, los genomas
de mamíferos contienen bloques sinténicos mucho más cortos de lo que esperaríamos ver
si los puntos de corte de reorganización ocurrieron en sitios aleatorios en todo el genoma
[23]. Esto ha llevado a la sugerencia polémica de que las roturas cromosómicas tienden a
reaparecer en ' sitios frágiles o "puntos calientes" en los cromosomas de mamíferos
[22,24]. Esta hipótesis también está respaldada por la evidencia de que varios otros tipos
de reordenamiento tienden a reaparecer en sitios particulares (por ejemplo, movimientos
de centrómeros [25,26] y duplicaciones segmentarias [27-29]).
Tasas de reorganización
Aunque es difícil de estimar confiablemente (Cuadro 2), las tasas de reordenamiento
genómico parecen variar entre diferentes especies y pueden variar significativamente a lo
largo de la historia evolutiva de una especie. Invertebrados La tasa de reordenamiento
cromosómico en invertebrados es casi el doble que en vertebrados.
Vertebrados
La disponibilidad de WGS de varias especies de vertebrados [56,59-61] ha proporcionado
una resolución sin precedentes en estudios de evolución cromosómica de vertebrados.
Por ejemplo, una comparación a cuatro bandas de los genomas humanos, de ratón, de
rata y de pollo reveló que los reordenamientos en el linaje de los pollos han sido
relativamente poco frecuentes y principalmente de naturaleza intracromosómica (Figura
1). Se observó una tasa de evolución cromosómica similarmente lenta en los peces, al
comparar el orden de los genes en Tetraodon y Fugu con el de los humanos [61,62]. A
diferencia del pollo y el pescado, la tasa de reordenamientos intercromosómicos en los
mamíferos se ha acelerado [61]. Los linajes de roedores, en particular, han experimentado
un cambio evolutivo mucho más rápido que los primates ya que los dos linajes divergieron
(3.2-3.5 reordenamientos por Myr en roedores versus 1.6 reordenamientos por Myr en
humanos). En consecuencia, el orden de los genes está más altamente conservado entre
los genomas humano y de pollo que entre los humanos y los roedores. Es posible
reconstruir el orden de genes a lo largo de los cromosomas del mamífero placentario
ancestral con considerable confianza [22,61]. Por ejemplo, a partir de datos de mapeo
comparativo y de secuencia, sabemos que los cromosomas humanos 3 más 21; 4 más 8;
12 más 22a; y 12 más 22b fueron originalmente parte de cromosomas más grandes que
más tarde sufrieron fisiones en varios linajes de mamíferos. Los mapas de genes
comparativos indican que la tasa de reordenamiento en los vertebrados ha variado en
más de un orden de magnitud durante los últimos 500 millones de años [61,63]. Usando
pollo como un grupo externo, Burt et al. [63] distinguido
tres fases diferentes en la evolución de los cromosomas de los vertebrados. Durante la
fase inicial (100-300 Mya) la reordenación cromosómica fue lenta (0,2 reordenamientos
fijos por Myr). Esto fue seguido por un episodio de reordenamiento cromosómico elevado
(65-100 Mya), durante el cual la tasa aumentó a reordenamientos O1.1 por Myr. Desde la
radiación de los mamíferos, las tasas han variado radicalmente de una manera específica
del linaje. En algunos linajes (p. Ej., La rama humana), la reordenación cromosómica se
ha ralentizado (w0.1 eventos por Myr), mientras que en otros (p. Ej., NewWorld Monkeys y
hylobatid primate branches), las tasas de reordenamiento cromosómico han aumentado
repentinamente (1.5- 2.3 eventos por Myr).
Invertebrados
Varias líneas de evidencia sugieren que los elementos repetitivos también desencadenan
reordenamientos cromosómicos en los invertebrados. Ca'ceres et al. [76] encontraron
evidencia convincente de que los elementos repetitivos son responsables de los
polimorfismos ricos en la inversión de las especies de Drosophila, cuando secuenciaron
los puntos de corte de la inversión polimórfica 2j de D. buzzattii. Descubrieron que los
cromosomas que portaban la inversión 2j contenían inserciones de transposón en ambos
puntos de ruptura e hipotetizaron que la inversión se originó por un cruce meiótico
desigual entre las dos copias del transposón. Posteriormente secuenciaron la región 2 en
39 moscas diferentes, y encontraron que los puntos de inversión son puntos de acceso
genéticamente inestables que están acumulando rápidamente transposones y otros
microreorganismos [77]. Los polimorfismos de inversión en D. melanogaster y en las
especies de Anopheles probablemente se originan en un mecanismo similar [78,79]. Hay
evidencia de que los elementos repetitivos también generan reordenamientos
cromosómicos en los nematodos: los puntos de corte de las translocaciones que se han
producido desde la divergencia de C. elegans y C. briggsae están asociados con
elementos repetitivos en el genoma de C. elegans (aunque no se sabe qué especie
ocurrieron en), y la mayoría de estos reordenamientos ocurren en los extremos del
cromosoma rico en repetición [16,80].
Vertebrados
De forma similar a los hongos e invertebrados, las regiones de puntos de corte de los
mamíferos también tienden a enriquecerse para varias clases de repeticiones [27,81,82].
Por ejemplo, los puntos de corte en la sintenia conservada entre los cromosomas de pollo
y mamífero se asignan a lugares centroméricos de repetición densa [61]. De forma similar,
un análisis de la sintenia conservada entre humanos y ratones para el cromosoma
humano 19 reveló que diez de quince regiones de punto de corte examinadas mapeadas
a grupos de duplicaciones de genes en tándem [81]. También existe una asociación
sorprendente entre puntos de corte synteny y grandes duplicaciones segmentarias. Los
análisis globales de puntos de corte humanos y de ratón han encontrado que el 25-53%
de todos los puntos de corte se asignan a regiones de duplicación segmentaria dentro del
genoma de cualquiera de las especies [29,82]. Esta asociación es igualmente frecuente
entre reordenamientos intercromosómicos e intracromosómicos. Una tendencia similar se
observa entre los cromosomas de monos grandes y humanos, donde los sitios de fusión
cromosómica (cromosoma humano 2), la translocación recíproca [cromosoma t de gorilla
(4:19)] y la inversión pericéntrica (cromosomas humanos 12, 15 y 18) se enriquecen para
duplicaciones segmentarias [83-87]. Es tentador explicar la asociación de gran escala
reordenamientos y duplicaciones segmentarias especulando que tales regiones
promueven tales eventos mediante recombinación homóloga no alélica. Sin embargo, las
comparaciones entre los genomas de ratón, humanos y ratas no son compatibles con
dicho modelo [29]. Cuando solo se consideran puntos de ruptura específicos de linaje de
roedores o primates, desaparece la asociación entre los puntos de corte de
reordenamiento y las duplicaciones segmentarias. En otras palabras, los reordenamientos
cromosómicos y las duplicaciones segmentarias se asocian entre sí entre diferentes
linajes pero no dentro del mismo linaje. Esto sugiere que las duplicaciones segmentarias
no provocan reordenamientos cromosómicos, sino que ambas son manifestaciones de la
inestabilidad de regiones cromosómicas particulares.
Invertebrados
Coluzzi et al. [96] observó tres poblaciones no entrecruzadas de A. gambiae que viven en
la misma región de Malí (y difieren por las inversiones cromosómicas) y especulado que
los reordenamientos cromosómicos podrían estar contribuyendo a la especiación en el
complejo de especies de A. gambiae (Figura 2). Esto es difícil de probar: incluso una
coincidencia altamente significativa en el tiempo entre los reordenamientos cromosómicos
y la especiación no prueba una relación causal. Sin embargo, algunas pruebas sugieren
que las inversiones han contribuido a la especiación entre los parientes cercanos D.
pseudoobscura y D. persimilis, porque las inversiones se encuentran dentro de las
regiones genómicas asociadas con la esterilidad híbrida [97]. También hay algunos
indicios de que las inversiones cromosómicas podrían estar contribuyendo a la
especiación en la mosca del gusano de la manzana (Rhagoletis pomonella), porque las
diferencias genéticas entre dos reproductivamente las razas aisladas de moscas parecen
encontrarse desproporcionadamente dentro de las inversiones [98]. Estas observaciones
sugieren que los reordenamientos cromosómicos reducen la recombinación entre los
genomas de las especies incipientes, lo que permite que las diferencias genéticas se
acumulen dentro de las regiones reorganizadas [99]. Algunos polimorfismos de inversión
en las especies de Drosophila y Anopheles se correlacionan con los cambios estacionales
y la altitud, por lo que se cree que confieren aptitud variable en diferentes hábitats
[100,101]. Otras inversiones de Drosophila se asocian con variaciones en el tamaño y
forma del cuerpo [102], mientras que A. gambiae tiene inversiones polimórficas asociado
con diferencias en las tasas de infección por Plasmodium [103]. En el saltamontes
australiano Keyacris scurra, dos polimorfismos de inversión ubicados en diferentes
cromosomas se asocian con diferencias en el tamaño corporal y viabilidad (Figura 3; [13]).
A nivel molecular, Schaeffer et al. [104] han demostrado que algunas inversiones de
Drosophila están bajo selección positiva porque mantienen combinaciones de alelos
favorables juntas. Sin embargo, al menos una inversión de Drosophila parece ser
adaptativa porque altera el nivel de expresión de un gen cercano [105].
Vertebrados
Entre los vertebrados, la relación entre el reordenamiento cromosómico y la especiación
ha sido objeto de considerable especulación [106]. La observación de que las especies de
vertebrados estrechamente relacionadas con frecuencia difieren en el número de
cromosomas o en la morfología (como se muestra por un cambio en la posición del
centrómero) podría considerarse como evidencia débil e indirecta de una relación de
causa y efecto. La evidencia directa, en particular los datos experimentales, es escasa
para los vertebrados. La mayoría de los avances en esta área han sido teóricos, con un
énfasis particular en el modelado de la capacidad evolutiva reducida de los híbridos
cromosómicos que se cree que se forman como resultado de tales eventos. En un modelo
de Pardo-Manuel de Villena y Sapienza [107], un sesgo en la segregación de los
cromosomas reordenados durante la meiosis materna ayudó a explicar la rapidez con la
que tales eventos se vuelven fijos. Navarro y Barton [108] abogaron por otro modelo
(especiación parapatric), en el cual la supresión de la recombinación que resulta del
reordenamiento cromosómico sirve como una barrera genética que conduce a la
acumulación de genes de aislamiento post-zigóticos, genes que tienen alelos que son
compatibles dentro de las especies pero incompatible entre especies, como se sugiere
para Rhagoletis. El hallazgo de un mayor número de genes seleccionados positivamente
en cromosomas reordenados en lugar de colineales entre chimpancés y humanos [109]
proporciona un apoyo controvertido [110,111] para este nuevo modelo de especiación
cromosómica. Los estudios de variación estructural natural a gran escala (50 kb-1000 kb)
dentro del genoma humano [112,113] sugieren que los reordenamientos (deleciones y
duplicaciones) son comunes en la población humana. Es posible que los efectos nocivos
de los reordenamientos cromosómicos y su papel en la especiación se hayan
sobreestimado y que dichos reordenamientos puedan conferir una ventaja selectiva a las
poblaciones en evolución [114,115].

Los genomas de anfibios difieren mucho en el contenido de ADN y el tamaño, la

morfología y el número de cromosomas. Las investigaciones de esta diversidad son
necesarias para identificar los mecanismos que han dado forma a la evolución de los
genomas de vertebrados. Utilizamos el mapeo comparativo para investigar la
organización de genes en el ajolote mexicano (Ambystoma mexicanum), una especie que
presenta relativamente pocos cromosomas (n = 14) y un genoma gigantesco (> 20 pg /
N). Mostramos una extensa conservación de synteny entre Ambystoma, pollo y humanos,
y una correlación positiva entre la longitud de los segmentos conservados y el tamaño del
genoma. Los segmentos de Ambystoma se estiman entre cuatro y 51 veces más largos
que los segmentos humanos y de pollo homólogos. Sorprendentemente, los genes que
demarcan las estructuras de 28 cromosomas de pollo se ordenan entre los grupos de
ligamiento que definen el genoma Ambystoma, y mostramos que estos mismos
segmentos cromosómicos también se conservan en un anfibio anuros distantemente
relacionado (Xenopus tropicalis). Utilizando las relaciones de ligamiento de los mapas de
anfibios, predecimos que tres cromosomas de pollo se originaron por fusión, nueve a 14
se originaron por fisión y 12-17 evolucionaron directamente a partir de cromosomas de
tetrápodos ancestrales. Además, mostramos que algunos segmentos ancestrales se
fusionaron antes de la divergencia de las salamandras y los anuros, mientras que otros se
fusionaron de forma independiente y aleatoria a medida que se reducían los números de
cromosomas en los linajes que conducen a Ambystoma y Xenopus. El mantenimiento de
las relaciones de orden de genes entre los segmentos cromosómicos que se han
expandido y contraído enormemente en los genomas de salamandra y de pollo,
respectivamente, sugiere la selección para mantener las relaciones sintenas y / o tasas
extremadamente bajas de reordenamiento cromosómico. En general, los resultados
demuestran el valor de los datos de diversos genomas de anfibios en estudios de
evolución del genoma de vertebrados.
Cuando se comparan los genomas de las especies vivas, surgen patrones de variación
que implican una diversidad de mecanismos: duplicaciones de todo el genoma
(Postlethwait et al., 2000), patrones convergentes de evolución cromosómica (Bellott et
al., 2010), reordenamientos cromosómicos dinámicos (Nakatani et al. . 2007), y cambios
específicos de linajes en el tamaño del genoma y el contenido de genes (Hughes y
Friedman 2008), por nombrar algunos. La capacidad de identificar mecanismos que han
dado forma a la evolución de los genomas de vertebrados está directamente relacionada
con la amplitud de las comparaciones que se realizan. Si las especies que presentan
estructuras únicas y variables del genoma no se incluyen en los estudios comparativos, la
perspectiva será limitada y las inferencias que se hagan sobre la evolución del genoma
serán incompletas.
Muy pocos estudios han intentado generar y comparar información genómica de anfibios
y, sin embargo, los anfibios presentan algunas de las estructuras de genoma más grandes
y diversas de todos los vertebrados (Morescalchi 1973; Duellman y Trueb 1986; Green y
Sesiones 1991; Vinogradov 1998). En particular, las salamandras son famosas por el
rango de variación que muestran en el tamaño del genoma y el cariotipo. Esta variación
se explica en parte por la filogenia; las especies ancestrales presentan los tamaños de
genoma más grandes y los cariotipos más complejos, con un número relativamente alto
de macro y microcromosomas (Sesiones 2008). Por ejemplo, el maestro de las tinieblas
primitivo (Cryptobranchus alleganiensis) tiene 112 pg / núcleo haploide (N) y 30 pares de
cromosomas que constan de tipos micro y macrocromosómicos. Por el contrario, el axolotl
mexicano derivado más recientemente (Ambystoma mexicanum) tiene> 20 pg / N, con
pocos macrocromosomas (n = 14) y no microcromosomas. Patrones filogenéticos
similares de variación cariotípica también se observan entre anfibios anuros (Duellman y
Trueb 1986). La rana de garras occidental derivada más recientemente (Xenopus
tropicalis) tiene solo 10 pares de macrocromosomas, mientras que las ranas primitivas de
cola (Ascaphus trueii) tienen 42 pares de cromosomas, incluidos microcromosomas.*******
Los reptiles modernos, y especialmente las aves, presentan genomas mucho más
pequeños que los anfibios, pero los cariotipos de muchas especies se parecen a los de
los anfibios basales. Por ejemplo, el genoma del pollo (1.25 pg / N) consiste en 36 pares
de cromosomas, con tipos de micro y macrocromosomas. De hecho, la mayoría de los
reptiles presentan tipos micro y macrocromosómicos (Olmo 2008), y la mayoría de estos
están altamente conservados entre las especies, como lo determina la pintura
cromosómica y el mapeo recíproco de genes ortólogos (Shetty et al., 1999; Guttenbach et
al., 2003; Matsuda et al. al. 2005; Kayang et al., 2006; Stapley et al., 2008; Dalloul et al.,
2010; Nanda et al., 2011) (pero, ver Kawai et al., 2007; Hansmann et al., 2009; Nie et al.,
2009) . La observación de microcromosomas entre anfibios basales y reptiles sugiere que
la evolución del cariotipo también fue conservadora antes de la divergencia de los linajes
de reptiles. En apoyo de esta idea, Burt (2002) propuso que aproximadamente la mitad de
los cromosomas en el genoma aviar surgieron de la fisión de los cromosomas
ancestrales, pero muchos otros (incluidos microcromosomas) corresponden a
cromosomas antiguos conservados conservadoramente del antepasado tetrápodo.
Nakatani et al. (2007) también mostraron la conservación de los pedidos de genes entre
cromosomas proto-vertebrados reconstruidos y microcromosomas de pollo.
Presumiblemente, estos cromosomas ancestrales se han mantenido en genomas de
vertebrados durante cientos de millones de años y estuvieron presentes en el ancestro
anfibio. De hecho, el grupo más cercano al linaje tetrápodo también tiene un cariotipo
similar al de los anfibios primitivos (Bogart et al., 1994). Dada esta supuesta estructura
ancestral, se esperaría que los linajes de anfibios evolucionados más recientemente
mostraran diferencias en la estructura del genoma. Esto se debe a que las salamandras y
las ranas son profundamente divergentes (; 250 MYA) (Zhang y Wake 2009) y, más
recientemente, linajes evolucionados dentro de ambos grupos presentan números de
cromosomas más bajos y tamaños de genoma más pequeños (Duellman y Trueb 1986,
Sesiones 2008).
Mapeo de genes comparativos
El orden de los genes en los grupos de ligamiento Ambystoma se comparó con las
posiciones de presuntos ortólogos en los genomas humano, de pollo y X. tropicalis. Los
ortólogos de genes contiguos del mapa Ambystoma a veces se reorganizaban localmente
a lo largo de los cromosomas humanos y de pollo. Se espera un cambio local en la
posición de los genes cuando se comparan taxones que divergieron hace varios cientos
de millones de años. Por consiguiente, identificamos segmentos conservados como
regiones en las que dos o más genes contiguos del mapa Ambystoma se ubicaban en la
misma región de un cromosoma o grupo de unión en otra especie (Figura 2
suplementaria, Tabla complementaria 1). En general, el mapeo comparativo reveló el
patrón bien documentado de una reordenación intercromosómica incrementada en el
linaje de mamíferos que conduce a humanos y una mayor conservación del orden de
genes entre los genomas de pollo y anfibio (Smith y Voss 2006, Helsten et al., 2010). Por
ejemplo, la Figura 1 muestra que los ortólogos de genes en el grupo de ligamiento
Ambystoma (LG) 8 se asignan a un solo cromosoma de pollo (Z) y una región distinta de
X. tropicalis LG1, pero estos ortólogos se distribuyen en tres cromosomas diferentes (5, 9
y 18) en el genoma humano.
Se identificaron un total de 134, 78 y 58 segmentos conservados entre el mapa
Ambystoma y el genoma humano, el genoma del pollo y el mapa de enlaces X. tropicalis,
respectivamente. Se identificaron segmentos más conservados entre Ambystoma y
humanos, en parte porque este último tiene más anotaciones genéticas que cualquier otro
vertebrado. Luego se realizó un análisis de 94 segmentos conservados entre humanos,
pollos y Ambystoma para comparar los tamaños de segmentos homólogos que se derivan
de vertebrados con arquitecturas genómicas muy diferentes (Figura 2). La proporción de
distancia física entre humanos y pollos fue> 1 para el 89% (84/94) de las comparaciones,
y con la excepción de una región donde los genes están densamente organizados en el
genoma del pollo (cromosoma 25), estos valores fueron relativamente constantes en
todos los segmentos (n = 84; Prom = 4.8; SD = 4.8). Por lo tanto, en promedio, los
segmentos humanos conservados son aproximadamente.
Resultados
Construcción de un mapa del gen Ambystoma Se identificaron polimorfismos de un solo
nucleótido a partir del ortólogo A. mexicanum y A. t. tigrinum EST contigs que están
disponibles en Sal-Site (Putta et al., 2004; Smith et al., 2005a). Utilizamos SNP de 917
EST contigs y personas del panel de mapeo AxTg (Voss y Shaffer 1997) para construir un
mapa de enlace que consta de 17 grupos (Supplemental Fig. 1). Este número de grupos
de ligamiento se acerca al número cromosómico haploide Ambystoma (n = 14) y está
compuesto principalmente por marcadores genéticos que permiten identificar loci
ortólogos y segmentos cromosómicos conservados y compararlos entre genomas de
vertebrados. Los tres grupos de enlaces más grandes son> 400 cM y el tamaño total del
mapa es 4200 cM. Suponiendo que 1 cM = 7 Mb (4200 cM / 30 Gb), se predice que
Ambystoma LG1 contiene más ADN que el presente en todo el genoma humano.
Mapeo de genes comparativos
El orden de los genes en los grupos de ligamiento Ambystoma se comparó con las
posiciones de presuntos ortólogos en los genomas humano, de pollo y X. tropicalis. Los
ortólogos de genes contiguos del mapa Ambystoma a veces se reorganizaban localmente
a lo largo de los cromosomas humanos y de pollo. Se espera un cambio local en la
posición de los genes cuando se comparan taxones que divergieron hace varios cientos
de millones de años. Por consiguiente, identificamos segmentos conservados como
regiones en las que dos o más genes contiguos del mapa Ambystoma se ubicaban en la
misma región de un cromosoma o grupo de unión en otra especie (Figura 2
suplementaria, Tabla complementaria 1). En general, el mapeo comparativo reveló el
patrón bien documentado de una reordenación intercromosómica incrementada en el
linaje de mamíferos que conduce a humanos y una mayor conservación del orden de
genes entre los genomas de pollo y anfibio (Smith y Voss 2006, Helsten et al., 2010). Por
ejemplo, la Figura 1 muestra que los ortólogos de genes en el grupo de ligamiento
Ambystoma (LG) 8 se asignan a un solo cromosoma de pollo (Z) y una región distinta de
X. tropicalis LG1, pero estos ortólogos se distribuyen en tres cromosomas diferentes (5, 9
y 18) en el genoma humano.
Se identificaron un total de 134, 78 y 58 segmentos conservados entre el mapa
Ambystoma y el genoma humano, el genoma del pollo y el mapa de enlaces X. tropicalis,
respectivamente. Se identificaron segmentos más conservados entre Ambystoma y
humanos, en parte porque este último tiene más anotaciones genéticas que cualquier otro
vertebrado. Luego se realizó un análisis de 94 segmentos conservados entre humanos,
pollos y Ambystoma para comparar los tamaños de segmentos homólogos que se derivan
de vertebrados con arquitecturas genómicas muy diferentes (Figura 2). La proporción de
distancia física entre humanos y pollos fue> 1 para el 89% (84/94) de las comparaciones,
y con la excepción de una región donde los genes están densamente organizados en el
genoma del pollo (cromosoma 25), estos valores fueron relativamente constantes en
todos los segmentos (n = 84; Avg = 4.8; SD = 4.8). Por lo tanto, en promedio, los
segmentos humanos conservados son aproximadamente cuatro veces más largos en
distancia física que los pollos homólogos segmentos. La relación de la distancia de
ligamiento de Ambystoma con el humano y el pollo también fue> 1 para el 93% (173/186)
de las comparaciones. Suponiendo nuevamente que 1 cM = 7 Mb en el genoma
Ambystoma, se estima que los segmentos de Ambystoma conservados son 14 y 51 veces
más largos en promedio que los humanos homólogos (n = 86; Avg = 14.1 Mb; SD = 18.2)
y pollo (n = 91 , Avg = 51.4 Mb; SD = 101.8) segmentos, respectivamente. Estos
resultados sugieren que los órdenes de genes se han mantenido a través de segmentos
homólogos de cromosomas de vertebrados que difieren en> 500 Mb de tamaño (Figura
2).
A lo largo de las alineaciones de los grupos de enlaces y los cromosomas, los segmentos
conservados se vieron ocasionalmente alterados por marcadores de ortología
desconocida, marcadores únicos no enzimáticos o datos incompletos de mapeo. Es
posible que algunos de estos marcadores no técnicos correspondan a parálogos
específicos del linaje. Ignorando estos casos, ampliamos la definición de sintenia
conservada para abarcar segmentos conservados consecutivos del mismo tipo. Por
ejemplo, los segmentos de pollo 66, 67 y 68 contienen genes que se mapean en el
cromosoma 4, pero están separados en el mapa de Ambystoma por genes (rad23b y
chdh) que se mapean a diferentes cromosomas de pollo (Fig. 3). Ignorar estos
marcadores une los segmentos conservados 66-68 en un solo grupo sintenia con
marcadores que abarcan el 75% del cromosoma 2 de pollo y casi toda la longitud de
Ambystoma LG 12. De manera similar, encontramos que los órdenes de genes que
abarcan la longitud de otros cromosomas de pollo están dispuestos discretamente como
unidades a lo largo de los grupos de vinculación Ambystoma (Supplemental Fig. 2).
Nueve Ambystoma LGs (5, 7, 8, 9, 11, 12, 13, 14, 17) mostraron una correspondencia 1: 1
con un cromosoma de pollo completo o X. tropicalis LG, o con una región grande y
discreta dentro de un pollo cromosoma o X. tropicalis LG. Estos patrones de conservación
de segmento de largo alcance son consistentes con la idea de que algunos cromosomas
de pollo corresponden a ancestrales segmentos cromosómicos.
Reconstruyendo el origen de los cromosomas aviar
La cobertura del marcador fue lo suficientemente densa entre los mapas de anfibios y el
genoma del pollo para resolver las estructuras ordenadas de los cromosomas de pollo e
inferir los mecanismos asociados con su origen (Tabla 1). Por ejemplo, los cromosomas
de pollo 8, 11 y 25 se ordenan en Ambystoma LG1 (Supplemental Fig. 2). Como los
genes ortólogos de estos cromosomas también están relacionados en X. tropicalis LG7,
los cromosomas de pollo 8, 11 y 25 probablemente estaban relacionados en el ancestro
anfibio. Si el pollo 8, 11 y 25 estaban vinculados en el antepasado tetrápodo, entonces
estos cromosomas deben haber surgido durante la evolución por fisión cromosómica;
alternativamente, si estos cromosomas se desvinculaban en el ancestro tetrápodo, la
inferencia sería la fusión cromosómica en el linaje del tallo de anfibios existentes y la
retención ancestral de cromosomas en el linaje que conduce al pollo. Usando tal lógica y
datos de la literatura, predecimos que tres cromosomas de pollo se originaron por fusión,
9-14 originados por fisión y 12-17 evolucionaron directamente de los cromosomas de
tetrápodos ancestrales (Tabla 1). Confirmamos mediante el mapeo comparativo de las
secuencias genómicas de pollo y pinzón cebra que estas inferencias probablemente se
apliquen generalmente a las especies de aves (Tabla Suplementaria 3). Solo
encontramos evidencia de dos eventos de fusión / fisión entre estos taxones: (1) La fusión
de un microcromosoma (pinzón cebra 4A) a un cromosoma grande probablemente ocurrió
dentro del linaje de pollo, dando lugar al cromosoma 4 del pollo moderno. Estos
cromosomas corresponden presumiblemente a los cromosomas ancestrales de las aves 4
y 10, que son característicamente lábiles dentro del cariotipo aviar (Guttenbach et al.,
2003; Griffin et al., 2007; Volker et al., 2010). (2) Fisión de un cromosoma (cromosoma de
pollo 1) dentro del linaje de pinzón cebra (Itoh y Arnold 2005; Vo¨lker et al., 2010). Este
evento de fisión se documentó previamente mediante la pintura cromosómica de pinzón,
pinzón vulgar, mirlo y carita rojiza (Derjusheva et al., 2004; Itoh y Arnold 2005) y, más
recientemente, mediante mapeo comparativo (Vo¨lker et al., 2010).
La evidencia de retención de cromosomas tetrápodos ancestrales es indirecta, pero
llamativa. Diez segmentos correspondientes a cromosomas de pollo están dispuestos de
forma diferente entre los grupos de unión de Ambystoma y Xenopus (pollo 10, 12, 14, 15,
17, 21, 23, 24, 27 y 28) (figura 4). Tal patrón se espera si los cromosomas de pollo
modernos corresponden a segmentos cromosómicos ancestrales que se fusionaron en
diferentes combinaciones ya que los linajes de anuros y salamandras divergieron de
forma independiente. Como explicación alternativa, el patrón podría explicarse por una
alta tasa de reordenamiento intercromosómico dentro de uno de los linajes de anfibios.
Sin embargo, solo tres segmentos correspondientes a los cromosomas de pollo se
reorganizaron de forma única entre los grupos de unión de Ambystoma o Xenopus (pollo
2, 19, 20). Además, no se espera que los reordenamientos cromosómicos aleatorios den
como resultado la conservación de la sintenia entre los marcadores que definen
cromosomas de pollo completos y grandes extensiones de grupos de enlace de
salamandras y ranas.
Discusión
La estructura de los genomas de vertebrados ha sido formada por muchos mecanismos
diferentes durante varios cientos de millones de años de evolución. Esto ha producido una
considerable diversidad en el tamaño del genoma y el cariotipo entre los diversos grupos
de vertebrados, y en particular, los anfibios (Sesiones 2008). Desafortunadamente, la
perspectiva de los anfibios rara vez se ha incorporado a los estudios comparativos de la
evolución del genoma de los vertebrados (Voss et al., 2001; Smith y Voss 2006, 2007;
Hellsten et al., 2010). Esto se explica por los genomas grandes y complejos que
presentan los anfibios y la naturaleza de la ciencia para centrarse en organismos con
estructuras genómicas pequeñas y simples. Sin embargo, los grandes genomas de
salamandra están siendo priorizados para la secuenciación (Haussler et al., 2009), y los
conocimientos que se obtendrán de estos esfuerzos se introducen en los resultados de
este estudio. Aunque los anfibios, y especialmente las salamandras, presentan genomas
extremadamente grandes, mostramos que la estructura de los genomas de anfibios está
altamente conservada en comparación con otros vertebrados. Mostramos que los
tamaños de segmentos cromosómicos se han conservado en escenarios muy diferentes
de evolución del genoma, pérdida de gen y genoma reducción de tamaño en el caso del
pollo (Hughes y Friedman 2008) y aumentos moderados y extremos en el tamaño del
genoma en humanos y salamandras, respectivamente. La base de esta conservación se
explica en gran medida por la retención de segmentos ancestrales de cromosomas de
vertebrados en los linajes de anfibios y amniotas. Nuestro estudio aclara el papel de la
fisión frente a la retención de cromosomas ancestrales en el origen de los cromosomas de
las aves, y predice un mayor papel de la fusión cromosómica en la evolución de los
vertebrados (Nakatani et al., 2007). En los anfibios, los segmentos ancestrales de los
cromosomas se fusionaron para producir arreglos de mosaico al tiempo que se conserva
la integridad de estos segmentos a lo largo de cientos de millones de años de evolución.
El ordenamiento discreto de los segmentos cromosómicos ancestrales en dos genomas
de anfibios modernos proporciona una validación de la hipótesis de Burt (2002) sobre el
origen de los cromosomas aviares. Basándose en una comparación de relativamente
pocas sinaginas conservadas de pollo y pescado, Burt (2002) predijo que muchos
microcromosomas de pollo podrían corresponder a los cromosomas ancestrales de los
tetrápodos. Nuestro hallazgo de estos segmentos cromosómicos en genomas de anfibios
existentes, junto con la observación de microcromosomas y altos números de
cromosomas en los linajes de anfibios basales (Morescalchi 1973, Duellman y Trueb
1986, Sesiones 2008, Vinogradov 1998) y coelacanth (Bogart et al., 1994) apoya un
modelo por el cual los cromosomas ancestrales de los tetrápodos se fusionaron durante la
filogenia de los anfibios (Fig. 5). Algunos de los eventos de fusión precedieron a la
divergencia de salamandras y anuros. Esta inferencia es respaldada por la siguiente
observación: Algunos cromosomas de pollo se ordenan de la misma manera en los
grupos de enlace Ambystoma y X. tropicalis. Por ejemplo, considere la disposición
vinculada de genes que definen los cromosomas de pollo 8 y 11 en Ambystoma LG1 y X.
tropicalis LG7. Nakatani et al. (2007) mostraron que los pollos 8 y 11 probablemente
remontan su ascendencia a cromosomas independientes en el vertebrado ancestral con
mandíbula. Debido a que los genes que definen estos cromosomas no están vinculados
en otros vertebrados, la explicación más parsimoniosa es la fusión en el linaje de anfibios
existentes y la subsiguiente retención de esta relación de unión en salamandras y anuros.
También proponemos que algunos cromosomas ancestrales se fusionaron después de la
divergencia de los linajes de salamandra y anura. Entre ranas y anfibios, algunos de los
linajes más derivados presentan menos cromosomas, un patrón convergente que indica
presión selectiva para reducir el número de cromosomas. Nuestros resultados sugieren
que durante el proceso de reducción del número de cromosomas en Ambystoma y
Xenopus, los segmentos cromosómicos ancestrales correspondientes a
microcromosomas de pollo experimentaron fusiones independientes, produciendo
números cromosómicos reducidos en ambos taxones, pero con una distribución diferente
de segmentos ancestrales entre los cromosomas. Dado el tiempo de divergencia profunda
de los linajes de rana y salamandra (; 250 MYA) (Zhang y Wake 2009), hubo un tiempo
considerable para que los cromosomas ancestrales se fusionen de manera independiente
en los linajes que conducen a X. tropicalis y Ambystoma. Es interesante que la estructura
fundamental de los cromosomas ancestrales se haya mantenido en genomas de anfibios
durante cientos de millones de años, a pesar de los grandes cambios en el cariotipo y el
tamaño del genoma entre los linajes de anfibios. Por ejemplo, Ambystoma LG8 ha
experimentado una expansión de> 20 veces en relación con el tamaño del cromosoma Z
de pollo (; 75 Mb). Si bien hay algunos ejemplos de fusión y fisión cromosómica entre
taxones aviares (Guttenbach et al., 2003; Derjusheva et al., 2004; Itoh y Arnold 2005;
Griffin et al., 2007; Hansmann et al., 2009; Nie et al., 2009). , los cariotipos reptiles son
generalmente conservadores (Olmo 2008). Estos patrones sugieren un papel para la
selección en el mantenimiento de la integridad de los segmentos cromosómicos
ancestrales. Una posibilidad es que la selección haya actuado para mantener la
organización espacial de los elementos y genes reguladores durante la evolución de los
vertebrados (Larkin et al., 2009; Nie et al., 2010). Estos patrones también pueden reflejar
tasas relativamente bajas de reordenamiento intercromosómico en peces, anfibios, y
aves, mientras que todavía permite la reorganización intracromosómica de loci (Smith y
Voss 2006; Vo¨lker et al., 2010).
Los resultados de este estudio brindan una perspectiva crítica de anfibios para los
debates en curso sobre el cariotipo ancestral de los tetrápodos y el origen de los
cromosomas de amniota. Originalmente se propuso que los cromosomas dentro de los
genomas de amniota se originaban principalmente por la fisión cromosómica de un
genoma ancestral con 12 pares de cromosomas (Postlethwait et al., 2000). Ambystoma y
X. tropicalis presentan relativamente pocos cromosomas, y estos se aproximan al número
del antepasado vertebrado presunto. Como mostramos aquí, algunos cromosomas de
estos anfibios en realidad son el producto de eventos de fusión independientes y, por lo
tanto, los recuentos de cromosomas no proporcionan información directa sobre el número
de cromosomas ancestrales de los tetrápodos. Por el contrario, esta información se
obtiene al comprender la distribución de las homologías génicas en los linajes
evolutivamente informativos y los mecanismos de evolución del cariotipo (Griffin et al.,
2007). Nuestros resultados apoyan un modelo evolutivo que predice al menos el doble de
cromosomas para el antepasado tetrápodo (Nakatani et al., 2007; Putnam et al., 2008),
aproximándose al número de anfibios primitivos, celacanto y algunos amniotes no
mamíferos (p.birds).