Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Un singur centru, cu studii paralele a fost efectuat. Aprobarea etică pentru studiu
a fost dată de comitetul RECA HSC, ref. 14 / NI / 1107. Patruzeci și trei de
pacienți cu carie activă au fost recrutați de la cei care frecventează clinicile
studenților de licență și clinicile de consultanți de la Spitalul Dental Guy. Pacienții
aveau vârsta sub 18 ani și au un risc ridicat de carii dentare, pe baza prezenței
unuia sau mai multor dintre următorii indicatori ai bolii: cavități vizibile sau
evidență radiografică a penetrării leziunilor în cearină; dovezi radiografice
interproximale ale penei leziunii în dentină; leziuni ale petei albe pe suprafețe
netede; restaurari în termen de 3 ani anteriori din cauza cariilor. Pacienții au fost
diagnosticați cu carii dentare active, cu cel puțin o leziune primară activă în smalț
și / sau dentină, cu excepția cariilor recurente sub restaurări sau carii arestate.
Tratamentul leziunilor carioase a fost efectuat după terminarea studiului. Studiul a
avut o durată scurtă și a fost efectuat în timp ce pacienții așteptau o programare la
tratament.
Subiecții potențiali au fost excluși din studiu dacă aveau boală parodontală
avansată; boli ale țesuturilor moi bucale; aparate ortodontice; funcție salivară
anormală în afecțiunile care duc la gură uscată, cum ar fi sindromul Sjögren; a
primit antibiotice cu o lună înainte sau în timpul acestui studiu; erau însărcinate sau
alăptau; participase la un alt studiu clinic în luna precedentă acestui studiu; au fost
imunocompromisi (de exemplu, suferind de HIV / SIDA sau au primit terapie
medicamentoasă imunosupresivă); sau consumat regulat mai mult de trei bețe de
gumă de mestecat pe zi.
ADN-ul a fost extras din probele de plăci cu ajutorul kitului de extracție a ADN-
ului Genelute (Merck, Gillingham, Marea Britanie), cu pretratamentul suplimentar
cu lizozimă (Merck), recomandat de producători pentru bacteriile Gram-pozitive și
genele ARN ARS 16S amplificate de PCR cu primerii 27F (cu modificarea YM) și
519R, care vizează regiunile variabile 1–3.
Fiecare eșantion a fost amplificat folosind clienți care încorporează un cod de bare
unic și adaptoare Roche 454. Ampliconele PCR au fost purificate, dimensionate,
cuantificate și reunite în proporții echimolare. Emulsia PCR și secvențializarea
unidirecțională a bibliotecilor au fost efectuate folosind kitul Lib-L și secvențatorul
Roche 454 GS-FLX Titanium la Departamentul de Biochimie, Universitatea din
Cambridge. Procesarea și analiza secvențelor s-au efectuat folosind versiunea
1.36.1 [6], bazată pe SOS Schloss (ianuarie 2016) [7]. Secvențele au fost grupate în
operaționale, unități taxonomice (OTU) la o distanță de disimilaritate de 0,015,
folosind un algoritm mediu vecin și apoi clasificate folosind un clasificator
Bayesian naiv implementat în mothur cu baza de date Human Oral Microbiome
Database (HOMD) (versiunea 13.2). Diversitatea α a comunităților bacteriene
bazate pe OTU-uri a fost analizată folosind abordări implementate de mothur:
diversitatea comunităților a fost estimată folosind indicele de diversitate inversă
Simpson [8] și bogăția totală a comunităților a fost estimată folosind Chao1 [9].
Pentru analizele β-diver- sitate, seturile de date au fost sub-eșantionate astfel
încât numărul de secvențe a fost egal în toate eșantioanele (egal cu cel al
eșantionului cu cel mai mic număr de secvențe din setul de date).
Pentru a compara diversitatea β a eșantioanelor bazate pe OTU-uri, s-a utilizat
indicele Jaccard (raportul dintre OTU-urile partajate cu OTU-uri distincte) și
metrica θ-YC (compară structura comunității ținând cont de abundența relativă a
taxonilor) [10]. pentru a genera matrice de distanță în molie și vizuate ca parcele de
ordonare prin parcele de scalare multimetrică (NMDS) nemetrică.
Parcele de ordonare au fost generate în R (r-project.org) folosind pachetele rgl și
ggplot2.