Analyse D - Articles Scientifiques - Remini - Hocine

Université
Mohand Akli Ouelhadj - Bouira

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie et des
Sciences de la Terre
Département des Sciences Biologiques
Analyse d’articles scientifiques

Dr. REMINI Hocine
Email: h.remini@univ-bouira.dz / hocine_r06@live.fr
Année Universitaire : 2016/2017

C’est quoi un journal scientifique?
Les journaux scientifiques : Appelés encore les revues scientifiques, elles sont définies
par DEVILLARD & MARCO (1993) comme suit : "une publication en série, à parution
régulière, dotée d’un titre déposé et composée d’une suite d’articles évalués par un
comité de lecture en fonction de critères scientifiques ".
Exemple:
- Journal of Molecular biology

- Journal of Food science
- Journal of Biochemistry
Pourquoi rédige t-on un article scientifique?
Surabondance d’information
Articles scientifiques
2008 : 1 862 000 (5100/jour)
2013 : x 1,5
24 minutes/article
- Lecture partielle
- Lecture non linéaire
Chaque partie doit etre comprehensible et

citable sans lire le reste
Article scientifique
1
Outil de communication § Communication et recherche scientifique sont étroitement

liés entre elles, voire même complémentaires. En effet, sans
recherche on n’a rien à communiquer et sans communication la
recherche n’avance pas. Et sans la recherche pas de progrès
scientifique
communicatif
Ce qu’il a fait?
Le scientifique doit fournir Pourquoi il a fait?

un document montrant:
Comment il a fait ?
Quel enseignement en
a-t-il tiré ?
Diffusion de l’information
2
Quels sont les types d’articles scientifiques ?
Publications scientifiques
Article de synthèse
Article de recherche Note de recherche
(review paper)
(research paper)
- Les articles
- C'est une communication
- Les articles de de synthèse courte qui ne dépasse pas
recherche bibliographique deux à trois pages
présentent des présentent un état (illustrations et
résultats de l'art sur un bibliographie comprises),
originaux d'une problème ou un sujet soit un maximum de plus ou
recherche. donné ( 5 ans). moins 1000 mots.
- - nombre limité - Nombre de mots plus
en mots (6000 à important: 10000 mot - Cas particulier d’un article
7500 mots) de recherche
- Jusqu’à : 80 references
N.B. Structure d’un article de recherche diffère de celui de synthèse

De quoi est composé un article scientifique ?
A savoir aussi
Ø La lecture d’un article par un chercheur Ø Différents articles ont été

est passé de 36 min à 24 min : critiquées voir même non accepté
pour l’évaluation faute d’une
- lecture partielle mauvaise qualité structurale de
- non linéaire l’article
Beau de l’extérieur, ça ouvre tjrs les portes …

Chaque partie doit être
- plus attractif
compréhensible en soi : entité
indépendante
Ø Il est à noter que tout document scientifique peut se présenter du point de vue
structurel sous deux formes, à savoir la structure physique et la structure logique.
1- Eléments de la structure physique:
- La mise en page : page entière, en colonnes, marges,...

- Les caractères : police, typographie, ...
- La taille du document : format des pages (A4 ou autres), dimensions...
- Le volume du document : nombre de pages, nombre de mots ...
- D'autres éléments peuvent être utiles tel la présentation du texte sur une seule face de
la feuille ou en recto-verso, interligne (simple, double...)...
Exemple des Spécificités physiques d’un article scientifique :

• Chaque revue ou journal scientifique possède ses propres instructions aux auteurs
Journal of Food science

Journal of molecular biology
7500 mots
15 pages Interligne 2
Interligne 2 Figure et tableaux 6
10 figures Numerotation des lignes
4 tableaux Marges larges
Marges simples Police 12 ou 10
Structure logique d’un écrit scientifique
Eléments communs dans les

écrits scientifiques
problème
1 ••Nécessité d’organiser ces éléments
••Etablissement d’un plan d’article

••Organiser ces éléments dans le plan d’article
discussion
Ecrit
scientifique
méthode 2
••Obtention d’un article structuré, accessible

et compréhensible
3
solution
Les plans d’un écrit scientifique ?
Ø la structure logique diffère selon le type de l'article et la discipline de ce dernier
Le plan type d’article
Le plan ILPIA
Le plan IMRED (IMRAD en anglais) I Introduction,
Le plan OPERA L Littérature,
I INTRODUCTION P Problème,
M MATERIEL ET METHODES I Implication,
R RESULTATS O OBSERVATION
A Avenir.
A and P PROBLEME
D DISCUSSION E EXPERIMENTATION Les articles de synthèse ou
R RESULTATS surveys.
A ACTION
Les sciences exactes et médicales
Les articles analytiques,

les sciences appliqués (technologie, gestion ...).
Le plan le plus utilisé mais l’ordre pourrait être variable selon le type de la revue scientifique
Plan type d’articles dans certains journaux de la
biochimie et biologie moléculaire ?
Cas de Journal of molecular biology (IF 4,33) Cas de journal: Biochemitsry (IF 3,01)
Plan type d’article Plan type d’article (IMRAD)

• Introduction • Introduction
• Resultat • Matériels et méthodes
• Discussion • Resultat
• Matériels and méthodes • Discussion
Les clés de texte ?
Ø En plus des unités essentielles ( décrites dans le plan IMRED ou autre) de la structure
d’un article scientifique, on trouve d’autres unités qui ont une importance plus ou moins
importante selon le genre de l’article. Ces éléments sont appelés "les clés du texte".
- Le titre : comme le dit BENICHOUX (1985) : " Le titre d’un article scientifique sert
d’enseigne, et le résumé en est la vitrine ", c’est pourquoi il doit être soigneusement choisi.
- L’auteur : Généralement on trouve le nom du (ou des) auteur(s) ainsi que l’affiliation
institutionnelle dans lequel est menée la recherche objet de l’article.
- Le résumé : Généralement placé au début de l’article, il constitue avec la conclusion la
partie la plus lue des articles scientifiques c’est pourquoi il doit être soigneusement rédigé. En
France la rédaction des résumés est normalisée par la norme NF Z 44-004 intitulé
" Recommandations aux auteurs des articles scientifiques pour la rédaction des résumés ".
Les clés de texte (suite) ?
- Les mots clés : Ils constituent une spécificité des articles scientifiques. Ces mots clés
sont généralement choisis par l’auteur de l’article.
- La bibliographie : L’article scientifique se caractérise par une solide bibliographie dont
les références sont généralement classées selon deux systèmes différentes:
* Le système de VANCOUVER : classement par numéro d’ordre entre crochets, il range les
références par ordre alphabétique, chronologique ou cumulatif
* Le système de HARVARD : dispose les noms d’auteurs par ordre alphabétique suivis de
l’année de parution entre parenthèse.

Donc ….
Les principales parties d’un article

scientifique sont :
De quoi est
I Titre composé et à
I Auteurs quoi sert chaque
I Résumé partie ?
I Mots-clefs
I Introduction
I Matériels et Méthodes
I Résultats
I Discussion
I Conclusion
I Références
I Remerciements
I Tableaux et figures
I Matériels supplémentaires
Le titre ( Title)
I Le titre
- doit refléter et annoncer le contenu du texte avec le maximum de

précision et de concision.
- Les mots informatifs doivent être placés en début de titre ;

c’est une position forte qui retient l’attention
Le titre ( Title)
Défauts communs et conseils
Trop long
Bien que cela ne soit pas possible dans tous les cas, un titre relativement court et bien pensé aura plus d’impact car il
concentrera l’attention du lecteur sur un ou deux points majeurs.
Trop spécialisé
Le titre ne doit pas contenir un jargon accessible exclusivement par une poignée de spécialistes mondiaux, mais aussi
des termes mettant en valeur le contexte et les enjeux généraux pour le lecteur commun.
Absence de mots-clés à fort impact

Pour faciliter un bon repérage par les moteurs de recherche comme Google scholar l’auteur veillera à placer, si possible
en début de titre, des mots-clés soulignant les enjeux généraux. Par exemple : climate change, stem cells, transgenic,
pesticide, biofuel.
Peu novateur
Dans la mesure du possible le titre doit souligner ou suggérer l’aspect innovant, inattendu ou différent des travaux par
rapport à l’existant. L’auteur utilisera par exemple : Novel…, Unexpected…, First…, Proof of…, Evidence for…,
Alternative…
Abréviations
Aucune abréviation, sauf pour des mots très connus comme par exemple DNA.
Le titre ( Title)
Défaut communs et conseils (suite)
Parenthèses
Aucun mot entre parenthèse.
Question (?), interrogation
Sauf cas exceptionnel le titre ne doit pas être écrit sous forme interrogative.
En effet, un article de recherche a plutôt pour objectif de
donner une réponse, de montrer une avancée.

Exemple de titres ?
Ø Une étude protéomique de cellules immunitaires permet de

découvrir un vaccin contre le SIDA
Ø Étude protéomique de cellules immunitaires et découverte
d’un vaccin sur le SIDA
Ø Étude protéomique de cellules immunitaires : des résultats
encourageants sur la protéine Gag et ses interactions avec Env
donnent de bonnes perspectives de vaccination préventive du
SIDA
Ø Découverte d’un vaccin contre le SIDA à l’aide de techniques
protéomiques
Auteurs ( Authors) ?
Les auteurs :
Ø Formé du nom et de une ou plusieurs initiales des auteurs
Ø Le nombre typique d’auteurs dépend de la discipline :

rarement plus de un ou deux en mathématiques, souvent plus
de cinq en biologie.
Ø L’ordre des auteurs peut être alphabétique (physique) ou

indiquer le type de contribution : en biologie, le premier
auteur a effectué la majorité du travail, le dernier a conçu et
dirigé le projet.
Ø Premier et dernier auteur sont les deux positions "valorisées".

Ø Il faut mentionner l’affiliation: laboratoire, lieu de travail…etc
Exemple de la liste des auteurs ?
Exemple d’affiliation ?
Lamine Bourninea,b,c, Sihem Bensalema, Paul Peixotob, Arnaud Gonzalezb,Fadila Maiza-

Benabdesselama, Fatiha Bedjoua, Jean-Noël Wautersc, Monique Titsc,Michel Frédérichc,
Vincent Castronovob, Akeila Bellahcène∗a
aLaboratory of Plant Biotechnology and Ethnobotany, Faculty of Natural Sciences and Life, University of Bejaia, Bejaia, Algeria
bMetastasis Research Laboratory, GIGA-Cancer, University of Liege, Liege, BelgiumcLaboratory of Pharmacognosy, CIRM, University
of Liege, Liege, Belgium
* Corresponding author : personne qui soumet l’article

C’est quoi un résumé (Abstract) ?
Le résumé est un exercice profitable à divers points de vue : il force à lire un texte en allant à
l’essentiel et à dire beaucoup en peu de mots. Pour acquérir ces habiletés, il faut s’exercer à
reconnaitre les idées principales, à les comprendre, puis à les reformuler d’une manière personnelle
tout en respectant leur sens initial.
Ø Le résumé est la vitrine de l’article

Ø Le résumé synthétisé en 150-200 mots
Le résumé doit:
• Il doit pouvoir être lu indépendamment du reste de l’article

: compréhensible en lui même
• IL doit permettre, en peu de mots, de comprendre :
- le contexte – si la place le permet,
- le problème,
- la méthodologie
- la solution proposée,
- les perspectives
Comment construire un résumé ?
Introduction
(Enjeux, problème
contexte, hypothèse)
Enjeux, contexte
25 % (3 phrases)
Problème,
hypothèse
expérimentation 25 % (3 phrases)
Matériels en
méthodes
Résultats majeurs
(Expériences) Signification
50 % (6 phrases)
Nouveauté
conséquences
Résultats et discussion
Description
Discussion
Conclusion
Résumé: quand le rédiger ?
Résumé: 1ère partie
Contexte, problème (environ 25 % du résumé, trois phrases)
Cette partie résume l’introduction, c’est-à-dire le contexte et les
enjeux généraux et globaux, puis locaux et spécifiques amenant à
une voie à explorer.

Résumé: 2ème partie
Expérimental (environ 25 % du résumé, trois phrases)
Cette partie résume les méthodes et expériences. Elle doit commencer
avec un style personnel comme Here we studied…, We measured…,
I surveyed… pour bien distinguer le début de la contribution
effective de l’auteur. L’auteur donnera la nature des expériences
majeures, des variables et des paramètres mesurés, en introduisant
quelques chiffres pertinents : la durée de l’expérience par exemple.

Résumé: 3ème partie
Résultat majeur, nouveauté, conséquences (environ 50 % du résumé, six phrases)

Cette partie résume la section Résultats et discussion.
Ø Elle doit commencer avec un style personnel tel que Our results show that… We found that… pour
bien signaler au lecteur le début de l’explication des résultats.
Ø Elle décrit au maximum trois résultats à l’aide de tendances appuyées par des chiffres qui vont
convaincre le lecteur scientifique. Exemple : Our results show a dry weight increase from 21 to 46
g… are decreasing by 33%… average at 33 ± 2 g.
Ø Puis, l’auteur donnera la signification des résultats majeurs. Il expliquera ensuite, très clairement,
leur nouveauté, leur valeur ajoutée ou leur différence par rapport aux connaissances existantes.
Sans cette proclamation la plupart des bonnes revues déclinent l’article à la soumission.
Ø Il expliquera enfin les conséquences, les bénéfices scientifiques puis sociétaux
Exemples de résumé scientifiques ? Commenter ?
Abstract
Chemotherapy continues to be the standard treatment for advanced or metastasized cancer.
However, commonly used chemotherapeutic agents may induce damage in healthy cells and tissues.
Thus, in recent years, there has been an increased focus on the development of new, efficient
anticancer drugs exhibiting low toxicity and that are not affected by mechanisms of
chemoresistance. In the present work, we tested synthetic and naturally obtained human salivary
peptides against breast, prostate, colon, osteosarcoma and bladder cancer cell lines (T47-D, PC-3,
HT-29, MG63, T-24, respectively). Results have showed that there is a reduced cell population
increase that is peptide-, cell- and possibly pathway-specific, with the most potent effect observed
in observed in T-47D breast cancer cells. Protein expression and microscopy results further indicate
that, in this cell line, the peptide with the sequence GPPPQGGRPQG (GG peptide) interferes with the
ability of cell adhesion proteins to stabilize adherens junctions, such as E-cadherin, leading to
apoptosis. These promising results encourage future works aimed at disclosing the vast potential of
salivary peptides as new therapeutic agents.
Réponse : la lecture de ce résumé révèle qu’il est constitué de 3 parties principales :
1re partie : Dans cette partie on trouve :

Arrière-plan et contexte : la chimiothérapie autant que méthode de lutte contre le cancer
Problématique et hypothèse :
l- La chimiothérapie porte atteinte aux tissus sains,
2- Recherche de nouveaux agents anticancéreux
(qui sont moins toxiques et ne seront pas affectés par la chimiorésistance)
2ème partie : Expérimentation : les auteurs ont testé les peptides salivaires humains (naturels et
synthétiques) sur différentes lignées cellulaires cancéreuses.
3ème partie : Résultat, signification et conséquence : Les auteurs mentionnent les résultats pertinents
observés à savoir la réduction de l’augmentation de la population cellulaire pour les lignées enrichies en
peptides et particulièrement la lignée de cancer de sein. Comme conséquence, les peptides salivaires
peuvent être des agents thérapeutiques potentiels.
Tea (Camellia sinensis) is one of the most consumed beverages in the world. White tea is
made from the buds and young leaves of the tea plant which are steamed and dried, whilst
undergoing minimal oxidation. The MTT assay was used to test the extract on the effect of the
proliferation of the colorectal cancer cell line, HT-29. The extract inhibited the proliferation of
HT-29 cells with an IC50 of 87 µg/ml. The extract increased the levels of caspase-3, -8, and -9
activity in the cells. DNA damage in 3T3-L1 normal cells was detected by using the comet
assay. The extract protected 3T3-L1 cells against H2O2-induced DNA damage. The results
from this study show that white tea has antioxidant and antiproliferative effects against cancer
cells, but protect normal cells against DNA damage. Regular intake of white tea can help to
maintain good health and protect the body against disease.
Le résumé est composé de 3 parties :

Ø Description du matériel végétal étudié qui est le Thé vert
Ø Méthodologie
- test MTT: utilisé pour évaluer l’effet de l’extrait du thé sur la prolifération des cellules cancéreuses
colorectales (HT-29)
- test des cometes: evaluer les dommages d’ADN dans ces cellules normales (3T3-L1 cells)
Ø Les résultats, signification, Conséquence et bénéfice

Résultats:
- l’extrait de thé inhibe la prolifération des C.HT-29 (IC50=87µg/ml)
- L’extrait augmente l’activité des caspaces 3, 8 et 9
- L’extrait protege les c 3T3-L1 contre les dommages d’ADN
Signification:
- l’extrait de thé à un effet antioxidant et antiproliférative sur les cellules cancéreuses.
Conséquence et bénéfice:
la consommation régulière du thé peut maintenir la bonne santé et protéger notre corps contre
diverses maladies.
Ce résumé manque de la définition claire du contexte et de la problématique
Exemples de résumé scientifiques ?
Abstract: Antioxidant activities of Myrtus communis leaf phenolic compounds (McPCs) were investigated on 2,2
9- azino-bis-3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid (ABTS+•) and oxygen radical absorbance capacity (ORAC)
tests or on oxidation of biological models, human low-density lipoprotein (LDL) and phospholipid aqueous
dispersion (l-α-phosphatidylcholine stabilized by bile salts). Two extraction techniques, microwave-assisted
(MAE) and conventional (CE), were used to isolate McPCs, producing similar results of phenolic compound
content. ABTS+• assay showed clearly that myrtle extracts exhibited a stronger scavenging effect than butylated
hydroxyanisole and α-tocopherol, with a slight advantage for myrtle CE extract. In ORAC assay, the both McPC
extracts were similarly less effective than the pure compounds as caffeic acid and myricitrin (myricetin 3-O-
rhamnoside) but stronger than butylated hydroxytoluene. Moreover, myrtle CE and MAE extracts, and
myricitrin were able to inhibit similarly the production of conjugated dienes and to prolong the lag phase (Tlag)
during Cu2+-induced LDL oxidation with a dose-response effect. The cryo-electron microscopy observations on
studied phospholipid dispersion stabilized by bile salts (BS) revealed the presence of bilayer vesicles and
micelles. In 2,2-azobis (2-amidinopropane) hydrochloride–induced phospholipid/BS oxidation, myrtle CE
andMAE extracts gave similar effects to α-tocopherol and caffeic acid but myricitrin showed a higher protective
effect than myrtle extracts. We showed also that no synergic or additive effect between α-tocopherol and
myrtle extracts or caffeic acid in α-tocopherol–enriched phospholipid/BS dispersion, but myricitrin showed an
additive effect and thus promoted the total antioxidant activity. These data showed that myrtle extract could
be used as potential natural antioxidants, food stabilizers, or natural health products.
Réponse
Ce résumé est composé de:
Partie 1: Expérimentation
- Evaluation des activités antioxydantes des feuilles du myrte (Myrtus communis) par les tests: ABTS, ORAC et
des test biologiques (oxydation des LDL et des dispersions lipidiques)
- Utilisation de deux méthode d’extraction: conventionnel et MAE
Partie 2: Résultats, signification, conséquence

Résultats:
§ les deux extractions donnent même teneur en composés phénoliques
§ Selon le test ABTS, l’extrait de myrte montre un fort effet scavenger
§ l’extrait du myrte et la myricitrin inhibent la production des DC et prolonge le Tlag
§ la cryomicroscopie montre la présence de micelles et des vesicules bicouches
§ Dans le test d’oxydation du système phospholipides/SB, l’extrait du myrte, alphatocopherol , a.caféique
présente le même effet. Mais myricitrin présente un effet supérieur.
§ Pas d’effet synergique entre alphatocophérol et les autres antioxydants.
§ Myricitrin montre un effet additive
Signification, conséquence
L’extrait du myrte pet etre utilisé autand qu’antioxydant naturel , stabilisant alimentaire et un produit de
santé
ce résumé:
- Pas de contexte et problématique

- Les résultats ne sont pas appuyées par des chiffres
Les Mots clés (keyword) ?
Les mots-clefs
• Pas dans tous les journaux.
• Quand il y en a, ils doivent reprendre les éléments essentiels
permettant d’identifier le domaine de recherche et les grands points abordés dans l’étude
• Leur nombre dépend des revue scientifiques (5 à 7)

L’introduction ?
Organisation de l’introduction
L’introduction comporte classiquement trois parties :
• Domaine de recherche Exposer l’aspect général du sujet avec une

brève mise au point (état des connaissances sur le sujet).
(contexte, problématique, et état de l’art)
• Frontière du domaine ou de recherche Préciser l’aspect particulier du

problème qui a été abordé.
• Solution proposée ou approche Indiquer les objectifs – et

éventuellement les
étapes – du travail en une ou deux phrases.
Fil conducteur de l’introduction : comment rédiger une Introduction ?
Univers
Galaxie
Etoile
Spécifique, local, scientifique

Contexte, problème, hypothèse
Général, global, sociétal • L’auteur conduit le lecteur pas à
pas dans le vif du sujet L’auteur arrive au vif du sujet
Contexte, problème en montrant les problèmes et le
• Références plus ciblés, plus
• l’auteur introduira le sujet d’une façon global pertinentes manque de données sur certains
• Synthèse bibliographique, livres, ouvrages aspects dans un domaine restreint
• des références qui balaient un domaine large. - Identification de la frontière de
recherche
- Introduction de l’hypothèse ou
approche de recherche
Une introduction est construite ainsi:
1- Définition du contexte et la problématique posée : Pourquoi l’auteur a travaillé sur

ce sujet ?
2- Etat de l’art sur les travaux réalisés: Selon la littérature, comment les autres
auteurs ont essayé de régler le problème posé ?
3- Identification de la frontière de recherche: Qu’est qui manque à faire et quelle

est la nouveauté de ce travail?
4- La solution ou hypothèse de travail: comment l’auteur envisage t-il de régler le

problème posé ? Qu’en a-t-il fait ?
Exemple d’une introduction: analyser?
Study title: Anti-tumoral activity of human salivary peptides
Les suppositions qu’on pourrait tirer
Cancer, maladie
Mortalité…. Travaux antérieurs et
Activité Peptides et frontière de recherche:
antitumorale Peptides salivaires manque de
connaissances
1er Paragraphe
Cancer retains high morbidity and mortality rates, despite the remarkable advances in treatment observed in recent
year [12]. Although localized cancers may be successfully treated resorting to radiation therapy [18] and/or surgery [32],
chemotherapy is the standard treatment for advanced or metastasized cancer.
Nonetheless, commonly used chemotherapeutic agents, such as doxorubicin and cisplatin, inadvertently induce damage
in healthy cells and tissues, resulting in numerous deleterious side-effects [16]. Additionally, some cancer cells may be
quiescent, or show slow proliferation rate and, thus, are refractory to the cytotoxic effect of chemotherapeutic drugs
acting at the DNA synthesis level [31]. Cancer cell adaptations that culminate in the increased expression of drug
detoxifying enzymes and the activation of prosurvival pathways may also occur [21]. Consequently, there is an
increasing demand need for the development of a new class of anticancer drugs that do not exhibit the toxicity of
commonly used chemotherapeutic agents and that are not affected by mechanisms of chemoresistance.
2ème paragraphe
In recent years, there has been an increasing interest in the antibacterial, anti-viral and anti-tumoral
activities of a wide range of peptides [2,23,30]. These include synthetic peptides [20], naturally occurring
peptides of the human immune system [35] and modified natural peptides [6]. In human saliva, there are
numerous defense peptides that are involved in both innate and acquired immune response [14]. Although many
of these molecules are present in low concentrations in the saliva, they often exert synergistic and/or cumulative
effects, resulting in the rather efficient defense network of the oral cavity [15]. The salivary proteome is, however,
quite complex, with more than 000 proteins already described [1]. Further research is still necessary for a better
understanding of the mechanisms of action of salivary peptides as anti-microbial [11] and – possibly due to their
immunomodulatory effects – as antitumoral agents.

Although research has blossomed aiming at determining the anti-tumoral properties and potential of
antimicrobial peptides, these peptides are commonly obtained from multiple species, such as Sus domesticus (pig)
[3], Rana chensinensis (Chinese brown frog) [33], Xenopus laevis (African clawed frog) [9], among others [22,28].
However, little research has been carried out on human antimicrobial peptides, with the exception of a handful of
studies [26,37].
Thus, the aim of our work was to identify and isolate different human salivary peptides and test their potential
anti-tumorigenic effect on a panel of cancer cell lines by analyzing how they affect cell proliferation, apoptosis and
adhesion. These peptides showed different efficiency and selectivity which highlights the potential new trove of
discoveries that lies within human salivary peptides and their possible use as therapeutic anti-tumoral agents.
Cette introduction est composée de différentes parties à savoir :
1- Définition du contexte et la problématique posée : cancer, chimiothérapie et

chimiorésistance
2- Etat de l’art sur les travaux réalisés: pour résoudre la problématique posée : le recours aux
peptides
3- Identification de la frontière de recherche : besoin et manque de données et d’information

sur l’activité anti tumorale des peptides salivaires humains.
4- La solution ou hypothèse de travail : étude de l’effet des peptides salivaires humaines sur
différentes lignées cellulaires cancéreuses
Exemple 2 d’introduction
The discovery of promising extracts and the subsequent activity-guided isolation have been
based on ethnopharmacological information. In the field of anticancer activity, a correlation
between biological activity and the traditional use in medicine has been demonstrated. The use
of traditional medicine and medicinal plants in most developing countries, in order to help meet
some of their primary health care needs, has been widely documented (WHO, 2007).
Euphorbiaceae is a complex heterogeneous family consisting of approximately 322 genera
and 8900 species around the world. It is an essentially tropical family that occurs in several
different habitats from arid regions to humid tropics. As a result, the plants of this family have
developed various life forms, including herbs, shrubs, stunted succulents, and tall canopy trees
(Dun and Singh, 2007). Phytochemical studies of the Euphorbiaceae family revealed the presence
of flavonoids, saponins, diterpenes, and phorbol esters (Bagalkotkar et al., 2006; Jassbi, 2006).
Lectins (Premaratna et al., 1981; Souza et al., 2005; Rogerio et al., 2007), glycoproteins (Rajesh
et al., 2006), and triterpenoids (Uzabakiliho et al., 1987) have also been detected in this family,
particularly in the genus Synadenium. Regarding this genus, immunoregulatory (Rogerio et al.,
2007), fibrinolytic (Rajesh et al., 2006), and antitumoral (Premaratna et al., 1981)
pharmacological properties have been reported in association with its chemical constituents.
Synadenium umbellatum (SU) Pax (synonyms: Euphorbia umbellate and Synadenium grantii Hook), a
traditional medicinal plant in the Midwestern region of Brazil, is used to treat several diseases,
mainly cancer (Ortêncio, 1997). However, there is no scientific evidence for the effectiveness of
this plant as an antitumoral agent. Moreover, SU toxicity, mainly due to its latex, has been known for
a long time. Although the chemical constituents and pharmacological properties of the genus
Synadenium have been reported, no investigation of SU effects had been carried out before our
studies demonstrating that SU ethanolic crude extract and its fractions present marked
psychopharmacological and anti-inflammatory activities (unpublished data).
Angiogenesis has a critical role both in normal vascular development and in pathological
conditions, especially cancer (Dvorak, 2005). Evidence suggests vascular endothelial growth factor
(VEGF) as the major tumor angiogenesis factor, promoting tumor growth, invasion, and metastasis
(Baka et al., 2006; Petersen, 2007; Kessler et al., 2007). Conversely, agents blocking VEGF function
inhibit angiogenesis and suppress tumor growth in vivo (Detmar, 2000). Thus, antiangiogenic tumor
therapy has gained much interest in preclinical and clinical assessment (Ribatti et al., 2006). In order
to further expand our knowledge of the pharmacological potential of SU, in the present study we
investigated in vitro cytotoxic effects of this plant on human leukaemia, K-562, and on Ehrlich
ascites tumor (EAT) cell lines and in vivo antitumor activity of SU in Erhlich ascites tumor-bearing
mice. In these animals, the capability of SU to suppress VEGF was also investigated.
Les différents éléments abordés par les auteurs dans leur introduction :
- Contexte et problématique : activités cancéreuses et l’importance de la médecine traditionnelle
- Etat de l’art
§ Présentation de la famille des euphorbiaceae: riche en substances bioactives et présente diverses
activités biologiques
§ Présentation de la plante utilisée dans l’étude :Synadenium umbellatum et son Importance dans le
traitement de différentes maladies
- La frontière recherche:
§ Etude antérieure menée par la même équipe a montré les propriétés psychopharmaceutiques et
antiinflammatoires, nénmoins, il y a un manque d’évidence scientifique quant à son action antitumorale
- Approche de recherche
• Vue que l’angiogenese contribue à la croissance du cancer et cela est favorisé par le facteur GEGF, les auteurs
dans ce travail ont étudié in vitro les effets cytotoxiques de SU sur des cellules humaines cancéreuses et étudier
in vivo l’activité anti tumorale et l’effet de SU sur le facteur VEGF
Qu’est ce qui manque à cette introduction:
Il manque:
- des travaux tirés de la littérature sur l’efficacité des extraits naturels sur
l’angiogenèse
- l’effet des extraits naturels sur le facteur VEGF
- pourquoi ce choix de cellules tumorales (0.25 pts)

Matériels et méthodes ?
Répondre à quatre questions
1. Qu’est-ce que l’on a cherché à évaluer ( activité antitumorale, antiangiogenique..etc ?
2. Quel est le matériel (les données) de l’étude ?
4. Quel est la méthode utilisée ?
3. Quels sont les critères de jugement (taux de viabilité cellulaire, pourcentage d’inhibition,
taux de survie… )? Et comment a été calculé ou déterminé ?

Matériels et méthodes (suite) ?
Le "Matériels et Méthodes" doit contenir :
• Le matériel (ou les données) décrit exactement
• Les critères de sélection
• Ce que l’on cherche à évaluer ou mesurer.
• Les critères de jugement.
• La (ou les) méthodes(s) utilisé (s): informatique(s),
mathématique(s), statistique(s), expérimentale(s).

marc.
Matériels et méthodes (suite) ?
Le "Matériels et Méthodes" ne doit pas contenir:
• De résultats
• D’abréviations inexpliquées
• De discussion ou de commentaires prolongés sur le matériel et la méthode
• La partie "Matériels et Méthodes" doit être développée avec le maximum
d’informations et de justifications des choix effectués pour que les résultats
soient reproductibles
Ø Il s’agit donc de décrire et non d’interpréter

Matériels et méthodes (suite) ? Exemple d’un protocole ?
Cell lines and cytotoxicity assays
Human breast cancer cell line T-47D [36], prostate cancer cell line PC-3 [29], colon cancer cell line HT-
29 [25], osteosarcoma MG63 cell line [4] and bladder cancer cell line T-24 [17] were maintained in RPMI
1640 medium supplemented with 10% (v/v) fetal bovine serum (FBS) penicillin and streptomycin at 37 °C
in a humidified atmosphere of 5% CO2. Cells were seeded in Nunc 96- well plates (Thermo Scientific,
Whalthman, USA) at a density of approximately 3×10 cells mL−1. After 24 h, the cells were treated with
4
increasing concentrations (5, 50 and 500M) of the different studied peptides in quadruplicate. Growth
medium was used as the negative control. As positive control, acridone (Acri40), a demonstrated
cytotoxic agent in different cancer cell lines [34], was used. The effect of the peptides on cell viability
was assessed resorting to the Presto Blue® method according to the manufacturer protocol (Life
Technologies), which measures cell viability as a function of mitochondrial reductase activity. Cells were
incubated with the peptides for 48 h thereafter, medium was changed for fresh one and incubation
proceeded for additional 24 h and absorbance at 570nm and 600nm was read periodically every 30 min
up to 7 h. Values for the bar graph were taken in the linear range.
Matériels et méthodes (suite) ? Exemple d’un protocole ?
Pourquoi est-il utilisé ce protocole?

Ø Ce protocole est utilisé pour évaluer l’effet cytotoxique des peptides salivaires sur
différentes lignées cellulaires cancéreuses
Le matériel utilisé ?
Ø Des cellules cancéreuses du sein, vessie, prostate, osteosarcome et du colon
Quel est le critére de jugement ?

Ø Le critère de jugement est la viabilité cellulaire
Pensez-vous que ce protocole est complet et reproductible? justifier?

Ø Oui, il est complet car tous les données et informations sont indiquées (type du
materiel utilisée, la concentration des peptides, le milieu, le critére de
jugement…etc)
Les Lignée cellulaire de cancer du sein humaines T-47D [36], de la prostate lignée de cellules de cancer PC-3 [29], la
lignée cellulaire de cancer du côlon HT-29 [25], lignée cellulaire de l'ostéosarcome MG63 [4] et la lignée cellulaire de
cancer de la vessie T-24 [ 17] ont été maintenues dans du milieu RPMI 1640 supplémenté avec 10% (v / v) de sérum bovin
fœtal (FBS) et de la streptomycine et la pénicilline à 37 ◦C dans une atmosphère humidifiée de 5% de CO2. Les cellules
ont été ensemencées dans des plaques à 96 puits Nunc (Thermo Scientific, Whalthman, USA) à une densité d'environ 3
x 104 cellules ml-1. Au bout de 24 h, les cellules ont été traitées avec des concentrations croissantes (5, 50 et 500 m)
des différents peptides étudiés en quatre exemplaires. Le milieu de croissance a été utilisé comme témoin négatif.
Comme témoin positif, acridone (Acri40), un agent cytotoxique démontré dans différentes lignées cellulaires de cancer
[34], a été utilisé. L'effet des peptides sur la viabilité des cellules a été évaluée de recourir à la méthode Presto Blue®
selon le protocole du fabricant (Life Technologies), qui mesure la viabilité des cellules en fonction de l'activité de la
réductase mitochondriale. Les cellules sont incubées avec les peptides pendant 48 h par la suite, a été changé par un
milieu frais et une incubation a été effectuée pendant 24 h supplémentaires à et est lu périodiquement à 570 nm et
l'absorbance 600 nm toutes les 30 min jusqu'à 7 h.

Résultats & discussions ?
Commençons par citer des défauts communs:
Ø La partie la plus importante
d’un écrit scientifique: elle 1. Trop de résultats
constitue la force de toute
publication scientifique
Nécessité de bien la
structurer
Défauts communs (suite):
- résultats et observations non expliquées ;
– déstructurée : mosaïque hétérogène sans fil conducteur, sans point central ;
– défaut d’explication claire de la nouveauté, de la valeur ajoutée ou de la différence du résultat par
rapport aux connaissances existantes
– défaut d’explication des conséquences du résultat innovant pour le domaine scientifique ;
– défaut d’éducation et de vulgarisation : absence d’explication des conséquences et bénéfices généraux
du résultat innovant pour la société

Objectif ?
A l’issue de la discussion vous devez être capable de répondre aux questions suivantes :
Ø Quels sont les principaux résultats ?
Ø Comment les auteurs interprètent-ils ces résultats ?
Ø Quels sont les apports de l’article par rapport à l’existant ?
Ø Quelles pistes donnent les auteurs pour prolonger leurs recherches ?

Avant de commencer à rédiger
Ø Choisir les résultats les plus pertinents et significatifs à mentionner
Ø Bien préparer les différents supports des résultats: Tableaux,

figures, photo, images…etc
Ø Une bibliographie bien pertinente et récente ayant trait au sujet

étudié
Résultats & discussions : comment la structurer ?
Ø Ce qu’on doit faire dans cette partie:
décrire
conclure R&D interpréter
Argumenter
et discuter
Commençons …..
Ø Pour une lecture aisée, la section Résultats et discussion débutera
par quelques phrases rappelant brièvement l’objectif et les
expériences menées
Ø La section Résultats et discussion sera divisée en sous-sections
thématiques avec des titres appropriés.
Ø Chaque fois que l’auteur évoquera ses résultats il utilisera un style
personnel en utilisant par exemple: This study…, Our results show…,
We found that…, Our findings demontrate… afin d’éviter toute
ambiguïté d’origine.
Vue globale ...
Rappel bref de l’objectif
et l’expérience
Résultat N°1
Description 1RE SOUS-SECTION
Discussion Résultat innovant,
point fort et central
conclusion
Résultats & discussions Résultat N°2
Description
2E SOUS-SECTION
Discussion Résultat d'appui
conclusion
Résultat N°3
Description
3E SOUS-SECTION
Discussion Résultat d'appui
conclusion
La sous-section ?
Ø Chaque sous-section présentera un seul résultat et sera structurée de
la manière suivante :
– dans un premier temps le résultat sera décrit en détail à l’aide de tendances appuyées par des chiffres
pour convaincre le lecteur scientifique. Exemple : Our results show a dry weight increase from
21 to 46 g (Figure X). …are decreasing by 33%… average at 33 ± 2 g. Le texte ne contiendra pas de
références afin de ne pas générer d’ambiguïté sur l’origine des résultats. Une figure bien pensée
illustrera le résultat ;
– dans un deuxième temps le résultat sera discuté. Dans cette discussion l’auteur veillera à garder le cap
vers une interprétation ferme en organisant son texte comme une démonstration. Des références ne seront
utilisées que pour conforter l’hypothèse d’interprétation et pour justifier la nouveauté.
La sous-section ?
- Après l’argumentation, l’auteur donnera la signification scientifique du résultat. Puis, il expliquera

clairement la nouveauté, l’avancée, la valeur ajoutée, la différence ou l’innovation que représente
ce résultat par rapport aux connaissances existantes : sans cette mention ce ne sera pas un
article de recherche. Il donnera ensuite les conséquences et bénéfices du résultat, d’abord en
termes spécifiques, théoriques, scientifiques, puis en termes généraux, appliqués, sociétaux.
- A la fin, Il conclura la démonstration du point fort de l’article par une « conclusion partielle »
répétant en une ou deux phrases le point fort et innovant.
N.B. Les conclusions partielles des différentes sous-sections

serviront à construire le résumé et la conclusion.
La sous-section (en résumé) ?
Description d’un résultat
tendance chiffrée
Discussion d’un résultat

Hypothèse d’interprétation
Argumentation
Nouveauté
Conséquence
Conclusion
Exemple 1 d’une sous-section à commenter
3.7. In vitro antiproliferative effect of white tea extracts on cancer cells
The 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide (MTT) assay is an indirect

colorimetric assay to assess the number of viable cells which has been adapted to measure the growth
modulation of cells in vitro. HT-29 cells were treated with different concentrations of extracts (10–100
lg/ml) for 48 h. The hot water extract demonstrated strong antiproliferative activity against HT-29
cells (IC50 = 86.68 } 0.73 lg/ml) (Table 2). Numerous studies have proposed the inhibitory effect of
tea against carcinogenesis of lung, skin, esophagus, liver and stomach cancers (Bushman, 1998; Yang,
Maliakal, & Meng, 2002). Epidemiological studies suggested that the antiproliferative effects against
colonic tumorigenesis (Chen et al., 2003) is due to the presence of tea polyphenols and that the
protective activity is related to the strong radical scavenging and antioxidative capacity of tea (Yang &
Wang, 1993). A fibroblast cell line, HDF-a, was used to measure the possible cytotoxicity of white tea
extracts on normal cells. The IC50 of the extracts on fibroblasts (IC50 > 160 lg/ml) was significantly
higher than that of the cancerous cell line. Thus, the white tea extract showed high anti-proliferative
activities against tumourigenic HT-29 cells, without being toxic to normal fibroblast cells HT-29 cells,
without being toxic to normal fibroblast cells.
Exemple 1 d’une sous-section à commenter
Ø La structure de cette section est organisée comme suit :
-introduction sur la manip réalisée (définition)
-objectif de la manipulation
-description du résultat obtenu
-interprétation et discussion
-conclusion
Tableaux et figures
Ø Ils donnent un maximum d’informations dans un minimum de

place.
Ø Ils doivent être cités dans le texte
Ø ils doivent être informatifs en eux-mêmes grâce à leurs

légendes, sous-titres, notes (autonome)
Tableaux et figures (suite)
Figures et tableaux n’ont pas le même rôle :
Ø Les tableaux possèdent l’avantage de la précision mathématique. Ils

permettent de vérifier exactement un résulat.
Ø Les figures sont une transcription de données chiffrées : dessins, traits,

courbes, diagrammes…etc
Ø Les figures sont toujours accompagnées de légendes, les tableaux ont

parfois un titre et parfois une légende, mais au moins l’un des deux.
Ø La figure est plus efficace pour décrire une situation qui évolue dans le
temps ou l’espace, ou faire des comparaisons.
Le choix entre figure ou tableau dépendra de l’objectif visé.

A drawing can say more than a thousand words
Identification des
axes + unité
Préciser les
incertitutes de
mesure
Figure 5.Vitamin E (∝ and γ-tocopherol) degradation during Fe+3/Ascorbic acid system -induced phospholipid
oxidation in absence or presence of myrtle extract-EEVOO extracts. The degradation rate was calculated as follow:
Vitamin E (t0min)-Vitamin E (t150 min)/vitamin E (t0min) ×100. Means followed by different letters are significantly
different (p< 0.05).
Numéro de la fig. Légende complète
avec details
A drawing can say more than a thousand words Le titre
complet
Table 2. Evaluation of antioxidant activity of extra virgin olive oil (EVOO) enriched by myrtle (MAE and
CE) extracts, BHT or α- tocopherol using DPPH and ORAC assay.
EVOO type DPPH (inhibition %) ORAC (TE mole GAE mole−1)
Numéroter le
tableau
EVOO control 44.34 ± 1.69 b 5.35 ± 0.06 b
Unité de
EVOO + M.com MAE 92.12 ± 0.71 a
7.41 ± 0.29 a
mesure
EVOO + M.com CE 95.05 ± 0.55 a 7.30 ± 0.57 a
EVOO + BHT 48.75 ± 2.77 b 7.47 ± 0.41 a

L’incertitude de
mesure
EVOO + α-tocopherol 44.08 ± 3.83 b 5.76 ± 0.03 b
1
Assays are performed in triplicate (n=3) and data are expressed as mean ± standard deviation. Means followed by different
letters in the same column are significantly different (p< 0.05). The same volume of each EVOO type was tested in DPPH and
ORAC assay
Conclusion
Défauts communs ?
– déconnectée : l’auteur ne conclut pas sur ses résultats ;
– trop vague et générale : l’auteur expose essentiellement des aspects
vagues et généraux trop éloignés du résultat central ;
– discussion, doute, spéculation : l’auteur continue à discuter les résultats et
leurs conséquences, ou d’autres aspects ;
– introduction : l’auteur introduit des commentaires généraux typiques
d’une introduction ;
– références : l’auteur utilise des références bibliographiques, alors
que c’est la conclusion de ses travaux, pas celle des travaux de la
littérature ;
– trop longue, éclatée : par un long discours très hétérogène sans fil conducteur,
l’auteur occulte l’innovation de son article.
Conclusion
Comment conclue t-on un article scientifique?
Ø La conclusion est structurée de la même manière que la dernière partie du résumé
Ø La conclusion est celle des travaux de l’auteur exposés dans cet article. Par conséquent, elle ne contient
pas de références bibliographiques, sauf cas exceptionnel.
Ø Elle doit être courte, un paragraphe et se focaliser sur le point innovant qui a été démontré.
Ø Le style doit être personnel et affirmatif : Here we found that… Our results show that… In this study
we evidenced…
Ø La conclusion n’est pas un lieu de discussion, de doute, de spéculation ou de controverse : pour cette
raison l’auteur évitera les termes comme could, should, may be, possible, potential, presumable,
hypothesis…
Ø La conclusion pourra se terminer éventuellement par des perspectives prudentes

Conclusion
Comment conclue t-on un article scientifique?
STRUCTURE DE LA CONCLUSION
1-3 RÉSULTATS MAJEURS
Brève description avec tendances chiffrées
LEUR INTERPRÉTATION
LEUR NOUVEAUTÉ PAR RAPPORT À L'EXISTANT
Innovation, découverte, valeur ajoutée, avancée,
différence
LEURS CONSÉQUENCES ET BÉNÉFICES
Impact Scientifiques , sociétaux
LES PERSPECTIVES
Sans référence bibliographique

Conclusion
Exemple 1: commenter ?
This study showed that antioxidant efficacy is dependent of the lipid substrate, and the oxidation conditions used, which
may explain the difference found sometimes in antioxidant power classification of the same molecule evaluated in
different tests, for example the difference found for myrtle extract scavenging effect in LDL and phospholipid assay.
MAE extraction method showed to be an alternative technique to the conventional one giving the same antioxidant
activities. Phenolic compounds of M. communis leaves possess an effective antioxidant activity toward free radical
(ABTS+• and ORAC tests), and oxidation induced by Cu2+ and AAPH of biological models, LDL and phospholipid/BS
aqueous dispersions, respectively. Moreover, it was established in the phospholipid oxidation assay, that none of the
compounds, at the tested
levels, exerted any antioxidant synergism with α-tocopherol. According to all these data, McPCs could to be a good
source of natural antioxidants and health promotion products. Thus, lipid oxidative stress has been recognized as a main
component of postprandial digestion process, so McPCs could exert direct in vivo beneficial antioxidant effects by
protecting dietary polyunsaturated lipids in the intestinal micellar system.
Conclusion
500M against in two established tumor cell lines. Additionally, we have also
tested synthetic analogues to other peptides found in human saliva in 3
additional cell lines. Results have shown that there is a reduced cell
population increase which is peptide-, cell- and possibly pathway-specific, with
the most potent effect observed in observed in T-47D breast cancer cells.
Protein expression and microscopy results further indicate that in this cell
line, GG peptide interferes with the ability of cell adhesion proteins, such as
E-cadherin to stabilize AJs, thereby leading to apoptosis. Future work will
focus on the expression of additional molecular markers, as well as on the
effect of a wider range of peptides found in human saliva, in these and other
cell lines. Nonetheless, this novel work highlights the vast potential that still
resides within these small molecules.
Références bibliographiques
Cette partie consiste à lister tous les travaux cités dans le texte soit
par ordre alphabétique ou chronologique
A NOTER
q Une référence bibliographique:
Ø Les informations doivent être complètes pour
permettre de retrouver le document. - Nom des auteurs,
- Le titre de travail
Ø Pour chaque fait précis, important, ou pouvant
être contesté, il faut donner une référence. - L’année de publication,
- Nom du journal ou la revue
Ø Il faut citer les sources originales et crédibles,
que vous avez effectivement consultées - Nombre de pages
- Maison d’édition
Ø De nombreuses variations existent mais il faut utiliser
la même règle pour l’ensemble d’un rapport ou d’un article
comment citer un travail ou un article dans le texte?
Il existe de nombreuses règles de présentation de références pour citer des auteurs dans un
document. Le plus important est de conserver le même format pour l'ensemble des références.
Dans le corps du texte, les références bibliographiques sont mises entre parenthèses :
• nom de l’auteur ou des deux auteurs si ceux-ci ne sont que deux (en
minuscules)/virgule/année de publication.
Ex. Une étude de l’AFSSA (Loiseau et Piranas, 1999)…
• s'il y a plus de trois auteurs: nom du premier auteur/« et al. » (en italique) /virgule/année de
publication :
Ex. L’efficacité de ce traitement thermique par micro-ondes a été discutée (Durand et al.,
1998)…
Comment citer un travail ou un article dans le texte?
• si plusieurs références se succèdent, il convient de les séparer par un point-virgule, en les

classant soit par ordre alphabétique d’auteur, soit par ordre chronologique.
Ex. Diverses études ont cherché à démontrer l’intérêt de ce procédé en agroalimentaire

(Loiseau et al., 2006 ; Piranas et al., 1998)… [ordre alphabétique]
Diverses études ont cherché à démontrer l’intérêt de ce procédé en agroalimentaire (Piranas

et al., 1998 ; Loiseau et al., 2006)… [ordre chronologique]
Comment référencer un travail dans la liste bibliographique ?
Les références bibliographiques sont alors à classer selon l’ordre alphabétique du nom du premier
auteur, et pour un même auteur, par ordre chronologique croissant. Les recommandations suivantes,
suivent la norme internationale ISO 690-2, soit en France la norme AFNOR Z 4-4005-2 du 20
janvier 1998, information et documentation, Références bibliographiques.

Préparer une liste de références
• On ne saisit plus ses références (ce qui limite considérablement les
erreurs) : on les récupère dans les bases et on les formate au style
voulu avec un logiciel type EndNote
Ordre de rédaction à respecter ?
Ø Chaque travail de recherche est sanctionné par la rédaction d’un

rapport ou article scientifique
Ordre de rédaction suggéré des sections.
1. Matériel et méthodologie.
2. Résultats
3. Discussion.
4. Conclusion.
5. Introduction.
6. Titre et résumé.
Conseils:
Ø Rédigez tout le long de votre projet.
Ø La rédaction vous force à synthétiser vos idées et à clarifier votre pensée
Ø Processus itératif : n’essayez pas de rédiger d’un seul jet.
N’attendez pas à la dernière minute pour rédiger.
Parcours d’un article scientifique?
1. Le choix de la revue ( scoop, domaine de recherche, la qualité de travail, la pertinence des résultats)
2. La soumission: ce n’est que le début d’un long chemin
3. Présélection: bureau éditorial de la revue; est ce que l’article correspond aux scoop du journal,
traite t-il un sujet d’actualité, apporte t-il du nouveau sur le plan scientifique ?
4. Evaluation: reviewers : analyser l’article soumis
chaque reviewer va émettre son rapport d’évaluation et va donner

son avis sur l’acceptation de l’article ou non
5. Corrections: l’auteur corrige et répond aux commentaires des reviewers
6. Décision finale
7. Production des épreuves (PROOF): première version de l’article, corriger quelques erreurs minimes
8. Publication finale et diffusion: éditeur commercial

Analyse d’un article scientifique ?
Recherche
Besoin d’information bibliographique : bases Abondance d’articles
Réponse à une interrogation de données (Medline, scientifiques
scopus, web of
sciencepubmed, google
scholar)
Article d’intéret à
Tri et sélection
lire et a analyser
Type d’article,
Le sujet traité
La renommé de la revue
analyser un article scientifique ?
Analyser un article ?
- Permet de le synthétiser (son contenu)

- Permet de l’évaluer ou faire sa critique (points
forts et points faibles)
- Pouvoir le situer dans la littérature existante
pour déterminer son apport éventuel à l’état des
connaissances
- Définir son champ d’application potentiel
La base d’une analyse efficace est :
- une lecture efficace (une bonne approche de lecture)
- compréhension (surmonter la contrainte de la langue)

Comment analyser un article scientifiques ?
Ø Pour comprendre un article, on doit comprendre et determiner les

points principaux de chaque section.
1. étapes préliminaires
Identification de l’article
Le type d’article : article de recherche, article de revue
Plan de l’article : IMReD ou autre
Les auteurs principaux
Lieu de réalisation de l’étude et l’année de parution
Le nom de la revue : renommée ou non?
Financements potentiels
2. Lecture proprement dite
Titre
Ø permet d’avoir une idée générale sur l’étude réalisée :

- identifier les mots clés et concepts abordés
Ø Questions à poser
- Est-il novateur ? Eveille t-il la curiosité ?

- reflète t-il le contenu de l’étude ?
Résumé
Chose à faire
En lisant le résumé, on doit pouvoir déterminer :
- différentes parties qui composent le résumé:
- La structure générale adoptée?
- contexte et la problématique de l’étude?
- Sujet et l’objectif de l’étude ?
- Les résultats obtenus et leur conséquences?

Questions à poser ?
- Les résultats pertinent sont ils bien mis en évidence ?
- Sont ils appuyés par des chiffres ?
- Les interprétations et perspectives sont elles logiques ?
- Pensez vous que ce résumé est compréhensible en soi ? Vous pousse t-il à lire
la suite de l’article ? Si oui, expliquez ?

Introduction
Chose à faire
1- identifier la structure générale ou plan de l’introduction?
2- identifier la grande question posée (the BIG QUESTION) : Quel problème tente de
résoudre ce domaine d’étude ?
3- Résumer l’état de l’art en cinq phrases
Ø quelques questions pour vous guider:
Quel travail a été fait avant dans ce domaine pour répondre à la grande question? Quelles
sont les limites de ce travail ? Qu'est-ce que, selon les auteurs, doit être fait par la suite?
Ce résumé en cinq phrases vous oblige:
- à être concis
- et bien comprendre le contexte de la recherche envisagée: Vous devez être en
mesure d'expliquer pourquoi cette recherche a été effectuée ?.
Introduction (suite)
4- Identifier les questions spécifiques: Qu’est ce que l’auteur essaie de résoudre à

travers cette recherche ?
5- Identifier l'approche : Qu’est que les auteurs ont fait pour répondre à la question
spécifique?
Questions à poser :
Les arguments justifiants la recherche faite par l’auteur, vous ont ils convaincu ? Y-a-t-il
des références récentes?
Matériels et Méthodes
- Chose à faire : lire chaque expérience, l’analyser, comprendre le principe, définir son
objectif et par la suite la schématiser
Ø Questions à poser : Les critères de jugement sont-ils bien précisés ? Sont-ils

appropriés pour résoudre le problème principal posé?
- Les détails fournis, vous permettent-ils de reproduire les expériences

réalisés ?
- Le plan de recherche adopté, est –il logique ? expliquer ?
- L’analyse statistique est-elle bien précisée ? La taille de la population

est elle significative ?
Résultats et Discussion
- Chose à faire :
1- Avant tout ( adopter le même raisonnement pour chaque partie):
aller explorer les figures et les tableaux (séparément) de chaque partie de la

section Résultats et Discussion :
- Lire la légende : comprendre de quoi il s’agit

- Identifier les axes de la figure ou les entêtes du tableau
- essayer de déterminer le résultat pertinent que vous pouvez tirer de la
figure ou du tableau (sans regarder le texte du l’auteur)
- Attention particulière quand à la présence de la barre d’erreur ( ça vous
permettra de dire s’il ya une différence significative ou non entre échantillons)
Avoir une description personnelle

préliminaire
Résultats et Discussion : exemple d’une figure à exploiter
1. Cu++ induced LDL oxidation (c’est le titre d’une partie dans la section R&D)
Figure 1: Kinetic of conjugated dienes formation in the presence of myrtus communis phenolic compounds MAE.
LDL (1 µM) was oxidized in PBS at 37°C with 5 µM Cu+2, and absorbance conjugated dienes was continuously monitored at 234
nm.
Résultat majeur: Les CPs du myrte inhibent considérablement la
formation des diènes conjugués avec un effet dose dépendant
Résultats et Discussion : exemple d’un tableau à exploiter
1. Cu++ induced LDL oxidation (c’est le titre d’une partie dans la section R&D)
Table 1 Effect of polyphenol extracts of Myrtus communis obtained by microwave-assisted (MAE) or

conventional (CE) methods on the kinetic parameters of LDL oxidation mediated by Cu2+ ions.
Tlag RP CD production
(CD-mol apoB-mol-1)
(min) (CD-mol apoB-mol-1 min-1)
concentration MAE CE MAE CE MAE CE

(µmol GAE L-1)
41.8 ± 1.7a 48.9 ± 1.8a 8.4 ± 0.2a 7.3 ± 0.3a 277.7 ± 7.5a 246.22 ± 9.4a
0
60.6 ± 1.1b 80.0 ± 3.6b 8.1 ± 0.2a 6.7 ±0.2ab 276.8 ± 9.0a 247.7 ± 19.5a
0.74
92.94 ± 14.3c 142.3 ± 2.8c 8.1 ±0.8a 6.7 ±0.4ab 276.4 ± 9.9a 240.4 ± 10.8a
1.48
130.6 ± 13.9d 182.2 ± 21.19d 8.0 ± 0.3a 5.9 ± 0.7ab 270.3 ± 13.6a 234.0 ± 5.1a
2.21
180.4 ± 4.5e 245.9 ± 12e 7.0 ± 0.3b 5.8 ± 0.3b 255.5 ± 7.0a 225.8.0 ±2.6a
2.95
Assays are performed in triplicate and data are expressed as mean ± standard deviation. Means followed by different letters in the same column are
significantly different (p < 0.05). . Kinetic parameters of LDL oxidation are: Tlag = lag time of oxidation curve; Rp = oxidation propagation rate; CD
production = maximal conjugated diene production. MAE : microwave assisted extraction, CE: conventional extraction
N.B. Il ne faut pas reprendre les valeurs qu’il y a déjà dans la tableau, mais il faut les
exploiter pour en tirer d’autres …..
Résultats et Discussion : exemple d’un tableau à exploiter
Les résultats tirés à partir du tableau :
Ø Effet significatif des PC du myrte sur le Tlag avec un effet dose dépendant
Ø Effet significatif des PCs du myrte sur Rp uniquement observé à la forte concentration
Ø Pas d’effet siginificatif des PCs du myrte sur la production des DC

2- Lecture proprement dite de chaque sous section (résultats et discussion)
Ø Noter brièvement les différents résultats énoncés par l’auteur pour chaque
expérience
Ø noter l’interprétation des résultats, leur signification, leur nouveauté et leur

conséquence (impact ?)
Ø Les résultats rapportés par l’auteur correspondent ils à ceux observés dans les figues et tableaux ?
Correspondent ils à votre description personnelle ?
Ø Les résultats obtenus sont ils comparait à ceux de la littérature ? Convergent –ils ou divergent –ils de cette
dernière ( et a-t-il expliqué cette divergence ?
Ø les auteurs identifient ils des faiblesses dans leur propre étude ? Qu'est-ce qu'ils proposent de faire comme
prochaine étape? Êtes-vous d'accord avec cela ? Que proposez vous ?
Ø Les résultats fournis par l’auteur, répondent ils (en partie ou complétement ) à la question spécifique posée ?
Conclusion
Chose à faire
1- Lire et commenter la structure de la conclusion
Ø La conclusion est-elle complète ? Que manque t-il ?
Ø Fait-elle ressortir les points forts ou les résultats pertinents de l’étude ?
Ø Les résultats mentionnées correspondent –ils à ceux présentés dans la section R&D?
Ø Les conclusions répondent –ils aux problèmes posées ?
Ø Quelles sont leurs utilisations possibles? Sont-ils transposable dans la pratique ?

Ø Que propose-t-il comme étape à venir (recherche future) ou recommandation principale?
Références
Chose à faire
Les sources de référence sont-elles précisées avec suffisamment d’information dans le texte ? donnez un
exemple.
q Référer cet article tel qu’il apparaîtrait dans une bibliographie en suivant le style de ce journal ?
Questions à poser
En regardant la liste de références, diriez-vous qu’elles sont adéquates ? justifiez votre réponse.
(Chaque référence doit apporter en principe un éclairage particulier )
A la fin de l’analyse : L’appréciation personnelle
APPRÉCIATION GLOBALE (PETITE SYNTHÈSE GÉNÉRALE)
Portez une appréciation globale sur la recherche que vous avez analysée. Quels en sont les points forts ?
quels en sont les points faibles ? Est-ce que la contribution de l’étude et de ses retombées
éventuelles sont précisées? si vous aviez à refaire une telle recherche, que modifieriez-vous ?
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________
_____________________________________________________________________________
Exemple d’analyse d’un Article scientifique
Titre de l’article
White tea (Camellia sinensis) inhibits proliferation of the colon cancer cell line,
HT-29, activates caspases and protects DNA of normal cells against oxidative
damage
Etapes suivre :
1- Identification de l’article
2-Lecture proprement dite (synthèse et critique)

1- Identification de l’article
Survol initial (les quatre coins de l’article)
Type de document : □ revue de littérature □ article de vulgarisation

□ article de recherche Autre : ……………………………
□ note de recherche
Plan de l’article : IMReD
Les auteurs principaux : Fatemeh Hajiaghaalipour , Jayakumar Rajarajeswaran
lieu de travail : Malaysia
Nom de la Revue : Food chemistry date de parution : disponible en ligne le 8 juillet

2014
Organismes de financement : Bourses ou subventions de recherche de

Université de Malaya, PVO32/2011A and RG341/11HTM.
2- Lecture proprement dite (synthèse et critique)
Analyse de Titre
White tea (Camellia sinensis) inhibits proliferation of the colon cancer cell line, HT-29, activates
caspases and protects DNA of normal cells against oxidative damage
• D’après le titre, quels sont les concepts probablement abordés par l’étude ?
Ø Activité antiproliférative
Ø Activité des caspases
Ø Protection de l’ADN contre les dommages oxydatifs
• Le titre, est-il novateur, éveille-t-il votre curiosité ? justifier

Ø Oui, le titre éveille la curiosité parce qu’il montre que l’étude réalisée porte sur un sujet d’actualité qui est la
recherche de nouveaux agents anticancéreux, et cela aura un impact direct sur la santé humaine.
• Le titre, reflète-t-il le contenu de l’étude ? Si non, proposer un autre ?

Ø Oui car Les points et résultats pertinents sont mentionnés dans le titre.
Analyse du résumé
Tea (Camellia sinensis) is one of the most consumed beverages in the world. White tea is made from the
buds and young leaves of the tea plant which are steamed and dried, whilst undergoing minimal oxidation.
The MTT assay was used to test the extract on the effect of the proliferation of the colorectal cancer
cell line, HT-29. The extract inhibited the proliferation of HT-29 cells with an IC50 of 87 lg/ml. The
extract increased the levels of caspase-3, -8, and -9 activity in the cells. DNA damage in 3T3-L1 normal
cells was detected by using the comet assay. The extract protected 3T3-L1 cells against H2O2-induced
DNA damage. The results from this study show that white tea has antioxidant and antiproliferative
effects against cancer cells, but protect normal cells against DNA damage. Regular intake of white tea can
help to maintain good health and protect the body against disease.
Analyse du résumé
Résumé
• Commenter la structure générale de l’étude ? Que manque-t-il à ce résumé ?
Le résumé est composé de 3 parties :
Ø Description du matériel végétal étudié qui est le Thé vert

Ø Méthodologie (test de MTT et le test des comètes)
Ø Resultats
Ø Conclusion
Ce résumé manque de la définition de la problématique, d’interprétation et de

perspectives
Analyse du résumé
• L’objectif de travail est-il bien présenté et bien clair ? lequel ?
Oui !
L’objectif consiste :
- A voir l’effet de l’extrait du thé sur la prolifération des cellules colorectales HT-29
- À évaluer l’activité des caspases
- A déterminer les dommages de l’ADN
• La méthodologie est-elle précise et claire ?

Oui
Analyse du résumé
• Les résultats pertinents sont- ils bien mis en évidence ? Sont-ils appuyés par des chiffres ?
présenter les brièvement ?
Oui, les résultats pertinents sont mis en évidence, mais ils ne sont pas complétement
appuyés par des chiffres.
Les résultats pertinents :

- L’extrait inhibe la prolifération des cellules HT-29 (IC50= 87 µg/ml)
- L’augmentation du niveau d’activité des caspases -3, -8 et -9
- L’extrait protège l’ADN contre le dommage induit par le H202
Analyse du résumé
• Les interprétations et perspectives sont-elles mentionnées ? NON
• Pensez-vous que ce résumé est compréhensible en soi ? Vous pousse-t-il à lire la suite de
l’article ? Si oui, expliquez ?
Pas tout à fait car il y a des parties manquantes (problématique, interprétation)
Oui, vu qu’il présente des résultats intéressants

Analyse de l’introduction
Colorectal cancer is the third most common form of cancer and the second leading cause of cancer deaths in both men
and women around the world. Alarmingly, increasing numbers of reported cases of colon cancer in recent years has made
this form of cancer a major health concern (Levin et al., 2008). An estimated 96,830 cases of colon and 40,000 cases
of rectal cancer are expected to occur in 2014 (American Cancer Society, 2014). The current treatment for colorectal
cancer is generally surgical resection combined with chemotherapy by cytotoxic drugs and radiation. However, this
therapy is just moderately successful especially for late stage cancers; therefore new approaches to the treatment of
colorectal cancer are required. In recent years, interest has increased in using natural products for pharmacological
purposes, as a form of complementary or replacement therapy. It is known that the risk of colorectal cancer increases
with dietary habits like high animal fat intake (Reddy, 1986).
Epidemiological and prospective studies have reported several beneficial effects of bioactive compounds on human
health, particularly in protecting against chronic degenerative diseases, such as cardiovascular disease, diabetes
mellitus and cancer. Phenolic compounds, present in fruits and vegetables, show antioxidant and antiproliferative
properties. A number of studies have suggested that high consumption of fruit and vegetables decreases he risk of
colon cancer (Gallaher & Trudo, 2013).
Analyse de l’introduction (suite)
The health benefits associated with tea (Camellia sinensis) consumption have been attributed in part to the antioxidant and free
radical scavenging activity of the relatively high levels of flavonoids, including catechins, and other polyphenols present in tea
(Serafini, Del Rio, Yao, Bettuzzi, & Peluso, 2011). Second only to water, tea is one of the most consumed beverages in the
world. Most of the commercial varieties of teas come from the dried leaves of a shrub, C. sinensis L, belonging to the
Theaceae family, native to south and southeastern Asia. The differences amongst teas arise from processing, growth
conditions, and geographical regions. Based on processing and harvesting the leaves, tea types are black, green, oolong and
white (Venditti et al., 2010). White tea is an unfermented tea made from young tea leaves or unopened buds covered with tiny,
silvery hairs, and the leaves are
harvested once a year in the early spring. The leaves are then steamed rapidly and dried, with a minimum amount of
processing to prevent oxidation (Hilal & Engelhardt, 2007). Green, oolong and black teas are processed to a greater extent
compared to white tea, though green tea is also unfermented. Tea contains a number of polyphenolic compounds belonging to
the flavan-3-ol (catechin) family, such as ()-epigallocatechin, ()-epicatechin, ()-epigallocatechin-3-o-gallate, ()-epicatechin- 3-
o-gallate, (+)-catechins and (+)-gallocatechin (Leung & Foster,
1996). These compounds are known to have a wide spectrum of biological activities such as antioxidant, antiviral, anticancer,
antibacterial, antifungal, antitoxoplasmal, antitrypanosomal, anticoccidial, antinematodal and antihelminthic (Almajano,
Carbo, Jimenez, & Gordon, 2008; Fassina et al., 2002; Mckay & Blumberg, 2002;
Yang, Wang, Lu, & Picinich, 2009). Tea also contains volatile oils, vitamins, minerals and purines (McKay & Blumberg,
2002).
The mechanisms that have been suggested for the health benefits of tea include scavenging of reactive oxygen
species (ROS), modification of signal transduction pathways, cell cycle checkpoints, and apoptosis, and the
induction of various enzyme activities involved with drug metabolism and carcinogen activation/ detoxification
(Yang et al., 2009).
The aim of this study was to evaluate the antioxidant activities of white tea and its role in protecting against
oxidative damage to DNA. The effect of the tea on the inhibition of proliferation of the colorectal cancer cell line,
HT-29, and on cellular caspase activities were also investigated.
• Déterminer la structure générale ou le plan de l’introduction ? Que pensez-

vous ?
La structure générale est la suivante :

- la définition de la problématique générale posée
- limitation des thérapies actuelles pour résoudre le problème posé
Etat de l’art
- la nouvelle tendance pour résoudre la problématique posée et sa justification
- Description de la matrice végétale à tester pour résoudre le problème
- Approche suivie pour résoudre le problème (hypothèse de travail)
Ø Je pense que l’introduction n’est pas tout à fait complète car l’auteur ne
mentionnent des travaux portant sur le même sujet pour mieux positionner
son propre travail et montrer sa nouveauté
• Identifier la ou les problématique (s) posée (s) dans le cadre de ce travail ?
Ø le cancer colorectal (3ème cause de mortalité)

Ø manque et limitation d’efficacité des thérapies actuelles : chimiothérapie et chirurgie
• Les auteurs, mentionnent –ils des travaux antérieurs traitant le même sujet ?
Les auteurs ne mentionnent pas des travaux ayant étudiés l’effet du thé sur le cancer du
côlon. Les auteurs auraient dû montrer le degré de nouveauté et d’originalité de leur
travail
• Quel est le matériel végétal à tester ? pourquoi ?

Ø Le matériel végétal à tester est le Thé blanc parce que :
- il possède bcp de bienfaits pour la santé (propriétés antioxydantes)

- il contient divers composés phénoliques appartenant à la famille des
Flavanols (catéchines) qui ont un spectre large d’activités biologiques.
- Ses molécules possèdent différents mécanisme d’action.
• Quel est l’originalité ou la nouveauté de ce travail ?

Ø Ce travail teste l’extrait du thé comme un nouvel agent contre le cancer
colorectal
• L’auteur explique pourquoi a-t-il utilisé la caspase cellulaire ? est-il un point

négatif dans cette introduction ?
Ø An niveau de l’introduction, l’auteur ne définit pas la caspase et n’indique pas
son importance
Ø Oui, c’est un point négatif car il n y’a que les gens vraiment du domaine qui
sauront de quoi il s’agit : l’auteur ne vise pas une large audience
• Quelle est l’approche de l’auteur pour résoudre le problème posé (l’hypothèse de travail) ?
Ø L’approche de l’auteur est :
- d’évaluer les activités antioxydantes du thé blanc et son rôle dans la

protection contre les dommages de l’ADN.
- d’étudier l’effet du thé blanc sur l’inhibition de la prolifération des lignées

cellulaires du cancer colorectal, HT-29, et sur les activités de la caspases cellulaires.
Analyse de partie matériels et méthodes
• Quel est le plan général de recherche (sous forme de tirets?
Le plan de recherche adopté par l’auteur est le suivant :
Ø Préparation des échantillons du thé blanc

Ø Détermination ou dosage des polyphénols totaux et les flavonoïdes des extraits du thé
Ø Détermination des activités antioxydantes de l’extrait du thé blanc :
-Test de réduction du fer : test FRAP
-Piégeage du radical libre DPPH● (2,2-diphényl-1- picrylhydrazyl)
- Piégeage du radical hydroxyle
-Piégeage du radical d’oxyde nitrique (NO)
-Piégeage du radical superoxyde O-2
Ø Culture cellulaire
Ø Mesure de l’activité antiproliférative du thé blanc
Ø Mesure de l’activité des caspases cellulaires
Ø Examination à l’aide de la microscopie à fluorescence
Ø Analyse des dommages de l’ADN
Ø Analyse statistique
Analyse de partie matériels et méthodes
• Quels sont les manipulations qui sont en lien direct avec le problème posé ? et
quels sont leurs critères de jugement respectifs ?
Ø Les manipulations en lien direct avec le problème posé :
• Mesure de l’activité antiproliférative du thé blanc :

• Mesure de l’activité des caspases cellulaires
• Examination à l’aide de la microscopie à fluorescence (micrographie)
• Analyse des dommages de l’ADN
In vitro anti-proliferative effects of WTE: critère de jugement ?
MTT (3-(4,5-dimethyl thiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide) assay (Mosmann, 1983). A

normal adult human fibroblast line, HDF-a, was used as a control to identify any cytotoxic effect of
the extracts. In brief, cells were seeded in 96-well plates at 5000 cells/well and allowed to attach
overnight. Media was changed and the cells were treated with various concentrations of the extract
(0–500 lg/ ml) incubated for an additional 48 h. After 48 h, 20 mM of MTT solution (5 mg/ml MTT
bromide in PBS) was added to each well and incubated for 4 h at 37 C. The supernatant was
aspirated and the MTT-formazan crystals formed by metabolically viable cells were dissolved in 100
ml of dimethyl sulphoxide (DMSO). Finally, the absorbance was monitored by a microplate reader at
a wavelength of 590 nm. Growth inhibition of cells was calculated according to the following formula;
Inhibition %= (OD blanc – OD sample)/OD blanc × 100
Le critére de jugement est la détermination de pourcentage

d’inhibition de la prolifération cellulaire
Cellular caspase activities (Caspase-3/7, -8 and -9): critère de jugement ?
HT-29 cells (25,000 cells/well), in RPMI-1640 and 10% FBS, were seeded in the white 96-well plate (SPL, Korea) and
incubated overnight at 37 C with 5% CO2 and 37 C. The medium was then replaced with fresh medium and the cells treated
with the IC50 concentration of WTE for different time periods, i.e., 2, 8, 16, 24 and 48 h. Cells without any treatment and media
alone without cells in triplicate for the different times incubated were used as the control and blank. Caspases-3/7, -8 and -9
activities were carried out by using commercial kits purchased from Promega Company (USA) according to the manufacturer’s
protocol. In brief, after the treatment time, the reagents of Caspase-Glo™ -3/7, -8 and -9 reagents were prepared and added
directly to the cells in 96-well plates and incubated for 30 min before recording luminescence. To reduce nonspecific
background activity in cell-based assays, MG-132 inhibitor was added to Caspase-Glo -8 and -9 reagent. The plates were read
in a luminometer (GloMax microplate luminescence reader, Promega Company, USA). The raw data were collected from the
luminometer and the average calculated from the replicates. Background readings were determined from wells containing
culture medium without cells. The ‘‘no cell media’’ blank control value was subtracted from each value.
Le critére de jugement est la luminescence

Analysis of DNA damage was carried out by using the comet assay in the murine embryonic fibroblast
line, 3T3-L1 (ATCC).The 3T3-L1 cells were cultured in 12-well tissue culture plates(1 10 cells/well) for 24 h at 37
5
C, in a humidified atmosphere containing 5% CO2. Then the cells were pre-treated for 24 h with WTE at
concentrations of 5–25 lg/ml. After 24 h of incubation, the cells were treated with 100 lM of H2O2 for 60 min in an
ice bath to prevent the action of DNA repair mechanisms (Miller, Thomas, & Buschbom, 1995), and then harvested
using trypsin– EDTA, centrifuged for 5 min at 1500 rpm and resuspended in 1 ml of PBS. A volume of 25 ll of cell
suspension was mixed with 75 ll of 0.6% low melting agarose. The suspension was spread on a frosted microscopic
slide pre-coated with 250 ll of 0.8% normal melting agarose, covered with a cover slip, and then allowed to
solidify on ice for 10 min. The cover slips were then removed and the slides were immersed in cold lysis solution
containing 1% sodium dodecyl sulphate, 2.5 M NaCl, 100 mM Na2EDTA, 1% Triton X-100, and 10% DMSO, with
the DMSO for 1 h at 4 C in the dark. The slides were arranged in an electrophoresis tank filled with pre-chilled
electrophoretic buffer (1 mM Na2EDTA and 300 mM NaOH) and incubated for 20 min. Electrophoresis was
conducted at 25 V (300 mA) for 20 min using a power supply. The slides were washed with 0.4 M Tris–HCl (pH
7.5) and stained with 20 lg/ml ethidium bromide. An Olympus BX50 fluorescence microscope
was used for viewing the slides. A total of 50 cells in triplicate per group were used to calculate the DNA damage
induced by hydrogen peroxide. The comet tail length was measured using an ocular micrometer and the DNA
damage was calculated by the following formula:
Comet tail length = maximum total length - head diameter
Le critére de jugement est la détermination de la longueur

de la comete
Analyse de la partie Matériels et Méthodes (suite)
• Quels sont les manipulations secondaires ?
Ø Détermination ou dosage des polyphénols totaux et les

flavonoïdes des extraits du thé
Ø Détermination des activités antioxydantes de l’extrait du thé
blanc :
• Quel est le critère de jugement utilisé par l’auteur dans la

manipulation notée 2.4.2 ?
Ø Pourcentage d’inhibition du radical DPPH (IC50 est ainsi
déterminé)
• Quels sont les manipulations secondaires ?
Ø Détermination ou dosage des polyphénols totaux et les

flavonoïdes des extraits du thé
Ø Détermination des activités antioxydantes de l’extrait du thé
blanc :
• Quel est le critère de jugement utilisé par l’auteur dans la

manipulation notée 2.4.2 ?
Ø Pourcentage d’inhibition du radical DPPH (IC50 est ainsi
déterminé)
• L’auteur a utilisé différents types de cellules, lesquelles ? Et pourquoi ?
Les cellules utilisées :
-lignée cellulaire du cancer colorectal (HT-29) : utilisée pour tester l’effet

antiprolifératif de l’extrait du thé
-Les cellules fibroblastes humaines saines d’un adulte (HDF-a): utilisées comme
contrôle afin de déterminer l’effet cytotoxique de l’extrait du thé dans le tes MTT.
-les cellules fibroblastes d’une souris (3T3-L1) : utilisée dans le

test des comètes pour voir l’effet protecteur de l’extrait du thé contre les lésions ou cassures
d’ADN
• Décrivez brièvement le protocole utilisé pour évaluer l’effet antiprolifératif de l’extrait du

thé blanc ?
L’effet antiprolifératif de l’extrait du thé est évalué en utilisant le test MTT. Les étapes
suivies sont les suivantes :
- les cellules ont été ensemencées dans des plaques à 96 puits à raison de 5000 cellules
/puits et laissées se fixer pendant une nuit.
- les cellules ont été traitées avec différentes concentrations de l'extrait (0-500 µg /mL
pendant 48 H
- Après 48 h, 20 mM de la solution MTT (5 mg / ml de bromure de MTT dans du PBS) ont
été ajoutés à chaque puits et incubées pendant 4 h à 37°C.
- Le surnageant a été aspiré et les cristaux de MTT-formazan formés
ont été dissous dans 100 ml de diméthylsulfoxyde (DMSO)
- Lecture à 590 nm et l’Inhibition de la croissance des cellules a été calculée
• Quel est le rôle de MTT ?
Ø Indicateur de la viabilité cellulaire car ce composé est réduit par une enzyme mitochondriale
(la reductase) en formant le composé MTT-formazan insoluble.
- Les détails fournis, vous permettent-ils de reproduire les expériences réalisés ? justifier ?
Ø Oui, car tous les détails sont mentionnés (la concentration cellulaire, la concentration de MTT,
temps et température d’incubation…etc)
• Décrivez le protocole utilisé dans la manipulation : 2.7. Cellular caspase activities

(Caspase-3/7, -8 and -9)
Ø Cellules HT-29 (25.000 cellules / puits), dans du RPMI-1640 et 10% de FBS, étaient
ensemencées dans la plaque à 96 puits) et incubés pendant une nuit à 37°C avec 5% de CO2
Ø les cellules sont traitées avec les concentrations (IC50) de l’extrait du thé pour différents
d’exposition
Ø Après traitement des cellules, les réactifs de Caspase-Glo ™ -3/7, -8 et -9 ont été préparés et
ajoutés directement aux cellules et incubées pendant 30 min
Ø Enregistrement de la luminescence.
- En quoi correspondent les termes « Control » et le « Blanc » dans ce protocole ?
Ø Control : cellules sans traitement avec l’extrait du thé

Ø Blanc : milieu de culture sans cellules
- Les détails fournis, vous permettent-ils de reproduire les expériences réalisés ? justifier ?
Ø Non, car ils manquent d’autres détails non mentionnés à savoir la concentration du réactif de
caspases utilisé
• Quel est le rôle de H2O2 dans le protocole « analysis of DNA damage » ?

Ø H2O2 est utilisé pour causer des lésions au niveau de l’ADN
• L’analyse statistique est-elle bien précisée ?

Ø Oui ! les tests utilisés : test d’ANOVA et test de student
Analyse de la partie Résultats et discussion
• Commenter la structure de la sous-section : 3.7. In vitro antiproliferative effect

of white tea extracts on cancer cells ?
3.7. In vitro antiproliferative effect of white tea extracts on cancer cells
The 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide (MTT) assay is an indirect colorimetric assay to

assess the number of viable cells which has been adapted to measure the growth modulation of cells in vitro. HT-29
cells were treated with different concentrations of extracts (10–100 lg/ml) for 48 h. The hot water extract
demonstrated strong antiproliferative activity against HT-29 cells (IC50 = 86.68 ±0.78 µg/ml).
Numerous studies have proposed the inhibitory effect of tea against carcinogenesis of lung, skin, esophagus, liver
and stomach cancers (Bushman, 1998; Yang, Maliakal, & Meng, 2002). Epidemiological studies suggested that the
antiproliferative effects against colonic tumorigenesis (Chen et al., 2003) is due to the presence of tea polyphenols
and that the protective activity is related to the strong radical scavenging and antioxidative capacity of tea (Yang &
Wang, 1993).
A fibroblast cell line, HDF-a, was used to measure the possible cytotoxicity of white tea extracts on normal cells.
The IC50 of the extracts on fibroblasts (IC50 > 160 lg/ml) was significantly higher than that of the cancerous cell line.
Thus, the white tea extract showed high anti-proliferative activities against tumourigenic HT-29 cells, without being
toxic to normal fibroblast cells.
Ø La structure de cette section est organisée comme suit :

-introduction sur la manip réalisée (définition)
-objectif de la manipulation
-résultat obtenu
-interprétation et discussion
-conclusion
- Quels sont les résultats pertinents énoncés par l’auteur ?
Ø L’extrait du thé présente une forte activité antiproliférative (IC50=86.68 µg/ml) des cellules
cancéreuses colorectales (HT-29).
Ø L’IC50 de l’extrait sur les cellules fibroblastes est supérieur à celui sur les cellules cancéreuses
- Quelle est l’interprétation donnée par l’auteur pour expliquer le résultat le plus pertinent ?
Ø L’auteur explique l’activité antiproliférative par la présence des polyphénols dans l’extrait du thé qui
sont doués d’activités antioxydantes et de piégeage de radicaux libres
- IC50 obtenu avec les cellules fibroblastes (HDF-a) est supérieur à celui des cellules colorectales
(HT-29) : Que signifie-t-il ?
Ø Cela signifie que l’extrait du thé peut exercer une activité antiproliférative sans être toxique pour
les cellules normales (fibroblastes)
- Le tableau 2, est –il complet ? justifier ?

Ø Oui ! le tableau contient tous les éléments nécessaires pour qu’il soit compréhensible en soi (titre
complet, légende, incertitude d’erreur)
- Les résultats obtenus sont-ils comparé à ceux de la littérature ? Convergent –ils ou divergent –ils de
cette dernière ?
Ø Oui ! les résultats obtenus vont dans la même tendance que ceux rencontrés dans la littérature
• Au niveau de la sous- section 3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

- Quels sont les différents types de caspases ?
- Le tableau 2, est –il complet ? justifier ?

Ø Oui ! le tableau contient tous les éléments nécessaires pour qu’il soit
compréhensible en soi (titre complet, légende, incertitude d’erreur)
- Les résultats obtenus sont-ils comparé à ceux de la littérature ? Convergent –ils ou
divergent –ils de cette dernière ?
Ø Oui ! les résultats obtenus vont dans la même tendance que ceux rencontrés dans
la littérature
3.8. Apoptosis and caspase-3/7, -8 and -9 activity

A family of cysteine proteases known as the caspases is believed to play a central role in
mediating various apoptotic responses. Activation of the caspase cascade is an integral
event in the apoptotic pathway. Apoptotic caspases can be divided into two classes:
initiator and executioner caspases. Initiator caspases (caspase-2, caspase-8 and caspase-
9) are the apical caspases in apoptosis signaling cascades and their activation is normally
required for executioner caspase (caspase-3, caspase-6 and caspase-7) activation
(Cohen, 1997; Lamkanfi, Festjens, Declercq, Vanden Berghe, & Vandenabeele, 2007).
- Quels sont les différents types de caspases ?

Ø Il y a deux types de caspases :
-caspases initiatrices (2,8 et 9)
-caspases effectrices (3, 6 et 7)
- Quels sont les résultats pertinents et leurs interprétations respectives telles

qu’énoncés par l’auteur ?
Ø L’extrait du thé a augmenté le niveau d’activité des caspases (3/7) et cela signifie que
l’extrait du myrte peut induire l’apoptose par activation des caspases effectrices 3/7
Ø L’extrait du thé a augmenté le niveau d’activité de la caspase 8 et 9cela signifie que
l’extrait du myrte peut induire l’apoptose par le recepteur de la mort par activation de la
caspase 8) et par des voies mitochondriales par activation des caspases effectrices 9.
- Quelle est la conclusion de l’auteur ?

Ø L’auteur conclue que l’activation des caspases est la cause de l’apoptose observé lors
du traitement des cellules HT-29 avec l’extrait du thé.
• Au niveau de la sous-section 3.10. Analysis of DNA damage by the comet assay

- Objectif de cette partie ?
Ø Evaluer l’effet protecteur du thé contre les lésions d’ADN induite par le H2O2
- Décrivez la figure 4A ?
Ø Selon la figure 4, on constate que l’ajout de l’extrait du thé réduit la taille des comètes d’une façon significative et
avec un effet dose dépendant par rapport au contrôle avec H202 .
- Les résultats sont-ils comparés à la littérature ?
Ø NON
- L’auteur mentionne-t-il la nouveauté du travail ?
Ø Non
- Quelle est la conclusion de l’auteur ?
Ø L’auteur conclue que le thé peut protéger l’ADN des lésions induites par les radicaux de H2O2
• les auteurs identifient ils des faiblesses dans leur propre étude ?
Ø NON
• Y a-t-il quelque chose qui manque pour compléter l’étude ? Que proposez-vous ?
Ø Oui !
Ø La proposition qu’on pourrait faire c’est de transposer cette recherche sur un plan
plus significatif : passer à l’expérimentation animale
• Les résultats fournis par l’auteur, répondent ils (en partie ou complétement) à la
question spécifique posée ?
Ø Les résultats fournis répondent partiellement au problème posé car d’autres études
supplémentaires sont nécessaires pour conforter ces résultats.
Analyse de la partie conclusion
Conclusion
The present study demonstrates the antioxidant, anticancer and DNA protective effects of white tea (C. sinensis). White
tea extract exhibited a strong antioxidant activity in the five assays carried
out, i.e., the FRAP, DPPH, nitric oxide, superoxide anion and hydroxyl radical scavenging assays. The high antioxidant
activities correlated significantly to their phenolic content. Pre-treatment of 3T3-L1 cells
with the extract protected against H2O2-induced DNA damage. The tea extracts also showed high anti-proliferative
activity against HT-29 cells, without being toxic to normal fibroblasts.
The extract inhibited HT-29 colon cancer cells by the death receptor and mitochondrial apoptotic pathways as
demonstrated by increased expression levels of caspases-3/7, -8 and -9.
In conclusion, white tea extracts show potential as chemotherapeutic agents. Regular consumption of white tea could
maintain good health and protect the body against disease.
Analyse de la partie conclusion
• Commenter la structure ?
Ø La structure de la conclusion est la suivante :
-résultats majeurs
-interprétation
-conséquences et bénéfices
• La conclusion est-elle complète ? Que manque-t-il ?
Ø La conclusion n’est complète car il lui manque les perspectives
• Fait-elle ressortir les points forts ou les résultats pertinents de l’étude ?

Ø Oui, les points forts sont bien mis en évidence
• Les conclusions répondent –ils aux problèmes posées ?

Ø Oui, en partie.
• Quelles sont leurs utilisations possibles ? Sont-ils transposable dans la pratique ?
Ø Selon l’auteur, une consommation régulière du thé pourrait améliorer la santé humaine
• Les perspectives sont –elles mentionnées ? Non
Références
• Référer cet article tel qu’il apparaîtrait dans une bibliographie en suivant le style de ce journal ?
Ø Hajiaghaalipour, F., Kanthimathi, M. S., Sanusi, J., & Rajarajeswaran, J. (2015). White tea (Camellia
sinensis) inhibits proliferation of the colon cancer cell line, HT-29, activates caspases and protects DNA of
normal cells against oxidative damage. Food Chem, 169, 401-410.
• En regardant la liste de références, diriez-vous qu’elles sont adéquates ? justifiez votre réponse ?
Ø Oui, les références sont adéquates car chacune d’elle apporte un éclairage particulier.
Par exemple la référence ci-dessous apporte un éclairage sur les mechanisme de régulation des
caspases: Riedl, S. J., & Shi, Y. (2004). Molecular mechanisms of caspase regulation during
apoptosis. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 5, 897–907
Appréciation personnelle (une petite synthèse globale)
Portez une appréciation globale sur la recherche que vous avez analysée. Quels en sont les points forts ? quels
en sont les points faibles ? Est-ce que la contribution de l’étude et de ses retombées éventuelles sont
précisées ?
L’article analysé traite un sujet important et pertinent, et qui consiste à la recherche de nouveaux agents
thérapeutiques naturels contre le cancer colorectal qui est la 3ème forme du cancer la plus répandue. Les
résultats obtenus ont montré clairement in vitro des capacités antiprolifératives significatives de l’extrait du thé
sur les cellules HT-29 sans affecter les cellules saines. Le mécanisme impliqué est l’induction de l’apoptose par
activation de différentes caspases (initiatrices et effectrices). La capacité de protéger l’ADN contre les attaques
radicalaires induite par le H202 a été aussi observé. Néanmoins, l’auteur ne me montre pas clairement la
nouveauté de ce travail par rapport aux travaux antérieurs et ne mentionne pas un travail future comme suite
logique ce travail déjà rapporté. En effet, je pense que le passage à une évaluation in vivo, valorisera
d’avantage ce travail et permettra des retombées plus significatives.

Analyse D - Articles Scientifiques - Remini - Hocine

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Analyse D - Articles Scientifiques - Remini - Hocine

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Université

Mohand Akli Ouelhadj - Bouira

Analyse d’articles scientifiques

Année Universitaire : 2016/2017

comité de lecture en fonction de critères scientifiques ".

- Journal of Molecular biology

Chaque partie doit etre comprehensible et

Outil de communication § Communication et recherche scientifique sont étroitement

Le scientifique doit fournir Pourquoi il a fait?

N.B. Structure d’un article de recherche diffère de celui de synthèse

Ø La lecture d’un article par un chercheur Ø Différents articles ont été

Beau de l’extérieur, ça ouvre tjrs les portes …

1- Eléments de la structure physique:

- La mise en page : page entière, en colonnes, marges,...

Exemple des Spécificités physiques d’un article scientifique :

Journal of Food science

Eléments communs dans les

1 ••Nécessité d’organiser ces éléments

••Etablissement d’un plan d’article

••Obtention d’un article structuré, accessible

Ø la structure logique diffère selon le type de l'article et la discipline de ce dernier

Le plan type d’article

Les articles analytiques,

Plan type d’article Plan type d’article (IMRAD)

institutionnelle dans lequel est menée la recherche objet de l’article.

- Le résumé : Généralement placé au début de l’article, il constitue avec la conclusion la

sont généralement choisis par l’auteur de l’article.

- La bibliographie : L’article scientifique se caractérise par une solide bibliographie dont

les références sont généralement classées selon deux systèmes différentes:

références par ordre alphabétique, chronologique ou cumulatif

l’année de parution entre parenthèse.

Les principales parties d’un article

- doit refléter et annoncer le contenu du texte avec le maximum de

- Les mots informatifs doivent être placés en début de titre ;

Absence de mots-clés à fort impact

Défaut communs et conseils (suite)

Aucun mot entre parenthèse.

Question (?), interrogation

En effet, un article de recherche a plutôt pour objectif de

donner une réponse, de montrer une avancée.

Ø Une étude protéomique de cellules immunitaires permet de

Ø Formé du nom et de une ou plusieurs initiales des auteurs

Ø Le nombre typique d’auteurs dépend de la discipline :

Ø L’ordre des auteurs peut être alphabétique (physique) ou

Ø Premier et dernier auteur sont les deux positions "valorisées".

Lamine Bourninea,b,c, Sihem Bensalema, Paul Peixotob, Arnaud Gonzalezb,Fadila Maiza-

* Corresponding author : personne qui soumet l’article

Ø Le résumé est la vitrine de l’article

• Il doit pouvoir être lu indépendamment du reste de l’article

Contexte, problème (environ 25 % du résumé, trois phrases)

Cette partie résume l’introduction, c’est-à-dire le contexte et les

enjeux généraux et globaux, puis locaux et spécifiques amenant à

une voie à explorer.

Expérimental (environ 25 % du résumé, trois phrases)

Cette partie résume les méthodes et expériences. Elle doit commencer

avec un style personnel comme Here we studied…, We measured…,

I surveyed… pour bien distinguer le début de la contribution

effective de l’auteur. L’auteur donnera la nature des expériences

majeures, des variables et des paramètres mesurés, en introduisant

quelques chiffres pertinents : la durée de l’expérience par exemple.

Résultat majeur, nouveauté, conséquences (environ 50 % du résumé, six phrases)

Réponse : la lecture de ce résumé révèle qu’il est constitué de 3 parties principales :

1re partie : Dans cette partie on trouve :